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3- A etapa de purificação remove impurezas que muitas vezes têm propriedades semelhantes
ao produto. As propriedades dos produtos biológicos relevantes num processo de purificação
são a atividade biológica, a labilidade, que inclui parâmetros como pH, temperatura e adição
de solventes, a estabilidade, seletividade, afinidade, peso molecular, solubilidade, tamanho e
carga elétrica. Aplicando-se o método de purificação consoante as propriedades das proteínas
a separar. No caso de separação por tamanhos, determinado peso molecular, existe uma
diferença significativa de tamanhos dos componentes a separar, usando-se uma membrana.
Para componentes com diferentes propriedades iónicas se o pH for superior ao ponto
isoeletrico a proteína fica carregada negativamente. Se o pH for inferior ao ponto isoeletrico a
proteína fica carregada positivamente. Com isto podemos promover a adsorção da proteína a
um material e apos, alterando o pH, recuperar a proteína desse material.
No caso da solubilidade, varia com o pH, a força iónica e o solvente utilizado. Fazendo-se variar
o pH, através da adição de um dado sal. Enquanto o pH for superior ao ponto isoelétrico a
proteína é solúvel. Quando for inferior promove-se a precipitação da proteína.
Relativamente à hidrofobicidade, a redução gradual da concentração de sal quebra as ligações
hidrofóbicas, o que provoca uma eluição gradual das moléculas.