LGN 5799 - SEMINRIOS EM

GENTICA E MELHORAMENTO DE PLANTAS

Programa de Ps-Graduao em
Gentica e Melhoramento de Plantas
Departamento de Gentica
Avenida Pdua Dias, 11 - Caixa Postal 83, CEP: 13400-970 - Piracicaba - So Paulo - Brasil
Telefone: (0xx19) 3429-4250 / 4125 / 4126 - Fax: (0xx19) 3433-6706 - http://www.genetica.esalq.usp.br/semina.php
Mapeamento de QTLs: Aplicaes e
Perspectivas
Aluna: Priscilla Karen Sabadin
Orientador: Antonio Augusto Franco Garcia
Caracterstica Quantitativa
Natureza complexa;
Controlados por muitos genes;
Grande influncia ambiental;
Importncia econmica;
Importncia agronmica.
Muito pouco compreendidos
Caracterstica Quantitativa
F
e
n

t
i
p
o
Valor genotpico Valor genotpico
F
e
q
u

n
c
i
a
Valor fenotpico
F
e
n

t
i
p
o
Mackay, T.F.C. Nature Reviews Genetics, 2:11-20, 2001.
Figura 1. Caractersticas quantitativas.
O que um QTL??
Do ingls: Quantitative Trait Loci
locos controladores de caractersticas
quantitativas
Regies ao longo do cromossomo
responsveis pela expresso de
caractersticas quantitativas
G07
G06
G05
G04
G02
G01
G03
QTL
G07
G06
G05
G04
G02
G01
G03
QTL
Algumas questes...
Nmero de locos que controlam os caracteres
Localizao destes nos cromossomos
Interao dos QTLs (epistasia)
Interao de QTLs com o ambiente
Princpio bsico do mapeamento:
Existncia de desequilbrio de ligao
entre os alelos do marcador e os alelos
do QTL
Delineamentos genticos
Gerao
F
e
n

t
i
p
o

M

d
i
o
Do cruzamento
de duas
linhagens
segregantes,
obtm-se
prognies com
diferentes
fraes do
genoma de cada
parental
Mackay, T.F.C. Nature
Reviews Genetics, 2:11-20,
2001.
Figura 2. a) Linhagens parentais divergentes. b)
Parentais so cruzados gerando indivduos que
contm diferentes fraes dos genomas parentais
Vrias so os tipos de populaes segregantes
utilizadas. Os mais comuns so:
Geraes provenientes de retrocruzamentos;
Geraes F
2
;
Conjuntos de linhagens puras recombinantes
derivadas de plantas F
2
;
Conjuntos de linhagens duplo-haplides obtidas de
gametas de plantas F
1
;
Parental A Parental B
X
Parental A ou B
X
F
1
Cultura de
anteras
Haplide
Duplo-haplide

F
2

Esquema representativo dos diferentes tipos de geraes utilizadas no

mapeamento gentico
RC
Linhagem pura
recombinante
Linhagem duplo-
haplide
Populao F2
Populaes a partir
de retrocruzamentos
(Coelho, 2000)
Marcadores Moleculares
Figura 3. Mapa gentico do cromossomo 11 de rato.
O primeiro passo na identificao e localizao
dos QTLs estimar a ordem linear dos
marcadores
Doerge, W.R. Nature Reviews Genetics, 3:43-52, 2002.
Marcadores Moleculares
Deve-se levar em conta:
1. Tipo de marcador gentico a ser utilizado:
Maior contedo informativo: natureza
codominante
2. Nmero de marcadores que devem ser mapeados e
nmero de indivduos genotipados;
3. Custo, tempo e dificuldades prticas;
Com isso:
Depois que as anlises fenotpicas so
realizadas de cada indivduo, associaes
estatsticas entre os fentipos dos
marcadores e as caractersticas quantitativas
so estabelecidas atravs de aproximaes
estatsticas que vo desde a anlise de
varincia at modelos mais complexos que
incluem vrios marcadores e interaes.
Cada ponto ter uma
determinada distncia de cada
um dos marcadores.
Quanto maior for a distncia,
menor a probabilidade de que o
marcador esteja detectando os
efeitos daquele ponto.
A probabilidade de
recombinao aumenta com a
distncia.
Calculamos para cada ponto os
efeitos detectados para cada
um dos marcadores e
multiplicamos por uma funo
que inversamente proporcional
distncia entre o ponto e o
marcador.
Distncia em Morgans
T
e
s
t
e
Figura 4. Anlise do cromossomo 11 de rato para a caracterstica severidade
Um exemplo:
1. Teste t (retngulo preto);
2. Mapeamento por Intervalo Simples (linha azul);
3. Mapeamento por Intervalo Composto (linha verde);
4. Nvel de significncia de 95% (linha vermelha).
Doerge, W.R. Nature Reviews Genetics, 3:43-52, 2002.
A altura da linha de significncia depender:
Do tamanho da amostra.
Da densidade de marcadores.
Da distribuio dos marcadores ao longo do cromossomo.
Do nmero de caractersticas fenotpicas considerado no
estudo.
Mtodos de Mapeamento
Vrios so os mtodos de mapeamento:
Teste t;
Anlise de varincia;
Regresso Linear;
Mapeamento por Intervalo Simples;
Mapeamento por Intervalo Composto;
Mapeamento Mltiplas Caractersticas ou Ambientes;
Mapeamento de Mltiplos Intervalos;
Mapeamento por intervalo Composto (CIM)
(Zeng, 1994)
Utiliza um mtodo de regresso com cofatores;
QTLs fora do intervalo em questo so considerados ligados
a marcas como covariveis, eliminando esses efeitos
Evita que toda a variao devida a outros QTLs fora do
intervalo sejam residuais, elevando a preciso das estimativas;
E que QTLs ligados ao intervalo em questo interferiram no
processo de estimao, levando a declarao dos chamados
falsos QTLs.
Mapeamento por intervalo Composto (CIM)
(Zeng, 1994)
Desvantagens:
No permite estimar os efeitos epistticos;
Mapeamento por Intervalo Composto para
Mltiplas Caractersticas ou Ambientes
(mCIM) (Jiang e Zeng, 1995)
uma extenso do Mapeamento por Intervalo Composto;
Estimao da interao QTL x ambiente;
Mapeamento de mais de uma caracterstica simultaneamente
Caracterstica correlacionadas devido a ligao ou
pleiotropia;
Aumenta poder de deteco dos QTLs;
Preciso na estimao de seus efeitos.
Mapeamento por Intervalo Composto para
Mltiplas Caractersticas ou Ambientes
(mCIM)
Desvantagem:
No considera os efeitos epistticos
Mapeamento por Mltiplos Intervalos (MIM)
(Kao et al., 1999)
Considera mltiplos intervalos simultaneamente;
Incorpora parmetros de epistasia no modelo;
Maior eficincia e preciso na identificao dos
QTLs;
Os efeitos so estimados sem vis;
Mapeamento por Mltiplos Intervalos (MIM)
Desvantagem:
No se sabe ao certo quo eficientes so os
procedimentos que guiam a procura por
associaes marcador-QTL.
Aplicaes
A caracterizao da sintenia entre espcies, inferindo
sobre sua filogenia;
No melhoramento gentico:
Na seleo assistida por marcadores, o
mapeamento precisa ser utilizado
Aplicaes
Direcionamento de cruzamentos entre cultivares
especficos;
A identificao individual permite a clonagem do QTL;
Identificao de marcadores candidatos que
apresentam uma maior probabilidade de estarem
ligados a poligenes
Alguns exemplos da literatura
Kulwal, P.L.; Roy, J.k.; Balyan, H.S.; Gupta, P.K.
QTL mapping for growth and leaf characters in bread
wheat.
Plant Science, v. 164, p. 267-277, 2003.
Mtodos utilizados:
Mapeamento por Intervalo Composto (CIM)
Mapeamento por Intervalo Composto para Mltiplas
Caractersticas (mCIM)
3 caractersticas correlacionadas (excluindo altura de planta)
Caractersticas avaliadas no trigo:
Hbito de crescimento precoce;
Dias para poda;
Dias de maturao;
Altura de planta;
CIM detectou um total de 16 QTLs:
Caracterstica Efeito do QTL (%)
hbito de crescimento precoce (4 QTLs) 73,19
dias para poda (5 QTLs) 90,61
dias de maturao (5 QTLs) 67,92
altura de planta (2 QTLs) 16,27
Concluses:
mCIM detectou 12 QTLs para as 3 caractersticas
correlacionadas
6 foram comuns tanto para CIM como para o mCIM.
Alguns dos QTLs identificados afetaram mais de
uma caracterstica cada, indicando possveis efeitos
pleiotrpicos ou de forte ligao.
No foram estimadas a interao QTL x ambientes
Concluses:
Figura 5. Cromossomo 2D usando CIM para dias de maturao
Hbito de crescimento precoce Hbito de crescimento precoce Dias para poda Dias para poda
Dias de maturidade Dias de maturidade
Atura de planta Atura de planta
Figura 6.
Mapa
gentico dos
cromossomos
do trigo
contendo
QTLs
Stuber, C.W.; Sisco, P.H.
Marker-facilited transfer of alleles between elite inbred lines and
responses in hibrids.
46TH Annual Corn & Sorghum Research Conference, 1991.
O esquema muito til em programas de
melhoramento de milho
Objetivo foi melhorar um hbrido simples elite oriundo
do cruzamento de duas linhagens elites (LA e LB)
Provenientes de dois grupos heterticos distintos I e
II.
Linhagem elite
A
Linhagem elite
B
x LZ x LT
P1 P2
Mapeamento
dos QTLs
Mapeamento
dos QTLs
Transferncia via
retrocruzamento
assistido nas
linhagens elites
Linhagem elite A
melhorada
Transferncia via
retrocruzamento
assistido nas
linhagens elites
Linhagem elite B
melhorada
Grupo Hetertico I Grupo Hetertico II
x
Hbrido
Figura 7. Esquema para obteno do hbrido.
Foram obtidas diversas linhagens elites melhoradas
Com alelos favorveis de outras linhagens no
elites;
Foram cruzadas e avaliadas em experimentos com
repeties.
Resultados favorveis:
Aumento na produo de gros de forma
considervel nos hbridos oriundos das LA e LB
melhoradas
Jos Ubirajara Vieira Moreira
Mapeamento de QTLs para reao doena mancha de
Phaeosphaeria em milho
Tese de doutorado, Escola Superior de Agricultura Luiz de
Queiroz, 2004.
A populao foi composta por linhagens
endogmicas, genotipadas com 143 marcadores
microssatlites;
Mapeamento por Mltiplos Intervalos (MIM).
O objetivo foi mapear QTLs para estudar a herana
e para identificar alelos favorveis de reao
mancha foliar de Phaeosphaeira em uma populao de
milho tropical
Foram detectados 6 QTLs
distribudos ao longo dos cromossomos:
1, 3, 4, 6 e 8
os QTLs explicaram, em conjunto, 41,62% da
varincia fenotpica.
Concluso:
Coeficiente de herdabilidade elevado do carter:
A seleo fenotpica individual pode acarretar progressos
substanciais com seleo
Baixa interao gentipo por ambiente;
Epistasia dominante x dominante foi detectada entre
os QTLs mapeados no cromossomo 8;
Todos os QTLs mapeados encontram-se prximos a
QTLs mapeados para reao a outros patgenos.
Michel Choary de Moraes
Mapas de ligao e mapeamento de QTL (Quantitative Trait
Loci) em maracuj-amarelo (Passiflora edulis f. flavicarpa Deg.)
Tese de Doutorado, Escola Superior de Agricultura Luiz de
Queiroz, 2005.
Populao composta por 97 indivduos;
IAPAR-06 e IAPAR-123
Caractersticas avaliadas: produo e qualidade dos frutos:
velocidade de crescimento;
produo total;
nmero total de frutos;
peso mdio de frutos;
comprimento e largura mdia dos frutos;
porcentagem de polpa;
teor de slidos solveis totais;
formato mdio dos frutos.
Mapeamento por intervalo composto
Foram encontrados um total de 41 QTLs:
6 QTLs para produo total;
7 QTLs para nmero total de frutos;
4 QTLs para peso mdio de frutos;
5 QTLs para comprimento mdio de frutos;
4 QTLs para largura mdia de frutos;
4 QTLs para porcentagem de polpa;
7 QTLs para teor de slidos solveis;
4 QTLs para formato mdio dos frutos;
90% eram QTLs de efeitos moderados, explicando at 15% da
variao fenotpica
QTLs de grande efeito foram detectados para produo de frutos
(15,02%), nmero total de frutos (16,49%) e formato mdio de frutos
(21,82 e 20,12%).
Concluso:
A populao oriunda do cruzamento da plantas
IAPAR-06 e IAPAR-123 apresenta ampla
variabilidade gentica que pode ser explorada
para seleo dos melhores clones;
Ambos os acessos avaliados possuem QTLs
favorveis para caractersticas de produo e
qualidade dos frutos.
Dyeme Antonio Vieira Bento
Mapeamento de QTLs para produo de gros e seus
componentes em uma populao de milho tropical.
Tese de doutorado, Escola Superior de Agricultura Luiz de
Queiroz, 2006.
Foram utilizadas 256 prognies F
2:3
;
Avaliadas em diversos ambientes;
Mapa gentico composto por 139 marcadores
microssatlites;
Mapeamento por Intervalo Composto expandido para
Mltiplos Ambientes (mCIM);
Caracteres avaliados:
Produo de gros;
Prolificidade;
Peso de 500 gros;
Comprimento da espiga;
Dimetro da espiga;
Dimetro do sabugo;
Profundidade de gros;
Nmero de fileiras;
Nmero de gros por fileira
Concluso:
Detectou-se 44 regies de coincidncia para a
presena de QTLs para produo de gros e seus
componentes;
24 QTLs para produo de gros segundo maior
relatado na literatura.
Os QTLs mapeados foram distribudos
irregularmente nos cromossomos, no ocorrendo
regies de concentrao;
Ocorrncia de QTLs para diversos caracteres em
regies genmicas coincidentes pode ser considerada
indcio de pleiotropia ou ligao gnica.
Concluso:
Na maior parte dos QTLs mapeados para todos os
caracteres constatou-se interao gentipo x
ambiente;
Em pelo metade dos QTLs para os caracteres;
Em produo de gros e dimetro da espiga foi constatada
em todos os QTLs mapeados
Os QTLs reportados podem ser utilizados em
programas de melhoramento que incorporem a SAM
para introgresso em outros germoplasmas.
Perspectivas no mapeamento de
QTLs
Perspectivas
Grandes avanos podem ser visto no mapeamento,
como:
No melhoramento:
Disponibilidade de marcadores fortemente ligados
a genes de interesse;
Possibilidade de seleo de QTLs estveis nos
ambientes e pocas de cultivo.
Perspectivas
Ainda no melhoramento:
Modelos mais complexos permitiro detalhar
melhor as causas da correlao gentica entre
caracteres;
Pleiotropia;
Ligao gnica
Perspectivas
Uso do conhecimento prvio de vias
metablicas gerado por trabalhos na rea de
biologia molecular, seja til para criar um
modelo polignico;
Perspectivas
Mapas genticos mais densos e a disponibilidade de
marcadores codominantes, multiallicos e
transportveis, representariam uma melhoria na
habilidade de conduzir mapeamento de ligao e
anlise de QTL em algumas espcies.
Reduo dos custos dos programas de QTLs, assim
como a mo de obra envolvida.