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Aula 2.

Biologia Molecular: Transcrição gênica

Replicação: É a produção infinitas réplicas de um DNA a partir de uma única dupla-hélice. Ocorre porque antes da célula
se dividir, ela tem que ter uma cópia fiel do seu material genético para suas células filhas.
Replicação semiconservativa: síntese de duas moléculas-filhas de DNA na qual a fita original da molécula-
mãe, que foi utilizada como molde, é mantida.
Replicon: É a unidade de DNA na qual ocorre o evento individual de replicação. Cada replicon é ativado uma
vez em cada ciclo celular e é definido por possuir os elementos de controle necessários à replicação.
● origem de replicação, onde será iniciada (ricos em timina e adenina,
que são mais fáceis de se quebrar). É aqui que a helicase se liga.
● região terminal, onde a replicação termina.
Procarioto: O genoma dos procariotos constitui um único replicon, responsável pela replicação de todo
DNA cromossômico. (as bactérias podem conter plasmídios com um replicon separado).
Eucarioto: Em contrapartida, os cromossomos de eucariotos apresentam muitos replicons, ou seja, a
replicação é iniciada simultaneamente em diferentes regiões do DNA.
Quando o DNA está se replicando, aparece na região a ser replicada um olho (bolha de replicação) dentro do DNA não
replicado.

Quando é circular, a presença de um olho é semelhante à θ. O ponto no qual cada replicação ocorre é chamado
forquilha de replicação, que se move sequencialmente ao longo do DNA, a partir do seu ponto de origem. Pode ser uni ou
bidirecional (maioria).

O Maquinário De Replicação
DNA Helicase: separa as fitas de DNA utilizando a hidrólise de ATP como energia.
DNA Primase: promove a síntese de um iniciador, ou seja, um nucleotídeo anterior que oferece uma OH livre para que
haja a ligação fosfodiéster, já que a DNA polimerase não consegue iniciar o processo sozinha.
DNA polimerase III (holoenzima):responsável pela replicação em procariotos (replicase).
⏺A orientação é sempre do sentido 5’→ 3’, adicionando um nucleotídeo a partir da OH livre
na posição 3’, de acordo com a lei de complementaridade de bases.
⏺Isso se dá através de um ataque da hidroxila 3’ sobre o grupamento fosfato presente no
nucleotídeo (dNTP) precursor, liberando um pirofosfato, formando uma ligação fosfodiéster do
DNA. São dependentes de cofatores como íons Mg+² que auxilia na adição dos ribonucleotídeos.
Polimerase I: adiciona os dNTP.
Considerando a molécula dupla-hélice girando e sendo aberta pela helicase, a tendência é que fique superespiralado, é
onde entram as topoisomerases
Topoisomerases: alivia a tensão causada pela abertura das bolhas de replicação.
SSB: se liga ao DNA simples fita, impedindo que a dupla fita seja novamente formada.
DNA ligase: liga os nucleotídeos fragmentados

Fitas Contínuas E Descontínuas


Já que o DNA possui uma estrutura antiparalela, uma das fitas é no sentido 5’- 3’ e a outra é no sentido 3’- 5’ (que não é lido
pela DNA pol). A fita de DNA que é sintetizada de forma contínua recebe o nome de fita líder, enquanto a fita que é
sintetizada de forma descontínua recebe o nome de fita tardia.
Fita líder: procede o sentido 5’ - 3’. Na fita líder, a primase atua uma única vez.
Fita tardia: um segmento é sintetizado na direção reversa (relativo à forquilha de replicação) e uma série desses
fragmentos (fragmentos de Okazaki) será sintetizada, cada um deles na orientação 5’ - 3’. A primase atua em
cada um dos fragmentos de Okazaki que serão sintetizados
• Fita descontínua
A pol III se liga à fita e conforme o DNA é replicado, a primase sintetiza um primer e é deslocada, possibilitando a
ligação da garra β, permitindo a síntese de um fragmento de Okazaki. Quando a síntese de um fragmento de Okazaki é
concluída pela colisão com o fragmento adjacente, o primer usado pelo fragmento anterior, é removido pela pol I que preenche
o segmento com dNTPs. Os fragmentos são unidos pela ligase.

Alongamento
As forquilhas foram formadas e a helicase permanece ligada às duas fitas; promove a abertura na orientação 5’ - 3’,
enquanto a proteína SSB recobre o DNA fita simples. A primase, será atraída para a forquilha através de uma interação
proteína-proteína com a helicase. A primase irá sintetizar uma molécula pequena de RNA, que servirá de iniciador para a
síntese do DNA. A polimerase III coloca um dímero β em torno do primer, formando a garra; após, a polimerase se liga e é
posicionado na extremidade 3’ do RNA de modo que a síntese pode ser iniciada.

Término
A região terminal da replicação do DNA está localizada do lado oposto à origem de replicação. Uma proteína se liga ao
sítio de término (TER) e essa ligação impede a passagem da helicase e, consequentemente, a replicação.

Transcrição: É um mecanismo semelhante à replicação do DNA, com algumas diferenças:


⏺somente uma das fitas do DNA é utilizada como molde;

⏺não existe a necessidade de primer;

⏺o primeiro nucleotídeo é incorporado na forma de


trifosfato, e os demais na forma de monofosfato.
A transcrição também é no sentido 5’- 3’e a molécula será idêntica à fita molde, exceto para a presença de Uracila no
lugar da Timina. Para que a síntese ocorra na orientação 5’ - 3’, a fita molde deverá ser a fita 3’ - 5’.
Transcrição em procariotos: Um segmento do DNA que será transcrito para produzir uma molécula de RNA é chamado
unidade transcricional. Em procariotos, uma única enzima sintetiza todos os RNAs. As duas fitas podem ser usadas como
molde por genes diferente, mas é importante ser usada uma única fita por gene para que não haja RNAs complementares, pois
formaria uma dupla fita e ativaria a via de RNA de interferência, inibindo a tradução do gene.

RNA polimerase: A enzima que catalisa a transcrição do RNA. Da mesma forma que a DNA polimerase, essa enzima
incorpora ribonucleotídeos ao grupamento hidroxila 3’ livre. Ela inicia a transcrição após a sua ligação a sequências
específicas de nucleotídeos (promotores, ou regiões promotoras). Formada por subunidades: 1 subunidade α, 1 β, 1 β’ e 1 σ.

1) Iniciação: Envolve três etapas: ligação da pol ao promotor; abertura do DNA molde e

formação das ligações fosfodiéster entre os primeiros nucleotídeos.


Promotor: região do DNA localizada acima do início da transcrição que apresenta sequências específicas de nucleotídeos às
quais se ligam proteínas envolvidas na transcrição. As proteínas que se ligam a promotores são chamadas fatores de
transcrição.
Promotor da RNA pol: São duas sequências curtas localizadas nas posições -10 e -35 acima do +1, essa é chamada de
sequência consenso. O consenso para tal sequência -10 é 5’TATAAT3’ e para a sequência -35 é 5’TTGACA3’.

Complexo fechado: A RNA pol se liga ao DNA e a subunidade σ é responsável pelo reconhecimento do promotor; a
holoenzima desliza no DNA até a sequência -35 do promotor, ocorrendo a formação de um complexo entre a RNA polimerase
e o promotor, chamado complexo fechado (quando o DNA ainda não tem a forquilha).
Complexo aberto: Após a abertura da fita (sequência -10) forma-se o complexo aberto, constituído pelas duas fitas de DNA e
a holoenzima; essa sequência é rica em AT porque é mais fácil de abrir.
Bola de transcrição: estrutura formada pela ligação da holoenzima ao promotor durante a síntese dos primeiros nucleotídeos.
Após a síntese de oito a nove nucleotídeos, o fator σ é liberado. A partir daí, ocorre o alongamento da transcrição.

2) Alongamento: O desligamento do fator σ faz com que a RNA pol sintetize o RNA mais rapidamente (o fator σ
funciona como um freio no início da transcrição, que impede o rápido avanço da RNA pol). A RNA pol é capaz de
desenrolar o DNA molde e romper as pontes de hidrogênio, abrindo as fitas e, também, é capaz de restaurar o pareamento
das bases do DNA, logo em seguida. Podemos concluir, então, que o alongamento consiste na incorporação dos
nucleotídeos na cadeia nascente de RNA e a síntese terminará quando o complexo atingir a região terminadora.

3) Término: Ocorre quando a RNA pol passa através do sinal de terminação (favorece o rompimento do complexo RNA
pol/DNA/RNA). Dois tipos de terminadores foram descritos: a) Terminação independente de ρ: porção no molde rica
em G ≡ C (forma uma estrutura tipo grampo de cabelo), seguida de uma região composta de A = T. A estrutura de grampo
de cabelo é formada logo após a transcrição dessa região e interfere no movimento da RNA pol, causando uma pausa na
síntese e a transcrição da sequência composta por pares A = T é fácil de romper. Como resultado, o RNA é liberado e
termina a transcrição.
b) ρ dependente de Rho: A proteína ρ se liga ao RNA e migra da direção 5’ - 3’ até alcançar o complexo de
transcrição no sítio de terminação, ocorre uma pausa na transcrição e a proteína ρ promove a liberação do RNA recém-
sintetizado.
Transcrição em eucariotos: Três RNA pol foram descritas em eucariotos: pol I, II e III, que não são capazes de se ligar
sozinhas ao DNA e, por isso, necessitam da ajuda de outros fatores de transcrição para que ocorra o início da transcrição.
· RNA pol I: sintetiza todos os rRNA
· RNA pol II: sintetiza mRNA.
· RNA pol III: sintetiza as moléculas de tRNA, o rRNA e snRNA.
Início: RNA pol de eucariotos precisam de fatores de transcrição que reconhecem o promotor e se ligam a ele, formando um
complexo de iniciação, que possibilita a ligação da pol.
▩ A RNA pol também é um fator de transcrição, pois também se liga ao DNA.
Promotores: São formados por pequenas regiões conservadas, localizadas acima do nucleotídeo +1.
TATA Box: sequência consenso 5´TATAAAAA3´; localizada na posição –30; determina
que ocorrerá a iniciação da transcrição.
CAAT Box: está localizada perto da posição –80; sequência consenso 5´GGCCAATCT3´.
GC Box são também encontradas nos promotores e influenciam a eficiência da iniciação.

Fatores de transcrição: TFIIx: fator de transcrição para a polimerase II, sendo o x cada um dos fatores, por exemplo, TFIIA,
TFIIH, entre outros. Os fatores de transcrição levam as enzimas até o promotor do gene.

Complexo de pré iniciação

A formação do complexo de iniciação é dependente de fatores gerais de transcrição (GTFs), e começa quando a
proteína TBP (ligante de TATA) se liga à caixa TATA. Em seguida, outros fatores vão se ligando.
O fator TFIIF promove a abertura do DNA, localizado perto do nucleotídeo +1, formando, assim, o complexo aberto,
iniciando a transcrição. O mesmo fator fosforila a pol II e em resposta ocorre uma alteração conformacional do complexo
(formando uma cauda), o que permite o início da transcrição. Durante a síntese, ocorre a liberação dos fatores. Isso permite que
a RNA polimerase alongue a cadeia de RNA.

⏺Enhancers ou potencializadores: Fatores de


transcrição + ativadores (que se ligam na região
anterior do gene, mas não reconhece os fatores de
transcrição) + co-ativadores (reconhece a RNA
polimerase e é onde os ativadores se ligam).
Alongamento e terminação: O TFIIF fica associado
à RNA polimerase durante todo o alongamento. A
atividade da RNA pol aumenta após o acoplamento
de proteínas chamadas fatores de alongamento. Ao
término da síntese, a RNA pol é desfosforilada e
reciclada, podendo ser utilizada para iniciar a
síntese de outra cadeia de RNA.

Capeamento da extremidade 5’
Enquanto a cadeia é alongada, a extremidade 5´ do pré-RNAm é modificada pelo capeamento da mesma, formando uma
estrutura chamada capacete 5’. A presença dessa estrutura auxilia na tradução e também ajudam a proteger as cadeias de RNA
da degradação pelas nucleases.

Término: A RNA pol II transcreve um segmento de DNA bem maiores do que o necessário para produzir um RNA
mensageiro. A região “desnecessária” é removida por clivagem endonucleolítica.
⏺Splicing: é feito pelos snRNA, caracterizado pela retirada dos íntrons pelo seu caráter não codificante,
liberando para o mRNA apenas os éxons. Rearranjo alternativo: permite que um grupo correspondente de
proteínas seja traduzido pelo mesmo gene, ou seja, o gene seleciona a região que será usada dos exons para
formar determinadas proteínas, junções de exons distintas formará proteínas distintas.
⏺Poliadenilação: adição de uma cauda poliA, formada por cerca de 200 resíduos de adenosina monofosfato,
à extremidade 3’ do transcrito, realizada pela enzima poliA polimerase (PAP) logo após a clivagem. A cauda
aumenta a estabilidade do RNAm e desempenha um papel importante no seu transporte do núcleo para o
citosol.

Gene: Todo gene possui uma região promotora não transcrita, região codificante, e o +1.

definições de gene:
-trecho do DNA que pode ser transcrito em RNA.
-Um trecho de dna que na maioria das vezes codifica uma proteína.
“Um segmento de DNA que contém a informação para a síntese de uma molécula de RNA funcional (não
necessariamente um mRNA)”