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Bioquímica de proteínas
Prof. Dr. Adilson de Oliveira
• Aula baseada
no livro do Lehninger
(Nelson e Cox)
• Capítulo 5
• A Célula
– Capitulo 11
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Contextualização histórica
Entre os objetos de estudo dos cientistas no início do século
XIX (...) Estava:
Contextualização histórica
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Public Domain
por meio de proteínas.
Grande parte dos processos
orgânicos são mediados por
proteínas [enzimas].
FUNÇÕES BIOLÓGICAS
•Estrutura da célula.
•Hormônios.
•Atividade enzimática.
•Imunidade.
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COMPOSIÇÃO PROTEICA
Aminoácidos: os monômeros proteicos
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Nome Símbolo
Glicina Gly, Gli
Alanina Ala
Leucina Leu
Valina Val
Isoleucina Ile
Prolina Pro
Fenilalanina Phe ou Fen
Existem 20 tipos de Serina Ser
aminoácidos. Treonina Thr, The
Cisteina Cys, Cis
Tirosina Tyr, Tir
Observe na tabela ao lado: Asparagina Asn
Glutamina Gln
Aspartato ou Ácido aspártico Asp
Arginina Arg
Lisina Lys, Lis
Histidina His
Triptofano Trp, Tri
Metionina Met
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Glutamato ou Ácido
Glu
glutâmico
Arginina Arg
Lisina Lys, Lis
Histidina His
Triptofano Trp, Tri
Metionina Met
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Ligação peptídica
Ligação feita entre aminoácidos (aa) para formar peptídeos
(2 a 5 aa), polipeptídeos (+5 aa) e proteínas (+50 aa).
Aminoácido 1 Aminoácido 2
Água
Duplo Peptídeo
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Imagem: National Human Genome Research Institute / A estrutura primária da proteína é uma cadeia de aminoácidos / Source:
http://www.genome.gov/Pages/Hyperion//DIR/VIP/Glossary/Illustration/amino_acid.shtml / Public Domain
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Documentation License
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Generic
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Imagem: Parutakupiu / Desenhando representando a estrutura quaternária de uma proteína, em 3 de fevereiro de 2019 / Creative
Commons Attribution-Share Alike 2.5 Generic
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Desnaturação proteica
A forma espacial das proteínas
pode ser afetada pela
temperatura, pH, polaridade,
salinidade, solventes, radiações,
etc.
As proteínas perdem o arranjo
[desenrolam-se, perdem as
ligações].
Ovo;
Leite, coalhada, queijos;
Imagem: Ovo frito, em 22 de julho de 2009 /
Sangue. Fotografia: cyclonebill / Source Vagtel-spejlæg /
Creative Commons Attribution-Share Alike 2.0 Generic
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Enzimas
Função:
Viabilizar a atividade das células, quebrando moléculas
ou juntando-as para formar novos compostos. (4)
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E + S [ES] E + P
Enzimas
As enzimas possuem um sítio ativo que corresponde,
geralmente, a uma cavidade na molécula de enzima, com
um ambiente químico muito próprio. O substrato entra no
sítio ativo e liga-se à enzima.
Imagem: [Haynathart / Um sítio ativo em uma enzima
dependente de NAPD+ / Public Domain
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Enzimas
• Co-fatores e co-enzimas são moléculas não proteicas,
respectivamente, inorgânicas [íons metálicos] e orgânicas
[vitaminas], que são indispensáveis para o funcionamento
de várias enzimas.
Ex.: hemoglobina (Fe)
Enzimas
Para operar, as enzimas necessitam de um ambiente
favorável [pH, temperatura, quantidade de substrato],
considerado ótimo. Caso contrário, ela é inibida.
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atividade
%
License
temperatura
C°
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Hormônios protéicos
• Hormônios que são proteínas
– Prolactina
– Hormônio de crescimento (GH, HGH)
– Hormônio adenocorticotrófico (ACTH)
– Vasopressina
– Oxitocina
– Insulina
– Somatostatina, etc.
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Cascatas de regulação
• Proteínas viajam no sangue
até encontrar receptor de
membrana
• Interações proteína-
proteína e proteína-ligante
regulam o metabolismo
celular
• Acionadas por proteínas de
membrana
• Reconhecem modificações
no meio externo e
modificam o ambiente
intracelular em resposta
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Proteínas de ligação ao O2
• A mioglobina e a hemoglobina
são provavelmente as proteínas
mais estudadas do mundo
– Primeiras a terem estrutura 3D
conhecida
– Reação reversível de ligação ao O2
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>gi|44955888|ref|NP_976312.1|
myoglobin [Homo sapiens]
MGLSDGEWQLVLNVWGKVEADIPGHGQEVLIR
A mioglobina LFKGHPETLEKFDKFKHLKSEDEMKASEDLKK
HGATVLTALGGILKKKGHHEAEIKPLAQSHAT
KHKIPVKYLEFISECIIQVLQSKHPGDFGADA
QGAMNKALELFR KDMASNYKELGFQG
• 154 aa;
• Encontrada no tecido
muscular de mamíferos
– Em focas e baleias guarda
O2 para mergulhos longos
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Hemoglobina
• Proteína tetramérica
quase esférica com 4
grupos heme
– 2 cadeias alfa
– 2 cadeias beta
• <50% de similaridade
na cadeia primária!!
– Estrutura 3D muito
similar
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Eritrócitos
• Eritrócitos são células altamente
especializadas em transportar
O2
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Anemia falciforme
• A mutação homozigota (aa) de um
único nucleotídeo que codifica para a
cadeia B da hemoglobina faz com que
a forma da hemácea seja modificada
– Não há cura, transporte ineficiente de
O2
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Citoesqueleto
• Rede de filamentos protéicos que
se prolongam no citoplasma
• Rede estrutural da célula
– Define formato e organização geral
do citoplasma
• Responsável pelos movimentos
celulares
– Transporte interno de organelas
– Transporte de cromossomos na
mitose
• Estrutura dinâmica
– Organizado e desorganizado
(divisão celular)
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Composição do
citoesqueleto
• Formados por três tipos principais
de filamentos arranjados em
conjunto e associados a organelas e
à membrana por proteínas
acessórias
– Filamentos de Actina
– Filamentos intermediários
– Microtúbulos
• Funções
– Motilidade celular, transporte de
organelas, divisão celular e outros
tipos de transporte celular
FA FI MT
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Filamentos do citoesqueleto
• Cada tipo de filamento do
citoesqueleto é um polímero
construído a partir de subunidades
menores (monômeros)
• Podem difundir-se rapidamente
pelo citoplasma
• Proteínas acessórias associam-se
ao citoesqueleto
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Actina
• Proteína globular, principal proteína do
citoesqueleto
– 20% das proteínas totais de uma célula
– Leveduras: um gene; Mamíferos: 6 genes
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Filamentos de Actina
• Microfilamentos formam feixes ou
redes tridimensionais com
propriedades de géis semi-sólidos
• O arranjo e a organização dos
filamentos, as ligações entre feixes e
redes e estruturas celulares são
regulados pela ligação com uma
variedade de proteínas de associação
com a actina
• Os filamentos são particularmente
abundantes junto à membrana
plasmática
– Suporte mecânico e forma celular
– Movimento da superfície celular
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Microfilamentos de actina
• Cada monômero de actina faz
uma rotação no filamento, que
apresenta estrutura de hélice de
dupla cadeia
• Possui uma polaridade que será
importante para a definição do
movimento da miosina
• Polimeriza espontaneamente em
condições fisiológicas
– Polimerização reversível
(dinâmica)
• Extremidade positiva cresce de 5
a 10 vezes mais rápido do que a
negativa
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Feixes paralelos
• Responsáveis pelas
microvilosidades das
membranas
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Redes de actina
• Filamentos de actina
ligados por proteínas
filaminas
• Ligações ortogonais
– Malha tridimensional
frouxa
• Sustentação da superfície
da célula
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Adesão celular
• Responsáveis pelo contato com células adjacentes
• Fibras de estresse
– Fibras de actina que promovem adesão celular
• Fibras de alfa-actinina ligam cateninas e caderinas
• Contato célula-célula
– Junções de adesão
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Projeções de membrana
• Microvilosidades intestinais
• Estruturas de resposta a estímulo
– Formadas por formação e retração de feixes de actina
• Pseudópodos
• Microespículas
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• A: Microvilosidades
• B: feixes contráteis citoplasmáticos
• C: Protrusões em forma de lâmina e em forma de dedo
• D: Anel contrátil durante a divisão celular
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Miosinas
• Reconhecidas originalmente como
ATPases presentes em músculos lisos e
estriados
• Conservadas na cabeça (liga actina e
hidrolisa ATP), mas variáveis na cauda
(interação com moléculas)
• Genoma humano possui
aproximadamente 40 genes diferentes
para miosinas
• Forma define a velocidade
com a qual se deslocam
nos feixes de actina
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Contração muscular
• Especialização das células musculares
• Músculo como modelo para o estudo
do movimento em nível celular e
molecular
• Músculos
– Estriado esquelético: movimentos
voluntários
– Estriado cardíaco: bombeia sangue do
coração
– Liso: movimentos involuntários do
estômago, intestino, útero e vasos
sanguíneos
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Músculo esquelético
• São feixes de fibras musculares
• Citoplasma composto de miofibrilas
– Filamento espessos de miosina
– Filamentos finos de actina
• Sarcômeros
– Cadeia de unidades contráteis
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Sarcômeros Linha M
• Proteínas titinas
– Ligam miosina da linha M
até o disco Z
• Modelo do filamento
deslizante (1954)
– Contração do sarcômero
– Aproximação dos discos Z
– Banda A não sofre alteração
– Bandas I e H desaparecem
– Deslizamento dos filamentos de
actina
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Miosinas não-convencionais
• Não formam filamentos
• Envolvidas em outros tipos de movimentos celulares
– Transporte de vesículas e organelas
– Fagocitose, emissão de pseudópodos
• Caudas se ligam a organelas
• Movimentação sob o
esqueleto de actina
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Microtúbulos
• Cilindros ocos de 25nm de
diâmetro
• Estruturas dinâmicas em
constante processo de
organização e desorganização
• Definem a forma da célula
• Promovem locomoção,
transporte intracelular de
organelas e separação dos
cromossomos durante a mitose
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Tubulina
• Proteína globular
• Arranjos das formas
alfa e beta formam os
microtúbulos
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Instabilidade dinâmica
• Tubulina ligada a GTP é incorporada ao microtúbulo
• A adição de tubulina-GTP ocorre mais rápido do que a
hidrólise do GTP -> formação de cap GTP
• Na falta de moléculas de GTP ligadas a tubulina, a
hidrólise ocorre de forma
mais rápida e o
complexo é despoli-
merizado
• Remodelamento dos
microtúbulos é impor-
tante na mitose
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Centríolo, centrossomo e
organização dos microtúbulos
• Microtúbulos se estendem a
partir de um centro
organizador de microtúbulos
– O centrossomo se localiza
junto ao núcleo
• Durante a mitose os
centrossomos formam os
fusos mitóticos, responsáveis
pela separação dos
cromossomos nas células
filhas
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Centrossomos
• Formados por um par de centríolos organizados
perpendicularmente, circundados pelo material peri-
centriolar
• Centríolo: estrutura cilíndrica formada por 9 tripletes
de microtúbulos
• Funções de organização
dos microtúbulos pelo
centrossomo
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Organização dos
microtúbulos na mitose
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Cinesinas e dineínas
• Movem-se em direções opostas ao longo dos
microtúbulos
– Cinesina: move-se para a extremidade positiva
– Dineína: extremidade negativa
• Cerca de 100 diferentes cinesinas em humanos
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Transporte de organelas
• Neurônios com metros de comprimento precisam ter
moléculas transportadas para o axônio
• Vesículas secretoras vindas do Golgi são
transportadas ao longo dos microtúbulos aos axônios
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• Anáfase B
Separação dos
polos do fuso
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Cílios e Flagelos
• Projeções de membrana
formadas por microtúbulos e
responsáveis pelo movimento de
células eucarióticas
• Flagelos de bactérias são
protéicos (não tubulina)
• Estrutura em
axonema
(9+2)
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Sistema imunológico
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Proteínas e imunologia
• A maioria das interações proteína-ligante não envolve
grupo prostético
• Discriminação efetiva do ligante é na forma de sítio de
ligação proteína-proteína
• Resposta imunológica
– A distinção molecular entre “próprio” e “não-próprio”
– Teoria de rede
– O sistema homeostático bioquímica é altamente sensível
e desenvolvido através das reações entre ligantes e
proteínas
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Sistemas imunológicos
• Imunidade celular
– Células hospedeiras infectadas por vírus,
parasitas e tecidos estranhos
– Linfócitos T
• Parasitas possuem receptores de células Tc
• Células T auxiliares produzem proteínas
sinalizadoras (citocinas)
• Imunidade humoral
– Infecções bacterianas e virais, proteínas
estranhas
– Anticorpos ou imunoglobulinas (Ig)
– 20% das proteínas do sangue são Igs
produzidas pelos linfócitos B
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Proteínas imunológicas
• Proteínas de reconhecimento
altamente específicas (humanos
teem 108 anticorpos com
especificidades diferentes)
– Receptor de célula T
– Anticorpo produzido por célula B
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Imunoglobulinas
• Ligação específica entre
antígeno e anticorpo
• Imunoglobulinas podem ser
encontradas em monômeros,
dímeros, trímeros, multímeros
• Marcação do patógeno para
engolfamento por macrófagos
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Ligação antígeno-anticorpo
• Firme e específica
• É a base para procedimen-tos
analíticos importantes
• Anticorpo
– policlonal: reconhecido por várias
células B diferentes
– Monoclonal: reconhecidos pela
mesma população de células B
• Anticorpo pode ser ligado a uma
resina cromatográfica para
separação de uma proteína
específica
• Exames sorológicos: detecta
presença e quantidade do antígeno
• Immunoblot
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Conclusões
• As proteínas teem inúmeras funções celulares
• A estrutura da proteína é altamente relevante para que ela tenha uma função
celular
• O contato proteína-proteína regula muitas funções intra e intercelulares
(receptores de membrana)
• As proteínas mudam de conformação quando encaixadas a um ligante
– A ligação reversível da proteína ao ligante é importante na regulação do metabolismo
– Sítios de ligação podem ligar diferentes moléculas, algumas com mais afinidade do que o
ligante desejado
• Proteínas interagem para a formação do citoesqueleto e contração muscular,
gastando energia química
• Polimeração e despolimerização de complexos poliméricos acontecem em todo o
instante nas células
• Proteínas podem ligar moléculas indiretamente -- através de grupos prostéticos
• Há um controle dos ligantes mais comuns dentro de um organismo e a presença
de novas moléculas desconhecidas aciona o sistema imune
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