Organização e

evolução do
genoma
 Temos conhecimento da composição
química da molécula de DNA e sua
estrutura...
E sabemos como esse DNA está
organizado dentro das células...
Nesta aula analisaremos
detalhes das sequencias de
bases do DNA...
e alguns aspectos da evolução
da molécula...
Comparativos...
 1as questões...

O que é genoma?
 1as questões...

Todo DNA contem genes?

Organizãção do Genoma
eucariótico
GENOMA
Genoma eucariótico
humano
 Questões para refletir...

Onde deve existir maior quantidade de

DNA, em células procarióticas ou
eucarióticas?
Onde deve existir maior quantidade de
DNA, em células de plantas ou animais?
Onde deve existir maior quantidade de
DNA, em células de animais
invertebrados ou vertebrados?
Analise:

Espécie Nome Popular Valor C (kbases)

Escherichia coli 4.000

Drosophila melanogaster drosófila (mosca-das-frutas) 180.000

Paramecium aurelia paramécio 190.000

Homo sapiens homem 3.400.000

Paramecium caudatum paramécio 8.600.000

Ophioglossum petiolatum samambaia 160.000.000

Amoeba proteus ameba 670.000.000

Valor C

 Valor C é medido em picogramas (pg; ou seja

10-¹², 1 grama dividida por 1.000.000.000.000 -
um trilhão) e representa a massa de DNA em um
núcleo haplóide.

 Um pg de DNA = 912Mb : 912 milhões de pares

de nucleotídeos.
 Dentro de um mesmo grupo a
quantidade de DNA pode variar muito
 E não existe relação entre
quantidade de DNA e complexidade
do organismo (paradoxo do valor C)
Nem todo o DNA é codificante nos
eucariotos

Porcentagem do genoma que

codifica proteína

Escherichia coli (bactéria) ~100

Saccharomyces cerevisae (fungo) 69
Caenorhabditis elegans (nematóide) 25
Drosophila melanogaster 33
Homo sapiens 9 – 27
Titurus cristatus (anfíbio) 1,5 – 4,5
Protopterus aethiopicus (peixe-pulmonado) 0,4 – 1,2

Arabidopsis thaliana (planta) 31

Fritillaria assyriaca (planta) 0,02
 Num mesmo grupo a
quantidade de DNA varia mas a
quantidade de genes não.
Milho e arroz são duas gramíneas
Milho: 2.500.000 kbases
Arroz: 430.000 kbases

Milho e trigo apresentam

aproximadamente o mesmo número de
genes
Existe relação entre quantidade de
genes e complexidade do organismo
Organismo Nome genes estimados

Xilela fastidiosa Bactéria fitopatogênica (clorose 2.904 genes

variegada dos citros)
Chromobacterium violaceum Bactéria de interesse médico 4.500 genes
(combate ao Mal de Chagas)
e ambiental (produção de
plástico biodegradável)
Leishmania Patógeno humano e animal 5 a 8 mil
Crinipellis perniciosa Fungo causador da vassoura-de 7 a 8 mil genes
bruxa dos cacauais
Saccharum officinalis,S. Cana de açúcar ~50.000 genes
spontaneum
Homo sapiens Homem ~100.000 genes
De onde vem então a
diferença a quantidade de
DNA?
De onde vem então a diferença
a quantidade de DNA?
DNA não codificante
Varia muito entre os
indivíduos e entre as
espécies

DNA codificante (genes)

Não varia ou varia pouco
DNA codificante são os
genes

Mas o que é mesmo

um gene?

?
DNA codificante são os
genes

Mas o que é mesmo

um gene?

 -Unidade de informação genética contida num

segmento de DNA. O produto final pode ser uma
proteína ou um transcrito (ex. tRNA)
Variações nas regiões
codificantes:
Nem todo o segmento de
DNA do gene é traduzido

Os introns são
transcritos mas
são retirados
do RNA
mensageiro
(splicing)
splicing
Os genes podem estar duplicados no
genoma
 Organização gênica em Tripanosoma cruzi
Classe Exemplos

Gene em cópia única, cromossomo gp 72, DNA

um único loco topoisomerase II

Genes duplicados, cromossomo Ggapdh, aldolase

um único loco

Genes multicópias em cromossomo ubiquinona, rRNA,

tandem, um único loco SLHistona, hsp70

Genes multicópias em cromossomo a cisteína-

tandem, em ≠cromossomos cromossomo b proteínases
Como um gene duplica?

 Crossing-over desigual
Duplicação e diversificação
de genes

A A

A A´

A B
Duplicação e diversificação
de genes e diversificação
de espécies

 Genes ortólogos e parálogos?

 Duplicação de genes pode
criar famílias gênicas
 As unidade alfa e beta da
hemoglobina são encontradas em
várias cópias que transcrevem em
fases diferentes do
desenvolvimento
Variações nas regiões
codificantes:
Introns: numero tamanhos
Genes duplicados
Poliploidia
 E o DNA que não codifica?

DNA repetitivo
Em tandem
Ex: DNA telomérico
Dispersos
Podem ser originados por
transposição de elementos
genéticos móveis (transposons) ou
translocação cromossômica
Centrômeros e teloômeros
Promotores
Pseudogenes
 E o DNA que não codifica?
 Tem sequencias de DNA que não
codificam mas tem função importante
no genoma
Telômeros
Centrômeros
Promotores
Seqüências teloméricas

 Tetrahymena 5‘ TTGGGG 3‘
 Caenoharbditis 5 'TTAGGC 3‘
 Trypanosoma 5' TTAGGG 3‘
 Bombyx 5' TTAGG 3‘
 Dictyostelium 5‘ AG(1-8) 3
 Vertebrados 5' TTAGGG 3‘
 Saccharomyces 5' T(1-6)GTG(2-3) 3‘
 Arabidopsis 5' TTTAGGG 3‘
 Neurospora 5' TTAGGG 3‘
 Fonte: Hartl & Jones, 1998
Segmentos de DNA sem função
conhecida
DNA repetitivo

Segmentos de DNA sem função

conhecida
Pseudogenes
 DNA repetitivo

• UM EXEMPLO:

A G G C T A G G C T A G G C T A G G C T A G G C T

T C C G A T C C G A T C C G A T C C G A T C C G A
 Tipos de DNA em genomas eucariotos (em função
do grau de repetição das sequências nucleotídicas)

 Cópia única(ou número de cópias muito reduzido)50 -60% do

DNA de mamífero. Categoria à qual pertence a maioria dos
genes que codificam para proteínas.

 Moderadamente repetitivo(100 –10.000 cópias de cada

sequência)
~25 -40% do DNA de mamífero. Inclui repetições em cadeia (DNA
tandem) e repetições dispersas ou intercaladas no genoma.
Ex. genes que codificam para as histonas e para os rRNAs.

 Altamente repetitivo (> 10.000 cópias de cada sequência) 5 -15%

do DNA de mamífero. Inclui repetições em cadeia (tandem) -
microssatélites
Existe DNA repetitivo que
codifica
 Exemplos:
 genes de RNA ribossômico
Genes das histonas
 Pseudogenes
 São genes duplicados que perderam sua função
por mutações com efeito neutro no indivíduo
devido à redundância.
Podem ser identificados por apresentarem
promotores (não funcionais) e, às vezes, introns.
Na maioria das vezes são adjacentes ao gene
original.
Genoma eucariótico
humano
 Características do Genoma
Mitocôndria
1981 – Sequenciamento do genoma
mitocondrial humano.

16.569 nucleotídeos.
2 rRNAs
22 tRNAs
13 mRNAs

No mínimo 90 genes nucleares.

 Características do Genoma
Mitocôndria
Ricketsia

http://www.ufpe.br
Características do Genoma
Mitocôndria – Presença de íntrons
 Presentes em genes de mitocôndrias de
fungos e vegetais.

 São removidos por splicing do DNA.

 Os íntrons são capazes de realizar seu

próprio splicing com intermédio de uma
catálise RNA-dependente e proteínas
nucleares.

 Elementos de transposição?
Características do Genoma
Mitocôndria – Presença de íntrons

Leveduras Mesmos genes

com íntrons.

Herdado de um
Aspergillus ancestral comum.

Splicing regulado
para auxiliar a
Neurospora expressão gênica.
 Características do Genoma
Cloroplasto

 Plantas superiores: 70.000 a 200.000 pb.

Características do Genoma
Cloroplasto - Nicotiana
tabacum
 Características do Genoma
Cloroplasto
 Apresentam forma linear, composta por múltiplas cópias do
genoma, ligadas pelas extremidades
 Em vegetais superiores: 120 genes.

 4 principais processos:
 Transcrição;
 Tradução;
 Fotossíntese;
 Biossíntese de AA, pigmentos e ácidos graxos.

 40 proteínas com função desconhecida.

 Em algas: 80 genes com função desconhecida.
 Herança
Mitocôndria / Cloroplasto
Herança materna.
Tradução
Genoma Mitocondrial
Evolução molecular
 O que já sabemos?
A evolução está relacionada com as alterações
que ocorrem no DNA
As mutações envolvem
Substituições de base
Adições e deleções de bases
As substituições de base podem ser:
Transições
Transversões
As substituições de base podem ser:
Sinônimas (silenciosas)
Não sinônimas
Os eventos mutacionais ocorrem:
 Em sequencias codificantes
 Em sequencias não codificantes
Os eventos mutacionais ocorrem:
 preferencialmente em “pontos quentes”
 Algumas vezes de modo mais casual
Os eventos mutacionais pode ser:
 Neutras
 Benéficas
 Deletérias
O que mais precisamos
saber?
De que modo as mutações se
acumulam nos organismos ao
longo do processo evolutivo?
 Todos os tipos de mutação ocorrem com
mesma probabilidade?
 As mutações ocorrem com mesma
probabilidade em qualquer lugar?
 Se acumulam numa taxa constante de
tempo?
 O quanto o papel adaptativo da mutação
implica na evolução molecular
O que mais precisamos
saber?
Como as mutações que se
acumulam pode nos ajudar na
reconstrução do processo
evolutivo?
Filogenia molecular
Todos os tipos de mutação
ocorrem com mesma
probabilidade?
 As transições são mais comuns que as
transversões
 Para a filogenia, as transições às vezes são
ignoradas, porque deixam de ser
informativas, devido à alta saturação.
 No entanto, se se compara grupos próximos
as transições são consideradas com pesos
menores que as transversões.
As mutações ocorrem com
mesma probabilidade em
qualquer lugar?
As substituições são mais comuns
na 3ª posição dos códons
 Como o código genético é degenerado,
nem sempre as mudanças na 3ª posição
alteram o aminoácido
 A pressão seletiva nas regiões codificadoras
é maior no nível das sequencias de
aminoácidos.
 Com, isso nessa posição existe uma maior
saturação de substituições.
 Para a filogenia, a 3ª posição pode ser
ignorada ou atribuir-se pesos diferentes.
Mutações e degeneração
do código genético
As mutações ocorrem com mesma
probabilidade em qualquer lugar?
As substituições sinônimas são mais comuns
que as não sinônimas
7

4 sinônima
3 não sinônima

0
proteína GH α globina Histona H4 relaxina
ribossômica
S17
As mutações ocorrem com mesma
probabilidade em qualquer lugar?
 Mutações nas seqüências não codificantes são mais comuns
que nas codificantes
 Mutações em sequencias não codificantes (introns e
pseudogenes, por exemplo), em geral, não acarretam alteração
de função
• Implicação na
filogenia molecular:
Atribuição de pesos
(opcional)
As mutações ocorrem com mesma
probabilidade em qualquer lugar?
 DNAmt vs DNA nuclear

 o DNA mitocondrial tem uma taxa de evolução 5 a 10 vezes

maior que o DNA nuclear, sobretudo na região controle
(responsável pela regulação da replicação e da transcrição
de todo o mtDNA). Na replicação esta região forma uma
alça, denominada D-Loop.


As mutações ocorrem com mesma
probabilidade em qualquer lugar?
 DNAmt vs DNA nuclear

 A grande variação desta região é devida a vários fatores:

 i) o mtDNA é muito sensível ao dano oxidativo causado

principalmente por um grande número de radicais livres
proporcionado um ambiente favorável a mutação do DNA.
 ii) o mtDNA não possui histonas, que exerce um papel protetor no
DNA nuclear;
 iii) a mtDNA polimerase possui uma pobre atividade reparadora se
comparada a polimerase nuclear.
 iv) a reparação do DNA dependente de excisão de nucleotídeos
não está presente em mitocôndrias.
 v) a típica estrutura D-Loop, onde há formação momentânea de fitas
simples pode influenciar o padrão de mutação pontual já que a taxa
de depurinação de DNA fita-simples é quatro vezes maior que a do
DNA fita-dupla.
As mutações se acumulam
numa taxa constante de
tempo?
 Diferentes genes apresentam diferentes taxas de
mutação
O quanto o papel adaptativo da
mutação implica na evolução
molecular?
 As mutações deletérias são eliminadas por
seleção
 As mutações neutras são muito mais comuns
que as adaptativas (Neutralismo – Kimura, 1968)
Alelo vantajoso:
resistência a herbicida
Mutações neutras:
tipos sanguíneos