GENOMA

I
Genomas
Genomas
procaritico
procaritico
e
e
eucaritico
eucaritico
Organizao do DNA nos cromossomas
Organizao dos genes nos cromosssomas
Estrutura dos genes
e ainda:
DNA repetitivo
DNA extracromossmico
Genomas
Genomas
(generalidades)
Eucariotas
Clula- compartimentos celulares delimitados por membranas
Genoma- 2 ou mais molculas de DNA lineares
- DNA mitocondrial e plastidial
. menores dimenses
. circular
- 1x10
2
Mb- 1x10
5
MB (o mais pequeno =10 Mb)
Procariotas
Clula- no compartimentalizao interna
Genoma- 1 molcula DNA circular
- haplides
- 1- 10 Mb
- plasmdios (1 kb-250 kb), profagos e elementos mveis
- informao gentica mais compacta
- grande diversidade de organizao
Ex: Borrelia burgdorferi
cromossoma linear: 911 kb (835 genes)
17 ou 18 molculas lineares e circulares: 533 kb (430 genes)
Genoma = DNA cromossmico
Genoma = DNA cromossmico + DNA plasmdico
Vibrio cholerae: 2 molculas de DNA circulares
- 2, 96 MB (3885 genes); 71% genoma
- 1,07 MB (caract. plasmdio)
Genoma = DNA cromossmico + DNA mitocondrial e/ou plastidial
O que se considera
O que se considera
Genoma
Genoma
?
?
Dimenses de
Dimenses de
Genomas
Genomas
Relao complexidade dos organismos com
Relao complexidade dos organismos com
dimenso do
dimenso do
genoma
genoma
1) Organismos mais complexos Genoma de maiores dimenses
ex. Homo sapiens (3 Gb) vs Drosophila melanogaster (180 Mb)
2) Paradoxo C
Salamandra- 90 Gb vs Homem- 3 Gb
Relao do nmero de genes com dimenso
Relao do nmero de genes com dimenso
do
do
genoma
genoma
S. cerevisae - 12 Mb 0,004 do genoma humano (3 Gb)
Genoma humano 35 000 genes x 0,004 = 140 genes para S. cerevisae
Genoma de levedura contm
aprox. 5 800 genes
ECONOMIA DE ESPAO NO GENOMA DOS ORGANISMOS MENOS COMPLEXOS
Relao de complexidade do organismo com o nmero
Relao de complexidade do organismo com o nmero
de genes e com dimenso do
de genes e com dimenso do
genoma
genoma
ARROZ MILHO
0,43 Gb 2,5 Gb
Organismos semelhantes diferem na dimenso do genoma,
mantendo o mesmo nmero de genes aproximadamente
Mesmo nmero
de genes
DNA
DNA
supercoiling
supercoiling
DNA within the cells adopts several forms of ordered
tertiary
tertiary
structures
structures begining with the formation of
coiled and supercoiled helical DNA under the control of
enzymes known as topoisomerases
Supercoiling
Supercoiling
(
(
sobrenrolamento
sobrenrolamento
ou
ou
subenrolamento
subenrolamento
)
)
A dupla hlice do DNA uma hlice
o que significa que tem enrolamento
right-handed, ie, no sentido dos ponteiros do relgio
O supercoliling consequncia de:
demasiadas rotaes (superrotao- overwound )
da hlice sob si prpria (positive supercoiling),
ou perda de rotaes (subrotao- underrotating)
sob si prpria (negative supercoiling)
Neste caso a direco do enrolamento oposta do right-handed da dupla hlice
O supercoling s ocorre quando as duas cadeias de DNA no conseguem rodar
livremente uma sobre a outra, ie,
quando as extremidades esto fixas e as
superrotaes ou subrotaes
no podem ser compensadas (como o que acontece no DNA circular)
Supercoiling
Supercoiling
Forma relaxada
- 10 pb/rotao na conformao B
Alterao da forma relaxada
- mais ou menos de 10 pb/rotao
na conformao B
+ -
Positive supercoil
Ocorre quando o DNA
est overrotated
Enrolamento no mesmo
sentido do enrolamento
da dupla hlice
Negative supercoil
Ocorre quando o DNA
est underrotated
Enrolamento no sentido
contrrio do enrolamento
da dupla hlice
Supercoil
Supercoil
positivo e negativo
positivo e negativo
DNA coiling
Topoisomerases
Enzimas que adicionam ou removem rotaes da
dupla hlice de DNA, quebrando temporariamente
a dupla hlice, permitindo a rotao de uma
cadeia em volta da outra, e depois ligando-a de
novo.
Topoisomerase I- quebra de uma cadeia, e reduz o
supercoiling devido a remoo de rotaes
Topoisomerase II- quebra de ambas as cadeias,
adicionando ou removendo rotaes
Tipos de topoisomerases
Modo de aco das topoisomerses
Genomes
Organizao do DNA
Organizao do DNA
cromossmico
cromossmico
em
em
E.
E.
coli
coli
Chromosome is condensed
in one part of the cell
Cromossoma de
Cromossoma de
E.coli
E.coli
- Molcula de DNA circular-fechada,
negativamente enrolada
- 4 600 kb
- 99-100% codificante
- aproxi. 4280 genes
-Nucleide (estrutura condensada):
. 40-50 domnios independentes
ou loops de 10-100 kb
. Topoisomerases
. Protenas de ligao ao DNA
- HU
- H-NS (H1)
- Fis
- IHF
-Diviso celular: attachment point
(verso desactualizada)
Enrolamento dinmico do DNA no cromossoma
bacteriano
Organizao do DNA
Organizao do DNA
cromossmico
cromossmico
em
em
eucariotas
eucariotas
Estrutura dos cromossomas
eucariticos
23
Nucleossoma- unidade elementar da cromatina
Structure of a nucleosome
The nucleosome core particle consists of 146 bp of DNA wrapped 1.65 turns
around a histone octamer consisting of two molecules each of H2A, H2B, H3, and H4.
A nucleosome (chromatosome) contains two full turns of DNA locked in place by one molecule of H1.
H3 and H4 are among the most conserved proteins.
H2A and H2B an be recognized in all eukaryotes, but
show species-specific variation in sequence.
H1, closely related proteins that show appreciable
variation between tissues and species
(and are absent from yeast)
Octmero de histonas
Dmero: H2A
Tetrmero: 2H3, 2H4
Dmero: H2B
Nuclease protection assays of chromatin
from human nuclei
Modelo solenide da fibra de cromatina de 30nm
Diferentes nveis de organizao das fibras de
cromatina
Estados de condensao do DNA
Outras protenas no-histonas presentes no
cromossoma
No cinetocro
Nos telmeros
No scaffold
Protena da maquinaria da replicao
DNA polimerases
Helicases
Primases
HMP (high-mobility-group proteins)
RNA polimerases
Acetilases
Factores de transcrio
E ainda protenas importantes na alterao do empacotamento e enrolamento
da cromatina durante a transcrio
Proteins scaffold
Papel importante na estrutura do cromossoma
MARs (matrix attachment regions) ou SARs (scaffold attachment regions)
Estruturas particulares dos
Estruturas particulares dos
cromossomas lineares
cromossomas lineares
Centrmeros
Telmeros
Principais estruturas do cromossoma
Principais estruturas do cromossoma
Classificao dos cromossomas em
Classificao dos cromossomas em
funo da localizao do
funo da localizao do
centrmero
centrmero
Estrutura do
Estrutura do
centrmero
centrmero
de levedura
de levedura
Proteins bind to yeast CDE elements
The centromere is identified by a
DNA sequence that binds specific proteins.
These proteins do not themselves bind to
microtubules but establish the site at which
the microtubule-binding proteins bind in turn.
Heterocromatina e eucromatina
Eucromatina- geralmente sofre
condensao e descondensao
durante o ciclo celular.
Heterocromatina- geralmente mantm
estado de condensao durante o ciclo
celular. Heterocromatina facultativa vs constituitiva
Tcnicas de colorao para produzir padres de
Tcnicas de colorao para produzir padres de
bandas
bandas
cromossmicos
cromossmicos
Tcnica Padro de bandas
G-banding Bandas escuras so ricas em AT
Bandas claras em GC
Q-banding Bandas escuras so ricas em GC
Bandas claras em AT
C-banding Bandas escuras contm
heterocromatina constituitiva
Padres citogenticos
Localizao (
Localizao (
mapeamento
mapeamento
) de algumas sequncias de
) de algumas sequncias de
DNA (repetitivo) no cromossoma 1 humano
DNA (repetitivo) no cromossoma 1 humano
Estas sequncias de DNA funcionam como marcadores genticos
Estrutura dos genes
Estrutura dos genes
e
e
Organizao dos genes
Organizao dos genes
Procariotas
Eucariotas
O que um gene?
O que um gene?
-Unidade de informao gentica contida num segmento de DNA. O produto
final pode ser uma protena ou um transcrito (ex. tRNA)
-Pode variar entre 75 pb e 2 300 000 pb
- A informao biolgica est contida na sequncia de nucletidos e
tornada disponvel atravs da expresso gentica, que altamente REGULADA
Quaisquer 6 nts podem originar 4096 sequncias diferentes (4
6
)
Os genes esto organizados de diferentes modos
nos diferentes organismos
Organizao dos genes em procariotas:
operes
Alguns genes de procariotas esto organizados
linearmente sob o controlo da mesma regio
reguladora da transcrio
Regulao da expresso coordenada
Genes com funes relacionadas
Ocorre em bactrias
DNA
lacZ lacY lacA
Regio
reguladora
Estrutura de um gene
Estrutura de um gene
eucaritico
eucaritico
Organizao geral dos genes
Topografia dos genes em 4 organismos diferentes
Feature Yeast Fruit fly Human
Gene density (average number per Mb) 479 76 11
Introns per gene (average) 0.04 3 9
Amount of the genome that is taken up
by genome-wide repeats
3.4% 12% 44%
Compactamento do genoma em organismos diferentes
Exemplos de organizao, pouco usual,
Exemplos de organizao, pouco usual,
de genes
de genes
Genes que se sobrepem
-Alguns vrus (ex, fago X174 de E. coli)
-Traduo dos mRNAs em diferentes grelhas
abertas de leitura
-Muito raro nos organismos superiores, mas
h exemplos nos genomas mitocondriais de
alguns animais e no Homem
Genes dentro de genes
- Frequente nos genomas nucleares
- Genes dentro de intres de genes
Ex. no genoma humano o gene da
neurofibratose de tipo I, que contm trs
pequenos genes (OGMP, EVI2B, EVI2A),
dentro do into 27
- Muitos snoRNAs so codificados por genes
dentro de intres
Chromosomal rearranjements