Tutorial Genepop

on the Web
Microssatélites

http://genepop.curtin.edu.au/

Teste de Mantel (isolamento por distância

Alelos privativos
FST
Equilíbrio de Hardy-Weiberg e de Ligação
Outros

Luiz Henrique Garcia Pereira

II Curso Teórico-Prático em Sistemática Molecular

 1 – Abrir a matriz dos dados microssatélites no GenAlex
2 – Converter a matriz para formato “Genepop”. Clicar em “GeneAlex”, em seguida em
“export data” e clicar na opção “Genepop.

3 – Checar os dados – número de loci e número de amostras (“samples”).

4 – Selecionar a opção “codominant”.

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 5 – Salvar o arquivo com a extensão “.txt” – caso não apareça a opção “.txt” digitar após
o nome. O arquivo “.txt” pode ser aberto no bloco de notas.

6 – Exemplo de matriz de dados de microssatélites para Genepop.

Título do projeto
Nome dos loci
Loci – cada coluna representa um lócus com os 2
alelos (podem ser representados com 2 ou 3
algarismos

População 1

População 2

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Aplicando o teste de Mantel. Correlação entre distância genética e distância geográfica.
Teste de isolamento por distância.
1 – Construir o arquivo de entrada (arquivo .txt). Matriz de distância/diferenciação
genética (acima) e matriz de distância geográfica (abaixo). Ambos na mesma ordem.
Unidade de distância – metro, Km, etc, desde que todos na mesma unidade.

Nome do arquivo

Matriz de distância genética

Número de par a par. Usar ponto (não
populações vírgula)

Matriz de distância
geográfica par a par. Usar
ponto (não vírgula)

2 – Carregar a página do Genepop (http://genepop.curtin.edu.au/)

3 – selecionar a opção 6 (FST & other correlations)

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 4 – Selecionar as opções 9 (isolation by distance (using isolde)); “Fit to distance”; “convert
F-statistics to F/(1-F)-statistics? yes”.

5 – Selecionar o formato do dado de saída (output format & delivery). Opções por e-mail
ou abrir em .html.

6 – Carregar a matriz de distâncias em .txt na opção “selecionar arquivo”; ou colar a matriz

de distâncias no espaço disponível (input data).

7 – clicar em “submit”.

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 8 – resultado (output file)

Matrizes

Resultados do teste de Mantel

Probabilidade de correlação.

Dados tabulados para exportação para Excel e construção de gráfico

Coluna 1 = distâncias geográficas
Coluna 2 = distâncias/diferenciação genéticas

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 9 – construção do gráfico de correlação (isolamento por distância)
10 – copiar dados tabulados; colar no formato texto (clicar em colar especial e
selecionar formato texto).

11 – substituir os pontos por vírgulas (opção substituir; substituir tudo)

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 12 – separar os valores em 2 colunas. Clicar na aba dados; em seguida na opção
“texto para colunas”.

13 – Selecionar a opção “largura fixa” e clicar em “avançar”.

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 14 – verificar a linha de separação, ajustar se necessário e clicar em “concluir”.

15 – Construir um gráfico de dispersão. Selecionar todo conjunto de dados, clicar na

aba “inserir”, em seguida “gráficos; dispersão”. Selecionar o primeiro tipo de gráfico.

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 16 – após criado o gráfico, clicar nos pontos do gráfico com o botão direito do mouse
e selecionar “adicionar linha de tendência”.

17 – selecionar as opções: linha “linear” e “exibir valor de R-quadrado no gráfico”.

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 18 – se for utilizar o gráfico, acrescentar o valor estatístico do teste de Mantel.

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