GENES E GENOMAS IMPORTANTE

Uma característica típica dos

PROCARIOTICOS E genes procarióticos é a
colinearidade existente entre
EUCARIOTICOS cada gene e seu produto
(proteína ou RNA).
GENE (PROCARIOTO OU
EUCARIOTO): segmento de DNA
que inclui todas as sequências
nucleotídicas necessárias e
suficientes para a síntese de, pelo
menos, um produto EX: para codificar uma proteína
correspondente, que pode ser um com n aminoácidos, será
mRNA (a ser traduzido em uma necessária uma sequência com 3n
cadeia polipeptídica– proteína) pares de bases
ou outros tipos de RNA (rRNA, tRNA,
outros).  Diferença básica entre
genes procarióticos e
eucarióticos (íntrons)
 A grande maioria dos genes
procarióticos não apresenta
íntrons (colinear em relação
ao seu produto)
GENES PROCARIÓTICOS
TAMANHO
ESTRUTURA BÁSICA DO GENE Depende do número e da
PROCARIÓTICO extensão das sequências
As sequências reguladoras nucleotídicas que compõem as
encontram-se em posições suas regiões reguladoras e da
adjacentes à região codificadora extensão da sua região
codificadora

Variam dentro de uma faixa mais

PROMOTOR = sítio onde a RNA- restrita do que os genes
polimerase se liga eucarióticos

TERMINADOR = sequência que Sequências reguladoras: são

determina a dissociação da RNA curtas, com menos de 20 pb (5 a
polimerase da fita molde (fim da 10% da extensão total do gene)
transcrição)
 A montante e a jusante da EX.: situação hipotética de uma
região codificadora espécie procariótica para a qual
foram encontradas três linhagens
Genes procarióticos que codificam
polipeptídeos ocupam 95% do
espaço do genoma

Região codificadora pode oscilar

entre 100 pb até quase 10.000
pb, com a grande maioria tendo
em torno de 1.000 pb

EX: E. coli k-12 tem,

aproximadamente, 4.300 genes
identificados ÓPERONS
 Regiões codificadoras com Unidade funcional do genoma, na
tamanho médio de 951 pb qual duas ou mais regiões
(equivalente a 317 codificadoras de um produto
aminoácidos) gênico (RNA ou proteína) ocupam
posições adjacentes, estão
OBS: a região codificadora mais
coorientadas e têm a sua
longa de E. coli k-12 tem 7.149 pb
transcrição controlada por um
e codifica uma proteína de 2.383
mesmo conjunto de sequências
aa
reguladoras
IMPORTANTE: comparações entre
o repertório gênico de linhagens VANTAGENS OBTIDAS PELA
de uma mesma espécie bacteriana ORGANIZAÇÃO DOS GENES
 ± 35% dos genes são linhagens EM ÓPERONS
específicos Otimização da maquinaria
Proposição do conceito de reguladora da célula: assegura a
pangenoma (repertório total de expressão coordenada (ao mesmo
genes de uma determinada tempo e nos mesmos níveis) dos
espécie) produtos gênicos de cada óperon

Economia de espaço no DNA:

PANGENOMA
muito relevante para os genomas
GENOMA CENTRAL = conjunto compactos de procariotos
de genes compartilhado por
todas as linhagens da espécie GENOMAS PROCARIÓTICOS

GENOMA DISPENSÁVEL = TAMANHO

conjunto de genes presentes em Os genomas procarióticos já
algumas, mas não em todas as sequenciados variam de tamanho
linhagens da espécie dentro de uma faixa ampla, que
vai de pouco mais de 150.000 pb O tamanho do genoma de
(150 kb ou 0,15 Mb) até pouco qualquer espécie procariótica é
mais de 13.000.000 pb (13.000 kb potencialmente muito plástico
ou 13 Mb)
Varia com relativa facilidade ao
Arqueas: predominam espécies longo da evolução  Influência
com genomas entre 2 Mb de processos de aquisição ou
perda de sequências
Bactérias: predominam espécies
com genomas entre 2 e 5 Mb FORMA, NÚMERO E
ORGANIZAÇÃO EM REPLICONS
Análise comparativa dos tamanhos
dos genomas entre espécies, Um único cromossomo, na forma de
linhagens ou isolados de bactérias uma molécula de DNA de fita
 Heterogeneidade considerável dupla circular covalentemente
fechada
E. coli K-12 tem um genoma de 4,6
Mb CROMOSSOMOS E
PLASMÍDEOS

CROMOSSOMOS: moléculas
maiores, da ordem de centenas ou
milhares de quilobases, e contendo
Quando essas comparações são
predominantemente genes
estendidas para as espécies de
essenciais.
um mesmo filo, o tamanho dos
genomas pode variar em até 10 PLASMÍDEOS: moléculas de DNA
vezes menores, da ordem de dezenas a
poucas centenas de quilobases, e
contendo um número mais limitado
de genes essenciais

Em arqueas, essa variação no

tamanho do genoma de espécies
de um mesmo filo também é
evidente

IMPORTANTE: o tamanho do REPLICONS (OU UNIDADES DE

genoma é um parâmetro REPLICAÇÃO): são os segmentos
inadequado para o cromossômicos que replicam a
estabelecimento de relações partir de uma origem de
filogenéticas replicação
  Em bactérias, o conceito de Importante: são muito mais
replicon se confunde com o abundantes em genomas
de cromossomo eucarióticos
 1 cromossomo com apenas
1 origem de replicação GENES E GENOMAS
EUCARIÓTICOS
Em eucariotos, cada cromossomo
O número de genomas
está organizado em centenas ou
eucarióticos anotados ainda é
milhares de replicons
pequeno
CONTEÚDO GC: é a fração do
Dificuldades criadas pelo grande
genoma correspondente aos
tamanho e elevada complexidade
nucleotídeos de guanina e
dos genomas eucarióticos
citosina
Muito do conhecimento atual foi
 Ampla variação observada
produzido com organismos modelo
de espécie para espécie
(de 22,5% a 72,1%)
 Espécies parasitas ou
simbiontes  Genomas
menores e mais ricos em AT
 Espécies de vida livre 
Genomas maiores e mais
ricos em GC

POSSÍVEIS EXPLICAÇÕES
Nucleotídeos de G e C são
energeticamente mais custosos
para as células (presença limitada
em espécies com metabolismo
deficiente, como parasitas e GENES EUCARIÓTICOS
simbiontes) Genes procarióticos e eucarióticos
compartilham a mesma estrutura
A maioria das espécies parasitas e
básica (região codificadora +
simbiontes são deficientes em vias
regiões reguladoras)
de reparo de DNA (mutações mais
frequentes são as de C para T e  Essas sequências possuem
G para A = acúmulo de T e A) estruturas mais complexas
em eucariotos
SEQUÊNCIAS REPETIDAS  Determina o maior grau de
São compostas por unidades de sofisticação de células e
repetição em geral curtas, com organismos eucariotos
menos de 10 pb
ESTRUTURA BÁSICA DE GENES diferentes RNAs não codificadores
EUCARIÓTICOS (ncRNA)

Região reguladora a montante é

mais extensa e com um número
maior de elementos reguladores
(sequências reconhecidas por
proteínas reguladoras) do que em
procariotos.

Presença de sequências
intervenientes (íntrons)
OBS: fica claro que a fração
Interrompem as regiões transcrita dos genomas
codificadoras (éxons) eucarióticos excede em muito a
fração correspondente a genes
codificadores de mRNA/proteínas
ou tRNA e rRNA

Genoma transcrito  Transcrição

OBS: Há uma grande variação na disseminada (pervasive
frequência de genes interrompidos transcription)
entre as espécies eucarióticas.
GENOMAS NUCLEARES
IMPORTANTE: há uma tendência EUCARIÓTICOS
geral de aumento do número de
Tamanho
íntrons por gene e no tamanho
dos íntrons individuais, à medida Principal característica que
que se avança na escala diferencia genomas procarióticos
evolutiva de eucarióticos
 Média de íntrons por gene Ampla variação de tamanho de
no homem = 9 genomas entre filos (conteúdo de
 Média de íntrons por gene DNA haplóide= valor C)
nos vertebrados = 6
Cordados (peixes, anfíbios, répteis,
DOMÍNIOS TRANSCRICIONAIS aves e mamíferos) = mais de 300
COMPLEXOS vezes do menor ao maior genoma
Lócus cromossômicos onde são Artrópodes (insetos e crustáceos)
gerados múltiplos tipos de =mais de 600 vezes
transcritos independentes
OBS: parece haver uma tendência
Pode incluir  Um ou mais genes ao aumento de tamanho que
de estrutura tradicional e regiões acompanha a crescente
inter e intragênicas transcritas em
complexidade anatômica e
funcional

IMPORTANTE : Mas como grupos

de organismos com graus de
complexidade anatômica,
fisiológica e comportamental muito
distintos podem ter espécies com
genomas de tamanhos similares?

 Paradoxo do valor C
 Descreve uma falta de COMPOSIÇÃO DE
correlação entre a SEQUÊNCIAS
complexidade biológica de SEQUÊNCIAS GÊNICAS = os
alguns organismos com os genes ocupam uma fração
tamanhos dos respectivos variável do genoma (dependendo
genomas da espécie)
 O tamanho do genoma não
reflete o número de genes

FORMA, NÚMERO E
ORGANIZAÇÃO EM REPLICONS
FORMA = o DNA nuclear de NÚMERO DE GENES =
espécies eucarióticas está considerando os genes
organizado em cromossomos codificadores de proteínas

 Uma única molécula de DNA  O número total de genes

linear tende a aumentar conforme
 A maioria dos eucariotos é o grau de complexidade
diploide das espécies
 Um aspecto funcional muito
NÚMERO = varia muito importante  Um gene
dependendo da espécie pode gerar mais de uma
considerada  Tamanho não é proteína diferente 
documento Utilização de códons
alternativos (iniciação ou
EM RELAÇÃO À REPLICAÇÃO =
terminação) e splicing
cada cromossomo está
alternativo
organizado em múltiplos replicons
em tandem
CÓDONS ALTERNATIVOS PARA b) Proteínas do citoesqueleto =
INÍCIO DA TRANSCRIÇÃO actina, tropomiosina e tubulina

c) Espécies mais complexas =

imunoglobulinas, interferons e
hemoglobinas

OBS: Os casos mais extremos de

genes organizados em famílias são
FAMÍLIAS GÊNICAS representados por genes idênticos
(100% de identidade), presentes
Em procariotos ocorre  Limitação
em cópias múltiplas
da expansão das famílias de
genes

Já em eucariotos, ao longo da
evolução, foram criadas famílias
multigênicas  Vários genes
similares (cada um codifica uma
variante de um determinado tipo
de proteína)
SEQUÊNCIAS INTERGÊNICAS 
OBS: as proteínas codificadas
pelos genes de uma família todas as sequências genômicas
multigênica são similares, quanto a que não estejam vinculadas
sua estrutura e funcionalidade, diretamente a um gene  Não
mas as diferenças existentes são parte de éxons ou íntrons de
determinam certo grau de genes (típicos)
especialização funcional  LEMBREM-SE: a
Há uma tendência de que quantidade dessas
espécies mais complexas sequências tende a
(mamíferos) tenham um número aumentar mais do a de
maior de membros na família do sequências gênicas nos
que em espécies menos complexas genomas de eucariotos
(invertebrados)  Explica o paradoxo do
valor C
Ocorrência de sucessivos eventos  Lixo genômico = junk DNA 
de duplicação gênica dos genes Devido à natureza
daquela família ao longo de uma repetitiva e por não ter uma
linhagem evolutiva (ex. função evidente (na época)
metazoários)  Hoje já se sabe que isso
não é bem assim
Exemplo de famílias multigênicas :

a) Proteína da cromatina =
histonas
SEQUÊNCIAS REPETIDAS C9ORF72). Pessoas sem a doença
SIMPLES tem entre 2 a 23 repetições.
Sequências curtas que podem DADOS RECENTES : essas
estar repetidas de milhares a repetições são transcritas e
milhões de vezes traduzidas
Em mamíferos, representam menos
ELEMENTOS TRANSPONÍVEIS
de 10% do genoma
(TE)
Unidades de repetição de 5 a 10 Sequências de DNA capazes de
pb são mais comuns migrar (transposição) para outros
Organizadas em arranjos em lócus genômicos, o que, em geral,
tandem (até centenas de kb de implica aumento do seu número de
extensão) cópias no genoma

Formam frações do genoma com

conteúdo G + C distinto do
conteúdo da média restante do
genoma

A grande maioria das repetições

está localizada no centrômero e
nos telômeros dos cromossomos

OBS: No homem, os
retrotransposons (de RNA)
constituem 56% das sequências
intergênicas e 42% de todo o
genoma  As nossas células são
extremamente eficientes em
silenciar a atividade dos
Ocorrência de DNA repetitivo retrotransposons
dentro de genes
Então como esses elementos
Uma expansão de 6 nucleotídeos poderiam ser importantes para a
no gene C9ORF72 é responsável nossa vida?
pela forma herdável de demência
EX: Desenvolvimento do cérebro
frontotemporal e de esclerose
lateral amiotrófica (ELA) TE são muito ativos na
neurogênese = diversidade entre
Até 1.600 repetições GGGGCC
os neurônios!
aparecem em pacientes com ELA
(próximo ao promotor do gene Retrotransposição é fundamental
para a diferenciação de células
progenitoras do sistema nervoso
em neurônios (com genomas únicos
= mosaicísmo genético)

Não apenas cada cérebro é

diferente um do outro, mas o
mesmo cérebro jamais existirá de
novo

A taxa de transposição e as
regiões de inserção não são
herdáveis

O ecossistema cerebral de uma

filha é distinto da sua mãe como
também de sua irmã gêmea

OBS: No homem, os transposons

(de DNA) constituem 3% (90 Mb)
do genoma, o que, ainda assim, é
3 vezes o total de éxons

 A maior parte dos

transposons de mamíferos
acumulou muitas mutações
ao longo da evolução, de
modo que é improvável
haver qualquer um ainda
ativo