Aerys II também havia sido assassinado, pelo filho de Tywin, Sor Jaime Lannister, da

Guarda Real. Eddard ficou enojado com as atitudes traiçoeiras e desonrosas da Casa
Lannister e jamais esqueceu o que viu. Quando questinou Robert a respeito, ficou
surpreso ao ver que o amigo não parecia abalado, pelo contrário, estava satisfeito. Ele
chegou a recomendar que Sor Jaime fosse enviado para a Patrulha da Noite, mas Robert
novamente se recusou a ouvir. Os dois brigaram e Eddard abandonou a capital,
liderando um exército rebelde para encerrar o cerco a Ponta Tempestade, onde a última
tropa leal aos Targaryen estava reunida. Ao ver Eddard Stark e seus homens chegando,
já ciente da morte do Rei Louco, o lorde Mace Tyrell decidiu recolher suas bandeiras e
dobrar o joelho, encerrando os grandes combates da guerra.[23]

Em seguida, logo no fim da rebelião, Ned, junto de seis companheiros, viajou até a
fronteira de Dorne para a Torre da Alegria, onde o Príncipe Rhaegar Targaryen havia
escondida sua irmã, Lyanna Stark. Ela estava guardada por três membros da Guarda
Real, incluindo Sor Arthur Dayne. O combate que seguiu resultou na morte de todos,
exceto Ned e Howland Reed. Infelizmente, Lyanna morreu logo após o combate, um
acontecimento que, desde então, assombrou Eddard. Antes de falecer, contudo, ela
conseguiu extrair do irmão uma promessa.[24] A morte de Lyanna uniu Robert e Ned
em sofrimento e os dois fizeram as pazes.[6]