Aula de Bioquímica II

Tema:

Controle da Expressão Gênica

Prof. Dr. Júlio César Borges

Depto. de Química e Física Molecular – DQFM
Instituto de Química de São Carlos – IQSC
Universidade de São Paulo – USP
E-mail: borgesjc@iqsc.usp.br
 Controle da Expressão Gênica
Todas as células de um contêm as mesmas informações depositadas no genoma

O Gene é expresso quando ele é transcrito em mRNA Principal ponto de controle

Circuitos regulatórios guiam o desenvolvimento de eucariotos multicelulares e envolvem
diversos tipos de mecanismos regulatórios

A expressão de uma proteína pode ser:

Constitutiva: Constantemente expressa
Induzida: Expressa quando necessária
 Controle da Expressão Gênica
Processos que afetam a concentração do produto gênico: pontos potenciais de controle

Gene: É um segmento de DNA que leva à produção

de um transcrito de RNA e inclui regiões que
antecedem e que seguem a região transcrita, bem
como sequências que não são traduzidas (íntrons)
que se intercalam aos segmentos codificadores
individuais (éxons), que são traduzidos.
Inclui elementos reguladores, o promotor e
oterminador da transcrição

A iniciação da transcrição (1) é o principal

mecanismo, pelo menos o mais bem
documentado regulação sincronizada

O processamento pós-transcricional (2) e a

estabilidade do mRNA (3) são muito
importantes, principalmente em eucariotos
 Controle da Expressão Gênica

Em procariotos
A identidade da sequência consenso do
promotor dita a “força” da transcrição pela
frequência do recrutamento da RNApol
Existe modulação adicional por proteínas

Esquema geral simplificado do promotor de genes de eucariotos

Existem elementos regulatórios a milhares de bases a upstream do promotor

Região promotora do gene da PEP-

carboxiquinase
Alta complexidade da regulação
deste gene.
Ajuste fino proporcional a
importância do processo
 Controle da Expressão Gênica
As informações para o controle da expressão gênica estão no DNA

Regulação negativa

Dependente de Repressores

- Inibem a expressão gênica por

bloquear o acesso da RNApol ao
promotor

- Dependem da presença do
Efetor (sinal molecular)

Tipo característico em
procariotos

Elementos operador próximos

ao promotor
 Controle da Expressão Gênica
As informações para o controle da expressão gênica estão no DNA

Regulação positiva

Dependente de Ativadores

Induz a expressão Gênica

- Dependem da presença do
Efetor (sinal molecular)

Tipo característico em
eucariotos
 A Expressão Gênica é regulada por proteínas
Proteínas específicas reconhecem sequências específicas de DNA
Possuem domínios de interação com DNA e de interação com outras proteínas
- Normalmente dímeros reconhecer sequências palindrômicas simétricas
o papel dos Sulcos maior (mais específico) e menor (menos específico) no DNA

Alta especificidade
KA das proteínas
regulatórias pelas
sequências-alvo é 4-6
ordens de grandeza
maior do que para
outras sequências

- Sequências específicas de DNA superfície específica

para formação de ligações de H
 Domínios de Ligação ao DNA
-Formam estruturas autônomas separadas do restante da proteína

- Estruturas capazes de interagir estreita e

especificamente com o DNA-alvo
- Relativamente pequenos (60-90 resíduos)
- projetam-se na superfície das proteínas
- Conectadas ao restante da proteína por
regiões flexíveis

O Domínio Hélice-volta-hélice está presente

em muitas proteínas ligadores de DNA

- Apresentam-se como “dímeros” de forma a

reconhecer a sequência palindrômica no DNA

- Forma um eixo de simetria com DNA

 Domínios de Ligação ao DNA
Organização dimérica (exceto o zinc finger)
Reconhecimento por
uma fita beta Zíper de Leucina
Leu
Hélice-alça-hélice

Resíduos básicos
Interação com o Pi

Zinc Fingers

Homeodomínios
 Controle da expressão em Procariotos
Procariotos produzem proteínas relacionadas a processos interdependentes de forma
agrupada
- Mecanismo geral simples para coordenar a regulação de genes inter-relacionados

Sistema óperon: unidade básica de transcrição

- Operador sequência de DNA próximo ao promotor
mRNA policistrônico:
1 promotor 1 mRNA várias proteínas traduzidas
- Cada sequência codificadora tem seu próprio motivo Shine-Dalguarno

- Existem exemplos deste sistema em eucariotos exceção

 Controle da expressão em Procariotos
Procariotos induzem a expressão de enzimas conforme a disponibilidade de fonte de
energia

β-galactosidade é uma importante ferramenta

biotecnológica atua sobre galactosídios alternativos
 Controle da expressão em procariotos
A indução da expressão da β-galactosidase induz a expressão de 2 outras enzimas
- Galactosídeo permease: transporte de lactose pela membrana
- Tiogalactosídeo transacetilase: desintoxicação de outras moléculas transportadas pela
permease
Indução conjunta de enzimas para adaptação a um novo ambiente:
Mecanismo comum de indução.

Modelo do óperon: Explica a regulação paralela de diferentes proteínas

-Formado por:
- um gene regulador: codifica uma proteína repressora
- uma sequência operadora: alvo da proteína repressora
- genes estruturais: produtos da expressão do óperon
 operon Lac
Conjunto de genes envolvidos na regulação e expressão das proteínas envolvidas no
metabolismo de Lactose.

P: sequência promotor
lacI: gene proteína repressora
O: operadores: sítio de ligação da proteína repressora
lacZ: gene da β-galactosidade
lacY: gene da permease
lacA: gene da tio-transacetilase

lacZ, lacY e lacA formam um mRNA policistrônico ou

poligênico
 Proteína repressora Lac
Permanece fortemente ligado à sequência operadora na ausência de Lactose
- KA 1x106 vezes maior pela sequência operadora do que por outra sequência
Impede a transcrição por impedir que a RNApol desenrole o DNA localmente

Estrutura tetramérica

Cada monômero possui um domínio hélice-volta-

hélice que reconhece a sequência operadora
- Ocasiona a formação do loop de DNA
 Proteína repressora Lac
O ligante da Proteína repressora Lac é um produto secundário da β-galactosidase
1,6-alolactose: INDUTOR
- A lactose não interage com a Proteína repressora Lac

α-D-galactopiranosil-(1 4)-D-glicopiranose

Indutores

α-D-galactopiranosil-(1 6)-D-glicopiranose
 Óperon Lac
1) Na ausência de Lactose, não existe 1,6-alolactose e portanto a Proteína repressora Lac
permanece ligada à sequência operadora impedindo a transcrição do DNA

2) Na presença de Lactose, parte desta é convertida a 1,6-alolactose que se liga à Proteína

Repressora Lac e reduz a afinidade desta pela sequência operadora. Com a saída da
Proteína repressora Lac da sequência operadora os genes estruturais podem ser transcritos
na forma de um mRNA policistrônico ou poligênico
Mesmo na ausência de lactose, existe transcrição basal dos genes estruturais

Repressor lacI ligado ao

lacI operador bloqueia a lacI lac mRNA (policistrônico)
mRNA transcrição dos genes mRNA
lacZ, lacY e lacA

Permease

β-galactosidase
Transacetilase
 Controle da Expressão Gênica em procariotos
Comutação de reguladores
Ativação da expressão gênica por AMPc
AMPc (coativador) indução conjunta de enzimas catabólicas

[Glicose] alta [AMPc]

baixa e lactose ausente

[Glicose] baixa [AMPc]

alto e lactose ausente

AMPc liga-se à cAMP [Glicose] alta [AMPc]

receptor Protein – CRP baixo e lactose presente
Ativação fraca
CRP liga-se ao operador do
operon Lac a -51 do Promotor
e “recruta” a RNApol [Glicose] baixa [AMPc]
Atuam em vários óperons alto e lactose presente
Ativação forte
Regulons: rede de
óperons com reguladores Efeito coordenado entre
comuns repressor/ativador
 Controle da Expressão Gênica em procariotos
Em procariotos, muitos óperons funcionam de forma análoga ao óperon Lac

Ex: óperon Pur

Controla o metabolismo de Purinas

A proteína Repressor Pur liga-se à sequência operadora na presença de um ligante:

co-repressor

O genoma de E. coli contêm mais de 20

sequências operadora para a proteína
repressora Pur
Regulon
Permite a regulação paralela de todos
os passos metabólicos da síntese de
purinas
 Controle da Expressão Gênica em procariotos
A estratégia dos atenuadores
- Comum nos óperons para síntese aminoácidos
Atenuação do óperon trp
- Ocorre na síntese do mRNA
O óperon trp controla a síntese de - Formação de grampos de mRNA auto complementares
Triptofano
Altos níveis de Trp reprime o óperon
- Ligação do Trp a proteína repressora induz
ligação ao operador

Se a [Trp] ↑ síntese rápido do peptídeo líder

Formação alça 3-4 fim da transcrição

Se a [Trp] ↓ síntese lenta do peptídeo líder

Formação alça 2-3 transcrição continua
 Controle da Expressão Gênica em procariotos
Outros mecanismos, inclui-se a autoindução em biofilmes: quorum sensing

Feedback de tradução de óperons de Controle da tradução

proteínas ribossomais Resposta estringente
- Visa regular a concentração das - Depende da disponibilidade de aminoácidos
proteínas ribossomais e rRNA
- Ausência de aminoácidos
- Recrutamento do fator estringente
- Síntese de ppGpp
- Inibição da RNApol
A proteína ribossomal inibe a
tradução de seu próprio mRNA
A medida que o respectivo
rRNA é sintetizado, a proteína
ribossomal dissocia-se de seu
mRNA e liga ao rRNA
- Maior afinidade pelo rRNA
 Controle da Expressão Gênica em procariotos
Papel de pequenos RNAs sRNA
Alguns mRNAs bacterianos são regulados por sRNA em cis ou em trans

trans: outro sRNA

regula a tradução de
um dado mRNA
Função dependente da
proteína Hfq facilita
formação de duplex
Indução RNA-RNA

cis: parte do próprio

mRNA regula a própria
tradução
- Riboswitches: Aptâmeros
naturais de RNA
dependentes de ligantes
- Ligantes identificados:
TPP, cobalamina, FMN, Lys,
Gly, purinas e adoMet (S-
adenosilmetionina).

Repressão
Mecanismo de
splicing em
eucariotos
 Controle da Expressão Gênica em procariotos
Controle por recombinação
Recombinação regula a expressão de diferentes proteínas do flagelo (FljB e FliC) a cada
1000 gerações
Mecanismo de escape do sistema imune

Sistema óperon
- Recombinase Hin inverte posição do promotor (e gene para a hin) para a FljB
- Sem expressão da proteína repressora FljA expressão da FliC
 Controle da Expressão Gênica em Eucariotos
O tamanho do genoma
Diversidade Celular
- Impõem mais complexidade para atingir especificidade.
Transcrição e tradução NÃO são processos acoplados.
Os genes de uma mesma via não estão organizados em óperons.
- Existem somente algumas exceções
Transcrição basal não observada transcrição está inativa para a maioria dos genes
- Regulação positiva requer Ativadores sempre
- Regulação negativa necessitaria de grande número de repressores presentes na célula
em quantidade há poucos exemplos em eucariotos

Papeis dos ativadores ou fatores de transcrição

1) Montagem do complexo de transcrição basal com os TFII
2) Outras proteínas regulatórias específicas se unem a este complexo basal
- Ligam-se à sequências “Enhancer” - Potenciadores
São proteínas modulares e multiméricas
– Domínio de Ligação ao DNA e Domínio Ativador
 Remodelamento da Cromatina
O DNA de eucariotos se apresenta ligado à proteínas formando os Nucleossomos
- As regiões do DNA que estão sendo transcritas estão menos compactadas
- Heterocromatina fortemente condensada: não disponível para transcrição
- Eucromatina Parcialmente disponível para a transcrição
A regulação negativa em eucariotos seria redundante com os nucleossomos
 Remodelamento da Cromatina
A acetilação das histonas contribuem para a ativação da transcrição
- Histonas acetilases (HAT) acetilam a Lys da cauda N-Terminal das Histonas
1) Reduz a afinidade da Histona pelo DNA afrouxa o nucleossoma
2) Recrutamento de outros componentes da maquinaria de transcrição
3) Iniciação da remodelagem da cromatina

Reversão executada
por
Histonas
desacetilases

repressão da
transcrição por
compactação da
cromatina
 Remodelamento da Cromatina
Em levedura, os genes necessários para o metabolismo de galactose são ativados pela
proteína GAL4.
- Reconhece a sequência: 5’-CGG(N)11CCG-3’ 4.000 pontos no DNA de levedura
- Somente 10 deles são identificados pela GAL4 99,75% estão bloqueados

Regiões do DNA que estão mais ou menos compactadas são

tecidos específicas

Existem proteínas remodeladoras do DNA tecido específicas

que regulam os conjuntos de genes que deverão ser
transcritos e os que devem ser “silenciados”.

O DNA é metilado por Metilases específicas no C5 da C

- 70% das 5’-CG-3’ estão metiladas
- A metila projeta-se para o sulco maior bloqueando interações
- As 5’-CG-3’ próximas ao 5’ dos genes ativos são
hipometiladas
 Controle da Expressão Gênica em Eucariotos
As informações para o controle da expressão gênica estão no DNA

Envolve interação, direta ou indireta, de

ativadores/repressores e a RNApol em eucariotos

Requerimento de:
- elementos potenciadores (enhancers) a longa
distância do promotor

- Regulador de arquitetura para dobrar o DNA

(alças ou looping)

- Coativador aumenta a taxa de

recrutamento/ativação da RNApol

Repressor pode atuar bloqueando a ação do

coativador

Controle combinatório
- Depende do subconjunto de proteínas produzidas
naquele tipo celular
- Heteroligômeros e heterocomplexos
 Controle da Expressão Gênica em Eucariotos
Controle combinatório
Dependendo do conjunto de proteínas diferentes efeitos
Número reduzido de proteínas reguladoras maior especificidade
reconhecem sequências assimétricas
Ex: 2 famílias de reguladores com 3 membros cada
Formam Homodímeros e heterodímeros 36 possíveis combinações
 Acentuadores ou potenciadores
- sequências específicas “acima” do promotor que funcionam como pontos de ligação
específicos para proteínas ativadoras ou repressoras.
- Podem estar a milhares de pares de base à 5’ do promotor
- Dependem da presença das proteínas ligadoras específicas
- Podem ajudar a expor o DNA para RNApol II
- Podem ajudar a montagem do complexo basal de
transcrição
Acentuador da creatina
quinase regulando a expressão
da β-galactosidade
 Regulação gênica em eucariotos
Requer ação combinada de diversos agentes
UAS: upstream activator sequences: Sequências ativadoras a montante
Pode ser a jusante também
Reguladores da arquitetura: proteínas HMG
Remodelamento da cromatina
Coativadores: Ativadores ou repressores interação com o Mediador
Fatores basais de transcrição
 Regulação gênica positiva em eucariotos
Coreografia da ativação da transcrição
Eventos em cascata variável para diferentes genes
Processo dependente de moléculas efetoras e reversível
 Expressão gênica regulada por hormônios
Receptores Nucleares
Os receptores para hormônios estereoidais atuam induzindo a transcrição
- Proteínas modulares domínio de ligação ao DNA e domínio de ligação ao hormônio
Ex: Estrogênio e testosterona

~ 50 membros no genoma humano

Atuam como dímeros reconhecem

elementos simétricos

Agonistas

Antagonistas
 Expressão gênica regulada por hormônios
Receptores Nucleares
Os Receptores de hormônios nucleares regulam a transcrição por recrutar Co-ativatores ou
mediadores para o complexo de transcrição
 Expressão gênica regulada por hormônios
Ação hormônios esteroides, tireoidianos e retinoide
- Livre transito pela membrana plasmática
Presença de sequências HRE: elementos de resposta hormonal específicos
 Regulação por repressão da Tradução
Transcrição e tradução são processos desacoplados edição do mRNA e transporte para o
citoplasma
Envolve o armazenamento de mRNAs inativos no citoplasma
1) Fatores de iniciação da tradução são sujeitos a fosforilação inibe
2) Proteínas repressoras ligam-se à região 3’ não traduzida (3’UTR - untranslated region)
- Bloqueia a iniciação da tradução
3) Sítio de ação da regulação gênica regulada por RNA
 Silenciamento gênico
O papel do microRNA – miRNA 60% dos genes humanos
Produção transitória chamados como pequenos RNAs temporais (stRNA)
Eucariotos superiores (nematódeos, mosca, plantas e mamíferos)
Fazem parte de noncoding RNA (ncRNA) incluem snRNA, tRNA, rRNA, snoRNA
- Mamíferos codificam mais ncRNA do que mRNA

- O miRNA interage com o mRNA na 3’UTR

degradação ou inibição da tradução
- Controla o desenvolvimento do organismo
- Controle de infecções virais em plantas

Possuem ~70 nt auto-complementares duplex

RNA-RNA grampos
Clivagem pela endonuclease DICER ou DROSHA
Interação do fragmento com o mRNA alvo em
duplex RNA-RNA inibição da tradução ou
degradação

- Base da técnica de RNA de interferência (siRNA)

- Aplicação no controle de infecções virais