Passos para preparação do material para morfometria geométrica, usando os programas

tpsDig, Morpheus et al e tpsUtil.

1 – Abrir o programa tpsDig

2 – Clicar em File > Input source > escolher a figura de interesse

3 – Marcar com a ferramenta “Digitize landmarks”, o número desejado de landmarks

(pontos)
4 – Marcar com a ferramenta “Outline object” o ponto de início da digitalização da
figura, tendo o cuidado de escolher sempre o mesmo ponto de início em todas as figuras
5 – Clique com o botão da direita sobre a figura e selecione “Save as XY coords”

6 – Clicar em File > Save data as > salvar o arquivo com a extensão .tps
7 – Repetir os passos 2 a 6 salvando sempre no mesmo arquivo, selecionando a opção
Append Comentado [-1]: Fazer até este ponto incluindo os dados no
arquivo.

8 – Abrir o programa Morpheus et al. e digitar no espaço “Command” os seguintes

comandos: Comentado [-2]: A partir daqui apenas quando o arquivo estiver
completo.

. set efa nharmonics X (onde X é o nº de harmônicos que será usado na análise)

. set efa location off
. set efa orientation off
. set efa startingpt off
. set efa scale off
. set fullprecision on
9 – Clicar em File > Import > TPSLINE e selecione o arquivo.tps salvo no passo 6

10 – Digitar na linha Command “super bookstein 1 2” (sobrepor os dois landmarks)

11 – Clicar em Curves > Elliptic Fourier Analysis > EFA

12 – Clicar em Curves > Elliptic Fourier Analysis > Save > Coefficients
13 – Salvar com a extensão .nts

14 – Abrir o tpsUtil

15 – Selecionar em “Operation” – Split NTS File

16 – Selecionar o arquivo a ser transformado em “Input” e o local e o nome do novo

arquivo em “Output”

17 – Clicar em Setup
19 – Clicar em Create
- Importar o arquivo XXXX_mod.nts para o Excel, criando um XXXX_mod.xls
- Excluir as quatro primeiras colunas do XXXX_mod.xls
- Abrir o arquivo XXXX_mod.xls no Fitopac e salvar como XXXX_coef.fpm
- Abrir o arquivo XXXX_coef.fpm no Fitopac e fazer PCA, com as opções centrado e
covariância selecionadas (clicar em ordenar).
- Na janela seguinte, selecionar autovetores lambda e autovetores raiz lambda
- Gravar
- Será criado um arquivo XXXX_coef_PCA_Cov_mc_AutovetoresLambda.fpm
- Abrir este arquivo no Fitopac e salvar com a extensão .nts e .xls

Ao fim deste passo, os arquivos que devem estar presentes na pasta são:

. XXXX.tps (com todos os dados da população)

. XXXX.nts (arquivo com os coeficientes do EFA)
. XXXX_mod.nts (arquivo anterior modificado após passar pelo tpsUtil)
. XXXX_coef.fpm
. XXXX_coef_PCA_Cov_mc_AutovetoresLambda.fpm
. XXXX_coef_PCA_Cov_mc_AutovetoresLambda.nts
. XXXX_coef_PCA_Cov_mc_AutovetoresLambda.xls

Os três últimos arquivos são resultantes da análise PCA no fitopac

- A partir deste ponto, deve-se abrir o arquivo XXXX_mod.xls e calcular a média,

média mais o desvio padrão (primeira linha do arquivo
XXXX_coef_PCA_Cov_mc_AutovetoresLambda.xls), média mais duas vezes o desvio
padrão, média menos o desvio padrão e média menos duas vezes o desvio padrão.
- Criar uma planilha no arquivo XXXX_mod.xls para colar os resultados deste cálculo
(colar especial, valores).
- Importar esta planilha no Fitopac, fazendo transposição.
- Salvar este arquivo como um arquivo .nts
- Abrir o tps.Util e usar a ferramenta split NTS file com o arquivo salvo no passo
anterior.
- Salvar o arquivo com o nome indmedio.nts
- Abrir o NTSYSpc
- Selecionar a ferramenta Fourier plot
- Na linha coefficients file, selecionar o arquivo indmedio.nts
- Na linha harmonics, colocar o número de harmônicos utilizados
- Clicar em Compute, para fazer a reconstrução do contorno.