C15 Npa

SISTEMATIKA MOLEKULER DNA BARCODING DAN
KEANEKARAGAMAN GENETIKA LAMUN DI PULAU

PANGGANG, PULAU PRAMUKA DAN PULAU KARYA,
KEPULAUAN SERIBU, JAKARTA
NURLITA PUTRI ANGGRAINI
DEPARTEMEN ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2015
PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA
Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul Sistematika Molekuler

DNA Barcoding dan Keanekaragaman Genetika Lamun di Pulau Panggang, Pulau
Pramuka dan Pulau Karya, Kepulauan Seribu, Jakarta adalah benar karya saya
denganarahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun
kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip
dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah
disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir
skripsia ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut
Pertanian Bogor.
Bogor, Februari 2015
Nurlita Putri Anggraini

NIM C54100058
ABSTRAK
NURLITA PUTRI ANGGRAINI. Sistematika Molekuler DNA Barcoding
dan Keanekaragaman Genetika Lamun di Pulau Panggang, Pulau Pramuka dan
Pulau Karya, Kepulauan Seribu, Jakarta. Dibimbing oleh HAWIS MADDUPPA
dan BEGINER SUBHAN.
Lamun merupakan tumbuhan yang berkembang baik di perairan laut.

Kerusakan fisik banyak terjadi dalam ekosistem ini sehingga menyulitkan dalam
kegiatan identifikasi morfologi. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi
sekaligus membuat rekonstruksi dan keragaman genetik pada lamun. Tahapan
yang digunakan ada tiga, yaitu ekstraksi, PCR dan elektroforesis. Target penanda
untuk amplifikasi DNA adalah MatK dan rbcl. Hasil dari amplifikasi dua lokus
yang teramplifikasi dengan baik berjumlah 71 sampel dari total sampel 90. Urutan
nukleotida yang didapat dari lokus MatK sebanyak 661 bp dan rbcl 512 bp. Nilai
transisi pada kedua lokus lebih besar dari transversi. Jarak genetik masing-masing
spesies bisa dilihat dari matriks jarak genetik ataupun dari pohon filogenetik. Nilai
jarak terdekat antara Syringodium isoetifolium dengan Cymodocea rotundata
sebesar 0,040 untuk MatK dan jarak terdekat antara Enhalus acoroides dengan
Thalassia hemprichii sebesar 0,016 untuk rbcl.
Kata kunci: lamun, DNA Barcoding, filogenetik, keragaman genetik
ABSTRACT
NURLITA PUTRI ANGGRAINI. Molecular Systematic DNA Barcode and

Genetic Variation Seagrass at Panggang Island, Pramuka Island and Karya Island,
Kepulauan Seribu, Jakarta. Supervised by HAWIS MADDUPPA and BEGINER
SUBHAN.
Seagrass is plant that lives in sea water. Some physical damages mostly
happen in this environment therefore its difficult to identify morphology of
seagrass. The aim of this research is to identify, reconstruct tree, and genetic
variation of seagrass. Process of DNA barcoding consists of three stages,
extraction, PCR, and electrophoresis. MatK and rbcl were markers that is used in
amplification. Result from two locus that is well amplified were 71 samples from
total amount of 90 samples. The sequence obtained from two locus is 661 and 512
bp. Transition values from two locus higher than its transversion. Nearest distance
value between Syringodium isoetifolium and Cymodocea rotundata is 0.040 for
MatK and nearest distance value between Enhalus acoroides and Thalassia
hemprichii is 0.016 for rbcl.
Keywords: seagrass, DNA Barcode, Phylogenetic, Genetic variation

SISTEMATIKA MOLEKULER DNA BARCODING DAN
KEANEKARAGAMAN GENETIKA LAMUN DI PULAU PANGGANG
PULAU PRAMUKA DAN PULAU KARYA, KEPULAUAN SERIBU,
JAKARTA
NURLITA PUTRI ANGGRAINI
Skripsi
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Sarjana Ilmu Kelautan
pada
Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan
DEPARTEMEN ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2015
PRAKATA
Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah subhanahu wata’ala atas
segala karunia-Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan penelitian yang
berjudul “Sistematika Molekuler DNA Barcoding dan Keanekaragaman Genetika
Lamun di Pulau Panggang, Pulau Pramuka dan Pulau Karya, Kepulauan Seribu,
Jakarta”. Penelitian ini merupakan salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Sarjana Ilmu Kelautan pada Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan.
Pada kesempatan kali ini penulis mengucapkan terima kasih kepada semua
pihak yang telah membantu dalam penulisan dan penyusunan skripsi ini terutama
kepada:
1. Allah SWT atas segala rahmat yang diberikan kepada penulis hingga dapat
menyelesaikan penulisan skripsi ini.
2. Bapak Dr. Hawis Madduppa, SPi, Msi, Bapak Beginer Subhan, SPi, MSi
selaku pembimbing, dan Ibu Dr. Mujizat Kawaroe, SPi, Msi selaku dosen
penguji yang telah banyak memberi segala saran, bimbingan, dan nasihat
selama penelitian berlangsung hingga karya ilmiah ini selesai.
3. Laboratorium Indonesia Biodiversity Research Center (IBRC) , Taman
Nasional Kepulauan Seribu, Jakart dan Marine Biodiversity and
Biosystematics Laboratory (MBB), atas proses pengolahaan data dalam
penelitian dan penulisan skripsi ini.
4. Ayah Sayuti, Ibu Sri Rahmi dan adik tercinta Vivi Amalia Putri atas
kesabaran dan dukungan penuh yang diberikan hingga penulis dapat
menyelesaikan skripsi ini.
5. Andini, Cynthia, Bang Andre, Bang Ichsan, Bang Sami, Mbak Yuli, Mbak
Elok, Difa Kusuma dan Jodie Yudistira atas ketersediaannya menemani dan
membantu dalam proses pengerjaan.
6. ITK 47 Inspiration dukungan dan semangat yang diberikan selama
penyelesaian skripsi ini.
Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.
Bogor, Juni 2015
Nurlita Putri Anggraini

DAFTAR ISI
DAFTAR TABEL viii

DAFTAR GAMBAR viii
DAFTAR LAMPIRAN viii
PENDAHULUAN 1
Latar Belakang 1
Tujuan Penelitian 2
METODE 2
Waktu dan Lokasi Penelitian 2
Bahan 2
Alat 3
Prosedur Analisis Data 3
HASIL DAN PEMBAHASAN 7
Identifikasi Spesies dan Urutan Basa Nukleotida 7
Struktur Genetik
Jarak Genetik dan Hubungan Filogenetik 1
SIMPULAN DAN SARAN 15
Simpulan 15
Saran 15
DAFTAR PUSTAKA 15
LAMPIRAN 18
RIWAYAT HIDUP 41
DAFTAR TABEL
1. Komposisi basa nukleotida lokus matK 9
2. Komposisi basa nukleotida lokus rbcl 9
3. Matriks probabilitas substitusi nukleotida lokus matK 10
4. Matriks probabilitas substitusi nukleotida lokusrbcl 10
5. Matriks jarak genetik lokus matK 11
6. Matriks jarak genetik pada lokusrbcl 11
DAFTAR GAMBAR
1. Lokasi pengambilan sampel lamun 3
2. Diagram alir prosedur kerja 4
3. Komposisi lokus yang teramplifikasi 7
4. Komposisi spesies yang teramplifikasi 8
5. Rekonstruksi pohon filogenetik DNA lamun dari lokus matK 12
6. Rekonstruksi pohon filogenetik DNA lamun dari lokus rbcl 13
DAFTAR LAMPIRAN
1. Lampiran 1 Protokol standar komposisi master mix pada PCR 19
2. Lampiran 2 Hasil identifikasi spesies menggunakan analisis BLAST
locus MatK 20
3. Lampiran 3 Hasil identifikasi spesies menggunakan analisis BLAST
locusMatK 21
4. Lampiran 4 Hasil pengurutan rantai basa (sequencing) pada sampel
locus MatK 22
5. Lampiran 5 Hasil pengurutan rantai basa (sequencing) pada sampel
lamun locus rbcl 30
6. Lampiran 6 Keterangan jumlah sampel yang digunakan 39
7. Lampiran 7 Hasil perbandingan identifikasi lamun secara morfologi
dengan menggunakan DNA Barcocing 40
PENDAHULUAN
Latar Belakang
Indonesia merupakan negara kepulauan dan memiliki banyak ekosistem laut

yang dihuni oleh berbagai organisme. Ekosistem lamun merupakan salah satu
ekosistem yang ada diperairan Indonesia. Ekosistem Padang lamun merupakan
kumpulan dari tumbuhan lamun yang membentuk suatu hamparan yang luas
menutupi wilayah pesisir dengan kerapatan yang padat ataupun jarang dan
mengalami interaksi antara faktor biotik dan abiotik (Azkab 2006). Padang lamun
memiliki beberapa fungsi ekologis dan ekonomis, yaitu: 1) sumber utama dalam
produktivitas primer, 2) sumber makanan bagi detritus, 3) sebagai sediment trap,
4) daerah perlindungan bagi biota sekitarnya, 5) tempat perkembangbiakan, 6)
penghasil oksigen dan pereduksi karbon (Nybakken 1988). Dilihat dari fungsi
padang lamun sendiri, masih banyak orang yang belum menyadari pentingnya
lamun karena dianggap tidak memiliki peranan yang nyata.
Lamun merupakan tumbuhan berbunga (angiosperm) yang tumbuh baik
pada perairan laut dan di perairan Indonesia terdiri dari dua famili, yaitu
Potamogetonaceae dan Hydrocaritaceae (Hemminga dan Carlos 2000; Kiswara
dan Hutomo 1985) serta memiliki 13 spesies tertinggi di dunia (Kuriandewa 2009;
Short et al. 2007). Salah satu lokasi penyebaran lamun, yaitu di Kepulauan Seribu,
Jakarta. Kepulauan Seribu memiliki beberapa gugusan pulau, seperti Pulau
Pramuka, Pulau Karya dan Pulau Panggang. Pulau Panggang, dan Pulau Pramuka
merupakan daerah yang memiliki penduduk dan banyak dikunjungi wisatawan,
sedangkan Pulau Karya merupakan pulau yang tidak banyak penghuni dan
wisatawan. Jenis lamun yang paling banyak terdapat di Kepulauan Seribu, yaitu
dari jenis 1) Thalassia hemprichii, 2) Cymodocea rotundata, 3) Cymodocea
serrulata, 4) Enhalus acoroides, 5) Halophila ovalis, 6) Syringodium isoetifolium,
7) Halodule uninervis (Yudista 2010). Luasan padang lamun di wilayah
Kepulauan Seribu pada tahun 2012 sebesar 16.036,78 Ha. Luasan padang lamun
ini sama pada tahun 2011, sehingga tidak mengalami peningkatan. Luasan lamun
untuk wilayah Pulau Pramuka sebesar 335,75 Ha dengan presentase kerusakan
41%, luasan lamun untuk Pulau Panggang sebesar 570,72 Ha dengan presentase
kerusakan 61,80% dan luasan lamun di Pulau Karya 153,83 Ha dengan presentase
dalam keadaan sedang atau baik (BPLHD 2012). Keadaan lamun diwilayah Pulau
Pramuka, Pulau Karya dan Pulau Panggang banyak mengalami kerusakan karena
pengaruh dari kondisi wisatawan dan pemukiman sehingga menyebabkan
banyaknya perubahan fisik yang terkadang sulit diidentifikasi secara morfologi
(Feryatun et al. 2012).
DNA Barcoding merupakan teknik identifikasi menggunakan DNA dengan
mengambil sedikit jaringan tubuh dari organisme tersebut. Teknik DNA
Barcoding ini mampu mengidentifikasi suatu organisme sampai tingkat spesies.
Teknik ini dapat digunakan untuk segala tingkat kehidupan, mulai dari larva
hingga dewasa ataupun fragmen tubuh yang tidak diketahui asalnya (Sulandari et
al. 2013). DNA Barcoding masih cukup mahal untuk negara berkembang,
sehingga teknik ini banyak digunakan untuk menjawab pertanyaan tentang
2
ekologi, keragaman genetik, untuk karantina, konservasi, pencegahan penyakit

menular, dan sistematika evolusi (Sulandari et al. 2013; Toha et al. [tahun tidak
diketahui]).DNA Barcoding sendiri terdiri dari beberapa tahapan, yaitu ekstrasi,
PCR, elektroforesis, sequence dan analisis data (Toha et al. [tahun tidak
diketahui]).
Penelitian lamun masih jarang dilakukan, terutama pada genetik. Penanda
yang umum digunakan untuk kegiatan DNA Barcoding pada lamun, yaitu inti
maupun DNA kloroplas. DNA kloroplas memiliki banyak locus, seperti rbcl,
MatK, rpoC1, dan 23SrDNA (Fazeskaet al. 2008). MatK dan rbcl merupakan
locus yang paling banyak dilakukan untuk lamun karena mampu mendeskriminasi
spesies dengan baik (Lucas et al. 2012). Pengetahuan akan genetik sangat penting,
terutama untuk kegiatan konservasi, sehingga dapat menduga perubahan dalam
suatu populasi lamun.
Tujuan Penelitian
1. Mengidentifikasi lamun dengan teknik DNA Barcoding di Pulau Panggang,

Pulau Karya dan Pulau Pramuka, Kepulauan Seribu, Jakarta.
2. Membuat rekonstruksi filogenetik lamun di Pulau Panggang, Pulau Pramuka
dan Pulau Karya, Kepulauan Seribu, Jakarta.
3. Melihat variasi struktur genetik dari lamun yang ada di Pulau Panggang,
Pulau Pramuka, dan Pulau Karya, Kepulauan Seribu, Jakarta.
METODE
Waktu dan Lokasi Penelitian
Waktu dan tempat penelitian dilakukan di beberapa tempat, pada tanggal 18

hingga 19 Januari 2014 pengambilan sampel lamun pertama di Pulau Panggang
dan Pulau Pramuka. Tanggal 21 hingga 23 Maret 2014 pengambilan sampel kedua
di Pulau Panggang dan Pulau Karya. Kegiatan pengolahan data pada tanggal 1
hingga 30 April 2014 bertempat di Indonesia Biodiversity Research Center, Bali.
Kegiatan analisis data dilakukan di Laboratorium Biosistematika dan
Biodiversitas Kelautan, Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan, Fakultas
Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor.
Bahan
Bahan yang digunakan pada penelitian ini, dibagi menjadi 4 tahapan.Bahan

yang digunakan untuk kegiatan ekstraksi, yaitu kit ekstraksi yang berisi
seperangkat buffer dan ddH2O. Bahan yang digunakan untuk kegiatan PCR, yaitu
MgCl2, dNTP, ddH2O, buffer(gold), primer MatK dan rbcl, dan amplitaq gold.
Bahan yang digunakan untuk kegiatan elektroforesis, yaitu agarose 1% dengan 1x
TAE sebanyak 0,75 gram, buffer sebanyak 75 ml dan ETBR sebanyak 4μl. Bahan
yang digunakan untuk kegiatan analisis data, yaitu.
3
Alat
Alat yang digunakan pada penelitian ini, dibagi menjadi 4 tahapan. Alat
untuk kegiatan ekstraksi, yaitu kit ekstraksi berisi Qiashredder spin column ,
dneasy spin column dan collection tube, heating block, bunsen, forcep, mortar,
sentrifus, glove, vortex, pipet mikro dan tube ukuran 1.5 ml. Alat yang digunakan
untuk kegiatan PCR, yaitu tube berukuran 1.5 ml, glove, tube PCR, pipet mikro
low DNA, termocylce dan sentrifus. Alat yang digunakan untuk kegiatan
elektroforesis, yaitu timbangan, pipet mikro low DNA, alat elektroforesis, lampu
UV, glove, microwave, gelas beker, tabung ukur, cetakan agar, dan kamera. Alat
yang digunakan untuk kegiatan analisis data yaitu laptop yang terinstal software
Mega 5.
Prosedur Analisis Data
Penentuan Stasiun
Penetuan stasiun pengambilan data dilakukan dengan menggunakan transek
line dan transek kuadran. Transek line dibentang sepanjang 50 meter tegak lurus
dari arah garis pantai dan transek kuadrat diletakkan setiap 10 meter dan lamun
diambil. Preservasi sampel menggunakan silika gel yang sebelumnya dibersihkan
terlebih dahulu dengan tisu. Gambar 1 merupakan titik pengambilan sampel
lamun.
Gambar 1 Lokasi pengambilan sampel lamun

4
Penelitian dilakukan sesuai dengan prosedur sebagai berikut:
Pengambilan sampel
Ekstraksi
DNA Negatif Elektroforesis
DNA Positif
PCR
DNA Negatif Elektroforesis
DNA Positif
Sequence
Analisis Data
Selesai
Gambar 2 Diagram alir prosedur kerja
Ekstraksi DNA
Ekstraksi DNA adalah prosedur umum memisahkan dan mengumpulkan
DNA untuk analisis rekayasa genetika, forensik, bioinformatika, dan analisis asal
usul. Ekstraksi DNA bertujuan untuk menghancurkan sel dan mengambil jaringan
pada sampel, membuat ekstraksi secara murni serta melindungi DNA dari
5
degradasi Toha et al. [tahun tidak diketahui]). Beberapa metode ekstraksi yang
umum digunakan ada dengan chelex dan DNAzol yang biasanya digunakan untuk
ekstraksi sel hewan, sedangkan pada tumbuhan biasanya menggunakan CTAB
dan kit. Kegiatan ekstraksi pada penelitian ini menggunakan kit. Kit yang
digunakan adalah Dneasy Plant Mini Kit dari Qiagen yang didalamnya sudah
terdapat protokol ekstraksi.
Sebelum mulai kegiatan ekstraksi, nyalakan heating block pada suhu 65
o
C.Setelah itu, yang dilakukan adalah menggerus lamun dengan menggunakan
mortardan didapat hasil gerusan berupa bubuk haluslamun yang dimasukan ke
tube berukuran 1.5 ml. Tambahkan buffer AP1 sebanyak 400 μl dan memasukkan
Proteinase K sebanyak 4 μl dan dilanjut dengan vortex dan heating pada suhu 65
o
C selama 10 menit. Selama inkubasi tabung dibalik sebanyak 2-3
kali.Tambahkan 130 μl buffer P3, mix dan inkubasi selama 5 menit dalam es dan
sentrifus selama 5 menit pada kecepatan 14000 rpm. Ambil bagian supernatantdan
pindahkan ke Qiashredder spin column dan sentrifus selama 2 menit dengan
kecepatan 14000 rpm. Pindahkan airnya kedalam tube berukuran 1.5 ml tanpa
mengambil pelet yang ada didasar tabung sambil hitung volume yang
didapat.Tambahkan buffer AW1 sebanyak 1.5 dikali volume yang didapat dan mix
dengan pipet. Pindahkan ke dalam dneasy spin column yang diletakkan dalam
collection tube berukuran 2 ml. Sentrifus selama 1 menit pada menit 8000 rpm
dan buang airnya. Lakukan hal yang sama bila masih ada sisa dalam tube 1.5 ml
tersebut. Letakan dneasy spin column kedalam collection tube yang baru.
Tambahkan 500 μl buffer AW2, dan sentrifus selama 1 menit pada kecepatan
8000 rpm. Buang airnya dan tambah lagi 500 μl buffer AW2 dan sentrifus selama
2 menit pada kecepatan 14000 rpm. Pindahkan dneasy spin column ke tube baru
berukuran 1.5 ml. Tambahkan 100 μl buffer AE untuk elusi. Inkubasi selama 5
menit pada suhu ruangan, setelah itu sentrifus selama 1 menit pada kecepatan
8000 rpm dan ulangi lagi langkahnya.
Amplifikasi DNA (PCR)

PCR (Polymerase Chain Reaction) merupakan perbanyakan DNA dan
dibatasi oleh dua primer oligonukleotida. Primer yang digunakan sebagai
pembatas adalah DNA untai tunggal yang urutannya komplemen dengan template
DNA (Sulandari et al.2013). Proses amplifikasi menggunakan metode gold yang
dimodifikasi. Mastermix dibuat dari MgCl, ddH2O, Amplitaq gold, Buffer gold,
dan Primer yang mengikuti protokol (Lampiran 1). Primer yang digunakan ada
dua,yaitu MatK (P646 dan P647) dan rbcl (P609 dan P610) (Kress and Erickson
2007). Komposisi untuk tahap amplifikasi menggunakan mesin thermo cycle yang
terdapat 3 tahap, yaitu denaturasi, annealing dan extension (Lampiran 1).
Elektroforesis
Elektroforesis merupakan metode yang berhubungan dengan pemisahan
senyawa kimia yang berdasarkan pada laju pergerakan molekul dalam aliran
listrik (Toha et al. [tahun tidak diketahui]). Menggunakan agar 1% dengan
memasukan agarose sebayak 0,75 gram dan buffer 75 ml, yang kemudian
dipanaskan dalam microwave sampai agar tercampur dengan buffer. Setelah itu
campuran ETBR sebanyak 4 μl, masukan agar yang telah masak ke dalam cetakan
agar dan letakan sisir dibagian atas cetakan agarsebelum agar dimasukan kedalam
6
cetakan agar. Masukan hasil PCR sebanyak 4 μl dan campur dengan loading dye.
Hasil campuran antara hasil PRC dengan loading dye dimasukan kedalam sumur
yang dibuat dari sisirnya. Running mesin elektroforesis dengan tegangan 200 V
dan arus 400 mA dengan waktu running selama 30 menit. Lihat hasil running di
mesin ultraviolet.
Siklus Pengurutan Nukleotida (cycle sequencing)

Prinsip sequencing menggunakan metode PCR sebagai pijakannya. DNA
yang ditentukan urutan basanya akan menjadi cetakan yang nantinya akan
teramplifikasi dengan enzim dan bahan-bahan yang mirip dengan reaksi PCR.
Pada proses ini akan ditambahkan beberapa pereaksi tertentu yang namanya akan
berubah menjadi cycle sequencing. Hasil berupa fragmen DNA dengan panjang
yang bervariasi.Produk PCR dikirimkan ke sequencing facility Cornel University,
Amerika Serikat untuk penentuan urutan nukleotida dari sequens DNA dengan
menggunakan mesin sequencer AB1377.
Analisis Data
Hasil sequence yang didapat berupa hasil kerja mesin, sehingga kita perlu
melakukan pengeditan jika terdapat kesalahan pembacaan kromatogram oleh
mesin dan disejajarkan urutan rantai basanya. Analisis ini dilakukan dengan
menggunakan software Mega 5.05 (Molecular Evolutionary Genetic Analysis)
untuk pembacaan urutan nukleotida dan penjajaran (aligment) menggunakan
ClustalW pada program tersebut untuk melihat adanya keragaman nukleotida
(Tamura et al.2007).
Data hasil penjajaran nukleotida yang diperoleh kemudian dicocokkan pada
data yang tersedia pada GenBank di NCBI (National Centre forBiotechnology
Information) menggunakan BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)
(http://blast.ncbi.nlm.nih.-gov). Hasil BLAST yang didapat digunakan untuk
mengidentifikasi suatu spesies, membuat pohon filogeni yang nantinya akan
melihat kekerabatan, jarak antar spesies dan mengamati keanekaragaman genetik
dari masing-masing spesies lamun yang ditemukan di Pulau Pramuka, Pulau
Panggang dan Pulau Karya, Kepulauan Seribu, Jakarta. Pembuatan pohon filogeni
menggunakan metode Neigbour-Joining. Metode Neigbour-Joining menggunakan
bootstrap 1000 dengan model menggunakan Kimura 2-parameter model, model
ini berlaku untuk penggunaan MatK dan rbcl.
7
HASIL DAN PEMBAHASAN
Identifikasi Spesies dan Urutan Basa Nukleotida
Jumlah sampel yang didapat pada Pulau Pramuka, Pulau Panggang dan
Pulau Karya berjumlah 45 sampel dengan menggunakan 2 target locus, yaitu
MatK dan rbcl. Hasil yang teramplifikasi untuk target locus MatK berjumlah 30
sampel dan target locus rbcl berjumlah 41 sampel. Presentase komposisi locus
yang teramplifikasi dapat dilihat pada Gambar 3. Panjang basa yang didapat
masing-masing locus, yaitu rbcl 512 bp dan MatK 652-661 bp (Lampiran 4 dan
5). Tingkat homologi (kesamaan) yang didapat dari BLAST sebesar 99% -100%
(Lampiran 2 dan 3).
91%
100%
67%
80%
60% 33%
40%
9%
20%
0%
MatK rbcl
Teramplifikasi Tidak Teramplifikasi
Gambar 3 Komposisi locus yang teramplifikasi dan tidak teramplifikasi

Total keseluruhan sampel yang teramplifikasi menggunakan kedua locus
berjumlah 71 sampel (Lampiran 6). Gambar 4 menunjukan bahwa spesies yang
mudah teramplifikasi adalah spesies Thalassia hemprichii pada locus rbcl dan
untuk locus MatK spesies yang banyak teramplifikasi yaitu Cymodocea rotundata,
Thalassia hemprichii, dan Halodule uninervis. Namun, Gambar 3 dan Gambar 4
menunjukan bahwa locus MatK tidak sebaik rbcl dalam hal mengamplifikasi
untuk semua spesies, terutama dalam jumlah. Hal tersebut dikarenakan locus rbcl
merupakan target yang lebih conserved, artinya rendahnya tingkat perubahan yang
diamati pada urutan nukleotidanya, sehingga locus rbcl bekerja lebih optimum dan
lebih mudah mengamplifikasi daripada MatK. MatK juga dapat digunakan, hanya
saja kemampuan untuk mengamplifikasi tidak sebaik rbcl (Lucas et al.2012).
Sampel yang tidak digunakan dikarena hasil sequence yang didapat tidak bagus,
sehingga dalam pengeditan sulit digunakan.
8
Cymodocea rotundata Syringodium isoetifolium Halodule uninervis

Enhalus acoroides Halophila ovalis Thalassia hemprichii
11
10
9 9 9 9
6
5
3 3 3
2 2 22
1 11 1 1
0 000000 000000 0000 0 000 00 000 00
MatK rbcl MatK rbcl MatK rbcl MatK rbcl

Teramplifikasi Tidak Tidak dapat Tidak digunakan
Teramplifikasi digunakan
Gambar 4 Komposisi spesies yang teramplifikasi pada dua locus

Menurut IUCN (2010) keenam jenis lamun diatas termasuk dalam kategori
least concern (sedikit diperhatikan). Padahal, untuk trend dari Enhalus acoroides
sendiri mengalami penurunan jumlah populasi, sedangkan untuk trend dari spesies
Cymodocea rotundata, Thalassia hemprichii, Halodule uninervis, Halophila
ovalis, dan Syringodium isoetifolium tersebut masih termasuk dalam populasi
yang belum mengalami penurunan. Penurunan jumlah populasi tersebut bisa
terjadi oleh beberapa faktor, seperti masukan dari daratan, kegiatan pembangunan
pantai, degradasi fisik, dan berbagai fungi dan epifit yang banyak mengumpul di
lamun menyebabkan beberapa penyakit (Green and Short 2003). Kerusakkan
tersebut membuat lamun memiliki bentuk morfologi yang tidak utuh, sehingga
akan sulit dalam melakukan identifikasi. Selain itu, mengidentifikasi lamun
dengan melihat morfologinya yang tidak rusak menyebabkan pun masih
memunculkan kesalahan. Lampiran 7 memamparkan hasil perbandingan
identifikasi lamun secara morfologi dengan menggunakan DNA Barcocing. Tabel
tersebut menunjukan bahwa dalam mengidentifikasi lamun terutama spesies
Thalassia hemprichii, Cymodocea rotundata, dan Halodule uninervis termasuk
dalam spesies yang sulit diidentifikasi, karena ketiga spesies tersebut memiliki
bentuk morfologi yang sama. Sehingga, DNA Barcoding merupakan tools yang
mampu mengidentifikasi secara akurat dan cepat untuk membedakan spesies
lamun, baik lamun yang rusak bentuknya ataupun yang sulit dibedakan secara
morfologi (Sulandari et al. 2013).
9
Struktur Genetik
Urutan rantai basa nukleotida pada locus MatK, yaitu 652-661 bp dan untuk
locus rbcl, yaitu 512 bp. Tabel 1 dan Tabel 2 menunjukan Hasil analisis
komposisi basa nukleotida dari locus MatK dan rbcl.
Tabel 1 Komposisi basa nukleotida locus MatK
Komposisi Nukleotida (%) Jumlah

Spesies
T(U) C A G Nukleotida
Cymodocea rotundata 39.2 15.6 30.9 14.4 661.0
Thalassia hemprichii 37.8 16.8 27.8 17.5 661.0
Ehalus acoroides 38.3 16.5 28.0 17.2 661.0
Halodule uninervis 40.1 14.5 31.3 14.1 661.0
Halophila ovalis 37.8 17.4 27.1 17.7 661.0
Syringodium isoetifolium 39.9 14.9 31.4 13.8 652.0
Keterangan : T(U) Thymin (Uracil); C (Cytosine); A (Adenine); G (Guanine)
Tabel 2 Komposisi basa nukleotida locus rbcl
Komposisi Nukleotida (%) Jumlah

Spesies
T(U) C A G Nukleotida
Cymodocea rotundata 29.3 20.7 27.3 22.7 512.0
Thalassia hemprichii 27.7 22.3 28.9 21.1 512.0
Halophila ovalis 28.1 22.1 28.1 21.7 512.0
Syringodium isoetifolium 28.7 20.9 27.7 22.7 512.0
Halodule uninervis 28.1 21.7 27.9 22.3 512.0
Enhalus acoroides 28.1 22.3 28.7 20.9 512.0
Keterangan : T(U) Thymin (Uracil); C (Cytosine); A (Adenine); G (Guanine)
Tabel 1 dan 2 menunjukkan bahwa nilai komposisi nukleotida pada urutan
rantai basa T(U) dan A memiliki komposisi yang lebih besar dari C dan G.
Menurut Aturan Chargaff, basa T(U) mempunyai nilai sama dengan A dan
basa C mempunyai nilai yang sama dengan G. Kemudian dari aturan ini,
terbentuk kesimpulan bahwa DNA tersusun dari dua utas polinukleotida, yaitu A-
T dan G-C. Setiap jenis organisme memiliki DNA dengan komposisi A-T dan G-
C berbeda (Jusuf 2001). Urutan rantai basa A dan T(U) memiliki 2 ikatan
hidrogen sedangkan C dan G memiliki 3 ikatan hidrogen, sehingga urutan rantai
basa C dan G lebih kuat daripada A dan T(U) (Tompa 2009; Jusuf 2001). Hal ini
berpengaruh pada jumlah komposisi nukleotidanya, sehingga urutan rantai basa
T(U) dan A lebih banyak dari G-C, karena pada proses amplifikasi DNA suhu
yang digunakan adalah suhu minimum dan suhu minimum tersebut mampu
dengan mudah mengurai T(U) dan A daripada dengan G-C. Selain itu, jumlah
T(U)-A lebih banyak karena akan berkaitan dengan proses replikasi atau
transkripsi DNA yang dominan dengan A-T(U). Hal ini menandakan bahwa
lamun yang ada di Pulau Panggang, Pulau Pramuka dan Pulau Karya berada
dalam kondisi yang normal. Susunan basa yang memiliki 2 ikatan hidrogen ini
lebih mudah dipisahkan menjadi utas tunggal yang nantinya utas tunggal yang
lama akan berpasangan dengan utasan yang baru atau disebut juga proses replikasi
10
semi konservatif (Jusuf 2001), sedangkan untuk proses amplifikasi, utas tunggal
ini akan diperpanjang dengan bantuan reagent (Lampiran 1).
Transisi adalah pergantian antara basa purin dengan purin atau pirimidin
dengan perimidin.Transversi adalah pergantian antara basa purin dengan pirimidin
(Crowder 1990; Muse 2000).Transisi dan transversi merupakan salah satu tipe
perubahan DNA untuk menghasilkan mutasi (Crowder 1990). Tabel 3 dan 4
menujukan matriks probabilitas substitusi nukleotida pada locus MatK dan rbcl.
Tabel 3 Matriks probabilitas substitusi nukleotida locus MatK
Dari
Ke A T C G
A - 0.8269* 7.2019* 9.6565^
T 0.6338* - 7.3563^ 4.9213*
C 13.7139* 18.2760^ - 3.1017*
G 18.7128^ 12.4424* 3.1564* -

^
Keterangan : Transisi *Transversi
Tabel 4 Matriks probabilitas substitusi nukleotida locus rbcl
Dari
Ke A T C G
A - 1.8939* 4.1593* 11.1604^

T 1.8853* - 19.3680^ 6.2248*
C 5.4030* 25.2741^ - 1.0597*
G 14.4310^ 8.0858* 1.0548* -
^
Keterangan : Transisi *Transversi
Tabel 3 dan Tabel 4 menunjukkan nilai transisi yang lebih besar dari
transversi (Tamura and Nei 1993; Muse 2000). Hal ini dikarenakan lebih mudah
terjadinya substitusi antara purin dengan purin atau pirimidin dengan pirimidin.
Menurut Wijana dan Mahardika (2010), bahwa transversi antar purin dengan
purin atau pirimidin dengan pirimidin lebih mudah terjadi karena dipengaruhi oleh
kemiripan struktur molekulnya. Hal ini dapat mempengaruhi urutan basa dari
setiap individu lamun, sehingga akan terbentuk pohon yang berbeda.
11
Jarak Genetik dan Hubungan Filogenetik
Jarak genetik merupakan derajat dari gen yang berbeda antara populasi atau
spesies yang diukur dengan metode perhitungan dengan menggunakan metode
Kimura 2 Parameter. Rata-rata nilai dari perbedaan antara kodon atau nukleotida
per gen digunakan untuk menghitung jarak genetik (Nei 1987). Berikut tabel jarak
genetik antar spesies pada locus MatK dan rbcl.
Tabel 5 Matriks jarak genetik locus MatK
1 2 3 4 5 6 7
1
2 0.195
3 0.197 0.080
4 0.046 0.208 0.198
5 0.046 0.203 0.201 0.049
6 0.187 0.072 0.040 0.191 0.197
7 0.326 0.303 0.333 0.356 0.343 0.313
Keterangan: Thalassia hemprichii (1); Halodule uninervis (2); Cymodocea
rotundata (3); Enhalus acoroides (4); Halophila ovalis (5); Syringodium
isoetifolium (6); Outgrup (7)
Tabel 6 Matriks jarak genetik pada locus rbcl
1 2 3 4 5 6 7
1
2 0.159
3 0.148 0.166
4 0.116 0.034 0.128
5 0.196 0.251 0.212 0.148
6 0.108 0.016 0.118 0.033 0.128
7 0.566 0.552 0.629 0.280 0.300 0.198
Keterangan: Halodule uninervis (1); Thalassia hemprichii (2); Cymodocea
rotundata (3); Halophila ovalis (4); Syringodium isoetifolium (5); Enhalus
acoroides (6); Outgrup (7)
Tabel 5 dan 6 nilai matriks berbeda-beda, Tabel 5 jarak terkecil ditunjukkan
antara Syringodium isoetifolium dengan Cymodocea rotundata sebesar 0,040
yang artinya dalam 100 urutan basa terdapat 4 basa yang berbeda, sedangkan
untuk jarak genetik dengan nilai terbesar ditunjukkan antara outgrup dengan
Enhalus acoroides 0,356 yang artinya dalam 100 urutan rantai basa terdapat 356
basa yang berbeda dan Tabel 6 jarak genetik terkecil antara Enhalus acoroides
dengan Thalassia hemprichii sebesar 0,016 yang artinya dalam 100 urutan rantai
basa terdapat 2 urutan basa yang berbeda, sedangkan jarak genetik dengan nilai
terbesar antara outgrup dengan Halophila ovalis sebesar 0,629 artinya dalam 100
urutan basa terdapat 629 yang beda. Semakin kecil nilai matriksnya, menunjukan
bahwa kekerabatan setiap spesies semakin dekat dan dibuktikan oleh bentuk
pohon filogram pada Gambar 5 dan 6. Perbedaan genetik antar populasi biasanya
12
dipengaruhi oleh beberapa faktor seperti genetic drift dan natural selection
(Freeland 2005).
Pohon filogenetik adalah pohon yang mempunyai node dan dihubungkan
oleh cabang (braches) yang berbentuk sebuah grafik dua dimensi yang
menunjukkan hubungan antar jenis (Yang and Rannala 2012; Dharmayanti
2011)..Pohon filogenetik memiliki dua bentuk, yaitu kladogram dan filogram.
Pohon yang ditampilkan pada gambar 5 dan 6 berbentuk filogram, yang artinya
pohon yang memiliki bentuk cabang dan mempunyai nilai cabang (Understanding
Evolution 2015). Hasil analisis filogeni untuk kedua locus ditampilkan pada
Gambar 5 dan 6.
32-IBRC071312_NP_P647
33-IBRC071313_NP_P647
25-IBRC071321_NP_P647
17-IBRC071310_NP_P647
100 16-IBRC071311_NP_P647
Cymodocea rotundata
14-IBRC071308_NP_P647
13-IBRC071304_NP_P647
99 12-IBRC071309_NP_P647
08-IBRC070528_NP_P647
Cymodocea rotundata
21-IBRC070667_NP_P647
Syringodium isoetifolium
98 Syringodium isoetifolium
100
07-IBRC070529_NP_P647
09-IBRC070565_NP_P647
10-IBRC070530_NP_P647
19-IBRC070532_NP_P647
22-IBRC071317_NP_P647
Halodule uninervis
100 23-IBRC071318_NP_P647
24-IBRC071319_NP_P647
34-IBRC071315_NP_P647
35-IBRC071316_NP_P647
Halodule uninervis
100 15-IBRC070653_NP_P647
Enhalus acoroides
54 Enhalus acoroides
20-IBRC070662_NP_P647
Halophila ovalis
100 Halophila ovalis
06-IBRC070666_NP_P647
11-IBRC071307_NP_P647
100
18-IBRC071302_NP_P647
26-IBRC070525_NP_P647
27-IBRC070526_NP_P647
Thalassia hemprichii
100 28-IBRC070527_NP_P647
29-IBRC070661_NP_P647
30-IBRC071301_NP_P647
31-IBRC071306_NP_P647
Thalassia hemprichii
Rhizophora Outgrup
0.05
Gambar 5 Rekonstruksi pohon filogeni DNA lamun dari locus matK

13
24-IBRC071307_NPA_P610
21-IBRC071309_NPA_P609
26-IBRC071311_NPA_P610
27-IBRC071310_NPA_P610
100 33-IBRC071304_NPA_P610
36-IBRC071312_NPA_P610
37-IBRC071313_NPA_P610 Potamogetonaceae
43-IBRC071321_NPA_P610
74
Cymodocea_rotundata
20-IBRC070528_NPA_P609
Syringodium_isoetifolium
73 35-IBRC070667_NPA_P610
100
53-IBRC070668_NPA_P610
Posidonia_oceanica Posidoniaceae
16-IBRC070665_NPA_P610
33
Halodule_uninervis
38-IBRC071315_NPA_P610
100 39-IBRC071316_NPA_P610
98 40-IBRC071317_NPA_P610
41-IBRC071318_NPA_P610 Potamogetonaceae
69
42-IBRC071319_NPA_P610
45-IBRC070532_NPA_P610
52-IBRC070664_NPA_P610
18-IBRC070529_NPA_P609
70 19-IBRC070530_NPA_P609
Zostera_noltii Zosteraceae
51-IBRC070663_NPA_P610
100 34-IBRC070662_NPA_P610
55-IBRC070531_NPA_P610
Halophila_ovalis
47-IBRC070647_NPA_P610
44-IBRC071314_NPA_P610
46-IBRC070646_NPA_P610
100
100 48-IBRC070648_NPA_P610
49-IBRC070652_NPA_P610
50-IBRC070653_NPA_P610
Enhalus_acoroides
Thalassia_hemprichii Hydrocharitaceae
96 17-IBRC070666_NPA_P609
22-IBRC071305_NPA_P610
23-IBRC071306_NPA_P610
25-IBRC071308_NPA_P610
28-IBRC070525_NPA_P610
100 29-IBRC070526_NPA_P610
30-IBRC070527_NPA_P610
31-IBRC070661_NPA_P610
32-IBRC071302_NPA_P610
56-IBRC071301_NPA_P610
57-IBRC071303_NPA_P610
Rhizophora Outgrup
0.01
Gambar 6 Rekonstruksi pohon filogeni DNA lamun dari locus rbcl

14
Gambar 5 dan 6, membentuk 6 kelompok besar atau clade dengan tambahan

1 clade yang berasal dari outgrup yang diambil dari genus Rhizophora. Outgrup
digunakan untuk mendapatkan informasi yang valid. Sequence outgrup yang
digunakan harus berkorelasi dekat dengan sekuen yang bersangkutan tetapi
memiliki perbedaan yang signifikan dengan sekuen yang bersangkutan
(Dharmayanti 2011).
Gambar 5 dan gambar 6 menunjukan bahwa clade spesies Cymodocea
rotundata berdekatan dengan clade spesies Syringodium isoetifolium. Hal ini
menunjukan bahwa Cymodocea rotundata dan Syringodium isoetifolium memiliki
kemiripan genetik daripada dengan spesies Halodule uninervis. Namun, clade
spesies Halodule uninervis termasuk dalam clade spesies Cymodocea rotundata
dan Syringodium isoetifolium. Spesies Cymodocea rotundata dengan Halodule
uninervis memiliki bentuk morfologi yang hampir sama sedangkan bentuk
morfologi antara Syringodium isoetifolium dengan Cymodocea rotundata dan
Halodule uninervis berbeda namun ketiga spesies ini membentuk clade besar dan
saling berdekatan karena ketiga spesies ini termasuk dalam family yang sama,
yaitu Potamogetonaceae. Gambar 5, clade spesies Enhalus acoroides berdekat
dengan clade spesies Halophilla ovalis, yang menunjukan bahwa kedua clade
tersebut memiliki kemiripan genetik sedangkan clade spesies Thalassia
hemprichii memiliki kedekatan dengan clade spesies Enhalus acoroides dan
Halophilla ovalis. Pada Gambar 6, clade spesies Enhalus acoroides dekat dengan
clade spesies Thalassia hemprichii, yang menandakan bahwa kedua clade tersebut
memiliki kemiripan gen. Clade Halophila ovalis memiliki kedekatan dengan
clade Enhalus acoroides dan Thalassia hemprichii. Dilihat secara morfologi,
ketiga spesies ini memiliki bentuk morfologi yang berbeda, namun memiliki nilai
kekerabatan lebih dekata daripada ketiga spesies yang lainnya dengan membentuk
satu clade besar. Halophila ovalis, Enhalus acoroides, dan Thalassia hemprichii
membentuk satu clade yang sama karena termasuk dalam family yang sama, yaitu
Hydrocharitaceae. Hal tersebut dibuktikan dengan nilai jarak genetik yang dapat
dilihat pada Tabel 5 dan Tabel 6. Antara spesies Cymodocea rotundata,
Syringodium isoetifolium, dan Halodule uninervis dengan Enhalus acoroides,
Thalassia hemprichii, dan Halophilla ovalis memiliki jarak yang jauh dipisahkan
oleh root yang merupakan common ancestor yang sama, ditunjukkan dengan
sebuah titik pada bagian paling rendah dari pohon tersebut. Gambar 6, untuk
spesies Zostera noltii dan Posidonia oceanica diambil dari GenBank. Kedua
spesies tersebut membentuk cabang yang berbeda yang berarti kedua spesies ini
berasal dari family yang berbeda, yaitu Posidoniaceae dan Zosteraceae (Waycott
et al.2006).
Gambar 5 dan 6 memiliki nilai skala yang menunjukan perbedaan setiap
cabang pada masing-masing individu. Gambar 5 memiliki nilai skala 0,05 yang
berarti 100 urutan basa memiliki 5 basa yang berbeda dan pada Gambar 6
perbedaan basa setiap cabang bisa dilihat melalui nilai 0,01 yang berarti 100
urutan basa memiliki 1 basa yang berbeda (Dharmayanti 2011). Gambar 5 dan 6
terdapat perbedaan bentuk clade yang pada Halophila ovalis dan Halodule
uninervis. Gambar 5, Halophila ovalis membentuk jarak yang paling dekat
dengan Enhalus acoroides, sedangkan pada Gambar 6, Halophila ovalis
membentuk jarak yang jauh dengan Enhalus acoroides. Gambar 5 Halodule
uninervis tidak membentuk cabang kecil sedangkan pada Gambar 6 Halodule
15
uninervis membentuk cabang kecil. Perbedaan bentuk pohon tersebut dikarenakan

penggunaan single locus yang tidak mampu mendeskripsikan spesies secara baik.
Hal ini akan mempengaruhi bentuk pohon dikarenakan nilai variasi setiap locus
berbeda-beda (Lucas et al 2012; Fazekas et al. 2008).
SIMPULAN DAN SARAN
Simpulan
Kesimpulan dari analisis genetik kloroplas yang teramplifikasi dari kedua

locus berjumlah 71 yang teramplifikasi, 12 tidak teramplifikasi, 1 tidak dapat
digunakan dan 6 tidak digunakan. Hasil dari identifikasi secara morfologi
memiliki hasil yang berbeda dengan genetik. Panjang basa yang didapat untuk
MatK 652-661 bp dan untuk rbcl 512 bp. Tingkat homologi analisis BLAST
antara 99%-100%. Transisi terjadi lebih banyak daripada transversi pada kedua
locus tersebut. Nilai A dan T(U) lebih besar daripada G dan C yang menunjukan
lamun dalam keadaan normal. Kedekatan setiap spesies dapat dilihat dari matriks
jarak genetik dengan pohon filogenetik yang terbentuk pada setiap spesies. Pohon
filogeni membentuk 6 clade spesies besar.
Saran
Penelitian selanjutnya untuk DNA Barcoding lamun sebaiknya

menggunakan target locus rbcl untuk membentuk hasil pohon yang lebih
konsisten. Selain itu, locus rbcl merupakan locus yang paling mudah
mengamplifikasi. Sehingga, hasil yang didapat lebih efisien dan akurat. Semakin
baik menggunakan lebih dari satu target locus sehingga bentuk pohon yang
terbentuk lebih konsisten.
DAFTAR PUSTAKA
[BPLHD] Badan Pengelolaan Lingkungan Hidup Daerah. 2012. Kondisi

Lingkungan Hidup dan Kecenderungannya.Status Lingkungan Hidup Daerah
Provinsi Daerah Khusus Ibukota Jakarta. Jakarta: Badan Pengelolaan
Lingkungan Hidup Daerah DKI Jakarta. Hal: 14-18.
[IUCN] International Union for Conservation of Nature. 2010. IUCN Red List of
Threatened Species [internet]: version 2014.3. [diunduh 2014 November21].
Tersedia pada: www.iucnredlist.org.
Azkab, MH. 2006. Ada Apa Dengan Lamun. OSEANA XXXI : 45-55
Crowder,LV. 1990. Genetika Tumbuhan. Lilik K, Penerjemah. Didalam:
Soetarso, editor. Yogyakarta (ID): Gadjah Mada University Press.
Dharyamanti NLPI. 2011. Filogenetika molekuler: metode taksonomi orgnisme
berdasarkan sejarah evolusi. Filogentika Molekuler.
Fazeska AJ, Burgess KS, Kesanakurti PR, Graham SW, Newmaster SG, Husband
BC, Percy DM, Hajibabaei M, Barret SCH. 2008. Multiple multilocus DNA
16
Barcodes from the plastid genome discriminate plant species equally well. PloS
ONE. 3(7): e2802.doi: 10.1371/journal.pone.0002802.
Feryatun F, Budi H, Niniek W.2012. Kerapatan dan Distribusi Lamun (Seagrass)
Berdasarkan Zona Kegiatan yang Berbeda Di Perairan Pulau Pramuka,
Kepulauan Seribu.Journal of Management of Aquatic Resource: 1-7.
Freeland R. 2005. Molecular Ecology. England(GB): John Wiley&Sons. Ltd.
Green, PE dan Short FT. 2003. World Atlas of Seagrasses. Berkeley (US):
University of California Press.
Hemminga MA dan Carlos MD. 2000. Seagrass Ecology. Cambridge (GB):
University Press. UK.
Jusuf M. 2001. Genetika 1: struktur dan ekspresi gen. Bogor (ID): CV. Sagung
Seto.
Kiswara W dan Hutomo M. 1985. Habitat dan sebaran geografik lamun. Oseana.
1: 21-30.
Kuriandewa TE, 2009. Tinjauan tentang Lamun di Indonesia. Di dalam:
Lokakarya Nasional I Pengelolaan Ekosistem Lamun “Peran Ekosistem Lamun
dalam Produktivitas Hayati dan Meregulasi perubahan Iklim; 2009
November18; Jakarta, Indonesia. Jakarta (ID): Lembaga Ilmu Pengetahuan
Indonesia.
Lucas C, Thangaradjou T, Papenbrock J. 2012. Development of a DNA barcoding
system for seagrasses: successful but not simple. PloS one 7(1): e29987. Doi:
10.1371.
Muse SV. 2000. Examining rates and patterns of nucleotide substitution in
plants.Plant Molecular Biology. 42: 25-43.
Nei M. 1987. Genetic distance and molecular phylogeny. Di dalam: Ryman N dan
Utter F, editor. Population Genetics and Fisheries Management. Seattle, USA.
USA (US): University of Washington Press. hlm 193-223
Nybakken, JW. 1988. Biologi Laut: Suatu pendekatan Ekologis. Eidman M,
Koesoebiono, Bengen DG, Hutomo M, Sukardjo S, Penerjemah. Jakarta:
Gramedia. Terjemahan dari :Marine Biology : An Ecological Approach
Short F, Garruthers T, Dennison W, Waycot M. 2007. Global seagrass distribution
and diversity: a bioregional model. Journal of Experimental Marine Biology
and Ecology. 350:3-20.
Sulandari S, Sutrisno H, Irham M, Arida EA, Haryoko T, Fitriana YS,
Dharmayanthi AB, Natalia I. 2013. DNA barcode fauna Indonesia.Zein MSA,
Prawiradilaga DM, editor. Jakarta (ID): Kencana.
Tamura K, Dudley J, Nei M, Kumar S.2007. MEGA: Molecular Evolutionary
Genetic Analysis (MEGA) software version 4.0. Advance Access published
May 7. Oxford University Press.
Tamura K, Nei M. 1993. Estimation of the number of nucleotide substitutions in
the control region of mitochondrial DNA in human and chmpanzees.Mol. Bio.
Evol.10(3): 512-526.
Toha AHA, Barber PH, Erdmann M. [tahun tidak diketahui]. Panduan
Laboratorium: Teknologi DNA untuk Mempelajari Organisme Laut. -
Tompa M. 2009. Basic of molecular biology. Seattle (US): University of
Washington.
Understanding Evolution. 2015. Phylogenetic systematics, a.k.a. Evolutionary
Trees. University of California Museum of Palaentology[internet]. [diunduh
17
2015 Jan 13]. Tersedia pada:

http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/0_0_0/phylogenetics_01.
Waycott M, Procaccini G, Les DH, Reusch TBH. 2006. Seagrass evolution,
ecology and conservation: a genetic perspective. Netherland: Springer
Wijana IMS, Mahardika IGN. 2010. Struktur genetik dan filogeni Yellowfin Tuna
(Thunnus albacares) berdasarkan sekuen DNA mitokondria Control Region
sitokrom oksidase I pada diversitas zona biogeografi. Jurnal Bumi Lestari.
10(2): 270-274.
Yang Z, Rannala B. 2012. Molecular phylogenetics: principle and practice.
Nature reviews. 13: 303-314.
Yudista A. 2010. Lamun. [internet]. [diunduh 2014 Maret 12]. Tersedia pada:
http://www.tnlkepulauanseribu.net/index.php?which=11.
18
LAMPIRAN
19
Lampiran 1 Protokol standar komposisi master mix pada PCR

Matk
Protokol Standar
1μl sampel n=1
ddH2O 7.8
10X PCR Buffer (Gold) 2
dNTPs (8mM) 2
MgCl2 (25mM) 2
Primer 1 (10 μM) (P646 (5’-TAATTTACGATCAATTCATTC-3’)) 1.5
Primer 2 (10 μM) (P647 (5’-GTTCTAGCACAAGAAAGTCG-3’)) 1.5
Amplitaq Gold (5 unit/μl) 0.2
Master Mix Total 17
rbcl
Protokol Standar
1μl sampel n=1
ddH2O 7.8
10X PCR Buffer (Gold) 2
dNTPs (8mM) 2
MgCl2 (25mM) 2
Primer 1 (10 μM) (P609 (5’-GTAAAATCAAGTCCACCRCG-3’)) 1.5
Primer 2 (10 μM) (P610 (5’-ATGTCACCACAAACAGAGACTAAAGC-3’)) 1.5
Amplitaq Gold (5 unit/μl) 0.2
Master Mix Total 17
Matk rbcl
Siklus utama
Suhu Waktu Siklus Suhu Waktu Siklus
Denaturasi 94 30" 94 1'
annealing 52 35" 35 57 2' 30
extension 70 1' 72 2'

20
Lampiran 2 Hasil identifikasi spesies menggunakan analisis BLAST locus MatK
Tingkat
Sampel Lokasi Spesies
Homologi
IBRC.07.05.25 P. Pramuka Thalassia hemprichii 100%
IBRC.07.05.28 P. Pramuka Cymodocea rotundata 100%
IBRC.07.05.29 P. Pramuka Halodule uninervis 100%
IBRC.07.06.53 P. Panggang Enhalus acoroides 100%
IBRC.07.06.61 P. Panggang Thalassia hemprichii 100%
IBRC.07.06.62 P. Panggang Halophila ovalis 99%
IBRC.07.06.65 P. Panggang Halodule uninervis 100%
IBRC.07.06.67 P. Panggang Cymodocea rotundata 100%
IBRC.07.13.01 Barat P.Karya Thalassia hemprichii 100%
IBRC.07.13.04 Barat P.Karya Cymodocea rotundata 100%
IBRC.07.13.15 Timur P.Karya Halodule uninervis 100%
IBRC.07.13.21 Timur P.Karya Cymodocea rotundata 100%
21
Lampiran 3 Hasil identifikasi spesies menggunakan analisis BLAST locusMatK
Tingkat
Sampel Lokasi Spesies
Homologi
IBRC.07.05.28 P. Pramuka Cymodocea rotundata 100%
IBRC.07.05.31 P. Pramuka Halophila ovalis 100%
IBRC.07.06.65 P. Panggang Halodule uninervis 99%
IBRC.07.06.67 P. Panggang Syringodium isoetifolium 100%
IBRC.07.06.68 P. Panggang Syringodium isoetifolium 100%
IBRC.07.13.14 Timur P.Karya Enhalus acoroides 100%
IBRC.07.13.21 Timur P.Karya Cymodocea rotundata 100%
22
Lampiran 4 Hasil pengurutan rantai basa (sequencing) pada sampel locus MatK
1. 06-IBRC070666_NP_P647
AATTGGAATCGTTTCATTGCTCGAAAGAAATCGATTTCTATTTGTTCAAAAGAG
AATCCAAGACTCTTTCGGTTCCTATATAATTCTTATGTCTCTGAATATGAATCAGTATT
TTGTTTTCTCCGTAGACATTCCTTTTATTTACTATCCACATCTTCTGGAGACTTTATTGA
GCGAACCCATTTCTATGGAAAAATAGAGTATCTTGTAGTAGTTTGTCGTAATGATTTT
CAGAAAAGCTTACAGTTGTTCAAGGATCCTTGCATGCATTATGTGAGATATCAAGGAA
AATCCATTTTTGCATCAAAAGAAACCTATTTTCTGATGAAGAAATGGAAATGTTACCT
TGTCCTTTTTTGGCAGTGTCATTTTTCCTTTTGGTCTCAATCATATAGGATTCCTATCAA
CCAATTATCCAAGAATTATTTCGATTTTTGGGGTTATCTTTCAAGTGTATTAATAAATT
CTTTGGCAGTCCGGAGTCAAATGCTAGAGTCTTCATTTCTAATAGACACTGTGACTAA
GAAATTCGAGACTATAGTCCCAGTTATTCCTCTCATTGGATCCTTGTCAAAAGCTCAA
TTTTGTAATGTATCCGGGTATCCTGTTAGTAAGGCGATTTGGACGGGTTTATCCGATTC
TGATATGATTGATCGATTTG
2. 07-IBRC070529_NP_P647
AATTGGAATAATTTCATTACTCTAAGGAAATCCATTTCTCTTTTTTCAAAAGAG
AATCCAAGATTCTTTCGTTTACTATATAATTATTATTTATCTGAATATGAATCTGTGTT
TTGTTTTCTACGTAAACATTCCTCTTATTTACTATCAGTATCCTTTGGAGACTTTATTGA
TCGAACACATTTTTATGGAAAAATAGAACATCTTGCGGTAGTTTTTCGTAATGATTTTC
AGAAGACCCTACGATTATTCAGGGATCCTTTCATGCATTATGTTAGATATCAAGGAAA
ATCAATCTTGGCTTCAAAGGGAACTCATCTTATAATGAAGAAATGGAAATATTACTTT
GTAAATTTTTGGCAATGGAATTTTTATTTTTGGTCTCAACCACATAAGATTCATATAAA
CCAATTATCAAAGAATTCCTTATATTTTCTGGGTTATCTTTCCAGTGTATTAAGAAATC
CTTTGATAGTAAATAGTAAAATGCTAGAGTATTCTTTTTTAATAGACATTTTTATTAAT
AAATTCGATACTATAGTTCCGATTATTCCTCTCATTGGATCTTTATCTAAAGCAAAATT
TTGTAATGTATCTGGGTATCCCCTTAGTAAGCCAATTTGGACCGATTTATCTGATTCTG
AGATTATTGATCGGTTTA
3. 08-IBRC070528_NP_P647 (Cymodocea rotundata)

AATTGCAATAGTTTGATTACTCTAAGTAAATCCATTTCTATTTTTTCAAAAGAG
AATCAAAGATTTTTTCGTTTACTATATAATTATTATTTATCTGAATATGAATCCGCGTT
TTGTTTTCTACGTAAACATTCTTCTTATTTACGATCAACATCCTTTGTAGACTTTATTGA
AGAAAACCCTACGATTGCTCAAAGATCCTTTCCTGCATTATGTTAGATATCAAGGAAA
ATCAATCCTGGCGTCAAAGGGAACTCATCTTATAATGAAGAAATGGAAATATTACCTT
GTCCTTTTTTGGCAATGGAATTTTTATTTTTGGTCTCAACCACATAGGATTCATATAAA
TCAATTATCAAATAATTCCCTCTATTTTATGGGTTATCTTTCCAGTGTATTAATAAATC
CTTTGACAGTAAGGAATAAAATGCTAGAGTATTCTTTTCTAATAGACATTGTTAGTAA
TAAATTTGATACTCTAGTTCCGATTATCCCTCTCATTGGATCTTTATCTAAAGAAAAGT
TTTGTAATGTATCCGGGTATCCCATTAGTAAGCCAGTTTGGACCGATTTATCTGATTCT
GATATTATTGATCGGTTTG
4. 09-IBRC070565_NP_P647
23
AGATTATTGATCGGTTTA
5. 10-IBRC070530_NP_P647
AGATTATTGATCGGTTTA
6. 11-IBRC071307_NP_P647 (Thalassia hemprichii)
7. 12-IBRC071309_NP_P647
GATATTATTGATCGGTTTG
8. 13-IBRC071304_NP_P647
24
GATATTATTGATCGGTTTG
9. 14-IBRC071308_NP_P647
GATATTATTGATCGGTTTG
10. 15-IBRC070653_NP_P647 (Ehalus acoroides)

AATTTGAATCGTTTCATTGCTCGAAATAAATCGGTTTATATTTGTTCAAAAGAG
AATCCAAGACTTTTTCGGTTCCTATATAATTCTTATGTCTCTGAATATGAATCAGTATT
TTGTTTTCTCCGTAGACATTCCTTTGATTTACTATCCACATCTTTTGGAGACTTTCTTGA
GCGAACTCATTTCTATGGAAAAATAGAGTATCTTGTAGTAGTTTGTCGTAATGATTTTC
AGAAAAGCTTACAGTTGTTTAAGGATCCTTGCATGCATTATGTGAGATATCAAGGAAA
ATCCATTCTTGCATCAAAAGGAACCTATTTTCTGATGAAGAAATGGAAATGTTACCTT
GTTCGTTTTTGGCAATGTCATTTTTCCTTTTGGTCTCAACCATATAGGATTCCTATCAA
CCAATTATCCAATAATTCTTTCAATTTTTGGGGTTATCTTTCAAGTGTATTAATCAATC
CTTTGGAAGTCCGGAGTCAAATGCTAGAGTCTTCATTTCTAATAGACACTGTGACTAA
GAAATTCGAGACTATAGTCCCAGTTATTCCTCTCATTGAATCCTTGTCGAAAGCTCAA
TTTTGTGATGTATCCGGGTATCCTATTAGTAAGGGGATTTGGACGGATTTATCCGATTC
TGATATAATTGATCGATTTG
11. 16-IBRC071311_NP_P647
GATATTATTGATCGGTTTG
12. 17-IBRC071310_NP_P647
25
GATATTATTGATCGGTTTG
13. 18-IBRC071302_NP_P647
14. 19-IBRC070532_NP_P647 (Halodule uninervis)

AGATTATTGATCGGTTTA
15. 20-IBRC070662_NP_P647 (Halophila ovalis)

AATTGGAATCGTTTCATTACTCGAAAGAAATCGATTTCTATTTGTTCAAAAGAG
AATCCAAGACTCTTTCGGTTCCTATATAATTCTTATCTCTCTGAATATGAATCAGTATT
TTGTTTTATCCGTAGACATTCCTTTTATTTACTATCCACATCTTCTGGAGACTTTCTTGA
GCGAATCCATTTCTATGGAAAAATAGAGTATCTTGTAGTAGTTTGTCGTAATGATTTTC
AGAAAAGCTTACAGTTGTTCAAGGATCCTTGCATGCATTATGTGAGATATCAAGGAAA
ATCCATTCTTGCATCAAAAGGAACCTATTTTCTGATGAAGAAATGGAAATGTTACCTT
GTTCGTTTTTGGCAATGTCATTTTTCCTTTTGGTCTCAACCGTATAGGATTCCTATCAA
CCCATTATCCAAAAATTCTTTCGATTTTTGGGGTTATCTTTCAAGTGTATTAATCAATC
CTTTGGCAGTCCGGAGTCAAATGCTAGAGTCTTCATTTCTAATAGACACTGTGACTCA
GAAATTCGAGACTATAGCCCCAGTTATTCCTCTGATTGGATCCTTGTCGAAAGCTCAA
TTTTGTAATGTATCTGGGGATCCTATTAGTAAGGCTGTTTGGACGGGTTTTTCTGATTC
TGATATAATTGATCGGTTTG
16. 21-IBRC070667_NP_P647 (Syringodium isoetifolium)
---------
AATTGTAATAGTTTTATGAAATCCATTTCTATTTTTTCAAAAGAGAATCAAAGATTTTT
TCGTTTACTATATAATTATTATTTATCTGAATATGAATCCGTGTTTTGTTTTCTACGTAA
ACATTCCTCTTATTTACTATCAATATCCTTTGTAGATTTTATTGATCGAACACATTTTTA
TGGAAAAATAGAACATCTTGCAGTAGTTTTTCGTAATGATTTTCAGAAAACCCTACGA
TTGCTCAAAGATCCTTTCCTGCATTATGTTAGATATCAAGGAAAATCAATCTTGGCGT
CAAAGGGAACTCATCTTATAATGAAGAAATGGAAATATTACCTTGTCCATTTTTGGCA
ATGGAATTTTTATTTTTGGTCTCAACCACATAGGATTCATATAAACCAATTATCAAATA
26
ATTCCCTCTATTTTATGGGTTATCTTTCCAGTGTATTGATAAATCCTTTGACAGTAAAG
AGTAAAATGTTAGAGTATTCTTTTATAATAGACATTGTTAGTAATAAATTCGATACTCT
AGTTCCGATTATTCCTCTCATTGGATCTTTATCTAAAGCAAAATTTTGTAATGTATCCG
GATATCCCATTAGTAAGCCAGTTTGGACCGATTTATCTGATTCTGATATTATTGATCGA
TTTG
17. 22-IBRC071317_NP_P647
AGATTATTGATCGGTTTA
18. 23-IBRC071318_NP_P647
AGATTATTGATCGGTTTA
19. 24-IBRC071319_NP_P647
AGATTATTGATCGGTTTA
20. 25-IBRC071321_NP_P647
27
GATATTATTGATCGGTTTG
21. 26-IBRC070525_NP_P647
22. 27-IBRC070526_NP_P647
23. 28-IBRC070527_NP_P647
24. 29-IBRC070661_NP_P647
28
25. 30-IBRC071301_NP_P647
26. 31-IBRC071306_NP_P647
27. 32-IBRC071312_NP_P647
GATATTATTGATCGGTTTG
28. 33-IBRC071313_NP_P647
29
GATATTATTGATCGGTTTG
29. 34-IBRC071315_NP_P647
AGATTATTGATCGGTTTA
30. 35-IBRC071316_NP_P647
AGATTATTGATCGGTTTA
30
1
Lampiran 5 Hasil pengurutan rantai basa (sequencing) pada sampel lamun locus
rbcl
1. 16-IBRC070665_NPA_P610
ACTTATTATACTCCTGAATATGAAACCAAAGATACTGATATCTTGGCAGCATTC
CGAGTAACTCCTCAACCTGGAGTTCCACCTGAAGAAGCAGGGGCCGCAGTAGCTGCC
GAATCTTCTACTGGTACATGGACAACTGTATGGACTGATGGACTTACTAGCTTGGATC
GTTACAAAGGACGATGCTACCACATCGAGCCCGTTGCTGGGGAAGAAAAACAATATA
TTGCTTATGTAGCCTATCCTTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCCGTTACCAACATGTTT
ACTTCCATTGTGGGTAACGTATTTGGGTTCAAAGCTCTACGAGCTCTACGTTTGGAGG
ATCTGCGAATTCCTCCTGCTTATTCCAAAACTTTCCAAGGTCCGCCTCACGGAATCCA
GGTTGAGAGAGATAAATTGAACAAGTATGGTCGTCCCCTATTGGGATGTACTATTAAA
CCAAAATTGGGATTATCCGCGAAAAACTACGGTAGAGCGGTTTATGAATGTCT
2. 17-IBRC070666_NPA_P609
ACTTATTATACTCCAGAATATGAAACCAAAGATACTGATATATTGGCAGCATTC
CGAGTCACGCCGCAACCTGGAGTTCCCCCTGAAGAAGCAGGGGCTGCAGTAGCTGCC
GAATCTTCCACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACTGATGGACTTACTAGCCTTGACC
GTTACAAAGGAAGATGCTACCACATCGAACCCGTTGCTGGAGAAGAAGATCAATATA
TTGCTTATGTAGCTTATCCTTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATGTTT
ACTTCCATTGTCGGTAATGTATTTGGGTTCAAAGCTCTCCGAGCTCTACGCTTGGAGG
ATTTGCGAATTCCCCCTTCCTATTCCAAAACTTTCCAAGGTCCACCTCATGGAATCCAA
GTGGAAAGAGATAGATTGAACAAATACGGCCGCCCTCTACTAGGATGTACTATTAAA
CCAAAATTGGGATTATCCGCGAAAAACTATGGTAGAGCAGTTTATGAATGTCT
3. 18-IBRC070529_NPA_P609
GTTACAAAGGACGATGCTACCACATCGAGCCCGTTGCTGGGGAAGAAGAACAATATA
TTGCTTATGTAGCCTATCCTTTATACCTTTTTGAAGAAGGTTCCGTTACCAACATGTTT
4. 19-IBRC070530_NPA_P609
TTGCTTATGTAGCCTATCCTTTATACCTTTTTGAAGAAGGTTCCGTTACCAACATGTTT
5. 20-IBRC070528_NPA_P609 (Cymodocea rotundata)

CGAGTAACTCCTCAACCTGGGGTTCCGCCTGAAGAAGCAGGGGCCGCAGTAGCTGCC
GAATCTTCTACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACTGATGGACTTACTAGTTTGGATC
GTTACAAAGGACGATGCTACCACATCGAGCCTGTTGTTGGGGAAGAAGATCAATTTAT
TGCTTATGTAGCCTATCCTTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCCGTTACCAACGTGTTTA
31
CTTCCATTGTAGGTAATGTATTTGGGTTCAAAGCTCTACGAGCTCTACGTTTGGAAGA
TCTGCGAATTCCTCCTGCTTATTCCAAAACTTTCCAAGGTCCGCCCCACGGAATACAG
GTTGAGAGAGATAAATTGAACAAGTATGGTCGTCCCCTATTGGGATGTACTATTAAAC
CAAAATTGGGATTATCCGCGAAAAACTATGGTAGAGCGGTTTATGAATGTCT
6. 21-IBRC071309_NPA_P609
7. 22-IBRC071305_NPA_P610 (Thalassia hemprichii)

8. 23-IBRC071306_NPA_P610
9. 24-IBRC071307_NPA_P610
10. 25-IBRC071308_NPA_P610
32
11. 26-IBRC071311_NPA_P610
12. 27-IBRC071310_NPA_P610
13. 28-IBRC070525_NPA_P610
14. 29-IBRC070526_NPA_P610
15. 30-IBRC070527_NPA_P610
33
16. 31-IBRC070661_NPA_P610
17. 32-IBRC071302_NPA_P610
18. 33-IBRC071304_NPA_P610
19. 34-IBRC070662_NPA_P610 (Halophila ovalis)

CGAGTTTCTCCGCAACCTGGAGTTCCCCCTGAAGAAGCGGGGGCTGCAGTAGCTGCCG
AATCTTCCACTGGTACATGGACCACTGTGTGGACTGATGGACTTACTAGCCTTGACCG
TTACAAAGGACGATGCTATCACATCGAACCTGTTGCTGGAGAAGAAGAGCAATATAT
TGCTTATGTAGCTTATCCTTTAGATCTTTTTGAAGAAGGTTCCGTTACTAACATGTTTA
CTTCCATTGTCGGGAATGTATTTGGGTTCAAAGCTCTCCGAGCTCTACGCTTGGAGGA
TTTGCGAATTCCTCCTGCCTATTCCAAAACTTTCCAAGGTCCACCTCATGGAATCCAAG
TGGAAAGAGATAGATTGAACAAATACGGCCGCCCTCTACTAGGATGTACTATTAAAC
CAAAATTGGGATTATCCGCGAAAAACTACGGTAGAGCAGTTTATGAATGTCT
20. 35-IBRC070667_NPA_P610 (Syringodium isoetifolium)

CGAGTAACTCCTCAACCTGGGGTTCCACCTGAAGAAGCAGGGGCCGCAGTAGCTGCC
GTTACAAAGGACGATGCTACCACATCGAGCCTGTTGTTGGGGAAGAAGAGCAATATA
34
ACTTCCATTGTGGGTAATGTATTTGGGTTCAAAGCTCTACGAGCTCTACGTCTGGAAG
ATCTGCGAATTCCTCCTGCTTATTCCAAAACTTTCCAAGGTCCGCCTCACGGAATACA
21. 36-IBRC071312_NPA_P610
22. 37-IBRC071313_NPA_P610
23. 38-IBRC071315_NPA_P610 (Halodule uninervis)

24. 39-IBRC071316_NPA_P610
25. 40-IBRC071317_NPA_P610
35
26. 41-IBRC071318_NPA_P610
27. 42-IBRC071319_NPA_P610
28. 43-IBRC071321_NPA_P610
29. 44-IBRC071314_NPA_P610 (Enhalus acoroides)

CGAGTCACGCCGCAACCTGGAGTTCCCCCTGAAGAAGCAGGTGCTGCAGTAGCTGCC
GAATCTTCCACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACTGATGGACTTACTAGTCTTGACC
GTTACAAAGGACGATGCTACCACATCGAACCCGTTGCTGGAGAAGAAGATCAATATA
ATTTGCGAATTCCCTCTTCCTATTCCAAAACTTTCCAAGGTCCACCTCATGGAATCCAA
CCAAAATTGGGATTATCCGCGAAAAACTACGGTAGAGCAGTTTATGAATGTCT
30. 45-IBRC070532_NPA_P610
36
31. 46-IBRC070646_NPA_P610
32. 47-IBRC070647_NPA_P610
33. 48-IBRC070648_NPA_P610
34. 49-IBRC070652_NPA_P610
35. 50-IBRC070653_NPA_P610
37
36. 51-IBRC070663_NPA_P610
37. 52-IBRC070664_NPA_P610
38. 53-IBRC070668_NPA_P610
CGAGTAACTCCTCAACCTGGGGTTCCACCTGAAGAAGCAGGGGCCGCAGTAGCTGCC
GTTACAAAGGACGATGCTACCACATCGAGCCTGTTGTTGGGGAAGAAGAGCAATATA
ACTTCCATTGTGGGTAATGTATTTGGGTTCAAAGCTCTACGAGCTCTACGTCTGGAAG
ATCTGCGAATTCCTCCTGCTTATTCCAAAACTTTCCAAGGTCCGCCTCACGGAATACA
39. 55-IBRC070531_NPA_P610
40. 56-IBRC071301_NPA_P610
38
41. 57-IBRC071303_NPA_P610
39
Lampiran 6 Keterangan jumlah sampel yang digunakan
Spesies Teramplifikasi Tidak Tidak dapat Tidak

Teramplifikasi digunakan digunakan
MatK rbcl MatK rbcl MatK rbcl MatK rbcl
Cymodocea rotundata 9 9 0 0 0 0 0 0
Syringodium isoetifolium 1 2 1 0 0 0 0 0
Halodule uninervis 9 10 2 0 0 0 0 0
Enhalus acoroides 1 6 5 0 0 0 3 3
Halophila ovalis 1 3 2 0 0 1 0 0
Thalassia hemprichii 9 11 2 0 0 0 0 0
Total 30 41 12 0 0 1 3 3
Total Keseluruhan 90
40
Lampiran 7 Hasil perbandingan identifikasi lamun secara morfologi dengan

menggunakan DNA Barcocing
Rbcl
No Sampel Spesies identifikasi secara Spesies identifikasi secara genetik
morfologi
IBRC.07.05.29 Cymodocea rotundata Halodule uninervis
IBRC.07.13.21 Thalassia hemprichii Cymodocea rotundata
MatK
No Sampel Spesies identifikasi secara Spesies identifikasi secara
morfologi genetik
IBRC.07.06.66 Cymodocea rotundata Thalassia hemprichii
41
RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Jakarta pada tanggal 27 Oktober 1992sebagai anak

pertama dari dua bersaudara dari orang tua bernama Sayuti dan Sri rahmi.Penulis
lulus dari Sekolah Menengah Pertama Negeri 90 Jakarta pada tahun 2007, dan
Sekolah Menengah Atas Negeri 80 Jakarta tahun 2010. Pada tahun 2010, penulis
diterima sebagai mahasiswa Institut Pertanian Bogor, Fakultas Perikanan dan Ilmu
Kelautan, Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautanmelalui jalur Undangan
Seleksi Masuk IPB (USMI).
Selama kuliah di Institut Pertanian Bogor penulis pernah menjadi asisten
mata kuliahBiologi Laut periode 2012-2013 dan 2013-2014, asisten mata kuliah
Ekologi Perairan periode 2013-2014 dan sekretaris asistenBiologi Laut periode
2012-2013. Penulis juga pernah mengikuti Program Kreatifitas Mahasiswa
Penelitian yang didanai oleh DIKTI tahun 2014 dengan judul Baterai Ramah
Lingkungan berbasis Mikroalga. Penulis aktif dalam organisasi Himpunan
Mahasiswa Ilmu dan Teknologi Kelautan (HIMITEKA-IPB) sebagai anggota
divisi Keilmuan periode 2011-2012, dan anggota divisi Keprofesian dan
Keilmuan periode 2012-2013. Penulis bergabung di laboratorium Biodiversitas
dan Biosistematik dengan fokus DNA forensik. Di luar bidang akademik penulis
berprestasi dalam kegiatan kompetisi di bidang olahraga basket (ITK).Untuk masa
depan, penulis memiliki keinginan untuk menjadi peneliti yang berfokus pada
molekular ekologi.
Dalam rangka penyelesaian studi di Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan,
penulis melaksanakan penelitian dengan judul “Sistematika Molekular DNA
Barcoding dan Keanekaragaman Genetik Lamun di P. Panggang, P. Pramuka dan
P. Karya, KeP.an Seribu, Jakarta”.

C15 Npa

Enviado por

Dados do documento

Descrição original:

Título original

Direitos autorais

Formatos disponíveis

Compartilhar este documento

Compartilhar ou incorporar documento

Opções de compartilhamento

Você considera este documento útil?

Este conteúdo é inapropriado?

Direitos autorais:

Formatos disponíveis

C15 Npa

Enviado por

Direitos autorais:

Formatos disponíveis

SISTEMATIKA MOLEKULER DNA BARCODING DAN

KEANEKARAGAMAN GENETIKA LAMUN DI PULAU

NURLITA PUTRI ANGGRAINI

DEPARTEMEN ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN

Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul Sistematika Molekuler

Nurlita Putri Anggraini

Lamun merupakan tumbuhan yang berkembang baik di perairan laut.

Kata kunci: lamun, DNA Barcoding, filogenetik, keragaman genetik

NURLITA PUTRI ANGGRAINI. Molecular Systematic DNA Barcode and

Keywords: seagrass, DNA Barcode, Phylogenetic, Genetic variation

NURLITA PUTRI ANGGRAINI

DEPARTEMEN ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN

Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.

Bogor, Juni 2015

Nurlita Putri Anggraini

DAFTAR TABEL viii

Indonesia merupakan negara kepulauan dan memiliki banyak ekosistem laut

ekologi, keragaman genetik, untuk karantina, konservasi, pencegahan penyakit

1. Mengidentifikasi lamun dengan teknik DNA Barcoding di Pulau Panggang,

Waktu dan Lokasi Penelitian

Waktu dan tempat penelitian dilakukan di beberapa tempat, pada tanggal 18

Bahan yang digunakan pada penelitian ini, dibagi menjadi 4 tahapan.Bahan

Prosedur Analisis Data

Gambar 1 Lokasi pengambilan sampel lamun

Penelitian dilakukan sesuai dengan prosedur sebagai berikut:

DNA Negatif Elektroforesis

DNA Negatif Elektroforesis

Gambar 2 Diagram alir prosedur kerja

Amplifikasi DNA (PCR)

Siklus Pengurutan Nukleotida (cycle sequencing)

HASIL DAN PEMBAHASAN

Identifikasi Spesies dan Urutan Basa Nukleotida

Teramplifikasi Tidak Teramplifikasi

Gambar 3 Komposisi locus yang teramplifikasi dan tidak teramplifikasi

Cymodocea rotundata Syringodium isoetifolium Halodule uninervis

MatK rbcl MatK rbcl MatK rbcl MatK rbcl

Gambar 4 Komposisi spesies yang teramplifikasi pada dua locus

Komposisi Nukleotida (%) Jumlah

Komposisi Nukleotida (%) Jumlah

Tabel 3 Matriks probabilitas substitusi nukleotida locus MatK

A - 0.8269* 7.2019* 9.6565^

T 0.6338* - 7.3563^ 4.9213*

C 13.7139* 18.2760^ - 3.1017*

G 18.7128^ 12.4424* 3.1564* -

A - 1.8939* 4.1593* 11.1604^

Jarak Genetik dan Hubungan Filogenetik

Tabel 5 Matriks jarak genetik locus MatK

Gambar 5 Rekonstruksi pohon filogeni DNA lamun dari locus matK

Gambar 6 Rekonstruksi pohon filogeni DNA lamun dari locus rbcl

Gambar 5 dan 6, membentuk 6 kelompok besar atau clade dengan tambahan

uninervis membentuk cabang kecil. Perbedaan bentuk pohon tersebut dikarenakan

SIMPULAN DAN SARAN

Kesimpulan dari analisis genetik kloroplas yang teramplifikasi dari kedua

Penelitian selanjutnya untuk DNA Barcoding lamun sebaiknya

[BPLHD] Badan Pengelolaan Lingkungan Hidup Daerah. 2012. Kondisi

2015 Jan 13]. Tersedia pada:

Lampiran 1 Protokol standar komposisi master mix pada PCR

Suhu Waktu Siklus Suhu Waktu Siklus

Denaturasi 94 30" 94 1'

annealing 52 35" 35 57 2' 30

extension 70 1' 72 2'

Lampiran 2 Hasil identifikasi spesies menggunakan analisis BLAST locus MatK