EDUARDA DEICHMANN MED UP TXXI
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BIOLOGIA MOLECULAR
PRIMEIRO BIMESTRE
AULA 01 >não possui todas as informações
INTRODUÇÃO AO GENOMA HUMANO >codifica algumas enzimas mitocondriais
Gene = região do DNA que vai codificar para uma
proteína *cada célula tem um perfil de expressão gênica
• nem toda molécula de DNA é codificante >isso determina o conjunto de proteínas presentes
• a aparência é consequência da expressão no interior dessas células
do gene >isso determina a diferenciação celular (todas as
Genótipo = constituição genética do organismo características morfofuncionais das células)
>relacionado ao conjunto de genes presentes no
individuo *cada célula humana possui 23 pares de
>quase totalmente idêntico em todos cromossomos = 46
Fenótipo = expressão do genótipo do organismo, >esses cromossomos são condensados
resultante da interação da sua constituição • Importante na regulação da expressão
genética com fatores ambientais gênica
• é o que diferencia um indivíduo de outro
Genoma = sequência de DNA de todos os Ácidos nucleicos
cromossomos nucelar e >formados pela polarização de nucleotídeos
• Bases A, C, T, G
*a expressão gênica regula todo o organismo
*nem todas as regiões são codificantes (gênicas)
A sequenciação do genoma humano foi importante • Codificante
para: >codificante para genes
• Relacionar os genes com suas funções • Não codificante = maior e mais importante
• Conhecer a estrutura do DNA parte
• Compreender a composição dos genes >responsável pela regulação gênica
• Evolução da descoberta da origem genética >21.000 genes codificam para RNA e proteínas
de doenças humanas responsáveis pelas funções biológicas
>mesmo a doença não sendo de origem
genética, isso influencia na forma como ela DNA
se manifesta no corpo do individuo >ácido desoxirribonucleico
>dupla fita antiparalela, cada uma formada por
Onde estão os genes? um conjunto de nucleotídeos
>em todas as células de todos os seres vivos • 5’ 3’ e 3’ 5’
1. DNA nuclear >formada pela polimerização de nucleotídeos
>grande e com maior quantidade de • reação covalente = ligação fosfodiester
informações >mais forte que de hidrogênio
>organizado em forma de >ponte de hidrogênio = une uma fita a outra
cromossomos/cromatina >bases complementares
>responsável por codificar a maior parte a. adenina e timina (40%)
das informações genéticas >duas pontes de hidrogênio
2. DNA mitocondrial >mais fácil de separar
>diferente funcional e estruturalmente b. guanina e citosina (60%)
>DNA circular (semelhante ao bacteriano) >três pontes de hidrogênio
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>é mais fácil separar as fitas, do que quebrá-las NUCLEOTÍDEOS
>essa fita se dobra em uma hélice >apresentam estrutura comum
• Açúcar + base nitrogenada + grupamento
fosfato
a. DNA = açúcar desoxirribose
>armazenar e codificar informações
genéticas
b. RNA = açúcar ribose
>molécula intermediária do processo de
expressão da informação genética
>ligados por ligações fosfodiester
>a contorção define a expressão • Grupamento fosfato de um + açúcar de
• Sulco menor = distância entre os outro
nucleotídeos ligados entre si >base nitrogenada fica livre = se move para
(complementares na fita) o centro e estabelece as pontes de
• Sulco maior = formado pelos giros hidrogênio com a fita complementar
>abre espaço entre as moléculas de DNA
BASES NITROGENADAS
A. Pirimídicas
B. Púricas
RNA
>molécula complementar
>ligação fosfodiester CROMATINA
>simples fita = menos estável >molécula de DNA + proteínas (histonas)
• Degrada amis fácil • Essas histonas possibilitam o processo de
• Molécula intermediária condensação
>encontrada no nucelo interfásico
• Núcleo que não está se dividindo
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1. Eucromatina iv. Cromossomo
>cromatina verdadeira >maior nível de condensação
>região menos condensada
>região central
>geneticamente ativa
• Genes sendo transcritos e traduzidos
2. Heterocromatina
>cromatina silenciada -------------------------------------------------
>região amis condensada = mais escura
AULA 02
>regiões periféricas
ORGANIZAÇÃO DO GENOMA HUMANO
>geneticamente inativa
>o genoma humano é composto por dois tipos de
• Não está sendo expressa = silenciada
DNA
a. H. constitutiva
a. Genoma nuclear
>sequência repetitiva de DNA que não
>codifica para a maioria dos genes
codifica para nada (25%)
>está organizado em forma de cromatina
>AATCGAATCGAATCGAATCG
>genes distribuídos em 23 ou 24 moléculas
de DNA cromossômico responsável por
b. H. facultativa
codificar todas as proteínas
>é expresso se necessário = se
• parte codificante
movimenta/faz uma alça
>é pequena
• parte não codificante
Níveis estruturais de condensação
>95% do genoma
b. Genoma mitocondrial
>codifica para alguns genes mitocondriais
>está organizado em forma circular
>genoma pequeno
>parecido com o DNA de procarioto
>codifica para proteínas específicas
>de origem materna
>fitas distintas
1. Fita pesada (H)
>rica em G
2. Fita leve (L)
>rica em C
Replicação do mtDNA
>unidirecional = 5’ 3’
>independente da replicação do núcleo
• Ocorre de acordo com a necessidade
>semiconservativo
i. Nucleossomo (10nm)
>começa na fita pesada (primeira a ser replicada,
>fita de DNA + histona
ou seja, a fita leve é usada de molde)
ii. Fibra de 30nm
• OR = origem de replicação
>nucleossomos em zigue-zague
>formação da alça D para entrada do
>mais curta e mais grossa
complexo enzimático
iii. Alças de DNA
>início do processo = DNA 7S
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4. Número de genes que codificam para
proteínas
5. Densidade gênica
6. DNA repetitivo
7. Transcrição
8. Íntrons e uso de códons
9. Recombinação
10. Herança
GENOMA NUCLEAR
>24 moléculas de DNA cromossômico diferentes
• Localizadas no núcleo
• Organizadas em forma de cromatina
(interfase) ou cromossomo (divisão celular)
>heterocromatina não é sequenciada
>40% de C/G = 3 pontes de hidrogênio
• Quando 2/3 da fita pesada são copiados, é DISTRIBUIÇÃO DOS CROMOSSOMOS
iniciada a replicação da fita leve A. Tamanho dos cromossomos
>no sentido 5’ 3’, mas oposto ao da fita >não há relação entre o tamanho do
pesada cromossomo e o número de genes
B. Densidade e tamanho dos genes
*esse processo é importante para a formação de >não há relação
novas mitocôndrias
>cada DNA mitocondrial possuo 37 genes Famílias gênicas = regiões que codificam para um
• Fita H = 28 genes mesmo gene em vários cromossomos
• Fita L = 9 genes • Mesma característica, local diferente
*por mais que as duas sejam • Somente os essenciais para a vida
complementares, elas não codificam para as
mesmas moléculas, cada uma codifica para Tipos de DNA presentes no núcleo
proteínas especificas a. Éxons = 1%
b. Íntrons = 24%
*transcrito multigênico = todos os genes são c. Outras regiões = 25%
transcritos todas as vezes d. DNA repetitivo = 50%
• 24 RNAs não codificantes >DNA satélite
>22 para tRNA e 2 para rRNA • Dá pra separar porn centrifugação
• 13 RNAs codificantes >parte mais importante
>partes dos complexos respiratórios >localizadas em porções específicas
mitocondriais e enzimas da fosforilação • Centroméricas e teloméricas
*a maior parte dessas são codificadas no • transposição do DNA
genoma nuclear = dependência >”copia e cola”
• retrotransposição do DNA
Diferenças entre os genomas >transcrição reversa = transcriptase
1. Tamanho reversa
2. Número e tipos de moléculas >formação de DNA complementar a
3. Proteínas associadas partir de um RNA
>região avaliada em testes de paternidade
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Elementos formados por retrotransposição Replicação em procariotos
>ficam dentro do genoma >igual à replicação do DNA mitocondrial
A. SINEs • partir da origem de replicação
>elemento nuclear intercalante curto >região do DNA com nucleotídeos
>300 nucleotídeos intercalados específicos reconhecida por enzimas
(proteínas iniciadoras)
>família Alu = 10% do genoma
i. Reconhecem e se ligam a essa região e
• Não é autônomo = não produz
impedem o pareamento entre as bases,
transcriptase e transcriptase
formando a bolha de replicação
reversa >sequência rica em A e T (duas pontes =
B. LINEs mais fácil separar)
>elemento nuclear intercalante longo ii. Abrem espaço para que as enzimas entrem
>grande = 20% do genoma >replicossomo = complexo enzimático
>é autônomo = codifica para transcriptase responsável pela replicação
e transcriptase reversa = autoativação iii. Direcionamento de 2 DNA polimerase
>não sintetiza nucleotídeo, mas sim une uns
*a região não codificante está relacionada com a aos outros = polimerização com base na
complexidade dos organismos complementariedade das bases
• quanto mais não codificante, mais complexo >apresenta um único sentido de síntese 5’3’
*DNA-primase → primer (fragmento de DNA) →
-------------------------------------------------
ativa polimerase
AULA 03
iv. 2 DNA helicases fazem a separação das
REPLICAÇÃO E TELÔMEROS duas fitas = rompem as pontes de
Replicação do DNA hidrogênio
>duplicação da molécula de DNA realizada por >isso tudo ocorre ao mesmo tempo, não
enzimas específicas são etapas
>ocorre na fase S da interfase (antecede a divisão) v. A presença de nutrientes regula a
• essa replicação precisa ser IDÊNTICA replicação (açúcar)
• as taxas de mutação são baixas e há
muitos mecanismos para evitar isso
>células somáticas = mitose
>gametas = meiose
*a replicação é um processo semiconservativo
*pareamento por complementariedade de bases
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Replicação em eucariotos >avanço da forquilha de replicação → complexo de
>diferente do bacteriano remodelamento de cromatina → novos
*forquilha de replicação que se desloca conforme nucleossomos atrás da forquilha
as fitas são separadas • desmonta e monta
• Diversas ao mesmo tempo • múltiplas cópias de genes para histonas
>replicação mais lenta, com várias origens
• A ativação dessas origens depende do tipo
de célula e de suas necessidades
• Replica sempre primeiro a eucromatina e
depois a heterocromatina
*origem de replicação rica em A e T, mas sem
proteínas iniciadoras
• Quem reconhece a OR é um complexo de
proteínas = complexo de reconhecimento
de origem
>reconhece a região e marca como início
• regiões de interação com proteínas
a. os dímeros H2A-H2B são dissociados
responsáveis pelo remodelamento da
b. tetrâmetros H3-H4 recém-formados são
cromatina =liberam a fita de DNA
adicionados preenchendo o “vazio”
desmontando as estonas = abre espaço
c. dímeros H2A-H2B metade novos, metade
para a helicase
originais, são adicionados aleatoriamente
*ativação OR → a região é fosforilada e só é
desfosforilada no final da fase M
>DNA-topoisomerase I e II evitam o
• marcação por CDKs
superenovelamento do DNA (torção)
• para cada 10 pares de nucleotídeos
replicados na forquilha, uma volta
completa na dupla-hélice parental deve ser
desenrolada
• se não aliviar a torção, o complexo não
consegue passar
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3. primase sintetiza mais de 1 primer em
posições alternadas
4. a polimerase sintetiza no espaço entre um
primer e outro, no sentido certo (saindo do
3’)
5. formação do fragmento de okasaki =
fragmento de DNA entre 2 primers
*esse processo demora mais do que na fita líder
Correção/atividade exonucleotídica
>além de fazer a polimerização, a polimerase faz a
primeira etapa de correção do DNA antes da
Processo de replicação
adição de um novo nucleotídeo
>precisa de um DNA molde que é copiado pela
• faz um e confere
DNA-polimerase
*se ela passar e as pontes de hidrogênio não forem
• sintetiza do sentido 5’3’ (adiciona
formadas (despareamento), ela volta, remove o
nucleotídeos livres na extremidade 3’ da fita
nucleotídeo, seleciona um novo e adiciona
recém-sintetizada = crescimento da fita)
• é um processo sequencial
>cada fita atua como um molde para a replicação
de uma nova fita
1. reconhecimento da OR pelo complexo de
reconhecimento de origem
2. helicase e primase são atraídas
• helicase deslisa e abre a fita
>fita de cima = líder = contínua
>fita de baixo = retardada
• primase sintetiza primer de RNA
3. 2 primers são sintetizados e ligados à Mecanismos de correção
polimerase
4. A polimerase sintetiza de forma contínua a
nova fita de DNA (add na extremidade 3’)
>ela para quando encontra uma nova OR
5. Enquanto a polimerase desliza, o complexo
de remodelamento vai remodelando e Sistema de reparo de DNA
montando nucleossomos 1. reconhecimento dos fragmentos de RNA
2. remoção
*na fita retardada não é contínuo, pois a 3. DNA-polimerase retorna e sintetiza os
polimerase não consegue fazer o sentido inverso espaços faltantes entre as extremidades
1. reconhecimento da OR pelo complexo de 4. DNA-ligase catalisa a ligação de cada
reconhecimento de origem pedaço
2. helicase e primase são atraídas 5. Formação de uma única fita
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Reparo de pareamento incorreto
>remove erros de replicação que não foram
identificados pela DNA-polimerase
>observa distorções na hélice = interação
incorretas entre as bases complementares
*Proteínas ligadoras de DNA de fita simples
• Fita contínua: quebras temporárias
>estabilizam o DNA e evitam que o pareamento
• Fita descontínua: clivagem
das fitas abertas volte a acontecer, ou que uma fita
pareie com si mesma
*a DNA-polimerase não apresenta afinidade pela *falhas nesse sistema podem predispor câncer
fita de DNA
• Fita contínua: existe uma cinta deslizante Telomerase
que impede que a polimerase se solte >enzima que sintetiza os “pedaços” faltantes das
• Fita descontínua: a associação entre a cinta fitas novas
e a polimerase é menor, pois elas se soltam • Sintetiza os telômeros = extremidades
toda vez que o fragmento de okasaki é >contém um molde com regiões repetitivas
finalizado (GGGTTA)
>isso garante que não ocorra encurtamento
telomérico
Complexo multienzimático
>maquinaria de replicação formada por todas as
proteínas envolvidas
>senescência replicativa = a célula perde a
capacidade de replicação devido ao desgaste e
inatividade dos telômeros
• Atividade ausente em células somáticas
• Baixa em células tronco
• Presente em células germinativas
-------------------------------------------------
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AULA 04 RNA
ESTRUTURAS DOS GENES >fita simples e instável
Gene = unidade da informação genética contida >suscetível a mutações
em um segmento da molécula de DNA >de fácil de gradação
>sequência de nucleotídeos que apresentam uma >ribonucleico = açúcar ribose
informação biológica expressa de forma regulada >bases:
>fragmentos de DNA transcrito em RNA • adenina + uracila
>porção codificante do DNA • guanina + citosina
• RNAt >forma grampos
• RNA ribossômico
• RNAm = codificante de proteínas O RNA é produzido de acordo com a
>estrutura específica complementariedade das bases
>sintetizado na forma de éxon + íntron 1. abertura e desespiralização de uma
intercalados pequena porção da dupla hélice
>só codifica proteína depois de um 2. uma das duas fitas serve de molde para a
processamento síntese da fita de RNA
• lRNA *a fita de RNA não fica ligada à fita de DNA-molde
• a cadeia de RNA é deslocada e a hélice de
Éxon = regiões codificantes DNA se reassocia (se liga de novo)
Íntron = região não codificante *o RNA é menor que o DNA e é liberado na forma
de fita simples
Mecanismo de transcrição
I. iniciação
>depende do reconhecimento da região
promotora = localizada antes do gene e
determina qual gene será transcrito
>a transcrição e a tradução são meios pelos quais >fase obrigatória para a transcrição
as células leem ou expressam as instruções II. alongamento
genéticas de seus genes >extensão do fragmento de RNA = ação da
• um único gene pede ser transcrito várias RNA-polimerase = polimerização
vezes de acordo com a necessidade da célula III. terminação
>formação de uma estrutura em grampo
>sequencias complementares presentes na
terminação que fazem pareamento e
formam um grampo = liberação do RNA da
RNA-polimerase
*a RNA-polimerase catalisa a formação de
ligações fosfodiester que se conectam os
nucleotídeos entre si, formando uma cadeia linear
>sentido único: 5’3’
>usa ATP
*a transcrição ocorre em uma mesma linguagem *múltiplas moléculas de RNA podem ser
transcritas ao mesmo tempo em uma célula
• várias polimerase no mesmo gene
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diferenças entre RNA polimerase e DNA 8. Descarte do fator sigma
polimerase 9. Movimento da polimerase sobre o DNA =
>RNA-polimerase trabalha mais rápido, porém sintetização do RNA de forma gradativa
não apresenta a mesma exatidão que a de DNA 10. Região terminador = dissociação e nova
>não apresenta correção exonucleotídica associação
• pois não há necessidade, os erros podem >começa de novo
ser degradados e nem sempre darão >presença de uma sequência de pares A e T
origem à uma proteína = formação de um grampo
>a mesma RNA-polimerase inicia e termina a • Isso desencadeia uma alteração
síntese de um gene sem dissociação do DNA conformacional do RNA = finalização
Tipos de RNA
*há medicamentos que utilizam o mesmo
mecanismo de pequenos RNAs para regulação da
expressão de genes tóxicos que causam doença
>unidade de transcrição = cada segmento de DNA
transcrito
• cada uma carrega uma informação
>os sinais de início e término da transcrição são
>a maioria do RNA é rRNA
heterogêneos = sequência consenso
-------------------------------------------------
• Nucleotídeos frequentes naquela posição
AULA 05 em diversos genes
TRANSCRIÇÃO • Alta frequência de T e A
Transcrição em procariotos
A. Iniciação *promotores de gene = sequência localizada antes
1. RNA-polimerase reconhece de acordo com do gene
o fator sigma • Genes que codificam proteínas abundantes
2. Formação da holoenzima são mais fortes que genes que codificam
>promotora da iniciação proteínas raras, isso tem a ver com os
3. A holoenzima abre a dupla-hélice promotores
4. Formação da bolha de transcrição *terminadores e transcrição = sequencias ricas em
>10 nucleotídeos separados e estabilizados A e T que pode ter um comportamento diferente de
pelo pareamento do fator sigma com uma acordo com a proteína ou gene codificado
das fitas
5. A fita livre serve como molde Transcrição em eucariotos
6. Fase de arraste = leitura e volta >requer várias proteínas
>10 nucleotídeos • RNA-polimerase I = rRNA
B. Alongamento • RNA-polimerase II = RNAm e regulatórios
7. Dissociação da região promotora = • RNA-polimerase III =RNAt
iniciação absortiva >os três são muito semelhantes
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Fatores gerais da transcrição
>conjunto de proteínas responsáveis pelo
reconhecimento da região promotora e pelo
posicionamento da polimerase na iniciação
• Fazem o papel do fator sigma
• Auxiliam no remodelamento da cromatina
*denominação:
A. TFIIA
B. TFIIB
C. TFIIC
D. TFIID
*II = polimerase II >a iniciação da transcrição necessita de um
*funções: complexo proteico = mediador
1. Posicionamento da RNA-polimerase II • Isso permite que as proteínas ativadoras se
sobre o promotor comuniquem com a polimerase II e com os
2. Separação da dupla fita de DNA fatores gerais de transcrição
3. Liberação da RNA-polimerase do promotor >precisa também do recrutamento de enzimas
= alongamento modificadoras da cromatina
• Fatores de alongamento/extensão
>diminuem a probabilidade de dissociação
da RNA-polimerase
• Complexos remodeladores de cromatina
>dependentes de ATP que podem mover-se
com a polimerase ou simplesmente podem
procurar e resgatar uma polimerase que
eventualmente esteja paralisada
• Enzimas modificadoras/chaperonas de
histonas
>ajudam a dissociar parcialmente os
>o reconhecimento e o posicionamento dependem
nucleossomos a frente de uma RNA-
de várias moléculas, e não de apenas uma
polimerase em movimento e a associá-los
após sua passagem
>TATA box = 25 nucleotídeos localizados antes do
sítio de início da transcrição
*para iniciar a transcrição, a RNA-polimerase II
i. Ligação entre TFIID (pelo TBP) ao TATA
deve ser liberada desse grande complexo de
box
proteínas
ii. Distorção do DNA = marco físico
-------------------------------------------------
iii. Outros fatores se associam a RNA-
polimerase
iv. Complexo de iniciação da transcrição
v. Polimerase II tem acesso à fita molde no
ponto de início
vi. TFIIH hidrolisa o ATP (contém DNA-
helicase) = separação das fitas
vii. Fosforilação da calda da RNA-polimerase
viii. Ligação entre RNA-polimerase e promotor
>é necessário que proteínas ativadoras se
liguem as sequências estimuladoras
