Bioinformática_na_Escola

6 – Proteínas homólogas estão evolutivamente

relacionadas.

Como construir uma árvore filogenética?

O objectivo da filogenia é reconstruir a história da vida e explicar a diversidade das espécies actuais.
Isto pode ser representado como uma árvore genealógica, a que se chama árvore da vida. A filogenia
tenta agrupar as espécies de acordo com o seu grau de semelhança e quanto maior ela for mais perto
estarão de um ancestral comum.

Há umas décadas atrás estes estudos eram baseados em características morfológicas. A partir dos
anos 80, com a sequenciação do DNA, o estudo evolutivo das espécies passou a ser feito ao nível
molecular, comparando genes homólogos - Filogenética. Os alinhamentos múltiplos estão na base
destes estudos sendo as regiões conservadas entre proteínas informativas do ponto de vista evolutivo.

Dois genes homólogos são designados de ortólogos se vêm de dois organismos diferentes. Derivaram
de um gene ancestral comum e foram separados por um mecanismo de especiação. Denominam-se
parólogos os genes homólogoas que foram separados por um mecanismo de duplicação e que
permanecem no mesmo organismo.

6 -1. Qual o relacionamento evolutivo das opsinas?

Na actividade anterior, ao alinhar as sequências proteícas das quatro opsinas humanas, verificou que
existem sete regiões conservadas entre elas. Estas regiões são geralmente informativas do ponto de
vista evolutivo.

Nesta actividade vai construir uma árvore filogenética a partir do alinhamento multiplo de sequências
proteicas. Para além das opsinas humanas vai também inserir no alinhamento proteínas homólogas às
opsinas mas de outras espécies. As árvores filogenéticas serão tanto mais próximas da realidade
biológica quanto melhor for a qualidade do alinhamento.

Existem muitos métodos para estudar filogenia. Nesta actividade vamos utilizar o programa PHYLIP.

 Com os conhecimentos que adquiriu nas actividades anteriores tente obter das bases de dados
biológicos e em formato FASTA, as proteínas cujos números de acesso são os seguintes:
O93740 (bactéria); P51491, P15409 e O35599 (Murganho); P51490, P02699 e Q9BGI7
(bovino).

 Faça um alinhamento múltiplo das sequências proteícas (opsinas.txt), usando o programa

ClustalW (http://www.ebi.ac.uk/Tools/services/web/toolform.ebi?tool=clustalw2).

 Insira as sequências na janela respectiva. Clique em Submit.(ver slide)

 Uma nova página mostra-lhe o resultado em vários ficheiros. (ver slide)

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 Em Alignments pode ver o alinhamento das várias proteínas.

 Em Result Summary pode ver a semelhança entre cada par de proteínas

 Em Guide Tree pode ver a árvore resultante, com as distâncias para cada ramo. Nesta página
também encontra o ficheiro (tree.txt) que pode usar no programa TreeView para visualizar
árvores filogenéticas.

 As proteínas são agrupadas de acordo com a sua semelhança o que traduz uma evolução.

 As proteínas agrupam-se de acordo com a sua função independentemente da espécie a que

pertençam.

 Como pode ver as proteínas responsáveis pela captação da luz vermelha e verde são muito
semelhantes e por isso estão no mesmo Cluster.

 As bactérias também têm proteínas responsáveis pela captação da luz. Aqui estão
representadas pela proteína BOP_Halobacterium, muito distante de todas as outras.