Introduo microbiologia ambiental

Introduo A microbiologia ambiental a interface entre as cincias ambientais e a ecologia microbiana. Estuda os microrganismos e suas funes na conduo de processos nos sistemas naturais e prioriza os efeitos provocados pela presena e atividade desses no meio ambiente. A diretriz principal da vida microbiana sua sobrevivncia, manuteno, gerao de ATP e crescimento. A grande diversidade de habitats fez com que os microrganismos estivessem sob diferentes presses seletivas o que resultou na seleo de grande variedade metablica, fisiolgica e molecular. Impacto dos microrganismos no ambiente Os microrganismos so agentes primrios das mudanas geoqumicas. Algumas caractersticas que possibilitam essa atuao ampla no ambiente so sua distribuio ubqua devido grande diversidade metablica e fisiolgica, o fato de serem pequenos e possurem grande rea superficial e as altas taxas de atividade metablica e de crescimento. Os microrganismos so elementos chave na ciclagem e liberao dos nutrientes e na manuteno da composio qumica do solo, gua, sedimentos e atmosfera. Alm disso, so importantes na detoxificao de poluentes orgnicos e inorgnicos, sendo a base de muitas tecnologias emergentes com aplicao ambiental e industrial. Biogeografia o estudo da distribuio da diversidade no tempo e no espao. Destina-se a revelar onde os organismos vivem, sua abundancia e o porque, ou seja, revela a diversidade e a atividade desses. Populao microbiana Os ecossistemas so formados pelas comunidades biolgicas e pelos componentes abiticos. Cada ecossistema apresenta uma diversidade de microrganismos distribudos em duas categorias: 1 Autctones ou indgenas, que so os microrganismos residentes e naturais daquele ambiente.

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2- Alctones ou no indgenas, que so os microrganismos transitrios. O ecossistema pode ser ocupado por microrganismos especializados metabolicamente e que so restritos a um ambiente distinto. Nicho ecolgico O nicho corresponde ao papel funcional do microrganismo na comunidade e suas caractersticas de adaptao s condies ambientais. Cada espcie apresenta requerimentos nutricionais particulares, propriedades cinticas e potenciais bioqumicos. As caractersticas do microrganismo so determinantes da habilidade ou no de realizar uma funo particular no ambiente.

Ecologia o estudo da estrutura e da funo do ecossistema. A estrutura a composio da comunidade biolgica, a quantidade e a distribuio dos componentes abiticos e a faixa gradiente das condies ambientais. J a funo envolve processos relacionados com o fluxo de energia, a ciclagem de nutrientes e a regulao mtua dos organismos no ambiente. Densidade populacional Corresponde ao nmero de indivduos por rea. Pode ser modificada por fatores abiticos, como modificaes fsico-qumicas no meio, por fatores biticos, especialmente por relaes ecolgicas como a competio, e pelas taxas de migrao, mortalidade e natalidade.

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Biofilmes So sistemas microbianos organizados, que consistem em camadas de clulas microbianas que se desenvolvem sobre superfcies slidas. A complexidade de um biofilme dependente dos recursos energticos disponveis. Os biofilmes possibilitam a criao de microambientes e nichos na ausncia de um ambiente fsico estruturado e propiciam melhor condio de sobrevivncia nos ambientes naturais. Protegem contra flutuaes de pH, radiao ultravioleta, concentrao de sais, desidratao, predadores, fagocitose, biocidas e antimicrobianos. Aumentam a possibilidade de trocas de material gentico entre seus componentes e facilitam o estabelecimento de microconsrcios, possibilitando a utilizao de substratos de difcil degradao. Tambm aumentam a quantidade de nutrientes disponveis, atravs da deposio e concentrao desses na matriz polimrica. A formao dos biofilmes (Fig.1) acontece da seguinte forma: 1- Formao de filme condicionado adsoro de substancias orgnicas a uma superfcie slida e colonizao inicial por um nico tipo bacteriano. 2- Associao transiente do microrganismo com a superfcie ou com outros microrganismos. Produo de EPS (protenas, carboidratos e polissacardeos) e biosurfactantes. Apndices externos, como adesinas e pilus tipo III, facilitam a associao. 3- Associao estvel adeso firme dos microrganismos superfcie. Reduo da motilidade desses atravs da inibio do gene da flagelina. Sntese de exopolissacardeos e desenvolvimento de camadas compostas por diferentes microrganismos. 4- Maturao formao e estruturao de microcolnias. Formao de poros intersticiais e canais. Sntese de mais exopolissacardeos. Ocorrem interaes metablicas e genticas entre os microrganismos. Fig 1: Etapas da formao do biofilme: a) Colonizao inicial por um nico tipo bacteriano. b) Desenvolvimento de camadas de diferentes microrganismos. c) Biofilme maduro com agregado de clulas, poros intersticiais e canais.

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Os biofilmes podem ter as seguintes formas de disperso. 1- Expansiva ocorre a liberao de clulas do interior das colnias aps a morte celular, a degradao da matriz por liases ou a restaurao da motilidade dos microrganismos. 2- Fragmentao por foras mecnicas. 3- Migrao superficial. A formao do biofilme afetada pelas caractersticas da superfcie, pela cobertura polimrica da gua, pela presena de materiais particulados, pela qualidade e concentrao de nutrientes do meio circundante e pelas caractersticas da bactria e do fluido, se houver. Lei do mnimo de Liebig A biomassa total de um organismo determinada pelo nutriente presente no meio em menor concentrao em relao a seus requerimentos. Em um dado ecossistema sempre haver algum fator nutricional limitante. Lei da tolerncia de Shelford A ocorrncia e abundancia de um microrganismo em um ambiente depende no somente dos nutrientes disponveis, mas tambm dos fatores qumicos e fsicos. O microrganismo apresenta um conjunto complexo de condies, dentro de uma faixa de tolerncia. Se qualquer condio exceder os limites mnimo ou mximo, o organismo falha e morre. Para todo fator abitico existe uma faixa de crescimento, com valores cardeais mnimo, timo e mximo. Determinantes ambientais 1- Qumicos nutrientes, minerais, composio atmosfrica, pH, fatores de crescimento, fontes de carbono e energia, potencial de eletro-reduo. 2- Fsicos radiao, presso, salinidade, temperatura, atividade de gua, superfcie. 3- Biolgicas relaes espaciais, gentica do microrganismo e relaes ecolgicas. Temperatura Afeta a taxa de crescimento por afetar a taxa das reaes qumicas. A elevao da temperatura, at certos limites, leva ao aumento do crescimento e das atividades metablicas at um ponto, a partir do qual as reaes de inativao comeam a atuar.

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Os microrganismos so classificados de acordo com a faixa de temperatura em que sobrevivem e crescem em (Grfico 1): 1- Psicrfilos crescem em temperaturas baixas, na faixa de 0oC a 200C, com temperatura tima em torno de 15oC. No toleram o calor e so encontrados em ambientes constantemente frios, tais como as regies polares. 2- Psicrotolerantes capazes de crescer a 0 oC, mas com crescimento timo na faixa de 20 oC a 40 oC. So um problema na conservao de alimentos, sendo comumente encontrados em alimentos estragados. 3- Mesfilos com temperaturas medianas como timas de crescimento (25 oC a 40 oC). So encontradas em animais de sangue quente e em ambientes terrestre e aquticos de latitudes tropicais. 4- Termfilos com crescimento timo em temperaturas superiores a 45oC. So encontrados em ambientes quentes. Geralmente produzem esporos resistentes ao calor que sobrevivem inclusive aos tratamentos trmicos a que so submetidos os alimentos enlatados. Importantes tambm em acmulos de compostos orgnicos cuja temperatura pode ser bastante alta. 5- Hipertermfilos - crescimento timo em temperaturas superiores a 80oC. encontrados em fontes termais, giseres e fendas hidrotermais.

Grfico 1: Faixa de temperatura de crescimento de microrganismos psicrfilos, psicrotolerantes, mesfilos, termfilos e hipertermfilos.

Estresse a baixas temperaturas: - Desestabilizao da bicamada lipdica da membrana. - Despolimerizao do citoesqueleto. - Citoplasma viscoso devido ao aumento da concentrao de soluto, o que interfere na difuso. - Mudana de pH, muitas vezes levando desnaturao de protenas. - Desidratao em decorrncia da sada de gua das clulas devido a formao de cristais de gelo no meio extracelular.

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Como adaptaes ao frio os microrganismos psicrfilos possuem: - Enzimas que atuam otimamente no frio. - Maior quantidade de estruturas secundrias em hlice e menos estruturas em folha . - Mais aminocidos polares e menos aminocidos hidrofbicos, tornando assim as protenas mais flexveis. - Mais cidos graxos insaturados, com encurtamento das cadeias e menor nmero de ramificaes, o que possibilita a manuteno da fluidez da membrana plasmtica. Estresse a altas temperaturas: - Desnaturao de protenas. - Alterao no dobramento das protenas, afetando suas funes. - Maior perda de gua. Como adaptaes ao calor os microrganismos termfilos possuem: - Presena de aminocidos pouco usuais. - Acmulo de solutos que estabilizam protenas. - Protenas ligadas ao DNA, maior nmero de ligaes citosina-guanina e superenovelamento positivo, que impedem a fuso do DNA. - Acmulo de sal, impedindo a sada de gua da clula. - Formao de esporos, que so estruturas resistentes, temporariamente inativos, mas viveis. - Aumento de cidos graxos saturados e ramificados na membrana plasmtica. Radiao 1No ionizante: Possuem maior comprimento de onda e baixo poder de penetrao. So excitadores de eltrons e agem no DNA, levando formao de dmeros de timina. Ex: radiao ultravioleta (UV). Pode ser reparada por foto reativao, onde, por intermdio da enzima fotoliase e da luz 360nm, os dmeros de timina so retirados. O reparo tambm pode acontecer por reativao no escuro, onde o fragmento de DNA contendo os dmeros de timina retirado, na ausncia de luz.

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Para se proteger da radiao ultravioleta os microrganismos podem migrar para longe da radiao, produzir pigmentos absorventes ou crescerem em materiais que absorvem a luz ou em biofilmes. 2Ionizante: Possuem menor comprimento de onda e maior penetrao. uma radiao eletromagntica com energia suficiente para produzir ons e outras espcies moleculares reativas a partir de molculas com as quais a incide. Produz eltrons, H+ e OH-, que so capazes de degradar e alterar biopolmeros e DNA. Ex: radiao x e . Para se proteger muitos microrganismos formam endsporos.

Luz visvel A quantidade de luz em um dado ambiente depende de barreiras que impedem a penetrao da luz. A intensidade da luz decresce com o quadrado da distncia at a fonte e com o espalhamento e absoro. Alguns microrganismos exibem comportamento fotottico e podem se mover em direo ou para longe de uma fonte de luz. Um exemplo de fototaxia so as vesculas de gs presentes nas cianobactrias, que as permite ter uma movimentao vertical ao longo de uma coluna d'gua, posicionando-se no local mais favorvel captao de luz para a realizao da fotossntese. Presso hidrosttica Os microrganismos so classificados de acordo com a faixa de presso hidrosttica em que crescem em: 1- Sensveis crescem bem a 1 atm. 2- Barotolerantes resistem a presses bastante altas. 3- Baroflicos Precisam de grande presso para crescer bem. Morrem a 1 atm. Presso osmtica Fora com a qual a gua se move atravs da membrana plasmtica, de uma soluo hipotnica para uma soluo hipertnica. Pode causar desidratao, lise ou plasmlise. Salinidade a soma da concentrao de todos os constituintes inicos dissolvidos na gua. A alta concentrao de sal afeta a presso osmtica, desnatura protenas e desidrata a clula. De acordo com a salinidade os microrganismos podem ser classificados em (Grfico 2):

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1- No haloflicos no necessitam de sal para crescer e no toleram sua presena no meio. 2- Halotolerantes no necessitam de sal para crescer, mas suportam certa quantidade no meio. O crescimento timo ocorre na ausncia do sal. 3- Halfilos- requerem certa quantidade de sal para crescer. Podem ser discretos ou moderados, necessitando de baixa concentrao de sal no meio, ou extremo, necessitando de altssima concentrao de sal para crescer. O sistema de transporte de membrana dependente de sdio em bactrias marinhas um exemplo de adaptao salinidade.

Grfico 2: Faixa de salinidade de crescimento de microrganismos no haloflicos, halotolerantes, halfilos moderados e halfilos extremos.

Disponibilidade de gua A gua essencial para a atividade e crescimento dos microrganismos. Processos fisiolgicos requerem gua para movimentao, trocas gasosas, trocas de soluto, excreo de resduos, obteno de nutrientes e outras funes. A atividade de gua (Aa ou aw) o parmetro que mede a disponibilidade de gua para o microrganismo. Representa a gua que est livre para agir como solvente ou participar de reaes qumicas. a gua no ligada a macromolculas por foras fsicas. A atividade de gua corresponde presso de vapor da soluo dividida pela presso de vapor da gua pura. A atividade de gua reduzida aumenta a fase lag do crescimento, inibe a produo de toxinas por alguns microrganismos e altera a permeabilidade da membrana celular, levando perda de molculas essenciais. Fatores que interferem nos efeitos da atividade de gua: - Temperatura e pH quanto mais prximo temperatura tima de crescimento, maior a faixa de atividade de gua em que o crescimento microbiano possvel.

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- Nutrientes a disponibilidade amplia a faixa de atividade de gua onde o crescimento microbiano possvel. Microrganismos que crescem em baixas atividades de gua bombeiam ons inorgnicos para o interior da clula ou sintetizam solutos orgnicos (chamados de solutos compatveis). A quantidade mxima de solutos compatveis acumulados corresponde a uma caracterstica geneticamente determinada. Adaptaes aos perodos de dessecao: - Formao de esporos. - Formao de polissacardeos extracelulares (cpsula, camada mucosa com trehalose). - Sntese de acares que formam uma fase de cristal no cristalino que se liga a protenas, impedindo sua desnaturao. - A trehalose forma ligaes de hidrognio com lipdeos, substituindo a molcula de gua e mantendo o estado fluido da membrana. Adaptaes grande quantidade de gua: - Parede celular rgida para evitar a lise em bactrias. - Vacolos contrteis em protozorios para bombear o excesso de gua para fora da clula. - Excreo de gua atravs de aquaporinas em algumas bactrias. pH Assim como na temperatura, cada organismo possui uma faixa de pH onde seu crescimento possvel, exibindo no entanto um pH timo definido. Esse pH timo corresponde ao pH do meio externo, sendo que o pH intracelular deve permanecer prximo a neutralidade, o que possvel devido a impermeabilidade da membrana plasmtica aos ons. Alguns procariotos que vivem em pH extremo parecem manter a neutralidade interna bombeando prtons para fora da clula. A maioria dos ambientes tem o pH entre 5 e 9 e os organismos mais comuns so os que crescem nessa faixa, conhecidos como neutrfilos. Os organismos acidfilos crescem em pH menor que 5. Os fungos tendem a ser mais tolerantes acidez, mas algumas bactrias tambm so acidfilas. Os microrganismos alcaliflicos crescem em valores elevados de pH. Valores de pH fora da faixa de crescimento tolerada pelos microrganismos pode levar desnaturao de protenas, alteraes na fluidez da membrana plasmtica, a dissociao e solubilizao de

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molculas e solubilidade de gs carbnico. Tambm afeta a fora prton motora e a mobilidade de metais pesados. Potencial de oxi-reduo Mede a tendncia de um composto doar ou receber eltrons. uma escala til para medida de anaerobiose. O oxignio molecular um poderoso agente oxidante. Ambientes com potenciais de oxireduo positivos favorecem a oxidao e permitem o crescimento de microrganismos aerbios. Em contrapartida, ambientes com potenciais de oxi-reduo negativos favorecem a reduo e permitem o crescimento de microrganismos anaerbios. Os microrganismos aerbios facultativos sobrevivem a uma ampla faixa de potencial de oxi-reduo. A medida que o oxignio vai sendo reduzido, vo sendo formadas molculas altamente reativas, como o nion superxido e o perxido de hidrognio. Os microrganismos que crescem na presena de oxignio sintetizam enzimas que transformam as molculas reativas em molculas inertes como a gua e o oxignio. Microgranismos extremfilos Prosperam ou requerem condies extremas que excedem as condies timas para o crescimento e reproduo da maioria dos microrganismos. Sobrevivem em um leque de ambientes diferentes e utilizam uma gama de diferentes fontes de carbono e energia. Possuem estratgias para reter gua e manter suas membranas, protenas e cidos nuclicos funcionais. Literatura sugerida
MADIGAN, Michael T.; MARTNKO, John M.; PARKER, Jack. Microbiologia de Brock. 12 ed. Editora: Artmed. So Paulo. 2010.

PELCZAR, Michael Joseph; CHAN, E.C.S; KRIEG, Noel R. Microbiologia: conceitos e aplicaes. 2.ed. So Paulo: Makron Books. JERMY, Andrew. Environmental microbiology: You are what you eat. Nature Reviews Microbiology, ---, n. , p.387, 1 jun. 2010

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