CARACTERIZAÇÃO INICIAL E

SIMETRIA

1
 Caracterização Inicial dos
Cristais de Proteína
• Determinação dos Parâmetros de Rede
• Grupo espacial
• Conteúdo da unidade assimétrica ||
Conteúdo de solvente (número de Matthews
e % solvente)
• Máxima resolução
• Simetria local (não-cristalográfica)
2
 Determinação dos Parâmetros
de Rede
• Identificar os eixos principais
– Menores espaçamentos recíprocos
– Simetria
• Identificar parâmetros e ângulos diretos
• Calcular parâmetros recíprocos

3
 Determinação do Grupo
Espacial
• Sistema cristalino
• Rede de Bravais
• Extinções sistemáticas
• Grupo espacial
• Consequência: simetria no espaço recíproco

4
 Simetria
• Veremos:
– Elementos de simetria
• Eixos de rotação: 2, 3, 4, 6
• Eixos de roto-translacao: 21, 31, 32, 41, 42, 43, 61, 62, 63, 64, 65
• Centro de simetria
• Plano de reflexão
• Planos de reflexão com deslizamento Não presentes em
– Sistemas Cristalinos cristais
– Rede de Bravais de proteínas
– Grupos Espaciais
– Simetria no espaço recíproco
• Lei de Friedel
• Grupos de Laue
– Extinções sistemáticas

5
 A simetria
A simetria pode ser definida como um propriedade pela qual um objeto mantém-se invariante
sob algumas transformações no espaço de variáveis que o descreve.

Transformações que mantém inalteradas as distâncias e o valor absoluto dos ângulos de um

objeto são chamadas isométricas. Qualquer operação isométrica pode ser reduzida a
combinações de translações, rotações e roto-inversões.
Operações de rotação e roto-inversão deixam pelo menos um ponto do espaço invariante.
Estas operações são chamadas operações de ponto fixo. Operações que possuem
componentes translacionais deslocam todos os pontos do espaço, não existindo portanto,
6
pontos especiais fixos.
Operações de Ponto Fixo
As operações de ponto fixo podem ser divididas em dois grupos: operações próprias, aqueles
que não trocam a quiralidade do objeto e impróprias, aqueles que trocam a quiralidade do
objeto.
plano m (imprópria)

eixo 3 (própria)

L-Tyr D-Tyr

plano m (imprópria)

7
Na natureza existem somente os L-aminoácidos! (há exceções, contudo ...)
As rotações
Todas as rotações são operações próprias; para simetria de um cristal as únicas permitidas são
com θ igual a:
60, 90, 120, 180 e 360. (360/n, onde n=1,2,3,4,6 - ordem de eixo).

Eixo de ordem 5 não é compatível com definição da rede.

(mas pode existir como simetria não cristalográfica, NCS)
8
• 28) Quais são as operações de rotação
permitidas cristalograficamente?

9
10
Operações impróprias: centro de inversão e plano espelho

11
 Exemplos "animados" de
operações de simetria
• E:\abc\symmetry\move.htm
• E:\abc\symmetry\symop1.htm
• E:\abc\symmetry\symop2.htm
• E:\abc\symmetry\restr2.htm
• E:\abc\symmetry\summary.htm
• E:\abc\symmetry\restr3.htm (não tem em
proteínas)
12
13
14
15
16
17
Operacao Propria / Impropria Ponto fixo/Ponto nao
fixo
Rotacao P PF

Plano de reflexao I PF
(espelho)
Inversao I PF

Roto-translacao P PNF

Roto-inversao I PF

Espelho com I PNF

deslizamento

18
19
 Redes cristalinas
Uma rede pode ser definida como um conjunto infinito de pontos no
espaço, todos com a mesma vizinhança. A rede é construída com base na
propriedade de invariância translacional através do vetor
  
Tn  n1a1  n2 a2  n3 a3
onde ni são números inteiros (por exemplo, chamados h k l) e os ai,
chamados parâmetros de rede, formam o sistema de referência
     
p.e.; a1  a , a2  b , a1  c
Definimos a célula unitária como um paralelepípedo formado pelos
vetores ai , compreendendo o volume
  
a1  (a2  a3 )
que, deslocado por vetores de translação T, preenche todo espaço.

20
• 29) Quais são as únicas e suficientes
operações de simetria que uma cela unitária
precisa para reconstruir o cristal?

21
Se o paralelepípedo contiver somente um ponto da rede ele será
chamado de célula unitária primitiva, caso contrário ele será chamado
de célula unitária não primitiva.

Parametros de cela:
Vetores a, b e c
Angulos α β γ

Exemplo bidimensional
P: primitiva
NP: não primitiva
22
Os sete sistemas
cristalinos

23
• 30) Quais são os sete sistemas cristalinos e
quais as respectivas restrições nos
parâmetros de rede (cela)?

• 31) Qual o sistema cristalino de maior

simetria? Qual o de menor simetria?

24
 As 14 redes de Bravais
As redes de Bravais podem ser construídas com base nos sistemas cristalinos,
adicionando a cada um destes pontos especiais de centragem.

1. Rede de Corpo Centrado (I).

O ponto de centragem deve ser colocado pelo vetor (a1+a2+a3)/2; ou seja, no centro
da célula unitária. Esta célula conterá dois pontos da rede nas posições (0,0,0) e
(1/2,1/2,1/2).
2.Rede de Faces Centradas (F)
Nesta rede, três pontos são adicionados à célula primitiva, cada um deles ocupando o
centro de uma face. Então a célula unitária conterá quatro pontos da rede nas
posições (0,0,0), (1/2,0,1/2), (1/2,1/2,0) e (0,1/2,1/2).
3. Rede de Face Centrada (A,B ou C)
A célula unitária contém dois pontos da rede:
a centrada do tipo A possui pontos em (0,0,0) e (0, 1/2,1/2); a centrada do tipo B possui
pontos em (0,0,0) e (1/2, 0, 1/2); a centrada tipo C possui pontos em (0,0,0) e
(1/2,1/2,0).
4. Rede Romboédrica (R)
Uma célula unitária trigonal pode ser centrada de uma maneira especial dando origem à
célula romboédrica. Existem duas possibilidades de centragem: pontos em
(2/3,1/3,1/3) e pontos em (1/3,2/3,1/3). A rede romboédrica pode ser descrita em
relação aos eixos romboédricos, resultando em uma célula unitária contendo um ponto
da rede, ou pode ser descrita em relação aos eixos hexagonais, resultando numa 25
célula
contendo três pontos da rede.
As 14 redes de Bravais

E:\abc\l
attices\l
attice.h
tm

26
27
• 32) Quantas e quais são as redes de
Bravais?

28
 Grupos de espaço (espaciais) para proteínas
Os grupos de espaço para proteínas são obtidos combinando-
se as operações de simetria de ponto fixo com as simetrias
translacionais, como eixos helicoidais, gerando 65 grupos de
espaço que são enantiomorfos (quirais) (considerando os
demais, no total existem 230 grupos espaciais)

29
• 33) O que são grupos espaciais
enantiomorfos?
• 34) A que tipo de grupos espaciais cristais
de proteínas estão restritos? Por quê?
• 34a) Quais são os elementos de simetria que
não podem estar presentes em grupos
espaciais de proteínas? Por quê?
• 35) Qual o número total de grupos
espaciais?
• 36) Quais sao os elementos de simetria
rotacionais mínimos que devem existir, de
cada sistema cristalino?
30
Tabelas Internacionais de Cristalografia

31
 Símbolo Schoenflies Símbolo do grupo Nome do sistema
pontual cristalino
Símbolo
Reduzido
do grupo
de espaço Os diagramas
Número do dos grupos de
grupo espaço têm
como
finalidade
mostrar a
orientação e a
localização
relativas dos
elementos de
simetria bem
como ilustrar o
conjunto de
pontos
simetricamente
equivalentes.

32
Origem
Todos os grupos centrosimétricos são descritos com a origem no centro de
inversão. Para grupos do espaço não centrosimétricos a origem é escolhida no
ponto do sítio de simetria mais alta. Em alguns grupos a origem é colocada
sobre um ponto simetricamente circundado por três eixos helicoidais.
Unidade Assimétrica
É a menor fração da célula
unitária sobre a qual
aplicando-se todas as
operações de simetria do
grupo (incluindo
translacional) ,
preenchemos a totalidade
de espaço.

Operações de simetria
Os operações de simetria bem como suas direções de atuação são descritas.
33
 Tabela Internacional de Cristalografia
Simetria do sítio.
1 significa
posição geral,
outros -
posições
especiais.
Posição geral
pode ser
transformada
sobre si mesma
somente
aplicando a
operação de
identidade 1.

Condições de reflexões:
-Condições de existência de reflexões no padrão de
difração.
-Serve para analisar ausências sistemáticas. 34
35
36
 Este
não para
proteínas!
Por quê?

37
não para
proteínas!

38
37) O que é unidade assimétrica? Pode ela ser maior
que a cela unitária?
38) Em que casos a unidade assimétrica é igual à cela
unitária?
39) Por que em cristalografia de proteínas refinamos
(modelamos) o conteúdo de uma unidade
assimétrica?
40) Pode existir alguma simetria local em uma
unidade assimétrica?
39
41) Exercício:
• - Encontre na IT o grupo espacial número 96 (P43212)
• Qual a unidade assimétrica deste grupo espacial?
• Qual o número de unidades assimétricas por cela
unitária neste grupo espacial?
• Se uma unidade assimétrica de um cristal nesse grupo
espacial contiver 2 moléculas, qual o número de
moléculas na cela unitária? Qual o número de
moléculas no cristal?
• Quais são as extinções sistemáticas neste grupo
espacial? Exemplifique uma reflexão deste caso.
• Qual o sistema cristalino deste grupo espacial?
• Qual a rede de Bravais deste grupo espacial?

40
• BLOCK

41
42
43
44
45
Bibliografia

Blundell, T.L. and Johnson, L.N. “Protein Crystallography”, Academic Press,

London, 1976.
Drenth, J. “Principles of protein X-ray crystallography” Springer-Verlag, NY,
1994.
Giacovazzo, C. et al., “Fundamentals of Crystallography” IUCr, Oxford
University Press, 1995.
Stout, G.H. and Jensen, L.H. “X-ray structure determination. A practical guide”
John Wiley and Sons, NY, 1989.
James, R.W. “The optical principles of the diffraction of X-rays” Cornell
University Press, 1965.
Carter, C.W. & Sweet, R.M., Eds. “Macromolecular crystallography” in Methods
in Enzymology, Vol. 368 (C), 374 (D).
Rossmann, M.G. & Arnold, A., Eds. “Crystallography of Biological Molecules” in
“International Tables for Crystallography”, Vol. F. Kluwer Academic
Publishers, 2001
“International Tables for Crystallography” Vol. A, Kluwer Academic Publishers,
Dodrecht, 1992.

46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
Operações de Ponto Fixo

As rotações são operações de ponto fixo que giram um objeto por um ângulo θ em torno de um
eixo qualquer. Num caso particular, a matriz R que descreve uma rotação em torno de um eixo
perpendicular ao plano do papel, por um ângulo θ, levando o ponto P a P’, é dada por:

cos  - sen 0 
R   sen cos  0 
 0 0 1

61
62
63
64