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Estrutura de proteinas
Funo de proteinas
1
As Protenas so polmeros de -aminocidos ligados entre si
por ligaes peptdicas
Bactria
produz cerca Humano
de 3000 produz cerca
protenas de 35000
protenas
2
Os aminocidos
Existem dois tipos de aminocidos: os aminocidos COMUNS e os DERIVADOS
3
Aminocidos derivados
Prolina 4 hidroxo-prolina
5 hidroxo lisina
Protenas contracteis
Colagnio, protenas fibrosas, miosina
6-N-metil lisina
4
Os aminocidos
-carbono alfa central
- grupo carboxil
- grupo amina
- hidrognio
-R = cadeia lateral,
caracterstica de cada
aminocido.
5
Aminocidos comuns
6 6
7
Aminocidos Essenciais
-aqueles que o organismo no capaz de sintetizar e precisam de ser ingeridos
8
As propriedases fsico-qumicas (cont.)
Absoro no ultravioleta
Para alm de todos os a.a. apresentarem absoro a
<230 nm, os aminocidos aromticos absorvem
fortemente entre 250 e 300 nm
forte absoro das protenas a 280 nm
quantificao.
Ionizao
Em soluo aquosa, os aminocidos podem
comportar-se como cidos e bases normalmente
existem na sua forma inica como ies dipolares
(tambm denominados Zwitteries)
(pH7,0)
9
Os grupos ionizveis dos aminocidos
Os valores de pKa so
dependentes:
temperatura, fora inica
e polaridade do meio
(potencial formao de
ligaes de H)
micro-ambiente volta
do grupo ionizvel
10
Pptidos e protenas: a ligao peptdica
Os pptidos e as protenas so polmeros de -aminocidos (ismeros L)
covalentemente ligados por ligaes peptdicas (ligao amida)
Reaco de condensao
entre o grupo -carboxlico
de um aminocido e o grupo
-amino de um segundo
aminocido, com eliminao
de uma H2O
A repetio sequencial deste processo produz um (poli)pptido ou uma protena (>100 a.a.)
com uma sequncia de aminocidos especfica (R1-R2-R3-Rn)
NH3+ COO-
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A ligao peptdica
As ligaes peptdicas ocorrem numa ressonncia hbrida carcter parcial
de dupla ligao (maior rigidez)
A co-planaridade dos
tomos que constituem a
ligao peptdica devida
estabilizao da
conformao pela
deslocalizao electrnica
que se estabelece entre o
O, o C e o N
12
Polmero de planos de ligaes peptdicas interligados pelos tomos de C (rotao
livre dos planos adjacentes)
trans cis
13
Nomenclatura dos polipptidos
TirGliGliFenLeu Tirosil-Glicil-Glicil-fenilalanil-Leucina
N-terminal C-terminal
(dipeptdo, tri-, oligo/poli-)
14
Pptidos biologicamente activos
Pptidos que desempenham funes biolgicas relevantes em organismos animais e
vegetais (2 a 30 resduos de aminocidos)
(forma oxidada)
15
Propriedades cido-base dos pptidos e protenas
As propriedades cido-base dos pptidos resultam da contribuio de todos os grupos
ionizveis em soluo
Carga total
negativa
(pH=7,0)
Carga total
positiva
16
Ligao peptdica
Estrutura primria
Aminocidos
Pontes
de H
Estrutura secundria
Hlice Loop
Folha
Estrutura terciria
Estrutura quaternria
17
Nveis de estrutura
A funo de uma protena s pode ser compreendida em termos da sua estrutura
18
A estrutura primria
A estrutura primria de uma protena corresponde sequncia de aminocidos e
determinada pela sequncia do DNA do gene que a codifica.
a.a. conservados
a.a. substitudos semelhantes - substituies conservativas
(identidade / homologia; motivos / sequncias consensus)
a.a. variveis
A funo/estrutura nativa de uma protena depende da sua sequncia de a.a. a
estrutura determinada pela sequncia de a.a.
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A estrutura secundria
A estrutura secundria de uma protena define-se como a conformao local da cadeia
polipeptdica, excluindo a contribuio das cadeias laterais (backbone)
C
As cadeias polipeptdicas so flexveis mas Plano da amida
tm restries conformacionais
N
A conformao de uma cadeia polipeptdica
pode ser descrita pelos ngulos rotacionais, e O C
(ngulos diedros) das ligaes covalentes C
As rotaes em torno das ligaes adjacentes
ligao peptdica originam dois tipos de
estruturas: hlices (hlice ) e folhas N
R
pregueadas (folhas )
para a formao de hlices, a rotao d-se
no mesmo sentido (embora com valores C
diferentes) e para as folhas os ngulos de O
toro tm sinal contrrio
Plano da amida
so estabilizadas por pontes de H
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Elementos de estrutura secundria: a hlice
A estrutura secundria das protenas
consiste em repeties sucessivas de um
A folha
mesmo padro estrutural estrutura
primria
Hlice (Glu, Met, Ala, Leu)
folha (Val, Ile)
[loops/turns (Pro, Gli, Asn)]
Carbono
Hidrognio
Oxignio
Passo = 5,4
Azoto
Grupo R
(R)
Os planos das ligaes
peptdicas localizam-se
paralelamente ao eixo da
hlice
22
A hlice : representaes esquemticas
23
A hlice
A formao de hlice dependente do tipo e da sequncia de aminocidos
A estrutura destabilizada:
por repulso electrosttica entre grupos laterais carregados de resduos
consecutivos (Glu, Lis e Arg)
resduos com cadeias laterias volumosas prximos destabilizam por impedimentos
estricos (Asn, Ser, Tre, Leu)
ocorrncia de Pro ou Gli
A hlice ainda estabilizada pela ocorrncia de interaces (inicas ou hidrofbicas)
entre resduos no consecutivos
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A folha
uma estrutura relativamente distendida, com todos os grupos C=O e NH das
ligaes peptdicas em ligaes de hidrognio entre cadeias
Antiparalela: Paralela:
25
A folha : representaes esquemticas
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turns
turns e loops no so estruturas regulares ou peridicas como as hlices e
as folhas , mas so geralmente rgidas e bem definidas inverses no
sentido da cadeia polipeptdica
Encontram-se muitas vezes superfcie das protenas onde podem participar
em interaces com outras molculas
Na turn, o grupo C=O do resduo i forma uma ligao de hidrognio com o
grupo NH do resduo i+3 para estabilizar a volta
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Estrutura secundria: consideraes
As conformaes das hlices e das folhas permitem uma compactao da estrutura,
representando mais de 60% da estrutura das protenas
A formao de uma hlice um fenmeno cooperativo: uma vez formado um passo
da hlice, os seguintes j tm um molde para a sua orientao
Devido composio exclusiva em L-aminocidos, as cadeias polipeptdicas tendem a
enrolar para a direita
O empacotamento antiparalelo de segmentos adjacentes normalmente favorecido
(menos custos energticos)
Na formao helicoidal todas as cadeias laterais dos aminocidos ficam no exterior da
hlice espao versus repulses electrostticas ou repulso estrica
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A estrutura terciria
Estrutura tri-dimensional que uma protena adopta como consequncia das interaces
entre os grupos laterais dos diferentes resduos
29
A estrutura terciria
As protenas enrolam-se formando estruturas compactas em gua
Exterior Interior
30
Estrutura: ligaes em protenas /
estabilidade
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Desnaturao representa a ruptura da conformao nativa da protena
(desenrolamento e perda da estrutura terciria).
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Flexibilidade / rigidez das estruturas proteicas
Algumas protenas so rgidas enquanto que outras apresentam flexibilidade
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A estrutura quaternria
Refere-se ao arranjo das cadeias polipeptdicas nas protenas oligomricas e natureza
das interaces entre elas associaes, quase sempre reversveis por ligaes fracas
(no covalentes), entre vrias cadeias polipeptdicas idnticas ou diferentes (
ocorrncia em protenas oligomricas)
Trata-se de um nvel de complexidade superior na estrutura das protenas; confere um
nvel suplementar na regulao de protenas funcionais
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Protenas: Funo
Funo
Catlise enzimtica
Estrutural (proteco e suporte)
Coordenao de movimentos
Defesa (proteco imunolgica)
Regulao
Transporte
Formao e propagao do impulso nervoso
Conhecimento da estrutura / funo
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1. Forma:
Protenas: Classificao
Fibrosas, em forma de bastonete, longas, insolveis em gua, rgidas
Normalmente tm funes estruturais (rigidez/flexibilidade) e de
proteco
Constitudas por cadeias estendidas ou em hlice enroladas ou
associadas em fibras
Globulares, esfricas, compactas, geralmente solveis em gua.
Normalmente tm funes dinmicas
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Exs. protenas fibrosas
37
Exs. protenas fibrosas
38
Exs. protenas fibrosas
39
As enzimas solveis so protenas globulares
A sua eficincia e especificidade deriva do arranjo 3D dos grupos catalticos o(s)
substrato(s) liga(m)-se a um stio especfico da enzima denominado centro (stio) activo,
onde ocorre a catlise
O centro activo:
contm os resduos de aminocidos directamente
envolvidos na reaco
ocupa uma parte relativamente pequena do volume
total da enzima
trata-se de uma entidade tridimensional
corresponde, geralmente, a uma cavidade na
molcula de enzima, com um ambiente qumico
muito prprio
o substrato entra no stio activo e liga-se enzima
normalmente atravs de interaces fracas, no-
covalentes (por vezes h formao transiente de
ligaes covalentes entre a enzima e o substrato)
Ligao do substrato ao
centro activo
Complexo quimotripsina-substrato
40
Protenas: Classificao
Composio:
Simples, constitudas apenas pela cadeia polipeptdica
Conjugadas, contm, para alm da cadeia polipeptdica, pelo menos um grupo qumico
(cofactor)
Cofactor io inorgnico ou coenzima necessrio para a actividade de uma enzima
Grupo prosttico io metlico ou composto orgnico (que no um a.a.), que est covalentemente
ligado cadeia polipeptdica e que essencial para a sua actividade
Coenzima cofactor orgnico necessrio para a actividade de uma enzima; muitas vezes uma das
componentes deriva de vitaminas.
41
PROTENAS CONJUGADAS
Protenas Conjugadas
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Protenas: composio
Monomricas Polimricas
homopolimricas / heteropolimricas
(homodmero / heterodmero)
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Electroforese em gel de policrilamida em
condies nativas ou desnaturantes
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Interaes Protena-ligando
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Para desempenhar funes as protenas precisam de interactuar com outras molculas.
As protenas ligam-se eficazmente a outras protenas e outras molculas devido:
(1) ao tipo de interaes que estabelecem (maus usual: no covalentes)
-hidrfobas, pontes de H entre grupo carbonilo e amina de cadeias laterais,
inicas, etc.
(2) sua flexibilidade estrutural
(3) complementaridade entre protena e ligando.
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Uma protena muito estvel pode apresentar pouca flexibilidade e, consequentemente, um
dfice funcional. A estabilidade e flexibilidade tm de ser adequadas ao meio ambiente em que
aprotena desempenha funes.
Quantidade relativa de
Protena com ligando
Y
Concentrao de ligando
50 100
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O local de interao pode alterar a sua afinidade com o ligando na presena de moduladores
que induzem alteraes conformacionais na protena.
ALOSTERIA ocorre quando h mais do que um local para ligandos.
2. Ex. mais complicado sero dois locais de ligao diferentes por subunidade numa
protena polimrica. Obtem-se um efeito multiplicativo de conformaes e afinidades.
- efeito heterotrpico positivo.
- efeito heterotrpico negativo.
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Protenas: estrutura e funo
TRANSPORTE DE O2 E CO2
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Sistema circulatrio: Corao e vasos sanguneos
A utilizao de oxignio traz vantagens para os organismos mas a sua baixa
solubilidade (10-4 M) e a impossibilidade da difuso a grandes distncias so
um problema para o desenvolvimento de organismos de grandes dimenses
sistema circulatrio e de molculas transportadoras de O2
50
Transporte de oxignio: hemoglobina
Propriedades do O2:
pO2 (1 atmosfera) = 150-160 mmHg
pO2 max no sangue arterial igual a 100 mmHg (0,15 mmol/L
de O2 dissolvido)
Solubilidade limitada em gua
No sangue transportado complexado hemoglobina (98%
ligado Hb e 2% dissolvido no plasma), aumentando o seu
contedo 60x (8,6 mmol/L)
A quantidade de O2 que a Hb pode transportar depende:
pO2
pH
Temperatura
BFG (2,3-bifosfoglicerato)
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A hemoglobina (Hb)
A hemoglobina (Hb) responsvel pelo
transporte de O2 dos pulmes (ou guelras)
para os capilares dos tecidos onde usado
na respirao (transporta CO2 (e H+))
A hemoglobina uma protena tetramrica
(64,5 kDa) com uma estrutura quaternria
do tipo 22 (interaces hidrofbicas,
pontes de hidrognio e algumas interaces
inicas), Perutz 1959
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Hemoglobina
Protena tetramrica com um grupo prosttico heme por subunidade, o
que a torna capaz de ligar e transportar oxignio.
Grupo heme: uma porfirina com um tomo de ferro central (ligado aos 4 azotos
da molcula). Cada grupo heme fica localizado numa bolsa hidrfoba na
protena perto de uma histidina e alterando a conformao da molcula.
O tomo de Ferro ligado ao oxignio puxa a histidina proximal, o que origina
uma alterao estrutural da referida subunidade que se estende s outras
subunidades e conformao global da hemoglobina.
53
O grupo hemo
Hemo
(Fe-protoporfirina IX)
Anel porfirnico (protoporfirina IX): 4 grupos pirrlicos / 4 grupos metilo / 2 grupos vinilo / 2 grupos
propionato
Os grupos propionato orientam os hemos
Hemo do tipo b, o anel porfirnico no se encontra covalentemente ligado cadeia polipeptdica
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Meio envolvente do grupo hemo
O hemo est localizado numa cavidade hidrofbica (excepto 2 His); os grupos propionato ficam
voltados para o exterior
A funo do grupo prosttico (hemo) modulada pela cadeia polipeptdica:
A cadeia polipeptdica mantm o Fe no estado +2 (Fe3+ no liga O2) minimizando a sua auto-
oxidao (Fe2+Fe3+); permite a ligao reversvel de O2 e estabiliza o estado de transio
(Fe2+O2); a His E7 diminui a afinidade do hemo para o O2 e CO.
A His F8 (histidina
proximal) est ligada ao
ferro na 5 posio de
coordenao A His E7 (histidina distal)
importante para
diminuir a afinidade
para o CO
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A hemoglobina
As subunidades (141 a.a.) e (146 a.a.) so
estruturalmente muito semelhantes entre si
(e tambm mioglobina dos msculos)
um dmero de dmeros (); muitas
interaces entre subunidades e e poucas
interaces 12 ou 12
Mioglobina Hemoglobina
56
Cooperatividade / Alosteria da Hb
A ligao da 1 molcula de O2 a uma subunidade provoca alteraes conformacionais que se
transmitem s outras subunidades, tornando a ligao sucessiva de O2 cada vez mais fcil
cooperatividade positiva
A Hb pode ento adoptar duas conformaes: T (menor afinidade para o O2) e R (maior afinidade
para o O2)
A transio T R envolve a quebra de algumas interaces inicas e pontes de hidrognio entre as
subunidades, originando numa estrutura mais compacta
O2
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A Hb uma protena alostrica
Alosteria, do grego allos stereo. A funo da Hb modificada:
Protenas alostricas so positivamente, em que a ligao da 1 molcula de
normalmente multimricas O2 aumenta a afinidade da protena para as
restantes molculas de O2 cooperatividade
A interaco de pequenas molculas, homotrpica positiva na ligao do O2
efectores ou moduladores negativamente, em que a afinidade para o O2
alostricos, com a protena em locais diminui pela interaco com vrios efectores
distinctos do stio de ligao do alostricos: H+, CO2 e BFG cooperatividade
ligando/subtrato, por vezes bastante heterotrpica negativa com efectores alostricos
afastadas, exerce um efeito (positivo As cooperatividades (positivas e negativas) tornam a
ou negativo) na ligao do hemoglobina um transportador de oxignio mais
ligando/substrato, promovendo a eficiente
transio entre conformaes de
elevada e baixa afinidade para o A mioglobina no uma protena alostrica; no
ligando (alteraes nas estruturas apresenta cooperatividade positiva nem regulao por
tercirias e/ou quaternrias) efectores alostricos
58
A curva de saturao e a transio T R
A ligao do O2 promove a transio entre a forma T de baixa afinidade e a
forma R de elevada afinidade
A proporo de formas T e R depende da pO2
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Cooperatividade
Cooperatividade: processo em que a interaco de um ligando com um local de
ligao afecta a conformao proteica, no sentido de facilitar a interaco
protena-ligando noutro local de ligao da referida protena.
Forma T a bolsa hidrfoba do grupo heme est pouco acessvel ao solvente o
que dificulta a ligao ao O2.
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Eficincia no transporte de O2
A hemoglobina tem pouca afinidade com o O2 para baixas presses de O2.
Segue-se um crescendo exponencial da afinidade para presses mdias de O2.
Elevada afinidade para altas presses de O2.
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Modulao da funo da Hb pelo H+
(Efeito de Bohr-Haldane)
O metabolismo nos tecidos gera CO2 que por sua vez baixa o pH pela reaco catalisada pela
anidrase carbnica:
Anidrase carbnica
(eritrcitos)
(eritrcitos)
CO2 + H2O H+ + HCO3-
(respirao)
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Modulao da funo da Hb pelo H+
(Efeito de Bohr-Haldane)
A forma T tem maior afinidade para o H+ do que a forma R:
Na forma T, a His146 est na forma protonada;
[H+] favorece a forma T e promove a libertao de mais O2
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O transporte de CO2 dos tecidos para os
pulmes
O CO produzido pelo metabolismo nos tecidos baixa a afinidade da
2
Hb para o O2 de duas formas:
A maior parte do CO2 convertido em bicarbonato com libertao de H+
(que contribui para o efeito de Bohr)
O restante CO2 dissolve-se no sangue; parte reage directamente com a Hb
(forma T) ligando-se aos grupos N-terminal das cadeias para formar
carbamino-Hb:
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Modulao da funo da Hb para o O2: o efeito do BFG
A Hb das clulas vermelhas (sangue) tem menor afinidade para o O2 do que a hemoglobina
pura. O sangue deve conter substncias que reduzem a afinidade da Hb para o O2: o 2,3-
bisfosfoglicerato (BFG ou BPG)
O BFG uma molcula orgnica muito aninica presente nos glbulos vermelhos
humanos, numa concentrao idntica da Hb (4-5 mM)
O efeito do BFG essencial para que a hemoglobina liberte o oxignio nos
tecidos.
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Transporte de O2 pela Hb: efeitos alostricos
Cooperatividade homotrpica positiva:
A ligao do O2 hemoglobina aumenta a afinidade dos outros centros
para o O2. A ligao do O2 estabiliza a forma R.
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O envenamento por CO: curiosidade
A afinidade da Hb para o CO (monxido de carbono) cerca de 250x
maior do para o O2 ligao preferencial para o CO.
Histidina distal se no fosse a histidina seria 20000x superior
(envenenamento pelo pouco CO na atmosfera). O Oxignio no
afectado pela presena da histidina.
Exposio prolongada ao CO provoca a formao quase irreversvel
da forma carboxi-Hb, muito txica terapias em cmaras de O2
onde administrado 100% O2
Em fumadores frequentes, 20% dos stios de ligao de O2 ocupados
com CO.
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