A ESTRUTURA DO DNA

● O código genético é universal, contudo parte da informação genética é

disparada de forma específica para cada tipo celular, o que gera a produção
de um conteúdo proteico diferente e consequentemente, diferencia cada
célula morfologicamente.
● Toda a informação genética está contida nos ácidos nucléicos.
● Molécula de DNA é uma dupla hélice e para ser viável (replicável) as fitas são
antiparalelas.
● Reentrância maiores e menores (major groove, minor groove) é fundamental
para os processos vitais do DNA, estabelecendo uma estrutura espacial
perfeita para interações com proteínas/enzimas.

O monômero que forma o DNA é composto por:

● Pentose (Açúcar de 5 carbonos);
● Fosfato inorgânico (PO4);
● Bases nitrogenadas.

Carbonos da molécula de açúcar:

● Carbono 1 - Sítio onde a base nitrogenada se liga;
● Carbono 2 - Determina uma ribose ou desoxirribose;
● Carbono 3 - Ponto de ligação de outros nucleotídeos;
 ● Carbono 4 - Completa o fechamento do anel, através da ligação com um
átomo de oxigênio com o C1;
● Carbono 5 – Ponto de ligação com os grupamentos fosfatos

Desoxirribose X Ribose
● Desoxirribose: Açúcar com 1 hidroxila -> DNA
● Ribose: Açúcar com 2 hidroxilas -> RNA
-> Essa diferença faz com que a DNA polimerase e a RNA polimerase sejam
específicas para cada molécula.
A interação entre os nucleotídeos é covalente (ligação fosfodiéster por
condensação), mas entre as fitas há interações fracas, pois a molécula de DNA
precisa ser maleável e separada em alguns processos. Por conta disso, algumas
regiões do genoma são mais ricas em CG do que AT (mais empacotadas), como os
telômeros que são mais estáveis, fazendo com que proteja a informação genética.

● A forma B é a mais estável estrutura assumida

por sequências randômicas de DNA, em condições
fisiológicas;
● As formas A e Z já foram cristalizadas in vitro;
● A forma A nunca foi vista em condições
fisiológicas; entretanto, a forma Z é encontrada em
pequenas regiões do DNA.

Estruturas G-quadruplex em células eucariotas:

● Não é capaz de duplicar e transcrever o DNA;
● Apresentam um metal catiônico e uma estrutura tridimensional rica em G
● Sequências ricas em guanina capazes de formar estruturas de quatro cadeias
chamadas arranjadas em quadrado de guaninas (uma tétrade) estabilizado
 por ligações de hidrogênio e pela existência de cátions monovalentes
(especialmente potássio) no centro;
● Podem estar envolvidas em sinalização de duplicação do DNA, pois são
observadas em fase S (síntese de DNA).
● Marcados em telômeros, centrômeros e cromossomos condensados
(metafásico)

DNA é uma molécula simples, estruturalmente, mas do ponto de vista funcional é

muito complexa. Por conta de seu enorme tamanho, a molécula precisa ser
empacotada, o que compromete a duplicação, transcrição e reparo, gerando uma
limitação.

Grande surpresa com o sequenciamento do DNA: Somente 2% codifica proteína. Por

quê? Um gene pode formar proteínas diferentes e há complexos proteicos em
diferentes tipos de células que possuem um arcabouço de proteínas semelhantes,
mas que interagem diferentemente com outras proteínas. Ou seja, diferentes tecidos
têm diferentes interações que geram diferentes funções, mesmo com arcabouço de
proteínas comuns -> isso gera uma otimização.

O restante dos genes que não codificam proteínas, mas protegem e regulam a
expressão gênica dos genes codificadores -> 98% com variações de sequências
heterocromáticas (extremamente condensadas)

Genes codificadores possuem íntrons -> regiões retiradas que não vão fazer parte da
cadeia polipeptídica, e éxons -> sequências que codificam as proteínas

Conforme a evolução, em termos de complexidade celular, a quantidade de

sequências não codificantes aumenta. Mostra que quanto maior o número de
cromossomos e tamanho do genoma, maior o tamanho de sequências não
codificadoras que coordenam e regulam os genes que geram proteínas.

Transposons:
● Sequências específicas que ocorrem em todos os seres vivos;
● Segmentos de DNA que não codificam para proteínas e que podem se mover
e serem introduzidos em diferentes regiões do genoma;
● Também são conhecidos como “genes saltadores”;
● Tamanhos variados ao longo da vida de uma célula sendo transportadas de
um lugar para o outros (peculiaridade importante);
● Regiões reguladoras e protetoras que em determinado momento estão em
um lugar e em outro momento em outro. Pode parecer algo deletério, pois
tirou um pedaço de um cromossomo para introduzir em outro, mas é
vantajoso.

Como os transposons migram?

● A enzima transposase reconhece o início e o final do transposon e corta a fita
de DNA nesses pontos (especificidade de reconhecer sequências
específicas/sítios de reconhecimento), libertando o elemento de transposição
no núcleo da célula.
● Uma vez livres, os transposons são capazes de se incorporar em outros
pontos do material genético específicos, por vezes dentro de um gene ou
junto a ele, influenciando seu funcionamento.
● OBS: Cromossomos mudam de tamanho à medida que transposons são
retirados e colocados.
● Isso pode afetar a função da célula do ponto de vista protéico? Sim, mas não
tão frequente, porque o genoma que codifica proteína representa só 2%
(pouca probabilidade cair dentro desses genes, além de entrarem em
sequências específicas) e 98% têm capacidade de receber os genes
saltadores, o que confere vantagens como a variabilidade genética. Se
acontecesse frequentemente poderia surgir várias mutações, deletérias ou
com ganho de função.
2 mecanismos de transposição:
● Cut and paste -> Transposon retirado e colocado em outra região (uma região
é diminuída e outra aumentada)
● Copy and paste -> Copiar um gene e colá-lo em outra região (ganho de função
da célula, proteína muito importante passa a ser gerada em maior
quantidade)

Retrotransposons (maioria):
● Em algum momento da evolução, retrovírus infectaram células, integraram
genomas e conferiram vantagens.
● Quando o vírus de RNA entra na célula, o RNA é lido pelo ribossomo e é
produzida a enzima transcriptase reversa, que irá fazer a transcrição reversa
de RNA em DNA, informação genética do vírus com sequências de
reconhecimento de transposase que irá inserir essa nova cópia de
retrotransposon no genoma.
A ESTRUTURA DO CROMOSSOMO

● Cromossomos condensados: preparação para duplicação e pouquíssima

atividade de replicação, transcrição e reparo.
● Cromatina = DNA + proteínas (histonas)
● Histonas possuem uma função muito específica: empacotamento do DNA,
por isso sua síntese é muito rápida e intensa em um determinado momento
celular, na fase S (duplicação do DNA).
● OBS: Bactérias não possuem proteínas histonas.
● Eucromatina: Forma levemente compactada de cromatina, capaz de sofrer o
remodelamento, que está frequentemente sob transcrição ativa.
Heterocromatina: Região extremamente empacotada e com pouca atividade
de transcrição e reparo (telômeros e centrômero), quase não tem genes
codificantes, possuem sequências satélites e transposons.
● Cromossomos homólogos: alelos idênticos ou com mudanças chamadas
polimorfismo, o que causa a variabilidade. Esse polimorfismo pode ocorrer
em função de transposons? Sim

Nucleossomos: 1º nível de compactação > Octâmero de histonas (4 dímeros

H2A,H2B,H3,H4) + 146 pares de bases.
● Entre nucleossomos há a histona H;
● Histonas são proteínas com carga positiva (alta proporção de aminoácidos
lisina e arginina);
● Interação do DNA com histonas é do tipo iônica (fraca, pois a todo momento
a cromatina precisa de remodelar);
● Nucleossomos -> fibras de 30nm -> rosetas -> cromatina

Telômeros: Regiões muito empacotadas que protegerem a região de eucromatina

● Os telômeros são sequências repetitivas (muito conservadas entre espécies)
de bases localizadas nas terminações dos cromossomos;
● Os telômeros previnem que cromossomos adjacentes interajam entre si
(proteção);
● Os telômeros são cruciais para a estabilidade dos cromossomos;
● As sequências dos telômeros variam entre espécies. Em humanos a
sequência é repetida cerca de 2.000 vezes nas extremidades de cada
cromossomo.
● Evolutivamente, era interessante que os telômeros fossem muito grandes,
pois há perda de sequências ao longo dos anos, a cada processo de
replicação -> envelhecimento
● Cada tecido tem uma meia vida, pois alguns replicam mais que os outros:
Maior telômero -> Maior tempo de vida celular
 ● Telomerase: Enzima responsável por adicionar a região do telômero na
replicação que só é expressa em células germinativas e tumores.
● A presença dos telômeros sugere o porquê de células somáticas terem um
número limitado de divisões -> a telomerase não está presente em células
somáticas (gene silenciado).
● Uma vez que células cancerígenas expressam a telomerase (mutação), elas
não apresentam limites no número de divisões -> alvo contra o câncer.
● Mecanismo da telomerase: Reconhece a região telomérica e introduz
sequências (sempre iguais -> microssatélites) que aumentam a fita a partir do
seu molde.
● Complexo shelterin -> proteínas que protegem os telômeros (em um loop)
● RESUMO: Células germinativas, presentes nos testículos e ovários, não
apresentam encurtamento dos telômeros pois possuem uma enzima
chamada telomerase, ausente em células somáticas, que tem a capacidade
de produzir telômeros a partir de um molde de RNA, sendo portanto uma
enzima do tipo transcriptase reversa.

São observadas sequências simples repetidas ao longo DNA que formam sítios
altamente polimórficos (varia de indivíduo para indivíduo), o que possibilita o seu
uso como marcas moleculares.
● Pode ter uma relação com transposons.
● Podem ser altamente repetitivas, sequências satélites, microssatélites (1-10
bp), minissatélites (>10), dinucleotídeos.

Polimorfismo de nucleotídeo único (SNP): Mesma região genômica, mas com 1bp
variável que confere polimorfismo (encontrado principalmente em regiões codantes)
● A cor dos olhos é determinadas por SNPs em genes de pigmentação
● Também presente em DNA mitocondrial
● Devem ocorrer em pelo menos 1% de uma população
● Ocorrência menor que 1% é considerado mutação (afeta atividade)
 ● Mutações no gene P53 levam a proliferação celular descontrolada e
aparecimento de tumor
● Tipos de danos ao DNA: radicais livres do metabolismo, radiação, agentes
químicos, erros na replicação
Mutação pontual: Mudança de uma única base.
Ex: Síndrome de Hutchinson-Gilford/Progeria -> Síndrome rara de envelhecimento
acelerado com manifestação precoce na infância que é causada por uma mutação
pontual do gene LMNA que codifica uma proteína (lâmina A) que prepara o
sequenciamento molecular do núcleo da célula.
● LMNA é uma proteína estrutural da parte interna da membrana nuclear;
● LMNA auxilia na organização da cromatina, tendo envolvimento na replicação
e transcrição;
● Pre-lamina A contém um CAAX box (C = Cisteína, A = aminoácido alifático,
não polares ou hidrofóbicos) ;
● Isso permite a farnesilação da cisteína que faz com que a pre-lamina A
reconheça e se ligue a membrana nuclear; a cisteína é clivada por uma
protease específica, resultando na liberação da porção farnesilada e
permitindo que a lamina A organize a membrana nuclear e suas funções;
 ● A mutação acontece justamente no motivo CAAX da pré-lamina A, não
liberando a lamina A da membrana e formando o que se conhece de alças
nucleares;
● Essa estrutura nuclear afeta a função nuclear com um fenótipo de um
envelhecimento precoce.
Ex: Anemia falciforme

Replicação do DNA
● A duplicação acurada do DNA é um pré-requisito à replicação celular e à vida
● Antes de dividir a célula precisa ter certeza que seu material genético está
duplicado
● Processo de replicação é muito conservado entre os seres vivos, pois o DNA
é universal
Ciclo celular:
● Fase G1 -> metabolicamente ativa, duplicação de organelas e início da
replicação dos centrossomos
● fase S -> Replicação do DNA
● Fase G2 -> Crescimento celular, produção de proteínas importantes para
divisão celular, centrossomos duplicados
● G2 checkpoint -> Conferir se DNA foi duplicado corretamente (caso não
tenha sido -> morte programada celular) por ciclinas (principais componentes
do controle celular, que chega a integrabilidade do DNA replicado)
controladas por proteínas CDKs (ciclinas dependentes de quinases ->
depositam grupamento fosfato na cadeia polipeptídica). Quinases fosforilam
(mudança conformacional) ciclinas e ativam suas atividades
● p53 (oncogene): controle do ciclo celular -> primeira a detectar dano celular ->
ativação de vias de reparo ou morte celular
● retinoblastoma (oncogene): quando não está fosforilada está inativa, ou seja,
não há problemas
● Fase Mitótica -> Divisão celular
A descoberta de Chargaff, que mostrou que uma fita é complementar a outra, com a
subsequente descoberta da estrutura do DNA por Watson-Crick, foram
determinantes para se concluir que a duplicação do DNA depende de um molde e é
semi-conservativa.

O DNA parental é parcialmente desenovelado em algumas regiões no processo de

replicação -> A replicação tem início em pontos/sítios específicos do DNA (para não
ocorrer impedimentos estéricos) denominados de “forquilhas de replicação”
(sequências ricas em AT: ligações mais fracas do que CG e não formam quadruplex)
-> estratégia para acelerar o processo: forquilhas em diversas regiões do genoma ao
mesmo tempo

Após o início da replicação, o processo se estende em ambas direções (bidirecional)

-> uma fita molde sendo replicada em um sentido e outra fita em outro

Cromossomos eucariotos são mais complexos do que procariotos -> estrutura do

empacotamento do DNA nos eucariontes é mais complexa (histonas), quantidade
de cromossomos, controle de reparo e presença de telômeros

DNA Polimerase I, II e III -> minimização de erros

● Atividade proofreading: reconhecimento de erros
● Maquinaria especializada para conferir e reconhece diferentes erros em
diferentes regiões da molécula
● Cada subunidade do complexo protéico possui um papel
● endonuclease (subunidade α) -> enzima nuclear que degrada/corte ácidos
nucleicos “dentro” da estrutura (ligações fosfodiéster)
● exonuclease (subunidade ε) -> enzima nuclear que reconhece hidroxilas ou a
partir da atividade 5’ ou 3’ (cliva extremidades)
● DNA Polimerase I: Função de reparar e remendar o DNA danificado e para
tanto apresenta as atividades polimerasica 5’→3’ e exonucleásica 3’→5’ e
5’→3’.
O processo de síntese de nucleotídeos pela DNA polimerase é dinâmico e envolve
associação e dissociação da enzima na molécula de DNA -> A velocidade da
replicação está diretamente relacionado com a permanência da enzima no DNA.

A taxa de replicação gira em torno de 50.000 nucleotídeos por minuto e a replicação

do DNA é um processo extremamente fidedigno, com 1 erro a cada 100.000 de
nucleotídeos.

Durante a polimerização, a discriminação entre a adição de um nucleotídeo correto e

um incorreto depende da geometria assumida pela complementaridade de bases ->
O sítio ativo da DNA polimerase é capaz de encaixar apenas o pareamento com a
geometria correta.

Um pareamento incorreto será imediatamente rejeitado pela enzima antes mesmo

da formação da ligação fosfodiéster (endonuclease).

DNA polimerase é uma enzima que não é capaz de começar a polimerizar se não
tiver uma fita dupla, não reconhece uma fita simples como ocorre quando o DNA é
separado
● Pré-requisitos: Uma pequena molécula chamada primer (fita dupla) e
terminação 3’ OH livre (reconhece o sítio catalítico do primer)
● Com isso, a DNA polimerase só começa a polimerização quando começa a
incorporar o primeiro nucleotídeo trifosfatado (precisa de hidrólise de
ATP/GTP/TTP/CTP (dNTPs) para começar a atividade -> alteração de
conformação)
 ● A DNA helicase é a enzima que separa a dupla fita do DNA, contudo para que
as fitas se mantenham separadas estavelmente são necessárias proteínas
que se ligam a essas fitas simples (reconhecem as reentrâncias menores). A
hidrólise de ATP faz a helicase ter alteração conformacional e se movimentar.
● Sintetização de primer ocorre pela enzima DNA primase, que não depende de
molde e é especializada em fazer ligação fosfodiéster e formar um segmento
curto de RNA. Com isso, a DNA polimerase pode começar a polimerização
(5’->3’)
● Como as 2 DNA polimerases andam juntas se as duas fitas são bidirecionais,
tendo a polimerização em direções opostas? Uma fita terá sua síntese mais
rápida (fita contínua) que a outra, enquanto ocorre uma reestruturação da
molécula de DNA que deixa a fita no sentido 3’->5’ e atrasa a outra DNA
polimerase, fazendo com que, na parada, a ação da DNA primase reconheça a
molécula/substrato e coloca os primers na região 5’ -> fragmentos de
Okazaki
● Estrutura proteica que une as 2 DNA polimerases: Grampo
● DNA ligase une os fragmentos de Okazaki (sem os primers)
Topoisomerases: À medida que a helicase abre a fita dupla de DNA, são
gerados nós e um superenovelamento na molécula que é resolvido com as
topoisomerases que cortam/quebram os nós e refazem.

Origens de replicação -> DNA helicases separam as fitas -> SSBPs (reconhecem
estruturas e não sequências) -> síntese pela DNA polimerase (5’->3’)

Regiões que especificam onde são as origens de replicação (250 bp ricas em AT)
possuem proteínas específicas que iniciam a replicação: Proteínas iniciadoras da
replicação -> plataforma molecular para reconhecimento da DNA Helicase
Transcrição

A partir da molécula de DNA toda informação genética vital precisa passar por uma
molécula intermediária (RNAm) para que seja codificada em proteínas, sendo que
muitas serão usadas novamente para o reconhecimento de regiões não codificantes
(agentes sinalizadores) que regulam a transcrição -> ciclo

Eucariotos x Procariotos
● Presença de íntrons e éxons em eucariotos, enquanto em procariotos o
RNAm utiliza toda informação para produção de proteínas
● Ocorre no núcleo em eucariotos e no citoplasma em procariontes
● 3 processamentos do RNAm em eucariotos (cap 5’, cauda poli-A e splicing)
● Em eucariontes há mecanismo de exportação do RNAm do núcleo para
citoplasma
1- número bem menor de proteínas participando;
2- Transcrição e tradução ocorre quase que simultaneamente;
3- não é necessário a translocação do mRNA através do núcleo;
4-DNA menos empacotado.

Células possuem receptores na sua superfície que recebem informação para

replicação
Em um determinado momento, um determinado tipo celular recebe informações que
demandam proteínas a partir de receptores que captam essas informações
(sinalização) -> A célula precisa ter uma demanda para que proteínas sejam
produzidas

A sinalização é fundamental para sobrevivência, divisão, diferenciação e morte

programada (mutação) da célula.
 ● Proteínas são produzidas e degradadas a todo momento, com exceção de
proteínas constitutivas (Ex: RNA polimerase) -> Constantemente sendo
sintetizadas e transcritas.
● Expressão gênica -> Gene ativado/expresso ou silenciado/não expresso
● Um gene é considerado expresso quando é possibilitado reconhecer na dupla
fita de DNA qual é a região/fita de cima ou de baixo que vai ser transcrita
(sentido 5’->3’)
● Há atuação das topoisomerases e quem abre o DNA são fatores de
transcrição

RNA POLIMERASE
● A RNA polimerase não tem afinidade por desoxirribonucleotídeo, seu sítio
catalítico reconhece apenas nucleotídeos com OH.
● O RNAm pode ser sintetizado a partir de qualquer uma das fitas de DNA,
então o que determina qual fita servirá de molde é a sequência regulatória
(PROMOTOR) contida no DNA. Ou seja, a RNA polimerase reconhece
sequências específicas, antes/adjacentes aos genes, que podem estar perto,
geralmente, ou não (dobramentos das cromatinas podem permitir) que
determinam a direção da transcrição.
● A RNA polimerase não necessita de um iniciador ou primer
● Ao longo da evolução surgiram sequências de "silenciadores" (reconhecidas
por proteínas que impedem a transcrição) que foram pseudogenes que não
são lidos.
● Todas as RNA polimerases são compostas por múltiplas subunidades -> A
RNA Pol de bactérias apresentam uma sub-unidade adicional (ausente em
eucariotos), chamada de fator Sigma σ, que auxilia na ligação com o DNA
 ● Basicamente, a RNA polimerase reconhece a região promotora e inicia a
polimerização da fita de RNA com ribonucleotídeos a partir do molde da fita
de DNA.
● Comparando os complexos de bactéria, archaea e eucarioto, as RNA
polimerases são parecidas pois é o mesmo processo catalítico (DNA->RNA)
● RNAs polimerases para RNA mensageiro, transportador e ribossomal são
diferentes.
● Diferença RNA polimerase bactéria x eucariotos: Cauda CTD (domínio
C-terminal) -> Produto de uma duplicação gênica que possui um papel central
na coordenação dos eventos de processamento, pois tem sequência
repetidas de sete aminoácidos que são sítios de ligação para proteínas
importantes para a adição do CAP, para o splicing, clivagem e poliadenilação
do RNAm.

● Além de reconhecer o promotor, A RNA polimerase precisa reconhecer e

chegar no sítio de iniciação de transcrição = códon de iniciação (ATG), onde
será inserido o primeiro ribonucleotídeo -> Mais um fator para regiões
codantes serem raras, há diversos pré-requisitos
● Sítio de terminação = códon de parada (impedimento estérico)
● Cada gene (em bactérias, cada grupo de genes transcritos juntos) tem seu
próprio promotor

Promotores em bactérias
● Em bactérias, a sequências de promotores são similares
● Além da sequência do promotor, a RNA polimerase precisa reconhecer
espaçamentos, que gera uma conformação a ser reconhecida.
● Um promotor bacteriano típico contém duas sequências de DNA importantes,
os elementos -10 (PRIBNOW BOX) e -35 (-35 BOX). A RNA polimerase
reconhece e se liga diretamente a essas sequências. As sequências
posicionam a polimerase no ponto certo (A subunidade sigma - que só existe
em bactérias - interage especificamente com as sequências -35 e -10 do
 DNA) para iniciar a transcrição de um gene alvo e elas também asseguram
que a mesma está apontando para a direção correta.
● Assim que a RNA polimerase se estabelece, ela abre o DNA e começa a
trabalhar. A abertura de DNA ocorre no elemento -10 onde as fitas são fáceis
de separar devido aos diversos AT.
● OBS: Os elementos -10 e -35 são nomeados assim porque eles vêm 35 e 10
nucleotídeos antes do sítio de iniciação (+1 no DNA). Os sinais de menos
apenas significam que eles estão antes, e não depois, do sítio de iniciação.

Promotores em eucariontes
● Em eucariontes, a principal RNA polimerase em suas células não se liga
diretamente aos promotores como a RNA polimerase bacteriana. Ao invés
disso, proteínas acessórias chamadas fatores de transcrição basais (gerais)
se ligam primeiramente ao promotor, auxiliando a RNA polimerase em suas
células a obter um ponto de apoio no DNA.
● Muitos promotores eucarióticos possuem uma sequência chamada de TATA
box. Ele é reconhecido por um dos fatores gerais de transcrição, permitindo
que outros fatores de transcrição e eventualmente a RNA polimerase se
liguem. Ele também contém muitos As e Ts, o que torna mais fácil de separar
as fitas de DNA.
Sistema Operon em bactérias
● mRNA policistrônico = MÚLTIPLOS GENES CONTIDO NUM ÚNICO mRNA
● Um promotor regular diferentes genes, dependendo da via metabólica
● EX: Via sintética do aminoácido triptofano

Processo da transcrição
Há sequências reguladoras em eucariotos pois os cromossomos são maiores e há
uma maior maquinaria, com mais proteínas envolvidas e uma transcrição mais
estável -> material genético em eucariontes se encontram muito condensados.
Sequências potencializadoras fazem com que a maquinaria envolvida na
transcrição, incluindo a RNA polimerase, fiquem estáveis.

RNA Polimerases
● RNA Pol I: Responsável pela síntese de RNA ribossomais (ribozimas =
ribossomos);
● RNA Pol II: Responsável pela síntese de mRNA;
● RNA Pol III: Responsável pela síntese de tRNA (todos são muito similares) e
pequenos RNA.
● Há diferentes tipos de RNA polimerases porque cada uma reconhece
promotores diferentes que identificam genes específicos para cada tipo de
RNA.
● Além da diferença de tamanho, sequência e estrutura, o RNAm (o mais
diferente e diverso) é decodificado na forma de proteínas enquanto os outros
se mantém na forma de RNA.
● Ancestral comum: Bactérias

● Surgimento da cauda CTD = eucariotos

Transcrição em eucariotos
● Primeira coisa que sinaliza um gene como codificante de proteína é a região
promotora.
● Antes da RNA polimerase efetivamente saber onde é o início da transcrição,
existem proteínas sinalizadoras (fatores de transcrição), como a primeira
TFIID (proteína ligadora ao TATA box que possui a subunidade TATA-Binding
Protein) que reconhece a sequência do TATA box e serve como esqueleto
para acoplar os fatores do complexo remanentes. Depois, a TFIIB interage e
recruta outras proteínas em diante, como o TFIIF que possui a RNA pol e o
TFIIE que se juntam ao TFIIH e aos outros fatores, formando o complexo de
transcrição. Uma dessas proteínas que é fundamental é a TFIIH, pois causa
mudança conformacional e ativa a RNA polimerase.
● A TFIIH é uma proteína quinase que faz a fosforilação da cauda CTD, rica em
serina que é substrato para as quinases. Quando a cauda CTD é fosforilada
há mudança da conformação da enzima e se inicia a polimerizaçã[Link] o
complexo é liberado, mantendo apenas a TATA-binding Protein (TBP)
● A RNA polimerase é a proteína que efetivamente faz a catálise do RNAm
 ● enhancers ou acentuadores são sequências de DNA que aumentam a
afinidade da maquinaria de transcrição por um certo promotor

● Sabendo que a cromatina é extremamente condensada com histonas, a

região que os genes devem ser ativados devem ser descondensados e
desprovidos de histonas, a partir da acetilação e metilação.

RNAm de procarioto
● Na região 5’ não traduzida há uma sequência chamada Shine-Dalgarno
(AGGAGGU) que é importante para o reconhecimento pela parte ribossomal
16S (subunidade menor), por meio de um pareamento. Com isso, é recrutada
a subunidade maior.
 ● Proteínas de fatores de iniciação nos ribossomos interagem com a
subunidade menor que impedem que as subunidades se associam e
estabilizam o complexo. Quando é desfeito, ocorre uma mudança
conformacional que recruta a outra subunidade.

Processamento da molécula de mRNA nos eucariotos (Presença da cauda CTD)

● Regiões 5’ UTR e 3’ UTR: Untranslated region -> Regiões não

codificantes/traduzidas na molécula primária do RNAm fundamentais para o
reconhecimento pela RNA polimerase de modificações (Cap 5’ e Poli-A),
servindo de plataforma físicas para essas estruturas.
● RNAm sem o 5’Cap e o 3’ Poli-A não é traduzido, pois os ribossomos não
reconhecem esse RNAm.
● A função dessas modificações parece ter uma ação protetora (cauda poli-A
principalmente) para a molécula de mRNA, que é extremamente lábil; Essa
proteção se daria a partir da interação de proteínas a essas terminações
modificadas;

● 5’ CAP: 5’UTR reconhece um complexo de 4 enzimas que reagem e formam

no final uma guanosina metilada -> Condensação de uma guanina com o
tri-fosfato na terminação 5´ do mRNA
● Cauda Poli-A: Sequência sinalizadora (poli insignal) na região 3’UTR é
reconhecida por um complexo de enzimas que polimerizam a cauda poli-A
(polimerase poli-A)
● À medida que a RNA polimerase polimeriza o RNAm, essa molécula é
processada e modificada. A cauda CTD serve como interface de interação
com esses complexos enzimáticos, interagindo e recrutando-os.
● OBS: Em bactérias isso não ocorre por conta da ausência da cauda CTD,
mesmo que possua esses complexos.

● A sequência do genoma é importante para o controle dos processos porque é

a plataforma para que proteínas e enzimas interajam com o ácido nucleico.
● Splicing: Retirada de íntrons -> O que determina o que é um íntron é a
sequência específicas de bases que são reconhecidas e retiradas pelo
spliceossomo (RNA+proteínas), que podem ser ribozimas,
ribonucleoproteínas etc, que formam uma alça, retiram esse pedaço e selam
os éxons.
● Somente transcritos sintetizados pela RNA Polimerase II apresentam 5´ CAP
e 3´ Poli-A, pois as enzimas que promovem essas modificações interagem
seletivamente com a RNA Pol II e não com a RNA Pol I ou III.
● Se o promotor de um gene, que é normalmente transcrito pela RNA Pol II for
trocado por um promotor de RNA Pol I ou Pol III, esse RNA não terá 5´ CAP ou
Poli-A e, portanto, não será reconhecido pelos ribossomos.
● O transporte do mRNA do núcleo para o citoplasma é feito somente após o
mRNA ter sido totalmente processado -> receptores presentes no poro
nuclear reconhecem formas processadas do mRNA
● Cada tipo de RNA tem um sistema de transporte.
● Várias proteínas funcionam de uma forma no núcleo e de outra no
citoplasma, interagindo com diferentes moléculas por conta de modificações
pós-traducionais.
 ● Splicing alternativo: Um mesmo gene, dependendo da sinalização e
organização da cromatina, a maquinaria do spliceossomo pode pular um
éxon ou outro -> Vantajoso porque pode produzir uma proteína com éxon 1,2
e 3 ou 1,2 e 4, formando duas proteínas diferentes/isoformas (se perde uma
parte do polipeptídeo muda sua conformação e passa a interagir com
proteínas/partículas diferentes) a partir de um único gene.

RNAm de histonas
● RNAm de histonas (4 genes em grande quantidade) é sintetizado na fase de
replicação do DNA (S), já que sua única função é o empacotamento dessa
molécula.
● Esses mRNAs são diferenciados e os únicos a não possuírem cauda Poli-A,
pois, após sua alta demanda (na fase S), devem ser rapidamente degradados
(meia-vida = cerca de 1h). Além disso, as histonas são quimicamente ácidas
(positivas), o que geraria uma grande interação entre si e com outras
proteínas no meio.
● OBS: A cauda Poli-A atua como proteção contra degradação, pois há
mecanismos que controlam a quantidade de mRNA sendo produzida, que
podem ser degradados em situação de excesso pelas nucleases.
● No lugar da cauda Poli-A, para serem reconhecidos pelos ribossomos, o
RNAm de histonas apresenta uma estrutura protetora em forma de “loop” na
sua terminação 3 ́, que mimetiza a cauda Poli-A.
RNAs ribossomais e RNAs transportadores também sofrem processamentos
● Precisam ser processados para ser ativados, mas esses processamentos são
pós-transcricionais.

● RNA ribossomal é transcrito pela RNA polimerase específica na forma de um

precursor, enzimas metilam regiões de sítios de cortes para sinalizar enzimas
que irão fazer esses cortes e assim são formados os ribossomos e proteínas
ribossomais.

● RNA transportador possui diferentes genes, específicos (região do anticódon)

para cada aminoácido mas que possuem basicamente a mesma estrutura.
Todo RNAt possui sequências iguais nas extremidades 3’ e 5’, que são
cortadas durante o processamento para a catálise do anticódon. Além disso,
as bases são metiladas. O que é fundamental é a adição da sequência CCA
(reconhecida pelas enzimas que irão reconhecer esses aminoácidos na
tradução) -> RNA Maduro: Sem uma sequência 5’, com substituição do 3’ pela
sequência CCA, metilação de alguns resíduos e retirada de outros.
● Essas modificações geram modificações conformacionais para que seja
reconhecido especificamente qual aminoácido será ligado.