30 DE DEZEMBRO DE 2021

Acelerando a evolução direcionada de

moléculas no laboratório usando uma
nova plataforma robótica
por Anne Trafton, Instituto de Tecnologia de Massachusetts

A evolução natural é um processo lento que depende do acúmulo

gradual de mutações genéticas. Nos últimos anos, os cientistas
encontraram maneiras de acelerar o processo em pequena escala,
permitindo-lhes criar rapidamente novas proteínas e outras moléculas
em seu laboratório.

Esta técnica amplamente utilizada, conhecida como evolução

direcionada, rendeu novos anticorpos para tratar o câncer e outras
doenças, enzimas usadas na produção de biocombustíveis e agentes de
imagem para ressonância magnética (MRI).
Pesquisadores do MIT desenvolveram agora uma plataforma
robótica que pode realizar 100 vezes mais experimentos de evolução
direcionada em paralelo , dando a muito mais populações a chance de
chegar a uma solução, enquanto monitoram seu progresso em tempo
real. Além de ajudar os pesquisadores a desenvolver novas moléculas
mais rapidamente, a técnica também pode ser usada para simular a
evolução natural e responder a questões fundamentais sobre como ela
funciona.

"Tradicionalmente, a evolução dirigida tem sido muito mais uma arte

do que uma ciência, muito menos uma disciplina de engenharia. E isso
permanece verdadeiro até que você possa explorar sistematicamente
diferentes permutações e observar os resultados", diz Kevin Esvelt,
professor assistente no Media Lab do MIT e o autor sênior do novo
estudo.

A estudante de graduação do MIT, Erika DeBenedictis, e a pós-

doutoranda Emma Chory são as principais autoras do artigo, que
aparece hoje na Nature Methods .

Evolução rápida

A evolução dirigida funciona acelerando o acúmulo e a seleção de

novas mutações. Por exemplo, se os cientistas quisessem criar um
anticorpo que se ligasse a uma proteína cancerosa, eles começariam
com um tubo de ensaio de centenas de milhões de células de levedura
ou outros micróbios que foram projetados para expressar anticorpos
de mamíferos em suas superfícies. Essas células seriam expostas à
proteína cancerosa à qual os pesquisadores querem que o anticorpo se
ligue, e os pesquisadores escolheriam aquelas que se ligam melhor.

Os cientistas então introduziriam mutações aleatórias na sequência de

anticorpos e rastreariam essas novas proteínas novamente. O processo
pode ser repetido várias vezes até que surja o melhor candidato.

Há cerca de 10 anos, como estudante de graduação na Universidade de

Harvard, Esvelt desenvolveu uma maneira de acelerar a evolução
direcionada. Essa abordagem aproveita bacteriófagos (vírus que
infectam bactérias) para ajudar as proteínas a evoluir mais
rapidamente em direção a uma função desejada. O gene que os
pesquisadores esperam otimizar está ligado a um gene necessário para
a sobrevivência do bacteriófago, e os vírus competem entre si para
otimizar a proteína. O processo de seleção é executado continuamente,
encurtando cada ciclo de mutação para a vida útil do bacteriófago (que
é cerca de 20 minutos) e pode ser repetido muitas vezes, sem
necessidade de intervenção humana.

Usando este método, conhecido como evolução contínua assistida por

fago (PACE), a evolução direcionada pode ser realizada 1 bilhão de
vezes mais rápido do que os experimentos tradicionais de evolução
direcionada. No entanto, a evolução muitas vezes falha em encontrar
uma solução, exigindo que os pesquisadores adivinhem qual novo
conjunto de condições se sairá melhor.

A técnica descrita no novo artigo da Nature Methods , que os

pesquisadores chamaram de evolução quase contínua assistida por
fago e robótica (PRANCE), pode evoluir 100 vezes mais populações
em paralelo, usando diferentes condições.

No novo sistema PRANCE, as populações de bacteriófagos (que só

podem infectar uma cepa específica de bactérias) são cultivadas em
poços de uma placa de 96 poços, em vez de um único biorreator. Isso
permite que muitas outras trajetórias evolutivas ocorram
simultaneamente. Cada população viral é monitorada por
um robô enquanto passa pelo processo de evolução. Quando o vírus
consegue gerar a proteína desejada, ele produz uma proteína
fluorescente que o robô pode detectar.

"O robô pode cuidar dessa população de vírus medindo essa leitura, o
que permite ver se os vírus estão tendo um bom desempenho ou se
estão realmente lutando e algo precisa ser feito para ajudá-los", diz
DeBenedictis.

Se os vírus estão lutando para sobreviver, o que significa que a

proteína alvo não está evoluindo da maneira desejada, o robô pode
ajudar a salvá-los da extinção, substituindo a bactéria que eles estão
infectando por uma cepa diferente que torna mais fácil para os vírus se
replicarem . Isso evita que a população morra, o que é a causa do
fracasso de muitos experimentos de evolução direcionada.

"Podemos ajustar essas evoluções em tempo real, em resposta direta

ao quão bem essas evoluções estão ocorrendo", diz Chory. "Podemos
dizer quando um experimento está dando certo e podemos mudar o
ambiente, o que nos dá muito mais chutes a gol, o que é ótimo tanto
do ponto de vista da bioengenharia quanto do ponto de vista da ciência
básica."

Novas moléculas

Neste estudo, os pesquisadores usaram sua nova plataforma para criar

uma molécula que permite que os vírus codifiquem seus genes de uma
nova maneira. O código genético de todos os organismos vivos
estipula que três pares de bases de DNA especificam um
aminoácido. No entanto, a equipe do MIT foi capaz de desenvolver
várias moléculas de RNA de transferência viral (tRNA) que lêem
quatro pares de bases de DNA em vez de três.

Em outro experimento, eles desenvolveram uma molécula que permite

aos vírus incorporar um aminoácido sintético às proteínas que
produzem. Todos os vírus e células vivas usam os mesmos 20
aminoácidos naturais para construir suas proteínas, mas a equipe do
MIT foi capaz de gerar uma enzima que pode incorporar um
aminoácido adicional chamado Boc-lisina.

Os pesquisadores agora estão usando o PRANCE para tentar fazer

novos medicamentos de moléculas pequenas. Outras aplicações
possíveis para este tipo de evolução direcionada em grande escala
incluem tentar evoluir enzimas que degradam o plástico de forma mais
eficiente, ou moléculas que podem editar o epigenoma, da mesma
forma como o CRISPR pode editar o genoma, dizem os
pesquisadores.

Com este sistema, os cientistas também podem obter uma melhor

compreensão do processo passo a passo que leva a um determinado
resultado evolutivo. Como eles podem estudar tantas populações em
paralelo, eles podem ajustar fatores como a taxa de mutação, o
tamanho da população original e as condições ambientais e, em
seguida, analisar como essas variações afetam o resultado. Esse tipo
de experimento controlado em grande escala poderia permitir que eles
respondessem potencialmente a questões fundamentais sobre como a
evolução ocorre naturalmente.
"Nosso sistema nos permite realmente realizar essas evoluções com
uma compreensão substancialmente maior do que está acontecendo no
sistema", diz Chory. "Podemos aprender sobre a história da evolução,
não apenas o ponto final."

Explore mais

A equipe de engenheiros direcionou a evolução do sistema de

tradução para a incorporação eficiente de aminoácidos não naturais
Mais informações: Erika A. DeBenedictis et al, Systematic molecular evolution
permite a descoberta robusta de biomoléculas, Nature Methods (2021). DOI: 10.1038 /
s41592-021-01348-4
Informações do periódico: Nature Methods 
Fornecido pelo Massachusetts Institute of Technology