Tutorial de preparação de proteína e de

docagem via autodock vina

Por: Tiago Arouche

Essa é a proteína inicial do PDB, que eu baixei.
Selecione o ligante que vem com ela
E clique em Define and Edit....
Depois aqui...
Temos isso...
Clique com o botão direito e depois clique onde está indicado
Agora você tem as coordenadas de onde o ligante está no espaço da proteina
Vamos ao site charmmGUI, clicamos no menu lateral em pdb reader
claro depois de ter feito login, e fazemos como na imagem
Só renomeei
Salve no mesmo lugar onde estão seus arquivos, TUDO NO MESMO DIRETÓRIO
Agora coloque o x-center, y-center, z-center que você salvou lá atrás... Você se lembra né, lembra?
Copie os numero de XYZ, para
Xcenter, ycenter....
Tenha esses seis arquivos em sua pasta
Abra o conf, e coloque e o preencha, assim como está na imagem, não coloquei o ligand, pois vou só fazer os
Arquivos iniciais, os ligantes são o de menos, por enquanto.....
Salve como na imagem e feche o autodock
Salve o conf, por favor...
Temos isso...
Para os ligantes, vou mostrar uma vez e repita para os outros ok?

Aqui, nós temos eles em SDF, vamos converter para .pdbqt

Abra o open babel GUI
Configure um lado para .sdf(o formato que os ligantes estão) e outro para .pdbqt
Clique nos três pontinhos e escolha a molécula Nomeie ela como nome.pdbqt
Clique em convert
Aqui está...
Vamos a primeira docagem!
Criei uma pasta com o nome do ligante e copiei esses arquivos para ela, nela
eu só vou modificar o conf
Abra o cmd e depois o arquivo código
Digite o que está escrito dentro do artigo código
Aqui os resultados
 Os resultados você pode ver abrindo o receptor.pdbqt e o resultado.pdbqt
no Discovery Studio

Aqui eu abri o resultado(em amarelo) em cima da proteína inicial

antes de limpar ela, só pra ver se o ligante ficou no mesmo lugar do
resíduo inicial. E realmente fica, uma boa dica é fazer aquela caixa, do tamanho mais ou menos do ligante inicial
tenha em mente um tamanho para seus ligantes, para que assim tudo se encaixe certinho.
Criei uma pasta com o nome do ligante e copiei esses arquivos para ela, nela
eu só vou modificar o conf
Criei uma pasta com o nome do ligante e copiei esses arquivos para ela, nela
eu só vou modificar o conf
Criei uma pasta com o nome do ligante e copiei esses arquivos para ela, nela
eu só vou modificar o conf
Criei uma pasta com o nome do ligante e copiei esses arquivos para ela, nela
eu só vou modificar o conf