02 IB Fundamentos 2020

Introdução à Bioquímica
2
Fundamentos da Bioquímica
Introdução à Bioquímica Bibliografia
• “Lehninger, Principles of Biochemistry”, David

L. Nelson, Michael M. Cox, 7ª edição, 2017,
W.H.Freeman
Capítulo 1
• “The biological chemistry of the elements“,

J.J.R Fraústo da Silva, R.J.P. Williams, Clarendon
Press, Oxford, 2001.
Bioquímica
• Definição
– Estudo dos processos químicos que ocorrem em organismos

– Estudo da vida ao nível molecular
– Ciência que tenta compreender como uma colecção de moléculas
inanimadas podem interactuar para construir, manter e perpetuar
um ser vivo
• Para estudar estas moléculas são utilizadas metodologias de

química, mas também de física, biologia molecular e imunologia.
• Pode dizer-se que é um ramo da ciência que começou no início do

século XX quando cientistas combinaram a química, a fisiologia e a
biologia.
• O termo Bioquímica foi usado pela primeira vez por Carl Neuberg em
1906.
• Não existe prémio Nobel da Bioquímica

Introdução à Bioquímica Prémio Nobel da Química 2015 - mecanismos de reparação do ADN
Tomas Lindahl - medicina

Paul Modrich - biologia
Aziz Sancar - medicina
Introdução à Bioquímica Prémio Nobel da Medicina ou Fisiologia 2015 - terapias contra malária e elefantíase
William Campbell - bioquímico

Satoshi Õmura - bioquímico
Youyou Tu - farmacologista
William C. Campbell Satoshi Ōmura Youyou Tu

Prize share: 1/4 Prize share: 1/4 Prize share: 1/2
Introdução à Bioquímica Prémio Nobel da Medicina ou Fisiologia 2016 - Autofagia
Yoshinori Ohsumi especialista em Biologia Celular, professor no

Instituto de Tecnologia de Tóquio.
Introdução à Bioquímica Prémio Nobel da Medicina ou Fisiologia 2018 - imunoterapia contra o cancro
Cancer therapy: releasing the

brakes of immunity
James P. Allison - medicina

Task Honjo - medicina
Introdução à Bioquímica Prémio Nobel da Química 2018- evolução dirigida de enzimas; “fagos para desenvolver novas proteínas”
Frances H. Arnold - eng. Química

George P. Smith - bacteriologista e imunologista
Gregory p. Winter - Biologia Molecular
Introdução à Bioquímica Prémio Nobel da Medicina ou Fisiologia 2019 - Como as células se adaptam a diferenças de oxigénio
Introdução à Bioquímica Divulgação da Bioquímica - jornalismo
Introdução à Bioquímica Divulgação da Bioquímica - revistas científicas
Objectivos da Bioquímica
Estudar/conhecer:
• As estruturas química e
tridimensional das moléculas
biológicas
• A interacção entre as moléculas
biológicas
• A síntese e a degradação das
moléculas biológicas na célula
• Os mecanismos de conservação e
consumo de energia na célula
• Os mecanismos usados pela célula
na organização das moléculas
biológicas e coordenação da sua
actividade
• O armazenamento da informação
genética; sua transmissão e
expressão
Características associadas à vida
• Nascer (um rio também nasce!)

• Alimentar-se (um buraco negro “devora” tudo o que existe à volta)
• Aprender (um computador programado para executar tarefas)
• Regenerar-se (uma estrela formada por hélio e hidrogénio pode

perder parte da sua massa, mas se as reacções termonucleares se
continuarem a dar, regenera-se)
• Reprodução (uma mula e o milho híbrido são seres estéreis)
• Morte ( a morte de uma estrela)

Organismos vivos
★ Elevado grau de complexidade química e

organização microscópica
Milhares de moléculas diferentes produzem Microscopia electrónica.
Células musculares.
complicadas e específicas estruturas
★ Sistemas para extrair, transformar e

utilizar energia do ambiente:
possibilitam a construção e manutenção das
estruturas celulares, trabalho químico, osmótico e
eléctrico
★ Capacidade de auto-replicação e
perpetuação
Uma bactéria pode originar mil milhões de células
idênticas em apenas 24 horas. Cada nova célula
contém milhares de moléculas que são cópias fieis
das moléculas da célula original
Organismos vivos
★ Capacidade de adaptação ao meio ambiente, através do ajuste
constante da química interna às mudanças impostas
★ Funções definidas para cada um dos seus componentes, com

regulação das interacções entre eles
★ Mudanças impostas causam história evolutiva.

Para sobreviver os organismos mudam as estratégias herdadas, dando origem a
uma grande diversidade de formas, que no entanto partilham antepassados
comuns
Tardigrade
Os únicos animais nativos do planeta Terra
capazes de sobreviver às condições do
espaço extraterrestre, mais de 10 % dos
sobreviventes foram capazes de se
reproduzir com sucesso.
Têm a capacidade de parar com o

metabolismo, tornando-se “imortal”.
https://www.youtube.com/watch?v=1U_FLugbFyE#action=share
Introdução à Bioquímica Método experimental - Um exemplo (citoesqueleto)
Classificação de acordo com fonte de energia e de carbono
Todos os organismos
Fototróficos Quimiotróficos Fonte de energia

(luz) (compostos químicos)
Heterotróficos Fonte de carbono

(compostos orgânicos)
Autotróficos Heterotróficos
(CO2) (compostos orgânicos)
• cianobactérias • bactérias verdes

• plantas
Litotróficos Organotróficos
(compostos inorgânicos) (compostos orgânicos)
• bactérias redutoras de sulfato • maioria dos procariotas
Escherichia coli - quimiorganoheterotrófica
ser humano ??
Introdução à Bioquímica Hierarquia estrutural da organização molecular
Biologia Celular Introdução à Bioquímica

Introdução à Bioquímica As estruturas maiores são construídas a partir de macromoléculas
A química da bio
• Perceber quais os elementos químicos que constituem os

materiais biológicos
• Compreender qual a importância destes elementos (vs a sua

abundância nos sistemas biológicos)
• Quais as macromoléculas resultantes da combinação dos

elementos químicos.
– Proteínas / ENZIMAS
– Ácidos nucleicos
– Lípidos
– Açucares
Elementos essenciais à vida
H" He"
Li" Be" B" C" N" O" F" Ne"
Na" Mg" Al" Si" P" S" Cl" Ar"
K" Ca" Sc" Ti" V" Cr" Mn" Fe" Co" Ni" Cu" Zn" Ga" Ge" As" Se" Br" Kr"
Rb" Sr" Y" Zr" Nb" Mo" Tc" Ru" Rh" Pd" Ag" Cd" In" Sn" Sb" Te" I" Xe"
Cs" Ba" La" Hf" Ta" W" Re" Os" Ir" Pt" Au" Hg" Tl" Pb" Bi" Po" At" Rn"
Fr" Ra" Ac"
Elementos)predominantes)
Oligoelementos)
Elementos)ves2giários)
Essencialidade)discu2da)
Química da Vida Química dos Elementos Leves

Elementos constitutivos dos materiais biológicos
‣ Apenas 11 dos 90 elementos

que ocorrem naturalmente

são predominantes nos
materiais biológicos (p.e.
constituem 99,7% dos
átomos do corpo humano).
‣ Quatro destes 11 elementos

(C, H, O e N) representam
99% do total.
‣ Os restantes sete elementos

(Na, Mg, K, Ca e P)
representam 0,7% do total.
80% H2O
80%$água$
‣ 16 outros elementos são 80% H2O
80%$água$
ainda julgados essenciais
para a vida dos mamíferos
em geral embora estejam
presentes em quantidades
90% H2O
vestigiais. 75% H2O 90%$água$
75%$água$
Elementos constitutivos dos materiais biológicos
Carbono
Hidrogénio
Oxigénio
Azoto
0.7 %
99 % Sódio
Magnésio
Potássio
Cálcio
Fósforo
Enxofre
Cloro
16 elementos
(metais de transição)
vestigiários
essenciais
Fe, Mo, Ni, Cu, Zn, Co
Composição de elementos num corpo humano de 70 kg
Metal quantidade
Ca 1000 g
K 140 g
Na 100 g
Mg 25 g
Fe 4.2 g
Zn 2.3 g
Cu 0.072 g
Sn 0.020 g
V 0.020 g
Cr 0.014 g
Mn 0.012 g
Mo 0.005 g
Co 0.003 g
Ni 0.001 g
Não metais: O 45.5 kg; C 12.6 kg; H 7.0 kg; N 2.1 kg; P 0.7 kg
Comparação de análises elementares
Universo; Terra; Água do Mar e Corpo humano
(em % do número total de átomos)
Universo Terra Água do Mar Corpo Humano

H 91 O 47 H 66 H 63
He 9.1 Si 28 O 33 O 25.5
O 0.057 Al 7.9 Cl 0.38 C 9.5
N 0.042 Fe 4.5 Na 0.28 N 1.4
C 0.021 Ca 3.5 Mg 0.033 Ca 0.31
Si 0.003 Na 2.5 S 0.017 P 0.22
Na 0.003 K 2.5 Ca 0.006 K 0.06
Mg 0.002 Mg 2.2 K 0.006 S 0.06
Fe 0.002 Ti 0.46 C 0.0014 Na 0.03
S 0.001 H 0.22 Br 0.0005 Cl 0.03
C 0.19 Mg 0.01
Porquê estes elementos?
• A química da vida é essencialmente, a química dos elementos leves
(envolvendo metais e não-metais de número atómico normalmente
inferior a 30).
• Os elementos mais abundantes são o hidrogénio e o oxigénio - na
sua maior parte combinados na forma de água.
• O terceiro elemento mais abundante, C. Pouco abundante na Terra e
no Universo. O Si é 146 vezes mais abundante que o C e muito
semelhante a este nas suas propriedades químicas.
H" He"
C e Si pertencem ao mesmo grupo Li" Be" B" C" N" O" F" Ne"
da Tabela Periódica (4ºgrupo), Na" Mg" Al" Si" P" S" Cl" Ar"
ambos têm 4 electrões de valência, K" Ca" Sc" Ti" V" Cr" Mn" Fe" Co" Ni" Cu" Zn" Ga" Ge" As" Se" Br" Kr"
podendo formar 4 ligações. Rb" Sr" Y" Zr" Nb" Mo" Tc" Ru" Rh" Pd" Ag" Cd" In" Sn" Sb" Te" I" Xe"
Cs" Ba" La" Hf" Ta" W" Re" Os" Ir" Pt" Au" Hg" Tl" Pb" Bi" Po" At" Rn"
Fr" Ra" Ac"

Carbono versus silício
Si e C tem uma química semelhante, o Si é 146 vezes mais

abundante que o C.
Porque é que as biomoléculas são constituídas por carbono e não

por silício ???
crosta terrestre
Disponibilidade dos elementos
• CO2 é um gás à temperatura ambiente e pressão atmosférica,

muito solúvel em água.
O=C=O
• SiO2 é um sólido, quartzo é a sua forma mais comum e é

extremamente insolúvel. Devido à grande afinidade entre Si e o
O, SiO2 é uma molécula praticamente inerte.
Energias de ligação
Ligação Energia da
ligação
Kcal/mole
C C 200
C=C 146
Semelhantes
C–C 83
40% mais fraca
C–O 85
C–H 99
Si – Si 52
Si – O 110
Si – H 75
As macromoléculas são compostos de carbono com diferentes
grupos funcionais
As macromoléculas são compostos de carbono com diferentes
grupos funcionais
Estruturas de carbono
Bola de futebol cósmica, C60 - molécula com 60 a 70 átomos de
carbono encontrada no espaço a 6500 anos-luz de distância da Terra.
Science 2010
Estruturas lineares, ramificadas

Richard F. Heck Ei-ichi Negishi Akira Suzuki
Nobel da Química 2010

Investigações na área da síntese orgânica, em concreto no que
respeita a novas formas, mais eficientes, de ligações entre
átomos de carbono, permitindo a construção de moléculas
complexas, úteis no desenvolvimento de novos medicamentos,
assim como na criação de materiais como o plásticos e isolantes.
O Prémio Nobel da Física 2010 foi atribuído aos pesquisadores russos
Andrei Geim e Konstantin Novoselov, da Universidade de Manchester,
Reino Unido, pela descoberta do grafeno.
O grafeno, composto por átomos de carbono densamente agrupados

numa malha cristalina com o formato de favos de mel, é o material mais
forte e ao mesmo tempo mais fino descoberto até o momento. O grafeno
foi utilizado para criação de novos materiais. Os transístores do grafeno
são considerados mais rápidos em relação aos do silício, o que permite
fabricar produtos electrónicos mais eficientes.
a grafite é feita de folhas empilhadas de grafeno

Introdução à Bioquímica Estruturas de sílicio
Componentes das proteínas: aminoácidos
Componentes dos ácidos nucleicos
Componentes dos lípidos
Introdução à Bioquímica Açucares
Alguns grupos funcionais encontrados nas biomoléculas
Metil
Fenil
Etil
Alguns grupos funcionais encontrados nas biomoléculas - oxigénio
carbonil éter
(aldeído)
ester
carbonil
(cetona)
carboxílico
anidrido
(2 ácidos carboxílicos)
hidroxil
(alcool)
Introdução à Bioquímica Alguns grupos funcionais encontrados nas biomoléculas - azoto
Introdução à Bioquímica Alguns grupos funcionais encontrados nas biomoléculas - enxofre
sulfidril
dissulfeto
tioéster
Introdução à Bioquímica Alguns grupos funcionais encontrados nas biomoléculas - fósforo
Fosfato
fosfoanidrido
acil-fosfato
anidrido misto
(ácido carboxílico e
ácido fosfórico)
Introdução à Bioquímica Uma só molécula, vários grupos funcionais
Exercícios
Indique os grupos funcionais nas seguintes moléculas:

1.fenilalanina
2. capsaicina, componente activo das pimentas

Ligações químicas
✦ Ligações covalentes - ligação forte em que os electrões são
compartilhados de forma equitativa entre átomos.
As ligações podem ser simples, duplas ou triplas (nas células as

simples e as duplas são as mais comuns).
C-C 85 kcalmol-1; 1.54 A

✦ Ligações iónicas - interações electrostáticas fracas que
sustentam a ionização em solução aquosa nos sistemas
orgânicos.
Algumas biomóleculas, como ácidos carboxílicos e fosfato são
ionizados a valores de pH entre 6 e 8, e assim podem ser
dissolvidos até altas concentrações no citoplasma das células.
NaCl 1.4 kcalmol-1; 3 A

✦ Ligações hidrogénio - interações

intermoleculares que ocorrem entre um
átomo de hidrogénio de uma molécula e outro

átomo electronegativo de outra molécula (O,
F, N).
H- - - O 1 - 3 kcalmol-1; 2.4 - 3.5 A

Ligações de hidrogénio
✦ Átomos de hidrogénio ligados a átomos de carbono não
participam em pontes de hidrogénio porque o carbono é pouco
mais electronegativo do que o hidrogénio e as ligações C-H são

muito fracamente polares.
✦ As pontes de hidrogénio podem formar-se
• entre moléculas de água
• entre moléculas de água e uma macromolécula
• entre partes diferentes de uma macromolécula
Introdução à Bioquímica Ligações de Hidrogénio
entre duas bases

complementares do
DNA
entre um grupo entre um grupo

hidroxil de um carbonil de uma cetona
álcool e água e água
entre duas cadeias

polipeptídicas
Introdução à Bioquímica Ligações de Hidrogénio
as ligações de hidrogénio são direccionais

Ligações de Hidrogénio
O aminoácido asparagina em solução aquosa tem a

possibilidade de participar em várias pontes de hidrogénio.
estão assinalados os átomos

que formam ligações de
hidrogénio com os átomos
de hidrogénio da H2O.
estão assinalados os átomos

que formam ligações de
hidrogénio com os átomos
de oxigénio da H2O.
✦ Forças de Van Der Waals - interações intermoleculares fracas,

que ocorrem entre moléculas apolares quando estas se

encontram a uma distância menor do 3-4 A.
Desempenham papeis significativos no processo de ligação entre
enzima substracto e entre proteína-ácido nucleico .
0.5 - 1 kcalmol-1; 2.4 - 3.5 A

✦ Interações hidrofóbicas - ligações fracas, que ocorrem quando

moléculas apolares ou regiões apolares de biomoléculas se associam
em ambiente polar.
As interações hidrofóbicas mantêm as regiões apolares de moléculas
diferentes juntas, minimizando as interações com a água.
Moléculas apolares de solutos se aglomeram entre si na presença de
água, não porque tenham primariamente uma alta afinidade uma pela
outra, mas porque a água liga-se fortemente a si mesma.
Existem na estabilização do RNA e nas membranas celulares.
A energia de ligação depende da polaridade do solvente (kJ/mol)

Ligações químicas não covalentes na bioquímica
Introdução à Bioquímica Ligações químicas na bioquímica
✦interação hidrofóbica: entre 2 aminoácidos apolares e alifáticos

(ex:valina)
✦ligação de hidrogénio: entre 2 aminoácidos polares e não carregados
(ex:serina e asparagina)
✦ligação iónica: entre 1 aa carregado negativamente e outro carregado
positivamente (ex: aspartato e lisina)
✦ligação covalente: ponte de dissulfureto entre 2 cisteínas.

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Introdução à Bioquímica

• “Lehninger, Principles of Biochemistry”, David

• “The biological chemistry of the elements“,

– Estudo dos processos químicos que ocorrem em organismos

• Para estudar estas moléculas são utilizadas metodologias de

• Pode dizer-se que é um ramo da ciência que começou no início do

• Não existe prémio Nobel da Bioquímica

Tomas Lindahl - medicina

William Campbell - bioquímico

William C. Campbell Satoshi Ōmura Youyou Tu

Yoshinori Ohsumi especialista em Biologia Celular, professor no

Cancer therapy: releasing the

James P. Allison - medicina

Frances H. Arnold - eng. Química

• Nascer (um rio também nasce!)

• Alimentar-se (um buraco negro “devora” tudo o que existe à volta)

• Aprender (um computador programado para executar tarefas)

• Regenerar-se (uma estrela formada por hélio e hidrogénio pode

• Reprodução (uma mula e o milho híbrido são seres estéreis)

• Morte ( a morte de uma estrela)

★ Elevado grau de complexidade química e

★ Sistemas para extrair, transformar e

★ Funções definidas para cada um dos seus componentes, com

★ Mudanças impostas causam história evolutiva.

Têm a capacidade de parar com o

Fototróficos Quimiotróficos Fonte de energia

Heterotróficos Fonte de carbono

• cianobactérias • bactérias verdes

Biologia Celular Introdução à Bioquímica

• Perceber quais os elementos químicos que constituem os

• Compreender qual a importância destes elementos (vs a sua

• Quais as macromoléculas resultantes da combinação dos

Li" Be" B" C" N" O" F" Ne"

Na" Mg" Al" Si" P" S" Cl" Ar"

Fr" Ra" Ac"

Química da Vida Química dos Elementos Leves

‣ Apenas 11 dos 90 elementos

que ocorrem naturalmente

‣ Quatro destes 11 elementos

‣ Os restantes sete elementos

(em % do número total de átomos)

Universo Terra Água do Mar Corpo Humano

Fr" Ra" Ac"

Si e C tem uma química semelhante, o Si é 146 vezes mais

Porque é que as biomoléculas são constituídas por carbono e não

• CO2 é um gás à temperatura ambiente e pressão atmosférica,

• SiO2 é um sólido, quartzo é a sua forma mais comum e é

Estruturas lineares, ramificadas

Richard F. Heck Ei-ichi Negishi Akira Suzuki

Nobel da Química 2010

Reino Unido, pela descoberta do grafeno.

O grafeno, composto por átomos de carbono densamente agrupados

a grafite é feita de folhas empilhadas de grafeno

Indique os grupos funcionais nas seguintes moléculas:

2. capsaicina, componente activo das pimentas

As ligações podem ser simples, duplas ou triplas (nas células as

C-C 85 kcalmol-1; 1.54 A

NaCl 1.4 kcalmol-1; 3 A

✦ Ligações hidrogénio - interações

átomo de hidrogénio de uma molécula e outro

H- - - O 1 - 3 kcalmol-1; 2.4 - 3.5 A

mais electronegativo do que o hidrogénio e as ligações C-H são