Cidades de papel começa em um lugar fictício chamado Jefferson Park, localizado no subúrbio

de Orlando, Florida.

Como crianças pequenas, Quentin e Margo um dia descobriram o cadáver de Robert Joyner,
um homem divorciado que tinha cometido suicídio no parque.

Na sequência deste incidente, a história se encaminha para apresentar o dia-a-dia de Quentin

e Margo, que agora são estudantes do ensino médio que têm crescido afastados uns dos
outros.

No entanto, um mês antes de sua formatura, Margo aparece na janela do quarto de Quentin
com a cara pintada de preto e roupas no meio da noite.

Ela criou uma missão de vingança contra um grupo de pessoas que ela se sente tê-la magoado
ao longo de seu período colegial.

Para começar sua missão, Margo leva Quentin a um Walmart, local para comprar uma lista de
itens que eles precisam para completar seu plano.

Depois de terem comprado todos os materiais necessários, Margo leva Quentin para visitar
seu ex-namorado, Jase, e sua melhor amiga, Becca, para começar a primeira parte de sua
missão.

Assim, para se vingar de ambos, Margo fala para Quentin ligar para os pais de Becca para
informá-los de que sua filha está tendo relações sexuais com Jase em seu porão. Quando Jase
nu tenta escapar da casa e da ira do pai de Becca, Quentin tira uma foto dele.

Margo e Quentin, em seguida, invadem a casa de Becca, Margo grafita em azul um "M" de
margo em sua parede, e deixa um peixe-gato morto em seu porão para simbolizar sua traição.

Depois do incidente com Becca e Jase, eles visitam Karin, um personagem secundário, e
deixam-lhe um buquê de flores.

Após a conclusão da segunda parte da sua missão, Quentin e Margo foram à casa de Jase,
margo quebrou o vidro quando jogou o peixe dentro da casa, e grafitou outro "M" na parte
intacta da janela.

Eles, então visitam Lacey, uma das melhores amigas de Margo e uma personagem importante

Margo sempre sentiu que Lacey nunca tinha sido uma boa amiga para ela, porque ela tinha
muitas vezes ridicularizado ela e fez comentários maldosos sobre sua aparência física.

Depois eles vão para o centro de Orlando, e entram no banco SunTrust e sobem até uma sala
de conferência em um dos andares mais altos para ver um panorama de Orlando.

Aqui, Margo, pela primeira vez, refere-se a Orlando e a sua subdivisão como uma "cidade de
papel".

Após isto tudo, Margo e Quentin voltam para suas casas ao amanhecer.

No entanto, Margo não aparece na escola naquele dia ou no seguinte.

Depois que ela está desaparecida há três dias, seus pais registam uma ocorrência policial.

Margo fugiu quatro vezes no passado, de modo que seus pais estão mais frustrados do que
preocupados com ela.
Sua mãe ainda revela que planeja mudar as fechaduras, de modo que, independentemente se
Margo decide voltar, ela não será capaz de entrar.

Devido ao fato de que Quentin foi a última pessoa a ver Margo, ele é questionado por um
investigador privado.

No entanto, logo depois de sua conversa com o investigador privado, Quentin percebe um
poster de Woody Guthrie colado na parte de trás de janela do quarto de Margo.

Logo que seus pais saíram de sua casa, Quentin, Ben, e Radar subornam sua irmãzinha, Ruthie,
para deixá-los entrar, para que eles possam pesquisar através de seu quarto.

Em seu quarto, Margo fornece uma cópia do poema com seções destacadas.

Assim, Quentin gasta incontáveis dias e noites lendo e relendo o poema para procurar pistas
de seu paradeiro.

Ele logo encontra um pequeno pedaço de papel que tem um endereço localizado na sua porta.

Esperando que ele vá levá-los para onde Margo está, Quentin e seus amigos decidem ir à
escola no dia seguinte para visitar o endereço no pedaço de papel.

Neste local, eles encontram um velho mini-shopping abandonado em Christmas, Florida, que
contém evidências de sua presença recente e uma mensagem de pulverização mórbida
pintados nas paredes.

Eventualmente, as pistas levam a crer que Margo pode estar possivelmente escondida ou
enterrada em um dos muitos projetos abandonados em torno de Orlando.

Consequentemente, ele dirige a todos os projetos abandonados onde ele sente que ela pode
estar escondida, mas não tem sorte em localizá-la.

No dia de sua formatura, enquanto se prepara, Quentin faz uma conexão com um mapa que
ele encontrou no shopping abandonado. Ele combina os buracos das tachas no mini-shopping
para o seu mapa.

Isso o leva a descobrir que Margo foi escondida em uma cidade fictícia em Nova York chamado
Agloe, que foi criado como uma armadilha de direitos de autor por cartógrafos, perto da
cidade existente de Roscoe, New York.

Como resultado, Quentin, Radar, Ben, e Lacey todos optam por não ir á formatura, a fim de ir a
Nova York para procurá-la.O grupo é colocado sob uma restrição de tempo, como Quentin
descobre na página do Omnictionary de Agloe, que Margo planeja deixar o local em 29 de
maio ao meio-dia.

No entanto, ela reage à sua chegada como uma perturbação inesperada e começa a
repreendê-los em conformidade. Margo não tinha deixado nenhuma das pistas que eles
usaram para encontrá-la intencionalmente.

Em última análise, Quentin aceita que era injusto para ele esperar que Margo viveria até a
imagem perfeita que ele construiu dela. Quentin quer ficar com ela, mas entende que as suas
responsabilidades e da natureza de sua vida em casa restringe-o de fazê-lo.