UNIVERSIDADE FEDERAL DO RIO GRANDE DO SUL

DEPARTAMENTO DE BIOLOGIA MOLECULAR E BIOTECNOLOGIA

INSTITUTO DE BIOCIÊNCIAS
DISCIPLINA DE BIOINFORMÁTICA PARA BIOMEDICINA - BIO12031

Relatório das aulas práticas 6 e 5

Biologia de Sistemas I e II

Gabriela Cabral – 332817

Victor Cortez – 333525
 • Qual foi o tema da aula?
O tema principal da aula foi introduzir o conceito de Biologia de Sistemas, para isso,
foram apresentadas diversas formas de sistemas e conexões estabelecidas através desses
como, por exemplo, a rede de internet e como ela conecta os seus usuários de diferentes
maneiras.

• Em suas palavras, quais os principais objetivos da aula?

Ao longo da aula trabalhamos com uma sequência específica de aminoácidos que
codifica para uma proteína e, à medida que as aulas se passaram, podemos descobrir mais a
respeito da identidade de nossa proteína de interesse, no entanto, até agora, as nossas
descobertas estavam direcionadas à uma visão mais individualizada da proteína.
Dessa forma, o principal objetivo dessa aula foi nos mostrar possíveis interações de
nossa proteína com outras proteínas. Em outras palavras, nos possibilitou integrá-la a um
sistema e visualizar essas interações com demais proteínas.

• Quais as principais ferramentas aprendidas em aula?

Ferramenta de busca STRING 11.5, onde podemos (através de nossa sequência de

aminoácidos) buscar nossa proteína e visualizar interações com outras proteínas e o
software de manipulação de redes CYTOSCAPE em que podemos editar nossa rede
conforme desejarmos. Dentro da plataforma foi utilizado o MCODE para realizar a análise
topológica de clusterização e o BINGO para a análise de ontologia gênica.

• Quais os principais resultados obtidos com a sequência do seu grupo?

Através de nossa sequência de aminoácidos, buscamos nossa proteína (hexokinase-t1

[Drosophila melanogaster]) no STRING 11.5. Ajustando alguns parâmetros que nos permitem
delimitar de qual maneira veremos nossa rede e o que ela irá nos mostrar (parâmetros
utilizados - figura 1) obtivemos a nossa rede (figura 2):
 Figura 1: parâmetros utilizados na montagem do sistema.

Delimitamos que nosso sistema seria, por exemplo, do tipo físico, que os conectores
seriam de confiança (compilando todas as ligações), selecionamos um grau de confiança
médio pois possibilita novas descobertas de interações mantendo uma média proporção de
ocorrência, também mantivemos uma camada apenas, entre outros parâmetros e, com isso,
obtivemos a seguinte rede (figura 2)
 Figura 2: primeira rede obtida (com apenas uma camada).

No entanto, como a presente prática tem uma finalidade mais didática, achamos
interessante acrescentar uma segunda camada apenas para observar outras possíveis
interações de nossa proteína (representada no nó vermelho central) com outras proteínas
além das observadas e, com isso, obtivemos a seguinte rede (figura 3)
 Figura 3: segunda rede obtida (com a segunda camada).

Desse modo, podemos observar outras possíveis interações de nossa proteína, mas
com uma menor segurança de ocorrer.

Por fim, colocamos nossa planilha de dados obtidos através da elaboração de rede
no STRING 11.5 no software CYTOSCAPE e com isso nos foi gerada a seguinte rede (figura
4):
 Figura 4: rede obtida no Cytoscape através dos resultados da rede do String 11.5

Após ajustes de manipulação de rede que o próprio software permite, de acordo

com o que desejamos ajustar, melhoramos o aspecto visual de nossa rede e tivemos o
seguinte resultado (figura 5):

Figura 5: rede obtida no Cytoscape através dos resultados da rede do String 11.5 -
com parâmetros ajustados.

Após esse ajuste podemos visualizar melhor os nós da rede bem como os seus
conectores e, como podemos perceber, a nossa proteína de interesse (destacada em
amarelo) tem muitas possíveis interações, interações essas que podem ser consideradas e
analisadas em futuros estudos acerca da proteína HEX-t1. Como exemplo e como
possibilidade de busca em banco de dados oferecida pelo próprio software, através do
PUBMED encontramos um artigo que fala sobre a nossa proteína de interesse analisa a
assinatura genômica de mudanças na seleção em uma formiga subalpina e suas adaptações
fisiológicas. (figura 6):
Figura 6: exemplo de artigo em que a proteína de interesse das redes aparece.