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Anlise conformacional com o Programa Winmostar

TUTORIAL


SUMRIO Introduo...................................................................................................................................3 Passo a passo ..............................................................................................................................4 1) Construo da estrutura em 3D no programa Winmostar (vide Programa Winmostar Tutorial na pgina 19 www.cbiot.ufrgs.br/bioinfo)................................................................4 2) Minimizao de energia utilizando o programa Winmostar com MOPAC (vide Programa Winmostar Tutorial na pgina 21 www.cbiot.ufrgs.br/bioinfo) .............................................4 3) O terceiro passo a identificao dos diedros torcionais, capazes de rodar livremente. Para o diclofenaco (cido 2-[(2,6-diclorofenil)amino] benzeno actico) os diedros livres esto representados na figura abaixo e foram denominados arbitrariamente de D1= diedro 1; D2= diedro 2 e D3= diedro 3..............................................................................................5 4) Rotao dos ngulos torcionais do diedro 1. Definido o diedro de toro necessrio encontr-lo na matriz-Z. .........................................................................................................7 INICIANDO A ANLISE CONFORMACIONAL PROPRIAMENTE DITA: ...................7

Introduo
A anlise conformacional consiste na explorao dos arranjos espaciais (formas) energeticamente favorveis de uma molcula (conformaes). Na anlise utiliza-se mecnica molecular, dinmica molecular, clculos qumico-qunticos ou anlise de dados estruturais determinados experimentalmente por RMN ou cristalografia de raios-X, por exemplo (Carlos Mauricio R. Sant'Anna. GLOSSRIO DE TERMOS USADOS NO PLANEJAMENTO DE FRMACOS (RECOMENDAES DA IUPAC PARA 1997) Qum. Nova, 25:3, 2002). Portanto, conforme a rotao dos ngulos e diedros torcionais possvel obter o mnimo de energia local e global da molcula em estudo (Figura 1). Afim de se obter uma hiptese de conformao bioativa da molcula.

Figura 1. Grfico representativo do mnimo de energia local e global ( Ivone Carvalho; Mnica T. Pupo; urea D. L. Borges; Llian S. C. Bernardes. Introduo a modelagem molecular de frmacos no curso experimental de qumica farmacutica. Qum. Nova, 26:3, 2003).

Para realizao da anlise conformacional, de uma molcula, a modelagem molecular tem a computao grfica como uma ferramenta para manusear os modelos a serem trabalhados, alm de explorar aspectos tridimensionais de reconhecimento molecular e gerar hipteses que levam ao planejamento e sntese de novos ligantes. Para facilitar o entendimento e possibilitar a realizao da nalise conformacional tendo como ferramenta o programa Winmostar (http://winmostar.com/index_en.html) que esse tutorial foi planejado. Para realizar a anlise conformacional descrita abaixo ser utilizado o pacote computacional MOPAC 7, mtodo semi-emprico AM1, onde os diedros livres tiveram seus ngulos diedrais rotacionados de zero a trezentos e sessenta graus, com um passo de trinta graus. Efetuou-se em seguida o refinamento dos clculos, do ponto de mnimo encontrado anteriormente, e desta forma foi obtido o confmero de menor energia.

Para entendermos melhor uma anlise conformacional, ser descrito abaixo um exemplo de anlise conformacional do diclofenaco atravs do programa winmostar. Ajudas complementares a realizao da anlise conformacional podem ser obtidas na Tutorial de Uso do Programa Winmostar.

Passo a passo
1) Construo da estrutura em 3D no programa Winmostar (vide Programa Winmostar Tutorial na pgina 19 www.cbiot.ufrgs.br/bioinfo).

Figura 2. Diclofenaco construdo no programa Winmostar.

Aps construir a molcula ao observarmos sua estrutura (figura 2) notamos que esta necessita de uma correo a fim de encontrarmos a conformao de menor energia adotada por esta molcula. Pesquisa necessria para hiptese de conformao bioativa. 2) Minimizao de energia utilizando o programa Winmostar com MOPAC (vide Programa Winmostar Tutorial na pgina 21 www.cbiot.ufrgs.br/bioinfo)

Figura 3. Estrutura do diclofenaco aps minimizao de energia utilizando o MOPAC no programa Winmostar.

Aps realizar a minimizao de energia possvel observar uma mudana conformacional (figura 3) quando comparada a estrutura da molcula de partida (figura 1), pois o programa corrige distores na estrutura molecular. Mas no possvel observar as diversas conformaes moleculares e suas estabilidades relativas. Para se obter esses dados necessrio a realizao da anlise conformacional. Para isso necessrio a compreenso da Matriz-Z. Pois nela que vamos trabalhar para realizar nossa anlise conformacional (dvidas consulte tutorial Winmostar pgina 17).

Matriz-Z: Cada linha representa um tomo; 1 coluna: tipo do tomo; 2 coluna: distncia de ligao; 3, 5 e 7 colunas: durante o clculo , 0 prende o valor da distncia, 1 deixa livre e o -1 conforme parmetros a serem definidos; 4 coluna: ngulo de ligao; 6 coluna: ngulo de diedro; 8, 9 e 10 colunas: definem as conectividades dos tomos. Por exemplo, o tomo de nmero 10, faz um diedro com os tomos 3-1-2.

3) O terceiro passo a identificao dos diedros capazes de rodar livremente. Para o diclofenaco ( cido 2-[(2,6-diclorofenil)amino] benzeno actico) os diedros livres esto representados na figura abaixo e foram denominados arbitrariamente de D1= diedro 1; D2= diedro 2 e D3= diedro 3.

Figura 4. Diedros livres do diclofenaco, marcados com setas referente ao diedro 1 (13C-12C-7N-5C), diedro 2 (20C-16C-13C-15C) e diedro 3 (27C-20C-16C-13C), correspondente a figura obtida no winmostar.

OBS: Os nmeros alteram conforme construo da figura. Cada vez que voc construir a figura no Programa winmostar deve observar novamente a numerao da mesma. Para isso v em View(V)- set View Number(Charge), conforme figura abaixo.

Figura 5. Como colocar os nmeros na molcula desenhada no programa Winmostar.

importante considerar que a grande maioria dos compostos orgnicos apresentam diversas conformaes. A conformao mais estvel dentre toda essa diversidade de possveis confrmeros denominada mnimo de energia global, enquanto outras conformaes menos estveis so denominadas mnimos de energias locais (figura 1). Uma vez que a minimizao de energia no permite distinguir entre esses dois tipos de conformaes, outras metodologias de modelagem molecular so utilizadas para alcanar tal objetivo. Uma dessas metodologias denominada anlise conformacional. A anlise conformacional consiste na anlise das diversas conformaes adotadas por uma dada molcula em uma condio ou meio. Isto feito a partir da rotao dos diedros livres desta molcula e do clculo da energia de cada uma das conformaes obtidas (calor de formao, normalmente descrito em Kcal/mol). Gera-se assim uma tabela de valores de energia como funo da geometria molecular, que podem ser usados para a montagem de um
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grfico. Este grfico descreve as barreiras conformacionais do diedro em estudo, e ser preparado nas etapas a seguir. 4) Rotao dos ngulos torcionais do diedro 1. Definido o diedro de toro necessrio encontr-lo na matriz-Z.

Selecionar, no exemplo o diedro do Carbono 13. Na penltima linha da matriz (quadro laranja) vai aparecer no primeiro quadrado o nmero do tomo ao qual voc selecionou (13) ou na figura ou na prpria matriz-Z, no segundo quadrado o tomo correspondente (C) e nos demais distncia, ngulo e diedro, respectivamente e nos 3 ltimos quadrados vai aparecer a ordem de ligao dos tomos. Na ltima linha (quadrado verde) aparece trs quadrados com o nmero 1 dentro. Esse parmetro utilizado durante o clculo, o 0 (zero) prende o valor da distncia, 1 deixa livre. INICIANDO A ANLISE CONFORMACIONAL PROPRIAMENTE DITA: 1) Selecione a linha do tomo do diedro para anlise conformacional. 2) Coloque zero (0) no quadrado correspondente ao diedro (conforme figura acima) e de um ENTER. 3) Coloque zero (0) no quadrado correspondente a fixao do diedro (conforme figura acima) e de um ENTER. 4) Para a realizao do clculo MOPAC, para anlise conformacional, desejamos que o diedro preso rote de 30 em 30 graus (STEP=30) em todas as conformaes possveis (POINT=12), como nem sempre a geometria dessas rotaes a mais adequada utiliza-se a palavra-chave GEO-OK para faclitar o clculo. Portanto, v ao quadro superior (em vermelho na figura acima) e acrescente as palavras-chaves exatamente assim: STEP=30 POINT=12 GEO-OK ( ).

5) Observe que a figura sofre rotao no diedro que est preso. Submeta o clculo do MOPAC7 (dvidas, consulte o tutorial do Programa winmostar). Se achar necessrio salve essa imagem como diedro_1_0.jpeg.

Figura 6. Como submeter o clculo do MOPAC7 (dvidas consulte tutorial de uso do Programa Winmostar).

6) O clculo gera o arquivo de sada temp.out. Nesse arquivo voc vai observar os dados do clculo e da molcula. O Gradiente deve ser inferior a 0.1. E a realizao dos ciclos do clculo no deve demorar mais do que segundos. Anote o nmero referente ao calor de formao desse diedro numa tabela no Excel, como a abaixo, e salve o arquivo temp.out gerado como diedro_1_0.out. B A

Figura 7. A) Exemplo do calor de formao obtido no arquivo de sada do MOPAC; B) Exemplo de planilha do Excel.

7) Faa o mesmo procedimento desde o segundo passo substitua o valor do diedro 0 (zero) por 30 (trinta) Observe a molcula submeta o clculo MOPAC7 anote na planilha do Excel o valor do calor de formao da toro do diedro de grau 30. Sugesto:
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Salve a figura vizualizada e o arquivo de sada do clculo com o nome diedro_1_30.jpeg e diedro_1_30.out e assim por diante. 8) Repita o procedimento anterior para os demais diedros: 60, 90, 120, 150, 180, 210 (-150), 240 (-120), 270 (-90), 300 (-30) e 360 (0).Sempre observando a figura e anotando o calor de formao correspondente. 9) Aps fazer a toro para todos os ngulos solicitados, observe o de menor calor de formao e subtraia de todos os demais, assim voc vai obter a energia de interao (exemplo na tabela do Excel acima). 10) No nosso exemplo foi o do ngulo 240. Coloque o 240 no quadrado correspondente, coloque o 1 para esse diedro e repita todo o procedimento para os diedros 2 e 3, respectivamente, uma vez que est se realizando uma anlise conformacional sistemtica, deve-se utilizar a conformao de menor energia para realizar o prximo passo. Portanto, importante partir da geometria de menor calor de formao para dar continuidade a anlise conformacional. 11) Aps a obteno de todos os valores dos calores de formao e clculo da energia, desenhe o grfico para visualizar melhor a curva de energia gerada. E faa a Anlise Conformacional da molcula em estudo.

Figura 8. Exemplo da planilha e do grfico de energia gerado para o diedro 1 do diclofenaco.