Universidade Estadual de Londrina

Instituto Agronômico do Paraná Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária

Estudos de Populações Naturais

Principais Programas utilizados para Dados
Dominantes

Dboot
FAMD Popgen

Arlequin Structure
Luana Alves Rodrigues
 Modelos de Ancestria

Modelo Sem Mistura

• Cada indivíduo veio puramente de uma das K populações .
• Este modelo é adequado para estudar populações completamente
distintas e é muitas vezes mais poderoso que o modelo com mistura na
detecção de estrutura sutil.

Modelo Com Mistura

• Os indivíduos podem ter ascendência mista, ou seja, o indivíduo i
pode herdar alguma fração de seu genoma de ancestrais de k
populações.
• Este modelo é recomendado como um ponto de partida para a
maioria das análises. É um modelo razoável para lidar com muitas das
complexidades de populações reais. Este modelo pode lidar também
com zonas híbridas de uma forma natural.
 Etapas para Utilização do Programa Structure.

1º Passo
Construir a matriz de entrada para o programa.

2º Passo
Operar o programa.

3º Passo
Trabalhar com os resultados brutos fornecidos pelo programa.

4º Passo
Plotar os resultados em tabela e/ou figura.
 1º Passo
Construir a matriz de entrada para o programa.
 2º Passo
Operar o programa.
• Clique em File e posteriormente em Open Data File
• Selecione a matriz de entrada e clique em Open.
• Coloque um nome para o projeto.
• Localize o diretório.
• Localize a matriz de entrada.
• Clique em Next.
• Coloque o número de indivíduos analisados.
• Coloque a ploidia.
• Coloque o número de loci analisados.
• Coloque -9 para dados perdidos.
• Clique em Next.
• Assinale as duas primeira caixas.
• Clique em Finish.
• Clique em Proceed.
• Clique em Parameter Set
• New
• Coloque 10.000 para Length of Burnin Period (Evano et al 2005).
• Coloque 10.000 para Number of MCMC Reps after Burnin (Evano et al 2005).
• Clique em Ok.
• Coloque um nome para o parâmetro.
• Clique em Ok.
• Clique em Project.
• Cliquem em Start a Job.
• Selecione o parâmetro, clicando no nome.
• Coloque a variação para o cálculo de K de 1 a (número de populações + 3) (Evano et al 2005).
• Coloque 20 para o número de interações (Evano et al 2005).
• Clique em Start.
• Clique em View.
• Clique em Simulation Summary.
• Clique em File e em Save as text file.
 3º Passo
Trabalhar com os resultados brutos fornecidos pelo
programa.

Procedimentos a seguir após finalização do Programa.

• Abrir o arquivo em notepad.

• Salvar o arquivo com a extensão .rtf

• Abrir o documento em Wordpad ou Word.

• Copiar tudo e colar no Excel.

• Formatar os dados para colunas.

• Trabalhar com os dados nas fórmulas.

 Gráficos do Excel
180
160
140
120
100
80 Série1
60
40
Number of 20

iterations = 20 0
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14

-1300
-1800
-2300
-2800
-3300 max
-3800
min
-4300
-4800
-5300
-5800
-6300
1 2 3 4 5
max -5773 -5286 -5125 -4978 -4850
min -5779 -5294 -5152 -4972 -4872
mean L(K) -5776 -5290 -5138 -4975 -4861
Figura. Parcelas proporcionais dos grupos para 60 indivíduos genotipadas com AFLP, para K = 2. Cada
linha representa um único indivíduo com a cor representando a proporção de ancestria derivada de
cada grupo.
 Gráficos do Excel
20
18
16
14
12
10
Série1
8
6
4

Number of 2

iterations = 5 0
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13

-1300
-3300
-5300
-7300
max
-9300
-11300
-13300
1 2 3 4
max -5775.6 -5285 -5123.6 -5001.6
min -5778.7 -5354.7 -5366.4 -11074
mean L(K) -5777.2 -5319.9 -5245 -8037.9
Sul

Norte
Figura. Parcelas proporcionais dos grupos para 60 indivíduos genotipadas com AFLP, para K = 3. Cada
linha representa um único indivíduo com a cor representando a proporção de ancestria derivada de
cada grupo.