Carvalho Carolinarodrigueslincolnde D

UNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINAS
FACULDADE DE CIÊNCIAS MÉDICAS
CAROLINA RODRIGUES LINCOLN DE CARVALHO
CARACTERIZAÇÃO DE UMA AMOSTRA DE INDIVÍDUOS COM DEFICIÊNCIA

INTELECTUAL DE ORIGEM INDETERMINADA: ASPECTOS CLÍNICOS,
CITOGENÉTICOS E MOLECULARES.
CAMPINAS
2017
CARACTERIZAÇÃO DE UMA AMOSTRA DE INDIVÍDUOS COM DEFICIÊNCIA

INTELECTUAL DE ORIGEM INDETERMINADA: ASPECTOS CLÍNICOS,
CITOGENÉTICOS E MOLECULARES.
Tese apresentada à Faculdade de Ciências Médicas da Universidade

Estadual de Campinas como parte dos requisitos exigidos para a
obtenção do título de Doutora em Ciências, Área de Concentração
Genética Médica.
ORIENTADORA: PROF.ª DRª ANTONIA PAULA MARQUES DE FARIA.

COORIENTADORA: PROF.ª DRª MARICILDA PALANDI MELLO.
ESTE EXEMPLAR CORRESPONDE À VERSÃO

FINAL DA TESE DEFENDIDA PELA ALUNA
CAROLINA RODRIGUES LINCOLN DE CARVALHO,
ORIENTADA PELA PROF.ª DRª ANTONIA PAULA
MARQUES DE FARIA.
CAMPINAS
2017
BANCA EXAMINADORA DA DEFESA DE DOUTORADO
ORIENTADOR: ANTONIA PAULA MARQUES DE FARIA
COORIENTADOR: MARICILDA PALANDI DE MELLO
MEMBROS:
1. PROF.ª DRª. ANTONIA PAULA MARQUES DE FARIA
2. PROF.ª DRª. ANA BEATRIZ ALVAREZ PEREZ
3. PROF.ª DRª. ANDRÉA TREVAS MACIEL GUERRA
4. PROF.ª DRª. CARMEN SÍLVIA BERTUZZO
5. PROF.ª DRª. MARIA ISABEL DE SOUZA ARANHA MELARAGNO

So
Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas da Faculdade de Ciências
Médicas da Universidade Estadual de Campinas.
A ata de defesa com as respectivas assinaturas dos membros da banca examinadora
encontra-se no processo de vida acadêmica do aluno.
Data: DATA DA DEFESA 25/08/2017

Dedico este trabalho ao meu filho Pietro, força que me move para frente e me faz prosperar.
Razão pela qual luto diariamente em busca de um mundo melhor.
Ao meu marido Pedro, amor de vidas, minha fortaleza, e quem sensivelmente me escolheu
como companheira nessa caminhada rumo ao amadurecimento espiritual.
Aos meus pais, Márcia e Marcel e meu irmão Lucas,

Vocês são meu porto seguro, minha rede de apoio e meus exemplos de vida. Não poderia ter
feito melhor escolha.
Aos meus filhos de pena Luna, Tchuco, Dino e Branquinha (in memoriam) e meus
irmãozinhos de pena, Juvenal e Júnior. Com o carinho gratuito e sincero que vocês têm por
mim, acredito em um mundo melhor.
AGRADECIMENTOS
Do curso de Aprimoramento Profissional ao Doutorado foram mais de 10 anos de

Unicamp. Durante todo esse tempo tive a oportunidade de viver na prática o “mundo da
genética”, passar pelas mais diversas experiências, conhecer pessoas que me fariam refletir
sobre meu papel nesse mundo, evoluir pessoal e profissionalmente. Tornei-me assessora
científica na técnica que desenvolvi no mestrado, biologista, professora universitária...
Casei, tive um filho e agora, de certa maneira, outro.
Enfim, foram tantos momentos bons e ruins também (afinal, eles também nos
movem pra frente, não é mesmo?), que reafirmo - agora com mais convicção – aquilo que
havia dito nos agradecimentos da dissertação: de que sozinho não fazemos nada. Se não
fosse a colaboração de várias pessoas – desde a faxineira e o segurança do departamento
(cada qual na sua função); pacientes e suas famílias nos confiando a pesquisa;
orientadores me guiando profissionalmente; amigos e família ajudando no que fosse
necessário e Deus me conduzindo sempre, eu não teria chegado onde cheguei. Por isso,
todas as linhas do mundo não serão suficientes para expressar minha gratidão a todos que
direta ou indiretamente contribuíram para a construção e realização deste meu sonho,
agora concretizado.
Primeiramente agradeço a Deus por guiar-me sempre pelos melhores caminhos, com saúde,
sabedoria, paciência e força para enfrentar os desafios diários.
Aos meus pais Márcia e Marcel, irmão Lucas, meu marido Pedro e meu filho Pietro por tudo
que fizeram e fazem por mim. Pela base sólida que tenho como família. Juntos somos um só,
por isso esta vitória compartilho com vocês. Amo-os incondicionalmente.
Minhas avós Marina e Odete por serem exemplos em minha vida.
Meus padrinhos Neide e Mauri, tios, primos, sogros, cunhados e minha sobrinha Laís por me
apoiarem e torcerem pelo meu sucesso.
À minha orientadora Profa. Dra. Antonia Paula Marques de Faria pela oportunidade de
crescimento profissional, pessoal e pela sua orientação, amizade e pela confiança em mim
para a condução deste trabalho.
À minha coorientadora Profa. Dra. Maricilda Palandi de Mello pela orientação, amizade,
ajuda técnica e por ter me acolhido no CBMEG.
À Profa. Dra. Iscia Lopes Cendes, pelo apoio científico.
Ao Prof. Dr. Fábio Rossi, por sua amizade e auxílio nos testes de microarray.
Ao Dr. Fernando Marson e Henrique Lattanzi, pela amizade e auxílio na análise estatística.
Às Dras. Denise Cavalcanti e Carolina Moreno pelo encaminhamento dos e colaboração com
os pacientes do CAISM.
RESUMO
A deficiência intelectual (DI) ou transtorno do desenvolvimento intelectual, isolada ou
associada a anomalias congênitas, corresponde a uma das categorias mais amplas de
distúrbios, acometendo de 1% a 3% da população nos países industrializados, enquanto nos
países em desenvolvimento estima-se prevalência cerca de três vezes maior. Devido à
heterogeneidade de fatores causais associados a essa condição, sua investigação diagnóstica
pode ser complexa e 40% dos casos não têm sua origem determinada. Recentemente, com a
aplicação da tecnologia genômica, alterações cromossômicas crípticas, mutações gênicas e
rearranjos genômicos diversos vêm sendo relacionados à DI, modificando as estratégias de
pesquisa nessa área. Entre as mesmas, destacam-se as de Microarray-based Copy Number
Variation (CNV), Multiplex Ligation Probe-dependent Amplification (MLPA), a Hibridização
In Situ por Fluorescência (FISH), além de Next-Generation Sequencing (NGS). Em projeto
anterior, a técnica de MLPA foi aplicada na investigação de rearranjos subteloméricos em 62
pacientes, com alteração em 3,2% deles. Diante da perspectiva de prosseguir na triagem por
MLPA e, quando negativa, indicar a análise por microarray cromossômico ou o
sequenciamento do exoma, foi proposta a continuidade do projeto, visando caracterizar uma
amostra de indivíduos com DI de origem indeterminada quanto a aspectos clínicos e fatores
causais. Sendo assim, 300 indivíduos foram avaliados clinicamente, submetidos a triagem por
MLPA subtelomérico, com identificação de alterações patogênicas em 22 (7,3%) [del1p (2
casos), del1q, del4p, del6p, del18q, delXYp, dup7p, dup7q, dup11p, dup15p, dup17p,
dupXYp (2 casos), del1p/dup4p, del4p/dup8p, del4p/dup12p, dup4p/del8p, dup4p/del13q,
del5p/dup9p, del9p/dup19q e dup9p/del18p]. Entre os 278 restantes, 21 pacientes foram
estudados pela a técnica de microarray, com detecção de variantes patogênicas em 11
[del1p36.33-p36.32/dup4p16.3-p15.33; del7p15.3-p15.2; del7q11.23; del15q21.2-q22.2;
del22q11.21; delXq21.1-q21.33; dup6p11.2/dup10q26.3; dup12p13.2-p13.1; dup15q11.2-
q13.1; dupXp22.33 e dupXq26.2). O sequenciamento do exoma foi realizado para outros 13
indivíduos, com alterações observadas em sete casos concluídos, envolvendo os genes
KIRREL3/SHANK2, CTTNBP2, TCF4, PRKCG, RAI1, HTT e KMT2D. Considerando as 40
alterações identificadas pelas três técnicas utilizadas, em 36 casos foi estabelecida correlação
genótipo-fenótipo, corroborando o diagnóstico laboratorial. Conforme verificado na literatura,
a aplicação desses métodos, incluídos nos algoritmos atuais de investigação diagnóstica da
DI, se mostram efetivos e complementares, ampliando consideravelmente as perspectivas de
determinação do diagnóstico etiológico dessa condição.
Palavras chave: Deficiência intelectual. Aberrações cromossômicas. MLPA. Hibridização

genômica comparativa. Sequenciamento completo de exoma.
ABSTRACT
The intellectual disability (ID) or intellectual development disorder isolated or associated with
congenital anomalies, is the most frequent disability and occurs 1% to 3% of general
population in industrialized world, while in developing countries it is considered to be three
times higher. The etiology is heterogeneous and includes multiple genetic and environmental
factors, although its cause remains undetermined in about 40% of the cases. Recently, with
the application of genomic technology, cryptic chromosomal alterations, gene mutations and
several genomic rearrangements have been related to ID, modifying research strategies in this
area. Among them, the most important are microarray, Multiplex Ligation Probe-dependent
Amplification (MLPA), Fluorescent In Situ Hybridization (FISH), and Next Generation
Sequencing (NGS). Lincoln-de-Carvalho (2009) applied the MLPA technique to investigate
62 patients for subtelomeric rearrangements and found copy number changes in 3.2% of
cases. Considering the perspective of continuing the search for CNVs by MLPA and indicate
the analysis by microarray or exome sequencing for negative cases, the present project
followed with the propose of characterizing a sample with idiopathic ID regarding clinical
aspects and genetic etiology. Therefore, the clinical characterization of 300 patients was
performed based on their medical records. After screening using subtelomeric MLPA,
pathogenic alterations were identified in 22 (7.3%) cases [del1p (2 cases), del1q, del4p,
del6p, del18q, delXYp, dup7p, dup7q, dup11p, dup15p, dup17p, dupXYp (2 cases),
del1p/dup4p, del4p/dup8p, del4p/dup12p, dup4p/del8p, dup4p/del13q, del5p/dup9p,
del9p/dup19q e dup9p/del18p]. The microarray technique was performed for 20 patients, and
pathogenic variants were detected in 11 of them [del1p36.33-p36.32/dup4p16.3-p15.33;
del7p15.3-p15.2; del7q11.23; del15q21.2-q22.2; del22q11.21; delXq21.1-q21.33;
dup6p11.2/dup10q26.3; dup12p13.2-p13.1; dup15q11.2-q13.1; dupXp22.33 and dupXq26.2).
Whole exome sequencing was performed for 13 individuals with alterations observed in seven
concluded cases involving the KIRREL3/SHANK2, CTTNBP2, TCF4, PRKCG, RAI1, HTT
and KMT2D genes. Considering the total of 40 alterations detected by combining the three
tecniques, the genotype-fenotype correlations were concluded in 36 cases, corroborating the
laboratory diagnosis. As verified in the literature, the application of these methods, included
in the current diagnostic algorithms of DI, are effective and complementary, considerably
broadening the prospects for determining the etiological diagnosis of this condition.
Key words: Intellectual disability. Chromosome aberrations. Multiplex ligation-dependent

probe amplification. Comparative genomic hybridization. Whole exome sequencing.
LISTA DE ILUSTRAÇÕES
Figura 1. Técnica de MLPA e suas etapas. 33
Figura 2. Algoritmo para a investigação de DI (modificado de Miller et al.61. 37
Figura 3. Algoritmo proposto para a investigação de DI idiopática (adaptado de

Galasso et al.60 e Miller et al.61). 42
Figura 4. Ciclos utilizados na amplificação da região de interesse dos genes alterados. 46
Figura 5. Ciclos utilizados nas reações de sequenciamento pelo método de Sanger. 47
Figura 6. Associação da presença de alteração genética com marcadores

demográficos, clínicos e laboratoriais, com distribuição numérica, dos pacientes
incluídos no estudo. 60
Figura 7. Gráfico do resultado de MLPA para os indivíduos sem alteração (P)

para o kit SALSA MLPA P036. 62
Figura 8. Gráfico do resultado de MLPA com o kit SALSA MLPA P036 para
os cinco indivíduos (P38, P53, P56, P59 e P68). 64
Figura 9. Em azul, localização dos genes SLC6A12 e KDM5A (cromossomo 12p),

cujas sequências foram utilizadas para a confecção das sondas 12p presentes nos
kits SALSA MLPA P036 e P070, respectivamente108. 64
os cinco indivíduos (P38, P53, P56, P59 e P68). 65
Figura 11. Sequenciamento do fragmento complementar à sonda 12p

(kit SALSA MLPA P036) correspondente a uma porção da sequência do exon 18
do gene SLC6A12. 65
os seis indivíduos (P74, P97, P108, P113, P122 e P257). 66
Figura 13. Em azul, localização dos genes POLR3K e DECR2 (cromossomo 16p),
cujas sequências foram utilizadas para a confecção das sondas 16p presentes nos
kits MLPA P036 e P070, respectivamente108. 66
Figura 14. Gráfico do resultado de MLPA com o kit MLPA P070 para
os seis indivíduos (P74, P97, P108, P113, P122 e P257). 67
Figura 15. Sequenciamento do fragmento complementar à sonda 16p

(kit MLPA P036) correspondente à porção da sequência do exon 1 do gene POLR3K. 67
Figura 16. Gráfico do resultado de MLPA com os kits SALSA MLPA P036 e P070
para os casos P57 (Lincoln-de-Carvalho, 2009) e P98. 69
Figura 17. Em azul, localização dos genes TNFRSF4 e TNFRSF18 (cromossomo
1p36), cujas sequências foram utilizadas para a confecção das sondas 1p presentes
nos kits SALSA MLPA P036 e P070 respectivamente108. 70
Figura 18. Resultado de FISH com sonda subtelomérica para a região 1p para o
paciente P98, mostrando apenas um sinal (verde) no cromossomo 1 normal
(seta branca). 70
Figura 19. Genes relacionados aos sinais clínicos da deleção 1p36 e sua
localização no cromossomo 1, modificado de Jordan et al.133. 73
Figura 20. Gráfico do resultado de MLPA com os kits SALSA MLPA P036 e P070.
As setas em vermelho mostram deleção 1p e duplicação 4p no paciente. 77
Figura 21. FISH com as sondas subteloméricas para 1p (marcadas em vermelho)

e 4p (em verde), mostrando um sinal em vermelho no cromossomo 1 normal,
nenhum sinal em vermelho no cromossomo 1 anômalo, três sinais em verde: dois
para os dois cromossomos 4 normais e outro sinal no cromossomo 1 derivado. 77
Figura 22. Microarray mostrando a deleção em 1p36.3. Em vermelho a região

deletada e abaixo, os genes localizados nesta região. 78
Figura 23. Microarray mostrando a duplicação em 4p16. Em azul a região

duplicada em abaixo, os genes nesta região. 78
Figura 24. Representação esquemática mostrando CNVs patogênicas descritas

na região identificada (14Mb de 4p16). 79
A seta em vermelho mostra deleção 4p no paciente. 80
Figura 26. Em azul, localização do gene PIGG (cromossomo 4p16.3), cuja

sequência foi utilizada para a confecção das sondas 4p presentes nos kits
SALSA MLPA P036 e P070108. 81
Figura 28. Em azul, localização do gene FBCO25 (cromossomo 8p23.3), cuja

Figura 30. Resultado de FISH com sondas subteloméricas para as regiões 4p

(verde) e 12p (vermelho) para a paciente P124, mostrando apenas um sinal no
cromossomo 4 normal (seta) e três sinais vermelhos para os cromossomos 4
(derivado) e 12 (sem alteração). 84
(verde) e 12p (vermelho) para a mãe da paciente P124, mostrando um rearranjo
equilibrado entre os cromossomos 4 e 12. 84
As setas em vermelho mostram duplicação 4p e deleção 8p no paciente. 85
As setas em vermelho mostram duplicação 4p e deleção 13q no paciente. 86
Figura 34. Em azul, localização dos genes F7 e CDC16 (cromossomo 13q34),

cujas sequências foram utilizadas para a confecção das sondas 13q presentes nos kits
SALSA MLPA P036 e P070, respectivamente108. 87
A seta em vermelho mostra deleção XYp no paciente. 97
Figura 36. Em azul, localização do gene SHOX (cromossomos X e Y, em região

pseudoautossômica), cujas sequências foram utilizadas para a confecção das sondas
XYp presentes nos kits SALSA MLPA P036 e P070, respectivamente108. 97
Figura 37. Gráfico do resultado de MLPA com o kit SALSA MLPA P018 mostrando
a deleção envolvendo as regiões Xp22.31 e Xp22.33. 98
A seta em vermelho mostra deleção 1q no paciente. 100
Figura 39. Em azul, localização do gene SH3BP5L ou KIAA1720 (cromossomo 1q44)

cuja sequência foi utilizada para a confecção das sondas 1q presentes nos kits
A seta em vermelho mostra deleção 18q no paciente. 104
Figura 41. Localização dos genes RBFA e CTDP1 (cromossomo 18q23),

cujas sequências foram utilizadas para a confecção das sondas 18q presentes nos kits
A seta em vermelho mostra duplicação 7p no paciente. 106
Figura 43. Em azul, localização dos genes ADAP1 e SUN1 no cromossomo 7p22.3,
cujas sequências foram utilizadas para a confecção das sondas 7p presentes nos kits
a duplicação envolvendo as regiões 7p22.1 e 7p22.3 no paciente. 107
Figura 46. Em azul, localização dos genes RIC8A e BET1L (cromossomo 11p15.5),
A seta em vermelho mostra duplicação 15q-cen no paciente. 112
Figura 48. Em azul, localização dos genes MKRN3 e NDN no cromossomo 15q-cen
(15q11.2), cujas sequências foram utilizadas para a confecção das sondas “15p”
presentes nos kits SALSA MLPA P036 e P070, respectivamente108. 112
a duplicação envolvendo a região 15q11.2 com os genes MKRN3, MAGEL2 e SNRPN
no paciente. 113
Figura 50. Representação esquemática mostrando o cromossomo 15 e, abaixo dele,

um zoom da região duplicada na paciente P130, com os genes incluídos nessa alteração
mostrados abaixo do mapa. A terceira parte da figura mostra algumas CNVs descritas
na região identificada (5,9 Mb em 15q11.2-13.1)108. 113
Figura 51. Mapa de expressão dos genes para a SPW e AS, bem como os pontos de
quebra (BP1-BP5) comuns às condições. Na reta vermelha, a extensão da duplicação
observada na paciente P130, com 5,9 Mb, entre BP2 e BP3. BP – ponto de quebra;
Cen – Centrômero; Tel – telômero. 115
Figura 53. Em azul, a localização do gene RPH3AL (cromossomo 17p13.3), cuja

A seta em vermelho mostra duplicação XYp nos pacientes P258 e P303. 121
Figura 55. Gráfico do resultado de MLPA com o kit SALSA MLPA P018.
As setas em vermelho mostram a extensão da duplicação XYp na paciente P303. 121
Figura 56. Gráfico do resultado de MLPA com o kit SALSA MLPA P018.
As setas em vermelho mostram a extensão da duplicação XYp no paciente P258. 123
A seta em vermelho mostra duplicação 7q no paciente. 125
Figura 58. Em azul, a localização do gene VIPR2 (cromossomo 7q36.3), cuja

sequência foi utilizada para a confecção das sondas 7q presentes nos kits
As setas em vermelho mostram deleção 9p e duplicação 19q na paciente. 128
Figura 60. Em azul, localização genes DMRT1 e DOCK8 (cromossomo 9p24.3), cujas
sequências foram utilizadas para a confecção das sondas 9p presentes nos kits
Figura 61. Em azul, a localização do gene CHMP2A (cromossomo 19q13.43), cuja

sequência foi utilizada para a confecção das sondas 19q presentes nos kits

(vermelho) e 19q (verde) em núcleos interfásicos para a paciente P169, mostrando
apenas um sinal vermelho e três sinais verdes. 129
As setas em vermelho mostram duplicação 9p e duplicação 18p no paciente. 132
Figura 64. Em azul, localização dos genes USP14 e THOC1 (cromossomo 18p11.32),
Figura 65. Representação esquemática mostrando o cromossomo X e, abaixo dele,

um zoom da região deletada no paciente P23, com os genes incluídos nessa
alteração mostrados abaixo do mapa. A terceira parte da figura mostra algumas
CNVs descritas na região identificada (16,4 Mb em Xq21.1-q21.3)108. 139

CNVs descritas na região identificada (6,9 Mb em 15q21.2-q22.2) 108. 142
Figura 67. Representação esquemática mostrando o cromossomo X e, abaixo dele,

CNVs descritas na região identificada (1,4 Mb em em Xq26.2)108. 145

CNVs descritas na região identificada (2,4 Mb em 7p15.3p15.2)108. 148

um zoom da região deletada na paciente P151, com os genes incluídos nessa
CNVs descritas na região identificada (3,2 Mb em 22q11.21)108. 152

CNVs descritas na região identificada (1,4 Mb em 7q11.23)108. 156
CNVs descritas na região identificada (421 kb em 6p11.2)108. 162

CNVs descritas na região identificada (143 kb em 10q26.3)108. 163

um zoom da região deletada na paciente P284, com os genes incluídos nessa
CNVs descritas na região identificada (664 kb em 12p13.2p13.1)108. 165
Quadro 1. Critérios para seleção de pacientes com rearranjos teloméricos

submicroscópicos (adaptada de De Vries et al.100). 41
Quadro 2. Caracterização clínica dos pacientes com DI idiopática. 53

LISTA DE TABELAS
Tabela 1. SALSA MLPA P036-E2 HUMAN TELOMERE-3. 43
Tabela 2. SALSA MLPA P070-B2 HUMAN TELOMERE-3. 45
Tabela 3. SALSA MLPA P365-A1 HUMAN TELOMERE-14. 50
Tabela 4. SALSA MLPA P018-F1 SHOX. 51
Tabela 5. Dados demográficos e clínicos dos pacientes incluídos no estudo. 54
Tabela 6. Variantes identificadas e confirmadas nos indivíduos incluídos no estudo

por meio da técnica de MLPA subtelomérico. 56
Tabela 7. Variantes identificadas e não confirmadas nos indivíduos incluídos

no estudo por meio da técnica de MLPA subtelomérico. 57
Tabela 8. Variantes identificadas nos indivíduos incluídos no estudo por meio da

técnica de microarray. 57
Tabela 9. Variantes identificadas nos indivíduos incluídos no estudo por meio da

técnica de sequenciamento de exoma. 58
Tabela 10. Alterações identificadas em seis indivíduos da casuística com triagem

por MLPA subtelomérico dentro da normalidade que foram submetidos a outros
protocolos investigativos. 58
Tabela 11. Associação da presença de alteração genética com marcadores

demográficos, clínicos e laboratoriais, com distribuição numérica, dos pacientes
Tabela 12. Associação da presença de alteração genética com marcadores

demográficos, clínicos e laboratoriais, com distribuição categórica, dos pacientes
Tabela 13. Alterações encontradas por meio do kit SALSA MLPA P036 e
confirmação – ou não – por meio do kit SALSA MLPA P070. 63
Tabela 14. Características clínicas encontradas em pacientes com deleção

terminal 1p36 (adaptado de Shapira et al.118, Heilstedt et al.119; Gajecka et al.120;
Battaglia et al.121; Oiglane-Shlik et al.122). 71
Tabela 15. Características clínicas encontradas na paciente P124 em comparação

com sinais fenotípicos típicos em indivíduos com deleção 4p e duplicação 12p
(adaptado Zollino et al. 172, Zumkeller et al.194, Battaglia et al.154, Battaglia et al.155). 91
Tabela 16. Características clínicas encontradas no paciente P166 em comparação

com sinais fenotípicos típicos em indivíduos com deleção 4p e duplicação 8p
(adaptado de Zollino et al.168, South et al.161, Midro et al.195, Dai et al. 196). 92
com sinais fenotípicos observados em rearranjo similar (duplicação 4p e deleção 13q),
(Puvabanditsin et al.206). 94

com sinais fenotípicos típicos em mesmo rearranjo (duplicação 4p, deleção 8p)
(adaptado de Sagar et al.209; Skrlec et al.210). 95
Tabela 19. Nome, localização cromossômica e MIM dos genes relacionados a

doenças e envolvidos na alteração observada no caso P130. 114
Tabela 20. Características clínicas encontradas em pacientes com duplicação 9p,

deleção 18p (adaptado de Guilherme et al.424, Sebold et al.432). 133
Tabela 21. Alterações presentes nos indivíduos da casuística investigados por meio
da técnica de aCGH. 136
Tabela 22. Resultados obtidos nos testes de exoma. 137
Tabela 23. Nome, localização cromossômica e MIM dos genes envolvidos na

alteração observada no caso P23. 139


Tabela 26. Região cromossômica, tamanho e número de genes OMIM situados nas
regiões onde foram encontradas perda de heterozigosidade no caso P81. 146





Tabela 32. Alterações presentes nos seis indivíduos da casuística, com resultado
por MLPA subtelomérico dentro da normalidade e que foram submetidos a outros
protocolos investigativos. 168
Tabela 33. Dados do levantamento de prontuários dos 300 pacientes incluídos no

estudo. 220
LISTA DE ABREVIATURAS
ACMG The American College of Medical Genetics and Genomics

ACTB Actin beta
ADAM10 A disintegrin and metalloproteinase domain 10
ADAP1 ArfGAP with dual PH domains 1
ADCYAP1 Adenylate cyclase activating polypeptide 1
ADNPM Atraso do desenvolvimento psicomotor
aGH Hibridização Genômica em Arrays
AKT3 V-akt murine thymoma viral oncogene homolog 3
ANS Agência Nacional de Saúde Suplementar
array-CGH array Comparative Genomic Hybridization (Hibridização Genômica Comparativa
baseada em plataforma array)
ARSF Arylsulfatase F
ASMT Acetylserotonin O-methyltransferase
BAZ1B Bromodomain adjacent to zinc finger domain 1B
BCL2L14 BCL2 like 14
BCL7B BCL tumor suppressor 7B
BERA Brainstem Evoked Response Audiometry
BET1L Bet1 golgi vesicular membrane trafficking protein like
BRAT1 BRCA1 associated ATM activator 1
BRWD3 Bromodomain and WD repeat domain containing 3
CARD11 Caspase recruitment domain family member 11
CASZ1 Castor zinc finger 1
CBMEG Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética
CDC16 Cell division cycle 16
CDC45 Cell division cycle 45
CDKN1B Cyclin dependent kinase inhibitor 1B
CEP Comitê de Ética em Pesquisa
CEPID-BRAINN Centro de Pesquisa, Inovação e Difusão: Instituto Brasileiro de Neurociência e
Neurotecnologia (Brazilian Institute of Neuroscience and Neurotechnology)
CGG Citosina−Guanina−Guanina
CGH Comparative Genomic Hybridization (Hibridização Genômica Comparativa)
CHD7 Chromodomain helicase DNA binding protein 7
CHM CHM, Rab escort protein 1
CHMP2A Charged multivesicular body protein 2A
CHST12 Carbohydrate sulfotransferase 12
CLDN3 Claudin 3
CLDN4 Claudin 4
CLIP2 CAP-Gly domain containing linker protein
cm centímetro
CNVs Copy Number Variations (Variações em número de cópias)
COMT Catechol-O-methyltransferase
CPLX1 Complexina 1
CpG ilhas ricas em Citosina e Guanina
CREBL2 cAMP responsive element-binding protein-like 2
CRIPAK Cysteine rich PAK1 inhibitor
CRK CRK proto-oncogene, adaptor protein
CRLF2 Cytokine receptor like factor 2
CSF2RA Colony stimulating factor 2 receptor alpha subunit
CTDP1 CTD phosphatase subunit 1
CTTNBP2 Cortactin-binding protein 2
CYCS Cytochrome c, somatic
CYP2E1 Cytochrome P450, subfamily IIE
C7orf31 Chromosome 7 open reading frame 31
Del deleção
DECIPHER DatabasE of genomiC varIation and Phenotype in Humans using Ensembl Resources
DECR2 2,4-dienoyl-CoA reductase 2
DFNA5 DFNA5, deafness associated tumor suppressor
DGM Departamento de Genética Médica
DGV Database of Genomic Variant
DI Deficiência Intelectual
DIAPH2 Diaphanous related formin 2
DILX Deficiência Intelectual Ligada ao cromossomo X
DISAPRE Laboratório de Pesquisa em Distúrbios, Dificuldades de Aprendizagem e Transtornos de
Atenção FCM-UNICAMP
DMRT1 Doublesex and MAB3-related transcription fator 1
DNA Deoxyribonucleic acid (Ácido desoxirribonucleico)
DOCK8 Dedicator of cytokinesis 8
Dup duplicação
DUSP16 Dual specificity phosphatase 16
DYX1C1 Dynein axonemal assembly factor 4
ECE1 Endothelin converting enzyme 1
EDTA Ácido Etilenodiaminotetracético
EIF3B Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B
EIF4H Eukaryotic translation initiation factor 4H
ELN Elastin
FAM36A (ou COX 20) COX20, cytochrome c oxidase assembly factor
FAM62B (ou ESYT2) Extended synaptotagmin 2
FANCB Fanconi anemia complementation group B
FAPESP Fundação de Apoio a Pesquisa do Estado de São Paulo
FBXL18 F-box and leucine rich repeat protein 18
FCM Faculdade de Ciências Médicas
FGF2 Fibroblast growth factor 2
FGFR3 Fibroblast growth factor receptor 3
FISH Fluorescence In Situ Hybridization (Hibridização in situ com Fluorescência)
FKBP6 FK506 binding protein 6
FMR1 gene Fragile-X Mental Retardation 1
FMRP Fragile-X Mental Retardation Protein
FSCN1 Fascin actin-bundling protein 1
FTSJ2 (ou MRM2) Mitochondrial rRNA methyltransferase 2
FZD9 Frizzled class receptor 9
F7 Coagulation factor VII
g gramas
GABRB3 Gamma-aminobutyric acid type A receptor beta3 subunit
GABRD Gamma-aminobutyric acid type A receptor delta subunit
GATA6 GATA binding protein 6
GDI1 gene GDPdissociation inhibitor 1
GPC3 Glypican 3
GPC4 Glypican 4
GPER G protein-coupled estrogen receptor 1
GPR19 G protein-coupled receptor 19
GP1BB Glycoprotein Ib platelet beta subunit
GTF2I General transcription factor III
GTF2IRD1 GTF2I repeat domain containing 1
GTG bandamento G com Tripsina e corante Giemsa
CTTNBP2 Cortactin-binding protein 2
HC Hospital de Clínicas
HEATR2 (ou DNAAF5) Dynein axonemal assembly factor 5
HERC2 HECT and RLD domain containing E3 ubiquitin protein ligase 2
HNRNPU Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein U
HSBP1L1 Heat shock factor binding protein 1 like 1
HSPG2 heparan sulfate proteoglycan 2
HS6ST2 Heparan sulfate 6-O-sulfotransferase 2
HTT Huntingtin
HUWE1 gene HECT, UBA and WWE domain containing 1
IBGE Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística
INTS1 Integrator complex subunit 1
IQCE IQ motif containing E
ISCA Consortium International Standards for Cytogenomic Arrays
JARID1A (ou KDM5A) Lysine demethylase 5A
KAL1 (ou ANOS1) Anosmin 1
KANK1 KN motif and ankyrin repeat domain containing protein 1
kb kilobases
KCNAB2 Potassium voltage-gated channel subfamily A regulatory beta subunit 2
KCNG2 Potassium voltage-gated channel modifier subfamily G member 2
KDM5A Lysine demethylase 5A
KDM6A Lysine-specific demethylase 6A
KIRREL3 Kin of irre-like 3
KMT2D Lysine methyltransferase 2D
LAT2 Linker for activation of T-cells family member 2
LETM1 Leucine íper and EF-hand containing transmembrane protein 1
LFNG Fringe, Drosophila, Homolog of, Lunatic
LIMK1 LIM domain kinase 1
LIPC Lipase C, hepatic type
LOH12CR1 (ou BORCS5) BLOC-1 related complex subunit 5
LPIN2 Lipin 2
LRP6 Low Density Lipoprotein receptor-related protein 6
LUZP1 Leucine íper protein 1
LZTR1 Leucine zipper like transcription regulator 1
M Molar
MAD1L1 MAD1 mitotic arrest deficient like 1
MAFK MAF bZIP transcription factor K
MAGEL2 Mage-family member 2
Mb Megabases
MECP2 Methyl CpG binding protein 2
MKRN3 Zinc finger protein 127
MLXIPL MLX interacting protein like
MMP23B Matrix metallopeptidase 23B
MPP6 Membrane palmitoylated protein 6
mRNA Ácido ribonucleico mensageiro
MLPA Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (Amplificação de Múltiplas Sondas
Dependentes de Ligação)
MSX1 Muscle segment homeobox 1
MYO5A Myosin VA
MYO1E Myosin IE
MYP2 ou Myopia 2 (high grade, autosomal dominant)
NCBI National Center for Biotechnology Information
ND não determinado
NDN Necdin, MAGE family member
NFATC1 Nuclear factor of activated T-cells 1
ng nanogramas
NGS Next Generation Sequencing (Sequenciamento de nova geração)
NIPA1 Non imprinted in Prader-Willi/Angelman syndrome 2
NLGN4X Neuroligin 4
NOTCH Notch 1
np braço curto do cromossomo n
NPVF Neuropeptide VF precursor
NPY Neuropeptide Y
nq braço longo do cromossomo n
NSD1 Nuclear receptor binding SET domain protein 1
NUDT1 Nudix hydrolase 1
OCA2 OCA2 melanosomal transmembrane protein
OMIM Online Mendelian Inheritance in Man
OMS Organização Mundial de Saúde
OSBPL3 Oxysterol binding protein like 3
PAFAH1B1 (ou LIS1) Platelet activating factor acetylhydrolase 1b regulatory subunit 1
pb pares de base
PCR Polymerase Chain Reaction (Reação em Cadeia de Polimerase)
PDPN Podoplanin
pH potencial Hidrogeniônico
PIGG Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class G
PI4KA Phosphatidylinositol 4-kinase alpha
POF1B Premature ovarian failure, 1B
POLR3K RNA polymerase III subunit K
POU3F4 POU class 3 homeobox 4
PPP2R3B Protein phosphatase 2 regulatory subunit B''beta
PQLC1 PQ loop repeat containing 1
PRDM16 PR/SET domain 16
PRIM2 Primase (DNA) subunit 2
PRKCG Protein kinase c, gamma
PRKX Protein kinase, X-linked
PRODH Proline dehydrogenase oxidase 1
PTEN Phosphatase and tensin homolog
PTPRD Protein tyrosine phosphatase, receptor type D
QI Quociente Intelectual
qPCR Polymerase Chain Reaction (Reação em Cadeia de Polimerase quantitativa em Tempo Real)
RAB27A RAB27A member RAS oncogene family
RAI1 Retinoic acid-induced gene 1
RBFA Ribosome binding factor A (putative)
RERE Arginine-glutamic acid dipeptide repeats
RFC2 Replication factor C subunit 2
RIC8A RIC8 guanine nucleotide exchange factor A
RPH3AL (ou NOC2) Rabphilin 3A like
RM Ressonância Magnética
RN Resolução Normativa
RNF216 Ring finger protein 216
RS Rearranjos Subteloméricos
RTN4R Reticulon 4 receptor
SCARF2 Scavenger receptor class F member 2
SDK1 Sidekick cell adhesion molecule 1
SERPIND1 Serpin family D member 1
SHANK2 SH3 and multiple ankyrin repeat domains 2
SHOX Short stature homeobox
SH3BP5L SH3 binding domain protein 5 like
SKI SKI proto-oncogene
SLBP Stem-loop binding protein
SLC6A8 gene Solute carrier family 6 member 8
SLC6A12 Solute carrier family 6 member 12
SLC25A1 Solute carrier family 25 member 1
SNAP29 Synaptosome associated protein 29
SNC Sistema Nervoso Central
SNPs Single Nucleotide Polymorphisms
SNRPN Small nuclear ribonucleoprotein polypeptide N
SNV Single Nucleotide Variation
SNX8 Sorting nexin 8
SPEN Spen íperxxiii transcriptional repressor
SPRN Shadow of prion protein
STK31 Serine/threonine kinase 31
STS Steroid sulfatase
STX1A Syntaxin 1A
SUN1 Sad1 and UNC84 domain containing 1
SXF Síndrome do X-Frágil
SYCE1 Synaptonemal complex central element protein I
TACC3 Transforming acidic coiled-coil containing protein 3
TANGO2 Transport and golgi organization 2 homolog
Taq Thermus aquaticus
TBL2 Transducin beta like 2
TBX1 T-box1
TC Tomografia computadorizada
TCF4 Transcription factor 4
TCF12 Transcription factor 12
TCLE Termo de Consentimento Livre e Esclarecido
TE Tris-EDTA
TFDP3 Transcription factor Dp family member 3
THOC1 Tho complex, subunit 1
TNFRSF4 TNF receptor superfamily member 4
TNFRSF18 TNF receptor superfamily member 18
TRIM50 Tripartite motif-containing protein 50
TSHZ1 Teashirt zinc finger homeobox 1
TXNL4A Thioredoxin like 4A
UBE3A Ubiquitin protein ligase E3A
UBE4B Ubiquitination íper E4B
UNICAMP Universidade Estadual de Campinas
USP14 Ubiquitin-specific protease 14
USP18 Ubiquitin specific peptidase 18
USP26 Ubiquitin specific peptidase 26
UTI Unidade de Terapia Intensiva
UTR Untranslated Region (Região não traduzida)
VAMP7 Vesicle associated membrane protein 7
VCX3A Variable charge, X-linked 3A
VIPR2 Vasoactive intestinal peptide receptor 2
VPS37D VPS37D, ESCRT-I subunit
WBSCR22 (ou BUD23) rRNA methyltransferase and ribosome maturation factor
WBSCR27 Methyltransferase like 27
WBSCR28 Transmembrane protein 270
WDR60 WD repeat domain 60
WDR72 WD repeat domain 72
WES Whole Exome Sequencing (Sequenciamento completo do exoma)
WHO World Health Organization
WHSCR-1 Região crítica para a síndrome de Wolf-Hirschhorn 1
WHSCR-2 Região crítica para a síndrome de Wolf-Hirschhorn 2
WHSC1 (ou NSD2) Nuclear receptor binding SET domain protein 2
WHSC2 (ou NELFA) negative elongation íper complex member A
YWHAE Tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein épsilon
ZBED1 Zinc finger BED-type containing 1
ZNF24 Zinc finger protein 24
ZNF238 (ou ZBTB18) Zinc finger and BTB domain containing protein 18
ZNF711 Zinc finger protein 711
 alfa
μL microlitros
SUMÁRIO
1. INTRODUÇÃO 28
1.1. Fatores Genéticos associados à DI 29
1.1.1. Anomalias cromossômicas 29
1.1.1.1. Anomalias cromossômicas submicroscópicas 30
1.1.2. Síndromes monogênicas associadas à DI e à Deficiência
Intelectual ligada ao X (DILX) 31
1.2. Investigação diagnóstica da DI 32
1.2.1. A técnica de MLPA 33
1.2.2. A técnica de microarray 34
1.2.3. Sequenciamento do exoma 36
1.2.4. Uso dos métodos apresentados na investigação diagnóstica da DI 37
2. OBJETIVOS 39
2.1. Objetivo Geral 39
2.2. Objetivos Específicos 39
3. CASUÍSTICA E MÉTODOS 40
3.1. Seleção dos pacientes 40
3.2. Estratégia de investigação 41
3.2.1. Triagem por MLPA 42
3.2.2. Validação dos resultados de MLPA 46
3.2.2.1. Validação pela técnica de sequenciamento pelo método de
Sanger 46
3.2.2.2. Validação pela técnica de FISH 48
3.2.2.3. Validação pela técnica de MLPA 49
3.2.3. Técnica de microarray 51
3.3. Caracterização clínica da casuística e análise estatística 53
4. RESULTADOS E DISCUSSÃO 54
4.1. Caracterização da casuística 54
4.2. Resultados da Investigação Diagnóstica 56
4.3. Comparação da casuística conforme a presença ou não de alterações 58
4.4. Investigação de anomalias subteloméricas por MLPA 61
4.4.1. Alterações não confirmadas 63
4.4.1.1. Alteração del 12p 63
4.4.2. Alterações confirmadas 68
4.4.2.1. Alteração del(1)(p36) 68
4.4.2.1.1. Paciente 57 (Lincoln-de-Carvalho, 2009) 68
4.4.2.1.2. Paciente P98 68
4.4.2.1.3. Paciente P136 76
4.4.2.2. Alteração em 4p 79
4.4.2.2.1. Paciente P316 79
4.4.2.2.2. Paciente P166 81
4.4.2.2.3. Paciente P124 82
4.4.2.2.4. Paciente P237 85
4.4.2.2.5. Paciente P164 86
Deleção 4pter e a síndrome de Wolf -Hirschhorn 87
Duplicação 4pter 92
4.4.2.4. Alteração del XYp 95
4.4.2.4.1 Paciente P85 95
4.4.2.5. Alteração del 1q 99
4.4.2.5.1 Paciente P192 99
4.4.2.6 Alteração del 18q 103
4.4.2.6.1. Paciente P137 103
4.4.2.7. Alteração dup 7p 105
4.4.2.7.1 Paciente P161 105
4.4.2.8.1. Paciente P191 108
4.4.2.9. Alteração “dup 15p” (15q-cen) 111
4.4.2.9.1. Paciente P130 111
4.4.2.10.1. Paciente P236 117
4.4.2.11. Alteração dup XYp 120
4.4.2.11.1. Paciente P303 120
4.4.2.11.2. Paciente P258 122
4.4.2.12. Alteração dup 7q 125
4.4.2.12.1. Paciente P4 125
4.4.2.13. Alteração del5p/dup9p 127
4.4.2.13.1. Paciente P64 127
4.4.2.14. Alteração del9p/dup19q 127
4.4.2.14.1. Paciente P169 127
4.4.2.15. Alteração dup9p/del18p 131
4.4.2.15.1. Paciente P194 131
4.5. Investigação de alterações pelos métodos de microarray e
sequenciamento de exoma 136
4.5.1. Paciente P23 137
4.5.2. Paciente P42 141
4.5.3. Paciente P81 144
4.5.4. Paciente P108 147
4.5.5. Paciente P151 150
4.5.6. Paciente P152 155
4.5.7. Paciente P158 161
4.5.8. Paciente P284 164
4.6. Outros resultados 167
5. CONCLUSÕES 169
6. CONSIDERAÇÕES FINAIS 170
7. REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS 171
8. ANEXOS 204
8.1. Aprovação do Comitê de Ética em Pesquisa com Seres Humanos 204
8.2. Termo de Consentimento Livre e Esclarecido 206
8.3. Protocolo Padrão MLPA 207
8.4. Artigo 209
8.5. Planilha com dados da casuística 220
28
1. INTRODUÇÃO
A deficiência intelectual (DI) ou transtorno do desenvolvimento intelectual,

isolada ou associada a anomalias congênitas, é um dos principais fatores de redução da
qualidade de vida. Para o indivíduo e sua família representa limitação em diferentes graus, em
geral determinando necessidade de supervisão e proteção permanentes. No âmbito
populacional, é considerada problema de saúde pública, por sua prevalência e consequências
negativas para a produtividade e relações sociais, além do aumento na demanda por serviços
médicos e educacionais especializados1,2.
Trata-se de condição complexa, identificada pela redução substancial das funções
intelectuais, concomitante a déficits no comportamento adaptativo, envolvendo os domínios
conceitual, social e prático. Uma forma objetiva de classificação baseia-se em testes
psicométricos para determinação do quociente intelectual (QI), os quais, embora vistos como
um instrumento imperfeito, são considerados satisfatórios na avaliação do potencial de inteli-
gência, sendo utilizados pela Organização Mundial de Saúde (OMS), que considera quatro
níveis de gravidade: DI leve (QI entre 50-70), DI moderada (QI entre 35-49), DI grave (QI
entre 20-34) e DI profunda (QI inferior a 20). Contudo, a maioria dos estudos sobre as causas
de DI classifica os indivíduos apenas em dois grupos, o dos indivíduos com DI leve (QI entre
50 e 70) e os demais com DI grave (QI seja inferior a 50)2,3.
A confirmação da DI costuma ser mais tardia, mas em muitos casos a suspeita
diagnóstica surge antes dos cinco anos de idade, quando não é possível realizar avaliações
sistemáticas do funcionamento intelectual, porém se observa que a criança não atinge os
marcos esperados do desenvolvimento neuropsicomotor, caracterizando o atraso global do
desenvolvimento, que pode resultar na deficiência intelectual no adulto1,2,4-6.
A DI representa uma das categorias mais amplas de distúrbios, acometendo de 1%
a 3% da população nos países industrializados, com aproximadamente um terço dos casos
atribuídos a causas genéticas. Já nos países em desenvolvimento, estima-se prevalência três
vezes maior, atribuída ao efeito de fatores ambientais adversos, como desnutrição proteico-
calórica, infecções do sistema nervoso central, além de idade materna avançada, maior
frequência de casamentos consanguíneos e carência de serviços de aconselhamento genético
7-9
. Com relação à gravidade, os casos de DI leve são a maioria, com frequência de sete a oito
vezes maior do que as formas mais graves, sendo caracterizadas muitas vezes como atraso na
fala, alteração do comportamento e/ou baixo rendimento escolar 10.
29
No Brasil, conforme dados do Censo Demográfico 2010, são mais de 45 milhões

de pessoas com pelo menos uma forma de deficiência (física ou mental), o que representa
aproximadamente 23% da população. Dentre esses, pelo menos 2,6 milhões ou 1,4% da
população seriam deficientes intelectuais, o que deve corresponder a subestimativas, tendo em
vista os índices propostos para países em desenvolvimento 11.
Entre os indivíduos encaminhados para avaliação em serviços de Genética
Clínica, 60% a 70% apresentam algum grau de comprometimento intelectual e, tendo em vista
a significativa heterogeneidade causal e fenotípica dessa condição, um dos grandes desafios é
a determinação do diagnóstico etiológico, que permanece indeterminado em cerca de 40% dos
casos1,12,13. Embora fatores não-genéticos estejam comumente associados à DI, com destaque
para alguns teratógenos como álcool e outras drogas, infecções como rubéola e sífilis, além de
complicações peri e(ou) neonatais, uma parcela significativa é atribuída a causas genéticas,
incluindo desde anomalias cromossômicas a mutações de ponto, ou ainda fatores
epigenéticos, em especial entre as formas mais graves. Entretanto, mesmo com o refinamento
das técnicas de investigação diagnóstica, 60% dos casos de deficiência intelectual atribuída a
causas genéticas permanecem de origem indeterminada4,6,14-16.
1.1. Fatores Genéticos associados à DI

Entre as causas genéticas de DI destacam-se as cromossomopatias, em particular a
síndrome de Down, as heredopatias de transmissão monogênica, incluindo diversos erros
inatos do metabolismo e o grupo da DI ligada ao X. Além disso, mecanismos como dissomia
uniparental e fatores epigenéticos, como erros na impressão genômica ou imprinting, também
são descritos, por exemplo, em um percentual dos indivíduos com as síndromes de Angelman
e Prader-Willi17-19.
1.1.1. Anomalias cromossômicas

Estima-se que 15% dos casos de DI se relacionem a anomalias cromossômicas
identificadas pelo exame de cariótipo convencional, com destaque para a trissomia do
cromossomo 21 entre as aneuploidias, além de diversas cromossomopatias estruturais como
deleções, translocações em geral desbalanceadas e cromossomos marcadores, envolvendo
pelo menos 5 a 10 milhões de pares de bases. Mais recentemente, a aplicação de técnicas de
citogenética molecular tem possibilitado a identificação de alterações cromossômicas
inferiores a esse limite em indivíduos com DI classificada como idiopática, caracterizando
30
diversas síndromes de microdeleção ou duplicação submicroscópicas, parte delas relacionadas

a rearranjos subteloméricos20-22.
1.1.1.1. Anomalias cromossômicas submicroscópicas

Durante um período, parte dos estudos nessa área se concentraram nas regiões
adjacentes aos telômeros, por características que as tornam candidatas a ocorrência de
rearranjos, como a quase ausência de histonas e nucleossomos, riqueza em genes e ilhas CpG
e probabilidade alta de recombinação23. Embora os rearranjos subteloméricos descritos em
muitos estudos envolvam regiões específicas, é provável que a interação significativa de
sequências subteloméricas homólogas inicie o processo de recombinação entre as mesmas.
Apesar do mecanismo de duplicação e separação das regiões cromossômicas terminais não
estar totalmente elucidado, já se sabe que erros podem ocorrer e que mutações envolvendo
essas regiões podem ser herdadas, com ou sem consequências clínicas, e se associam a
diversas condições, incluindo a DI24.
De fato, diversos estudos demonstraram a relevância dos rearranjos
subteloméricos entre os fatores relacionados à DI. Um dos principais foi o de Knight e
colaboradores25 em indivíduos com DI idiopática, identificando essas alterações em 7,4% dos
que apresentavam deficiência moderada ou grave e em 0,5% dos com DI leve. Estudos
posteriores mostraram uma proporção maior de alterações subteloméricas em indivíduos com
DI leve (10% a 33%), sendo essas variações possivelmente relacionadas a diferenças no
tamanho da amostra e nos critérios de seleção da casuística. De todo modo, a revisão realizada
por De Vries e colaboradores26, estabelecendo que uma amostra de 2.500 indivíduos com DI,
5% apresentavam rearranjos subteloméricos, colocou essas alterações como causa comum de
DI idiopática, justificando sua inclusão na investigação diagnóstica dessa condição 27-29.
Posteriormente, com o desenvolvimento das técnicas de microarray foi possível
identificar e mapear alterações como polimorfismos de nucleotídeo único ou simples (Single
Nucleotide Polymorphisms ou SNPs) em indivíduos de diferentes grupos populacionais. A
medida da associação entre os SNPs mapeados e diversas condições complexas, a partir da
análise de grandes coortes de pacientes, tem revolucionado o estudo de numerosas
características e doenças30-32.
Inserções e deleções também são comuns, variando em tamanho desde um até
milhares de pares de bases e, à semelhança dos SNPs, podem ou não ter efeito deletério sobre
o fenótipo. Entre essas, incluem-se as chamadas variações no número de cópias de segmentos
31
de DNA do genoma humano (Copy Number Variations, CNV), definidas como sequências de
DNA de 1 kb ou mais, nas quais há divergência no número de cópias observado entre os
indivíduos33-35 e sendo classificadas como deleções, duplicações, repetições invertidas ou
mesmo hotspots de rearranjo cromossômico, entre outras36-38.
A relação entre CNVs e DI é relatada em vários estudos, permitindo estimar que
seriam responsáveis por 5% a 20% dos casos de DI, sendo essa variação dependente dos
critérios de seleção clínica utilizados39-44.
Contudo, como a identificação de CNVs no genoma é recente, a confirmação de
sua patogenicidade é complexa e requer investigação de aspectos como transmissão a partir de
um genitor normal ou afetado, expressão variável conforme o sexo, caracterização do quadro
clínico associado, identificação dos genes presentes na região e detecção (ou não) em
indivíduos normais, justificando a ampliação dos estudos em indivíduos com DI de causa
indeterminada.
1.1.2. Síndromes monogênicas associadas à DI e à Deficiência Intelectual ligada ao X

(DILX)
Numerosos erros metabólicos, predominantemente de transmissão recessiva, se
relacionam a atraso global do desenvolvimento, assim como diversas síndromes monogênicas
que são conhecidas pela determinação de DI em graus variados, como a distrofia miotônica, a
síndrome de Noonan e condições correlatas e a esclerose tuberosa, entre outras 4,15.
Contudo, a maior parte dos estudos relacionados a heredopatias monogênicas
associadas a DI tem como foco a identificação de genes do cromossomo X, ou a deficiência
intelectual ligada ao X (DILX), pela peculiaridade de sua transmissão, em geral envolvendo
várias genealogias.
A DILX é uma das causas genéticas mais frequentes de DI, ocorrendo em 10-12%
de todos os homens afetados, provavelmente pelo maior número de genes no cromossomo X
em comparação a qualquer outro segmento autossômico45. As mulheres podem manifestar
sintomas mais brandos, possivelmente pela inativação preferencial do cromossomo X.
Nesse grupo, destaca-se a síndrome do X-frágil (SXF - MIM 300624), principal
causa monogênica de DI, bem como muitas outras condições que se associam ou têm a DI
como manifestação principal e são determinadas por genes do cromossomo X27,46-49. A SXF,
somente menos frequente que a síndrome de Down, ocorre em aproximadamente 1:4.000
homens e 1:8.000 mulheres50-52.
32
Na SXF, a denominação “X-Frágil” se refere a uma região mais sujeita a quebras

ou falhas, ou seja, um “sítio frágil”, no qual a cromatina não se condensa apropriadamente
durante a mitose, situado em Xq27.3. Na quase totalidade dos casos, a SXF é causada por
uma mutação dinâmica, caracterizada pela expansão de uma sequência de trinucleotídeos
CGG, situada na região 5’ não-traduzida do primeiro exon do gene FMR1 (MIM 309550 -
Fragile-X Mental Retardation). O número normal de repetições é aproximadamente 60,
enquanto em pacientes com a SXF ocorrem centenas de repetições. Mais de 200 cópias da
repetição levam a uma metilação excessiva de citosinas no promotor de FMR1,
comprometendo o funcionamento normal (ou a transcrição) e silenciando o gene. A proteína
codificada pelo gene FMR1, denominada FMRP, encontra-se expressa em vários tecidos,
incluindo epitelial e Sistema Nervoso Central (SNC), sendo seu RNAm produzido em níveis
elevados durante o desenvolvimento fetal, principalmente em neurônios colinérgicos e
piramidais do hipocampo. Dessa forma, a deficiência funcional do gene é vinculada ao
fenótipo da SFX, que inclui, além da DI (em geral de moderada a grave no sexo masculino),
distúrbios de comportamento e linguagem, face alongada e mandíbula proeminente, orelhas
grandes e/ou em abano e macrorquidia, comumente observados a partir da puberdade 53-55.
1.2. Investigação diagnóstica da DI

Recentemente, com a aplicação da tecnologia genômica, alterações
cromossômicas crípticas, mutações gênicas e rearranjos genômicos diversos vêm sendo
relacionados à DI, modificando as estratégias de pesquisa nessa área. Entre as mesmas,
destacam-se a Hibridização Genômica em Arrays (aGH), a Multiplex Ligation Probe-
dependent Amplification (MLPA), a Hibridização In Situ por Fluorescência (fluorescent in-situ
hybridization ou FISH), além do sequenciamento do exoma15,24,56-59.
Nos países industrializados vem sendo recomendado como procedimento inicial a
realização de testes como “microarray cromossômico” ou “cariótipo molecular”, e mesmo o
sequenciamento do exoma, pela maior resolução para detecção de alterações genômicas 15,60-63.
Já nos países em desenvolvimento, a análise cromossômica convencional ainda é a alternativa
de investigação predominante, em geral com resolução que varia de 450-850 bandas por lote
haploide, ou de 3-5 Mb, e dependendo da extensão, alterações como microduplicações e
microdeleções intersticiais ou subteloméricas não são identificadas6,16,64.
33
1.2.1. A técnica de MLPA

A técnica denominada Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification
(Amplificação de Múltiplas Sondas Dependente de Ligação) é um método sensível,
econômico e rápido, para a quantificação relativa do número de cópias de mais de 50
sequências de ácidos nucleicos em único experimento, permitindo detectar deleções e
duplicações de diversos genes, além de mutações de ponto conhecidas 64,65. Descrita por
Schouten64, parte de um princípio simples, o de hibridizar uma mistura de sondas à amostra
de DNA genômico a ser analisada, seguida da amplificação dos produtos de ligação por PCR,
utilizando um par de primers universal. Os fragmentos finais são separados e lidos em
aparelho de eletroforese capilar, sendo possível a quantificação relativa de cópias gênicas
(Figura 1).
Figura 1. Técnica de MLPA e suas etapas.

34
Atualmente, a empresa MRC-Holland produz kits de MLPA para o estudo de

várias condições genéticas. Segundo o fabricante, entre as vantagens dessa técnica em relação
a outras utilizadas na identificação de alterações genômicas estão a detecção de muitas
sequências do DNA genômico em uma mesma reação utilizando apenas 20 ng de DNA
(rendimento alto), a disponibilização de resultados em 24 horas (praticidade alta e rapidez), a
possibilidade de inclusão de muitas amostras em um mesmo ensaio, a capacidade de detectar
sequências que diferem em apenas um nucleotídeo e o uso de protocolo único para muitas
aplicações diferentes, com custo relativamente baixo. Entretanto, a técnica não permite
identificar rearranjos cromossômicos equilibrados ou alterações externas à região de
anelamento das sondas.
Diversos estudos que aplicaram a técnica de MLPA na pesquisa de rearranjos
subteloméricos (RS) em DI idiopática tiveram resultados similares aos que utilizaram outros
métodos, identificando alterações subteloméricas em cerca de 10% dos pacientes 29,58,66,67,
percentual também verificado em estudo realizado por nosso grupo de pesquisa68. Segundo
Rooms et al.69, Morozin Pohovski et al.29, Boggula et al.67, entre outros, os resultados obtidos
por MLPA justificam sua inclusão como método de triagem de RS em indivíduos com DI de
origem não esclarecida.
1.2.2. A técnica de microarray

Embora técnicas como a de MLPA permitam a identificação de novas regiões
cromossômicas associadas à DI, uma parcela significativa dos casos permanece de causa
indeterminada. Pela necessidade de testar todo o genoma em um experimento único, técnicas
baseadas em hibridação com fluorescência, como a hibridação genômica comparativa
(Comparative Genomic Hybridization - CGH) e a hibridização genômica em arrays (aGH)
foram desenvolvidas70.
A técnica de aGH (Hibridização Genômica em array) é capaz de detectar perdas e
ganhos de material genético e, ao contrário da análise citogenética convencional, dispensa a
cultura celular. Além disso, não há desvio para a análise de uma região cromossômica
específica, já que todo o genoma é analisado71. Foi descrita inicialmente no final da década de
90 por Pinkel et al.72 como arrayCGH (Hibridização Genômica Comparativa), uma variante
da técnica de CGH utilizando sondas de DNA genômico imobilizadas em lâminas, sendo
realizada a análise comparativa, com base nas intensidades de hibridização dos DNAs
(referência e investigado) às sondas inseridas na lâmina. A resolução chega a alguns kb,
35
dependendo do tamanho e da distância entre as sondas, permitindo analisar ganhos e perdas

genômicas, com alto grau de sensibilidade73.
Frente a essa perspectiva, diversos estudos utilizaram formas variadas de aGH,
analisando a viabilidade da técnica na investigação etiológica da DI idiopática 41,44,62,74,75.
Gijsbers et al.76 detectaram alterações cromossômicas submicroscópicas em 5% a 20% de
pacientes com DI e cariótipo convencional normal. Tucker et al.75, em pesquisa comparativa
entre as diversas plataformas de arrays utilizadas em estudos de DI idiopática, observaram
resultados diferentes dependendo da plataforma utilizada, confirmando a distinção entre as
mesmas e ressaltando a necessidade de validação dos resultados alterados por técnica
independente, conclusão essa também atingida por Hills et al. 76.
Wu et al.77, investigando alterações cromossômicas em DI de origem não
esclarecida pelas técnicas de MLPA e aGH, detectaram alterações em 5,1% dos casos,
contribuindo para a delimitação de regiões candidatas. Já Manolakos et al.57, utilizando as
técnicas de FISH, MLPA e aGH em DI idiopática, salientaram a importância da aplicação de
estratégias que associem várias técnicas, também em países menos desenvolvidos, pela
possibilidade de redução de custos. Kriek et al.78, estudando indivíduos com atraso de
desenvolvimento, combinou as técnicas de MLPA e aGH e concluiu que ambas são válidas,
porém sugerem que sejam aplicadas em conjunto, pois alguns de seus achados por array não
foram confirmados por MLPA ou FISH, provavelmente devido à longa distância entre as
sondas utilidadas no aGH e MLPA. Coutton et al.44, analisando 66 pacientes com DI leve e
sem alterações após estudo por MLPA e outros métodos, observaram alterações em cerca de
30% dos casos pela técnica de aGH, indicando mais uma vez a eficácia de se usar as duas
técnicas no estudo de indivíduos com DI.
A introdução de chips na técnica de aGH ampliou os limites da investigação
genética em DI, pela possibilidade de estudar variações estruturais no genoma, como SNPs e
CNVs36,44,79-84. Sobre as CNVs, vale destacar que a detecção em 14% a 18% de amostras não
selecionadas de indivíduos com atraso do desenvolvimento, DI e outras alterações
neurológicas geralmente são de novo, ou seja, não identificadas em indivíduos normais. Isso
representa um impacto fenotípico significativo, por determinarem alterações de dosagem em
múltiplos genes. Percentuais semelhantes também foram verificados entre autistas (5% a 10%
dos casos não sindrômicos e 10% a 20% dos sindrômicos), pacientes com epilepsia idiopática
generalizada e déficit de atenção, justificando sua indicação como teste inicial na investigação
dessas condições85,86.
36
Em países desenvolvidos a recomendação de aGH como teste para diagnóstico

clínico de alterações genéticas em indivíduos com DI e alterações congênitas múltiplas é
reiterada por Galasso et al.60, Miller et al.61, Bi et al.62, Palmer et al.87 e Zilina et al.88, entre
outros, sendo este teste competente em diagnosticar microdeleções/microduplicações
cromossômicas associadas à DI idopática 89. Segundo os autores, a ausência de alteração a
partir desse teste orientará a realização de outras técnicas, como testes moleculares específicos
para a SXF ou outras condições. Diante da observação de variantes com significância clínica
desconhecida, a validação das mesmas, bem como sua pesquisa nos genitores, é necessária
para a correlação genótipo-fenótipo.
1.2.3. Sequenciamento do exoma

Sobre os métodos diagnósticos em DI já mencionados, vale mencionar que pela
análise do cariótipo é possível identificar a origem do distúrbio em apenas 4% dos casos. Já a
técnica de FISH permite detectar alterações em 5% dos pacientes não diagnosticados pelo
primeiro exame, sendo o MLPA responsável pela elucidação em aproximadamente 10% dos
casos remanescentes. Quanto as análises por microarray, uma vez que as plataformas de aGH
contam com uma resolução de 10 a 100 kb, é possível a determinação do diagnóstico em mais
20% dos indivíduos com DI. Contudo, mesmo com todas as técnicas disponíveis atualmente,
em percentual significativo de casos a origem da DI permanece inconclusiva, levando ao
desenvolvimento de outros protocolos21,29,58,61,76,90.
Como tanto os métodos citogenéticos tradicionais quanto os moleculares se
limitam à detecção de alterações em poucos kb, impossibilitando a descoberta de variantes de
uma ou poucas bases no genoma, o sequenciamento genômico torna-se necessário para a
identificação de tais alterações.
Os métodos de sequenciamento massivo em paralelo introduzidos em 2005,
descritos também como tecnologias de sequenciamento de nova geração (Next Generation
Sequencing), consistem no sequenciamento do DNA em plataformas capazes de gerar
informação sobre milhões de pares de bases em uma única corrida. Visando uma aplicação
mais flexível e de custo mais reduzido dessa tecnologia, o sequenciamento do exoma (whole
exome sequencing – WES) passou a ser destacado a partir de 2009, uma vez que seu custo é
aproximadamente 5 vezes menor quando comparado com o sequenciamento de genoma total
– WGS), além do fato de que técnicas que sequenciem só regiões codificadoras de DNA – 1 a
3% do genoma - podem ser mais eficientes91-96.
37
O sequenciamento completo do exoma tem por base a construção de bibliotecas a

partir da fragmentação do DNA, seguida de ligação a sequências denominadas adaptadores e
a geração de amplicons em clusters por meio de diversos métodos, como PCR em emulsão ou
ponte. Tais fragmentos são posteriormente sequenciados em paralelo, gerando quantidades
grandes de dados que por usa vez serão processados e analisados por bioinformática97.
Essa abordagem, bem sucedida em laboratórios de pesquisa, vem sendo
incorporada ao diagnóstico laboratorial da DI, com impacto significativo na identificação de
genes relacionados a essa condição, tanto em síndromes específicas, como na identificação de
possíveis genes associados à DI não sindrômica 15,21,24,95,96,98,99.
1.2.4. Uso dos métodos apresentados na investigação diagnóstica da DI

Concluindo, as técnicas apresentadas podem ser utilizadas levando em
consideração o quadro clínico do paciente, sendo incluídas na maioria dos algoritmos de
investigação da DI, como o apresentado na Figura 2.
Figura 2. Algoritmo para a investigação de DI (modificado de Miller et al.61.
Tal estratégia tem sido eficaz tanto na elucidação diagnóstica, quanto na seleção
de regiões cromossômicas a serem investigadas, contribuindo na identificação de novos genes
relacionados à DI.
Em trabalho anterior (Lincoln-de-Carvalho)68, a técnica de MLPA foi padronizada
no Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética (CBMEG) e aplicada a 62 pacientes
38
com DI de causa não esclarecida, utilizando kit para detecção de rearranjos subteloméricos.
Foram encontradas alterações em 3,2% dos casos. Diante da perspectiva de triagem de
alterações subteloméricas por MLPA e ainda da indicação de outras técnicas como a de
arrayCGH, que permite a detecção de um número maior de variações de cópias gênicas,
inclusive em regiões intersticiais, foi proposta a continuidade do trabalho mediante a
associação dessas técnicas na investigação de indivíduos com DI de causa indeterminada.
39
2. OBJETIVOS
2.1. Objetivo Geral

Caracterizar uma amostra de indivíduos com deficiência intelectual de origem
indeterminada quanto a aspectos clínicos e fatores causais.
2.2. Objetivos Específicos

 Caracterizar a casuística conforme idade, razão de sexo, dados anamnésticos
indicativos de sofrimento fetal e(ou) exposição a fatores deletérios do ambiente,
consanguinidade entre os genitores, recorrência familial de DI, ocorrência de crises
convulsivas, antropometria e exame físico dismorfológico.
 Triar alterações subteloméricas.
 Realizar análise independente para confirmar as alterações subteloméricas.
 Investigar CNVs em outras regiões do genoma em uma parcela de indivíduos sem
diagnóstico nas etapas anteriores.
 Analisar a correlação das CNVs detectadas com o fenótipo dos pacientes.
 Fazer a correlação genótipo-fenótipo nos casos identificados como alterados pelos
exames realizados.
40
3. CASUÍSTICA E MÉTODOS
3.1. Seleção dos pacientes

Os 300 indivíduos que constituem a amostra foram selecionados entre pacientes
com atraso global do desenvolvimento e(ou) DI de origem não esclarecida, atendidos durante
o período de execução do projeto nos ambulatórios do Serviço de Genética Clínica do
Departamento de Genética Médica da FCM / Hospital de Clínicas (HC) da UNICAMP.
Desses pacientes, 62 foram incluídos em estudo anterior (Lincoln-de-Carvalho
2009), sendo analisados pela técnica de MLPA subtelomérico, posteriormente aplicada a
outros 238 pacientes, constituindo a amostra atual (109 do sexo feminino e 191 do sexo
masculino).
Todos foram previamente submetidos à avaliação clínica detalhada, exame de
cariótipo convencional com bandas (resolução 550 bandas por lote haploide, coloração GTG),
análise molecular para SXF e outros exames incluídos na rotina para investigação diagnóstica
da DI utilizada no serviço (como exames para detecção de erros inatos do metabolismo), com
resultados normais, não sendo possível considerar uma causa específica. Já quando o
resultado da avaliação sugeria um diagnóstico específico, o respectivo paciente era excluído
da presente pesquisa.
O processo de avaliação clínica foi realizado sob a responsabilidade da Dr a.
Antonia Paula Marques de Faria, orientadora do projeto.
Além disso, todos foram classificados conforme os critérios de De Vries et al.100
sugeridos na avaliação de indivíduos com rearranjos subteloméricos (Quadro 1). Esse
checklist contém dados relativos à recorrência familial de DI, evidências pré-natais de
alterações no desenvolvimento, anormalidades no crescimento pós-natal, dois ou mais
dismorfismos faciais, dismorfismos não faciais e outras anomalias congênitas, tendo sido
utilizado no estudo anterior acima mencionado.
41
Quadro 1. Critérios para seleção de pacientes com rearranjos teloméricos submicroscópicos

(adaptada de De Vries et al.100).
Dados Pontuação
História familial de DI:
 Distribuição sugestiva de herança monogênica. 1
 Incompatível com herança monogênica (incluindo fenótipos 2
diferentes).
Atraso de crescimento pré-natal 2
Anomalias de crescimento pós-natais (1 ponto para cada uma das
seguintes [máximo 2]): 2
 Microcefalia (1), Baixa estatura (1);
 Macrocefalia (1), Estatura elevada (1)
Dois ou mais dismorfismos faciais[máximo 2]: 2
 Destaque para hipertelorismo (1), anomalias nasais (1) e
auriculares (1).
Dismorfismos não-faciais e anomalias congênitas (1 ponto para cada uma 2
[máximo2]):
 Destaque para anomalias em mãos (1), cardíacas (1), hipospadia
(1), criptorquidia (1).
3.2. Estratégia de investigação

A estratégia utilizada está representada no algoritmo abaixo (Figura 3).
Foram incluídos no presente estudo indivíduos com exame de cariótipo sem
alterações numéricas ou estruturais que justificassem a DI e análise molecular para a mutação
do X frágil negativa.
A partir da investigação de rearranjos subteloméricos pela técnica de MLPA, os
casos alterados foram estudados por outros kits de MLPA, escolhidos segundo o resultado
anômalo. Nessa etapa, quando a alteração não pôde ser confirmada, foi realizado
sequenciamento pelo método de Sanger para observação de polimorfismos, uma vez que as
sondas de MLPA são sensíveis a pequenas alterações na sequência de anelamento ao DNA
genômico, podendo resultar em falsos positivos (http://www.mlpa.com). Já nos casos em que
a alteração foi confirmada, a estratégia adotada foi a validação por FISH, quando pertinente.
43
Tabela 1. SALSA MLPA P036-E2 HUMAN TELOMERE-3.
Os dados são normalizados, dividindo-se valores de altura ou área do pico de cada

sonda pela soma dos picos de todas as sondas na amostra. Em seguida, o valor normalizado é
dividido pela área ou altura do pico da sonda correspondente, obtida a partir do DNA
controle. Na presença de deleções e duplicações em heterozigose, os valores são,
44
respectivamente, de 0,5 e 1,5, se comparados com a faixa de normalidade estabelecida entre

0,8 – 1,2.
Os casos positivos detectados por MLPA foram confirmados pela mesma técnica,
utilizando o kit P070-B2 HUMAN TELOMERE-5 (Tabela 2) - que contem sondas para as
mesmas regiões subteloméricas investigadas pelo kit P036 - também segundo padronização de
Lincoln-de-Carvalho68.
45
Tabela 2. SALSA MLPA P070-B2 HUMAN TELOMERE-3.

48
O produto da reação de sequenciamento purificado foi ressuspendido em 10 µL de

Formamida Hi-Di (Applied Biosystems-Applera Corporation, Estados Unidos), sendo
vigorosamente agitado e em seguida, desnaturado a 94ºC por 5 minutos.
Posteriormente, as reações de sequenciamento foram submetidas à eletroforese
capilar, com o sequenciador ABI–PRISM® 3700 DNA Analyser (96 capilares) (Applied
Biosystems-Applera Corporation, Estados Unidos). As sequências obtidas foram analisadas e
comparadas com as sequências normais do gene com o auxílio dos programas Chromas Lite®
(173) para visualização do eletroferograma e Gene Runner® v3.01 (174) para confirmação
das sequências obtidas com a sequência padrão do gene.
3.2.2.2. Validação pela técnica de FISH

Já parte das alterações detectadas pelos dois kits de MLPA foram validadas por
outra técnica, com destaque para a de FISH – protocolo modificado de Pinkel et al.101,
rotineiramente utilizada no Laboratório de Citogenética Humana do Departamento de
Genética Médica da FCM/UNICAMP – por meio de sondas comerciais do tipo lócus-
específica para a região indicada pela técnica de MLPA.
Para tanto, foram realizadas culturas de linfócitos do sangue periférico do
indivíduo e seus genitores (quando pertinente), segundo a técnica rotineiramente utilizada no
Laboratório de Citogenética Humana do Departamento de Genética Médica da
FCM/UNICAMP102.
As células permaneceram estocadas em solução de metanol e ácido acético na
proporção 3:1 a -20°C e posteriormente utilizadas para preparação das lâminas.
Para investigação das amostras foram utilizadas sondas do tipo lócus-específica
para a região sutelomérica indicada a partir dos resultados alterados detectados pela técnica de
MLPA (Aquarius® Cytocell®).
Após a preparação das lâminas, as mesmas foram deixadas em estufa a 37°C
overnight e analisadas em microscópio de contraste de fase para a seleção da área onde seria
aplicada a sonda. A área delimitada foi marcada com o uso de uma caneta diamante.
As lâminas foram colocadas em uma solução de 2x SSC (pH 7,0) a 37º C (+/-
1ºC) durante 20 a 60 minutos, posteriormente desidratadas em uma série de etanóis a 70%,
85% e 100% por 2 minutos cada e deixadas em temperatura ambiente para secar.
As sondas utilizadas foram preparadas ficando, inicialmente, em temperatura
ambiente por alguns minutos. Em seguida, para hibridizações com uma única sonda misturou-
50
Tabela 3. SALSA MLPA P365-A1 HUMAN TELOMERE-14.

51
Tabela 4. SALSA MLPA P018-F1 SHOX.
3.2.3. Técnica de microarray

Na sequência da investigação, visando ampliar a identificação para um número
maior de pacientes houve a oportunidade de se fazer a análise por microarray (CGH ou SNP-
52
array) em laboratórios privados, solicitada para oito pacientes que dispunham de plano ou
seguro de saúde e atendiam as Diretrizes de Utilização da ANS (Agência Nacional de Saúde
Suplementar – Resolução Normativa – RNº338, de 21/10/2013 e RNº387, de 28/10/2015,
conforme o Rol de Procedimentos e Eventos em saúde – ANEXO II – de 2014 e 2016).
Outros 13 pacientes realizaram esse exame e em 11 deles foi feito o
sequenciamento do exoma, pela participação em projeto de pesquisa da doutoranda Joana R.
Marques Prota, do Programa de Pós-Graduação em Fisiopatologia Médica da FCM-Unicamp,
sob orientação da Profa. Dra. Íscia Lopes-Cendes, pesquisadora principal do Centro de
Pesquisa, Inovação e Difusão: Instituto Brasileiro de Neurociência e Neurotecnologia
(Brazilian Institute of Neuroscience and Neurotechnology - CEPID-BRAINN FAPESP;
processo 201307559-3), que estuda grupos de indivíduos com suspeita de condições diversas
de provável origem genética, incluindo DI de causa não esclarecida, aplicando técnicas de
análise genômica.
A técnica de arrayCGH foi realizada segundo a padronização previamente
estabelecida no Laboratório de Genética Molecular Humana do Departamento de Genética
Médica da FCM/UNICAMP e contou com a colaboração do Prof. Dr. Fábio Rossi Torres,
pesquisador do mesmo Laboratório e também Pesquisador Associado do CEPID-BRAINN.
Foi utilizada a plataforma SurePrint G3 Human CGH Microarray 8x60K - ISCA (Agilent,
Santa Clara, CA) e o kit de reagentes compatível para a realização da técnica. Essa plataforma
permite analisar amostras de oito pacientes em um único experimento, sendo possível detectar
ganhos, e perdas de 180 kb. Já para regiões ISCA (Consortium International Standards for
Cytogenomic Arrays), a densidade é de 8 kb, podendo identificar variações de 25 kb, sendo
500 as regiões ISCA disponíveis no array.
O protocolo foi desenvolvido de acordo com as recomendações do fabricante e
seguiu as seguintes etapas:
1. Digestão das amostras (paciente e controle normal) com as enzimas Alu I e Rsa I.
2. Marcação das amostras de DNA por fluorescência.
3. Purificação das amostras marcadas.
4. Hibridização das amostras de DNA marcadas às lâminas e posterior lavagem.
7. Varredura das lâminas por meio do GeneChip® Scanner 3000 7G

53
8. Escaneamento da lâmina e posterior análise das imagens e dados, por meio do programa
Agilent Cytogenomics Software (Agilent ®).
A análise foi descritiva, com auxílio de bases de dados como NCBI
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov), Ensembl Genome Browser, DECIPHER e DGV.
3.3. Caracterização clínica da casuística e análise estatística

A caracterização clínica da amostra de 300 indivíduos incluídos no estudo foi
realizada por meio da análise dos prontuários disponibilizados pelo Serviço de Genética
Clínica do Departamento de Genética Médica da Faculdade de Ciências Médicas da Unicamp,
levando-se em consideração os seguintes parâmetros (Quadro 2):
Quadro 2. Caracterização clínica dos pacientes com DI idiopática.

Dados
Idade ( por ocasião do encaminhamento)
Sexo
Idade dos genitores (ao nascimento do paciente)
Consanguinidade entre os genitores
Antecedentes familiais (recorrência de DI)
Antecedentes gestacionais e perinatais
Convulsões
Sinais clínicos (pontuação segundo critérios de De Vries et al.100)
A análise estatística do estudo foi realizada no programa Statistical Package for

the Social Sciences versão 23.0 e pelo teste de Mann-Whitney.
Os dados positivos estão apresentados em negrito. Os dados numéricos estão
apresentados pelo N; média ± desvio padrão; mediana (mínimo e máximo). A análise
descritiva está apresentada pelo valor absoluto e porcentagem relativa para os dados
categóricos e pelo tamanho da amostra; média ± desvio padrão; mediana (mínimo e máximo)
para os dados numéricos.
A comparação entre os pacientes com alteração e os sem alteração foi realizada
pelo teste de Mann-Whitney para os dados numéricos, pelo teste exato de Fisher e pelo χ2
para os dados com distribuição categórica. Os dados numéricos não apresentaram distribuição
normal pela análise de distribuição gráfica e pelos testes Kolmogorov-Smirnov e Shapiro-
Wilk. Para os dados numéricos, foi realizada uma análise adicional comparando os grupos
(com e sem alteração identificada) de acordo com os valores da mediana.
Em todas as análises foi fixado o nível de significância de 5% ( = 0,05).
54
4. RESULTADOS E DISCUSSÃO
4.1. Caracterização da casuística

Constituem a casuística deste estudo 300 indivíduos, com idades variando entre
um mês e 42 anos, com média de 23 anos, por ocasião da primeira avaliação em ambulatórios
do Serviço de Genética Clínica do DGM-FCM-Unicamp, para investigação diagnóstica de
atraso do desenvolvimento ou DI, durante o período de 2007 a 2016, para os quais foi
solicitada a pesquisa de alterações cromossômicas submicroscópicas terminais pela técnica de
MLPA subtelomérico.
Foi feita a análise dos prontuários relativos à consulta genética desses indivíduos
no arquivo do DGM, levando em conta os seguintes marcadores demográficos e clínicos:
sexo, idade do paciente por ocasião do encaminhamento (meses), idade dos genitores por
ocasião do nascimento do propósito (anos), consanguinidade entre os genitores (representada
pelo coeficiente de consanguinidade), antecedentes gestacionais e perinatais, recorrência
familial de DI, ocorrência de crises convulsivas em qualquer idade e pontuação representativa
de sinais clínicos relacionados a alterações cromossômicas subteloméricas segundo os
critérios de De Vries et al.100, conforme Tabela 5.
Tabela 5. Dados demográficos e clínicos dos 300 pacientes incluídos no estudo.

Dado Grupo Distribuiçãoa
Sexo Masculino 191/300 (63,7%)
Consanguinidade Sim 17/272 (6,3%)
Grupo de consanguinidade 0 255/272 (93,8%)
1//16 5 (1,8%)
1/32 5 (1,8%)
1/64 3 (1,1%)
1/128 3 (1,1%)
Sim (primos) 1 (0,4%)
Antecedentes familiais Sim 104/272 (61,8%)
Antecedentes gestacionais / Sim 122/261 (46,7%)
Antecedentes perinatais Não 125/261 (47,9%)
Duvidoso 14/261 (5,4%)
Convulsões Sim 70/268 (26,1%)
Idade no encaminhamento (meses) 277; 95,31 ± 74,52; 84 (1 a 504)
Idade materna (anos) 265; 26,62 ± 6,66; 26 (13 a 45)
Idade paterna (anos) 253; 30,49 ± 7,40; 30 (16 a 56)
Sinais clínicos (pontuação De Vries100) 277; 3,88 ± 1,91; 4 (0 a 10)
a.
Os dados categóricos estão apresentados pelo n (valor absoluto do grupo) / N (amostra total)
e porcentagem. Os dados numéricos estão apresentados pelo N; média ± desvio padrão;
mediana (mínimo e máximo).
55
Quanto à distribuição dos 300 pacientes conforme o sexo, foram incluídos 191
indivíduos do sexo masculino (64%) e 109 do feminino (36%). Esse desvio da razão de sexo
(1,75M:1,0F), com predomínio do sexo masculino, vem sendo sistematicamente observado
em pacientes com DI em diversos estudos, sendo atribuído principalmente a causas
biológicas, como a participação de um contingente significativo de genes do cromossomo X
na determinação desse fenótipo11,103.
Com relação à idade dos genitores por ocasião do nascimento do propósito, a
idade paterna média foi de 30,5 anos em 253 casos informativos, enquanto a idade materna foi
de 26,6 anos para 265 casos informativos, estando essa última em conformidade com a média
populacional, segundo dados do IBGE11.
A verificação de casamentos consanguíneos entre os genitores de 17 indivíduos
que compõem a amostra, em 272 casos informativos, correspondendo a 6,3% da amostra,
supera a taxa média no Brasil que é de 1,6%104. Os dados obtidos permitiram o cálculo do
coeficiente endocruzamento para os filhos desses casais, assim como a estimativa do
coeficiente médio de endocruzamento (F) da amostra. Foram constatados cinco casais de
primos em 1o grau (F=1/16), cinco de primos em 2o grau (F=1/32), três de primos em 3o grau
(F=1/64), três de primos em 4o grau (F=1/128) e uma união de parentes em 1o grau (F=1/4).
Com base em tais dados, o valor de F foi de 0,0029. Esse valor é superior ao estimado para a
população brasileira, que é 0,00088, e também para a região sul do país incluindo os estados
de São Paulo e Rio de Janeiro, cujo F é 0,00395 (Freire-Maia, 1989). Por outro lado, se
aproxima ao observado em amostras de indivíduos com DI, como constataram Sena e
Beiguelman105 e Marques-de-Faria106, com valores de F de 0,0041 e 0,0034, respectivamente.
A recorrência familial de DI foi observada em 104 dos 272 casos informativos
(61,8%), favorecendo a hipótese do predomínio de fatores hereditários na origem da DI dos
pacientes estudados.
Quanto aos dados anmnésticos indicativos de sofrimento fetal e/ou participação de
fatores do ambiente possivelmente relacionados à DI, foram registradas ocorrências
gestacionais e perinatais relevantes em 122 dos 261 casos informativos (46,7%), sendo
ausentes em 125 (47,9%) e duvidosas em 14 casos (5,4%). Crises convulsivas estiveram
presentes em 70 dos 268 casos informativos, equivalendo a 26%, valor alto, considerando a
frequência de 1% , estimada para a população geral, porém esperado, considerando que
parte das síndrome relacionadas à DI se associa a epilepsia.
56
4.2. Resultados da Investigação Diagnóstica

Os 300 indivíduos da amostra foram submetidos à investigação de rearranjos
subteloméricos por MLPA, com identificação de 22 alterações (7,3%), posteriormente
confirmadas por outro kit do mesmo método ou por técnica independente. Esse resultado é
condizente com a literatura no que concerne à pesquisa alterações subteloméricas em DI27-29.
Dentre essas 22 alterações, 14 são isoladas (três delas confirmadas como sendo de
novo – del1p e del6p) e oito correspondem a rearranjos, dos quais um foi reconhecido como
de novo (del5p/dup9p) e outro herdado (del4p/dup12p).
A descrição completa das alterações identificadas por meio da técnica de MLPA
encontra-se na Tabela 6.
Tabela 6. Variantes identificadas e confirmadas nos

indivíduos incluídos no estudo por meio da técnica de
MLPA subtelomérico.
Paciente Alteração
P4 dup7p
P57 del1p de novo
P64 del5p/dup9p de novo
P75 del6p de novo
P85 delXYp
P98 del1p de novo
P124 del4p/dup12p herdado
P130 dup15p
P136 del1p/dup4p herdado
P137 del18q
P161 dup7p
P164 dup4p/del13q
P166 del4p/dup8p
P169 del9p/dup19q
P191 dup11p
P192 del1q
P194 dup9p/del18p
P236 dup17p
P237 dup4p/del8p
P258 dup X/Yp
P303 dup X/Yp
P316 del4p
del, deleção; dup, duplicação; MLPA, Multiplex
ligantion-dependent probe amplification.
Nesse mesmo grupo foram detectadas variantes não patogênicas em 14/300

(4,7%) dos indivíduos, todas pela técnica de MLPA, evidenciando a necessidade de constante
57
atualização das sondas, a partir da observação de polimorfismos na região de anelamento

delas ao DNA genômico58,66,107 (Tabela 7).
Tabela 7. Variantes identificadas e não confirmadas nos

indivíduos incluídos no estudo por meio da técnica de MLPA
subtelomérico.
P38, P53, P56, P59 e P68 SNP12p
P74, P97, P105, P113, P122 e P257 SNP 16p
P275 SNP 19q
P140 e P231 SNP 22q
MLPA, Multiplex ligantion-dependent probe amplification; SNP,
single nucleotide polymorphism
Dando continuidade à investigação, foi realizada a técnica de microarray para 21

indivíduos, com observação de alterações em 11 (Tabela 8). Duas foram identificadas no
cromossomo X (P23 e P258), duas no cromossomo 15 (P42 e P130), duas no cromossomo 7
(P108 e P152) e as demais como um caso cada (cromossomo 1 – P136; cromossomo 4 –
P136; cromossomo 6 – P158; cromossomo 10 – P158; cromossomo 12 – P284). Quanto
número de alterações, nove casos apresentaram apenas uma, enquanto em dois indivíduos
foram observadas duas alterações.
Tabela 8. Variantes identificadas nos indivíduos incluídos no

estudo por meio da técnica de microarray.
P23 delXq21.1-q21.33
P42 del15q21.2-q22.2
P81 dupXq26.2
P108 del7p15.3-p15.2
P130 dup15q11.2-q13.1
P136 del1p36.33-p36.32 e dup4p16.3-p15.33
P151 del22q11.21
P152 del7q11.23
P158 dup6p11.2 e dup10q26.3
P258 dupX/Yp
P284 dup12p13.2p13.1
del, deleção; dup, duplicação
Já com relação ao sequenciamento de exoma, foram concluídos sete dos 12 casos

submetidos ao exame, com a observação de SNVs nos seguintes genes (Tabela 9).
58
Tabela 9. Variantes identificadas nos indivíduos

incluídos no estudo por meio da técnica de
sequenciamento de exoma.
Paciente SNV
P46 KIRREL3 e SHANK2
P63 CTTNBP2
P160 TCF4
P170 HTT
P182 PRKCG
P198 RAI1
P258 KMT2D
SNV, single nucleotide variation; HTT, Huntingtin;
HUWE1, Hect, uba, and wwe domains-containing
protein 1; KIRREL3, Kin of irre-like 3; SHANK2, SH3
and multiple ankyrin repeat domains 2; CTTNBP2,
Cortactin-binding protein 2; PRKCG, Protein kinase c,
gamma; RAI1, Retinoic acid-induced gene 1; TCF4,
Transcription factor 4.
Quanto à observação de alterações encontradas por meio de outros protocolos

investigativos realizados por grupos de pesquisa do DGM-FCM-UNICAMP, quatro casos
foram detectados pela técnica de MLPA, sendo um com del22q11.2, um dupX (gene HUWE
ex61) e um dupX (gene SLC6A8 éxon 9 e gene GDI1 éxon 1 e 7). Os três casos
remanescentes foram detectados pela técnica de microarray, sendo identificadas
dup12q24.33, del22q11.2 e dup16p11.2, com um caso cada (Tabela 10).
Tabela 10. Alterações identificadas em seis indivíduos da casuística com

triagem por MLPA subtelomérico dentro da normalidade que foram
submetidos a outros protocolos investigativos.
P131 dupX gene HUWE ex61
2
P24 dup12q24.33
P1391 dup X. gene SLC6A8 éxon 9 gene GDI1 éxon 1 e 7
2
P163 del22q11.2
P1682 dup16p11.2
2
P180 del2q36.3-q37.1
dup, duplicação; del, deleção; HUWE1, Hect, uba, and wwe domains-
containing protein 1; SLC6A8, Solute carrier family 6 (neurotransmitter
transporter, creatine), member 8; GDI1, GDP dissociation inhibitor 1.
4.3. Comparação da casuística conforme a presença ou não de alterações

Na comparação entre pacientes com e sem alteração, a idade média do propósito
na primeira avaliação foi de 66,79 meses (5,6 anos) para o primeiro grupo e de 100 meses (8,3
anos para o segundo grupo. A diferença foi estatisticamente significante, quando considerada
59
a observação de que a idade menor no início do acompanhamento esteve associada à presença

de alteração (OR = 2,45; IC95% = 1,214 a 4,946 – Tabela 11). Essa observação pode ser
justificada pelo encaminhamento mais precoce dos pacientes com suspeita de DI sindrômica,
ou seja sugestivo de condição geneticamente determinada, pelo maior número de
dismorfismos secundários ou anomalias minor, incluídos no protocolo de De Vries.
Já as idades dos genitores na ocasião do nascimento do propósito não
apresentaram diferenças significativas entre os dois grupos; a idade materna média foi de
28,02 anos para aqueles com alteração e de 26,35 anos para os sem alteração; já a idade
paterna média sendo de 31,63 e 30,26 anos para o primeiro e segundo grupos,
respectivamente (Tabela 11). Como o estudo é voltado a alterações cromossômicas estruturais
e não numéricas, sendo essas últimas as comumente relacionadas à idade materna avançada,
esse resultado também era esperado.
Tabela 11. Associação da presença de alteração genética com marcadores demográficos,

clínicos e laboratoriais, com distribuição numérica, dos pacientes incluídos no estudo.
Marcador Com alteração Sem alteração P
42; 15,69 ± 7,12; 15 236; 16,53 ± 7,51; 16,5
Idade (anos) 0,489
(3 a 34) (3 a 52)
Idade acompanhamento 42; 66,79 ± 66,79; 42 235; 100,4 ± 74,81; 95
0,001
(meses) (1 a 276) (1 a 504)
42; 28,02 ± 6,04; 223; 26,35 ± 6,75;
Idade materna (anos) 0,082
27,50 (17 a 37) 26 (13 a 45)
41; 31,63 ± 8,36; 31 212; 30,26 ± 7,2;
Idade paterna (anos) 0,344
(18 a 56) 29,5 (16 a 55)
Ao mesmo tempo, na análise dos dados, considerando os valores numéricos

utilizados para o registro de sinais clínicos, pacientes com alterações tiveram pontuação maior
conforme os critérios de De Vries, quando comparados aos indivíduos sem alterações, cujos
valores foram menores a (OR = 0,401; IC95% = 0,204 a 0,792) (Figura 6 e Tabela 12).
61
Tabela 12. Associação da presença de alteração genética com marcadores demográficos,

clínicos e laboratoriais, com distribuição categórica, dos pacientes incluídos no estudo.
Marcador Grupo Alterado Sem Total P OR IC95%
alteração
Sexoa Feminino 17 92 109 - -
0,732
Masculino 26 165 191 - -
a
Idade (anos) ≤ 16 23 118 141
0,618
> 16 19 118 137
Idade na primeira ≤ 84 29 112 141 2,45 1,214 a
avaliação (meses)a 0,012 4,946
> 84 13 123 136 1 -
Mãe (anos)a ≤ 84 17 122 139 - -
0,095
> 84 25 101 126 - -
Pai (anos)a ≤ 84 20 115 135 - -
0,609
> 84 21 97 118 - -
Consanguinidadea Sim 2 15 17 - -
1
Não 40 215 255 - -
Grau de 0 40 215 255 - -
b,1
consanguinidade 1/8 1 4 5 - -
1/16 1 4 5 - -
1/32 0 3 3 0,775 - -
1/64 0 3 3 - -
Sim 0 1 1 - -
(primo)
Antecedentes Sim 24 98 122 - -
gestacionais/ Não 15 110 125 0,160 - -
perinatais b,2 Duvidoso 1 13 14 - -
Crises Sim 13 57 70 - -
a 0,440
convulsivas Não 28 170 198 - -
Antecedentes Sim 26 142 168 - -
a 0,863
familiais Não 15 89 104 - -
OR, odds ratio; IC95%, intervalo de confiança de 95%; -, não foi possível o cálculo do OR
devido a distribuição dos dados. a, análise estatística realizada pelo teste Exato de Fisher. b,
análise estatística realizada pelo teste χ 2 considerando a razão de verossimilhança. Em todas
as análises foi considerado alpha de 0,05. Os dados com valor de associação positivo estão
apresentados em negrito. 1, uma análise adicional foi realizada sem considerar o caso onde
não foi possível determinar o grau de parentesco, sendo o valor de p encontrado de 0,704; 2,
uma análise adicional foi realizada desconsiderando os casos duvidosos e foi identificado o
valor de p de 0,117. Os dados numéricos para o Vries, idade do paciente, idade no
encaminhamento, idade materna e idade paterna foram agrupados de acordo com a mediana
para a realização dos testes estatísticos.
4.4. Investigação de anomalias subteloméricas por MLPA

Conforme mencionado, foram estudados 300 pacientes no total, sendo 191
homens (64%) e 109 mulheres (36%). Pela análise com o kit P036, 263 pacientes (93
mulheres e 170 homens) não apresentaram alteração subtelomérica, equivalendo a 88% da
amostra (Figura 7).
62
Figura 7. Gráfico do resultado de MLPA para os indivíduos sem alteração (P) para o kit
SALSA MLPA P036.
Em 37 indivíduos foram encontradas alterações. Dentre essas, 14 não foram

confirmadas pelo kit SALSA MLPA P070 (4,7%), sendo cinco caracterizadas como del12p,
seis como del16p, uma como dup19q e duas como dup22q, sendo identificadas como
polimorfismos pela técnica de sequenciamento de Sanger (del12p e del16p) ou pela
informação do fabricante (dup19q e dup22q). Com exceção de uma alteração (del 4q) que
ainda não pôde ser confirmada, as 22 remanescentes também foram observadas pelo kit de
confirmação (7,3%), sendo consideradas como associadas ao fenótipo anômalo dos
respectivos pacientes (Tabela 13).
63
Tabela 13. Alterações encontradas por meio do kit SALSA MLPA P036 e confirmação – ou
não – por meio do kit SALSA MLPA P070.
Confirmação Alteração Número de pacientes
Alterações del12p 5
não confirmadas del16p 6
pelo kit dup19q 1
SALSA MLPA P070 dup22q 2
del1p 2
del4p 1
del6p 1
delXYp 1
del1q 1
del18q 1
dup7p 1
dup11p 1
Alterações dup15”p” 1
Confirmadas dup17p 1
pelo kit dupXYp 2
SALSA MLPA P070 dup7q 1
del1p/dup4p 1
del4p/dup8p 1
del4p/dup12p 1
del5p/dup9p 1
del9p/dup19q 1
dup4p/del8p 1
dup4p/del13q 1
dup9p/del18p 1
del, deleção; dup, duplicação; p, braço cromossômico p; q, braço cromossômico q
Entre as alterações observadas e confirmadas encontram-se duas del1p, uma

del1q, uma del4p, uma del6p, uma del18q e uma delXYp. Duplicações foram observadas nas
regiões 7p, 7q, 11p, 15p e 17p (um caso cada). Dup XYp foi detectada em dois indivíduos.
Entre os rearranjos, foram verificados del1p/dup4p, del4p/dup8p, del4p/dup12p, dup4p/del8p,
dup4p/del13q, del5p/dup9p, dup9p/del18p e del9p/dup19q, também com um caso de cada
(Tabela 3). Já um caso de del4q não pôde ainda ser confirmado.
4.4.1. Alterações não confirmadas
4.4.1.1. Alteração del 12p

Em cinco indivíduos (P38, P53, P56, P59 e P68) foi identificada uma deleção da
região subtelomérica do braço curto do cromossomo 12; del(12p) (Figura 8).
64
Figura 8. Gráfico do resultado de MLPA com o kit SALSA MLPA P036 para os cinco
indivíduos (P38, P53, P56, P59 e P68).
Segundo o fabricante, no kit SALSA MLPA P036-E (Tabela 1) a sonda

subtelomérica referente à porção 12p foi desenhada para o gene SLC6A12, pertencente à
família 6 dos carreadores de soluto (transportador neuro-transmissor betaina/GABA),
localizado em 12p13.33 (MIM 603080). Já para o kit de confirmação SALSA MLPA P070
(Tabela 2), o gene escolhido foi o JARID1A (KDM5A), associado à regulação de proliferação
celular, também localizado em 12p13.33 (MIM 180202) próximo ao SLC6A12 (Figura 9).
Figura 9. Em azul, localização dos genes SLC6A12 e KDM5A (cromossomo 12p), cujas
sequências foram utilizadas para a confecção das sondas 12p presentes nos kits SALSA
MLPA P036 e P070, respectivamente108.
Para confirmar a suposta alteração em 12p foi realizado o ensaio com o kit
SALSA MLPA P070 e em todos os indivíduos testados houve amplificação da região,
contrariando o resultado encontrado pelo kit SALSA MLPA P036 (Figura 10).
66
por inúmeros grupos de pesquisa, as versões subsequentes do mesmo kit vieram com
observações referentes à possibilidade de haver polimorfismo na região estudada 58.

Em seis indivíduos (P74, P97, P105, P113, P122 e P257) foi identificada uma
deleção da região subtelomérica do braço curto do cromossomo 16 [del(16p)] (Figura 12).
Segundo o fabricante, no kit MLPA P036 a sonda subtelomérica referente à porção 16p foi
desenhada para o gene POLR3K, localizado em 16p13.3. Já para o kit de confirmação MLPA
P070, o gene escolhido foi o DECR2, também localizado em 16p13.3 próximo ao gene
POLR3K (Figura 13).
Figura 12. Gráfico do resultado de MLPA com o kit SALSA MLPA P036 para os seis
indivíduos (P74, P97, P108, P113, P122 e P257).
Figura 13. Em azul, localização dos genes POLR3K e DECR2 (cromossomo 16p), cujas
sequências foram utilizadas para a confecção das sondas 16p presentes nos kits MLPA P036 e
P070, respectivamente108.
Depois de observada a suposta alteração em 16p nesses seis indivíduos, foi feito
novo ensaio de MLPA com o kit MLPA P070 para confirmação dos resultados e houve
67
amplificação da região em todos eles, contrariando o resultado encontrado pelo kit P036
(Figura 14).
Figura 14. Gráfico do resultado de MLPA com o kit MLPA P070 para os seis indivíduos (P74,
P97, P108, P113, P122 e P257).
Nessa situação, foi realizado o sequenciamento do gene POLR3K, para a região

complementar à sonda contida no kit MLPA P036. A troca C>G encontrada na região (Figura
15) corresponde a um polimorfismo de base única SNP denominado rs114777900
(c.111+135C>G), descrito na base de dados Entrez SNP do NCBI, que compreende à porção
da sequência do exon 1 do gene POLR3K, não havendo registro de associação desse
polimorfismo à DI.
Figura 15. Sequenciamento do fragmento complementar à sonda 16p (kit MLPA P036)
correspondente à porção da sequência do exon 1 do gene POLR3K.
Em A a sequência normal, sem alteração. Em B a sequência encontrada nos indivíduos, cujo
resultado de MLPA com o kit MLPA P036 mostrara deleção. No detalhe, a troca nucleotídica
C>G observada (SNP rs114777900).
Sob esse aspecto, é importante ressaltar que as sondas de MLPA são sensíveis a
pequenas alterações na sequência de anelamento ao DNA genômico. Assim, mudanças
nucleotídicas muito próximas (a uma distância de 10 pares de base) ao sítio de anelamento ou
dentro do mesmo, inibem ou desestabilizam a ligação dos oligonucleotídeos na região em
68
questão66,112,113. Emparelhamentos errôneos de sonda também podem, teoricamente, resultar

em falsos positivos. Sendo, assim, a deleção detectada por MLPA seria consequente a um
artefato de técnica.
A região 16p, embora rica em genes cuja correlação com DI já foi descrita 114-117,
também é associada a polimorfismos58. Nos quatro casos em questão, a alteração nucleotídica
na sequência de hibridização da sonda 16p observada foi interpretada como um polimorfismo,
pois não há registro na literatura de associação com alterações fenotípicas, embora estudos
mais extensos sejam necessários para estimar sua frequência populacional.
4.4.2. Alterações confirmadas
4.4.2.1. Alteração del(1)(p36)
4.4.2.1.1. Paciente 57 (Lincoln-de-Carvalho, 2009)

Paciente do sexo masculino, filho de casal não consanguíneo. O desenvolvimento
neuropsicomotor foi atrasado; teve atraso de fechamento de fontanela bregmática e crises
convulsivas.
Ao exame físico, observados braquicefalia, occipital plano, frontal alto e
abaulado, com implantação alta de cabelos, prega epicântica interna bilateral, estrabismo
convergente bilateral, hipoplasia malar, face arredondada, bochechas proeminentes, ponte
nasal baixa, comissuras bucais desviadas para baixo, filtro curto, palato alto, orelhas de
implantação baixa, hérnia inguinal à direita, pés planos, com dedos mais alargados e
acavalgados à direita.
4.4.2.1.2. Paciente P98

Paciente do sexo masculino, primeiro filho de casal jovem e não consanguíneo;
mãe teve dificuldade de aprendizado. Gestação complicada por anemia crônica, febre no 3º
mês; queda no 4º mês, metrorragia, trabalho de parto prematuro (6º mês) com pré-eclâmpsia;
uso de corticoide para maturação pulmonar fetal. Parto vaginal com expulsivo prolongado,
apresentação pélvica com distocia de bacia fetal, idade gestacional estimada em 33 semanas;
peso ao nascer de 1505 g; comprimento 42 cm e perímetro cefálico 32 cm; não chorou e
apresentou cianose generalizada; no período neonatal, evoluiu satisfatoriamente com icterícia
tardia.
69
O desenvolvimento neuropsicomotor foi atrasado; apresentou atraso de

fechamento de fontanela bregmática e da dentição decídua; desenvolveu alergia ao leite de
vaca, teve diversas pneumonias e aos 12 meses teve episódio sugestivo de crise convulsiva.
Ao exame físico, com três anos de idade, foram observados frontal alto e
abaulado, retração bitemporal, face achatada com hipoplasia malar, orelhas dismórficas e em
abano, ptose palpebral, estrabismo convergente, nariz com ponte baixa, narinas antevertidas e
hipoplasia alar, filtro apagado, lábio superior arqueado, pés planos com acavalgamento de
dedos e fóvea coccígea.
Avaliação auditiva e oftalmológica, eletroencefalograma, ressonância magnética
(RM) de crânio, ecocardiograma e ultrassom de abdômen sem alterações.
A pesquisa de alterações subteloméricas pela técnica de MLPA com o kit SALSA
MLPA P036 mostrou microdeleção 1p36 confirmada pelo kit SALSA MLPA P070 –
rsa1p(P070)×1 (Figura 16).
Figura 16. Gráfico do resultado de MLPA com os kits SALSA MLPA P036 e P070 para os
casos P57 (Lincoln-de-Carvalho68) e P98.
Para pesquisar alterações em 1p, a região escolhida no kit SALSA MLPA P036
(Tabela 1) para o desenho da sonda está em 1p36 (gene TNFRSF4), enquanto no kit de
confirmação SALSA MLPA P070 (Tabela 2), o gene escolhido é o TNFRSF18, também
situado em 1p36 (Figura 17).
70
Figura 17. Em azul, localização dos genes TNFRSF4 e TNFRSF18 (cromossomo 1p36), cujas
sequências foram utilizadas para a confecção das sondas 1p presentes nos kits SALSA MLPA
P036 e P070, respectivamente108.
A validação foi realizada pela técnica de FISH (Figura 18), corroborando com o
resultado encontrado por meio do método de MLPA.
Figura 18. Resultado de FISH com sonda subtelomérica para a região 1p para o paciente P98,
mostrando apenas um sinal (verde) no cromossomo 1 normal (seta branca). A ausência do
outro sinal indica a deleção da região em 1p36 (seta amarela).
71
O teste de FISH também foi realizado nos genitores dos pacientes, com resultados
normais. Assim, confirmada a deleção 1p36 de novo nos dois casos.
Comparando-se as características dos pacientes P57 e P98 (Lincoln-de-
Carvalho68) com outras descrições, foi constatada similaridade de sinais clínicos, conforme
pode ser observado na Tabela 14.
Tabela 14. Características clínicas encontradas em pacientes com deleção terminal 1p36
(adaptado de Shapira et al.118, Heilstedt et al.119; Gajecka et al.120; Battaglia et al.121;
Oiglane-Shlik et al.122).
Características Outros estudos P57 P98 P136
Atraso do fechamento da fontanela + + + +
Microcefalia + - + +
Braquicefalia + + - +
Occipital plano - + - +
Fronte proeminente + + + -
Sobrancelhas retificadas + + + +
Hipertelorismo + - - +
Enoftalmia + + + -
Prega epicântica interna + + + +
Estrabismo convergente + + + ?
Ponte nasal baixa + + + +
Hipoplasia malar + + + +
Bochechas proeminentes + + - -
Filtro longo + + + +
Comissuras bucais desviadas para baixo + + - -
Palato alto e arqueado + + + +
Fenda palatina + - - -
Queixo proeminente + - + +
Orelhas dismórficas (baixas e inclinadas) + + + +
Mãos pequenas + ND + +
Clinodactilia + - - +
Pés planos - + + +
Cardiopatia + - - +
Dificuldade de alimentação + - - +
Hipotonia + + + +
ADNPM + + + +
Surdez neurosensorial + - - -
Distúrbio na fala + + + +
Distúrbios de comportamento + - + +
Convulsões + + + +
+, presença; -, ausência; ND, não determinado
72
A síndrome de deleção 1p36 (MIM 607872), determinada por deleção terminal do

braço curto do cromossomo 1, com frequência estimada em 1:5.000 a 1:10.000 nascimentos,
incide em ambos os sexos e em todas as etnias, sendo considerada a síndrome de deleção
subtelomérica mais comum em humanos118,123,125.
Com relação à origem, estima-se que 52% dos indivíduos com essa síndrome
apresentem uma deleção terminal em 1p36; que 29% tenham uma deleção intersticial de
tamanho variado; que em 12% sejam observados rearranjos complexos (que podem incluir
mais do que a deleção 1p36 ou deleção 1p36 com duplicação 1p36) e que em
aproximadamente 7% haja a presença de um cromossomo derivado 1, na qual a região
telomérica 1p tenha sido substituída pela região terminal de outro cromossomo. Determinar o
mecanismo de origem da alteração é necessário para que o aconselhamento genético seja
realizado de forma adequada122,125,126.
Indivíduos com essa síndrome em geral apresentam DI em graus variados,
hipotonia, baixa estatura e dismorfismos craniofaciais, anomalias esqueléticas, cardíacas,
gastrointestinais e oftalmológicas, além de manifestações neurológicas diversas e distúrbios
de comportamento121,128,129.
As características craniofaciais incluem fontanela bregmática ampla,
microbraquicefalia, fronte proeminente, orelhas pequenas e(ou) dismórficas, sobrancelhas
retificadas, olhos de localização profunda, ponte nasal baixa, filtro longo, boca pequena,
comissuras bucais desviadas para baixo, palato alto e arqueado, fenda palatina e queixo
pontudo. Hipotonia e convulsões são relatados em quase 50% dos casos; cardiopatias em 43%
a 70% (incluindo desde anomalias valvares até cardiopatias complexas como tetralogia de
Fallot); alterações oftalmológicas variadas como estrabismo, hipermetropia, nistagmo e
catarata são descritas em 50% dos pacientes; surdez neurossensorial foi observada em 47%
dos casos; malformações esqueléticas ocorrem nessa mesma proporção, com registro de baixa
estatura, braquidactilia, escoliose e estenose espinhal congênita; também relatados anomalias
geniturinárias, dificuldade de alimentação e hipotireoidismo 118,120,121,122,124,130.
A complexidade fenotípica parece estar diretamente relacionada à extensão do
segmento deletado como resultado da haploinsuficiência de diferentes genes localizados na
região. A expressividade é variável; alguns indivíduos têm fenótipo evidente e de
reconhecimento clínico fácil, enquanto em outros o quadro pode ser bem sutil. A deleção
também varia quanto ao tamanho e, frequentemente, não é detectada por exame de cariótipo
73
convencional, sendo necessária a aplicação de técnicas mais refinadas, como MLPA e

microarray36,67,119,120,131,132.
Desde os primeiros relatos, há interesse na correlação genótipo-fenótipo da
deleção 1p36 e vários genes vêm sendo considerados associados às características fenotípicas
dessa condição, baseados no padrão de expressão ou no fenótipo observado em pacientes ou
modelos animais com mutação nesses genes. Entre os genes mais relacionados a essa
condição estão MMP23B, GABRD, SKI, PRDM16, KCNAB2, RERE, UBE4B, CASZ1, PDPN,
SPEN, ECE1, HSPG2 e LUZP1, apresentados na Figura 19 abaixo, modificada de Jordan et
al.133.
Figura 19. Genes relacionados aos sinais clínicos da deleção 1p36 e sua localização no
cromossomo 1, modificado de Jordan et al.133.
O gene MMP23B (Matrix metallopeptidase 23B; MIM 603321; chr1:1567560-

1570030) codifica um membro da família das metaloproteinases de matriz (MMP) envolvido
na degradação da matriz extracelular em processos fisiológicos. A deleção é associada ao
fechamento tardio da fontanela anterior119,120,133. O gene GABRD (Gamma-aminobutyric acid
type A receptor delta subunit; MIM 137163; chr1:1950768-1962192) codifica para a
subunidade delta dos receptores do tipo GABA e está relacionado a anomalias
neuropsiquiátricas e convulsões130,133. Já haploinsuficiência do gene SKI (SKI proto-
oncogene; MIM 164780; chr1:2160134-2241652), associado ao desenvolvimento de vários
sistemas do corpo, poderia explicar manifestações diversas como DI, convulsões, defeitos
cardíacos congênitos e alterações faciais130,132,134.
Pela localização do gene TNFRSF4 (TNF receptor superfamily member 4; MIM
600315) – escolhido para o desenho da sonda dos kits de MLPA subteloméricos empregados e
alterado nos pacientes estudados no presente estudo – e sua proximidade com os três genes
acima descritos, podem se justificar os sinais observados nos pacientes com a
haploinsuficiência dos mesmos. Já quanto aos demais genes relacionados à condição, apesar
74
de localizados downstream ao gene TNFRSF4, não há certeza de estarem alterados nos

pacientes P57 e P98, porém podem justificar outros sinais encontrados nos pacientes.
O gene PRDM16 (PR/SET domain 16; MIM 605557; chr1:2985742-3355185)
codifica um fator de transcrição zinc finger e se relaciona a determinação e diferenciação do
tecido adiposo. Conforme Gajecka et al.120, encontra-se na região crítica para cardiomiopatia,
fato corroborado por Arndt et al.135 e pode explicar a alteração encontrada em pacientes com
deleção 1p36.
Segundo revisão realizada por Gajecka et al.120 e estudos conduzidos por
Perkowski et al.136, o gene KCNAB2 (Potassium voltage-gated channel subfamily A
regulatory beta subunit 2; MIM 601142; chr1:6052358-6161253) codifica uma proteína
auxiliar que altera as propriedades da subunidade alfa e dos canais de potássio e sua alteração
justificaria manifestações como atraso do desenvolvimento, deficiência intelectual e
convulsões nos indivíduos com deleção 1p36. Vale mencionar que esse gene está na região
crítica descrita por Wu et al.138, mas não na região relacionada a convulsões definida por
Rosenfeld et al.130 e Shimada et al.132.
O gene RERE (Arginine-glutamic acid dipeptide repeats; MIM 605226;
chr1:8412464-8877699) codifica um regulador de receptores nucleares com papel importante
no desenvolvimento embrionário, como regulador da cascata de sinalização do ácido
retinoico. Fregeau et al.139 relataram 10 pacientes com NEDBEH (Neurodevelopmental
Disorder with or without anomalies of the Brain, Eye or Heart) e mutações em heterozigose
no gene RERE, sugerindo que a haploinsuficiência do mesmo esteja relacionada ao fenótipo
associado à deleção 1p36 proximal (MIM 616975). Tais alterações (c.3466G-A,
NM_012102.3; c.3785C-G, NM_012102.3; c.4293C-A, NM_012102.3 e c.2249_2270dup,
NM_012102.3), detectadas por exoma e confirmadas por sequenciamento de Sanger,
ocorreram de novo em todos os casos cujo material dos genitores foi investigado. Os mesmos
pesquisadores, em estudos com modelos animais, observaram fenótipos similares em ratos,
similarmente verificados por Plaster et al.139 e Kim et al.140 também em estudos animais,
quando verificaram que deleções no mesmo gene podem levar a atraso no desenvolvimento,
DI, alterações no desenvolvimento cerebral, problemas auditivos e oftalmológicos,
cardiopatias, anomalias renais e baixa estatura.
Estudos com modelos animais também mostraram que alterações no gene UBE4B
(Ubiquitination híper E4B; MIM 613565; chr1:10093041-10241297) – que codifica um fator
75
de ubiquinização relacionado a união de cadeias de multiubiquitina – podem levar a

miocardiopatia e a problemas de desenvolvimento neuronal 142.
O gene CASZ1 (Castor zinc finger 1; MIM 609895; chr1:10696666-10856733)
codifica um fator de transcrição zinc finger altamente expresso no coração. Embora alterações
nesse gene não tenham sido relatadas em humanos, ele está localizado em uma das regiões
críticas para defeitos congênitos cardíacos, como observaram Zaveri et al.134. Situação similar
também foi registrada pelos mesmos autores, dessa vez para os genes PDPN (Podoplanin;
MIM 608863; chr1:13910252-13944452) – que codifica uma glicoproteína membrana
integral – e SPEN (Spen 75íper75 transcriptional repressor; MIM 613484; chr1:16174359-
16266950), um repressor de transcrição, que também estão inseridos na região crítica para
cardiopatias congênitas , apesar de mutações nesses genes ainda não terem sido descritas em
humanos. A haploinsuficiência do gene SPEN também pode contribuir para alterações de
desenvolvimento neuronal e baixa estatura em indivíduos com deleção 1p36.
Hofstra et al.142 descreveram uma mutação missense em heterozigose do gene
ECE1 (Endothelin converting enzyme 1; MIM 600423; chr1:21543740-21672034) em
indivíduo com alteração cardíaca, (persistência do canal arterial e defeito de septo ventricular
e atrial). Em 2014, Zaveri et al.134 descreveram esse gene como situado na região crítica para
alterações cardíacas em pacientes com deleção 1p36, corroborando o registro feito pelos
primeiros autores. Ele codifica uma metaloprotease envolvida no processo proteolítico dos
precursores da endotelina, que em concentrações altas promove constrição dos vasos
sanguíneos, levando a hipertensão arterial e doenças cardíacas134,142.
O heparan sulfate proteoglycan 2 gene (MIM 142461; chr1:22148737-22263750)
conhecido como gene HSPG2 codifica o perlecan, um proteoglicano de sulfato de heparan
multidomínio que se liga a várias proteínas da membrana basal. Mutações recessivas nesses
genes se associam a duas síndromes de displasia esquelética (Silverman-Handmaker – MIM
224410 – e Schwartz-Jampel tipo I – MIM 255800). Embora fendas palatais estejam
relacionadas a essas síndromes, enquanto alterações cardíacas não, o fato de esse gene estar
situado na região crítica para cardiopatias descrita por Zaveri et al.134 sugere que alterações no
mesmo podem contribuir tanto para o desenvolvimento de fendas como para
cardiopatias133,134,143.
Por fim, o gene LUZP1 (Leucine íper protein 1; MIM 601422; chr1:23410516-
23495351), também situado na região crítica para defeitos cardíacos referida por Zaveri et
al.134 ainda não foi descrito como mutado em humanos. Estudos em modelos animais mostram
76
que alterações nesse gene podem se relacionar a defeitos cardíacos, fendas palatinas e
alterações no desenvolvimento cerebral 134,144.
4.4.2.1.3. Paciente P136

Paciente do sexo feminino, nascida em 2002, única filha de jovem casal não
consanguíneo; sem antecedentes familiais relevantes. Durante a gestação, a mãe relata baixo
ganho ponderal e movimentos fetais fracos. Parto cesáreo, na 36 a semana, com peso de 2600g
(percentil 25); comprimento de 48 cm (percentil 50). Além da prematuridade, teve hipóxia
neonatal grave, evoluindo satisfatoriamente, sem relato de problemas neonatais, exceto pela
detecção de defeito de septo ventricular pelo ecocardiograma, sem repercussão
hemodinâmica. Evoluiu com hipotonia e atraso global de desenvolvimento; andou após os 4
anos e não fala. A partir dos 12 meses, observadas crises convulsivas (tônicas), em geral de
uma a duas vezes ao dia, muito rápidas e durante o sono. Devido a aversão significativa ao
contato visual, inicialmente interpretada como fotossensibilidade, realizado exame
oftalmológico que excluiu qualquer anormalidade, sendo feita correção de entropia congênita
na ocasião. Observados bruxismo e briquismo; entre seis e nove anos apresentou períodos de
seletividade alimentar, chegando a jejum prolongado, sendo excluídas quaisquer condições
infecciosas ou metabólicas que justificassem essas manifestações.
Ao exame físico com 10 anos e 10 meses, tinha peso de 24,5 kg, altura 122,5 cm e
perímetro cefálico 49,5 cm. Observados ausência de contato visual, linguagem e comunicação
não verbal. Chamavam atenção os dismorfismos craniofaciais, com orelhas de implantação
baixa, olhos de localização profunda, sobrancelhas retificadas, cílios longos nasal, ponte nasal
baixa, lábio inferior evertido, palato alto, dentes espaçados com diastema de incisivos centrais
superiores, incisivo central esquerdo bífido e um dente extranumerário em localização
posterior aos incisivos superiores, que foi removido. Pele pálida, frouxa e levemente
ressacada; hipertricose mais evidente em membros e dorso. Iniciando puberdade, com telarca
e pubarca em estágio II-III de Tanner II-III. Na investigação complementar, detectados
refluxo vesico-ureteral direito com hidronefrose leve pela ultrassonografia abdominal, com
cintilografia renal estática e dinâmica sem alterações. A RM do cérebro sugeria heterotopia
laminar subcortical e anomalias do hipocampo, classificadas no complexo agiria-paquigiria.
O quadro clínico era compatível com a deleção 1p36, porém com algumas
manifestações não previamente descritas nessa condição. Após exame de cariótipo
convencional normal, realizada pesquisa de alterações subteloméricas pela a técnica de MLPA
77
com o kit P036, que identificou deleção 1p36 e duplicação 4p ambas confirmadas pelo kit
P070 – rsa(1p)×1,(4p)×3 (Figura 20).
Figura 20. Gráfico do resultado de MLPA com os kits SALSA MLPA P036 e P070. As setas
em vermelho mostram deleção 1p e duplicação 4p no paciente.
Para a validação dos resultados identificados por MLPA realizada a técnica de

FISH na paciente e sua genitora, sendo detectado apenas um sinal 1pter e três sinais 4pter
(Figura 21) na propósita, enquanto na genitora foi observada a translocação balanceada
t(1p;4p). Portanto, o cariótipo da paciente é 46,XX.ish
der(1)t(1p;4p)(p36.33;p16.3)mat(D1S243-,D1S2515-;D4S166+).
Figura 21. FISH com as sondas subteloméricas para 1p (marcadas em vermelho) e 4p (em
verde), mostrando um sinal em vermelho no cromossomo 1 normal, nenhum sinal em
vermelho no cromossomo 1 anômalo, três sinais em verde: dois para os dois cromossomos 4
normais e outro sinal no cromossomo 1 derivado.
78
Para a definição dos pontos de quebra neste rearranjo foi realizada a técnica de
aGH, a partir do kit CytoScan HD Array (Affymetrix, CA, USA), em parceria com o grupo de
pesquisa da Profª Dra. Iscia Cendes, seguindo o protocolo do fabricante. O resultado
confirmou as alterações estruturais identificadas por MLPA e FISH (Figuras 22 e 23).
Figura 22. Microarray mostrando a deleção em 1p36.3. Em vermelho a região deletada e

abaixo, os genes localizados nesta região.
Figura 23. Microarray mostrando a duplicação em 4p16. Em azul a região duplicada em

abaixo, os genes nesta região.
A deleção em 1p36.33-1p36.32 (Figura 22) possui 4025 kb (chr1:1186633-

5258556) e perfaz 241 genes. Já a duplicação em 4p16.3-4p15.33 (Figura 23) possui 14138
kb (chr4: 68345–14206282) e inclui 128 genes; várias CNVs patogênicas localizadas nessas
regiões foram relatadas (Figura 24) em pacientes com autismo, DI, dismorfismos craniofaciais
e anomalias cardíacas145,146.
79
A combinação da deleção em 1p36 e duplicação ou deleção de diferentes

cromossomos já foi descrita em diversos estudos. Muitos pacientes apresentam sinais clínicos
compatíveis com a deleção 1p36 associados a outros, cuja frequência e variação podem ser
atribuídos ao envolvimento dessas outras regiões cromossômicas 147-151. A duplicação
encontrada na paciente envolve a região característica da síndrome de Wolf-Hirschhorn,
porém esta é causada pela a perda cromossômica em 4p. Os sinais associados a essa alteração
são inespecíficos, como atraso do crescimento pré e pós-natal, deficiência intelectual e
convulsões, além de alguns dismorfismos faciais. No presente caso, se destaca o fenótipo da
deleção 1p36.
Figura 24. Representação esquemática mostrando CNVs patogênicas descritas na região

identificada (14 Mb de 4p16).
4.4.2.2. Alteração em 4p
4.4.2.2.1. Paciente P316

Paciente do sexo masculino, encaminhado ao ambulatório de Genética aos 12
anos, com suspeita de síndrome de Down. Foi adotado pela tia biológica (paterna). É o 1 o
filho de casal jovem e não consanguíneo; tem um irmão mais novo cujo desenvolvimento é
normal e ainda um meio-irmão paterno e duas meias-irmãs maternas, ambas fruto da segunda
união materna, na qual ainda ocorreram três perdas gestacionais, todas no 1o trimestre.
Referidos ainda uma prima em 1o grau supostamente com síndrome de Down, além de um
80
primo e uma prima em 1o grau falecidos no período neonatal, o primeiro com cardiopatia
congênita, todos pelo lado paterno. Gestação não planejada e sem acompanhamento pré-natal;
genitores usuários de álcool e diversas drogas ilícitas; o parto foi vaginal, com idade
gestacional não especificada, peso ao nascimento de 1.600 g, sucção débil, hipotonia e
icterícia neonatal; permaneceu 15 dias internado em fototerapia.
Evoluiu com atraso do desenvolvimento neuropsicomotor; desde os oito meses
tem crises convulsivas tônico-clônicas generalizadas. Ao exame físico, observados obesidade
e estatura no limite inferior para a idade, microcefalia, pit pré-auricular (bilateral),
hipertelorismo, fendas palpebrais desviadas para cima com eversão leve do terço distal, nariz
de base alargada e com desvio septal, filtro nasolabial curto e apagado, prega palmar anômala
à direita, sopro holossistólico, criptorquidia esquerda, hipospadia peniana, acantose nigricante
cervical. Realizado exame de cariótipo, com técnica de bandamento G, resolução 400-700
bandas, cujo resultado foi normal, 46,XY, em 50 células. Também solicitado ecocardiograma,
indicativo de comunicação interatrial moderada e estenose pulmonar significativa, com
indicação cirúrgica; aguarda ultrassom de abdômen total. Acompanhado em ambulatórios de
Cardiologia, Cirurgia Pediátrica e Neurologia.
Por meio da pesquisa de alterações cromossômicas submicroscópicas por MLPA
subtelomérico com o kit SALSA MLPA P036 identificou-se uma microdeleção 4p,
confirmada pelo kit SALSA MLPA P070 - rsa4p(P070)×1 (Figuras 25 e 26).
Figura 25. Gráfico do resultado de MLPA com os kits SALSA MLPA P036 e P070. A seta em
vermelho mostra deleção 4p no paciente.
81
Figura 26. Em azul, localização do gene PIGG (cromossomo 4p16.3), cuja sequência foi
utilizada para a confecção das sondas 4p presentes nos kits SALSA MLPA P036 e P070108.
4.4.2.2.2. Paciente P166

Paciente do sexo masculino, nascido em 09/02/2008, filho único de casal jovem e
não consanguíneo; meia prima materna com ADNPM; sem outros antecedentes familiais
relevantes. Gestação acompanhada por pré-natal, sem intercorrências, parto vaginal; peso
2180 g, comprimento 45,5 cm e perímetro cefálico 32,5 cm; choro demorado, cianose
generalizada e sucção débil; teve icterícia a partir o 3º dia, com necessidade de fototerapia,
recebendo alta aos nove dias de vida.
Evoluiu com atraso do desenvolvimento, quatro episódios de pneumonia,
constipação intestinal e convulsão febril.
Ao exame físico, com dois anos e cinco meses, observados frontal alto e com
implantação alta de cabelo, orelhas dismórficas de implantação baixa, com lóbulos
hipoplásicos, hipertelorismo, telecanto e cílios longos, ponte nasal alta e larga, columela
achatada, retrognatismo, boca pequena, palato alto, peito carenado, mãos mantidas em flexão,
hipospadia balano-prepucial e hipotonia. O ecocardiograma indicou estenose pulmonar
supravalvar com discreta repercussão hemodinâmica.
A pesquisa de alterações cromossômicas submicroscópicas por MLPA
subtelomérico com o kit SALSA MLPA P036 identificou um rearranjo del4p/dup8p,
confirmado pelo kit SALSA MLPA P070 – rsa(4p)×1,(8p)×3 (Figuras 27 e 28).
82
Figura 28. Em azul, localização do gene FBCO25 (cromossomo 8p23.3), cuja sequência foi
utilizada para a confecção das sondas 8p presentes nos kits SALSA MLPA P036 e P070,
respectivamente108.
4.4.2.2.3. Paciente P124

Paciente do sexo feminino, nascida em 25/10/2003, segunda filha de casal jovem
e não consanguíneo, com histórico de óbitos neonatais de crianças polimalformadas pelo lado
materno e uma prima com síndrome de Wolf-Hirschhorn (diagnóstico posterior ao da
propósita). Gestação sem intercorrências; parto normal, a termo, com peso de 3010 g e
comprimento de 47 cm; não chorou, era hipotônica, com sucção débil. Evoluiu com atraso
global do desenvolvimento, associado à deficiência auditiva e visual.
Ao exame físico, com 10 meses de idade, observados occipital plano, frontal alto
e abaulado, aparente trigonocefalia, cabelos escassos, orelhas dismórficas e de implantação
baixa, hipertelorismo, epicanto inverso bilateral, fendas palpebrais oblíquas para cima,
estrabismo divergente, hemangioma em pálpebras superiores, nariz pequeno com ponte alta e
hipoplasia alar, comissuras bucais desviadas para baixo, micrognatia, pescoço curto, diástase
de músculos retos abdominais, hérnia umbilical, prega palmar de transição à esquerda,
genitais externos com hemangioma em grandes lábios e hipoplasia de pequenos lábios, cútis
marmorata, hipoplasia ungueal em 5o dedo das mãos e hipotonia.
Na investigação complementar, o ecocardiograma mostrou persistência de canal
arterial, comunicação interatrial, insuficiência tricúspide leve e dilatação de câmaras direitas;
83
teste de emissões otoacústicas indicando perda auditiva; avaliação oftalmológica e

ultrassonografia abdominal sem alterações. O exame de cariótipo foi normal, 46,XX, com
resolução de 500 bandas por lote haploide.
subtelomérico com o kit SALSA MLPA P036 identificou-se um rearranjo del4p/dup12p,
confirmado pelo kit SALSA MLPA P070 – rsa(4p)×1,(12p)×3 (Figura 29).
Para pesquisar alterações em 4p e em 12p, as regiões escolhidas no kit SALSA

MLPA P036 (Tabela 1) e no kit de confirmação SALSA MLPA P070 (Tabela 2), para o
desenho da sonda estão em 4p16.3 (gene PIGG) e 12p13.33 (genes SLC6A12 e KDM5A),
respectivamente (Figuras 9 e 26).
O rearranjo del4p/dup12p observado na paciente por meio da técnica de MLPA foi
validado por FISH (Figura 30), também realizado em seus genitores, sendo identificada
translocação balanceada t(4p;12p) materna (Figura 31), herdada da avó materna. Esse
rearranjo também foi transmitido à tia materna, cuja filha teve diagnóstico de síndrome de
Wolf-Hirschhorn, em avaliação posterior à da propósita.
Assim, a constituição cromossômica da propósita passa a ser 46,XX.ish
der(4)t(4p;12p)(p16.3;p13.2)mat(D4S166-;D12S1697+,D12S98+,D12S850+).
84
Figura 30. Resultado de FISH com sondas subteloméricas para as regiões 4p (verde) e 12p
(vermelho) para a paciente P124, mostrando apenas um sinal no cromossomo 4 normal (seta)
e três sinais vermelhos para os cromossomos 4 (derivado) e 12 (sem alteração).
Figura 31. Resultado de FISH com sondas subteloméricas para as regiões 4p (verde) e 12p
(vermelho) para a mãe da paciente P124, mostrando um rearranjo equilibrado entre os
cromossomos 4 e 12.
85
4.4.2.2.4. Paciente P237

Paciente do sexo masculino, nascido em 23/01/2004; primeiro filho de casal
jovem e não consanguíneo; meio-irmão teve convulsões até os sete anos de idade, com
desenvolvimento neuropsicomotor normal; sem outros antecedentes familiais relevantes.
Gestação a termo; parto vaginal a fórceps, com peso 3580 g, comprimento 50,5 cm, perímetro
cefálico 35 cm; Apgar 9/10; com torcicolo congênito. Evoluiu com atraso do desenvolvimento
neuropsicomotor, amigdalites recorrentes (adenoamigdalectomia aos três anos), otite crônica
com colocação de tubo de ventilação bilateral.
Ao exame físico, com quatro anos e dois meses, observados peso 28 kg (>p97),
altura 115,5 cm (>p97) e perímetro cefálico 51 cm (p50); obesidade, fronte proeminente
(familial), occipital plano, implantação baixa de cabelos na fronte, fendas palpebrais
levemente desviadas para cima, ponte nasal baixa, narinas antevertidas, filtro longo, palato
alto, hipoplasia de quarto e quinto metacarpos, clinodactilia de 5 o dedo (mão direita), prega
palmar transversal única completa à esquerda e incompleta à direita, pés planos com
acavalgamento de dedos e hipoplasia ungueal, háluces alargados, coxa valga, marcha de base
alargada e musculatura hipotônica.
Entre os exames complementares constam tomografia computadorizada (TC) de
crânio, fundoscopia e ultrassom de abdômen total, todos normais. Devido à macrossomia,
também realizada investigação molecular para a síndrome de Bannayan-Riley-Ruvalcalba
(genes NSD1 e PTEN) também sem alterações.
subtelomérico com o kit SALSA MLPA P036 identificou um rearranjo dup4p/del8p,
confirmado pelo kit SALSA MLPA P070 – rsa(4p)×3,(8p)×1 (Figura 32).
em vermelho mostram duplicação 4p e deleção 8p no paciente.
86
4.4.2.2.5. Paciente P164

Paciente do sexo feminino, nascida em 14/06/2005, filha única de casal jovem e
consanguíneo, sem antecedentes familiais relevantes. Gestação acompanhada por pré-natal em
unidade básica de saúde, com relato de gripe e febre no primeiro trimestre. A ultrassonografia
com 36 semanas identificou retardo de crescimento intrauterino; sinal da dupla bolha, artéria
umbilical única, hipoplasia cerebelar, polidrâmnio. Parto normal, a termo, com peso 2145 g e
45 cm comprimento; Apgar 8/10; apresentou icterícia, síndrome colestática, membrana
duodenal (corrigida aos dois dias de vida), hipertonia apendicular e agenesia parcial do corpo
caloso.
Ao exame físico, observado microcefalia, ptose palpebral à esquerda, cílios
longos, occipital proeminente, ponte nasal baixa, filtro nasolabial curto, palato alto, orelhas
dismórficas de implantação baixa, prega palmar transversal incompleta à esquerda, hipoplasia
ungueal em 5º dedo (pés), membros inferiores assimétricos com pele de aspecto mosqueado, e
marcha de base alargada.
Realizados ultrassom transfontanela, que mostrou agenesia parcial de corpo
caloso; TC de crânio com persistência do cavum de septo pelúcido, hipoplasia da porção
inferior do vermis cerebelar, comunição do IV ventrículo com aumento de espaço do forame
magno e fundo de olho com atrofia retiniana difusa bilateral. Ultrassom abdominal normal. O
exame de cariótipo em sangue e em fibloblastos obtidos por biopsia de pele foi 46,XX,
normal para o sexo feminino.
subtelomérico com o kit SALSA MLPA P036 identificou-se um rearranjo dup4p/del13q,
confirmado pelo kit SALSA MLPA P070 – rsa(4p)×3,(13q)×1 (Figuras 33 e 34).
em vermelho mostram duplicação 4p e deleção 13q no paciente.
87
Figura 34. Em azul, localização dos genes F7 e CDC16 (cromossomo 13q34), cujas
sequências foram utilizadas para a confecção das sondas 13q presentes nos kits SALSA
Após o resultado do MLPA, foi realizado cariótipo dos pais sendo identificado
rearranjo entre os cromossomos 4 e 13 no exame paterno –
46,XY,t(4;13)(p16.3;q32)(D4S166+;D13S1825-).
Novo cariótipo da propósita, com maior resolução, mostrou o rearranjo
desbalanceado, previamente detectado por MLPA, estendendo, porém, a deleção do
cromossomo 13 para além da região subtelomérica:
46,XX,der(13)t(4;13)(p16.3;q32)pat(D4S166+; D13S1825-).
Rearranjos microscópicos envolvendo o braço curto do cromossomo 4 podem

resultar em uma ampla variedade de condições clínicas, dependendo da extensão da região
envolvida. Entretanto, elas podem ser resumidas basicamente em duas condições distintas: as
síndromes de Wolf-Hirschhorn e da trissomia parcial 4p. Ambas compartilham sinais
inespecíficos, como atraso no crescimento pré e pós natal, DI, microcefalia, orelhas de
implantação baixa, geralmente atribuídos ao comprometimento da dosagem gênica. Por outro
lado, características mais específicas se correlacionam à monossomia segmentar67,152-155.
Deleção 4pter e a síndrome de Wolf –Hirschhorn

A síndrome de Wolf-Hirschhorn (MIM 194190) é uma síndrome de genes
contíguos causada por deleção da região 4p16.3, com prevalência estimada em 1:50.000
nascimentos, sendo mais comum no sexo feminino (2F:1M). Cerca de 50% a 60% dos casos
ocorrem por deleção pura 4p16 de novo. 40% a 45% dos indivíduos afetados têm uma
translocação desequilibrada determinando deleção 4p e trissomia parcial de outro
cromossomo – de novo ou herdada de um genitor com rearranjo equilibrado –, sendo o
88
restante causado por rearranjos mais complexos, tais como cromossomo 4 em anel, que levam
a uma supressão dos genes situados na região146,156-167.
O fenótipo clássico da síndrome de Wolf-Hirschhorn se caracteriza por
dismorfismos craniofaciais, como ponte nasal alta e alargada se estendendo à fronte com a
glabela proeminente (conhecido como nariz em “elmo de guerreiro grego”), microcefalia,
hipertelorismo, prega epicântica interna, sobrancelhas arqueadas, filtro naso-labial curto,
comissuras bucais desviadas para baixo, micrognatia e orelhas malformadas. Os indivíduos
afetados apresentam atraso de crescimento pré e pós-natal, hipotonia, deficiência intelectual, e
a maioria tem convulsões. Em frequência menor e conforme dos genes envolvidos na
alteração, são observados anomalias esqueléticas (60%-70%), defeitos cardíacos congênitos
(~50%), perda auditiva (> 40%), malformações do trato urinário (25%) e encefalopatias
estruturais (33%)155,168.
O refinamento das técnicas diagnósticas permitiu identificar duas regiões críticas
para síndrome de Wolf-Hirschhorn: WHSCR-1 e WHSCR-2. WHSCR-1 se localiza a 2 Mb
da região telomérica do cromossomo 4, tem 165 kb de tamanho e inclui os genes WHSC1 e
WHSC2 (NELFA). Já WHSCR-2, que compreende um intervalo de 300-600 kb, se posiciona
entre 1,9 e 1,6-1,3 Mb do telômero, sendo contíguo e telomérico em relação a WHSCR-1,
incluindo genes como WHSC1, LETM1, FGFR3, TACC3, SLBP, HDNTNP, HSPX153, PIGG,
FGFRL1, CTBP1 e CPLX1, entre outros155,170,171,172, 173,174.
O gene WHSC1 (NSD2 – Nuclear receptor binding SET domain protein 2 – MIM
602952) codifica uma proteína que contém quatro domínios presentes em outras proteínas de
desenvolvimento e se expressa de forma ubíqua no desenvolvimento inicial. A
haploinsuficiência desse gene se associa tanto ao fenótipo facial quanto ao atraso no
desenvolvimento, sinais também constatados nos casos apresentados174-176.
Já o gene WHSC2 (NELFA – Negative elongation factor polypeptide A – MIM
606026) codifica uma proteína membro do complexo de proteínas NELF (fator de
elongamento negativo) que atua na regulação do alongamento da transcrição da RNA
polimerase II. Além disso, tal proteína é capaz de reagir com linfócitos T citotóxicos
específicos, sugerindo uma possível utilização em imunoterapia para pacientes com
câncer168,178.
O gene LETM1 (Leucine íper-EF-hand-containing transmembrane protein 1 –
MIM 604407) codifica uma proteína mitocondrial que desempenha um papel importante na
troca de K(+)/H(+) e na homeostase de Ca(2+), sendo fortemente sugerido que, quando em
89
haploinsuficiência, o gene se relacione às manifestações neuromusculares e epilépticas da

síndrome de Wolf-Hirschhorn155,174,176,178,179. Entretanto, Zollino et al.180 consideram que a
haploinsuficiência não se limita ao LETM1, mas inclui outros genes, e dessa forma é que atua
como um fator de risco para às convulsões, pela observação de casos com deleção na região
4p16.3 que preservam o gene LETM1 associado a convulsões e dificuldade de aprendizado180
Pela análise por MLPA dos casos com deleção 4pter aqui estudados não é possível afirmar que
a alteração se estenda a esse gene, porém dada a observação de convulsões na paciente P124,
é possível que o gene se encontre deletado.
O gene FGFR3 (Fibroblast growth factor receptor 3 – MIM 134934) é um
regulador fisiológico negativo de crescimento ósseo. Durante o desenvolvimento embrionário,
se expressa amplamente em tubo neural e ossos longos, durante a ossificação endocondral.
Pelo menos 10 diferentes condições – incluindo câncer e síndromes envolvendo esqueleto e
pele – são causadas por mutações nesse gene. A maior delas leva à ativação constitutiva da
proteína, prejudicando o crescimento ósseo endocondral, e levando a deformidades ósseas 181.
O gene PIGG (Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class G – MIM
616918) codifica uma enzima envolvida na biossíntese da âncora de glicosilfosfatidilinositol
(GPI), necessária para o transporte de algumas proteínas direcionadas a organelas e membrana
citpoplasmáticas. Variantes alélicas desse gene foram associadas a DI, hipotonia e convulsões
de início precoce183, e também foram observadas nos pacientes avaliados no presente estudo
(pacientes P124 e P166)155.
O gene CPLX1 (Complexina 1 – MIM 605032) codifica para uma das proteínas
citosólicas que funcionam na exocitose das vesículas sinápticas, durante o desenvolvimento
da região cortical183. Essa proteína desempenharia um papel importante na modulação da
liberação de neurotransmissores, sendo sua desregulação observada em indivíduos com
doenças neurodegenerativas e transtornos neuropsiquiátricos, justificando a associação com
epilepsia em indivíduos com síndrome de Wolf-Hirschhorn180.
Hannes et al.184 relatando um indivíduo com fenótipo facial compatível com a
síndrome de Wolf-Hirschhorn e deleção de 432 kb localizada próxima às regiões críticas para
a condição (WHSCR 1-2) sugeriram que a sequência flanqueadora às mesmas contribui direta
ou indiretamente para a gravidade da síndrome, ou seja, que esse locus seja aditivo às
deleções comuns à condição, aumentando sua expressão fenotípica, pois deleções nos genes
adjacentes poderiam influenciar a expressão gênica nas regiões críticas por conter sequências
reguladoras. Assim, outros genes, como o MSX1, têm sido referidos como responsáveis pelo
90
fenótipo da síndrome de Wolf-Hirschhorn – quando em haploinsuficiência – ainda que

pesquisadores não o considerem como parte da região crítica de mesma 184.
O gene MSX1 (Muscle segment homeobox 1 – MIM 142983) desempenha papel
importante nas interações do tecido epitelial-mesenquimal durante o desenvolvimento
craniofacial, como regulador na proliferação, na diferenciação e na morte celular. Sua
haploinsuficiência provavelmente afeta a regulação de outros genes envolvidos no
desenvolvimento orofacial, levando aos dismorfismos observados na síndrome de Wolf-
Hirschhorn185-189 observados em todos os pacientes aqui apresentados com deleção 4pter.
Rearranjos envolvendo as regiões 4pter e 12pter já foram registrados na
literatura190-192. A trissomia 12pter é caracterizada por atraso do desenvolvimento, convulsões,
peso aumentado ao nascimento, hipotonia e dismorfismos craniofaciais, incluindo
implantação baixa de orelhas, fronte alta, prega epicântica interna, nariz pequeno com ponte
baixa, narinas antevertidas e filtro longo192-193. Entretanto, o quadro pode ser variável
dependendo do tipo e da extensão da monossomia parcial determinada pelo rearranjo.
Comparando-se o quadro clínico da paciente P124 com a descrição dos
dismorfismos mais comuns em monossomia 4p e trissomia 12p, observam-se similaridades
entre as condições (Tabela 15)154,155,172,194.
91
Tabela 15. Características clínicas encontradas na paciente P124 em comparação com sinais
fenotípicos típicos em indivíduos com deleção 4p e duplicação 12p (adaptado Zollino et al.
172
, Zumkeller et al.194, Battaglia et al.154, Battaglia et al.155).
Características da paciente P124 Del(4p) Dup(12p)
Atraso do desenvolvimento + +
Deficiência intelectual + +
Deficiência auditiva + +
Deficiência visual +
Hipotonia + +
Epilepsia + +
Occipital plano +
Frontal alto e abaulado +
Face arredondada com bochechas proeminentes +
Implantação baixa das orelhas + +
Epicanto inverso + +
Hipertelorismo + +
Fendas palpebrais oblíquas para cima +
Estrabismo
Hemangioma +
Nariz pequeno com hipoplasia alar +
Micrognatia + +
Comissuras bucais desviadas para baixo + +
Pescoço curto + +
Hérnia umbilical
Prega palmar transversal única +
Unhas hipoplásicas
Cardiopatia +
+, presença
Quanto a rearranjos envolvendo as regiões 4pter e 8pter, há vários relatos na

literatura168,195,196. A trissomia 8p é caracterizada por hipotonia, DI, baixa estatura, dificuldade
de alimentação, hipertelorismo, ponte nasal alargada, lábios volumosos, dentição anormal e
orelhas dismórficas197. Tönnies et al.198 observaram que as características clínicas em
indivíduos com monossomia 4p isolada e síndrome de Wolf-Hirschhorn resultante de
translocação desequilibrada 4p/8p não são específicas o suficiente para a distinção dos
fenótipos. Assim, comparando-se o quadro clínico da paciente P166 com a descrição dos
dismorfismos del 4p e dup8p também se observam similaridades (Tabela 16).
92
Tabela 16. Características clínicas encontradas no paciente P166 em comparação com sinais
fenotípicos típicos em indivíduos com deleção 4p e duplicação 8p (adaptado de Zollino et
al.168, South et al.161, Midro et al.195, Dai et al. 196).
Características do paciente P166 Del(4p) Dup(8p)
Atraso do desenvolvimento / DI + +
Hipotonia + +
Convulsão + +
Frontal alto + +
Orelhas de implantação baixa + +
Orelhas com lóbulos hipoplásicos +
Hipertelorismo +
Ponte nasal proeminente + +
Nariz pequeno com hipoplasia alar
Retrognatismo
Boca pequena
Palato alto +
Peito carenado
Mãos mantidas em flexão
Hipospadia bálano-prepucial +
Cardiopatia congênita + +
+, presença
Duplicação 4pter
A trissomia 4pter, descrita primeiramente por Wilson et al.199 é associada a atraso
do crescimento, DI, microcefalia, anomalias congênitas múltiplas e anomalias minor
craniofaciais como glabela proeminente, nariz bulboso, ponte nasal alargada e orelhas
dismórficas, além de pescoço curto e contraturas em flexão de dedos das mãos, entre outros
sinais. A variabilidade fenotípica está relacionada ao tamanho e à posição do segmento
cromossômico alterado, normalmente referido entre as bandas 4p15.2 e 4p16.3152,153. Já foi
observada na forma pura200, em mosaico201 ou como rearranjos envolvendo outra região
cromossômica, como os descritos por Takeno et al.202, Beaujard et al.203, Roselló et al.204,
Hemmat et al.164, Kim et al.205, Iype et al.166 e Puvabanditsin et al.206 entre outros.
Schönewolf-Greulich207 relatou, em três gerações de uma mesma família,
indivíduos com duplicação 4p16.3 com extensão de 3 Mb, que apresentavam macrocefalia,
atraso na fala e DI leve. Teoricamente, como um rearranjo equilibrado pode resultar em
deleção e duplicação na mesma proporção, mas considerando serem poucos os casos de
duplicação 4pter na literatura, os mesmos autores inferem que sejam subdiagnosticados, tendo
em vista que duplicações pequenas são associadas a DI mais leve e, em geral, parecem ter
consequências clínicas mais brandas do que as microdeleções.
93
Cyr et al.200 avaliaram um indivíduo do sexo masculino com microduplicação em

4pter e sinais como macrocefalia e pigmentação irregular da irís, além das características
sobrepostas à trissomia 4p como convulsões, atraso do desenvolvimento neuropsicomotor e
dismorfismos craniofaciais (glabela proeminente, implantação baixa de orelhas e pescoço
curto). Os mesmos autores verificaram que cinco genes estão contidos na região da
microduplicação observada no paciente. São eles CRIPAK, SLBP, TACC3, FGFR3 e LETM1,
alguns tidos como sensíveis à dosagem e assim podendo desempenhar papel importante no
fenótipo da trissomia 4p. Um deles é o TACC3 (Transforming acidic coiled-coil containing
protein 3 – MIM 605303) que tem papel crítico na separação dos cromossomos durante a
divisão celular, principalmente durante a neurogênese. Ainda segundo Cyr et al.200 e ainda
Hannes et al.209, o aumento da dosagem gênica contribui para o atraso no desenvolvimento,
observado em indivíduos com a condição.
Puvabanditsin et al.206 registraram o primeiro caso de um rearranjo com trissomia
4p e monossomia 13q em um gêmeo dizigótico que apresentava atraso de crescimento intra-
uterino, microcefalia, colpocefalia, ausência de corpo caloso, nariz com ponta bulbosa,
orelhas proeminentes e de implantação baixa, macroglossia, lábio superior fino, dupla saída
de ventrículo direito, defeito do septo ventricular, valva mitral fendida, estenose pulmonar,
artéria umbilical única, rim displásico multicêntrico (à esquerda), fóvea coccígea, ânus
anteriorizado, sulcos frontais, polegares fletidos, acavalgamento de dedos dos pés e
hipotireoidismo congênito. Comparando essas características com as observadas na paciente
P164 observa-se similaridade de alguns (poucos) sinais, porém seria necessária análise de
outros casos com o mesmo rearranjo para caracterização clínica mais adequada (Tabela 17).
94
fenotípicos observados em rearranjo similar (duplicação 4p e deleção 13q), (Puvabanditsin et
al.206).
Características do rearranjo 4p+/13q- Paciente 164
Atraso de crescimento intra-uterino +
Microcefalia +
Colpocefalia +
Agenesia corpo caloso
Sulcos frontais
Orelhas proeminentes e de implantação baixa +
Nariz de ponta bulbosa
Lábio superior fino
Macroglossia
Dupla saída de ventrículo direito
Defeito de septo atrial/ventricular
Fenda de valva mitral
Estenose pulmonar
Fóvea coccígea
Ânus anteriorizado
Polegares aduzidos
Sobreposição dos dedos dos pés Parcial
Artéria umbilical única +
Displasia renal multicística
Hipotireoidismo congênito
+, presença
Sagar et al.209 descreveram um indivíduo do sexo masculino com autismo,

transtorno obsessivo-compulsivo e déficit de atenção e hiperatividade com uma translocação
desbalanceada de novo der(8)t(4;8)p(16.1;23.1). Segundo esses autores, as características do
paciente em questão coincidem com os principais sinais descritos na literatura para as duas
condições. À conclusão similar chegaram Skrlec et al.210, comparando o quadro clínico da
duplicação 4pter e da deleção 8pter com o apresentado pelo indivíduo estudado pelo grupo.
Confrontando as características levantadas pelos autores acima com as observadas
na paciente P237 observa-se similaridade de alguns sinais (Tabela 18) 209,210
95
fenotípicos típicos em mesmo rearranjo (duplicação 4p, deleção 8p) (adaptado de Sagar et al.,
209
; Skrlec et al.210).
Características do caso rearranjo 4p+/8p- Paciente 237
Atraso do desenvolvimento +
Obesidade +
Implantação baixa de cabelos na fronte +
Frontal alto e proeminente +
Retração bitemporal
Occipital plano
Fendas palpebrais oblíquas para cima +
Narinas antevertidas +
Raiz nasal baixa
Filtro longo +
Palato ogival/alto +
Prega palmar transversal única +
Hipoplasia de quarto e quinto metacarpianos
Clinodactilia de quinto dedo (mãos)
Coxa valga
Pés planos
Acavalgamento de dedos dos pés
Hipoplasia ungueal em pés
Háluces alargados
Assimetria em membros inferiores
Marcha de base alargada
Criptorquidia +
Torcicolo congênito
+, presença

Como o presente caso (P75) foi submetido à revista científica em forma de artigo
e será incluído conforme enviado (Anexo 8.4.).
4.4.2.4. Alteração del XYp
4.4.2.4.1 Paciente P85

Paciente do sexo masculino, nascido em 1989, genitores não consanguíneos; mãe
com 34 anos e pai com 56 anos por ocasião do nascimento; sem antecedentes familiais
relevantes. Encaminhado ao ambulatório de Erros Inatos do Metabolismo aos 19 anos, com
diagnóstico de epilepsia, atraso do desenvolvimento neuromotor, distúrbio de comportamento,
96
ictiose, hipogonadismo hipogonadotrófico, rim único e baixa estatura; até então, era
acompanhado no ambulatório de Neuroepilepsia na Infância (Neurologia-HC-Unicamp). Não
referidas intercorrências gestacionais ou perinatais dignas de nota; em boas condições ao
nascimento, com peso e estatura adequados.
Evoluiu com atraso leve do desenvolvimento neuropsicomotor, com involução a
partir dos sete anos, quando passou a apresentar quedas frequentes e iniciou avaliação
neurológica com hipótese de síndrome epiléptica. Submetido à investigação extensa que
incluiu exame de cariótipo e pesquisa da mutação do X frágil, eletroneuromiografia,
eletroencefalograma, potenciais evocados auditivos e somatosensitivos, todos com resultados
normais. Também realizados triagem para erros inatos do metabolismo, cromatografia de
aminoácidos, dosagens de ácidos orgânicos, ácidos graxos de cadeia muito longa, beta-
galactosidase, hexosaminidase, ácido fitânico, arilsulfatase A, entre outras, sem alterações
relevantes. Entre os exames alterados, estavam os potenciais evocados visuais, com suspeita
de comprometimento bilateral das vias visuais, a avaliação radiográfica com osteopenia
difusa, a RM de coluna com redução de diâmetro craniocaudal de corpos vertebrais torácicos
inferiores e lombares (aspecto em “vértebras de peixe”) e a RM encefálica sugestiva de
leucoencefalopatia desmielinizante ou isquêmica. A biopsia de pele identificou alterações
compatíveis com ictiose do tipo de retenção.
Ao exame físico, observados estatura abaixo de 3%, braquicefalia, implantação
baixa de cabelos em fronte e nuca, face triangular, hipoplasia malar, orelhas proeminentes,
sobrancelhas em “V” invertido com rarefação lateral, olhos de localização mais profunda,
fendas palpebrais levemente alongadas, nariz com columela proeminente e hipoplasia alar,
filtro longo, lábio superior fino e inferior levemente evertido, pescoço curto, flexão redutível
de articulações interfalangeanas em 3º e 4º dedos, distância aumentada entre háluces e 2º
artelhos, clinodactilia acentuada em 5º dedos (pés); microrquidia à esquerda e criptorquidia à
direita; hiperreflexia em membros inferiores, pés cavos e sinal de Babinski bilateral. No
exame da pele, apresentava ictiose folicular generalizada (poupando apenas face) e
hiperceratose plantar. Observadas ainda alterações de comportamento com agitação
psicomotora, déficit de atenção, dificuldade de comunicação e interação social.
Frente a tal quadro clínico, sugerido dar seguimento à investigação diagnóstica
com o teste de MLPA subtelomérico, por meio do kit P036.
97
Pela técnica foi possível visualizar alteração no braço curto do cromossomo X

(Figura 35) em região pseudoautossômica X/Y, que foi confirmada a partir do teste com o kit
P070. Assim, a notação do cariótipo desse paciente passa a ser P070 – rsaXYp(P070)×1.
vermelho mostra deleção XYp no paciente.
Para pesquisar alterações na região pseudoautossômica de X/Y, a região escolhida

no kit SALSA MLPA P036 (Tabela 1) para o desenho da sonda está em Xp22.33 (gene SHOX,
marcado em azul na Figura 36), enquanto no kit de confirmação SALSA MLPA P070 (Tabela
2), o gene escolhido é o mesmo, porém provavelmente em outro éxon que o escolhido para o
kit anterior (Figura 36).
Figura 36. Em azul, localização do gene SHOX (cromossomos X e Y, em região

paseudoautossômica), cujas sequências foram utilizadas para a confecção das sondas XYp
presentes nos kits SALSA MLPA P036 e P070, respectivamente. Em vermelho, extensão da
alteração encontrada no paciente, por meio do kit SALSA MLPA P018; em roxo, primeira
98
sonda também presente no kit SALSA MLPA P018 encontrada dentro da normalidade no
paciente108.
Para melhor definição dos pontos de quebra foi realizado teste de MLPA também
com o kit P018 (Tabela 4), que inclui sonda específica para cada éxon do gene SHOX
(alterado nos testes anteriores), de genes adjacentes tais como PPP2R3B (mais telomérico) e
VAMP7 (mais centromérico) (Figura 36). Essa análise (Figura 37) possibilitou determinar a
extensão da deleção a partir dos sinais alterados nas sondas complementares aos genes
PPP2R3B e KAL1 (ANOS1), delimitados pelo retângulo vermelho. Vale acrescentar que o
número de cópias do gene FANCB encontra-se dentro da normalidade, porém entre esse gene
e o KAL1 há cerca de 30 genes que não foram investigados pelos testes realizados, não sendo
possível afirmar que estejam alterados no paciente (Figura 37).
Figura 37. Gráfico do resultado de MLPA com o kit SALSA MLPA P018 mostrando a
deleção envolvendo as regiões Xp22.31 e Xp22.33.
A diferença nos padrões típicos dos sinais de deleção e duplicação nesse paciente
deve-se ao fato de parte da alteração se localizar na região pseudoautossômica (PAR1) do
braço curto dos cromossomos X e Y. Tal deleção envolve as regiões Xp22.31 e Xp22.33,
onde estão genes importantes como SHOX, STS, NLGN4X e VCX3A, e o cariótipo do paciente
passa a ser rsaXYp(SHOX1-
5,CRLF2,CSF2RA,ILR3A,ASMT,ZBED1,ARSF,PRKX,NLGN4X, KAL1)×1 .
Frente a esse resultado, o quadro clínico do paciente pode ser definido como a
síndrome da microdeleção Xp22.31 ou síndrome de genes contíguos, com haploinsuficiência
de genes como o STS (Steroid sulfatase; MIM 300747), NLGN4X (Neuroligin 4, X-linked;
MIM 300427) e VCX3A (Variable charge, X-linked 3A; MIM 300533). Entre os demais genes
contíguos a essa região encontram-se NLGN4X e VCX3A, previamente propostos como
candidatos à DI ligada ao X (não específica) em pacientes com ictiose ligada ao X (ILX)211-
217
.
99
A ictiose ligada ao X (MIM 308100) é uma genodermatose causada pela

deficiência da enzima arilsulfatase C (STS) 218,219, codificada pelo gene de mesmo nome,
localizado na parte distal do braço curto do cromossomo X (Xp22.3-pter), próximo à região
pseudoautossômica. Muitos dos indivíduos com a doença manifestam apenas ictiose, porém
acredita-se que a deleção de genes contíguos nessa região explique a presença de outros
sinais, incluindo DI220.
O gene NLGN4X codifica uma proteína da família das carboxilaesterase/lipase de
tipo B, que são proteínas de superfície das células neuronais. Os membros dessa família
podem atuar como ligantes específicos para beta-neurexinas, participando da formação e da
remodelação de sinapses do sistema nervoso central. Variantes patogênicas desse gene já
foram associadas a transtornos do espectro autista 222-226.
O gene VCX3A é da família de genes VCX/Y, com múltiplos membros nos
cromossomos X e Y, todos expressos em células germinativas masculinas, exclusivamente.
Os membros ligados ao X estão agrupados em Xp22, enquanto os ligados a Y correspondem a
duas cópias idênticas do gene dentro de uma região palindrômica em Yq11. Eles
compartilham um alto grau de identidade de sequência, exceto pela ocorrência de uma
unidade de 30 pb altamente repetida em membros ligados ao X, a qual ocorre apenas uma vez
em membros ligados a Y. O conjunto de genes VCX é polimórfico quanto ao número de
cópias, ou seja, pode haver variação individual quanto ao número de genes VCX. Os genes
VCX/Y codificam proteínas pequenas de função desconhecida, porém há indícios fortes de que
codifiquem proteínas nucleares213,228, 229,230.
Finalizando, as alterações do número de cópias do gene KAL1 é relacionada a
hipogonadismo gonadotrófico230, presente no propósito.
4.4.2.5. Alteração del 1q
4.4.2.5.1 Paciente P192

Paciente do sexo masculino, cinco anos e sete meses, encaminhado aos três meses
para investigação de quadro sindrômico. É fruto da segunda gestação de casal não
consanguíneo, ambos com 37 anos por ocasião de seu nascimento, com relato de um aborto
espontâneo anterior e recorrência de perdas gestacionais na irmandade materna (quatro), sem
outros antecedentes familiais relevantes. Sua gestação transcorreu bem, exceto pelo registro
100
de polidrâmnio. Parto cesáreo, na 38a semana, com antropometria normal, Apgar 8/9. Evoluiu
com atraso global do desenvolvimento (sem convulsões) e déficit pondero-estatural.
Ao exame físico, observados microcefalia, sobrancelhas arqueadas, epicanto
interno bilateral, coloboma de íris à direita, retrognatia, hálux direito mantido em adução e
hipoplasia ungueal leve, pênis com chordee e prepúcio alado. A investigação complementar
mostrou comunicação interatrial com repercussão hemodinâmica leve, dilatação de sistema
coletor renal bilateral, disgenesia de corpo caloso e acentuação de sulcos em região frontal,
coloboma de coróide à direita e hipoplasia de nervo óptico bilateral. O exame de cariótipo
convencional foi normal. Pela hipótese inicial da síndrome CHARGE, realizado
sequenciamento do gene CHD7, que não mostrou alterações.
Na sequência, pesquisadas alterações submicroscópicas por MLPA subtelomérico
com o kit SALSA MLPA P036, que identificou heterozigose da deleção 1q na região do gene
SH3BP5L, confirmada pelo kit SALSA MLPA P070 – rsa1q(P070)×1 (Figuras 38 e 39).
vermelho mostra deleção 1q no paciente.
Figura 39. Em azul, localização do gene SH3BP5L ou KIAA1720 (cromossomo 1q44) cuja
sequência foi utilizada para a confecção das sondas 1q presentes nos kits SALSA MLPA P036
e P070108.
101
Descrita primeiramente em 1976 por Mankinen et al.230, a síndrome de deleção 1q

foi registrada em pelo menos 30 indivíduos, decorrendo de deleções puras ou rearranjos
complexos em extensões variadas. O quadro clínico varia conforme a extensão da deleção,
que pode incluir apenas alguns kb da região q44 ou se estender a q43 em direção ao
centrômero.
Quanto ao quadro clínico, destacam-se atraso global de desenvolvimento ou
deficiência intelectual, presentes em todos os pacientes, além de microcefalia, convulsões e
alterações no corpo caloso, descritos em 85% deles. Também relatados baixa estatura, face
arredondada, orelhas dismórficas e de implantação baixa, pregas epicânticas, micrognatia,
lábio superior fino, filtro naso-labial apagado, comissuras bucais desviadas para baixo,
anomalias cardíacas e de genitais em graus variados231-243.
Mais de 100 genes estão descritos na região 1q44, mas apenas quatro deles foram
relacionados à síndrome 1q (AKT3, ZNF238, FAM36A – ou também chamado de COX20 – e
HNRNPU108, se considerarmos todos estes genes deletados no paciente P192, a deleção pode
ter cerca de 5 Mb.
O gene AKT3 (V-akt murine thymoma viral oncogene homolog 3; MIM 611223)
codifica um membro da família das proteínas AKT, cuja função está relacionada a diversos
processos biológicos, como proliferação celular, apoptose, diferenciação de células
musculares e adiposas, síntese de glicogênio e absorção de glicose. Boland et al.244, ao
estudarem um indivíduo com microcefalia e agenesia de corpo caloso com translocação
t(1;13)(q44;q32), observaram ponto de quebra situado a 20 kb de distância do gene AKT3; em
estudo paralelo o mesmo grupo confirmou a expressão de AKT3 no desenvolvimento do SNC
durante a embriogênese de cobaias, indicando esse gene como potencial candidato à
determinação de microcefalia e agenesia do corpo caloso, quando em haploinsuficiência244
fato que foi corroborado em estudos subsequentes245,246. Entretanto, publicações posteriores
mostraram que pacientes com a microdeleção 1q44 sem envolvimento do gene AKT3 também
apresentavam microcefalia242,247 e ainda que indivíduos com deleção do gene não
manifestavam o fenótipo248. Esses dados são indicativos de que, além da haploinsuficiência,
outros genes e mecanismos devem estar envolvidos nas alterações de sistema nervoso central
observadas nessa deleção.
O gene ZNF238 (ou ZBTB18 – zinc finger and BTB domain containing protein
18; MIM 608433) participa da diferenciação de células cerebrais mediando o controle do ciclo
102
celular. Sendo assim, tem sido relacionado à microcefalia e às alterações no corpo caloso em
pacientes com microdeleção 1q249,250. Munnik et al. 249
, investigando por sequenciamento de
exoma uma paciente com microdeleção 1q43q44 e fenótipo que inclui estatura baixa,
microcefalia, atraso global do desenvolvimento, distúrbio de fala e dismorfismos faciais,
detectaram mutação sem sentido de novo no gene ZNF238, fato consistente com o papel da
haploinsuficiência do mesmo na determinação do fenótipo dessa condição. Estudos em
cobaias demostraram que há anomalias de corpo caloso em concomitância a alterações nesse
gene. Similarmente, na maior parte dos indivíduos com deleção 1q44, são observadas
alterações nessa região. Entretanto, a paciente estudada pelo grupo apresentava mutação no
gene e não tinha anormalidades no corpo caloso, fato que pode ser explicado como
penetrância incompleta ou haploinsuficiência de outros genes situados na região crítica para a
deleção249. Ehmke et al. 250
chegaram à mesma conclusão no caso de uma paciente com
microdeleção 15q13.3 e ainda uma mutação sem sentido de novo no gene ZNF238, que
apresentava atraso global de desenvolvimento, ausência de linguagem, hipotonia, ataxia,
convulsões e dismorfismos faciais, porém sem alterações de corpo caloso.
Em 2012, Thierry et al.237, analisando por aCGH 11 indivíduos com microdeleção
1q44 que apresentavam deficiência intelectual e convulsões, sem alterações no corpo caloso e
microcefalia, observaram dois genes codificantes (HNRNPU; MIM 602869 e FAM36A; MIM
614698) e um não codificante (HNRNPU-AS1; MIM 602869), na região crítica para a
deleção. Tais genes se expressam normalmente em diferentes tecidos humanos, incluindo o
encefálico, com níveis mais altos no cerebelo. A triagem mutacional para os genes
codificantes em 191 pacientes com deficiência intelectual idiopática não revelou variantes
deletérias. Por outro lado, nove dos 11 pacientes sem microcefalia ou alterações no corpo
caloso investigados apresentaram uma deleção pequena, contendo os três genes acima, mas
não os genes AKT3 e ZNF238. Com base nesses resultados, o grupo sugere que os genes
HNRNPU, FAM36A e HNRNPU-AS1 não seriam os principais genes relacionados a
microcefalia ou alterações no corpo caloso, mas seriam potenciais candidatos à determinação
de deficiência intelectual e convulsões237.
A ampliação do espectro clínico e de mutações relacionadas ao gene HNRNPU foi
realizada recentemente por Bramswig et al.251 em indivíduos com variantes desse gene e com
fenótipo que incluía hipotonia, convulsões, deficiência intelectual grave e dificuldade de fala,
além de alterações cardíacas e renais. Considerando que esse gene também se expressa em
coração, rins e fígado, além de cérebro e cerebelo, como mencionado anteriormente, e os
103
pacientes investigados apresentaram variantes do mesmo e fenótipo concordante, os autores

demonstraram que as alterações no HNRNPU causam epilepsia, deficiência intelectual grave
com distúrbios de fala, anormalidades em rins, coração e no SNC em graus variados 251.
Para o presente caso, como a técnica de MLPA evidenciou alteração na sonda
correspondente ao gene SH3BP5L – distante cerca de quatro megabases da região crítica para
a síndrome – pode se considerar que a deleção tenha extensão maior do que a assinalada,
tendo em vista as características clínicas observadas e os genes relatados como candidatos aos
fenótipos apresentados. Como mencionado, o espectro fenotípico da microdeleção 1q44 é
bem variável e nem todas as características estão presentes em um mesmo caso. O paciente
P192 apresenta atraso do desenvolvimento, microcefalia e disgenesia de corpo caloso, sinais
relevantes nessa condição. Por outro lado, coloboma de íris e coroide não estão descritos. A
análise por outro método, como o microarray seria oportuna na determinação dos limites
dessa alteração. De um modo geral, vale acrescentar que tal variabilidade fenotípica corrobora
a interpretação frequente de que outros mecanismos como pleiotropismo, expressividade
variável, penetrância incompleta e fatores multigênicos participem desse processo 235.
4.4.2.6 Alteração del 18q
4.4.2.6.1. Paciente P137

Paciente do sexo masculino, segundo filho de casal jovem e não consanguíneo; o
único irmão é hígido; o pai tem epilepsia secundária à neurocisticercose; nos antecedentes
familiais, relatados um primo em 1o grau (lado materno) com óbito neonatal por malformação
cardíaca e outro com atraso do desenvolvimento neuropsicomotor. Após gestação sem
intercorrências relevantes, nasceu de parto cesáreo, com peso 2750 g; comprimento 46 cm;
relato de aspiração de líquido amniótico. Evoluiu com atraso DNPM, predominantemente da
fala, com primeiras palavras aos 15 meses e frases curtas aos cinco anos.
Ao exame físico, observados implantação baixa de cabelos na nuca, hipoplasia
malar, orelhas em abano e levemente dismórficas, sinofre discreta, estrabismo convergente,
miopia, ponte nasal baixa, lábios volumosos, filtro curto e apagado, prognatismo, tórax
levemente assimétrico, escápulas proeminentes, flexão redutível de falanges médias de 1º, 2º,
3º e 5º dedos de mãos (mais evidente à direita), polegares de implantação anômala,
104
baqueteamento de dedos, pés cavos com valgismo leve e camptodactilia de 2º e 5º dedos, com
aspecto em martelo e aparente retração tendínea.
A microdeleção 18q foi detectada pela técnica de MLPA com o kit SALSA MLPA
P036 e confirmada pelo kit SALSA MLPA P070 – rsa18q(P070)×1 (Figuras 40 e 41).
vermelho mostra deleção 18q no paciente.
Figura 41. Localização dos genes RBFA e CTDP1 (cromossomo 18q23), cujas sequências
foram utilizadas para a confecção das sondas 18q presentes nos kits SALSA MLPA P036 e
P070, respectivamente108.
A alteração observada no presente caso envolveu seis genes (CTDP1, KCNG2,

PQLC1, HSBP1L1, TXNL4A e RBFA). O envolvimento de outros genes não pode ser
afastado, estando indicado detalhadamento da região por outra técnica independente. Dois
desses genes, o CTDP1 e o TXNL4A se relacionam a fenótipos patológicos. O gene CTDP1
(CTD phosphatase subunit 1; MIM 604168; chr18:79679800-79754509) codifica uma
fosfatase específica para o domínio C-terminal para a subunidade A da RNA polimerase II,
necessária para a síntese de RNA252. Mutações nesse gene seriam relacionadas a catarata
congênita, dismorfismos faciais e neuropatia. Entretanto, Kim et al.253 descrevem indivíduo
apenas com dismorfismos faciais252,253. No presente caso, pode ser determinado neuropatia
periférica, pela descrição de camptodactilia e retração de tendões.
105
Reuter et al.254, em estudo com S. cerevisiae, mostraram que o gene TXNL4A

(Thioredoxin like 4A; MIM 608572; chr18:79972220-79988591) – que tem 66% de
identidade com o gene Dib1 de S. cerevisae) – codifica uma proteína chamada Dib1,
estritamente necessária para o splicing do pré-mRNA. Mutações nesse gene são responsáveis
pela síndrome de Burn-McKeown ou displasia oculootofacial (MIM 608572), condição
autossômica recessiva caracterizada pela associação de anomalias craniofaciais como fendas
palpebrais estreitas, coloboma de pálpebras inferiores, ponte nasal alta, atresia de coanas,
orelhas proeminentes, apêndices pré-auriculares, além de perda auditiva mista, anomalias
cardíacas e baixa estatura, quadro não observado no paciente P137 255.
A deleção 18q (MIM 601808) foi descrita por de Grouchy et al. em 1964256 e
desde então mais de 350 relatos permitiram ampla caracterização dessa condição 253,258-263. Sua
incidência é estimada em 1 para 40.000 nascimentos, ocorrendo em ambos os sexos e diversas
etnias, com quadro clínico variando conforme a extensão da deleção. Entre as características
clínicas mais comuns estão DI, baixa estatura, hipotonia, dismorfismos faciais, estrabismo,
fenda lábio-palatina, deformidades em pés e defeitos cardíacos202,261,264,265.
Apesar de a extensão da deleção variar de 60 kb a 30 Mb, extendendo-se da
porção terminal até a intersticial do cromossomo, duas regiões em 18q não aparecem em
hemizigose em nenhum dos casos relatados, mostrando que podem ser letais quando em cópia
única. Uma delas é adjacente ao centrômero (17000000-19667062) e a segunda está em
18q21.1 (45578734-46739965), delimitando duas porções com hemizigose em potencial,
denominadas região 18q proximal e 18q distal, respectivamente. Juntas, essas regiões incluem
196 genes, alguns já relacionados a sinais clínicos quando em haploinsuficiência, tais como
GATA6, ZNF24, TSHZ1 e NFATC1, entre outros261,266,267.
4.4.2.7. Alteração dup 7p
4.4.2.7.1 Paciente P161

Paciente do sexo masculino, nascido em 15/03/2009, filho de casal jovem e não
consanguíneo; uma prima em 1º grau, quatro primos em 3º grau (lado materno) com atraso do
desenvolvimento neuropsicomotor; um primo e três primas – duas delas gêmeas
monozigóticas – com autismo, também pelo lado materno.
106
Desde o nascimento foram observados hipertelorismo e pés planos. Evoluiu com

baixo ganho de peso pôndero-estatural e atraso global do desenvolvimento; em exames
complementares, detectados laringomalácia e dilatação ventricular.
subtelomérico com o kit SALSA MLPA P036, o qual identificou uma microduplicação em 7p
terminal, foi confirmada pelo kit SALSA MLPA P070 – rsa7p(P070)×3 (Figuras 42 e 43).
vermelho mostra duplicação 7p no paciente.
Figura 43. Em azul, localização dos genes ADAP1 e SUN1 no cromossomo 7p22.3, cujas
P036 e P070, respectivamente. No retângulo vermelho, a extensão envolvendo os genes
analisados por meio do kit SALSA MLPA P365 (HEATR2, SUN1, ADAP1, GPER, MAFK,
MAD1L1, LFNG, CARD11, SDK1 e ACTB) e que se encontram alterados no paciente.
Para melhor definição dos pontos de quebra foi realizado teste de MLPA também
com o kit P365 (Tabela 3), que inclui além das sondas complementares aos genes ADAP1 e
SUN1, sondas para genes adjacentes tais como HEATR2 (mais telomérico) e ACTB (mais
centromérico) (Figura 43). Por este novo kit P365 observou-se duplicação em todas as sondas
7p analisadas (Figura 44).
107
duplicação envolvendo as regiões 7p22.1 e 7p22.3 no paciente.
Duplicações terminais envolvendo o braço curto do cromossomo 7 foram

registrados em cerca de 60 casos, a maioria associada a rearranjos complexos de tamanhos
variados envolvendo translocações parentais balanceadas ou mesmo inversões. Entre os sinais
mais comuns são incluídos hipotonia, dismorfismos craniofaciais, alterações esqueléticas e
cardiovasculares, além de DI268-275.
O espectro fenotípico se associa à extensão da microduplicação, que pode
envolver desde poucos kb até toda a região 7p22275-278). Vulto-van Silfhout et al.273 relataram
um paciente com síndrome de Asperger e uma duplicação de novo com extensão de 380 kb
em 7p22.3 envolvendo pelo menos nove genes conhecidos (MAD1L1, FTSJ2, NUDT1, SNX8,
EIF3B, CHST12, LFNG, BRAT1 e IQCE), também encontrados na alteração do paciente
P161.
Goitia et al.275, em relato de um paciente com microduplicação 7p, refinaram a
região crítica como tendo extensão de 330 kb e englobando quatro genes conhecidos,
FBXL18, ACTB, FSCN1 e RNF216, dentre os quais apenas RNF216 e ACTB seriam
conhecidos como responsáveis por alterações em seres humanos.
Sendo assim, analisando globalmente os resultados encontrados para o presente
caso por meio dos testes de MLPA, existem ao menos 40 genes envolvidos na alteração. Entre
os mesmos, destacam-se na correlação genótipo-fenótipo:
O gene INTS1 (Integrator complex subunit 1; MIM 611345), codifica uma
proteína que se associa ao domínio C-terminal da subunidade maior da RNA polimerase II,
intermediando o processamento final de pequenos RNAs nucleares278. Nagase et al.280
identificaram a proteína altamente expressa em regiões cerebrais de adultos e em células de
tecidos de adultos e fetos.
108
Já o gene LFNG (Fringe, Drosophila, Homolog of, Lunatic; MIM 602576)

codifica a enzima fucose-específica-1,3-beta-N-acetilglucosamina transferase, que modula a
atividade de outro gene (NOTCH) e se expressa particularmente durante a neurogênese em
seres humanos. Assim, segundo pesquisadores, parece provável que sua duplicação determine
um aumento da dosagem da proteína, resultando no aumento do volume cerebral e do
perímetro cefálico nos indivíduos afetados. Além disso, predisporia o paciente ao transtorno
do especto autista273-280.
O gene ACTB (Actin beta; MIM 102630) codifica uma proteína da família das
actinas, sendo provável candidato a determinação de dismorfismos craniofaciais, como
sobrancelhas arqueadas e nariz proeminente, relacionados à duplicação 7p22.1, além de
dilatação ventricular e surdez neurosensorial bilateral 274,276,277,281.
O gene FSCN1 (Fascin actin-bundling protein 1; MIM 602689) codifica uma
proteína da família das fascinas – proteínas de ligação com actinas – cujo papel é crucial para
a neurogênese eficiente. Nesse sentido, o gene estaria mais fortemente expresso em células
dendríticas, gliais e neurônios282.
O gene RNF216 (Ring finger protein 216; MIM 609948) codifica a proteína
ubiquitina 3 ligase e encontra-se altamente expresso em diversos tecidos humanos – como no
cérebro – em todos os estágios de desenvolvimento. Alterações nesse gene estariam
associadas a uma série de doenças neuropsiquiátricas, tais como esquizofrenia e transtorno
bipolar, além de autismo e DI283.
4.4.2.8.1. Paciente P191

Paciente do sexo feminino, nascida em 17/06/2007, terceira filha de casal não
consanguíneo. Na gestação, mãe informa movimentos fetais fracos, tabagismo (10
cigarros/dia), exposição ocasional a álcool e uso de heparina de baixo peso molecular. Parto
cesáreo, no 7o mês, com peso 2215 g, comprimento 44 cm e perímetro cefálico 30,5 cm
(adequados para a idade gestacional), Apgar 5/8, sucção débil; teve taquipnéia transitória do
recém-nascido, hipoglicemia e icterícia fisiológica.
Evoluiu com atraso do desenvolvimento neuropsicomotor, especialmente de
marcha; diagnóstico de catarata (lamelar bilateral) aos 12 meses, sendo submetida a
109
fotoestimulação e implantação de lente; crises convulsivas a partir dos cinco anos, com uso de
fenobarbital.
Ao exame físico com quatro anos e 10 meses, observados antropometria normal,
filtro apagado, lábios volumosos, clinodactilia de 5 o dedo (mãos), hipoplasia de quarto e
quinto metacarpianos (leve), distância aumentada entre hálux e 2o dedo, pés equinos
redutíveis, manchas hipercrômicas de aspecto rendilhado em região interna de coxas;
nistagmo, abasia, hemiparesia à esquerda. RM de crânio com alterações sugestivas de
encefalomalacia.
subtelomérico com o kit SALSA MLPA P036 identificou uma duplicação 11p, confirmada
pelo kit SALSA MLPA P070 – rsa11p(P070)×3 (Figuras 45 e 46). Pela posição dos genes no
cromossomo 11 a extensão da duplicação pode ser estimada em, no mínimo, 47,3 kb.
Figura 46. Em azul, localização dos genes RIC8A e BET1L (cromossomo 11p15.5), cujas
110
Alterações envolvendo a região 11p15.5 – mais precisamente genes regulados por

imprinting, que é um mecanismo no qual a expressão do gene varia de acordo com a herança
(materna ou paterna) e é mediado por um processo epigenético envolvendo metilação
diferencial do DNA e modificações das histonas nos dois alelos parentais284 – causam duas
síndromes: Silver–Russell (MIM 180860) e Beckwith–Wiedemann (MIM 130650). A
primeira é caracterizada por atraso de crescimento pós-natal e dismorfismos craniofaciais,
enquanto a segunda se caracteriza por desenvolvimento pré e pós natal acelerado,
macroglossia, defeitos da parede abdominal, visceromegalia, hemi-hiperplasia, hipoglicemia e
aumento do risco de desenvolvimento de tumores na infância. A maior parte dos pacientes
com essas condições tem alterações nos centros de imprinting localizados na região 11p15.5 –
ICR1 e ICR2 – mas duplicações, embora raras, também foram descritas em uma parcela de
indivíduos com essas condições285-291.
Considerando o fenótipo divergente apresentado pela paciente P191 em relação ao
quadro clínico das duas condições mencionadas e a extensão entre esses centros de imprinting
e os genes alterados observados no caso, a correlação genótipo-fenótipo foi realizada a partir
da busca por alterações associadas aos genes RIC8A e BET1L na literatura, além da
comparação com casos depositados no banco de dados DECIPHER.
O gene RIC8A (RIC8 guanine nucleotide exchange factor A; MIM 609146)
codifica proteína altamente conservada, necessária para a orientação do fuso mitótico e
divisão celular durante os primeiros estágios da embriogênese em C. elegans, D.
melanogaster e também em mamíferos292. Além disso, ela atua como uma chaperona que
regula a síntese de proteínas-G, essas envolvidas na transdução de sinais celulares293. Segundo
Kask et al.294, estudando o papel do gene na neurogênese em modelos animais, sugerem a
importância desse gene no desenvolvimento neuronal em mamíferos, por meio da manutenção
da integridade da membrana basal, assim como na modulação da divisão celular. Também
utilizando modelos animais, Ruisu et al.295 observaram que a atividade do gene RIC8A em
neurônios é essencial para a sobrevivência e que a sua haploinsuficiência causa um fenótipo
neuromuscular grave. Entretanto, em se tratando de duplicação, a dificuldade de marcha
observada na paciente P191 provavelmente não pode ser explicada pela haploinsuficiência do
gene RIC8A.
Edwards et al.296 estudando SNPs para genes como BET1L (Bet1 golgi vesicular
membrane trafficking protein like; MIM 615417) – rs2280543 – sugeriram que estas variantes
111
comuns aumentam o risco de fibrose uterina na população europeia e japonesa, sendo

necessárias mais pesquisas para avaliar o papel dos mesmos genes em outros grupos raciais.
A busca na base de dados DECIPHER indicou que há quase 20 casos de
duplicação envolvendo a região alterada na paciente P191. Entre os mesmos, apenas 10 têm
descrição de sinais clínicos. Além de atraso de desenvolvimento e deficiência intelectual
(7/10), os sinais mais frequentemente observados foram obesidade (2/10) e hipotonia
muscular (2/10). Clinodactilia de 5º dedo – sinal encontrado na paciente P191 – também foi
descrita em um caso de mesma alteração.
Nesse caso, seria necessária análise por outro método, preferencialmente
microarray, para detalhamento da alteração e melhor orientação para a correlação genótipo-
fenótipo.
4.4.2.9. Alteração “dup 15p” (15q-cen)
4.4.2.9.1. Paciente P130

Paciente do sexo feminino, nascida em 27/01/2002, encaminhada aos sete anos
por suspeita de síndrome do X frágil; é fruto da 4a gestação de casal jovem e não
consanguíneo, tem duas irmãs com desenvolvimento normal, além de um aborto espontâneo
na irmandade; recorrência de DI em um tio, quatro primos e três primas em segundo grau,
todos pelo lado materno. A gestação transcorreu bem, com relato de movimentos fetais fracos;
parto vaginal, a termo; sem intercorrências relevantes; peso 2.645 g e comprimento 48,5 cm;
com relato de hiponia, sem outros dados neonatais; alta no 2o dia de vida.
Evoluiu com atraso leve do desenvolvimento neuromotor; alguns episódios de
bronquite asmática; sem convulsões ou alterações oftalmológicas, audição normal e
comportamento sociável, porém com agitação psicomotora.
Ao exame físico, peso em 10%, estatura e perímetro cefálico em 50%; índice de
massa corporal 12,4 (indicativo de baixo peso); sem alterações cardiovasculares, respiratórias
e abdominais; occipital proeminente, frontal alto, face triangular, sinofre, olhos de localização
mais profunda, ptose palpebral leve, comissuras bucais desviadas para baixo, palato alto, má
oclusão dentária, aumento da distância intermamilar, cifoescoliose, diástase de músculos retos
abdominais, joelhos valgos e musculatura hipotrófica.
112
Realizados exame de cariótipo, pesquisa da mutação do X frágil e

ecocardiograma, com resultados normais; a radiografia de coluna vertebral mostrou vértebra
transversal dorso-lombar, escoliose dorsal dextro-convexa e lombar dextro-côncava.
subtelomérico com o kit SALSA MLPA P036 identificou-se uma duplicação 15q-cen,
confirmada pelo kit SALSA MLPA P070 – rsa15qcen(P070)×3 (Figuras 47 e 48).
vermelho mostra duplicação 15q-cen no paciente.
Figura 48. Em azul, localização dos genes MKRN3 e NDN no cromossomo 15q-cen
(15q11.2), cujas sequências foram utilizadas para a confecção das sondas “15p” presentes nos
kits SALSA MLPA P036 e P070, respectivamente. No retângulo vermelho, a extensão
envolvendo os genes analisados por meio do kit SALSA MLPA P365 (MKRN3, MAGEL2 e
SNRPN) e que se encontram alterados no paciente108.
Com o intuito de definir melhor a extensão da duplicação foi realizada a técnica

de MLPA com o kit 365 (Tabela 3), pelo qual se observou duplicação nas três sondas
relacionadas à porção 15q11.2 (Figura 49).
113
duplicação envolvendo a região 15q11.2 com os genes MKRN3, MAGEL2 e SNRPN no
paciente.
Posteriormente, como parte do projeto da doutoranda Joana R. Marques Prota, foi

realizado o teste de microarray por meio da plataforma SurePrint G3 Human CGH
Microarray 8x60K - ISCA (Agilent®, Santa Clara, CA). Pela análise do teste a alteração
observada pelo método de MLPA foi confirmada como duplicação 15q11.2-q13.1,
arr[hg19]15q11.2q13.1(22765628_28691460)×3, que possui 5,9 Mb e envolve 16 descritos
no OMIM, sendo nove relacionado a doenças (Figura 50 e Tabela 19).
Figura 50. Representação esquemática mostrando o cromossomo 15 e, abaixo dele, um zoom

da região duplicada na paciente P130, com os genes incluídos nessa alteração mostrados
abaixo do mapa. A terceira parte da figura mostra algumas CNVs descritas na região
identificada (5,9 Mb em 15q11.2-13.1) (https://decipher.sanger.ac.uk/). Barras em tons de
azul representam ganhos; em tons de vermelho representam perdas de sequências.
114
Tabela 19. Nome, localização cromossômica e MIM dos genes relacionados a doenças e
envolvidos na alteração observada no caso P130.
Localização
Gene Nome OMIM
cromossômica
Non imprinted in Prader-Willi/Angelman
NIPA1 15:23004684-23034427 608145
syndrome 2
MKRN3 15:23810454-23873064 Zinc finger protein 127 603856
MAGEL2 15:23888691-23891175 Mage-family member 2 605283
NDN 15:23930565-23932450 Necdin, MAGE family member 602117
Small nuclear ribonucleoprotein
SNRPN 15:25068794-25223870 182279
polypeptide N
UBE3A 15:25582381-25684128 Ubiquitin protein ligase E3A 601623
Gamma-aminobutyric acid type A receptor
GABRB3 15:26788693-27184686 137192
beta3 subunit
OCA2 15:28000021-28344504 OCA2 melanosomal transmembrane protein 611409
HECT and RLD domain containing E3
HERC2 15:28356186-28567298 605837
ubiquitin protein ligase 2
A extremidade proximal do cromossomo 15, mais precisamente a região 15q11-

13, é suscetível a rearranjos genômicos, tendo em vista a quantidade grande de repetição com
baixo número de cópias (do inglês low copy repeats), que geram desalinhamento da região
durante a meiose, levando a recombinações desiguais. Tais rearranjos genômicos geralmente
ocorrem em pontos de quebra conhecidos, numerados de 1 a 5 – BP1-BP5 –298,299, resultando
em deleções e duplicações. Além disso, a mesma região concentra diversos genes regulados
por impressão genômica ou imprinting. Assim, como resultado de deleções ou duplicações
nessa região, três distúrbios distintos podem ocorrer: as síndromes de Prader-Willi (MIM
176270), Angelman (MIM 105830) e a de duplicação 15q11-13 (MIM 608636)299-301.
Cada uma destas condições resulta de perda de função ou superexpressão de pelo
menos um gene presente na região, ocorrendo com frequência de 1/15000 a 1/30000 nascidos
vivos. 70% dos casos de SPW e SA ocorrem por deleção na região; quando a alteração
acontece no cromossomo de origem paterna resulta na síndrome de Prader-Willi; quando
herdado da mãe, na síndrome de Angelman 302. Já a superexpressão leva à dup15q11-13, com
fenótipo distinto e correspondente à alteração e origem do distúrbio.
Desde a primeira descrição da síndrome de duplicação 15q11-13 com dados
moleculares303, muitos casos já foram publicados, ampliando o espectro fenotípico da
condição. Com certa variabilidade, são descritos hipotonia, ataxia, atraso do desenvolvimento
motor e da fala, DI, convulsões, e distúrbios de comportamento, incluindo transtorno do
espectro autista304-306.
115
Na maioria dos casos, o segmento duplicado é de origem materna 307-314, enquanto

herança paterna geralmente se associa a fenótipo normal315-320.
Entretanto, há descrição de pacientes apresentando duplicação de origem paterna,
com fenótipo variando desde a normalidade até DI com convulsões305.
A análise por arrayCGH definiu a região duplicada entre os pontos de quebra BP2
e BP3, a qual inclui diversos genes, conforme apresentado na Figura 51.
Figura 51. Mapa de expressão dos genes para a SPW e AS, bem como os pontos de quebra
(BP1-BP5) comuns às condições. Na reta vermelha, a extensão da duplicação observada na
paciente P130, com 5,9 Mb, entre BP2 e BP3 (adaptado de Smith & Hung, 2017). BP – ponto
de quebra; Cen – Centrômero; Tel – telômero.
O gene NIPA1 (MIM 608145) altamente expresso em tecidos neuronais, codifica

uma proteína transportadora de membrana com papel importante no desenvolvimento do
sistema nervoso. Mutações nesse gene estão associadas a paraplegia espástica autossômica
dominante 6 (MIM 600363)322,323.
O gene MKRN3 (MIM 603856) codifica uma proteína makorin zinc finger 3, que
tem sido proposta como tendo um efeito inibitório sobre a secreção do hormônio liberador de
gonadotrofina (GnRH), ainda que seus mecanismos de ação não sejam completamente
conhecidos324. Nesse sentido, mutações no gene vêm sendo relacionadas à puberdade precoce
central323,325.
O gene MAGEL2 (MIM 605283) codifica um potenciador da ubiquitina ligase,
necessária na reciclagem de proteínas endossomais. Mutações nesse gene causam síndrome
Schaaf-Yang (MIM 615547) e artrogripose grave325,326. Além disso, o gene tem sido proposto
como candidato a distúrbios do espectro autista, e ainda como contribuindo para o fenótipo de
síndrome de Prader-Willi327.
116
O gene NDN (MIM 602117) codifica uma proteína denominada necdin, com
presença predominante em células pós-mitóticas como neurônios, inibindo o crescimento
neuronal. Estudos relatam que a expressão desse gene encontra-se diminuída em várias
neoplasias, como câncer de mama, ovário e próstata, indicando provável atuação como
supressor tumoral328-332.
O gene SNRPN (MIM 182279) codifica dois tipos diferentes de proteína, Snurf e
SmN, essa última é relacionada ao processamento pré-mRNA e pode contribuir para o
splicing alternativo tecido-específico333. Em condições normais, esse gene encontra-se
metilado no alelo materno, com metilação diferenciada de acordo com a idade, sugerindo uma
função adicional no processo de envelhecimento334-335.
O gene UBE3A (MIM 601623) codifica um membro da família das proteínas E3
ubiquitina ligase e está sujeito ao imprinting genômico, com expressão materno-específica no
cérebro, mais especificamente, nos neurônios336. Sua deleção está associada à síndrome de
Angelman, enquanto a superexpressão, observada em indivíduos com dup15q, tem sido
relacionada a autismo, como sugerem Noor et al.337. Esses autores investigaram uma paciente
com atraso no desenvolvimento e distúrbios neuropsiquiátricos, com duplicação de 129 kb em
15q, envolvendo apenas o gene UBE3A, de herança materna e recorrente em quatro gerações,
segregando junto com o distúrbio337,339.
A proteína codificada pelo gene GABRB3 (MIM 137192) atua como receptor
GABA (ácido gama aminobutírico), o principal neurotransmissor inibidor do sistema nervoso
central de mamíferos. Alterações no mesmo se associam a diversas condições, como síndrome
de Angelman e Prader-Willi, sinais orofaciais não sindrômicos, epilepsia e autismo 339-343.
O gene OCA2 (MIM 611409) codifica uma proteína de membrana integral
envolvida no transporte de moléculas pequenas, especificamente a tirosina, precursora da
síntese de melanina. Sendo assim, o gene estaria envolvido na pigmentação de pele e íris.
Mutações nesse gene (c.2139G>A, p.K713K, p.T404M) resultam no albinismo oculocutâneo
tipo 2 (MIM 203200)344.
Finalizando, CNVs observadas no gene HERC2 (MIM 605837) estão associadas a
DI não sindrômica, autismo e distúrbios de marcha 345,346 , assim como a variação no padrão de
pigmentação de pele, olhos e cabelo347,348.
Como mencionado, os genes descritos acima estão presentes entre os pontos de
quebra BP2-BP3 em 15q11-13 e são candidatos a fatores determinantes de transtornos do
espectro autista349.
117
Conforme Urraca350, duplicações derivadas ou herdadas maternalmente que

incluam as regiões BP2 e BP3 (como a da paciente P130) são suficientes para produzir o
fenótipo do espectro autista, segundo resultado observado nos nove pacientes com duplicação
materna avaliados no estudo350. O autismo também é mais frequentemente observado em
indivíduos com síndrome de Prader-Willi por dissomia uniparental materna do que por
deleção paterna351, confirmando que gene(s) nessa região aumenta(m) o risco para autismo352.
Segundo Moreno-de-Luca et al.353, duplicações em 15q são a segunda causa mais comum de
autismo, com frequência estimada em 1 para cada 500 casos 353.
Isso decorre, principalmente, da presença de gene ou genes sensíveis a dosagem,
como o UBE3A, cuja sobreexpressão estaria associada ao fenótipo em indivíduos com
duplicação 15q11q13337,349. O excesso de genes expressos maternalmente contidos nessa
região estaria envolvido também na origem da psicoses, fato corroborado por Derks et al.355,
estudando indivíduos com DI sem sintomas psiquiátricos e indivíduos com DI e
esquizofrenia, encontrando deleções 15q nesse último grupo.
Mais de 300 descrições de alteração similar à da paciente P130 foram incluídas na
base de dados DECIPHER, sendo que em cerca de 200 indivíduos foram registrados sinais
clínicos diversos. Entre esses constam além da própria DI, agitação psicomotora, estatura
baixa, hipotonia, frontal alto, comissuras bucais desviadas para baixo e palato alto, presentes
na paciente.
4.4.2.10.1. Paciente P236

Paciente do sexo feminino, nascida em 07/03/2012, terceira filha de casal jovem e
não consanguíneo; meio-irmão (materno) com DI e prima em 1º grau (lado paterno) com
atraso do desenvolvimento neuropsicomotor. Exceto por movimentos fetais fracos, a gestação
transcorreu bem, com parto cesáreo, a termo; peso, comprimento e perímetro cefálico
normais; Apgar 9/10; relato de sucção débil e tônus diminuído, sem outras alterações.
Evoluiu com atraso do desenvolvimento neuromotor; devido a vômitos pós-
prandiais frequentes com perda ponderal, indicada endoscopia digestiva alta, que mostrou
estenose péptica de esôfago, hérnia de hiato, refluxo gastroesofágico e limitação a ingesta de
alimentos sólidos. Ao exame físico, observados peso, comprimento e perímetro cefálico
118
normais, braquicefalia, fendas palpebrais oblíquas para cima, pregas epicânticas internas,
nariz bulboso com narinas antevertidas, palato alto, clinodactilia de 5º dedo (mãos), prega
palmar transversal única incompleta (bilateral), limitação para extensão do joelho esquerdo.
Frente a tal quadro clínico, sendo o exame de cariótipo normal, indicada análise
por MLPA subtelomérico, com o kit P036, que identificou uma microduplicação em região
17p terminal, confirmada pelo kit SALSA MLPA P070 – rsa17p(P070)×3 (Figuras 52 e 53).
Figura 53. Em azul, a localização do gene RPH3AL (cromossomo 17p13.3), cuja sequência
foi utilizada para a confecção das sondas 17p presentes nos kits SALSA MLPA P036 e
P070108.
O gene Rabphilin 3A like (RPH3AL; MIM 604881), também conhecido como

NOC2, codifica uma proteína com função reguladora da exocitose dependente de cálcio, tanto
em glândulas endócrinas quanto exócrinas. Além disso, ela também teria papel regulador na
secreção de insulina pelas células pancreáticas. Também considerado que atuaria como
supressor tumoral e poderia se relacionar a casos de autismo355.
Pela análise dos resultados de MLPA do presente caso, não foi possível estimar a
extensão da região envolvida na duplicação 17p. Acredita-se que outros genes possam estar
119
envolvidos na alteração, os quais poderiam estar relacionados às demais manifestações

fenotípicas.
A síndrome de microduplicação 17p (MIM 613215) é uma condição rara e a
relativa variabilidade clínica pode estar atribuída à extensão da região ou mesmo à função dos
genes envolvidos na duplicação, que pode se estender de 17p11 a 17p13. Contudo, ainda é
possível delinear um espectro clínico comum que inclui atraso neuropsicomotor leve a
moderado, autismo, distúrbio na fala, disfagia oro-faringeana, refluxo gastroesofágico,
dificuldade de alimentação, baixa estatura, contraturas nos joelhos, deformidades em pés,
hipotonia e características dismórficas craniofaciais, incluindo frontal alto, nariz e boca
pequenos356-363.
Ela representa uma síndrome de duplicação de genes contíguos envolvendo os
genes PAFAH1B1 (LIS1) e/ou YWHAE. Esta mesma região 17p13.3 encontra-se deletada na
síndrome de Miller-Dieker (MIM 247200). Bruno et al.357 analisando 7678 indivíduos com
dificuldades de aprendizado e/ou autismo por meio microarray, identificaram
microduplicações e microdeleções na região 17p13.3, sugerindo duas classes de alterações
nesta região: classe I envolvendo o gene YWHAE mas não o gene PAFAH1B1, enquanto que a
classe II envolveria o gene PAFAH1B1, CRK e YWHAE357.
O gene YWHAE (Tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase
activation protein épsilon; MIM 605066) codifica um proteína altamente conservada entre
mamíferos, cuja função estaria relacionada à divisão celular e regulação da sensibilidade à
insulina. Polimorfismos neste gene (rs28365859) estariam relacionados à esquizofrenia 364. Já
o gene CRK (CRK proto-oncogene, adaptor protein; MIM 164762) codifica uma proteína
envolvida em várias vias de sinalização, enquanto que o gene PAFAH1B1 (Platelet activating
factor acetylhydrolase 1b regulatory subunit 1; MIM 601545) tem sido sugerido como
potencial oncogene no câncer de pulmão. Segundo Bi et al.365 duplicações envolvendo
concomitantemente os genes YWHAE e CRK levariam a um crescimento excessivo ou peso
corporal/comprimento maior. Duplicações apenas para o gene YWHAE levariam à
macrossomia, alterações neurocognitivas leves e dismorfismos craniofaciais, como sinofre
leve, columela pendente, lábio superior fino e queixo inclinado. Esse fenótipo seria
contrastante com o observado em indivíduos com duplicação em PAFAH1B1, que
apresentariam atraso grave no desenvolvimento, microcefalia, craniossinostose, anomalia
cardiovascular, malrotação intestinal, escoliose e deformidade das pernas tipo geno varo.
120
Curry et al.360 caracterizando clinicamente 34 indivíduos de 21 famílias quanto à

duplicação 17p13.3 observaram uma grande variedade de sinais fenotípicos, sendo mais
específico entre aqueles com duplicações envolvendo os genes YWHAE e LIS1. Tais pacientes
apresentaram anormalidades cerebrais envolvendo o corpo caloso. Distúrbios do espectro
autista foram observados em um terço dos casos, sendo mais frequente entre aqueles com
duplicações entre YWHAE e genes flanqueadores como o CRK.
Tucker et al. 367 descreveram dois casos de duplicação 17p13.3 envolvendo o gene
YWHAE e não o gene PAFAH1B1 com fissura labiopalatina, sugerindo a relação entre esse
gene e o fenótipo.
Como dito anteriormente, a técnica de MLPA foi efetiva para detecção da
alteração na paciente P236, entretanto outros métodos, em especial o microarray, seriam
pertinentes para se estimar o tamanho da alteração e eventualmente detectar outro rearranjo
associado. A comparação entre os sinais clínicos apresentados pela paciente com os
relacionados na síndrome da microduplicação 17p permite concluir que a que a alteração ora
descrita se extenda além do gene RPH3AL, em especial pela constatação de de refluxo
gastroesofágico e contratura de joelhos.
4.4.2.11. Alteração dup XYp
4.4.2.11.1. Paciente P303

Paciente do sexo feminino, 29 anos, avaliada aos 25 anos, durante a investigação
de filho recém-nascido com hipotonia e algumas anomalias minor similares às da mãe. Ela
referia dificuldade escolar, apresentava avaliação psicométrica indicando DI moderada
(QI=46), com boa funcionalidade em atividades cotidianas e sociais; também informava uso
de prótese auditiva devido a perda mista profunda bilateral, diagnosticada aos cinco anos;
também informados infecções urinárias recorrentes associadas a refluxo vesicoureteral. Ao
exame físico, observados ptose palpebral à direita, nariz bulboso, palato alto, braquidactilia e
limitação para extensão de membros superiores; sem anomalias cardíacas e de sistema
nervoso central.
Como o exame de cariótipo convencional foi normal, a investigação prosseguiu
com análise de rearranjos subteloméricos pela técnica de MLPA por meio do kit P036, que
detectou alteração no braço curto do cromossomo X (Figura 54) em região
121
pseudoautossômica X/Y, confirmada pelo teste com o kit P070, indicativa de duplicação do
gene SHOX (Short stature homeobox; MIM 400020), uma vez que em ambos os kits as sondas
para a região referem-se a este gene, respectivamente (Tabelas 1 e 2, Figura 36). Assim, a
notação do cariótipo desse paciente passa a ser rsaXYp(P070)×3 (Figura 54).
vermelho mostra duplicação XYp nos pacientes P258 e P303.
Visando melhor definição dos pontos de quebra foi realizado teste de MLPA
também com o kit SALSA MLPA P018 (Tabela 4), que inclui sonda específica para cada éxon
do gene SHOX (alterado nos testes anteriores), de genes adjacentes tais como PPP2R3B (mais
telomérico) e do gene VAMP7 (mais centromérico) (Figura 36). A partir dos sinais alterados
nas sondas delimitadas pelas setas vermelhas, essa análise possibilitou determinar a extensão
da duplicação, sendo de no mínimo 319 kb a no máximo 656 kb (Figura 55).
Figura 55. Gráfico do resultado de MLPA com o kit SALSA MLPA P018. As setas em
vermelho mostram a extensão da duplicação XYp na paciente P303.
Ao contrário da haploinsuficiência do SHOX que tem quadro clínico bem

definido, as duplicações dessa mesma região do cromossomo X, que compreendem apenas o
gene SHOX, são eventos raros e de repercussão clínica ainda controversa. No entanto,
considera-se que essa duplicação tenha algum efeito sobre a estatura em humanos, o que não
foi constatado na paciente. Casos semelhantes de duplicação do SHOX em meninas com
122
síndromes malformativas foram descritos, mas há consenso de que, a despeito de o SHOX ser
um gene sensível a dosagem e estar na região pseudoautossômica do X, sua regulação é
complexa, não havendo explicação biológica que permita correlacionar eventuais variantes a
DI ou quadros correlatos, apesar do registro de associação estatística com autismo e
transtornos do neurodesenvolvimento. Sendo assim, o que pode justificar tal fato é a
combinação com outros eventos genéticos, ou seja, a duplicação do SHOX per se não
determinaria um quadro sindrômico específico, mas eventualmente seria capaz de modelá-lo
e, sobretudo, aumentar a suscetibilidade para uma segunda alteração genética, essa por sua
vez patogênica e responsável pelo fenótipo.
4.4.2.11.2. Paciente P258

Paciente do sexo feminino, 17 meses, pais jovens e não consanguíneos, sem
antecedentes familiais relevantes. Gestação sem intercorrências; nascida a termo, por cesárea
eletiva, com 2935 g, 48,5 cm de comprimento, perímetro cefálico 32 cm; hipotonia e sucção
débil no período neonatal. Evoluiu com atraso global do desenvolvimento, disfagia e
constipação intestinal.
Ao exame físico, observados microcefalia e microftalmia à direita, face triangular,
orelhas proeminentes, fendas palpebrais oblíquas para cima e alongadas, rarefação do terço
distal de sobrancelhas, narinas antevertidas, comissuras bucais desviadas para baixo, filtro
apagado, palato alto e estreito, peito escavado, pregas palmares pouco marcadas, finger pads,
pés planos com calcâneos proeminentes. Entre os exames complementares, o
videodeglutograma detectou disfagia leve, com comprometimento predominante de fase oral e
a RM de encéfalo mostrou alteração sugestiva de coloboma pequeno em nervo óptico.
Considerada inicialmente a hipótese de síndrome Kabuki, porém como a estatura
era normal e o fenótipo facial dessa condição é descrito em várias outras afecções, incluindo
várias síndromes cromossômicas, após o exame de cariótipo normal, realizada análise de
rearranjos subteloméricos pela técnica de MLPA por meio do kit P036. Pela técnica foi
possível visualizar uma alteração no braço curto do cromossomo X (Figura 54) em região
pseudoautossômica X/Y, confirmada pelo teste com o kit P070, indicativa de duplicação do
gene SHOX (MIM 400020), como anteriormente citado para a P303. Assim, a notação do
cariótipo dessa paciente passa a ser rsaXYp(P070)×3.
Visando a definição dos pontos de quebra, foi realizado teste de MLPA também
com o kit SALSA MLPA P018 (Tabela 4), conforme descrito para a paciente anterior. Pelo
123
resultado foi possível estimar a extensão da alteração que inclui todo o gene SHOX,
delimitada pelas setas em vermelho, com tamanho entre 126 kb e 444 kb (Figura 56).
Figura 56. Gráfico do resultado de MLPA com o kit SALSA MLPA P018. As setas em
vermelho mostram a extensão da duplicação XYp no paciente P258.
Posteriormente, foi realizado teste de microarray (SNP-array), cujo resultado

arr[GRCh37] Xp22.33(568604_728449)×3, confirmou uma duplicação intersticial Xp22.33,
com 160 Kb, incluindo todo o gene SHOX.
Como mencionado no caso anterior (P303), essa variante é classificada como de
significado incerto e não justificaria o fenótipo da paciente, cujo diagnóstico etiológico
permanecia indeterminado. Assim, optou-se pelo sequenciamento completo do exoma,
realizado via protocolo de pesquisa da doutoranda Joana R. Marques Prota, que revelou uma
variante “stop gain” patogênica do gene KMT2D (Lysine-specific methystranferase 2D; MIM
602113), confirmando a hipótese inicial de síndrome Kabuki.
A síndrome Kabuki (MIM 147920) se associa a malformações múltiplas

determinadas por variantes patogênicas nos genes KMT2D ou KDM6A (Lysine-specific
demethylase 6A; MIM 300128). Como foi primeiramente descrita em indivíduos
japoneses367,368 acreditava-se que fosse mais comum nessa população, fato não confirmado
pela constatação posterior em diversas outras etnias369. Destaca-se pelos dismorfismos faciais
que remetem à maquiagem utilizada pelos atores do teatro japonês Kabuki – eversão da
porção distal da pálpebra inferior, sobrancelhas arqueadas e com rarefação de terço médio a
distal, ponte nasal baixa e orelhas proeminentes - além de atraso no desenvolvimento, DI,
alterações esqueléticas e estatura baixa. Outros achados incluem ptose palpebral, estrabismo,
hipodontia, dentes espaçados, fenda de lábio e/ou palato, cardiopatia, anomalias geniturinárias
e gastrointestinais (incluindo atresia anal), suscetibilidade a infecções, convulsões, distúrbios
alimentares e perda auditiva370-373.
124
Após a primeira descrição, o fenótipo Kabuki vem se expandindo, assim como os

achados mutacionais. Em 2010, Ng et al.374 sequenciando o exoma de 10 indivíduos com a
síndrome, observaram mutações envolvendo o gene KMT2D, concluindo que variantes
patogênicas desse gene sejam a principal causa da síndrome, fato corroborado em estudos
posteriores375-377. O referido gene, amplamente expresso em tecidos adultos e essencial para o
desenvolvimento embrionário, tem participação importante também na regulação do
metabolismo e na supressão tumoral378.
Deleções em heterozigose no gene KDM6A também foram relacionadas à
379-381.
síndrome Kabuki Tal gene, juntamente com o KMT2D, atua na regulação de genes
expressos em tecidos musculares durante a embriogênese. Além disso, genes de outra família
(genes T-box, cuja função está relacionada à formação de vertebras e do coração) recrutam o
KDM6A para a ativação de genes alvo, fato que reforça o papel do mesmo no
desenvolvimento382.
Na maioria dos pacientes, as variantes patogênicas são de novo, consistentes com
a ocorrência esporádica. O espectro clínico é amplo, mas em geral a hipótese de SK se
relaciona aos sinais faciais peculiares, apesar do amplo espectro clínico. Recentemente, o
fenótipo expandido passou a incluir microftalmia, sobrepondo-se ao da síndrome CHARGE,
que deve ser considerada como diagnóstico diferencial.
O sequenciamento do exoma evidenciou uma variante “stop gain” no gene
KMT2D, previamente registrada na literatura como patogênica e relacionada à microftalmia,
confirmando a hipótese inicial. A estatura dentro da normalidade é incomum nessa condição,
sendo plausível supor, conforme mencionado, que a duplicação do SHOX tenha contribuído
para melhorar a estatura final da propósita, reduzindo a tendência à baixa estatura relacionada
à SK.
Esse caso ilustra a importância da avaliação genético-clínica para a interpretação
adequada dos resultados dos testes genômicos e, obviamente, o impacto da introdução dessa
modalidade diagnóstica. Por outro lado, reforça a discussão antiga, ainda não encerrada, sobre
o eventual efeito de uma primeira alteração genética que, agindo como fator de risco,
aumentaria a suscetibilidade para um segundo evento genético.
125
4.4.2.12. Alteração dup 7q
4.4.2.12.1. Paciente P4
Paciente do sexo feminino, nascida em 20/09/1992, filha de casal jovem e não
consanguíneo; dois primos em 1º grau (lado materno) com déficit de atenção e aprendizado;
sem outros antecedentes familiais relevantes. É fruto de gestação gemelar, que transcorreu
sem alterações, com parto vaginal no 8º mês; a propósita pesou 2140 g e teve Apgar 9/10
(sem outros dados neonatais); o irmão gêmeo encontrava-se igualmente em boas condições e
ambos receberam alta aos três dias de vida.
Evoluiu com atraso do desenvolvimento neuromotor, baixa estatura e amenorreia
primária sem desenvolvimento de caracteres sexuais secundários. Não conseguiu ser
alfabetizada, frequentando instituição para educação especial dos oito aos 17 anos.
Ao exame físico, com 17 anos e nove meses, observados face triangular, pescoço
curto, implantação baixa de cabelos na nuca, retrognatia leve, palato alto, má oclusão
dentária, tórax alargado, cúbito valgo, mãos com retificação de borda ulnar e hipoplasia leve
de 4º e 5º metacarpos, desenvolvimento mamário e pilificação pubiana respectivamente nos
estágios III e IV de Tanner. O ultrassom de abdômen total foi normal, enquanto o pélvico
mostrou útero em anteverso flexão com 9 cm3 , com ovários não visualizados.
O exame de cariótipo revelou a constituição 45,X[26]/47,XXX[24], indicativa de
mosaicismo com uma linhagem monossômica e outra trissômica para o cromossomo X,
definindo o diagnóstico de síndrome de Turner. Porém, frente ao déficit intelectual
significativo e incomum nessa condição, indicada complementação da investigação
citogenética, pela pesquisa de alterações cromossômicas submicroscópicas por MLPA
subtelomérico com o kit SALSA MLPA P036, o qual identificou uma microduplicação em 7q
terminal, confirmada pelo kit SALSA MLPA P070 – rsa7q(P070)×3 (Figuras 57 e 58).
vermelho mostra duplicação 7q no paciente.
126
Figura 58. Em azul, a localização do gene VIPR2 (cromossomo 7q36.3), cuja sequência foi
utilizada para a confecção das sondas 7q presentes nos kits SALSA MLPA P036 e P070108.
Deleções envolvendo a região 7q36 já foram registradas na literatura, inclusive

em associação com outros fenótipos, entretanto microduplicações da mesma região são raras
384-387
. Novales et al.384, relatando o caso de uma paciente com duplicação 7q32→qter,
concluíram que indivíduos com essa condição apresentam atraso no desenvolvimento, baixo
peso, anomalias esqueléticas e hipotonia, entre outros. Posteriormente, Shojaei et al.385,
descrevendo um paciente com rearranjo dup7q/del13q, mencionaram dismorfismos como
implantação baixa de cabelo na nuca, hipertelorismo, epicanto interno, microretrognatia e má-
oclusão dentária como relacionados à trissomia parcial 7q.
Bartsch et al.386, a partir de uma paciente com neurofibromatose tipo 1 com dois
rearranjos independentes, incluindo uma microduplicação de 550 kb em 7qter, observaram
que a região contém genes funcionais tais como FAM62B, WDR60 e VIPR2, que não trariam
consequências fenotípicas quando em dose extra.
Entretanto, estudos subsequentes relacionam alguns genes dessa região, como o
Vasoactive intestinal peptide receptor 2 (MIM 601970) ou VIPR2, a alterações do sistema
nervoso central e psiquiátricas, entre as quais agenesia de corpo caloso, autismo e
esquizofrenia. O gene VIPR2 - utilizado para confecção da sonda de MLPA utilizada no
presente estudo - codifica uma proteína com diversos papéis no desenvolvimento neural
embrionário, neuroproteção e resposta a lesões neurais e processos inflamatórios 387,388. Diante
dessa informação, apesar das dificuldades para se estabelecer a correlação genótipo-fenótipo e
de grande parte do fenótipo da pacientese justificar pela monossomia do X, a alteração
encontrada merece registro, pela eventual associação ao distúrbio do desenvolvimento
intelectual apresentando pela mesma.
127
4.4.2.13. Alteração del5p/dup9p
4.4.2.13.1. Paciente P64

Publicado por Lincoln-de-Carvalho et al.389.
4.4.2.14. Alteração del9p/dup19q
4.4.2.14.1. Paciente P169

Paciente do sexo feminino, nascida em 1994, segunda filha de casal não
consanguíneo; um meio-irmão materno e uma irmã, ambos hígidos; quanto aos demais
familiares, referidos quatro primos em 1o grau (lado materno) falecidos no período neonatal
com anomalias congênitas não especificadas. Gestação na vigência de uso de
anticoncepcional injetável e, exceto por tabagismo (cinco cigarros/dia), transcorreu bem;
parto cesáreo, a termo, com peso 3.000 g e comprimento 48 cm; aparentemente sem
intercorrências neonatais; alta no 2o dia de vida. Mãe refere que ao nascimento tinha uma
pequena abertura em região sacro-coccígea que fechou espontaneamente. Evoluiu com atraso
global do desenvolvimento (leve), sem intercorrências mórbidas relevantes, exceto por
sinusopatia e hipertrofia de adenóides (submetida a adenoidectomia); menarca aos 12 anos;
tem estereotipias motoras, mordedura de mãos e aderência a rotinas
Ao exame físico, com 15 anos, foram observados baixa estatura, braquicefalia,
assimetria de fronte com implantação baixa de cabelos, cristas supraorbitárias salientes com
olhos de localização mais profunda, sobrancelhas retificadas com rarefação distal leve, fendas
palpebrais oblíquas para cima, comissuras bucais desviadas para baixo, filtro longo, lábio
superior fino, má oclusão dentária, dentes pequenos, prognatismo, pescoço curto e levemente
alado, ombros caídos, desvio ulnar das mão e marcha de base discretamente alargada; contato
visual presente e boa comunicação verbal. Na investigação complementar, a tomografia de
coluna (2010) não detectou espinha bífida e a de crânio identificou pequena calcificação de
aspecto residual, enquanto duas RM-encefálicas não mostraram alterações (2011/2015).
subtelomérico com o kit SALSA MLPA P036 identificou um rearranjo del9p/dup19q,
confirmado pelo kit SALSA MLPA P070 – rsa(9p)×1,(19q)×3 (Figuras 59, 60 e 61).
128
em vermelho mostram deleção 9p e duplicação 19q na paciente.
Figura 60. Em azul, localização genes DMRT1 e DOCK8 (cromossomo 9p24.3), cujas
P036 e P070108.
Figura 61. Em azul, a localização do gene CHMP2A (cromossomo 19q13.43), cuja sequência
foi utilizada para a confecção das sondas 19q presentes nos kits SALSA MLPA P036 e P070
(https://decipher.sanger.ac.uk/).
A validação realizada pela técnica de FISH em núcleos interfásicos (Figura 62)

confirmou o resultado da análise por MLPA. Os genitores realizaram exame de cariótipo, com
resultado normal para ambos. Assim, o cariótipo da propósita passa a ser 46,XX.ish
der(9)t(9;19)(p24.3;q13.43)(RH65569;RH102404).
129
Figura 62. Resultado de FISH com sondas subteloméricas para as

regiões 9p (vermelho) e 19q (verde) em núcleos interfásicos para a
paciente P169, mostrando apenas um sinal vermelho e três sinais verdes.
A síndrome da deleção 9p (MIM 158170) é uma condição clinicamente

heterogênea com um amplo espectro fenotípico, proporcional à extensão da região deletada
(com pontos de quebra ocorrendo em 9p22 e 9p24), em geral resultante de deleções terminais
de novo ou translocações envolvendo outro cromossomo390-403.
Foi descrita inicialmente por Alfi et al.404 e, entre as manifestações mais comuns,
são referidos atraso do desenvolvimento, hipotonia, DI, trigonocefalia, hipoplasia da face
média, ponte nasal baixa, filtro longo, microstomia, microrretrognatia, anomalias cardíacas
(como defeito de septo atrioventricular), hérnia inguinal e/ou umbilical, além de anomalias
genitais em meninos que variam de distúrbios do desenvolvimento gonadal a anomalias da
diferenciação dos genitais393,405.
Entre os genes relacionados a essa alteração e possivelmente também ao fenótipo
da propósita estão DOCK8, KANK1 e DMRT1.
O gene DOCK8 (Dedicator of cytokinesis 8; MIM 611432), que se expressa em
vários tecidos, incluindo o cerebral (fetal e adulto), está envolvido em processos que afetam a
organização dos filamentos de actina e tem papel importante na regulação de morfologia,
crescimento, adesão e migração celular. Pode estar relacionado a atraso no desenvolvimento e
130
DI (MRD2; MIM 611432), assim como observado na paciente 392,402 e na forma autossômica
recessiva à síndrome de hiper-IgE406.
O gene KANK1 (KN motif and ankyrin repeat domain containing protein 1; MIM
607704) tem diversas funções biológicas e fisiológicas. Seu produto atua na formação do
citoesqueleto e na motilidade celular, regulando a polimerização da actina407. Além disso, se
expressa em vários locais, como cérebro fetal, células tubulares renais, células glandulares do
cólon e estômago. Deleções deste gene têm sido associadas a vários tipos de câncer, como
nasofaríngeo, gástrico, pancreático e pulmonar408-410, assim como a uma forma de paralisia
cerebral congênita, a quadriplegia espástica, tipo 2 (MIM 612900)411.
Tassano et al.401, a propósito de dois pacientes com deleção 9p envolvendo apenas
os genes DOCK8 e KANK1, observaram fenótipos não sobrepostos, como por exemplo
ausência de fala e movimentos estereotipados no caso 1 e fala bem desenvolvida e
desenvolvimento motor dentro da normalidade no caso 2. Comparando esses dois indivíduos
à propósita, observa-se que ela apresenta sinais descritos em ambos, como estereotipia motora
(jactatio corporis) (caso 1) e fala desenvolvida (caso 2). Segundo os mesmos autores, a
diferença em tais fenótipos pode ser explicada por expressividade variável, penetrância
reduzida ou mesmo presença de modificadores genéticos e/ou epigenéticos.
Já o gene DMRT1 (Doublesex and MAB3- related transcription fator 1; MIM
602424), localizado em 9p23 está envolvido na determinação e diferenciação sexual, sendo
404,412
associado a disgenesia gonadal, observada em indivíduos 46,XY com microdeleção 9p .
Lopes et al.413 também identificaram deleções 9p incluindo esse gene em indivíduos com
azoospermia idiopática, sugerindo que a haploinsuficiência do mesmo seja relacionada a essa
condição414.
Como mencionado anteriormente, a deleção 9p pode resultar de translocações
envolvendo outros cromossomos396,415. Porém, até o momento, registros de rearranjos
resultando em monossomia 9p e trissomia 19q são raros na literatura 416,417.
Su et al.417 descreveram seis indivíduos de uma mesma família (três homens e três
mulheres) com der(9)t(9;19)(p24.1;q13.4), todos com deficiência intelectual e dismorfismos
craniofaciais diversos, incluindo trigonocefalia. Já Resta et al.416 relataram um paciente do
sexo feminino com microdeleção 9p (8,9 Mb) e microduplicação 19q (4,8 Mb) e vários sinais
da deleção 9p, porém sem trigonocefalia. Segundo tais autores, o fato de a deleção nesse caso
englobar o gene PTPRD (Protein tyrosine phosphatase, receptor type D; MIM 601598) –
proposto por Shimojima e Yamamoto418 como candidato para o fenótipo trigonocefalia – e a
131
paciente não manifestar essa alteração, sugere que o referido gene não se relaciona de fato ao
dismorfismo em questão. Com relação à paciente P169, apenas a análise por MLPA não foi
suficiente para determinar a extensão da deleção em 9p, mas considerando as observações de
Resta et al.416, a não manifestação de trigonocefalia não exclui a possibilidade de que a
deleção tenha incluindo o gene PTPRD.
Rearranjos não balanceados envolvendo o cromossomo 19 têm sido relatados na
literatura416,417,420. Até o momento, não são conhecidos os genes responsáveis pelo fenótipo da
trissomia 19q13.3→ter. Comparando-se os sinais apresentados pela paciente P169 e não
relacionados ao fenótipo da deleção 9p, se verifica razoável similaridade, em especial quanto
a baixa estatura e manifestações faciais como comissuras bucais desviadas para baixo, dentes
pequenos e espaçados, e pescoço curto419,420. De todo modo, em seu conjunto, o quadro
clínico da paciente é compatível com as alterações identificadas.
4.4.2.15. Alteração dup9p/del18p
4.4.2.15.1. Paciente P194

Paciente do sexo masculino, nascido em 09/03/2000, primeiro filho de casal não
consanguíneo; histórico familial de pai e primo paterno com dificuldades de concentração e
primo paterno com deficiência visual importante. Pré-natal e parto sem intercorrências;
evoluiu com atraso do desenvolvimento neuropsicomotor e dificuldade escolar. Infecções
respiratórias de repetição, com realização de amigdalectomia e adenoidectomia. Segundo
avaliação no ambulatório DISAPRE, apresenta deficiência intelectual leve.
Ao exame físico, com 13 anos de idade, observados peso 54 kg, e estatura 155,3
cm (p75), escoliose leve, prega palmar única completa à direita e incompleta à esquerda, sem
outros dismorfismos relevantes. Genitália típica masculina P4, testículo direito com 20 cm3 e
esquerdo 25 cm3; comportamento infantilizado. Realizados TC de crânio (sem alterações);
ressonância magnética de crânio com sinais de má rotação dos giros hipocampais, hipoplasia
de joelho do corpo caloso, presença de cavum do septo pelúcido e cavum vergae. Radiografia
de coluna lombar identificou espinha bífida em L5.
O exame de cariótipo foi 46,XY, normal para o sexo masculino. Por meio da
pesquisa de alterações cromossômicas submicroscópicas por MLPA subtelomérico com o kit
SALSA MLPA P036 identificou-se um rearranjo dup9p/del18p, confirmado pelo kit SALSA
MLPA – rsa(9p)×3,(18p)×1 (Figuras 63 e 64).
132
em vermelho mostram duplicação 9p e duplicação 18p no paciente.
Figura 64. Em azul, localização dos genes USP14 e THOC1 (cromossomo 18p11.32), cujas
A duplicação 9p, primeiramente descrita por Rethoré et al.421, é uma das mais
frequentemente observadas em neonatos, juntamente com as trissomias 13, 18 e 21. Até o
momento, foram registrados mais de 150 casos, incluindo duplicações puras422-425,
mosaicos426 e rearranjos427, sendo esses últimos mais comuns.
Quanto aos sinais clínicos, apesar de estarem diretamente relacionados à extensão
da região duplicada, há um possível fenótipo comum aos indivíduos portadores dessa
alteração, incluindo atraso do desenvolvimento neuromotor, DI em graus variáveis, estatura
baixa, dismorfismos craniofaciais (microbraquicefalia, hipertelorismo, fenda palpebrais para
baixo, enoftalmia, implantação baixa de orelhas, nariz bulboso, filtro curto, comissuras bucais
desviadas para baixo), pescoço curto, anomalias digitais (clinodactilia em quinto dedo,
braquidactilia, unhas displásicas) e cardiopatia 424,428.
Como mencionado, a maior parte dos casos de trissomia 9p relatados na literatura
são concomitantes a monossomia em outro cromossomo – rearranjo desbalanceado –
133
determinando significativa variabilidade fenotípica, fato que eventualmente dificulta uma

correlação genótipo-fenótipo adequada429
Quanto ao rearranjo dup9p/del18p observado no paciente P194, assim como os
relatados por Guilherme et al.424 e Fryns et al. 431, tanto há diversos sinais comuns à trissomia
9p e à monossomia 18p, tais como microcefalia, pregas epicânticas e atraso na fala, quanto há
outros específicos de cada condição, como pode ser verificado na Tabela 20.
Tabela 20. Características clínicas encontradas em pacientes com duplicação 9p, deleção 18p
(adaptado de Guilherme et al.424, Sebold et al.432).
Guilherme Guilherme
Características 9p+ 18p- et al., 2014 et al., 2014 P194
(P4) (P5)
Microcefalia + + -
Braquicefalia + +
Pregas epicânticas + + + +
Micrognatia +
Fendas palpebrais para baixo + + +
Nariz proeminente + + +
Nariz bulboso + + +
Olhos proeminentes +
Hipertelorismo + + +
Estrabismo +
Erros de refração + +
Ptose palpebral +
Orelhas de implantação baixa + + +
Orelhas proeminentes +
Orelhas dismóficas +
Comissuras bucais voltadas para baixo + + +
Lábio superior fino +
Filtro longo +
Pescoço curto + + + +
Clinodactilia + + + +
Braquidactilia +
Unhas displásicas +
Peito escavado +
Atraso neuropsicomotor + + + + +
Hipotonia + + + +
Atraso de fala + + + + +
Pênis hipoplásico + + -
Cardiopatia + + -
Disfunção endócrina + -
+, presença
134
Para o paciente P194, segundo o resultado de MLPA, a alteração em 9pter

envolve, no mínimo, os genes DOCK8, KANK1 e DMRT1. O gene DOCK8 (Dedicator of
cytokinesis 8; MIM 611432) altamente expresso em cérebro de fetos e adultos, codifica um
membro da família DOCK180 de fatores de troca de nucleotídeos de guanina e são
componentes de redes de sinalização intracelular. Mutações nesse gene já foram descritas em
indivíduos com DI e atraso no desenvolvimento392, além de resultar na forma autossômica
recessiva da síndrome de hiper-IgE432.
O gene KANK1 (KN motif and ankyrin repeat domains 1; MIM 607704) codifica
uma proteína da família das proteínas Kank, cuja função reside na formação do citoesqueleto,
regulando a polimerização da actina. Além disso, esse gene é candidato a supressor de tumor
de células renais, com variantes patogênicas associadas a transtorno de desenvolvimento do
sistema nervoso central411.
Já o gene DMRT1 (Doublesex and mab3 transcription factor 1; MIM 602424)
está envolvido na determinação e diferenciação sexual. Ying et al.433 por análise
imunohistoquímica em amostras de testículo humano adulto observaram a proteína DMRT1
em núcleos de células de Sertoli, espermatogônia e espermatócitos. Quando em
haploinsuficiência, tal gene leva a reversão sexual, disgenesia gonadal e alteração nos genitais
externos424.
Contudo, é oportuno salientar que os genes acima causam alterações quando em
haploinsuficiência. No presente caso (P194), é plausível supor a um provável aumento da
expressão gênica, e é possível que tais genes sejam sensíveis à dosagem e a interação com
outros fatores, tais como elementos regulatórios, porém não há dados suficientes para
estabelecer uma correlação com o fenótipo do paciente424.
Outros dismorfismos, não relacionados à duplicação 9p, foram encontrados no
paciente, provavelmente em decorrência da deleção 18p também observada no caso, como por
exemplo alterações visuais.
A monossomia 18p (MIM 146390) foi primeiramente descrita por Grouchy256 e
desde então mais de 150 casos já foram relatados, com frequência de 1:50.000 nascimentos e
proporção de três mulheres para cada homem. Entre os sinais fenotípicos mais comuns,
destacam-se atraso de crescimento e fala, DI leve a moderada, estatura baixa, microcefalia,
implantação baixa de orelhas, hipertelorismo, ptose palpebral, pregas epicânticas, ponte nasal
baixa, peito escavado e alterações visuais. Outros dismorfismos menos comuns são doenças
135
autoimunes, holoprosencefalia, alopecia, distonia, perda auditiva, cifose e/ou escoliose e

anormalidades em pés431,434.
Aproximadamente 2/3 dos casos de monossomia 18p são de novo; o restante é
devido a rearranjos desbalanceados, cromossomo em anel ou inversão pericêntrica levando à
monossomia 18p associada à trissomia 18q435-437.
Na deleção 18p observada no presente caso, ao menos dois genes estão
envolvidos (USP14 e THOC1). O gene USP14 (Ubiquitin-specific protease 14; MIM 607274)
codifica um membro da família de proteases de processamento específico de ubiquitina
(UBP) que é uma enzima “desubicitante” (DUB) com domínios His e Cys. Essa proteína se
localiza no citoplasma e cliva a fração ubiquitina de precursores condensados à mesma e
proteínas “ubiquitiniladas”. Estudos com ratos mostraram que quando há mutação nesse gene,
a expressão dessa proteína se reduz, levando a atraso no crescimento, além do
desenvolvimento de tremores poucas semanas após o nascimento, seguidos de paralisia dos
membros posteriores e morte com 6 a 10 semanas de idade438.
Já o gene THOC1 (Tho complex, subunit 1; MIM 606930) faz parte do complexo
TREX (transcrição / exportação), que inclui outros genes. Strasser et al. (2002), em estudo
funcional de leveduras, observaram que esse complexo é recrutado especificamente para o
gene de transcrição e migra com a polimerase durante o alongamento transcricional. Os
mesmos autores sugeriram que ele se liga a proteínas que funcionam na exportação de mRNA
ou na transcrição439.
Como o paciente tem hipótese diagnóstica do distúrbio da percepção visual
conhecido como síndrome de Meares-Irlen, ou síndrome da sensibilidade escotópica de Irlen,
foram avaliados possíveis genes incluídos na deleção 18p que pudessem se relacionar a esse
tipo de manifestação. Vale acrescentar que ele não apresenta alterações visuais incluídas na
síndrome da deleção 18p, como blefaroptose, erros de refração, estrabismo, hipoplasia de
nervo óptico e catarata congênita. Entre os genes analisados, apenas o MYP2 (MIM 160700),
relacionado a alta miopia e descolamento de retina poderia ser considerado, com a ressalva de
que o mesmo também é associado a inteligência superior. Além disso, não é possível afirmar
que a deleção observada se estenda à região desse gene, mais centromérico em relação aos
dois genes acima (USP14 e THOC1) em haploinsuficiência no paciente440,441.
136
4.5. Investigação de alterações pelos métodos de microarray e sequenciamento de exoma

Na sequência da investigação houve a oportunidade de fazer a análise por
microarray (CGH ou SNP-array) em laboratórios privados, solicitada para oito pacientes que
dispunham de plano ou seguro de saúde e atendiam as Diretrizes de Utilização da ANS
(Agência Nacional de Saúde Suplementar – Resolução Normativa – RNº338, de 21/10/2013,
e RNº387, de 28/10/2015, conforme o Rol de Procedimentos e Eventos em saúde – ANEXO
II – de 2014 e 2016).
Outros 13 pacientes realizaram esse exame, sendo que 12 deles também foram
submetidos a sequenciamento do exoma, pela oportunidade de participação em projeto da
aluna Joana R. Marques Prota, doutoranda do Programa de Pós-Graduação em Fisiopatologia
Médica da FCM-Unicamp, sob orientação da Profa. Dra. Íscia Lopes-Cendes, pesquisadora
Principal do Centro de Pesquisa, Inovação e Difusão: Instituto Brasileiro de Neurociência e
Neurotecnologia (Brazilian Institute of Neuroscience and Neurotechnology - CEPID-
BRAINN FAPESP; processo 201307559-3), o qual estuda grupos de indivíduos com suspeita
de condições diversas de provável origem genética, incluindo DI de causa não esclarecida.
A Tabela 21 abaixo descreve as regiões cromossômicas onde foram detectadas as
alterações genômicas, o tipo de alteração encontrada (perda ou ganho em cada região), o
tamanho das mesmas e a localização específica de acordo com o braço cromossômico (p ou
q), banda e sub-banda.
Tabela 21. Alterações presentes nos indivíduos da casuística investigados por meio da técnica
de aCGH.
Paciente Região cromossômica Evento Tamanho Citobanda
P23 ChrX:79658583-96048052 Perda 16,4 Mb q21.1-q21.33
2
P42 Chr15:52654281-59511540 Perda 6,9 Mb q21.2-q22.2
P812 ChrX:132087424-133441978 Ganho 1,4 Mb q26.2
2
P108 Chr7:23771527-26142303 Perda 2,4 Mb p15.3-p15.2
P130 Chr15:22765628-28691460 Ganho 5,9 Mb 15q11.2-q13.1
1
P136 Chr1:1186633-2056696 perda 870 kb p36.33-p36.32
Chr1:2103939-5258556 perda 3,1 Mb
Chr4:68345-14206282 ganho 14,1 Mb p16.3-p15.33
P1512 Chr22 perda
P1522 Chr7:72726487-74144481 perda 1,4 Mb q11.23
2
P158 Chr6:57349434-57770309 ganho 421 kb 6p11.2
Chr10:135252931-135396275 ganho 143 kb 10q26.3
P258 ChrX:585079-620146 Ganho 35 kb p22.33
P2842 Chr12:12203966-12868098 Ganho 664 kb 12p13.2p13.1
1- Refinamento das alterações identificadas no MLPA.
2- Laboratórios privados diversos.
137
Para os pacientes P46, P63, P156, P160, P170, P172, P182, P198, P235 e 239 a análise não
pôde ser concluída até o fechamento desta tese.
Quanto aos testes de sequenciamento de exoma, foram investigados doze

pacientes no total, com seis casos concluídos até o momento. A Tabela 22 abaixo descreve os
genes identificados, tipo de alteração, variante, fenótipo associado, herança, zigosidade e a
classificação ACMG (The American College of Medical Genetics and Genomics).
Tabela 22. Resultados obtidos nos testes de exoma.

Fenótipo
Gene Variante/ Classificação
Caso Alteração associado Herança Zigosidade
(OMIM) efeito ACMG
(MIM)
Patogênica
P46 KIRREL3 C/T SNV DI-AD AD Het
Variante de
significado
SHANK2 C/T SNV Autismo AD Het
incerto
Variante de
P63 SNV
CTTNBP2 C/T Autismo AD Het significado
Missense
incerto
P160
TCF4 SNV Pitt-Hopkins
C/T AD Het Patogênica
(*602272) Missense
Variante de
P182 PRKCG T/G SNV SPG14 AD Het significado
incerto
Variante de
P198 Smith
RAI1 G/A SNV AD Het significado
Magenis
incerto
P258
KMT2D SNV
G/A Kabuki AD Het Patogênica
(*602113) StopGain
4.5.1. Paciente P23

Paciente do sexo masculino, nascido em 1997, terceiro filho de casal não
consanguíneo, sem antecedentes familiais relevantes. Gestação com risco de abortamento na
12º semana, com várias internações após o sexto mês, devido a trabalho de parto prematuro,
inclusive com uso de terbutalina. Parto cesáreo, na 39a semana, com peso 3340 g,
comprimento 47 cm, perímetro cefálico 35 cm e Apgar 4/6. Nas primeiras horas, apresentou
taquipnéia transitória do récem nato, necessitando internação UTI neonatal. Desenvolveu
infecção neonatal, com uso de ampicilina e gentamicina, e icterícia após 48 horas,
necessitando de fototerapia; alta com 10 dias de vida.
138
Evoluiu com infecções recorrentes de vias aéreas, foi submetido a hermiorrafia

inguinal e colocação de tubo de ventilação em ambos os ouvidos; pelo diagnóstico de refluxo
gastroesofágico grave, realizada fundoplicatura de Nissen.
Ao exame físico, com dois anos, observados peso de 12 kg (3º-10º percentil), 90
cm de estatura (média) e perímetro cefálico de 51 cm (+1DP), dolicocefalia, espessamento da
sutura metópica, implantação alta de cabelos na fronte, orelhas proeminentes, hipertelorismo,
fendas palpebrais alongadas e com eversão do terço distal, cílios longos, ponte nasal alta com
ponta voltada para baixo, columela curta, filtro curto e bem marcado, lábio superior em arco
de cupido, palato alto, tórax escavado com aumento da distância intermamilar, mamilo
esquerdo invertido, fóvea coccígea, finger pads, esboço de sulco plantar, genitais externos
masculinos normais.
Na investigação complementar, realizados radiografia de coluna total,
eletrocardiograma, ecocardiografia e tomografia computadorizada de crânio, ultrassom
abdominal, dosagem de imunoglobulinas audiometria e avaliação oftalmológica com
fundoscopia, todos sem alterações. O eletroencefalograma mostrou atividade sugestiva de
epileptogenicidade focal e generalizada.
Em reavaliação em 2015, aos 17 anos, apresentava DI grave, ausência de
linguagem, agitação psicomotora; asma persistente com pneumonias recorrentes e disfagia.
Houve suspeita inicial de hipogonadismo, não confirmado pelas dosagens de gonadotrofinas e
testosterona. A RM de crânio na ocasião evidenciou anomalia de sinal parenquimatosa
córtico-subcortical temporal anterior à direita, possivelmente relacionada a
encefalomalácia/gliose pós-traumática; ventrículos laterais assimétricos e semi-verticalização
dos sulcos colaterais, por provável má-rotação parcial hipocampal bilateral. Na ocasião,
observados peso abaixo de 3%, estatura em 50%; perímetro cefálico acima 98%; testículos
tópicos com 12 cm3; face alongada, nariz e orelhas proeminentes, além dos dismorfismos
descritos anteriormente.
O teste de microarray foi realizado por meio da plataforma SurePrint G3 Human
CGH Microarray 8x60K - ISCA (Agilent, Santa Clara, CA). Pela análise do teste foi
observada deleção de 16,4 Mb em Xq21.1-q21.3,
arr[hg19]Xq21.1q21.3(79658583_96048052)×1, que envolve 18 genes descritos no OMIM,
seis deles relacionados a fenótipos patológicos (Figura 65 e Tabela 23)108.
139
Figura 65. Representação esquemática mostrando o cromossomo X e, abaixo dele, um zoom

da região deletada no paciente P23, com os genes incluídos nessa alteração mostrados abaixo
do mapa. A terceira parte da figura mostra algumas CNVs descritas na região identificada
(16,4 Mb em Xq21.1-q21.3) (https://decipher.sanger.ac.uk/). Barras em tons de azul
representam ganhos; em tons de vermelho representam perdas de sequências.
Tabela 23. Nome, localização cromossômica e MIM dos genes envolvidos na alteração
observada no caso P23.
Localização
Gene Nome OMIM
cromossômica
Bromodomain and WD repeat domain
BRWD3 X:79926353-80065187 300553
containing 3
POU3F4 X:82763269-82764775 POU class 3 homeobox 4 300039
ZNF711 X:84498997-84528368 Zinc finger protein 711 314990
POF1B X:84532402-84634748 Premature ovarian failure, 1B 300603
CHM X:85116185-85302566 CHM, Rab escort protein 1 300390
DIAPH2 X:95939662-96859996 Diaphanous related formin 2 300108
O gene BRWD3 (MIM 300553) se expressa de forma ubíqua em todos os tecidos,

incluindo o cerebral, desde a fase embrionária até a adulta. Foi primeiramente descrito por
Kalla et al.442 ao investigar pacientes com leucemia linfocítica crônica com translocação
t(X;11)(q13;q23) cujo pronto de quebra no cromossomo X ocorreu no gene BRWD3,
140
provocando uma diminuição da expressão do gene. Desde então estudos posteriores têm
associado mutações no gene com deficiência intelectual de graus variados (MIM 300659) e
dismorfismos, como macrocefalia e nariz e orelhas proeminentes 443.
Grotto et al.444 comparando os sinais clínicos de indivíduo de sexo masculino
apresentando uma deleção de novo, com extensão de 74 kb, envolvendo os éxons 11 a 41 do
gene BRDW3 – de novo – a quatro indivíduos com mutação sem sentido p.Tyr1131* no
mesmo gene, observaram similaridades fenotípicas, incluindo DI leve a moderada, atraso de
fala, distúrbios comportamentais, macrocefalia e dismorfismos faciais, como frontal
proeminente, olhos de localização profunda, orelhas anormais, mãos e pés grandes, sinais
também observados no paciente P23.
Já o gene POU3F4 (MIM 300039) codifica um membro da classe POU-III de
fatores de transcrição expressos durante o desenvolvimento neural inicial, desempenhando um
papel importante no desenvolvimento da orelha interna. CNVs envolvendo este gene
(deleções, inversões, duplicações) estão associadas à surdez ligada ao X (MIM 304400)445.
O gene ZNF711 (MIM 314990) codifica um fator de transcrição de diversos genes
altamente expressos no cérebro. Van der Werf et al.446 identificaram mutações em
homozigose nesse gene em indivíduos com DI não sindrômica, cujas células neuronais
apresentaram níveis de expressão diferentes de diversos genes, em relação a controles
normais.
O gene DIAPH2 (MIM 300108) é conhecido por atuar no desenvolvimento e
controle da função ovariana. Mutações nesse gene são associadas à insuficiência ovariana
precoce, por interferir na divisão celular folicular, e também à estatura baixa447. De forma
similar, o gene POF1B também se relaciona à insuficiência ovariana precoce (MIM 300604),
sendo expresso em tecidos epiteliais e, quando alterado (p.Arg329Gln), provocando mudanças
na ciliogênese e cistogênese celular448.
Por fim, o gene CHM (MIM 300390) codifica uma proteína regulatória do tráfico
intracelular. Variantes diversas nesse gene já foram descritas, tais como mutações sem
sentido, missense, frameshift, e até mesmo deleção envolvendo todo o gene, que se relaciona a
coroideremia, uma forma de atrofia retiniana progressiva (MIM 303100)449.
A busca na base de dados DECIPHER indicou que há quase 70 casos de deleção
envolvendo a região alterada no presente caso. Além de atraso de desenvolvimento e
deficiência intelectual, convulsões e macrocefalia estão entre os sinais mais frequentemente
141
observados, todos constatados no paciente P23, além dos dismorfismos faciais, possibilitando
estabelecer a correlação genótipo-fenótipo.
4.5.2. Paciente P42

Paciente do sexo masculino, nascido em 1987, segundo filho de casal jovem e não
consanguíneo; a única irmã é hígida; referida recorrência de DI em três primos em quarto grau
(lado paterno); sem informações relevantes na linhagem materna. A gestação transcorreu bem,
parto cesáreo por pós-datismo (43a semana); líquido amniótico meconial; peso 3650 g;
comprimento 48 cm e perímetro cefálico 36 cm; relato de cianose generalizada, choro
demorado, sucção débil; hipotonia, dificuldade de alimentação com perda significativa de
peso no período neonatal.
Evoluiu com atraso de desenvolvimento neuropsicomotor, mais acentuado na fala;
apresenta déficit cognitivo, ansiedade e agitação psicomotora ocasionais, comportamento
manipulador e crises de birra. Obesidade a partir dos cinco anos. Avaliação oftalmológica
mostrou hipermetropia e astigmatismo, com fundoscopia normal; ecocardiograma, radiografia
de coluna e ultrassom de rim e vias urinárias sem alterações.
Ao exame físico, com sete anos, observado peso de 34,2 kg (p>97), estatura 124
cm (p75) e perímetro cefálico 52 cm (p50), obesidade, implantação baixa de cabelos na nuca,
pregas epicânticas internas, fendas palpebrais curtas e desviadas para cima, ptose palpebral
bilateral (discreta), filtro curto, lábios finos, incisivos centrais proeminentes, protrusão
lingual, hipoplasia de 4 e 5º metacarpianos, prega palmar transversal única incompleta
bilateral, finger pads, aparente braquidactilia (mãos), pés planos, acavalgamento leve de 2º
sobre 1º e 3º dedos dos pés.
O teste de microarray realizado evidenciou a deleção de 6,9 Mb em 15q21.2-
q22.2, arr[hg19]15q21.2q22.2(52654281_59511540)×1, envolvendo 26 genes depositados no
OMIM, oito deles relacionados a doenças (Figura 66 e Tabela 24).
142

do mapa. A terceira parte da figura mostra algumas CNVs descritas na região identificada (6,9
Mb em 15q21.2-q22.2)108. Barras em tons de azul representam ganhos; em tons de vermelho
representam perdas de sequências.
Localização
Gene Nome OMIM
cromossômica
MYO5A 15:52599480-52821247 Myosin VA 160777
WDR72 15:53805938-54055075 WD repeat domain 72 613214
RAB27A 15:55495164-55611311 RAB27A, member RAS oncogene family 603868
DYX1C1 15:55702723-55800432 Dynein axonemal assembly factor 4 608706
TCF12 15:57210821-57591479 Transcription factor 12 600480
LIPC 15:58702768-58861151 Lipase C, hepatic type 151670
A disintegrin and metalloproteinase
ADAM10 15:58887403-59042177 602192
domain 10
MYO1E 15:59427113-59665099 Myosin IE 601479
O gene WDR72 (MIM 613214), está relacionado a proteínas que atuam no

processo de mineralização do esmalte dentário, em especial no período de maturação,
143
promovendo a remoção de amelogeninas450. É associado a amelogênese imperfeita tipo IIA3.

El-Sayed et al.451 identificaram uma mutação sem sentido (p.R897X) nesse gene,
relacionando-a a essa condição.
O gene RAB27A (MIM 603868) codifica uma GTPase (Rab27a) que atua no
transporte intracelular de melanosomas e também tem papel importante na exocitose de
grânulos citolíticos em linfócitos T citotóxicos e células natural killer e vesículas secretoras
em células endócrinas. Mutações nesse gene (c.136T>A p.F46I) determinariam a síndrome de
Griscelli tipo 2 (MIM 603868)452.
O gene DYX1C1 (MIM 608706), cujo nome oficial é DNAAF4, está envolvido na
migração neuronal durante o desenvolvimento do neocórtex cerebral, função sugerida a partir
da análise de modelos animais e linhagens celulares humanas453, e CNVs neste gene têm sido
relacionadas à dislexia454).
O gene TCF12 (MIM 600480) é um regulador de transcrição e está envolvido na
inicialização da diferenciação neuronal. Sharma et al.455, realizando sequenciamento de
exoma em indivíduos com craniossinostose, observaram 36 mutações diferentes no gene
TCF12, sendo 15 frameshift, 14 nonsense, sete de splicing e duas missense, sugerindo o
mecanismo de perda de como causador desse fenótipo.
O gene LIPC (MIM 151670) codifica a enzima lipase de triglicerídeos, que se
expressa no fígado e tem função importante no metabolismo das lipoproteínas. Wang et al.456
investigando polimorfismo C-514T em crianças chinesas, observaram relação do mesmo com
obesidade e sexo, pois meninos portando o alelo T apresentam tendência à obesidade,
enquanto as meninas com o mesmo alelo são menos obesas.
O gene ADAM10 (MIM 602192) codifica uma proteína da família ADAM, que
corresponde a proteínas de superfície celular, cuja função se relaciona à clivagem de outras
proteínas, incluindo as citocinas TNF-alfa e E-caderina. Níveis elevados de expressão do gene
são observados em diversos tipos de câncer, tais como pulmonar, gástrico, pancreático,
melanoma, de mama e bexiga457,458.
O gene MYO1E (MIM 601479) codifica um membro das miosinas não musculares
classe I (subgrupo da família de proteínas de miosina não convencional), encontrado no
citoplasma e possivelmente envolvido no movimento intracelular e no tráfico de membrana.
Mutações sem sentido em homozigose nesse gene foram associadas à glomeruloesclerose
segmentar focal 6459. Já o gene MYO5A codifica uma das proteínas da classe de miosinas,
proteínas motoras envolvidas no transporte de vesículas citoplasmáticas e de ancoragem,
144
alinhamento e translocação do mRNA, encontrada em níveis elevados em melanócitos e

células nervosas460.
Na base de dados DECIPHER, são descritos pelo menos 30 casos com perda de
CNVs similares. As características mais frequentemente observadas foram deficiência
intelectual (10/22) e obesidade (2/22), também presentes no paciente P42.
4.5.3. Paciente P81

Paciente do sexo masculino, nascido em 1999, segundo filho de casal jovem e
consanguíneo (primos em 1º grau). Sua irmã apresenta baixa estatura e teve atraso para andar
(1 ano e 9 meses); recorrência familial de blefaroptose (pai e tio paterno), orelha em abano
(pai tia e primos em 1o grau pelo lado paterno); além de primo em 1 o grau (lado paterno) com
hipospadia e um tio (lado materno) com dificuldade de aprendizado (chegou a frequentar
instituição especializada). Gestação com movimentos fetais fracos e tardios, sem outras
intercorrências relevantes; parto vaginal, a termo, peso 2.305 g 45 cm (ambos ~5%);
perímetro cefálico 33 cm e Apgar 8/9; referidos hipotonia, choro demorado e sucção débil.
Evoluiu com atraso leve do desenvolvimento psicomotor, teve dificuldade escolar,
além de alteração de fala; atraso de dentição decídua (início aos 19 meses) e alterações
ortodônticas; hipotireoidismo (faz reposição hormonal regularmente).
Ao exame físico, com um ano e oito meses, observados baixa estatura, frontal
alto, retração bitemporal, implantação alta dos cabelos em fronte e baixa em nuca; orelhas de
implantação baixa, em concha e com relevo pobre; sobrancelhas esparsas, arqueadas e de
orientação anômala; ptose palpebral bilateral (pai tem unilateral); cílios longos; nariz de base
alargada e ponta bulbosa; prognatismo leve; palato alto; língua plicada; respirador oral, voz
anasalada, clinodactilia de 5º dedo (mãos), falanges distais algo alargadas; acavalgamento de
artelhos (bilateral); pés valgos, inversão peno-escrotal parcial discreta, hipospadia balano-
prepucial; algumas manchas hipercrômicas (região supra-púbica e pé esquerdo) e efélides
(face e membros; semelhante à mãe); unhas quebradiças. Ecocardiograma sem anormalidade
e atraso de idade óssea.
O teste de microarray foi realizado por meio da plataforma CS3000 da
Affymetrix e chip CytoScan® 750K Cytogenetics Solution, que contém 750.000
oligonucleotídeos distruídos por todo o genoma humano, sendo composto por 200.000 SNP e
550.000 marcadores não polimórficos. Pela análise do teste foi observada a duplicação de 1,4
145
Mb em Xq26.2, arr[hg19]Xq26.2(132087424_133441978)×2, que envolve cinco genes

descritos no OMIM, sendo um deles relacionado à morbidade – GPC3 (Figura 67 e Tabela
25108.
Figura 67. Representação esquemática mostrando o cromossomo X e, abaixo dele, um zoom

Mb em em Xq26.2) (https://decipher.sanger.ac.uk/). Barras em tons de azul representam
ganhos; em tons de vermelho representam perdas de sequências.
Gene Localização cromossômica Nome OMIM
HS6ST2 X:131760044-132095423 Heparan sulfate 6-O-sulfotransferase 2 300545
USP26 X:132158659-132231137 Ubiquitin specific peptidase 26 300309
Transcription factor Dp family member
TFDP3 X:132350697-132352376 300772
3
GPC4 X:132434131-132549518 Glypican 4 300168
GPC3 X:132669773-133119922 Glypican 3 300037
Além disso, foram detectadas 20 regiões com perda de heterozigosidade (LOH),

19 delas com genes associados à doença genética com padrão de herança recessiva, conforme
Tabela 26.
146
Tabela 26. Região cromossômica, tamanho e número de genes OMIM situados nas regiões
onde foram encontradas perda de heterozigosidade no caso P81.
Número
Região
Resultado Tamanho de genes
cromossômica
OMIM
1p35.1p32.3 arr[hg19]1p35.1p32.3(34444229_53139066) hmz 18,7 23
1p36.33p36.23 arr[hg19]1p36.33p36.23(888658_7617555) hmz 6,7 10
3q11.1q11.2 arr[hg19]3q11.1q11.2(93558925_96787677) hmz 3,2 2
arr[hg19]4q32.2q34.3(163999754_179902229)
4q32.2q34.3 15,9 4
hmz
4q25q28.3 arr[hg19]4q25q28.3(108540496_132266908) hmz 23,7 16
4q22.1q23 arr[hg19]4q22.1q23(90248526_100746497) hmz 10,4 4
6p22.2p22.1 arr[hg19]6p22.2p22.1(25871043_29669964) hmz 3,8 1
arr[hg19]6p21.31p21.1(35213539_43957326)
6p21.31p21.1 8,8 12
hmz
8p23.1p21.3 arr[hg19]8p23.1p21.3(10760510_19869471) hmz 9,1 6
arr[hg19]8p11.23p11.1(37473069_43776654)
8p11.23p11.1 6,3 7
hmz
arr[hg19]8q11.11q12.1(46919156_58414693)
8q11.11q12.1 11,5 5
hmz
arr[hg19]8q24.22q24.3(134525140_140340906)
8q24.22q24.3 5,8 -
hmz
arr[hg19]9q34.11q34.3(132669499_137447946)
9q34.11q34.3 4,8 10
hmz
arr[hg19]10q22.1q22.2(73731650_77659243)
10q22.1q22.2 3,9 6
hmz
arr[hg19]11q13.4q23.3(70937213_117225134)
11q13.4q23.3 46,2 38
hmz
11p12.11.12 arr[hg19]11p12.11.12(41603184_51550787) hmz 9,9 11
11q11q13.2 arr[hg19]11q11q13.2(54827207_67878545) hmz 13,0 36
arr[hg19]14q24.3q32.33(76232469_107279475)
14q24.3q32.33 31,0 26
hmz
15q14q22.31 arr[hg19]15q14q22.31(34426501_66456770) hmz 32,0 40
17q11.1q12 arr[hg19]17q11.1q12(25309336_34942870) hmz 9,6 5
O gene HS6ST2 (MIM 300545) codifica proteoglicanos que interagem com

diversos ligantes celulares, resultando em diferenciação, adesão, migração, inflamação,
coagulação do sangue e outros processos diversos. A superexpressão deste gene está
associada à progressão de diversos tumores malignos, como câncer coloretal, de ovário e
mama461.
O gene USP26 (MIM 300309) codifica um membro da família de proteases de
processamento específico de ubiquitina (UBP), sendo bastante expresso no testículo.
Mutações nesse gene têm sido associadas a infertilidade masculina462.
147
O gene TFDP3 (MIM 300772) codifica um membro da família DP dos fatores de

transcrição, exercendo um papel inibitório de moléculas de E2F, que estimulam a transcrição
de genes envolvidos na progressão do ciclo celular. Variantes patogênicas desse gene estariam
associadas a altas taxas de expressão do mesmo em neoplasias como câncer de próstata463.
O gene GPC3 (MIM 300037) codifica um membro das proteoglicanas de sulfato
de heparan de superfície celular, com provável atuação no controle da divisão celular. Esse
gene encontra-se expresso em embriões humanos, regulando a morfogênese ou o crescimento,
possivelmente por um fator de crescimento semelhante à insulina, proteína morfogênica
óssea, fator de crescimento de fibroblastos (FGF) ou sinalização hedgehog464. Deleções,
duplicações e mutações de ponto em GPC3 estão associadas à síndrome de Simpson-Golabi-
Behmel (MIM 312870). Além disso, se por um lado a expressão desse gene é verificada no
fígado durante desenvolvimento embrionário (18º a 30º dia), sendo nula em adultos, em
carcinomas hepáticos níveis elevados da proteína GPC3 são comuns, sendo identificada como
marcador tumoral465. Já GPC4, da mesma família de GPC3, está envolvido no
desenvolvimento cerebral, regulando a expressão do gene FGF2 (MIM 134920)466. De acordo
com Xiong et al.467 níveis elevados de expressão de GPC4 (MIM 300168) estariam
associados a epilepsia, a partir da observação do aumento da expressão do gene em pacientes
com essa condição. O paciente P81 não apresentou crises convulsivas até o momento,
manifestação que poderia ser explicada pela superexpressão advinda de uma duplicação do
referido gene.
Na base de dados DECIPHER são descritos cerca de 40 casos com ganho de
CNVs como as do paciente P81. O sinal mais frequentemente observado foi DI (10/26); outras
manifestações incluem hipotonia, micro/macrocefalia e estatura baixa (descrita no paciente),
além de convulsões, obesidade e infeções respiratórias recorrentes.
4.5.4. Paciente P108

Paciente do sexo masculino, nascido em 1997, filho único de casal jovem não
consanguíneo. Foi adotado aos 10 meses de idade; o pai adotivo é seu primo em segundo
grau; tem uma meia-irmã materna supostamente normal; pelo lado paterno, referida
recorrência de DI em dois tios e um primo em 1º grau (lado paterno), além de uma tia com
dificuldade de alfabetização. Gestação não desejada com provável tentativa de interrupção.
Sem informações sobre antecedentes gestacionais; nasceu por cesárea iterativa, com peso
148
3200 g e comprimento 49 cm, recebendo alta no 3º dia, sem outros dados neonatais. Por
ocasião da adoção, estava desnutrido e ainda não apresentava sustento cefálico. Evoluiu com
atraso de desenvolvimento neuropsicomotor; atualmente apresenta linguagem bem
desenvolvida, porém não foi alfabetizado; tem alterações de comportamento, com aderência a
rotinas, crises de birra, auto e heteroagressividade; por volta dos oito anos de idade passou a
apresentar compulsão alimentar que levou à obesidade, controlada após orientação alimentar.
Ao exame físico, com 10 anos, observados obesidade centrípeta (grau I),
hipoplasia malar, dismorfismo auricular leve, estrabismo convergente, filtro naso-labial curto,
hipermobilidade articular (discreta), e canície (fios brancos esparsos difusamente distribuídos,
observados desde os três anos de idade). Em avaliação posterior, aos 17 anos, constatados os
mesmos dismorfismos, com puberdade normal.
Na investigação complementar, constatada perda auditiva neurossensorial bilateral
(leve a moderada); pela avaliação oftalmológica detectados alta miopia e astigmatismo, além
do estrabismo, com fundoscopia sem alterações; inventário ósseo mostrando nódulos de
Schmorl em coluna lombar, sem outras alterações. A análise molecular para pesquisa de
síndrome de Prader-Willi/Angelman (por PCR) foi negativa.
O teste de microarray foi realizado por meio da plataforma Agilent® com
180.000 sondas, com detecção de deleção com 2,4 Mb de extensão em 7p15.3p15.2,
arr[hg18]7p15.3p15.2(23771527_26142303)×1, envolvendo 14 genes, sendo oito descritos no
OMIM, com dois deles relacionados a doenças – CYCS e DFNA5 (Figura 68 e Tabela 27)108.

149
Mb em 7p15.3p15.2) (https://decipher.sanger.ac.uk/). Barras em tons de azul representam

Localização
Gene Nome OMIM
cromossômica
NPVF 7:25264189-25268105 Neuropeptide VF precursor 616984
C7orf31 7:25174316-25219975 Chromosome 7 open reading frame 31 606071
CYCS 7:25159710-25164980 Cytochrome c, somatic 123970
OSBPL3 7:24836158-25021253 Oxysterol binding protein like 3 606732
DFNA5, deafness associated tumor
DFNA5 7:24737972-24809244 600994
suppressor
MPP6 7:24612887-24733812 Membrane palmitoylated protein 6 606959
NPY 7:24323782-24331484 Neuropeptide Y 162640
STK31 7:23749786-23872132 Serine/threonine kinase 31 605790
O gene NPVF (MIM 616984) codifica uma proteína que atua como regulador
negativo de síntese e secreção de gonadotrofina468. Em ratos, a proteína codificada por esse
gene induz a secreção de prolactina. Segundo Lima et al.469, essa proteína pode desempenhar
papeis secundários e moduladores no desenvolvimento puberal.
O gene C7orf31 (MIM 606071), altamente expresso em testículos de mamíferos,
codifica proteína cuja função está associada a centrossomos, conforme estudo em
espermatozoides humanos470.
O gene CYCS (MIM 123970) codifica uma proteína heme altamente conservada e
com diversas funções. Uma delas seria atuar como componente central da cadeia de transporte
de elétrons nas mitocôndrias, quando associada à membrana interna dessa organela, aceitando
elétrons do citocromo b e os transferindo para o complexo da citocromo-oxidase. Essa
proteína também está envolvida no início da apoptose, saindo da mitocôndria e se associando
a fatores de ativação da apoptose no citosol471. Mutações nesse gene, como a c.145T>C,
observada por De Rocco et al.472, estão associadas a trombocitopenia não sindrômica
autossômica dominante (MIM 612004).
O gene OSBPL3 (MIM 606732) codifica um membro da família OSBP de
receptores lipídicos intracelulares, atuando na coordenação lipídica de diversos processos
celulares473.
O gene DFNA5 se expressa em altas taxas na cóclea durante o desenvolvimento
fetal, porém a função da proteína produzida por ele ainda não está completamente elucidada.
Foi identificado em 1998, a partir da deteccão de variante patogênica em uma família
150
holandesa com deficiência auditiva não sindrômica474. Desde então, diversas publicações
apontam variantes desse gene como causadoras dessa condição, cuja transmissão é
autossômica dominante (MIM 608798)475,476. Além disso, por suas propriedades indutoras de
apoptose, o DFNA5 é um gene supressor tumoral com papel importante nos principais tipos
de tumores477, sendo, portanto, um marcador para os mesmos. A perda auditiva
neurossensorial bilateral observada no paciente pode ser explicada pela haploinsuficiência
desse gene.
O gene MPP6 (MIM 606959) é membro da subfamília MAGUK (peripheral
membrane-associated guanylate kinase), supressores tumorais e codificadores de proteínas
que formam complexos contendo conjuntos de sinalização transmembranar, citoesquelética e
citoplasmática478.
Assim como o descrito para o gene NPVF, o gene NPY (MIM 162640) codifica
uma proteína que atua sobre a secreção de gonadotrofina e no controle de alimentação. Serra-
Juhé et al.479, investigando CNVs em 157 crianças hispânicas com obesidade precoce não
sindrômica analisaram genes relacionados à obesidade, como NPY e GRPR. Segundo os
autores, a superexpressão do NPY em neurônios noradrenérgicos provocaria ganho induzido
por dieta e estresse na massa gorda, fato observado por Vahatalo et al.480 em estudos com
ratos. O paciente P108 tem obesidade, entretanto não caberia a explicação dos autores acima,
pois ele teria haploinsuficiênncia do gene em decorrência da microdeleção e não uma
superexpressão.
Finalizando, o gene STK31 (MIM 605790), altamente expresso no testículo e
restrito às espermatogônias, participa da espermatogênese humana. Entretanto, estudos
apontam para sua super expressão em câncer colorretal e de tecido epitelial481.
Foram encontradas 15 descrições de alteração similar à do paciente P108 na base
de dados DECIPHER. Desse grupo, apenas nove tem descrição de sinais clínicos.
Comparando essas informações às características apresentadas pelo paciente, apenas perda
auditiva e orelhas dismórficas também foram registradas e em indivíduos diferentes.

Paciente do sexo feminino, nascida em 6/5/2000, encaminhada por atraso
neuropsicomotor, hipotireoidismo central com suspeita de pan-hipopituitarismo, hemiparesia
esquerda, malformação cerebral (esquizencefalia e polimicrogiria), e hemoglobinopatia C. É
151
fruto da terceira gestação de casal não consanguíneo, pai com 37 anos e mãe com 30 anos por
ocasião do nascimento; a primeira gestação foi tubária; tem uma irmã mais velha hígida, sem
antecedentes familiais relevantes. Durante a gestação, houve metrorragia no 3o mês,
hipertensão arterial a partir do 6o mês e recorrência de infecções de trato urinário; parto
cesáreo, a termo, sem intercorrências; peso 2.640 g, comprimento 46,5 cm, perímetro cefálico
33,5 cm, Apgar 9/9, alta com três dias de vida, sem alterações neonatais.
Evoluiu com atraso do desenvolvimento neuropsicomotor; teve recorrência de
infecções (otites, amigdalites, conjuntivites e de trato urinário), obstipação intestinal e refluxo
gastroesofágico; sem convulsões.
Ao exame físico, observados peso e estatura abaixo de 3%, perímetro cefálico em
50%, frontal alto e abaulado, com implantação alta de cabelo, orelhas normoimplantadas,
pequenas com hélices sobredobradas e lóbulos hipoplásicos, sobrancelhas esparsas, raiz nasal
baixa, filtro nasolabial plano, comissuras bucais desviadas para baixo, mamilo direito
invertido, prega palmar transversal única completa bilateral, nevus pigmentados em membros
inferiores e hemiparesia esquerda. A RM de crânio evidenciou esquizencefalia de lábios
fechados à direita, polimicrogiria frontoparietal e perisilviana bilateral; inventário ósseo com
13 pares de costelas e vértebra supra-numerária. As dosagens hormonais confirmaram o pan-
hipopituitarismo, sendo tratada com hormônio de crescimento e levotiroxina. Em reavaliação
aos 16 anos, apresentava baixa estatura e hipogonadismo com amenorreia primária.
Solicitado microarray, sendo realizada técnica de SNP-array e marcadores não
polimórficos, que identificou variante patogênica correspondente a perda de material do braço
longo do cromossomo 22, arr[hg19] 22q11.21(18631364_21800471)×1, com 3,2 Mb de
tamanho, contendo 1.196 marcadores do chip, envolvendo 95 genes, sendo 44 depositados no
OMIM e 14 relacionados a doenças (Figura 69; Tabela 28).
152

da região deletada na paciente P151, com os genes incluídos nessa alteração mostrados abaixo
Mb em 22q11.21)108. Barras em tons de azul representam ganhos; em tons de vermelho
representam perdas de sequências.
153
Localização
Gene Nome OMIM
cromossômica
USP18 22:18632666-18660164 Ubiquitin specific peptidase 18 607057
PRODH 22:18900294-18924066 Proline dehydrogenase oxidase 1 606810
SLC25A1 22:19163095-19166343 Solute carrier family 25 member 1 190315
CDC45 22:19466982-19508135 Cell division cycle 45 603465
Glycoprotein Ib platelet beta
GP1BB 22:19710468-19712294 138720
subunit
TBX1 22:19744226-19771116 T-box1 602054
COMT 22:19929130-19957498 Catechol-O-methyltransferase 116790
Transport and golgi organization 2
TANGO2 22:20004537-20053449 616830
homolog
RTN4R 22:20228938-20270769 Reticulon 4 receptor 605566
Scavenger receptor class F member
SCARF2 22:20778874-20792146 613619
2
PI4KA 22:21061979-21213705 Phosphatidylinositol 4-kinase alpha 600286
SERPIND1 22:21128167-21142008 Serpin family D member 1 142360
SNAP29 22:21213271-21245506 Synaptosome associated protein 29 604202
Leucine zipper like transcription
LZTR1 22:21333751-21353327 600574
regulator 1
A síndrome de deleção 22q11.2 é a síndrome de microdeleção mais comum em

humanos, com frequência estimada entre 1:4000 a 6000 nascimentos. Estima-se que seja
resultado, principalmente, de eventos de recombinação meiótica não homóloga, sendo agora
reconhecida por ter uma apresentação heterogênea que inclui múltiplas anomalias congênitas
adicionais e condições de início posterior, como anormalidades palatinas, endócrinas,
gastrointestinais e renais, doenças autoimunes, atrasos cognitivos variáveis, fenótipos
comportamentais e doenças psiquiátricas - ampliando a descrição original das síndromes de
DiGeorge (MIM 188400) e Velocardiofacial (MIM 192430). Dessa forma, os diagnósticos
clínicos anteriormente descritos eram na verdade de uma mesma condição, com uma etiologia
comum482,483.
A região 22q11.2 onde ocorre a deleção típica de ~3 Mb contém quatro blocos de
sequências de DNA repetitivo de baixo número de cópias (LCRs), nomeados de LCRs A-D,
sendo a LCR A a mais proximal. São extensas e guardam entre si uma maior homologia do
que qualquer uma das outras LCRs no genoma associadas com síndromes de deleções
cromossômicas humanas482.
154
Como dito anteriormente, a deleção apresentada pela paciente P151 envolve 14

genes depositados no OMIM relacionados a fenótipos anômalos. As descrições dos genes
mais correlacionados ao fenótipo seguem abaixo.
O gene USP18 (MIM 607057), altamente expresso no fígado e timo, codifica uma
enzima que cliva especificamente a ubiquitinina ISG15, atuando como um regulador negativo da
via de sinalização do interferon tipo I. Estes são citocinas secretadas em resposta à infecção viral e
regulam todos os aspectos da resposta imune484. Desta forma, o gene poderia estar relacionado
com o fenótipo de imunodeficiência presente nos indivíduos com a síndrome de velocardiofacial.
Além disso, Meuwissem et al.485, estudando indivíduos com síndrome pseudo-TORCH
(Toxoplasmose, outro [sífilis, varicela, parvovírus e HIV], rubéola, citomegalovírus e herpes
simples) observaram mutações de perda de função neste gene em cinco pacientes de duas famílias
não relacionadas.
O gene SLC25A1 (MIM 190315) codifica proteína necessária para a síntese
endógena de ácidos graxos e colesterol. A haploinsuficiência deste gene levaria a uma baixa
concentração deste nos indivíduos portadores da condição. Entretanto, Napoli et al.486
observaram níveis de colesterol plasmático e ácidos graxos elevados em indivíduos com a
síndrome, sendo inferido que possa haver um desvio metabólico via mitocôndrias, processo
menos eficiente, mas que proporcionaria uma compensação para a haploinsuficiência.
Conforme Lin et al.487, os genes 22q11.2 e os seus alvos co-expressos desempenham
provavelmente dois papéis distintos durante o desenvolvimento do cérebro, com uma via do ciclo
celular mediada por CDC45 (MIM 603465) envolvida no desenvolvimento do cérebro
embrionário e uma sub-rede modulada por PRODH (MIM 606810) que contribui para as funções
do cérebro adolescente. Deste modo, na síndrome de del22q11, a haploinsuficiência do gene
PRODH resultaria na impossibilidade de degradar prolinas, assim como a do gene COMT (MIM
116790), para dopaminas, afetando a função cerebral.
Estudos mostram que o gene SCARF2 (MIM 613619) estaria relacionado com
vias de sinalização celular ainda não completamente esclarecidas, provavelmente
desempenhando um papel importante no desenvolvimento de diversos órgãos. Mutações neste
gene estariam associadas à síndrome de Van Den Ende-Gupta, uma condição autossômica
recessiva caracterizada por malformações craniofaciais e esqueléticas 488.
O gene TBX1 (MIM 602054), altamente expresso no cérebro, codifica um
membro dos fatores de transcrição que compartilham um domínio comum de ligação ao DNA
conhecido como T-box envolvidos na regulação dos processos de desenvolvimento. Esse gene
é o principal candidato para síndrome 22q11.2, pois segundo os achados de Yagi et al.489,
155
mutações neste gene podem ser responsáveis por cinco características fenotípicas principais
da síndrome: dismorfismos faciais, defeitos cardíacos, hipoplasia tímica, insuficiência
velofaríngea com fissura de palato e disfunção na glândula paratireóide com hipocalcemia.
Além disso, conforme Ping et al.490 a haploinsuficiência ou mutação nesse gene é suficiente
para causar uma diminuição da inibição do prepulso, uma anormalidade comportamental
associada ao endofenotipo da esquizofrenia. Existem sintomas sobrepostos entre autismo e
esquizofrenia, o que pode sugerir que essas duas doenças compartilham alguma base
biológica comum em sua patogênese.
Na base de dados DECIPHER são descritos mais de 300 casos com perda de
CNVs similares. Desses, cerca de 200 possuem fenótipo descrito. As características presentes
na paciente P151 e mais frequentemente observadas neste grupo foram baixa estatura,
microcefalia, comissuras bucais desviadas para baixo, mamilos invertidos, infecções
recorrentes, refluxo gastroesofágico e amenorreia primária, além da própria DI.

Paciente do sexo feminino, nascida em 1983, terceira filha de casal jovem e não
consanguíneo, sem recorrência familial de casos semelhantes; tia avó paterna com DI.
Gestação sem intercorrências; movimentos fetais tardios; parto cesáreo, a termo, peso 2.450 g;
comprimento 48 cm; perímetro cefálico 32 cm; alta com três dias de vida, sendo re-internada
por icterícia tardia durante cinco dias, para fototerapia.
Evoluiu com atraso neuropsicomotor leve; tem insuficiência discreta sem
repercussão hemodinâmica, constipação intestinal e hérnia umbilical corrigida aos 3 meses.
Ao exame físico, com cinco anos e 11 meses, foram observados face pequena com
hipoplasia da porção média, retração lateral da região orbitária, protrusão de globo ocular,
escleras levemente azuladas, micrognatia, narinas antevertidas, filtro curto, lábios volumosos,
pescoço alargado, ombros estreitos e rodados, cúbitos valgos, hipoplasia discreta de 4º e 5º
metacarpianos, pregas palmares anormais e hiperextensibilidade articular discreta, mais
evidente em dedos e cotovelo. Em avaliação posterior, já na idade adulta, destacavam-se a voz
roufenha, o desenvolvimento da linguagem e o comportamento sociável.
O teste de microarray foi realizado por meio da tecnologia CytoSure
Constitutional v3 4x180k (Agilent), que contem 180.000 sondas por lâmina de array. Pela
análise do teste foi observada a deleção de 1,4 Mb em 7q11.23,
156
arr[hg19]7q11.23(72726487_74144481)×1, que envolve 22 genes descritos no OMIM, sendo

apenas 1 deles relacionados à morbidade (Figura 70 e Tabela 29108, em conformidade com a
síndrome de Williams-Beuren (MIM 194050).

Mb em 7q11.23) (https://decipher.sanger.ac.uk/). Barras em tons de azul representam ganhos;
em tons de vermelho representam perdas de sequências.
157
Localização
Gene Nome OMIM
cromossômica
TRIM50 7:72726535-72742085 Tripartite motif-containing protein 50 612548
FKBP6 7:72742167-72772634 FK506 binding protein 6 604839
FZD9 7:72848109-72850450 Frizzled class receptor 9 601766
Bromodomain adjacent to zinc finger
BAZ1B 7:72854728-72936608 605681
domain 1B
BCL7B 7:72950686-72972332 BCL tumor suppressor 7B 605846
TBL2 7:72983262-72993121 Transducin beta like 2 605842
MLXIPL 7:73007524-73038873 MLX interacting protein like 605678
VPS37D 7:73082155-73086442 VPS37D, ESCRT-I subunit 610039
BUD23, rRNA methyltransferase and
WBSCR22 7:73097355-73119491 615733
ribosome maturation factor
STX1A 7:73113536-73134002 Syntaxin 1A 186590
CLDN3 7:73183328-73184600 Claudin 3 602910
CLDN4 7:73213872-73247014 Claudin 4 602909
WBSCR27 7:73248920-73256865 Methyltransferase like 27 612546
WBSCR28 7:73275489-73280223 Transmembrane protein 270 612547
ELN 7:73442119-73484237 Elastin 130160
LIMK1 7:73497263-73536855 LIM domain kinase 1 601329
Eukaryotic translation initiation factor
EIF4H 7:73588575-73611431 603431
4H
Linker for activation of T-cells family
LAT2 7:73613982-73644161 605719
member 2
RFC2 7:73645829-73668774 Replication factor C subunit 2 600404
CAP-Gly domain containing linker
CLIP2 7:73703805-73820273 603432
protein
GTF2IRD1 7:73868120-74016931 GTF2I repeat domain containing 1 604318
GTF2I 7:74071994-74175026 General transcription factor III 601679
A síndrome de Williams-Beuren (MIM 194050) é um distúrbio do

desenvolvimento causado pela haploinsuficiência de genes situados em 7q11.23. É
considerada uma síndrome de microdeleção de genes contíguos, que pode variar desde 1,5 Mb
na maior parte dos casos – envolvendo de 26 a 28 genes em sua região crítica, até 1,8 Mb em
cerca de 5% dos indivíduos afetados491. Desde sua primeira descrição em indivíduos com
alterações cardiovasculares e deficiência intelectual, muitos foram os casos descritos,
aumentando o espectro fenotípico da doença 492-494.
Entre os principais sinais característicos da condição estão DI em graus variados;
atraso de crescimento, hipotonia, hiperextensibilidade articular, doenças cardiovasculares –
particularmente a estenose supravalvar e arteriopatia –, dismorfismos faciais, como fronte
proeminente, protrusão globo ocular, filtro longo e lóbulos da orelhas grandes, hiperacusia,
distúrbios endócrinos e habilidades cognitivas irregulares, como hiper sociabilidade, empatia
158
e amabilidade se contrapondo a dificuldade na visão espacial, ansiedade generalizada, fobias

específicas495.
Conforme mencionado, na paciente P152, a alteração em 7q11.23 possui 1,4 Mb e
envolve 22 genes depositados no OMIM, todos descritos abaixo.
Segundo Nishi et al.496, o gene TRIM50 (MIM 612548) é expresso em células
parietais gástricas e sua expressão está predominantemente localizada nas membranas
tubulovesicular e canalicular. promovendo a formação de canalículos e microvillis
sofisticados durante a secreção ácida em células parietais.
A proteína codificada pelo gene FKBP6 (MIM 604839) está associada à
imunorregulação e processos celulares básicos envolvendo dobramento e tráfico de proteínas.
Alterações neste gene, que se expressa em testículos, podem causar infertilidade masculina
humanos497, mas também observada em animais498. O gene FZD9 (MIM 601766), que
também se expressa nos testículos, além de cérebro, olhos, músculos esqueléticos e em rins,
encontra-se associado à regulação da divisão celular e morte celular programada em
diferentes tipos celulares. Zhang et al.499, investigando o envolvimento deste gene na
leucemia mieloide aguda, sugeriram-no como gene candidato a supressor tumoral.
O gene BAZ1B (MIM 605681) codifica um membro da família das proteínas de
bromodomínio, envolvidas na regulação da transcrição. Ele está relacionado à diferenciação
neuronal e quando em haploinsuficiência, como na síndrome de Williams-Beuren, contribui
para o fenótipo neurológico observado na condição500.
O gene BCL7B (MIM 605846) codifica um membro da família BCL7 – que inclui
também as proteínas BCL7A e BCL7C – cuja deficiência, como na SWB, implica o risco de
cânceres hematológicos, tais como Linfoma de Burkitt e Leucemia linfoblástica aguda501.
O gene TBL2 (MIM 605842) codifica um membro da família de proteínas beta-
transducina, envolvidas em funções reguladoras, que nesse caso específico, está envolvida em
via de sinalização intracelular, importante para a sobrevivência da célula em condições de
estresse ou falta de nutrientes502. O gene MLXIPL (MIM 605678) codifica uma proteína que
desempenha papel fundamental na regulação do metabolismo da glicose e lipogênese em
tecidos e células cancerígenas. Segundo Cherniske et al.503, a haploinsuficiência desse gene
pode estar envolvida na baixa tolerância à glicose e a diabetes mellitus em indivíduos com a
síndrome de Williams-Beuren.
O gene VPS37D (MIM 610039) codifica uma proteína vacuolar homóloga a
proteínas endossomais de transporte, que desempenha, dentre outras, a função de deformação
159
da membrana endossomal504. O gene WBSCR22 (MIM 615733), que codifica uma proteína
com sinal de localização nuclear típica de metiltransferases, encontra-se altamente expresso
no coração, músculos esqueléticos, rim e testículo505. Jangani et al.506 concluíram que esse
gene regula a estrutura da cromatina e afeta o recrutamento e a função dos receptores de
glicocorticoides, sugerindo uma contribuição para a perda de sensibilidade aos
glicocorticóides em inflamações.
O gene STX1A (MIM 186590), altamente expresso no cérebro, codifica um
membro da superfamília da sintaxina, proteínas específicas do sistema nervoso implicadas no
encaixe de vesículas sinápticas com a membrana plasmática pré-sináptica. Tropeano et al.507
examinando a associação de SNPs nesse gene com formas de enxaqueca, reforçam a hipótese
do mesmo determinar susceptibilidade a essa condição.
Os genes CLDN3 (MIM 602910) e CLDN4 (MIM 602909) codificam proteínas
chamadas claudinas, importantes para a formação de junções de células epiteliais, que
regulam o movimento de solutos e íons através do espaço existente entre as células 508.
O gene WBSCR27 (MIM 612546), também conhecido por METLL27, codifica
proteína pertencente à família de ubiE/COQ5 metiltransferase. Já o gene WBSCR28 (MIM
612547), altamente expresso em testículos, pode estar envolvido em câncer de próstata,
segundo Prescott et al.509. Maicher et al.510, comparando níveis de expressão de diversos
genes incluindo o WBSCR28 em indivíduos com e sem azoospermia obstrutiva idiopática,
observaram que há uma regulação positiva desse gene no primeiro grupo, sugerindo-o como
biomarcador em potencial para essa condição.
O gene ELN (MIM 130160), que codifica as fibras elásticas da matriz extracelular
em todo o corpo, é o mais crítico e extensivamente explorado na origem da síndrome de
Williams-Beuren. A hemizigosidade do gene ELN nesta condição contribui para o
desenvolvimento de anormalidades cardiovasculares e do tecido conjuntivo, como a estenose
aórtica supravalvar, hérnias (como observada na paciente P152), divertículo da bexiga ou do
intestino e cutis laxa511. Wan et al.512 postularam que a hemizigosidade do gene ELN aumenta
a susceptibilidade para o desenvolvimento de enfisema pulmonar em indivíduos com a
síndrome de Williams-Beuren, uma vez que a elastina é o componente chave das fibras
elásticas e progressivamente destruída nesta doença pulmonar obstrutiva crônica.
Recentemente, Wojcik et al.513 descreveram o segundo caso de enfisema pulmonar em
portadores da síndrome de Williams-Beuren, fornecendo evidências adicionais de que esta
160
doença deve ser considerada em pacientes com a síndrome e sintomas respiratórios, pois
pode não ser reconhecida nesses pacientes.
O gene LIMK1 (MIM 601329) codifica uma proteína reguladora da polimerização
da actina via fosforilação. Essa proteína é expressa de forma ubíqua durante o
desenvolvimento e atua em muitos processos celulares associados à estrutura do
citoesqueleto. Ela também estimula o crescimento do axônio e pode ter participação no
desenvolvimento cerebral. A haploinsuficiência desse gene está relacionada à cognição
514-516
construtiva visuoespacial, comprometida na síndrome de Williams-Beuren .
O gene EIF4H (MIM 603431) tem expressão ubíqua e codifica um dos fatores de
iniciação da tradução, estimulando o início da síntese proteica517. Sua superexpressão se
relaciona ao carcinoma de pulmão sendo, segundo Vaysse et al.518, um alvo em potencial para
terapia desse tipo de câncer, fato corroborado por Bai et al.519.
O gene LAT2 (MIM 605719) codifica uma proteína adaptadora, expressa em
linfócitos B e células mieloides, que funciona como regulador da ativação de mastócitos.
Thomé et al.520 estudando o papel dessa proteína em leucemias, concluíram que pode ser
usada como alvo para o desenvolvimento de medicamentos antineoplásicos, tendo em vista
que o decréscimo das suas concentrações diminuiu a proliferação celular e aumentou a
sensibilidade ao alquifosfolipídeo, um indutor de apoptose em células leucêmicas.
O gene RFC2 (MIM 600404) que codifica proteína de reparo de DNA, juntamente
com outros genes (CDK7, DDB2, RNH1 e FAH), foi testado e validado, a partir de seus níveis
de expressão, sendo classificado entre os genes que podem auxiliar no estabelecimento do
prognóstico para pacientes com glioblastoma multiforme, o tipo mais comum de tumor
cerebral maligno em adultos521.
A proteína codificada pelo gene CLIP2 (MIM 603432) pertence à família das
proteínas ligantes citoplasmáticas, que foram propostas para mediar a interação entre
organelas membranosas específicas e microtúbulos. Altamente expresso no cérebro, esse gene
tem sido relacionado às alterações cognitivas e motoras observadas em indivíduos com a
síndrome de Williams-Beuren522.
O gene GTF2IRD1 (MIM 604318) codifica uma proteína que atua como fator de
transcrição, estando envolvido no desenvolvimento cognitivo e craniofacial 523,524. Howard et
al.525, estudando alterações nesse gene em modelos animais, concluiram que a insuficiência da
proteína GTF2IRD1 contribui para as anormalidades do desenvolvimento facial, e das
161
funções motoras, e ainda para os distúrbios comportamentais que acompanham a síndrome de

Williams-Beuren.
Por fim, o gene GTF2I (MIM 601679) codifica um fator de transcrição que se liga
a elementos promotores de diversos genes, sendo considerado um candidato em potencial
entre as causas de ansiedade, característica também comum da síndrome de Williams-
Beuren526,527.
Segundo a base de dados DECIPHER, há cerca de 90 descrições de alteração
envolvendo a região alterada na paciente P152. Desse grupo, há descrição de sinais clínicos
para 50 indivíduos. Comparando essas informações com as características apresentadas pela
paciente, micrognatia, lábios volumosos e hérnia umbilical foram os achados mais comuns,
além da própria DI.

Paciente do sexo masculino, encaminhado aos 23 anos devido a deficit intelectual
de causa não esclarecida, filho de casal jovem e não consanguíneo; o único irmão teve
dislexia leve, sem comprometimento cognitivo ou outras alterações. Sem antecedentes
familiais e gestacionais relevantes. Parto cesáreo, com peso 2.780 g; comprimento 45 cm;
perímetro cefálico 33,5 cm, Apgar 6/9. Evoluiu com atraso do desenvolvimento, mais
significativo de fala, e crises convulsivas tônico-clônicas. Apresenta prolapso mitral, refluxo
valvar mitral e tricúspide mínimo.
Ao exame físico, observados face alongada, frontal algo abaulado, sobrancelhas
esparsas e retificadas, olhos de localização mais profunda, micrognatia discreta, comissuras
bucais desviadas para baixo, filtro apagado, palato alto, orelhas de implantação baixa e
inclinada, pescoço algo alargado, polegares levemente aduzidos, eversão peno-escrotal
parcial, escoliose e tremor de extremidades.
Na investigação complementar, radiografia de tórax e EEG sem alterações; RM-
encefálica mostrou aumento do diâmetro ântero-posterior e redução do diâmetro biparietal do
crânio, proeminência dos sulcos corticais, cisternas da base e fissuras com aspecto não
habitual para a faixa etária do paciente, sinais de redução discreta do hipocampo esquerdo
com proeminência dos sulcos adjacentes e sinais de má rotação do mesmo.
O teste de microarray foi realizado por meio da plataforma CS3000 da
Affymetrix e chip CytoScan® 750K Cytogenetics Solution, que contem 750.000
162
oligonucleotídeos distribuídos por todo o genoma humano, sendo composto por 200.000 SNP
e 550.000 marcadores não polimórficos. Pela análise do teste foram observadas duplicações
em 6p11.2 e 10q26.3.
A duplicação de 421 kb em 6p11.2 (6:57349434_57770309) contem um gene
(PRIM2). Já a duplicação em 10q26.3, com 143 kb (10:135252931_135396275) inclui três
genes (CYP2E1, SYCE1 e SPRN) (Figuras 71 e 72; Tabela 30).

(421 kb em 6p11.2) (https://decipher.sanger.ac.uk/). Barras em tons de azul representam
163

(143 kb em 10q26.3) (https://decipher.sanger.ac.uk/). Barras em tons de azul representam
Localização
Gene Nome OMIM
cromossômica
PRIM2 7:57179603-57513375 Primase (DNA) subunit 2 176636
CYP2E1 10:135333910-135374724 Cytochrome P450, subfamily IIE 124040

Synaptonemal complex central element
SYCE1 10:135367404-135382876 611486
protein I
SPRN 10:135234170-135382916 Shadow of prion protein 610447
O gene PRIM2 (MIM 176636) codifica uma proteína envolvida no metabolismo

de purinas e pirimidinas e em processos como replicação e transcrição gênica, sendo crucial
para o desenvolvimento e crescimento normais528,529. Sofre processo de imprinting - estando
ativo no alelo materno - e se expressa em diversos tecidos, como encefálico, muscular,
hepático, sanguíneo e placentário530,531.
164
O gene CYP2E1 (MIM 124040) codifica uma enzima envolvida no metabolismo

de drogas, hormônios e toxinas, com forte expressão no fígado e mais baixa em tecidos extra-
hepáticos532. Polimorfismos nesse gene têm sido relacionados a neoplasias induzidas por
agentes químicos e hepatopatia alcoólica, principalmente cirrose, sendo, portanto, importantes
na determinação do risco relativo de hepatotoxicidade mediada por álcool, câncer ou
suscetibilidade à toxicidade medicamentosa533. Por essas características, ele vem sendo
estudado no contexto da farmacogenômica, sendo recomendada a detecção de CNVs
previamente à administração de medicamentos534,535.
O gene SYCE1 (MIM 611486) codifica um dos membros do complexo
sinaptonêmico, ligando os cromossomos homólogos durante a prófase I da meiose, atuando
no processo recombinação genética536. Níveis elevados de expressão desse gene são
encontrados em próstata, testículos, ovários, placenta e cérebro. Variantes alélicas já foram
descritas em indivíduos com insuficiência ovariana primária e azoospermia não obstrutiva537-
539
.
Por fim, o gene SPRN (MIM 610447) encontra-se expresso em diversos tecidos,
com predominância no cérebro540. Codifica uma proteína extracelular e GPI ancorada que
atua na proteção celular contra a toxicidade induzida pelo estresse541. Variantes neste desse
gene têm sido relacionadas à suscetibilidade para a doença de Creutzfeldt Jakob, uma variante
da doença priônica542.
Segundo busca à base de dados DECIPHER, há registro de duplicação
concomitante em 10q26.3 e 6p11.2, com características similares às observadas no paciente
P158, incluindo atraso de desenvolvimento/DI e de fala, convulsões, implantação baixa de
orelhas, palato alto e escoliose, entre outros.

Paciente do sexo masculino, nascido em 19/02/2004,encaminhado por atraso do
desenvolvimento neuropsicomotor e distúrbio de comportamento com traços autistas. É o
segundo filho de casal não consanguíneo; irmão mais velho hígido; referidos tio-avô materno
com distúrbio psiquiátrico, primo em 2º grau (lado materno) com epilepsia e primo em 3º grau
(lado materno) com hidrocefalia, falecido no período neonatal, sem outros antecedentes
familiais relevantes. Sua mãe é hipertensa e fez tratamento com medicação não especificada
durante a gestação; desenvolveu edema e pré-eclâmpsia no 7o mês, sendo internada por 21
165
dias até a indicação de cesárea no 8o mês. Nasceu em condições satisfatórias, com peso 3.500
g e comprimento 49 cm; sem intercorrências neonatais. Evoluiu com atraso do
desenvolvimento; andou aos 24 meses e chegou a pronunciar algumas palavras aos 12 meses,
porém parou logo após, reiniciando aos quatro anos; sem controle esfincteriano; nunca teve
convulsões, porém usa carbamapezina, segundo a mãe, pelo comportamento agitado.
Ao exame físico, com quatro anos, foram observados peso de 29,2 kg (P>97);
estatura de 113,5 cm (P75-P97); perímetro cefálico 53 cm (P50-P98); obesidade, orelhas
proeminentes, filtro longo e lábio superior fino, mamilos invertidos, hiperextensibilidade
articular em dedos e três manchas café com leite em flanco direito.
Foram realizados BERA, TC de crânio, eletroencefalograma, ecocardiograma,
ultrassonografia de abdômen total, cromatografia de aminoácidos na urina e avaliação
oftalmológica, todos sem alterações relevantes.
Em investigação complementar, realizada análise dos genes FMR1 e SNRPN, com
resultados normais, sendo afastadas as síndromes do X-frágil e de Prader Willi/Angelman, no
caso das duas últimas, considerando ocorrência de deleção ou dissomia uniparental.
O teste de microarray foi feito pela plataforma CytoSure Constitutional v3
4x180k (Agilent), que contem 180.000 sondas. Pela análise do teste foi observada duplicação
em 12p13.2p13.1, arr[hg19] 12p13.2p13.1(12203966_12868098)×3, que possui 664 kb e
inclui oito genes codificantes (Figura 70; Tabela 31108).

da região deletada na paciente P284, com os genes incluídos nessa alteração mostrados abaixo
166
(664 kb em 12p13.2p13.1) (https://decipher.sanger.ac.uk/). Barras em tons de azul

representam ganhos; em tons de vermelho representam perdas de sequências.
Localização
Gene Nome OMIM
cromossômica
CDKN1B 12:12867992-12875305 Cyclin dependent kinase inhibitor 1B 600778
GPR19 12:12813825-12849141 G protein-coupled receptor 19 602927
cAMP responsive element-binding
CREBL2 12:12764761-12798042 603476
protein-like 2
DUSP16 12:12628829-12715317 Dual specificity phosphatase 16 607175
LOH12CR1 ou
12:12510013-12619840 BLOC-1 related complex subunit 5 616598
BORCS5
Low Density Lipoprotein receptor-
LRP6 12:12268959-12419946 603507
related protein 6
BCL2L14 12:12202778-12364018 BCL2 like 14 606126
O gene CDKN1B (MIM 600778) codifica um importante regulador de progressão

de ciclo celular. Seu produto é um inibidor de quinase dependente de ciclina que bloqueia o
ciclo celular na fase G0/G1, após sinais de diferenciação celular, regulando também a
mobilidade celular e a apoptose. Alterações nesse gene foram observadas em amostras de
tumores neuroendócrinos do intestino543-544. Além disso, Grey et al.545 descreveram um
paciente do sexo masculino com deleção materna e atraso do desenvolvimento, sugerindo-o
como gene candidato para esse fenótipo.
O gene GPR19 (MIM 602927) codifica uma proteína incluída no grupo dos
receptores acoplados à proteína G (GPCR), cuja função ainda não foi elucidada totalmente546.
Kastner et al.547 observaram super-expressão desse gene em amostras de carcinoma pulmonar
de pequenas células, embora suas funções biológicas não tenham sido completamente
elucidadas.
O gene CREBL2 (MIM 603476) codifica uma proteína reguladora de atividade
transcricional CREB1, envolvida na diferenciação de células adiposas. Outra função atribuída
a essa proteína é a regulação do ciclo celular. A observação de deleções envolvendo esse gene
em células cancerosas também sugere que a proteína seja um supressor tumoral 548.
167
O gene DUSP16 (MIM 607175) codifica uma proteína pertencente a uma classe
de DUSPs, designadas MKPs, que atuam em cascata, mediando vários processos fisiológicos,
como proliferação, diferenciação celular e apoptose549. Já o gene LOH12CR1 (MIM 616598)
codifica uma proteína do complexo BLOC1 (ou BORC), associada à regulação do
posicionamento do lisossoma na célula550.
O gene LRP6 (MIM 603507) por sua vez codifica um membro da família dos
receptores de lipoproteínas de baixa densidade (LDLR), que são proteínas da superfície
celular envolvidas na endocitose mediada pelo receptor de ligantes específicos. Mutações
nesse gene foram relacionadas a atraso no processo de ossificação ao nascimento e massa
óssea baixa em adultos551, doença arterial coronária precoce e síndrome metabólica552,553,
além de agenesia dentária seletiva554.
O gene BCL2L14 (MIM 606126) codifica um membro da família das proteínas
BCL2, que atuam como reguladores anti ou proapoptose, em uma variedade ampla de
atividades celulares. A expressão aumentada desse gene tem sido relacionada à indução de
apoptose celular555.
Segundo a base de dados DECIPHER, há pelo menos 20 relatos de duplicação em
12p13.2p13.1, com descrição de algumas características observadas no presente caso, como
autismo (ID 274364), atraso do desenvolvimento (IDs 295002, 296420, 270414, 267792,
249683), deficiência intelectual (IDs 284998, 287287), ausência de fala (ID 295002) e
obesidade (ID 287287), entre outros. Entretanto, exceto pelo gene CDKN1B, cuja morbidade
já foi observada, ainda não foi estabelecida uma correlação genótipo-fenótipo considerando os
demais genes envolvidos na duplicação.
4.6. Outros resultados

Como os indivíduos que compõem a presente casuística e não tiveram resultados
alterados têm a oportunidade de seguirem em investigação no mesmo grupo de pesquisa – por
meio do projeto de mestrado da aluna Pamela Pontes Henrique – assim como de grupos
colaboradores no DGM-FCM/UNICAMP, sete deles deram continuidade à investigação
diagnóstica por diferentes exames, pelos quais foi possível identificar alterações genômicas,
que são apresentadas na Tabela 32, onde constam o tipo de alteração encontrada (perda ou
ganho em cada região), o tamanho das mesmas, a localização específica de acordo com o
braço cromossômico (p ou q), banda e sub-banda e o método investigativo.
168
Tabela 32. Alterações presentes nos seis indivíduos da casuística, com resultado por MLPA
subtelomérico dentro da normalidade e que foram submetidos a outros protocolos
investigativos.
Paciente Região cromossômica Evento Tamanho Citobanda Método
1
P13 Chr X. gene HUWE ex61 ganho - p11 MLPA
P242 Chr12:131963230_132479079 ganho 500 kb q24.33 aGH
1
P139 Chr X. Gene SLC6A8 éxon 9 ganho ~790 kb q28 MLPA
Gene GDI1 éxon 1 e 7
P1632 Chr22:19179473_21024663 perda ~2 Mb q11.2 MLPA
P1682 Chr16:32860753_33815401 ganho 955 kb p11.2 aGH
P1802 Chr2:230779356_235312634 perda 4,53 Mb q36.3-q37.1 aGH
1. Henrique, PP (2015)
2. Grupo de pesquisa da Profª Vera Lúcia Gil da Silva Lopes (comunicação pessoal)
169
5. CONCLUSÕES
Considerando os resultados obtidos neste trabalho, pode-se concluir que:
 Conforme a caracterização clínica dos indivíduos, houve predomínio do sexo masculino;

recorrência familial de DI em mais de 60% dos casos; idade dos genitores por ocasião do
nascimento similar a da população geral; taxa média de casamentos consanguíneos e
coeficiente de endocruzamento superiores aos valores de referência; registro de eventos
gestacionais e perinatais relevantes em quase 50% dos casos, sugerindo eventual
contribuição de fatores ambientais; e crises convulsivas com frequência superior a
estimada na população geral (1%).
 A triagem por MLPA para pesquisas de alterações subteloméricas relacionadas à DI
identificou alterações em 37 casos, 22 delas confirmadas, com elucidação de 7,3% dos
casos, percentual similar ao registrado na literatura.
 A ampliação da análise a outras regiões do genoma, pelas técnicas de microarray e
sequenciamento do exoma, permitiu identificar variantes genômicas em todos os casos
concluídos, as quais explicam total ou parcialmente as manifestações clínicas observadas,
conforme a literatura e bancos de dados públicos para registro de variações genômicas
humanas e fenótipos associados, confirmando a relevância desses dois métodos para a
identificação e a compreensão dos mecanismos patogênicos da DI e justificando sua
inclusão nos algoritmos de investigação dessa condição.
 Considerando as 40 alterações identificadas pelas três técnicas utilizadas, em 36 dos 300
casos (12%) foi estabelecida correlação genótipo-fenótipo, corroborando o diagnóstico
laboratorial.
 Conforme verificado na literatura, a aplicação desses métodos, incluídos nos algoritmos
atuais de investigação diagnóstica da DI, se mostram efetivos e complementares,
ampliando consideravelmente as perspectivas de determinação do diagnóstico etiológico
dessa condição, com destaque para o microarray como método de 1ª linha na investigação.
170
6. CONSIDERAÇÕES FINAIS
A DI é considerada problema de saúde pública, por sua prevalência e

consequências negativas para a produtividade e relações sociais, além do aumento na
demanda por serviços médicos e educacionais especializados. No Brasil ao menos 1,4% da
população possui deficiência intelectual, provavelmente correspondendo a subestimativas,
tendo em vista os índices propostos para países em desenvolvimento. Mesmo para a parcela
que consegue encaminhamento para serviços de genética clínica, o diagnóstico etiológico
permanece um desafio, tendo em vista o percentual considerável de casos que permanece de
origem indeterminada.
Entretanto, a aplicação dos algoritmos atuais de investigação diagnóstica em
países em desenvolvimento como o Brasil ainda é limitado e depende de apoio logístico para
estruturação dos centros e serviços que atuam na área, além de suporte financeiro, os quais, na
atual conjuntura nacional e ainda frente a outras tantas demandas na área de Saúde, acabam
não acontecendo. Tal situação aumenta as proporções já desafiadoras desse processo e
estimulam a busca por alternativas viáveis, como ocorreu no desenvolvimento desse projeto,
permitindo que um contigente significativo de indivíduos acompanhados no Serviço de
Genética Clínica da FCM-Unicamp fosse investigado e que parte deles tivesse o diagnóstico
etiológico da DI estabelecido.
171
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204
8. ANEXOS
8.1. Aprovação do Comitê de Ética em Pesquisa com Seres Humanos

205
206
8.2. Termo de Consentimento Livre e Esclarecido
Universidade Estadual de Campinas

Faculdade de Ciências Médicas (FCM)
Departamento de Genética Médica
Título do projeto: AMPLIAÇÃO DA INVESTIGAÇÃO GENÉTICA EM INDIVÍDUOS COM DEFICIÊNCIA INTELECTUAL DE ORIGEM
INDETERMINADA: ASSOCIAÇÃO DE ESTRATÉGIAS CITOGENÉTICAS E MOLECULARES.
Responsáveis: Carolina Rodrigues Lincoln de Carvalho, Pamela Pontes Henrique, Antonia Paula Marques de Faria e Maricilda P. de Mello.
Eu entendo que eu fui ou meu/minha filho(a) foi convidado(a) a participar de projeto de pesquisa envolvendo pessoas com deficiência
intelectual (DI) ou atraso do desenvolvimento neuromotor de causa não esclarecida. O objetivo geral do estudo é investigar alterações nos
cromossomos pelas técnicas de MLPA e aGH.
Concordando em participar, responderei perguntas sobre nosso histórico familial e médico. Será coletada uma amostra de sangue de
meu/minha filho(a) e, quando necessário, minha e do(a) pai(mãe). A amostra terá de 10 a 15 ml (ou uma colher de sopa); a coleta será
feita por profissional habilitado, em geral no braço; os riscos são mínimos, como dor e manchas roxas (equimoses) no local. Conforme os
resultados, será feita outra coleta para confirmação.
Fui informado(a) que a única vantagem dessa participação será conhecer uma possível alteração nos cromossomos do meu filho(a) ou
mesmo nos meus, a qual poderá se relacionar ao problema que ele(a) apresenta. Sendo encontrada alguma alteração, logo serei
comunicado(a) e orientado(a) sobre as consequências da mesma. A esse respeito, fui informado(a) que na rotina do atendimento do
Serviço de Genética Clínica do HC-UNICAMP é realizado o aconselhamento genético, por médicos especialistas em Genética Médica e que,
caso tenha interesse, serão agendadas consultas específicas para complementar esse procedimento, que inclui explicações detalhadas
sobre a condição genética que meu filho(a) apresenta, as alternativas para melhorar seu desenvolvimento e qualidade de vida, prevenir
eventuais complicações relacionadas a seu problema e ainda as chances de recorrência em outros familiares. Em caso de dúvida, a
qualquer momento poderei contatar a FCM-UNICAMP, na pessoa da Dra. Antonia Paula Marques de Faria (fones: 19-3521.8908 ou
3521.8907).
Estou ciente que a participação é voluntária e não haverá nenhuma despesa, pois a coleta será feita durante consultas regulares no
HC-UNICAMP. Posso recusar ou retirar meu consentimento e interromper a participação do meu/minha filho(a) a qualquer momento
(incluindo a retirada da amostra de sangue), sem interromper os cuidados médicos que ela(a) recebe ou receberá nesse hospital. Entendo
que toda informação médica, assim como os resultados deste estudo serão sigilosos; se resultados, informações e fotografias forem
utilizados em publicação científica, não serão identificados de qualquer forma.
Confirmo que a Dra. Antonia P. Marques de Faria ou o(a) médico(a) responsável Dr.(a).____________________ explicou objetivos e
procedimentos, além de riscos ou desconfortos advindos deste projeto. Li, ou me foi explicado, e compreendi este formulário e concordo
com a participação de meu/minha filho(a). Assinarei duas vias deste termo, uma ficará comigo e outra com os pesquisadores responsáveis.
Em caso de dúvidas ou reclamações, fui informado que poderei contatar o Comitê de Ética da FCM-UNICAMP, Rua Tessália Vieira de
Camargo, 126 – CEP 13083-887 Campinas, SP; fones:19-3521.8936 ou 3521-7187, e-mail: cep@fcm.unicamp.br.
AUTORIZAÇÃO PARA ARMAZENAMENTO DA AMOSTRA

( ) Concordo em participar desta pesquisa, porém NÃO AUTORIZO o armazenamento do material biológico, que deverá ser
descartado ao final da mesma.
( ) Concordo em participar desta pesquisa e AUTORIZO o armazenamento do material biológico, mediante o meu consentimento a
cada nova pesquisa, que deverá ser aprovada pelo CEP institucional e, se for o caso, pela CONEP.
( ) Concordo em participar desta pesquisa e AUTORIZO o armazenamento do meu material biológico, dispensando o meu
consentimento a cada nova pesquisa, desde que a mesma seja aprovada pelo CEP institucional e, se for o caso, pela CONEP.
______________________________________________ _____________________________
Nome do sujeito da pesquisa RG
______________________________________________ _____________________________
Nome do responsável legal RG
____________________________________________________ ___________________________________
Assinatura do sujeito da pesquisa ou responsável legal Local e Data
RESPONSABILIDADE DO PESQUISADOR
Eu expliquei o objetivo deste estudo, os procedimentos requeridos e os possíveis riscos que poderão advir da pesquisa e me
comprometo a fornecer uma cópia deste formulário de consentimento ao responsável pelo(a) participante.
_______________________________________ ____________________ ____________________________

Nome e assinatura do pesquisador RG Local e Data
207
8.3. Protocolo padrão - MLPA (Lincoln-de-Carvalho, 2009)
Data: __/__/____ Operador(es): ________________
Kit lote nº ____________
Tabela 1.: Pacientes estudados Diluição

50ng/µL
Nº Paciente (nome) Kit Conc. DNA TE Vol. Final RES.

MLPA DNA (µL)
1. Desnaturação e hibridização das sondas SALSA MLPA (DIA 1)
a. Diluir as amostras de DNA (20 – 500 ng DNA) em TE para a concentração desejada. ( )

b. Acrescentar 2 µL de TE em tubos novos. ( )
c. Colocar 3 µL de DNA (na concentração desejada) em cada tubo. ( )
d. Acertar no termociclador o Programa MLPA 1. ( )
e. Desnaturar as amostras a 98ºC por 5 min; resfriar para 25ºC, antes de abrir o termociclador
(opcional retirar as amostras da máquina). ( )
f. Preparar a solução de Anelamento. ( )
Solução de Anelamento
Reagente Para 1 reação Para 8 reações
Probe Mix (tampa preta) 1,5 µL 12 µL
Salsa Buffer (tampa amarela) 1,5 µL 12 µL
Total 3,0 µL 24 µL
g. Adicionar 3,0 µL da solução de Anelamento em cada tubo. ( )

h. Misturar com cuidado. Incubar a 95ºC por 1 min e em seguida, a 60ºC overnight (entre 16 e
20hs). ( )
2. Reação de ligação (DIA 2)
i. Reduzir a temperatura do termociclador para 54ºC. ( )

j. Preparar o Mix ligase-65. ( )
Mix ligase-65 (pode ser preparado com até uma hora de antecedência, estocando-o em gelo)
208
Reagentes Para 1 amostra Para __ amostras

Água deionizada
Ligase-65 buffer A (tampa transparente)
Ligase-65 buffer B (tampa branca)
Ligase-65 (tampa verde)
Total
k. Adicionar 32,0 µL do Mix ligase-65 em cada tubo, misturando-o bem. ( )

l. Incubar a 54ºC por 15 min e, em seguida, aquecer a 98ºC por 5 min e 20ºC até que seja
retirado da máquina. ( )
3. Reação de PCR (DIA 2)
Obs.: Protocolo novo, a partir de Jun/2011 (atenção para a marcação no tubo de Mix Primer
PCR MLPA).
Obs.: Pode ser feito em temperatura ambiente.
m. Passe o SALSA PCR primer Mix no vortex antes de usar. Acondicione a Polimerase por
10s na mão para diminuir a viscosidade. ( )
n. Preparar o Mix SALSA. ( )
Mix SALSA Polimerase

Reagentes Para 1 amostra Para _ amostras
Água deionizada 7,5 µL
SALSA PCR primer mix (tampa marrom) 2,0 µL
SALSA Polimerase (tampa laranja) 0,5 µL
Total 10,0 µL
o. Em temperatura ambiente, adicionar e homogeneizar gentilmente 10,0 µL do Mix SALSA

em cada tubo. ( )
p. Acertar no termociclador o Programa MLPA 2. ( )
Programa de PCR: 95ºC por 30 seg

60ºC por 30 seg
72ºC por 1 min (35 ciclos)
72ºC 20 min
15ºC “for ever” ∞
q. Retirar os tubos do termociclador.

r. Preparar a solução de corrida (para separação dos fragmentos de amplificação por
eletroforese), segundo protocolo específico do aparelho de eletroforese capilar.
s. Estocar as reações em refrigerador (para armazenamento em curto período) ou freezer
(longos períodos).
t. Realizar a análise das corridas, utilizando o programa compatível com o sequenciador
utilizado, seguido do Coffalyser ou planilha específica para cada kit.
209
Anexo 8.4. Artigo
SUBTELOMERIC 6P DELETION: CASE REPORT AND REVIEW EMPHASIZING

CEREBRAL, OPHTHALMIC AND SKELETAL FEATURES.
Lincoln-de-Carvalho1,2, Carolina; Moreno1, Carolina; Sgardioli1, Ilária Cristina; Gil-da-Silva-

Lopes1, Vera; de Mello2, Maricilda; Marques-de-Faria1, Antonia.
1
Departamento de Genética Médica, Faculdade de Ciências Médicas (FCM),
Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP), Campinas, SP, Brazil.
2
Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética, Universidade Estadual de
Campinas (UNICAMP), Campinas, SP, Brazil.
RESUMO
Relatamos o caso de um paciente com deleção 6p24-6pter de novo apresentando atraso do
desenvolvimento, deficiência intelectual, distúrbio de linguagem, dismorfismos craniofaciais
e anomalias oculares, que estão entre as principais manifestações da síndrome da deleção 6p.
Esses aspectos são destacados, em particular os relacionados a caraterísticas neurológicas,
oftalmológicas e esqueléticas, visando contribuir para o delineamento do espectro fenotípico
dessa condição.
Palavras-chave: deleção 6p, MLPA, FISH, Deficiência Intelectual
ABSTRACT
We report one patient bearing a de novo 6p24-6pter deletion associated with developmental
delay/intellectual disability, language impairment, craniofacial dysmorphisms, structural eye
abnormalities, which are among the main clinical features of the subtelomeric 6p deletion
syndrome. Some clinical aspects are emphasized; particularly those related to cerebral,
ophthalmic and skeletal features, in order to better characterize the phenotypic spectrum of
this condition.
KEY-WORDS: 6p deletion, MLPA, FISH, Intellectual Disability
INTRODUCTION
The 6p subtelomeric deletion currently corresponds to a recognizable phenotype 1-5 due to
advances in molecular methods, such as fluorescent in situ hybridization (FISH), Multiplex
Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA) and array genomic Hybridization (aGH).
210
Here we report a Brazilian male patient with a de novo terminal 6p deletion detected by
MLPA subtelomeric screening using FISH as a confirmation method. Main clinical features
identified in the patient are presented here in order to contribute to the understanding of
phenotypic spectrum of this condition.
CLINICAL REPORT
This male patient was the only child of healthy and unrelated parents, both were 35 years old
by the time of his birth; the family history was unremarkable. During pregnancy, the mother
smoked and reported a slight vaginal bleeding in the first trimester, without other
abnormalities. He was born at term by cesarean section; his birth weight was 3,800 g (50-90th
centile), length was 51 cm (50th centile) and occipital-frontal-circumference (OFC) was 36 cm
(50-90th centile) and there was no report of neonatal complications. Hypotonia and global
developmental delay were observed in the first year. Subsequently, learning disabilities and
intellectual disability were noticed. At 18 years of age, his weight was 76.4 kg (90-97th
centile), height 165.5 cm (3rd-10th centile), and OFC 56.5 cm (50th centile). He showed flat
occiput, brachycephaly, high forehead, hypertelorism, down-slanting palpebral fissures, mild
ptosis and proptosis, midface hypoplasia, high nasal bridge, everted lower lip, high palate,
low-set and dysmorphic ears, short neck (Figure 1), scoliosis, short fingers, hallux valgus,
asymmetry of lower limbs length (right<left), penile hypoplasia, bilateral single transverse
palmar crease and diffuse lentigines. Ophthalmologic examination showed bilateral posterior
embryotoxon with anterior synechia, diffuse pallor of optic papilla, retinal pigment epithelial
atrophy and vascular tortuosity. Brain MRI at age of 12 years evidenced a thin corpus
callosum and falx cerebri, besides diffuse white matter hyperintensity suggesting
leukoencephalopaty, particularly in periventricular regions. The skeletal survey identified
cervical rib, thoracolumbar scoliosis, short and broad femoral neck and bilateral hip
epiphysiolysis; scanometry of lower extremities showed a difference of 3.2 cm between right
and left members. Echocardiogram, renal ultrasound and thyroid function were normal.
MATERIALS AND METHODS

Subject
The study was approved by the Ethical Commitee and written informed consent was obtained
from patient’s parents.
211
Karyotype and MLPA analyses

Routine chromosome analysis showed a normal male karyotype (46,XY). Genomic DNA was
screened for subtelomeric rearrangements by MLPA using the “SALSA P036-E1 and SALSA
P070-A2 human telomere test kits”, according to the manufacturer’s instructions (MRC-
Holland, Amsterdam, the Netherlands) and carried out as described by Schouten et al.6 with
minor modifications. Capillary electrophoresis was performed on an ABI-PRISM 3500-XL
Genetic Analyzer (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA) and analyzed by a spreadsheet
based on Microsoft Excel® (Microsoft Corporation, Washington DC, USA).
FISH analyses
The chromosome abnormality identified by MLPA analysis was validated by FISH analysis
on cultured peripheral blood lymphocytes using commercial 6p subtelomeric FISH probes
(Aquarius®/Cytocell®), following standard protocols. FISH analysis was carried out for both
parents as well.
RESULTS
MLPA subtelomeric analysis demonstrated a terminal deletion on 6p (Figure 2). FISH
analysis on cultured peripheral blood lymphocytes using commercially subtelomeric FISH
probes (Aquarius®/Cytocell®) for 6p confirmed the deletion indicating the breakpoint at
band 6p24 (LPT 06PR/G) (Figure 3). Therefore, the propositus’ karyotype is
46,XY,del(6)(p24).ish del(6)(pter)(62I11-). FISH analyses for both parents using same
subtelomeric probes resulted in normal signals (data not shown), indicating a de novo
deletion.
DISCUSSION
Similar clinical phenotypes encompassing interstitial either deletions within the 6p22-p24
region or terminal deletion involving the 6p24-6pter region has recently been outlined7,8.
Developmental delay/intellectual disability, language impairment, hearing loss, craniofacial
dysmorphisms, including prominent forehead, hypertelorism, midface hypoplasia,
ophthalmologic abnormalities ocular such as malformation of the anterior eye chamber are
among the main clinical features of this condition 4,5,8-10. Although more than 30 cases with
deletions involving the 6pter region have already been reported, it is worth to mention here
212
that part of them has resulted from complex rearrangements, which certainly determine an
overlap of phenotypes, hampering the genotype-phenotype correlation on the ‘pure’ 6p
deletion4,11,12.
A summary of clinical findings is presented on Table 1, covering a literature review1-3,5,8-10,12-
20
and the one described here. It should be noted that they share most conspicuous features as
developmental delay and ocular and craniofacial abnormalities.
Ocular anomalies, especially those in the anterior chamber, are major features of 6p terminal
deletions when the critical 6p25 region that contains the FOXC1 gene, a transcription factor
involved in anterior chamber development, is included 21,22. Retinal abnormalities have been
also described, including a case with crescentic hyperpigmentation reported by Gould et al.23.
Besides embryotoxon posterior defect in the anterior chamber, the patient described here also
showed evident retinal abnormalities, with atrophy and diffuse pallor of optic papilla.
Regarding these findings, it is probable the involvement of ELOVL2 gene located in the 6p24
region, which belongs to the elongation of very long chain fatty acids (ELOVL) gene family.
In animal models, the Elovl2 expresses at retina in a very high level 24 and mutations in the
human ELOVL4 gene were identified in cases of Stargardt-like macular dystrophy and
autosomal dominant macular dystrophy25. Those findings pointed to the possibility that
mutations in other genes within the ELOVL family would be able to produce retinal
abnormalities. Therefore, it seems plausible to infer that haploinsufficiency of ELOVL2 gene
might potentially cause retinal abnormalities in a patient with 6p terminal deletion.
Brain anomalies formerly reported in patients with 6p deletion including hydrocephalus and
Dandy-Walker malformation highlight the clinical overlap with the Cranio-Cerebello-Cardiac
(or 3C) syndrome4. The MRI findings such as white matter T2 signal hyperintensities and thin
corpus callosum observed in the present patient had been described previously in at least one
case of 6p deletion17. In that report, the MRI was performed at the age of 13 months and there
was no evidence of lesion progression after one year, when a second MRI showed only a
slight increase in the white matter signal abnormalities. By the time of the report, the patient
was six years old, presented mild developmental delay without neurological regress and
metabolic tests for leukodystrophies were negative. The authors suggested that some genes
responsible for normal white matter development could be located at 6p terminal region. A
similar pattern of white matter abnormality observed in the case we present here reinforces
this hypothesis and suggests that a nonprogressive leukoencephalopathy may be an additional
abnormality in the central nervous system presented by individuals with 6p terminal deletion,
213
besides corpus callosum hypoplasia17. Caluseriu et al.20 reported a different case of white
matter changes in an adult with 6p25 deletion syndrome and schizophrenia. They described
that MRI at age 36 showed diffuse moderate supratentorial atrophy and confluent and
punctate white matter changes with small foci of encephalomalacia, however they did not
show an image of these findings to compare with present case. They discussed that the
schizophrenia might be coincidental, despite negative family history of psychiatric disorder
and a possible schizophrenia susceptibility locus in 6p terminal region 20. However, in this
case, it is not possible to exclude that the observed abnormalities have been a consequence of
psychiatric disease, since there is evidence of gray and white matter reduction in
schizophrenic adult patients when compared with healthy subjects 26.
Many skeletal abnormalities were identified in patients with confirmed 6p terminal deletion,
including epiphyseal delay19, malformations of backbone, hands and feet23 and hip dislocation
secondary to bilateral Perthes disease 18. Kannu et al.27 identified epiphyseal anomalies
especially in femoral location among others skeletal anomalies. These authors suggested that
an epiphyseal delay, especially of the proximal femora, detected in infancy or early
childhood, might be a significant finding and needs to be followed up for possible
development of epiphyseal dysplasia. In the present case, a skeletal survey was not performed
in childhood, but the current femoral impairment reinforces the hypothesis that an epiphyseal
dysplasia, particularly of the hip, could be part of the natural history and also a significant
complication of 6p terminal deletion syndrome, justifying the inclusion of this specific
follow-up in the anticipatory guidance for these patients.
There are some evidences of collagen abnormality related to disrupted genes in 6p terminal
region and some features of this syndrome might be related to collagen or connective tissue
alteration. Two patients with multiple dislocations reported by Pierquin et al.28 carried an
unbalanced translocation resulting in partial 1q trisomy and 6p monosomy. An analysis of
skin collagen from one of the probands disclosed a decreased alpha 1/alpha 2 chain ratio of
collagen type I and they suggested that the deleted 6p segment would be the responsible for
the collagen abnormality, because the breakpoints on chromosome 1 were different in each
case (1q32 and 1q42). Multiple dislocations were also observed by James et al.29 in a patient
with an unbalanced translocation resulting in distal 6p deletion and proximal trisomy 10q,
supporting that the terminal 6p region may be in fact involved in skeletal anomalies related to
collagen disturbance. Smith et al.30 demonstrated that FoxC1 haploinsufficiency in mouse
model - homolog to FOXC1 gene in humans - cause anterior chamber abnormalities with
214
paucity of extracellular matrix components and very little collagen and elastic tissue in the
affected eye.
CONCLUSION
The monosomy involving 6p24 region has emerged as a clinically recognizable syndrome,
although the lack of information still affects the establishment of a specific diagnosis, as well
as a more complete delineation of its phenotype. The description of additional cases, properly
evaluated using molecular techniques to define chromosomal regions involved, as well as the
monitoriament of patients with confirmed subtelomeric 6p deletion, particularly considering
their ophthalmological, brain and skeletal abnormalities, certainly will contribute for refining
the phenotypic spectrum of this condition.
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217
Table 1: Patients with 6p subtelomere deletion syndrome.

THIS
REFERENCE REVIEW
REPORT
Female (22/30); Male
Sex Male
(8/30)
Craniofacial anomalies
Frontal prominent / high forehead YES 07/07
Midface hypoplasia YES 05/05
Downslanting palpebral fissures YES 19/21
Ptosis YES 01/04
Proptosis YES 03/03
Hypertelorism YES 23/24
Epicanthal folds NO 03/08
Ear anormalies YES 17/21
Philtrum (short and / or smooth) NO 06/06
Flat / high nasal bridge YES 15/16
High palate YES 09/17
Structural eye abnormality
Chamber dysgenesis of the eyes YES 11/15
Posterior embryotoxon YES 11/13
Iris hypoplasia NO 05/07
Refractive error YES 13/14
Eye motility disorder YES 04/05
Heart defect. NO 17/21
Brain abnormalities YES
Dandy – Walker malformation NO 09/11
Hydrocephalus NO 10/16
Cognitive development
Developmental delay / mental retardation YES 25/25
Hypotonia YES 15/18
Hearing loss ? 15/18
Hand anomaly YES 12/15
Foot anomaly YES 08/13
Genital anomaly YES 05/10
Hernia (umbilical / inguinal) NO 05/14
218
Figure 1: Frontal view of patient showing characteristic facial features of subtelomeric 6p

deletion syndrome.
Figure 2: Detection of subtelomeric anomaly by MLPA. Red arrow shows the 6p deletion in
this patient. C: normal control; P036 and P070: results of respective MLPA kits for the present
case.
219
Figure 3: FISH with subtelomeric probe for 6p (labeled in green), showing only one green
signal on one normal chromosome 6 (LPT 06PR/G, Aquarius®/Cytocell®).
8.5. Dados de levantamento da casuística
Tabela 33. Dados do levantamento de prontuários dos 300 pacientes incluídos no estudo.
Caso Resultado / técnica S DN I IE DV IM IP C AF AG/AP ADNPM CC
P1 NL F 14/10/1993 24 144 6 17 25 0 Sim Sim Sim Sim
P4 dup7q (MLPA) F 20/09/1992 25 115 6 37 37 0 Sim Não Sim Não
P3 NL M 04/08/1993 24 132 3 28 32 0 Não Não Não Não
P6 NL M 28/10/2003 14 32 5 15 SD 0 Sim Sim Sim Não
P7 NL M 16/10/1999 18 84 3 28 34 0 Não Sim Sim Não
P9 NL M 03/07/1995 22 110 5 18 21 0 Não Não Sim Não
P10 NL M 04/05/1989 28 124 6 19 24 0 Não Duvidoso Sim Não
P11 NL M 09/04/2004 13 101 1 23 24 0 Sim Sim Sim Não
P13 dupXp11 HUWE1 ex61 (MLPA) M 26/04/1994 23 12 3 27 34 0 Não Sim Sim Sim
P14 NL F
P15 NL F 22/07/1999 18 93 8 44 30 0 Não Sim Sim Não
P16 NL M 10/01/1994 23 108 4 34 40 0 Não Duvidoso Não Não
P17 NL F 24/07/2002 15 54 0 42 43 0 Não Duvidoso Sim Não
P21 NL M 02/10/2000 17 84 2 31 32 0 Sim Não Sim Sim
P22 NL M 20/05/2000 17 91 1 30 29 0 Não Não Sim Sim
P23 delq21.1-q21.33 (microarray) M 13/05/1997 20 30 4 34 35 0 Não Não Sim Não
P24 dup12q24.33 (microarray) M 2005 12 22 7 35 35 0 Sim Sim Sim Sim
P25 NL M 12/03/2009 8 60 1 31 36 1/16 Não Sim Sim Não
P29 NL F 21/08/1996 21 120 4 31 31 0 Não Duvidoso Sim Não
221
P30 NL M
P31 NL M 1988 29 156 8 34 35 0 Sim Sim Sim Sim
P33 NL F 00/00/1965 52 504 5 SD SD 0 Não Não Sim Não
P34 NL M 05/09/1986 31 72 3 22 24 SD Sim Sim
P38 NL SNP12p M 24/06/1982 35 288 2 19 20 0 Sim Sim Sim Não
P39 NL M 17/12/1994 23 153 3 22 17 0 Sim Não Sim Não
P41 NL F 11/07/2002 15 60 5 21 21 0 Sim Não Sim Não
P42 del 15q 21.2q22.2 (microarray) M 07/08/1999 18 84 4 25 29 0 Sim Sim Sim Não
P44 NL F
P45 NL F 13/11/1995 22 48 4 38 38 0 Não Sim Sim Sim
SNV KIRREL3 / SHANK2
P46 M 22/10/2001 16 57 5 30 45 0 Não Sim Sim Sim
(exoma)
P47 NL M 1993 24 120 2 32 27 0 Não Não Sim Não
P48 NL M 07/05/1993 24 108 4 SD 30 1/16 Sim
P50 NL M 04/03/1998 19 59 3 22 23 1/64 Não Sim Sim Não
P52 NL M 01/01/1977 40 348 4 24 28 0 Não Não Sim sim
P53 NL SNP12p M 01/04/1995 22 132 6 27 27 0 Sim Não Sim Não
P56 NL SNP12p F 10/08/1997 20 108 2 27 33 0 Sim Não Sim Não
P57 del1p (MLPA) M 14/12/2005 12 30 SD 20 23 0 Sim Não Sim Sim
222
P59 NL SNP12p F 12/03/1998 19 51 6 26 29 0 Sim Sim Sim Sim

P60 NL M 14/08/2002 15 60 4 29 26 Não Sim
P63 SNV CTTNBP2 (exoma) F 25/10/1995 22 20 5 34 30 0 Não Sim Sim Não
P64 del5p/dup9p (MLPA) M 11/07/2008 9 3 8 22 22 0 Não Sim Sim Não
P67 NL M 26/09/1995 22 128 1 21 41 1/16 Sim Sim Sim Sim
P68 NL SNP12p F 19/03/2001 16 82 6 23 31 1/32 Não Não Sim Sim
P71 NL M 05/12/1985 32 161 6 SD SD 0 Não Sim Sim Não
P72 NL F 17/02/2005 12 26 5 23 35 0 Não Não Sim Sim
P74 NL SNP 16p M 07/11/1994 23 96 6 30 30 0 Sim Não Sim Não
P75 del6p (MLPA) M 1993 24 162 4 35 35 0 Não Sim Sim Não
P76 NL M
P78 NL M 05/02/2010 7 60 2 21 19 0 Não Sim Sim Sim
P80 NL F 16/01/1981 36 312 2 30 32 0 Não Não Não Não
P81 dupXq26.2 (microarray) M 10/11/1999 18 20 8 19 18 1/8 Sim Sim Sim Não
P82 NL M 18/08/1998 19 53 5 15 18 0 Sim Duvidoso Sim Sim
P83 NL M
P84 NL M 1991 26 96 3 SD SD 0 Não Não Não Não
P85 delXYp (MLPA) M 04/08/1989 28 228 2 34 56 0 Não Não Sim Sim
P89 NL F 12/05/1989 28 228 6 32 SD 0 Não Sim Sim Não
P90 NL M
223
P91 NL F 02/03/1996 21 144 5 25 25 0 Sim Sim Sim Não

P92 NL F 4
P97 NL SNP16p M
P98 del1p (MLPA) M 09/03/2004 13 36 4 18 21 0 Sim Sim Sim Sim
P104 NL F 18/12/2001 16 84 5 25 32 1/64 Sim SD Sim
P105 NL SNP16p M 23/09/2005 12 33 5 33 27 0 Sim SD Sim
P108 del7p15.3 p15.2 (microarray) M 25/06/1997 20 120 5 23 20 0 Sim Sim Sim Não
P109 NL M
P110 NL F 15a 15 180 3 0 Não Sim Não
P113 NL SNP16p F 02/12/1999 18 72 2 SD SD 0 Não Não Sim Não
P114 NL M 20/01/1997 20 144 5 18 33 Sim
P115 NL M 25/08/1993 24 170 3 21 40 * Não Não Sim Não
P116 NL M 04/05/1986 21 3 SD 0 Não Sim
P117 NL F 01/09/1997 20 132 2 28 28 0 Não Não Sim Não
P119 NL F 22/03/1999 18 120 18 23 0 Não Não Sim Não
P120 NL M 26/06/1999 18 119 36 41 0 Não Não Sim Não
P121 NL M 18/02/1998 19 43 7 41 43 1/8 Sim Não Sim Sim
224
P122 NL SNP16p M 13/08/1995 22 168 2 16 19 0 Não Não Sim Sim

P123 NL M 02/01/1988 29 96 2 23 25 0 Não Sim Não Não
P124 del4p/dup12p (MLPA) F 25/10/2003 14 10 7 25 29 0 Sim Sim Sim Sim
P129 NL M 1994 23 30 4 SD SD SD SD SD Sim Não
P130 dup15p (MLPA) F 27/01/2002 15 84 2 24 29 SD SD SD SD SD
P131 NL M 11/08/2006 11 33 2 32 39 Sim
P136 del1p/dup4p (MLPA) F 8 0
P137 del18q (MLPA) M 09/11/1997 20 144 5 26 28 0 Sim Sim Sim Não
P138 NL M 12/02/1995 22 110 2 17 0
dupXq28 SLC6A8 ex9 GDI1
P139 M 31/01/2002 15 29 7 29 26 0 Não Não Sim Não
exon1 7 (MLPA)
P140 NL SNP 22q F 19/12/2007 10 24 4 26 28 0 Sim Não Sim Não
P141 NL F 15/04/1998 19 3 30 41 0 Não Não Sim Não
P142 NL M 1 33 38 0 Não Sim
P143 NL F 11/01/2000 17 115 3 40 37 1/32 Não Sim Sim
P145 NL M
P146 NL F 07/06/2002 15 95 4 32 FIV 0 Não Não Sim Não
P151 del22q (microarray) F 06/05/2000 17 33 2 30 37 0 Não Não Sim Não
P152 del7q11.23 (microarray) F 23/06/1983 34 71 5 28 25 0 Não Não Sim Não
225
P154 NL F 23/01/2007 10 39 6 21 25 1/64 Não Sim Sim Não

dup6p11.2 e dup10q26.3
P158 M 11/09/1987 30 276 5 29 26 0 Não Não Sim Não
(microarray)
P159* NL M 31/07/2001 16 132 2 39 32 0 Não Não Sim Não
P160 SNV TCF4 (exoma) F 07/01/1998 19 48 4 20 19 0 Sim Não Sim Sim
P161 dup7p (MLPA) M 15/03/2009 8 24 5 18 28 0 Sim Não Sim Sim
del22q (MLPA grupo
P163 F 14/01/2000 17 120 3 36 41 0 Não Não Não Não
colaborador)
P164 dup4p/del13q (MLPA) F 14/06/2005 12 1 8 23 27 0 Não Sim Sim Sim
P165 NL F 2004 13 58 5 SD SD SD SD SD Sim Sim
P166 del4p/dup8p (MLPA) M 09/02/2008 9 29 7 18 21 0 Sim Não Sim Não
P167 NL F 28/10/2007 10 60 6 19 35 1/32 Sim Sim Sim Não
dup16p11.2 (microarray grupo
P168 F 01/07/2008 9 2 5 27 33 1/16 Não Não Não Não
colaborador)
P169 del9p/dup19q (MLPA) F 24/10/1994 23 180 5 31 39 0 Não Sim Sim Não
P170 SNV HTT (exoma) M 18/01/1998 19 2 3 17 19 0 Sim Duvidoso Sim Não
P171 NL M 14/06/1995 22 192 7 44 50 0 Sim Não Não Não
P172 NL F 04/11/2004 13 60 1 26 30 0 Não Não Não Não
P178 NL F 1997 20 180 4 SD SD 0 Não Sim Sim Não
P179 NL M 2004 13 96 5 41 52 0 Não Sim Sim Não
P180 del2q36.3-2q37.1 (microarray M 2011 6 12 7 34 31 0 Sim Sim Sim Não
226
grupo colaborador)
P181 NL F 2007 10 15 5 36 27 0 Não Duvidoso Sim Não
P182 SNV PRKCG (exoma) F 1995 22 13 4 35 39 0 Não Sim Sim Não
P185 NL F 2001 16 132 4 30 37 0 Não Sim Sim Não
P186 NL M 2007 10 13 8 20 28 0 Sim Não Sim Não
P191 dup11p (MLPA) F 17/06/2007 10 48 3 34 36 0 Não Sim Sim Sim
P192 del1q (MLPA) M 2012 5 2 6 37 37 0 Não Não Sim Não
P193 NL F 02/01/2007 10 74 2 22 SD 0 Não Sim Sim Não
P194 dup9p/del18p (MLPA) M 09/03/2000 17 156 3 30 41 0 Não Não Sim Não
P195 NL M 1975 42 432 2 SD SD 0 Não SD Sim Não
P197 NL F 1980 37 372 4 SD SD 0 Não SD Sim Não
P198 SNV RAI1 (exoma) F 1998 19 103 2 32 36 0 Não Sim Sim Não
P199 NL F 2013 4 12 7 16 16 0 Não Duvidoso Sim Não
P202 NL M 2003 14 5 6 20 20 0 Não Sim Sim Sim
P207 NL M
P209 NL F 03/05/1999 18 143 6 26 SD 0 Não Não Sim Não
P211 NL M 09/11/1990 27 20 3 SD SD 0 Não Duvidoso Sim Não
227

P214 NL M 27/06/2005 12 24 5 25 29 0 Não Sim Não Não
P216 NL F 2011 6 24 4 35 41 0 Não Sim Sim Sim
P218 NL F 17/06/2002 15 120 5 SD 31 0 Sim Sim Sim Não
P219 NL F 2013 4 12 1 29 33 0 Não Sim Não Sim
P222 NL M
P224 NL F falecida SD SD 4 30 32 0 Não Duvidoso Sim Não
P225 NL M 2002 15 60 35 41 0 Não Não Sim Não
P226 NL M 2013 4 12 8 26 33 0 Sim Duvidoso Sim Sim
P228 NL F 2008 9 69 3 SD SD 0 Não Não Sim Não
P231 SNP dup22q M 21/11/2001 16 143 1 25 24 0 Não Não Não Não
P232 NL M 2012 5 24 7 31 42 0 Sim Sim Sim Não
P235 Sd. Epiléptica (exoma) M 15/11/2005 12 96 SD 27 38 0 Não SD Sim Sim
P236 dup17p (MLPA) F 07/03/2012 5 24 5 27 28 0 Sim Sim Sim Não
P237 dup4p/del8p (MLPA) M 23/01/2004 13 50 5 25 47 0 Não Sim Sim Não
P238 NL M 25/04/2002 15 132 6 26 28 0 Não Não Não Sim
P239 NL F 21/10/2003 14 72 2 37 19 0 Sim Sim Sim
P242 NL F 19/10/1991 26 252 3 27 34 0 Sim Duvidoso Sim Não
228

P244 NL F
P248 NL F 22/11/1992 25 216 3 21 22 0 Sim Não Não Não
P250 NL F 01/03/1998 19 60 3 22 26 0 Sim Não Não Não
P251 NL M 2012 5 5 4 SD SD 0 Não Não Sim Não
P255 NL F 05/05/2009 8 36 3 19 27 1/8 Sim Sim Sim Não
P256 NL M 08/01/1984 33 360 2 19 36 1/16 Sim Não Sim Sim
P257 NL SNP 16p M 21/12/2011 6 27 4 24 22 0 Não Sim Sim Não
dup X/Yp (MLPA, microarray,
P258 F 23/01/2013 4 12 4 35 36 0 Não Sim Sim Não
exoma)
P265 NL M 09/12/2001 16 144 5 36 40 1/8 Sim Sim Sim Sim
P267 NL M 2013 4 12 5 22 24 0 Sim Sim Sim Não
P270 NL M 08/09/1999 18 144 2 18 SD 0 Sim Não Sim Sim
229
P271 NL F
P273 NL F 22/03/2012 5 26 1 18 23 0 Sim Não Sim Sim
P274 NL F
P275 NL SNP 19q F 05/11/2000 17 168 4 30 31 0 Não Não Sim Não
P276 NL M 17/03/2002 15 144 5 20 22 0 Sim Sim Sim Sim
P279 NL M 03/07/2001 16 156 0 19 0 Não Não Sim Não
P281 del 4q (MLPA não confirmado) M 18/01/2014 3 13 4 25 34 0 Não Sim Sim Não
P284 dup12p13.2p13.1(microarray) M 19/02/2004 13 48 2 36 38 0 Não Sim Sim Não
P291 NL M 16/04/1996 21 216 1 20 SD 0 Não Não Não Sim
P296 NL M 17/06/2006 11 96 2 22 22 0 Sim Sim SD
P297 NL F
P298 NL M 26/11/2008 9 82 3 32 32 0 SD SD Sim Sim
P301 NL F
230
P302 NL M 2013 4 24 6 24 0 Não Sim Sim Não

P303 dupXYp (MLPA) F 2005 12 120 4 25 26 0 Não Não Sim Não
P304 NL F 2012 5 36 6 39 36 0 Não Não Sim Não
P305 NL M 2008 9 84 4 29 32 0 Sim Não Não Não
P306 NL M 2005 12 108 5 20 24 0 Sim Não Sim Não
P310 NL M 1997 20 108 1 24 26 1/8 Sim Não Sim Não
P311 NL F 2006 11 110 4 44 48 0 Sim Não Não Não
P312 NL M 01/07/2013 31 9 29 32 0 Sim Sim Sim Não
P313 NL F 2013 4 26 2 22 36 Sim Não Não Sim Sim
P316 del4p (MLPA) M 07/07/2003 14 149 SD 31 SD 0 Não Sim Sim Sim
P317 NL F 2014 3 16 1 31 41 0 Não Sim Sim Sim
P320 NL F 2003 14 156 4 35 SD SD Sim Sim Sim SD
P323 NL M
Legenda: S, sexo; DN, data de nascimento; I, idade atual em anos; IE, idade no encaminhamento em meses; DV, pontuação segundo critério de
De Vries et al. (2003); IM, idade materna na ocasião do nascimento do propósito em anos; IP, idade paterna na ocasião do nascimento do
propósito em anos; C, consanguinidade entre os genitores; AF, antecedentes familiais quanto à recorrência de DI; AG, antecedentes gestacionais;
AP, antecedentes perinatais; ADNPM, atraso do desenvolvimento neuropsicomotor; CC, crises convulsivas; del, deleção; dup, duplicação; p,
braço cromossômico p; q, braço cromossômico q; SD, sem dados; MLPA, Multiplex Ligation-dependent probe amplification; CTTNBP2,
Cortactin-binding protein 2; GDI1, GDP dissociation inhibitor 1; HUWE1, Hect, uba, and wwe domains-containing protein 1; KIRREL3, Kin of
irre-like 3; PRKCG, Protein kinase c, gamma; RAI1, Retinoic acid-induced gene 1; SHANK2, SH3 and multiple ankyrin repeat domains 2;
SLC6A8, Solute carrier family 6 (neurotransmitter transporter, creatine), member 8; TCF4, Transcription factor 4; 0, não; 1/8, primos em
primeiro grau; 1/16, primos em segundo grau; 1/32, primos em terceiro grau; 1/64, primos em quarto grau; *fruto de possível relação incestuosa;
SNP, single nucleotide polymorphism; SNV, single nucleotide variation.
Santos, 10 de novembro de 2017.
À Câmara de pós-graduação em Genética Médica – FCM/UNICAMP:
O artigo intitulado “Subtelomeric 6p deletion: case report and review emphasizing cerebral,
ophthalmic and skeletal features”, de autores Lincoln-de-Carvalho, Carolina; Moreno, Carolina;
Sgardioli, Ilária Cristina; Gil-da-Silva-Lopes, Vera; de Mello, Maricilda e Marques-de-Faria,
Antonia, presente na tese de doutorado da aluna Carolina R. Lincoln de Carvalho, não foi aceito
pela revista científica São Paulo Medical Journal, razão pela qual não é possível incluir a carta
sobre direitos autorais – solicitação da presente câmara – entre os documentos necessários na
submissão da versão final da tese.
Sendo o que se apresenta no momento, fico à disposição para os esclarecimentos que se
façam necessários.
Atenciosamente,
Carolina Rodrigues Lincoln de Carvalho.

Carvalho Carolinarodrigueslincolnde D

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UNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINAS

FACULDADE DE CIÊNCIAS MÉDICAS

CAROLINA RODRIGUES LINCOLN DE CARVALHO

CARACTERIZAÇÃO DE UMA AMOSTRA DE INDIVÍDUOS COM DEFICIÊNCIA

CARACTERIZAÇÃO DE UMA AMOSTRA DE INDIVÍDUOS COM DEFICIÊNCIA

Tese apresentada à Faculdade de Ciências Médicas da Universidade

ORIENTADORA: PROF.ª DRª ANTONIA PAULA MARQUES DE FARIA.

ESTE EXEMPLAR CORRESPONDE À VERSÃO

ORIENTADOR: ANTONIA PAULA MARQUES DE FARIA

COORIENTADOR: MARICILDA PALANDI DE MELLO

1. PROF.ª DRª. ANTONIA PAULA MARQUES DE FARIA

2. PROF.ª DRª. ANA BEATRIZ ALVAREZ PEREZ

3. PROF.ª DRª. ANDRÉA TREVAS MACIEL GUERRA

4. PROF.ª DRª. CARMEN SÍLVIA BERTUZZO

5. PROF.ª DRª. MARIA ISABEL DE SOUZA ARANHA MELARAGNO

Data: DATA DA DEFESA 25/08/2017

Aos meus pais, Márcia e Marcel e meu irmão Lucas,

Do curso de Aprimoramento Profissional ao Doutorado foram mais de 10 anos de

Minhas avós Marina e Odete por serem exemplos em minha vida.

À Profa. Dra. Iscia Lopes Cendes, pelo apoio científico.

Palavras chave: Deficiência intelectual. Aberrações cromossômicas. MLPA. Hibridização

Key words: Intellectual disability. Chromosome aberrations. Multiplex ligation-dependent

Figura 1. Técnica de MLPA e suas etapas. 33

Figura 2. Algoritmo para a investigação de DI (modificado de Miller et al.61. 37

Figura 3. Algoritmo proposto para a investigação de DI idiopática (adaptado de

Figura 4. Ciclos utilizados na amplificação da região de interesse dos genes alterados. 46

Figura 5. Ciclos utilizados nas reações de sequenciamento pelo método de Sanger. 47

Figura 6. Associação da presença de alteração genética com marcadores

Figura 7. Gráfico do resultado de MLPA para os indivíduos sem alteração (P)

Figura 9. Em azul, localização dos genes SLC6A12 e KDM5A (cromossomo 12p),

Figura 11. Sequenciamento do fragmento complementar à sonda 12p

Figura 15. Sequenciamento do fragmento complementar à sonda 16p

Figura 21. FISH com as sondas subteloméricas para 1p (marcadas em vermelho)

Figura 22. Microarray mostrando a deleção em 1p36.3. Em vermelho a região

Figura 23. Microarray mostrando a duplicação em 4p16. Em azul a região

Figura 24. Representação esquemática mostrando CNVs patogênicas descritas

Figura 26. Em azul, localização do gene PIGG (cromossomo 4p16.3), cuja

Figura 28. Em azul, localização do gene FBCO25 (cromossomo 8p23.3), cuja

Figura 30. Resultado de FISH com sondas subteloméricas para as regiões 4p

Figura 34. Em azul, localização dos genes F7 e CDC16 (cromossomo 13q34),

Figura 36. Em azul, localização do gene SHOX (cromossomos X e Y, em região

Figura 39. Em azul, localização do gene SH3BP5L ou KIAA1720 (cromossomo 1q44)

Figura 41. Localização dos genes RBFA e CTDP1 (cromossomo 18q23),

Figura 50. Representação esquemática mostrando o cromossomo 15 e, abaixo dele,

Figura 53. Em azul, a localização do gene RPH3AL (cromossomo 17p13.3), cuja

Figura 58. Em azul, a localização do gene VIPR2 (cromossomo 7q36.3), cuja

Figura 61. Em azul, a localização do gene CHMP2A (cromossomo 19q13.43), cuja

Figura 62. Resultado de FISH com sondas subteloméricas para as regiões 9p

Figura 65. Representação esquemática mostrando o cromossomo X e, abaixo dele,

Figura 66. Representação esquemática mostrando o cromossomo 15 e, abaixo dele,

Figura 67. Representação esquemática mostrando o cromossomo X e, abaixo dele,

Figura 68. Representação esquemática mostrando o cromossomo 7 e, abaixo dele,

Figura 69. Representação esquemática mostrando o cromossomo 22 e, abaixo dele,

Figura 70. Representação esquemática mostrando o cromossomo 7 e, abaixo dele,

Figura 72. Representação esquemática mostrando o cromossomo 10 e, abaixo dele,

Figura 73. Representação esquemática mostrando o cromossomo 12 e, abaixo dele,

Quadro 1. Critérios para seleção de pacientes com rearranjos teloméricos

Quadro 2. Caracterização clínica dos pacientes com DI idiopática. 53

Tabela 1. SALSA MLPA P036-E2 HUMAN TELOMERE-3. 43

Tabela 2. SALSA MLPA P070-B2 HUMAN TELOMERE-3. 45

Tabela 3. SALSA MLPA P365-A1 HUMAN TELOMERE-14. 50

Tabela 4. SALSA MLPA P018-F1 SHOX. 51

Tabela 5. Dados demográficos e clínicos dos pacientes incluídos no estudo. 54