UNIVERSIDADE DO ESTADO DO RIO DE JANEIRO – UERJ

INSTITUTO DE BIOLOGIA ROBERTO ALCANTARA GOMES – IBRAG

DEPARTAMENTO DE GENÉTICA – DGEN

GENÉTICA DE POPULAÇÕES
IBRAG14-08989 ‒ IBRAG14-12174 ‒ IBRAG14-12329

Simulando a seleção natural (e interações)

1. Após iniciar o o programa Populus (https://cbs.umn.edu/populus), selecione a opção Model > Natural Selection >
Selection on a Diallelic Autosomal Locus (significando, Modelo > Seleção Natural > Seleção em um Loco
Autossômico Dialélico);
2. Ao selecionar a opção acima, aparecerá uma janela Input (Entrada “dos parâmetros”), onde os seguintes
parâmetros podem ser ajustados:
a) Plot Options (Opções de Plotagem) seleciona o tipo de gráfico a ser gerado após as simulações,
incluindo:
 p vs t determina a plotagem da frequência p do alelo A ao longo das t gerações;
 Genotypic frequency vs t determina a plotagem das frequências genotípicas p2, 2pq e q2 ao
longo das t gerações;
 Δp vs t determina a plotagem da mudança na frequência p do alelo A de uma geração para a
outra ao longo das t gerações; e
 𝑤 vs p determina a plotagem da adaptabilidade média da população 𝑤 em relação a frequência
p do alelo A.
b) Fitness/Selection Coefficient (Adaptabilidade/Coeficiente de Seleção), separadas em duas abas:
 Fitness (Adaptabilidade) permite determinar a adaptabilidade (W) dos três genótipos AA
(homozigoto para o alelo A), Aa (Heterozigoto) e aa (homozigoto para o alelo a); e
 Selection (Seleção) permite determinar o grau de dominância h e o coeficiente de seleção s.
c) Initial Conditions (Condições Iniciais) incluem:
 One Initial Frequency (Uma Frequência Inicial) determina a frequência p do alelo A no início
das simulações (t0);
 Six Initial Frequencies (Seis Frequências Iniciais) quando selecionado, simula a frequência p
do alelo A com seis valores iniciais diferentes (0.0, 0.2, 0.4, 0.6, 0.8, e 1.0).
 Generations (Gerações) determina por quantas gerações as simulações serão realizadas.
 Observação: Nos EUA, assim como em outros países de língua inglesa, usa-se geralmente um ponto
decimal, ao invés de uma vírgula decimal, como usada no Brasil.
3. Deixando todos os parâmetros em seus valores-padrão (p vs t = on; Fitness = on ; WAA = 1; WAa = 0.95; Waa =
0.9; One Initial Frequency = on; Initial Frequency = 0.1; Generations = 130), selecione View (Ver);
4. Uma nova janela Ouput (Saída “das simulações”) aparecerá, mostrando um gráfico de dispersão p vs t, onde:
a) O eixo da abcissa (x) corresponde às gerações (t; Generations) de simulação; e
b) O eixo da ordenada (y) corresponde às frequências alélicas (p; Allelic Frequency) em cada geração.
5. Feche a janela Ouput, e repita a simulação selecionando agora a opção Six Initial Frequencies.
6. Uma na janela Ouput irá se abrir automaticamente, mostrando um novo gráfico de dispersão p vs t, que agora
inclui seis curvas, cada uma representando a evolução de um dos seis loci com diferentes frequências iniciais.
7. Selecione outras opções de plotagem, observando os diferentes fatores plotados nos eixos das abcissas e das
ordenadas;
8. Na aba Input; altere os seguintes parâmetros para executar novas simulações, e diferentes plotagens, selecionando
View em seguida:
a) Vantagem do Dominante: WAA = WAa > Waa.
b) Vantagem do Dominante, com dominância incompleta: WAA > WAa > Waa.
c) Vantagem do Recessivo: Waa > WAA = WAa.
d) Vantagem do Heterozigoto, com semelhança entre Homozigotos: WAa > WAA = Waa.
e) Vantagem do Heterozigoto, com diferença entre Homozigotos: WAa > WAA ≠ Waa.
f) Desvantagem do Heterozigoto, com semelhança entre Homozigotos: WAa < WAA = Waa.
g) Desvantagem do Heterozigoto, com diferença entre Homozigotos: WAa < WAA ≠ Waa.
9. Na aba Input; selecione a aba Selection, e altere os parâmetros h e s a seu bel-prazer, e execute suas próprias
simulações selecionando, em seguida, View.
10. Registre suas conclusões.
11. Feche agora a janela Input e selecione a opção Model > Natural Selection > Selection and Mutation
(significando, Modelo > Seleção Natural > Seleção e Mutação);
12. Ao selecionar a opção acima, aparecerá uma janela Input, onde os seguintes parâmetros (Parameters) podem ser
ajustados:
a) s, coeficiente de seleção;
b) h, grau de dominância do aleo A;
c) µ, taxa de mutação do alelo A para o alelo a;
d) Generations, o número de gerações a serem simuladas;
e) Plot Type (Tipo de Plotagem) seleciona o tipo de gráfico a ser gerado após as simulações, da mesma
forma que apresentado acima:

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 f) Initial Conditions (Condições Iniciais) determina a frequência p do alelo A no início das simulações,
da mesma forma que acima.
13. Deixando todos os parâmetros em seus valores-padrão (s = 0.6; h = 0 ; µ = 1E-4; Generations = 60; Single
Frequency = on; p vs t = on), selecione View (Ver);
14. Como anteriormente, um nova janela Ouput (Saída “das simulações”) aparecerá, mostrando um gráfico de
dispersão p vs t, onde agora é possível observar no cabeçalho do gráfico e frequência 𝑞 do alelo a no equilíbrio
Seleção-Mutação;
15. Na aba Input; selecione a aba Selection, e altere os parâmetros h e s a seu bel-prazer, e execute suas próprias
simulações selecionando, em seguida, View;
16. Na aba Input; mantenha o parâmetro h e o número de gerações em seus valores-padrão, e altere os parâmetros s e
µ a seu bel-prazer, e execute suas próprias simulações selecionando, em seguida, View, como, por exemplo:
a) s = 0.6;  = 1E-6;
b) s = 0.6;  = 1E-3;
c) s = 0.6;  = 1E-1;
d) s = 0.2;  = 1E-6;
e) s = 0.2;  = 1E-3;
f) s = 0,2;  = 1E-1.
17. Registre suas conclusões.
18. Feche a janela Input e selecione a opção Model > Mendelian Genetics > Drift and Selection (significando,
Modelo > Genética Mendeliana > Deriva e Seleção);
19. Ao selecionar a opção acima, aparecerá uma janela Input, onde os seguintes parâmetros podem ser ajustados:
a) Population Size (Tamanho da população) determina qual o tamanho populacional N inicial e a ser
mantido ao longo das gerações de simulação;
a) Initial Allelic Frequency (Frequência Alélica Inicial) determina a frequência p do alelo A no início das
simulações;
b) Runtime (Tempo de corrida) determina por quantas gerações as simulações serão realizadas;
c) WAA determina a adaptabilidade (W) do AA (homozigoto para o alelo A);
d) WAa determina a adaptabilidade (W) do Aa (Heterozigoto);
e) Waa determina a adaptabilidade (W) do aa (homozigoto para o alelo a).
20. Deixando todos os parâmetros em seus valores-padrão (N = 30; p = 0.5 ; Runtime = 500; WAA = 0.8; WAa = 1; Waa
= 0.9), selecione View (Ver);
21. Uma nova janela Ouput aparecerá, mostrando um gráfico de dispersão p vs t;
22. Repita a simulação selecionando View, na janela Input;
23. Repita a simulação dez vezes, acompanhando, em cada simulação, a frequência alélica p;

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24. Na janela Input; altere os valores de adaptabilidade (W) de cada genótipo, de forma a simular os mesmos tipos de
seleção simulados no item 8, e execute cada nova simulação ao menos dez vezes selecionando View, alterando o
tamanho da população (N) de forma que:
a) N = 10;
b) N = 50;
c) N = 500 (máximo).

Não esqueça de registrar suas conclusões!