4.3 Estrutura protica 4.3.

1 A sequncia de aminocidos determina a estrutura da protena A considerada sequncia primria dos polipeptdeos1, nada mais do que a sequncia linear de aminocidos que a compe, entra a diversas molculas diferentes existentes variam o nmeros de aminocidos, a ordem e a proporo em relao a cada tipo diferente de aminocido. 4.3.2 A estrutura secundria so padres conformacionais que se repetem Primeiramente, denominamos esqueleto do polipeptdeo a sequncia repetidas (nitrognio amino-terminal carbono alfa carbono carboxi-terminal) e linear de tomos. Tal estrutura apresenta aspectos importantes e caractersticos principalmenta devido as ligaes peptdicas (ligaes entre o nitrognio amino-terminal e carbono carboxiterminal), que tem estrutura rgida, o que significa a rotao dos grupos atmicos associados fica comprometida (considera-se tambm ao se mencionar a ausncia parcial ou total de rotao no eixo de ligao o impedimento estrico gerado pela cadeia lateral dos resduos de aminocidos prximos). A cada eixo de ligao no esqueleto do polipeptdico atribumos uma letra do alfabeto grego (questo pratica de nomenclatura) e atravs da descrio dos ngulos de cada eixo se pode conhecer parcialmente a conformao do polipeptdeo. So trs eixos no total, que se repetem ao longo da cadeia, formando os ngulos de toro: 1) (Fi), envolve a sequencia de atomos carbono carboxi-terminal nitrognio amino-termnal carbono alfa carbono carboxi-terminal, apresentando rotao na ligao nitrogenio amino-terminal carbono alfa; 2) (Phi), envolve a sequncia de tomos nitrognio amino-termnal carbono alfa carbono carboxi-terminal nitrogenio amino-termnal, apresentando rotao na ligao carbono alfa carbono carboxi-terminal; 3) (omega), eixo da ligao peptdica entre os tomos nitrognio amino-terminal e carbono carboxi-terminal, apresenta rotao limitada. A estrutura secundria descrita ento a partir de padres conformacionais que o esqueleto do polipeptdeos assume. Tais estruturas podem ser perfeitamente descritas quando se conhece os ngulos , , .

Usaremos o termo polipeptdeo para nos referir tambm as protenas, justo que protenas apenas um termo para denominar polipeptdeos num determinado contexto.

4.3.3 Principais estruturas secundrias Dois padres de estrutura secundria so normalmente encontrados em protenas, so eles alfa-hlice e folha-beta. Alfa-hlice: assume formato helicoidal no espao, o esqueleto do polipeptdeo enrola-se em torno de um eixo imaginrio, as cadeias laterais dos resduos encontram-se projetadas para o exterior. Geralmente uma volta da hlice tem 3,6 resduos, estende-se longitudinalmente por 5,4 e os ngulos de toro assumem tipicamente os seguintes valores: = -57 e = -47, a variao desses valores geram tores no eixo da hlice. A orientao da rotao da hlice pode ser tanto para a direita quanto para a esquerda, porm aquelas orientadas para a direita so mais comuns em protenas. Estrutursa alfa-hlice, apresentam um momento dipolo, resultante da soma das cargas dos grupos amino-terminais protonados e dos grupos carboxi-terminais desprotonados, por consequncia, geralmente uma alfa-hlice tem um resduo negativamente carregado na extremidade onde se encontra o grupo amino livre, ou um resduo positivamente carregado na extremidade onde se encontra o grupo carboxlico livre (esta situao menos comum, pois menos eficiente. Prefere-se estabilizar a carga positiva do grupo amino para proteger a estrutura de ligantes negativos, tais como grupos fosfato). A estabilidade de uma alfa-hlice principalmente mantida por pontes de hidrognio, interaes inicas e interaes hidrofbicas que ocorrem entre as cadeia laterais de resduos prximos. Folha-beta: so estruturas mais estendidas, os esqueletos dos peptdeos apresentam-se numa conformao denominada cadeia beta (esqueleto estendido com padro de ziguezague), quando mais de uma cadeia beta encontra-se conectada lateralmente por pontes de hidrognio h a estrutura que chamamos de folha-beta. So no mnimo dois ou trs peptdeos (cadeias beta), de 3 a 10 aminocidos que podem estar dispostos de forma paralela ou antiparalela (O padro das pontes de hidrognio, por consequncia, diferente tambm). As cadeias laterais dos resduos adjacentes se projetam para lados opostos, formando um padro alternado. Folhas-beta podem apresentar toro, sendo esta limitada por aspectos estricos, devido s cadeias laterais dos resduos. Voltas (ou alas): como uma definio geral so estruturas secundrias, porm no se caracterizam com formas alfa ou beta, geralmente a poro onde a cadeia inverte

sua direo, apresentando uma toro de 180, internamente existem pontes de hidrognio estabilizando a estrutura. H descritos na literatura as seguintes estruturas: 1) volta (alfa) (-turn): os resduos terminais encontram-se separados por 4 ligaes peptdicas. 2) volta (beta) (-turn): os resduos terminais encontram-se separados por 3 ligaes peptdicas ( a forma mais comum). 3) volta (gama) (-turn): os resduos terminais encontram-se separados por 2 ligaes peptdicas. 4) volta (omega) (-turn): os resduos terminais encontram-se separados por 1 ligao peptdica. 5) volta (pi) (-turn): os resduos terminais encontram-se separados por 5 ligaes peptdicas. As voltas podem ainda ser caracterizadas por seus ngulos de toro (, ), sendo deste modo, possvel identificar voltas inversas (ou invertidas), ao se identificar valores inversos para os ngulos em relao a um padro estabelecido. As alas, chamadas alas (Omega) (-loop) so estruturas de mais comprimento, sem organizao determinada e no apresentam pontes de hidrognio internamente. As folhas-beta apresentam motivos estruturais, tambm chamados de estrutura supersecundria, nada mais do que um padro de dobramento identificvel, que na geometria molecular considera-se estar entre a estrutura secundria e a estrutura terciria. So os principais exemplos: 1) Grampo beta (hairpin beta): duas cadeias beta, dispostas antiparalelamente e ligadas por uma volta (constituda geralmente por 2 a 5 resduos, freqentemente seqncias de glicnia e prolina). 2) Chave grega (Greek key): so cadeias beta dispostas lateralmente sendo as que se apresentam antiparalelamente ligadas por voltas (estas podem ser longas ou mais curtas). 3) Padro (ou motivo) beta-alfa-beta: so cadeias beta e hlices alfa alternadas (-, respectivamente), que permitem a formao de um folha beta, sendo as cadeias ligadas por voltas geralmente longas ou de tamanho mdio.

4) Motivo meandro beta (beta-mearnder): composto por duas ou mais cadeias beta antiparalelas ligadas por voltas (semelhantes as do motivo hairpin, as vezes chamadas de voltas tipo grampo, hairpin loop). 5) Volta psi () (Psi-loop ou -loop): so duas cadeias beta antiparalelas ligadas por uma volta, com uma cadeia beta no meio destas, as trs estando conectadas por ponte de hidrognio. Alm desses exemplos existem outros j descritos, porem so menos comuns. De acordo com a presena de estruturas beta ou alfa as protenas so classificadas como: todas alfa, alfa/beta (estruturas alfa e beta alternadas ao longo do esqueleto polipeptdico), alfa+beta (segmentos alfa e beta separados ao longo da molecula) e todas beta. Protenas todas beta podem formar estruturas com padres reconhecveis, por exemplo: 1) Barril beta: estrutura grande, onde cadeias beta formam uma estrutura fechada, a primeira cadeia beta ligada a ltima por ponte de hidrognio, as cadeias intermediarias so unidas por voltas. As cadeias so dispostas de forma antiparalela. Estas estruturas so freqentemente encontradas em porinas. 2) Hlice beta: formada pela associao de cadeias beta paralelas num padro helicoidal com duas ou trs faces. estabilizada por pontes de hidrognio, interaes inicas e hidrofbicas. So identificadas hlices orientadas tanto para a direita como para a esquerda. 3) Propulsor beta: Caracterstico por conter de 4 a 8 folhas beta dispostas paralelamente em torno de um eixo. Cada folha apresenta quatro cadeias beta antiparalelas. Alm desses exemplos existem outros j descritos, porem so menos comuns. 4.3.4 Estrutura terciria A estrutura terciria envolve o arranjo tridimensional de todos os tomos de uma protena. A estabilidade das estruturas tercirias estabelecida por interaes hidrofbicas, interaes inicas e interaes de van der Waals (fora de Keeson, entre dois dipolos permanentes; fora de Debye, entre um dipolo permanente e um dipolo induzido; e fora de London, entre dois dipolos induzidos). A estrutura primria da protena o que de fato determina sua estrutura terciria, contudo o meio onde se encontra o polipeptdeo exerce influencia no processo de dobramento (ou enovelamento) do mesmo.

Agentes qumicos (podem impedir a formao das ligaes e das interaes corretas), pH e temperatura so exemplos de fatores do meio que poder interferir no dobramento correto do polipeptdeo. Outro fator a ser considerado, principalmente para protenas globulares, o papel da gua no enovelamento protico, as molculas de gua formam uma espcie de caixa em torno da protena, interagindo com os resduos hidroflicos e repelindo aqueles que so hidrofbicos, forando-os para o interior da estrutura. A arquitetura protica esta intimamente relacionada a sua funo biolgica da molcula, seja esta qual for (as diferentes funes proticas sero discutidas posteriormente), ento desde j saibamos que protenas apresentam domnios estruturais (ou domnios), estruturas auto-estabilizveis e que geralmente se dobram independentemente do resto do polipeptdeos, podem no ser exclusivos a uma protena (podendo aparecer em outras protenas diferentes), geralmente protenas mais complexas apresentam mais de um domnio e outras menores apenas um (a prpria protena). 4.3.5 Estrutura quaternria A estrutura quaternria de uma protena refere-se ao arranjo de duas ou mais cadeias polipeptdicas associadas. A partir desta associao cada cadeia chamada ento de subunidade. Existem desde dmeros simples at grandes complexos proticos, a seguir a devida nomenclatura: a) Multmeros: protenas de mltiplas subunidades, destro desta classificao temos os dmeros, trmeros, tetrmeros, pentmeros etc., sendo que a partir de quatro subunidades alguns autores preferem se referir a um oligmero de n unidades. Associaes com mais de oito subunidades (octmeros), so mais raros, mas existem. Na literatura encontra-se tambm o termo complexo protico, preferivelmente usado quando se trata de associaes polipeptdicas mais complexas. b) Protmero: subunidade que se repete, geralmente confere a protena simetria. 4.3.6 Desnaturao e renaturao Desnaturao considerada a perda suficiente da estrutura nativa para que haja perda tambm da funo (a protena desnaturada no est necessariamente totalmente desdobrada). A desnaturao pode ser causada por vrios fatores:

a) Calor: quando a temperatura sobe lentamente, geralmente a molcula permanece intacta at que se atinja uma faixa especifica de temperatura, onde ocorre uma mudana abrupta na conformao (desnaturao). Em temperaturas muito baixa as protenas tambm podem perder suas funes, neste caso dizemos que esta encontra-se inativa, como exemplo, temos as enzimas. b) pH: altera a carga liquida da molcula, gerando repulso eletrosttica e a quebra de pontes de hidrognio. c) Agentes qumicos: solventes orgnicos, como lcoois, teres, cetonas etc., solutos como uria, hidrocloreto de guanidina, detergentes e outros exemplos podem desestabilizar as ligaes que mantm a conformao da protena estvel. O processo de renaturao ento, aquele pelo qual a protena assume novamente sua forma nativa. A renaturao espontnea (ocorre aps se restabelecer as condies idias para a protena) possvel, mas apenas ocorre com algumas protenas, como exemplo, a ribonuclease A. Algumas protenas tm, o as vezes chamado, dobramento assistida, nem toda protena se dobra espontaneamente, do mesmo modo que no assumem a conformao nativa aps sofrer desnaturao, sendo assim, necessitam da assistncia de outras molculas, as chamadas chaperonas moleculares, que interagem com os polipeptdeos parcialmente ou incorretamente dobrados, promovendo o dobramento correto da protena ou a renaturao da mesma. As chaperoninas, uma das principais classes de chaperonas que auxiliam no processo de dobramento das protenas. 4.3.7 Amiloides (ou fibras amiloides) e prions Amiloides ou fibras amiloides so, basicamente, agregados proticos fibrosos. Surgem a partir de pelo menos dezoito verses de protenas presentes naturalmente no corpo (conhecidas e descritas) com dobramento errado, de modo que tais compostos interagem entre si ou com outros presentes ao redor, formando fibras insolveis. J so associados cerca de vinte patologias humanas. O acumulo de fibras amiloides gera as chamadas amiloidoses. Entre as doenas que podem apresentar amiloides esto Mal de Alzheimer, Doenas de Huntington, Mal de Parkinson entre outros exemplos. Alguns mecanismos fisiopatolgicos ainda no so perfeitamente entendidos e descritos.

Prions

so

considerados

agentes

infecciosos

(devido

caracterstica

transmissvel), constitudos por protenas dobradas erroneamente. So responsveis pela encefalopatia espongiforme transmissvel em vrios mamfera (nos bovinos conhecida como doena da vaca louca). Todas as doenas prionicas conhecidas afetam o sistema nervoso (encfalo ou outras estruturas nervosas), eles causam a formao de fibras amieloides, na regio extracelular, geralmente no sitema nervoso central, rompendo o tecido normal. Os aspectos resultantes so buracos no tecido. As encefalopatias espongiformes transmissveis no apresentam tratamento e so fatais, o perodo de incubao da doena relativamente longo, mas uma vez que se desenvolvem os sintomas a patologia avana e mata rapidamente. Exemplo nos humanos a chamada Sndrome de GerstmannStrussler-Scheinker (GSS), estatisticamente atingem principalmente pessoas entre 30 e 60 anos, com mdia de 5 anos de vida aps o inicio dos sintomas, so diagnosticados dois casos em cada cem milhes de pessoas.