2022/7/18

TAXONOMIA MICROBIANA
Departamento de Microbiologia
CCB 110 – Taxonomia e Sistemática Biológica
NOMENCLATURA, TAXONOMIA EM
MICROBIOLOGIA. COLEÇÕES
BIOLÓGICAS E LINHAGENS TIPO
Profa. Miriam T. Santos
► Especiação em procariotos - processos evolutivos:
• Origem da diversidade genética - mutação e recombinação
• Seleção natural X Deriva genética (Genetic drift)
► Core genome (Genoma cerne) X Pan genome (Pangenoma)
► Conceito filogenético de espécie aplicado a procariotos
► Regras de nomenclatura científica e hierarquia taxonômica
► Manuais de Classificação e coleções microbiológicas
► Taxonomia Clássica X Taxonomia Molecular
► Classificação X Identificação
► Métodos usados em taxonomia de microrganismos 2

► Cladogramas X Chaves dicotômicas

Departamento de Microbiologia
CCB 110 – Taxonomia e Sistemática Biológica

MUTAÇÃO + RECOMBINAÇÃO

TAXONOMIA E SISTEMÁTICA
Processo evolutivo
BIOLÓGICA EM MICROBIOLOGIA
VARIABILIDADE
GENÉTICA
Parte 1
Processos evolutivos e conceitos de SELEÇÃO + DERIVA
genoma cerne, pangenoma e de espécie NATURAL GENÉTICA

MUDANÇA DA
FREQUÊNCIA DE GENES 4

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ALGUMAS CARACTERÍSTICAS
PODEM MUDAR RAPIDAMENTE EM
DERIVA GENÉTICA MICRORGANISMOS

Bactéria purpura
fototrófica
Rhodobacter capsulatus

Sobrevivência do mais
apto e seleção natural

5 7

Pangenoma X Genoma cerne Pangenoma X Genoma cerne

E. coli K12 – 4288 proteínas

UPEC – 5016 proteínas
EHEC – 5060 proteínas

Escherichia coli

Genoma cerne – 1976 genes ~ 39%

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Pangenoma X Genoma cerne

• O Core Genoma (Cerne) está em
preto e é encontrado em todas as Conceito de Espécie para Procariotos
linhagens da espécie
• O Pangenoma inclui genes que estão Espécie Bacteriana/Arqueana
em uma ou mais linhagens, mas que
não estão em todas as linhagens - Antes: População de células com características similares.
- Mais recente: Conceito genômico para procariotos:
- Taxa de hibridização do DNA  70%
- Similaridade da sequência de rRNA  97%
• O Pangenoma inclui elementos genéticos
móveis como transposons, DNA fágico
integrado, ilhas cromossômicas, incluindo as Ernst Mayr propôs o
ilhas de patogenicidade e plasmideos. conceito biológico de
• Os elementos móveis foram adquiridos espécie do isolamento
pelos mecanismos de transferência 13 reprodutivo em 1942.
horizontal (Fonte: Wikipedia) 14

Departamento de Microbiologia
CCB 110 – Taxonomia e Sistemática Biológica

TAXONOMIA E SISTEMÁTICA
BIOLÓGICA EM MICROBIOLOGIA

≥ 97% identidade da
sequência do rRNA 16S
Parte 2
Nomenclatura científica, hierarquia
≥ 70% taxa de taxonômica, manuais de classificação e
hibridização do DNA coleções microbiológicas

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3

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Quais são as regras
básicas da
nomenclatura científica?
Regras Básicas da Nomenclatura Científica
Regras:
1) Nome científico é grafado em latim por isto precisa ser destacado
com itálico ou sublinhado. Ex: Escherichia coli ou Escherichia coli;
(gênero, subespécie)
2) O nome do gênero sempre se inicia com letra maiúscula e o epíteto
específico sempre com minúscula . Ex: Streptococcus pyogenes;
3) Quando a identificação chega somente até o gênero nos referimos
como Bacillus sp. (no caso de uma espécie) ou Bacillus spp. (varias
espécies do mesmo gênero). Note que sp. e spp. são abreviações
de espécie e não são destacados em itálico ou sublinhado;
4) Podemos abreviar o nome do gênero após ter mencionado por
extenso uma primeira vez ou na enumeração de espécies do
mesmo gênero. Ex: Lactobacillus lactis, L. fermentum, L. bulgaricus
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Nomenclatura Científica
Sistema binomial: Gênero + epíteto específico (espécie) desde 1735 por
Linnaeus
Exemplos:
Escherichia coli; Streptococcus pyogenes (Bactérias)
Saccharomyces cerevisiae, Penicillium chrysogenum (Fungos)
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Exercícios de nomenclatura científica
1. A levedura Saccharomyces cerevisiae é usada amplamente como
fermento na produção de pães e bebidas alcoólicas.
2. Salmonella spp. podem causar infecções em humanos e em outras
espécies animais sendo assim consideradas como um patógeno
zoonótico.
3. As bactérias Rhizobium e Bradyrhizobium constituem importantes
bactérias do solo fixadoras do nitrogênio.
4. Os fungos filamentosos Penicillium, Rhizopus e Cladosporium são agentes
comuns de deterioração de alimentos.
5. As espécies Lactobacillus acidophilus, L. casei e L. bulgaricus são usadas
na fabricação de produtos lácteos fermentados e são probióticas.
19 20
4

Exercícios de nomenclatura científica
1. A levedura Saccharomyces cerevisiae é usada amplamente como
fermento na produção de pães e bebidas alcoólicas.
2. Salmonella spp. podem causar infecções em humanos e em outras
espécies animais sendo assim consideradas como um patógeno
zoonótico.
3. As bactérias Rhizobium e Bradyrhizobium constituem importantes
bactérias do solo fixadoras do nitrogênio.
4. Os fungos filamentosos Penicillium, Rhizopus e Cladosporium são agentes
comuns de deterioração de alimentos.
5. As espécies Lactobacillus acidophilus, L. casei e L. bulgaricus são usadas
na fabricação de produtos lácteos fermentados e são probióticas.
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O que é hierarquia
taxonômica?
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Formas corretas de usar nomes científicos
1. A levedura Saccharomyces cerevisiae é usada amplamente como fermento na
produção de pães e bebidas alcoólicas.
2. Salmonella spp. podem causar infecções em humanos e em outras espécies
animais sendo assim consideradas como um patógeno zoonótico.
3. As bactérias Rhizobium e Bradyrhizobium constituem importantes bactérias do solo
fixadoras do nitrogênio.
4. Os fungos filamentosos Penicillium, Rhizopus e Cladosporium são agentes comuns
de deterioração de alimentos.
5. As espécies Lactobacillus acidophilus, L. casei e L. bulgaricus são usadas na
fabricação de produtos lácteos fermentados e são probióticas.
6. As espécies Lactobacillus acidophilus, L. casei e L. bulgaricus são usadas na
fabricação de produtos lácteos fermentados e são probióticas.
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Hierarquia Taxonômica
Espécie → Gênero → Família → Ordem → Classe → Divisão (ou
Filo) → Reino → Domínio
Escherichia coli → Escherichia → Enterobacteriaceae →
Enterobacteriales → Gammaproteobacteria → Proteobacteria
→ Bacteria
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Estabeleça a hierarquia taxonômica correta

Hierarquia Taxonômica

Informações Hierarquia correta

Família Enterobacteriacea
Ordem Enterobacteriales
Domínio Bacteria
Espécie Klebsiella oxytoca
Filo Proteobacteria
Classe α-Proteobacteria
Gênero Klebsiella
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Estabeleça a hierarquia taxonômica correta

Hierarquia Taxonômica
Taxon infraespécie – subespécie (parte do nome científico – grafado em
Táxon Hierarquia correta latim)
Domínio Bacteria Ex: Salmonella enterica subespécie enterica ou Salmonella enterica
subsp. enterica; S. enterica subsp. salamae; S. enterica subsp. arizonae;
Filo Proteobacteria S. enterica subsp. diarizonae; S. enterica subsp. houtanae; S. enterica
Classe α-Proteobacteria subsp. indica
Ordem Enterobacteriales Outras denominações infrasubespécie
• Sorovar (Ex. Salmonella enterica subsp. enterica sorovar Choleraesuis –
Família Enterobacteriacea Salmonella Choleraesuis - ou E. coli sorovar O157:H7)
Gênero Klebsiella • Patovar (Ex. Escherichia coli enteropatogênica (EPEC)
Klebsiella oxytoca • Fagovar (Ex. Salmonella Typhimurium DT 104)
Espécie • Biovar (Ex. Vibrio cholerae biovar El Tor)
27 28

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Termos infrasubspecíficos que podem ser usados: Fonte: ICNP, 2019

https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem/10.1099/ijsem.0.000778
Taxonomia de Salmonella Cultura de bactérias é uma população de células bacterianas em um
determinado local em um determinado momento, por exemplo, neste
tubo de ensaio ou naquela placa de ágar. Pode ter uma duração mais
longa, por exemplo, culturas desidratadas.
Clone é uma população de células bacterianas derivadas de uma
única célula parental. Uma linhagem é formada por descendentes de
um único isolamento em cultura pura.
Linhagem geralmente é composta de uma sucessão de culturas e
geralmente é derivada de uma única colônia. O número de bactérias
que deram origem à colônia original é frequentemente desconhecido.
A maioria das linhagens bacterianas não são clones.
Indivíduo é um termo com pouco significado em bacteriologia e tem
sido aplicado a uma única célula bacteriana ou a uma linhagem
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bacteriana; portanto, é melhor evitar o uso desse termo.

Coleções de Culturas Microbianas

As coleções de culturas microbianas se concentram na aquisição, autenticação,
Manuais de Classificação produção, preservação, catalogação e distribuição de culturas viáveis de
microrganismos de referência padrão, linhagens celulares e outros materiais para
pesquisa em sistemática microbiana. As coleções de cultura também são repositórios de
linhagens tipo.
Principais Coleções de Culturas Microbianas[5][6]
Acrônimo Nome Localização
Manuais de Classificação ATCC American Type Culture Collection Manassas, Virginia
Decentralized, Coordination Cell
Bergey’s Manual of Systematics of Archaea e Bacteria BCCM Belgian Co-ordinated Collections of Micro-organisms
in Brussels, Belgium
Manuais para fungos, leveduras, etc. CCUG Culture Collection University of Gothenburg Gothenburg, Sweden
CECT Colección Española de Cultivos Tipo Valencia, Spain
CIP Collection d'Institut Pasteur Paris, France
Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und
DSMZ Braunschweig, Germany
Zellkulturen
ICMP International Collection of Microorganisms from Plants Auckland, New Zealand
JCM Japan Collection of Microorganisms Tsukuba, Ibaraki, Japan
Public Health
NCTC National Collection of Type Cultures
31 England, London, United Kingdom 32

7

Coleções de Culturas Microbianas no Brasil
Nome
Embrapa
Embrapa Agrobiologia
Embrapa Agroenergia
Embrapa Agroenergia
Embrapa Agroindústria Tropical
Embrapa Caprinos e Ovinos
Embrapa Clima Temperado, Pelotas, RS Coleção de Microrganismos Multifuncionais de Clima Temperado
Embrapa Gado de Leite
Embrapa Gado de Leite
Embrapa Milho e Sorgo
EMBRAPA Suínos e Aves
Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária Coleção de Culturas de Microrganismos Multifuncionais da Embrapa
- Centro Nacional de Pesquisa de Soja
Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária Coleção de Microrganismos de Interesse ao Controle Biológico de
- Embrapa Clima Temperado
Coleções de Culturas Microbianas no Brasil
Nome
Fundação Oswaldo Cruz / IOC
Fundação Oswaldo Cruz PE/
Instituto Aggeu Magalhães
Fundação Oswaldo Cruz/ Instituto
Carlos Chagas /Fiocruz-PR
Instituto Adolfo Lutz
Instituto Biológico
Instituto de Microbiologia Paulo
de Góes, Universidade Federal do
Rio de Janeiro
Instituto Tecnológico Vale
Labpet (serviços veterinários)
INPA
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Coleções de Culturas Microbianas no Brasil
Localização Nome Localização
Coleção de Microrganismos Agentes de Controle Biológico Fundação Oswaldo Cruz Coleção de Culturas do Gênero Bacillus e Gêneros Correlatos - CCGB
Centro de Recursos Biológicos Johanna Döbereiner (CRB-JD) Fundação Oswaldo Cruz Coleção de Fungos Patogênicos - CFP
Coleção de Microrganismos e Microalgas Aplicados a Agroenergia e Fundação Oswaldo Cruz Coleção de Culturas de Fungos Filamentosos - CCFF
Biorrefinarias - CMMAABio Fundação Oswaldo Cruz Coleção de Campylobacter - CCAMP
Coleção de Microrganismos e Microalgas Aplicados a Agroenergia e Coleção de Trypanosoma de Mamíferos Silvestres, Domésticos e Vetores
Biorrefinarias - CMMAABio
Fundação Oswaldo Cruz - COLTRYP
Coleção de Microrganismos de Interesse para a Agroindústria Tropical
Coleção de Microrganismos Patogênicos a Caprinos e Ovinos - Fundação Oswaldo Cruz Coleção e Fungos de Referência em Vigilância Sanitária - CFRVS
CMPCO /CT
Fundação Oswaldo Cruz Coleção de Protozoários - COLPROT
Fundação Oswaldo Cruz Coleção de Culturas de Bactérias de Origem Hospitalar - CCBH
Coleção de Microrganismos de Interesse da Agroindústria e Pecuária -
CMIAP Fundação Oswaldo Cruz Coleção de Leptospira - CLEP
Coleção de Microrganismos de Interesse da Agroindústria e Pecuária
Fundação Oswaldo Cruz Coleção de Bactérias do Ambiente e Saúde - CBAS
Coleção de Microrganismos Multifuncionais da Embrapa Milho e Fundação Oswaldo Cruz /
Sorgo. Fiocruz-Amazônia Coleção de Bactérias da Amazônica - CBAM
Coleção de Microrganismos de Interesse para Suinocultura e Fundação Oswaldo Cruz /
Avicultura - CMISEA Fiocruz-Amazônia Coleção de Fungos da Amazônia- CFAM
Fundação Oswaldo Cruz /
Soja: Bactérias Diazotróficas e Promotoras do Crescimento de Plantas; Instituto Oswaldo Cruz Coleção de Leishmania do Instituto Oswaldo Cruz - CLIOC
Pragas 33 34
Coleções de Culturas Microbianas no Brasil
Nome Localização
Localização Coleção de Bactérias do Laboratório de Interações
Coleção de Listeria - CLIST UNESP Hospedeiro-Microbiota
Coleção Brasileira de Microrganismos de Ambiente e Indústria -
Coleção de Yersinia pestis - CYP Unicamp CBMAI
Universidade Brasil INBIOTER
Coleção de Vírus e Anticorpos Monoclonais - CVAM Universidade de São Paulo Laboratório Dra. Ethel Bayer Santos
Núcleo de Coleção de Micro-organismos Universidade Estadual de Campinas -
Coleção de fungos entomopatogênicos "Oldemar Cardim Abreu" UNICAMP Bacterioteca de Pesquisa e Ensino do DGEMI
Universidade Estadual de Ponta Grossa Coleção de Microrganismos Ambientais
Laboratório de Investigação em Microbiologia Médica Universidade Estadual Paulista "Júlio de
Mesquita Filho" (UNESP, IB-Rio Claro)) Central de Recursos Microbianos da Unesp (CRM-UNESP)
Ainda não apresenta nome, pois começou a pouco tempo
Universidade Federal da Grande ACADÊMICAS CULTURAS SELVAGENS RESISTENTES PROBIÓTICAS
Cultivo de fungos e bactérias patogênicas advindas de amostras
Dourados ATCC
biológicas de animais domésticos, silvestres e aquáticos
Universidade Federal de lavras Coleção de culturas da microbiologia agrícola
Coleção Microbiológica - INPA
COLEÇÃO DE CULTURA DE MICRORGANISMOS DO
DEPARTAMENTO DE CIÊNCIA DOS ALIMENTOS/UNIDADE DE
Universidade Federal de lavras RECURSOS MICROBIOLÓGICOS-URMICRO
Universidade Federal de Lavras Coleção Micológica de Lavras CML
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Coleções de Culturas Microbianas no Brasil Departamento de Microbiologia

Nome
Universidade Federal de Mato Grosso
Universidade Federal de Minas Gerais
Universidade Federal de Pernambuco
Universidade Federal de São Carlos
Universidade Federal de Sergipe
Universidade Federal de Viçosa
Universidade Federal de Viçosa
Universidade Federal do Ceará
Universidade Federal do Ceará
Universidade Federal do Paraná
(UFPR/PR) instituição sede que se trata
de uma rede composta até o momento
de 5 instituições de ensino do Estado do
Paraná no âmbito Federal, Estadual e
Privado
Universidade Federal Fluminense
Localização CCB 110 – Taxonomia e Sistemática Biológica
Coleção de Microrganismos Ambientais e de Interesse Industrial
Colecao de Micro-organismos e Celulas - Colecao temática de
fungos filamentosos
Micoteca URM
Coleção de culturas de microalgas de água doce da
Universidade Federal de São Carlos
Coleção de Cultura de Micro-organismos de Sergipe - CCMO/SE TAXONOMIA E SISTEMÁTICA
Coleção de culturas do Inovaleite
Coleção de Cianobactérias e Microalgas da Universidade
BIOLÓGICA EM
Federal de Viçosa (CCM-UFV)
Grupo Aplicado em Microbiolgia Médica
MICROBIOLOGIA
Coleção de microrganismos do Lembiotech
Parte 3
Métodos Taxonômicos
Centro de Coleções Microbiológicas da Rede Paranaense
Taxonline (CMRP/Taxonline)
Bacterioteca lab Micro 37

Taxonomia Clássica X Taxonomia Molecular

► Taxonomia Clássica: Baseada em características fenotípicas

• Morfologia e Ultraestrutura
• Fisiologia/Metabolismo (Provas bioquímicas)
Taxonomia Clássica
• Sorologia (Características antigênicas) IDENTIFICAÇÃO
Análise fenotípica
IDENTIFICAÇÃO
• Fagotipagem (Bactérias)
► Taxonomia Molecular: Baseada na análise de moléculas
• Perfil de ácidos graxos de membrana
• Ribotipagem ANÁLISE
ANÁLISE
IDENTIFICAÇÃO
FILOGENÉTICA
• Sequenciamento de proteínas FILOGENÉTICA
CLASSIFICAÇÃO
• Análises do DNA: sequenciamento, hibridização 39 40

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Perfil de ácidos graxos de membrana

Taxonomia Molecular

41 42

PCR + sequenciamento do DNA como ferramenta taxonômica

PCR + sequenciamento do DNA como ferramenta taxonômica
Extração do DNA
rRNA 16S

Separação das fitas de

DNA e adição de primers
Organismo
PCR e
Sequenciamento do Extensão dos primers
com DNA polimerase
RNA Ribossomal
(Classificação e +
AMPLIFICAÇÃO
Identificação)

Repetição dos ciclos de amplificação -

Obtenção de cópias múltiplas de rRNA 16S

43 44
Sequenciamento do DNA amplificado

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PCR + sequenciamento do DNA como ferramenta taxonômica PCR + sequenciamento do DNA como ferramenta taxonômica
Construção de cladogramas PCR e Sequenciamento do RNA Ribossomal
(Identificação)
baseada em % de similaridade
Sequenciamento do DNA A Sequências assinatura de rRNA
A B
B PCR e C
C Sequenciamento D
D
E do RNA Ribossomal E
F (Classificação) F
G G
A
B
C
D
E
F
G

45 46
Comparação das sequências

PCR + sequenciamento do DNA como ferramenta taxonômica PCR + sequenciamento do DNA como ferramenta taxonômica

PCR e Sequenciamento
de genes conservados
como recA
(recombinase), gyrB
(DNA girase) para
identificação no nivel de
espécie em bactérias

47 48

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PCR + sequenciamento do DNA como ferramenta taxonômica Hibridização de DNA como ferramenta taxonômica

49 50

Hibridização de DNA como ferramenta taxonômica Hibridização de DNA como ferramenta taxonômica

51 52

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Fingerprinting de RNA (Ribotipagem) como ferramenta taxonômica PCR + Fingerprinting de DNA como ferramenta taxonômica

54 55

CLADOGRAMAS ÁRVORES FILOGENÉTICAS

Bacterial strain typing in the genomic era

Wenjun Li, Didier Raoult, Pierre-Edouard Fournier
FEMS Microbiology Reviews, Vol. 33, Issue 5, September 2009, p. 892-916
, https://doi.org/10.1111/j.1574-6976.2009.00182.x
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CHAVES DICOTÔMICAS

IDENTIFICAÇÃO

58 59

Departamento de Microbiologia
CCB 110 – Taxonomia e Sistemática Biológica

TAXONOMIA E SISTEMÁTICA BIOLÓGICA

EM MICROBIOLOGIA

Obrigada!
Profª Míriam Santos

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