Mecanismos epigeneticos da regulacao genica

Alteracao da expressao genica sem alteracoes na sequencia de DNA

alteracoes epigeneticas que afetam propriedades de pigmentacao

permanecem apos a meiose x nao permanecem apos a meiose

Mudancas epigeneneticas tipicas das plantas: tiipicamente apagadas na meiose

 PGTS (post-transcriptional gene silencing mechanisms):
primeiramente descoberto em plantas

Primeiro gene regulatorio para PGTS foi descoberto em Neurospora

PGTS: um poderoso meio para manipular a expressao em sistemas animais::RNAi

PGTS: mais conhecido em Drosophila e levedura (Saccharomyces)

Plantas usam as mudancas epigeneticas para se adaptar a mudancas genomicas

ambientais::flexibilidade

Essa flexibilidade: provavel bae para a reprogramacao dos estagios de desenvol-

vimento que permitem uma celula somatica a ser propagada e regenerada em uma
planta
 Mecanismo epigenetico 1: imprinting

Imprinting: a expressao de certos alelos edifere dependendo da origem do gameta

Exs: mamiferos, fungos e plantas

endosperma triploide de sementes milho:

exigem a transmissao paterna para garantir o desenvolvimento do endosperma

alelos r (red):

bom nivel de expressao quando

transmitito pelo ovulo ::cor solida da semente

baixo nivel de expressao quando

transmitido pelo polem ::cor variegada:
 Mecanismo epigenetico 2: paramutacao
Interacao alelica: a expressao de um alelo em um heterozigoto e alterada na
presenca deAlelo
outro; herdavel atraves
B(booster): da meioseforte; B’: pigmentacao fraca
B-I: pigmentacao
B-I: mesmo gene: heterozigot transmite somente o alelo B’
B’: transcricao 10-20 vezes menor

Alelo Pl; forte pigmentacao das anteras;

Pl’: cor variegada

PI e P’: mesmo gene: heterozigoto transmite somente o alelo P’

 Mecanismo epigenetico 3: silenciamento
Deteccao; plantas trangenicas; Arabidopsis, Petunia e tabaco
Repeticao da presenca de genes :::: silenciamento de outras sequencias
Silenciamento em cis; silenciamento em trans
Estrutura ou organizacao do cromossoma como causa do silenciamento
Petunia mutata: sem cor: introducao gene A1 do milho: copia simples: pigmentada
Mas, uma unica copia A1: transcricao silenciada: perda do pigmento: variegado: o
gene silenciado

gene silenciado A1 pode induzir silenciamento epigenetico de outro gene A1 novo,

somente quando esse gene A1 expresso ‘e inserido proximo do primeiro.
 Mecanismo epigenetico 4: co-supressao
Transgene pode induzir o silenciamento de um gene endogeno e homologo:fig.7.54
Experiencia da sobre-expressao da chalcone sintase

Co-supressao nao leva a uma mudanca herdavel geneticamente: atividade

endogena e restabelecida quando ocorre a segregacao do transgene

Silenciamento de viroides: enxerto de planta contaminada por um virus em

outra planta contaminada com outro virus; silenciamento de outro virus: transmiss’ao
do sinal por toda a planta: efeito a nivel postranscripcional.
 Mecanismos da variacao epigenetica: metilacao do DNA
Mudancas no posicionamento do nucleossoma
Mudancas no empacotamento dos nucleossomas
Modificacoes covalente do nucleossoma
Metilacao: mecanismo mais connhecido

DNA-metil transferase; preferencia pelo motivo CpG ou Cp

Metilacao: mecanismos para garantir a heranca mitotica ou meiotica de
padroes especifico de metilacao.
 TGA (transcriptional gene silencing) pela metilacao: afeta a transcricao

ddm1: afeta o reconhecimento da metilacao

met1: afeta a metilacao

mom1: TGS independente da metilacao

PTGA (post-transcriptional gene silencing) pela metilacao: nao afeta a transcricao

 Eventos epigeneticos na poliploidizacao
(70% angiosperma; 95% pteridofitas)

Diferencas no numero de cormossomas

ou organiza;ao

podem romper o pareamento e distribuicao Hibrido

Duplicacao
F1
genica
: duplicacao dos cromossomas

Inicio da formacao de um poliploide: “choque”:

Duplicacao
genica
- silenciamento genes duplicados;
- reduzir “infidelidade” cromossomal Autopoliploide

Alopoliploide

Autopoliploidia; oportunidade para alterar a expressao genica (silenciamento), e criar um tampao contra o efeito de mutacoes deleterias

Vantagens dos alopoliploides: manter a natureza h[ibrida indefinidamente

Mudancas durante o estabelecimento da um autopoliploide; eliminacao de sequencias de DNA, expansao heterocromatina, rnslocacao
reciproca de segmentos de cromossomas: ajudam diferenciar os cromossomas homologos dos homeologos
Silenciamento nos alopoliploides: metilacao: uso do aza-dC
Modelo explicativo do silenciamento em poliploides
Causas potencias da origem da variabilidade em poliploides
DNA metilado: proteinas ligantes ao DNA metilado
enzimas modificadoras das histonas formacao da heterocromatina
fatores remodeladores da cromatina

Mecanismo da paramutacao;

Mecanismo 1 Mecanismo 2
Promotor 1

Promotor 2

RNA
aberrante

Interacao dos cromossomas

Transferencia direta de elementos
da cromatina Sinal difusivel: RNA
 Citosinas metiladas podem ser mantidas na replicacao

Mutantes com alteracoes no mecanismo epigenetico da regulacao genica

Milho: mop1: mediator of paramutation 1: bloqueia a paramutacao do gene B e

de outros pigmentos

Arabidopsis: o caso dos genes PAI:

sintese triptofano:
so 2genes, em 2 cromos.

ambos genes PAI tornam-se entao metilados

Introducao de novos genes PAI nao metilados tornam-se metilados

PAI: Phosphoribosilanathranilate isomerase

Estrategia de selecao de mutacoes que afetam as mudancas epigeneticas em PAI
Reacao catalizada pela enzima PAI
[intermediario fluorescente] ………. X Triptofano

Planta transgenica
10 mutante 20 mutante
utilizado na
isolado isolado
selecao genetica

Unica sequencia PAI que

pode ser expressa no
cromossoma 1 foi mutada

Met1 e CMT3: codificam para

duas diferentes
metil-transferases deDNA

Nivel de metilacao = reostato

metilacoes

controle do nivel de reducao na

expressao genica
metilacao
fluorescencia
 Selecao de mutacoes que afetam o controle das alteracoes epigeneticas

ddm1: mutacao no gene (SNW/SNF2) para o fator de remodelacao da cromatina;

Mamiferos mudancas na estrutura da cromatina devem anteceder a metilacao

Sem fenotipo visivel; autofecundacao: progenia anormal::desestabilizacao da
programacao epigenetica

paradoxo? reduzido nivel de metilacao :: nova metilacao e silenciamento de genes que sao
normalmente expressos e nao metilados (SUPERMAN): flores anormais

Plantas antisenso para MET1;

reducao em 30% no nivel de metilacao
Hipermetilacao
do gene SUPERMAN
e do gene AG
Hipermetilacao
do gene SUPERMAN

Problema para a obtencao de plantas transgenicas: - subito silenciamento do transgenes

1a defesa para superar este problema: selecionar planta transgenica com copia unica
Genes do florescimento precoce: genes silenciadores epigeneticos ou repressores epigeneticos

Genes do florescimento precoce: genes de proteinas associadas a cromatina

 Mutantes tfl2, emf, : florescem precocemente, florescem sob DC, flor terminal,
proteinas de reserva da semente sao expressas antes

35S:TFL1 35S:EMF1 + DL 35S:EMF1 + DC

4 sepalas duas folhas caulinares flores e brotos

nova influorescencia flor terminal (2 siliquas) originados na mesma
novo broto terminal regiao
Importancia da remodelagem da cromatina no controle da expressao genica
e dos processos de desenvolvimento

Pouco compeendido como esses fatores de remodelagem da cromatina funcionam em plantas

Fatores epigeneticos controlando o desenvolvimento da semente
Box 1. A guide to 21–25nt RNAs.
Short interfering (si)RNA
Double stranded with 3 overhangs of two nucleotides
Perfectly complementary to target RNA
Directs endonucleolytic cleavage
Precursor:
Perfect or nearly perfect RNA duplex
Chromosomal or cytoplasmic
25 base pairs in length
Micro (mi)RNA
Single stranded
Partially complementary to target RNA
Unknown mechanism of action
Often conserved between species or even across phyla
Precursor:
Bulged, partially double-stranded RNA
Chromosomal (IGR)
70 nucleotides in length
Short temporal (st)RNA
Single stranded
Partially complementary to target RNA
Inhibits translation initiation
Highly conserved between species and across phyla
Precursor:
Bulged, partially double-stranded RNA
Chromosomal (IGR)
70 nucleotides in length