Base nitrogenada: Adenina (A), Guanina (G), Citosina (C), Timina (T) ou Uracila (U).

Nucleosídeo: base + açúcar.

Nucleotídeo: base + açúcar + grupamento fosfato.

Ácidos Nucleicos
Polímeros lineares de nucleotídeos unidos por ligações fosfodiéster.

Podemos adquirir a partir de:

● Metabolismo, pela Via Glicolítica e Ciclo do Ácido Cítrico;
● Alimentação, por meio de tecidos de animais e vegetais (raro).

Estrutura Geral
DNA RNA

Polímero de desoxirribonucleotídeos. Polímero de ribonucleotídeos.

Bases púricas (2 anéis): Adenina (A) e Guanina (G).

Bases pirimídicas (1 anel): Citosina (C) e Timina Bases pirimídicas (1 anel): Citosina (C)
(T) (+ estável, mas se sofrer mutação se torna U). Uracila (U) (- estável).

Pentose: Ribose.
OH gera instabilidade, já
que é mais suscetível à
Pentose: Desoxirribose. oxidação, o que permite
H gera estabilidade. o RNA ser uma molécula
transitória, que é
rapidamente ciclada e
degradada.

Grupos Fosfato: permite ligações fosfodiéster.

 Estrutura 1ª
Ordem de resíduos de nucleotídeos de um ácido nucleico.
A síntese de um ácido nucleico ocorre sempre no sentido 5’ → 3’, já que é o sentido da síntese.
RNA: fita simples e menor que DNA, já que contém apenas informações específicas. Sua fita simples
o deixa mais suscetível a reações dentro das células, aumentando sua instabilidade, o que facilita sua
degradação, reciclagem e síntese de novos RNAs.

Estrutura 2ª
Pareamento de bases complementares.

RNA
Podem ser bastante complexas:

Tipos: relacionados à estrutura secundária.

● RNA Codificante (4% do total de RNAs da célula): mRNA.
● RNA Funcional (96%): não gera proteínas, mas tem função regulatória: rRNA, tRNA.

DNA
Fita dupla, uma organização espacial que surge da interação entre as bases nitrogenadas.
● Antiparalelismo: favorece a formação das pontes de Hidrogênio, o que estabiliza a estrutura
secundária, além de proporcionar a internalização das bases, as protegendo contra reações
químicas → informações genéticas estáveis por mais tempo.
● Complementaridade: o pareamento das bases nitrogenadas, ou o Pareamento de Watson-Crick
explica que o número de pontes de Hidrogênio entre T/A e C/G ajuda na estabilidade química da
molécula. Assim, seres com uma maior quantidade C/G possuem moléculas de DNA mais estáveis,
e geralmente são seres extremófilos, que precisam proteger o DNA de danos mais graves. Isso se
dá porque a ligação C/G usa 3 pontes de hidrogênio, enquanto T/A apenas 2.
★ Esqueleto fosfodiéster: conjunto de pentoses e pontes fosfodiéster voltados para a parte externa.
Sulcos na Dupla Fita: as ligações glicosídicas (base + açúcar) não estão diretamente opostas à
dupla hélice, o que gera 2 cavidades desiguais. Nessas cavidades, principalmente na maior, as bases
estão expostas ao meio solvente, e são quimicamente distinguíveis, assim, proteínas que interagem
com sequências específicas podem identificá-las sem rompê-las.
Tipos: porções de DNA com conformações alternativas.
● Conformação A: uma força em cada extremidade compacta a molécula, de modo que a silencia →
porção não é transcrita.
● Conformação B: transcricionalmente ativa.
● Conformação Z: 2 forças laterais.
A célula pode mudar a conformação das porções, dependendo da utilização da informação contida
naquela porção. Se a célula não está precisando transcrever aquele gene, ela compacta aquela
porção, a tornando mais estável e dificultando a interação com proteínas. Essa mudança de
conformação é facilitada por proteínas que se ligam a fita de DNA em posições específicas, são
conhecidas como Proteínas Ativadoras ou Repressoras.
 Estrutura 3ª
Supertorção (apenas DNA).

Enrolamento da dupla hélice sobre ela mesma,

auxiliado por proteínas Topoisomerases, que
quebram transitoriamente as ligações fosfodiéster.
Topoisomerase tipo I: cliva apenas 1 fita do
DNA.
Topoisomerase tipo II: cliva as 2 fitas do DNA.

A supertorção pode ser dividida em:

● Superenrolado.
● Relaxada ou Forma Plana.

Desnaturação
Perda da estrutura secundária por quebra das pontes de Hidrogênio, pode ocorrer por:
● Calor acima de 90°C (mais comum).
● Radiação.
● Metais pesados.
Geralmente se renaturam.

Organização Gênica
Eucariontes: genoma estruturado dentro de um núcleo, a célula contém organelas que podem conter
genomas próprios.
Procariontes: genoma principal (nucleóide), está no citoplasma já que não há compartimentalização
interna.

Genoma
Coleção de moléculas de DNA em uma célula.

Componentes:
● Região Codificante/Sequências Codificantes: sequências nucleotídicas que, na transcrição, dão
origem a RNAs. Genes.
● Regiões Reguladoras/Sequências não Codificantes: não geram RNAs, mas possuem função
regulatória, geralmente flanqueiam as regiões codificantes, controlando sua expressão, mas
também podem estar dentro de genes. O aumento das regiões codificantes em uma genoma, é
dado de acordo à complexidade tecidual, já que necessita de mais regulação.

Genes
Orientados de 5’ para 3’ (sentido da transcrição).
3 partes principais:
● Promotor: a montante da sequência codificadora, é uma sequência regulatória, o ponto de ligação
para RNA polimerase,
● Sequência codificante.
● Terminador: a jusante da sequência codificadora, é uma sequência regulatória, indica o local onde
a RNA polimerase deve sair.
 Procariontes
Podem compactar seu genoma com atuação de proteínas específicas que geram alças.

Nucleóide/Genoma Principal
Praticamente todos os componentes necessários para a sobrevivência e reprodução da célula.
● Geralmente circulares.
● De milhares a milhões de pares de base.
● Ricos em genes (dependendo do nicho do organismo, o nº de genes muda, por exemplo, um
organismo parasita tem número menor de genes, já que consegue seus nutrientes do hospedeiro).
● Tamanho proporcional ao número de genes.
Peculiaridades
● Óperon/Genes Policistrônicos: unidade funcional do genoma, na qual duas ou mais regiões
codificadoras ocupam posições adjacentes, tendo o mesmo promotor e o mesmo terminador.
● Cístron: equivalente a um gene, geralmente codificam produtos similares de funcionamento.
● Regiões Intercistrônicas: entre cístrons.
Benefícios dos Óperons:
● Expressão coordenada.
● Economia de espaço no DNA.

Elementos Genéticos Móveis

Pequenas moléculas de DNA não necessárias para sobrevivência e reprodução da célula, mas
possuem papel fenotípico ou de adaptabilidade. Fagos, plasmídeos e transposons.
Mobiloma: conjunto de elementos genéticos móveis de uma célula.
Podem ser transmitidos:
● Transversalmente: fissão binária.
● Horizontalmente: 2 células fazem contato e o elemento genético passa de uma para outra.
Sempre há um doador e um receptor e pode ser dividida em:
● Conjugação: contato de bactéria doadora com a bactéria receptora, através da parede celular
ou “pili” (estrutura proteica), então o plasmídeo é replicado e transmitido ao doador. Às vezes,
partes do genoma do nucleóide do doador são copiadas e transmitidas, o que aumenta a
diversidade genética da população.
● Transformação: fragmento de DNA do ambiente, é incorporado no nucleóide, e entra pelos
poros da membrana celular (pode ser um plasmídeo).
● Transdução: quando ocorre transferência genética de material cromossômico de bactéria
mediada por bacteriófago.
Tipos:
● Fagos: vírus de DNA ou RNA que infectam apenas procariontes. Reconhecem a superfície da
célula, se ligam, comprimem e injetam uma agulha proteica, expulsando seu material genético para
dentro do citoplasma da célula. Possui 2 ciclos:
● Ciclo Litíco (fago virulento): formação de novas partículas virais, seguida de lise celular que
libera as partículas ao meio externo.
● Ciclo Lisogênico (fago temperado): fago injeta material genético e se integra ao genoma do
nucleóide, tornando-se um profago, uma forma inativa enquanto bem nutrida e pouco
estressada, ou seja, propagação sem morte induzida do hospedeiro, que se multiplica e passa o
fago para células filhas.
Quando ocorre estresse, o Ciclo Lisogênico passa para Ciclo Litíco, a saída do profago induz a
quebra do genoma nucleóide, e pedaços do nucleóide podem ser empacotados em fagos e
transmitidos para outros receptores.
 ● Plasmídeos: molécula de DNA pequena, circular e extracromossômica, que conferem vantagem
para o procarionte, como antibiótico, degradação de componentes de petróleo. Só é mantido na
célula se conferir alguma vantagem, se não conferir, é eliminado. Pode ter cópia única ou centenas
de cópias do plasmídeo na célula, isso depende da sua função e ambiente
● Elementos Transponíveis/Transposons: moléculas de DNA linear, com 1 ou 2 genes, sendo que
1 desses codifica uma enzima chamada de Transporase, que possibilita ao Transposon saltar de
uma posição para outra. Conhecido como DNA saltatório. Mecanismos de transposição:
● Transposição Conservativa: transposon sai de uma posição, por meio da transporase, e se
insere em outra, de forma não aleatória (condições, sequência, etc).
● Transposição Replicativa: transposon cria uma cópia, que é inserida em outra posição.
Consequências de eventos de transposição:
● Inativação insercional dos genes;
● Ativação de genes anteriormente inativos;
● Recombinação homóloga;
● Transferência genética horizontal;
● Aumento da plasticidade dos genomas.

Eucariontes
Genoma mais compactado, o que demanda um alto grau de organização, bem como diferentes graus
de compactação para armazenar esse material no núcleo da célula.
Compactação
Nucleossoma: unidade fundamental de compactação da cromatina, DNA com proteínas (histonas).
Histona: cada nucleossomo tem 2 cópias de cada (H2A, H2B, H3 e H4), formando um octâmero de
histonas, o DNA dá quase 2 voltas em cada octâmero, e então cada octâmero se enrola sob ele
mesmo. A ligação entre o DNA e as histonas se dá pela carga positiva das proteínas e cargas
negativas da molécula de DNA.

Genoma Nuclear
A região codificadora (éxons) é interrompida por íntrons - genes interrompidos.
Quanto mais complexo o organismo, mais íntrons ele terá.
Ter os genes interrompidos permite que um mesmo gene dê origem a diferentes proteínas de acordo
com diferentes combinações dos éxons.
Splicing: tira os íntrons do pré-RNA, formando um RNA maduro, também pode combinar ou retirar
éxons. Diferentes formas de splicings ocorrem em diferentes tecidos, células e estágios de
desenvolvimento.
A grande maioria do DNA é formada por íntrons, e outra grande parte por DNA repetitivo (origem em
transposons que perderam suas funções).
Sequência Intergênica
Sequência não associada diretamente a genes, constituída, em grande parte, por elementos
transponíveis e outras classes de DNA repetitivos (DNA satélite).
Exemplo de Retrotransposons - possível origem em elementos transponíveis.

🇮
● Sine: “curto”, de 100 a 500 pb, em primatas a principal é o sítio de clivagem para endonuclease de
restrição Alu .
● Line: “longo”, até 7kb, pode apresentar transcriptase reversa de retrotransposon.
Famílias Multigênicas
Genes que possuem funções muito semelhantes.
Evidência de processo evolutivo com duplicação gênica.
Podem ocorrer diferenças no padrão de expressão nos genes das famílias, como em diferentes
tecidos, células e estágios do desenvolvimento (=splicing pq depende dele).
 ● Genes Ortólogos: genes semelhantes em espécies diferentes, mostra a duplicação do gene em
um ancestral comum, onde cada cópia ficou em uma espécie diferente.
● Genes Parálogos: genes semelhantes na mesma espécie.
● Se houver pressão seletiva em ambos: permanecem iguais.
● Se houver pressão seletiva só em um gene e o outro se degradar (por alto número de
mutações): pseudogenes, parálogos não funcionais.
● Se houver pressão só em um gene e o outro não degradar: muda a função do outro.
Os genes sem família multigênica são chamados genes únicos.

Genoma de Organelas
Genomas de organelas semelhantes a procariotos (teoria da endossimbiose).
Genoma do cloroplasto: semelhante ao de cianobactérias.
Genoma da mitocôndria: semelhante ao de proteobactérias (bactérias ancestrais).

Síntese de DNA - Replicação

Mecanismo conservado evolutivamente, essencial na divisão celular.
Mecanismos em que uma molécula de DNA é usada como molde para a síntese de novas moléculas
que serão transmitidas para as células filhas.

Componentes
Fitas parentais: fitas antigas, que servirão de molde para síntese das fitas novas.
Fitas filhas: fitas novas.
Fita-líder: fita que segue o sentido 5’ → 3’, é sintetizada mais rapidamente.
Fita-atrasada: fita que segue o sentido 3’ → 5’, é sintetizada mais lentamente e descontínuamente,
“fragmentos de Okazaki”.
Proteínas e enzimas (repliossomo):
DNA polimerase:
● Replicativas: formam fitas filhas a partir das parentais, necessita de iniciador, também chamadas
de replicases;
● Reparação: removem danos das fitas filhas e removem iniciadores de RNA (resquícios do
“mundo de RNA”). Em procariontes é a DNA polimerase I (exonuclease 5’ → 3’), e em
eucariontes são 13.
Atividade bioquímica:
● Polimerização 5’ → 3’: forma fitas filhas ou adiciona segmentos de DNA;
● Exonuclease 3’ → 5’: “correção de erro”, atividade corretora ou de edição, remove nucleotídeos
erroneamente colocados e adiciona o nucleotídeo correto. Sentido inverso da polimerização.
Importante para a diminuição de mutações;
● Exonuclease 5’ → 3’: comum em DNA polimerase de reparação, onde ocorre a remoção de
segmentos de DNA ou dos iniciadores → translação de corte.

DNA polimerase I Reparação Exonuclease 5’ → 3’

Exonuclease 3’ → 5’
Procariontes
DNA polimerase III Replicativa Exonuclease 3’ → 5’
Alta fidelidade.

DNA polimerase Replicativa Exonuclease 3’ → 5’

delta/δ/Δ
Eucariontes
DNA polimerase alfa Reparação Exonuclease 5’ → 3’. Remoção dos
reparadores, e pode sintetizar iniciadores.
 Proteína DnaA: liga-se a origem, alterando a estrutura da fita de DNA, induzindo a formação de um
“laço” que abre a dupla fita parental, expondo o olho ou bolha replicativa, permitindo a ligação do
complexo da DNA polimerase.
Topoisomerase:
Topoisomerase I: induz o relaxamento da dupla fita, facilitando a passagem da DNA polimerase, e
retirando o nucleossomo em eucariontes.
Helicase: separa a dupla fita parental, expondo as fitas simples.
Proteínas ligantes de fita simples (SSB): mantém a estabilidade das fitas simples.
Primase: sintetiza primers (pequenas sequências de RNA - com extremidade 3’OH livre), e adiciona
na origem, permitindo a síntese de novas fitas da DNA polimerase.
DNA ligase: junta fragmentos de Okazaki por pontes de fosfodiéster, formando uma fita contínua.
Telomerase: replica DNA das extremidades dos cromossomos (telômeros), já que contém uma
molécula de RNA na sua estrutura que serve como molde, é similar a transcriptases reversas.
Conjunto de proteínas TUS (prof não colocou mas acho importante): ligam-se às sequências de
término de replicação, a primeira TUS freia, e a segunda TUS para a DNA polimerase. Procariontes
com replicação bidirecional.
Desoxirribonucleotídeos trifosfatos: dATP, dGTP, dCTP e cTTP.

Propriedades
Ligadas a estrutura de dupla fita:
Semiconservativa: ao final do processo de replicação, uma fita parental ficará sempre associada à
nova fita.
Alguns vírus têm replicação conservativa, ou seja, as fitas filhas se separam e formam uma nova
dupla fita, e assim, as fitas parentais voltam a formar uma fita dupla (raro).
Semidescontínua: a síntese da fita de DNA sempre ocorre no sentido de alongamento 5’ →3, a DNA
polimerase contorna isso dobrando a fita parental 3’ → 5’, assim ela adiciona um fragmento no sentido
5’ → 3’, solta, dobra um novo fragmento e assim por diante. No final, há uma fita filha em fragmentos,
chamados de fragmentos de Okazaki.
Uni ou bidirecional: dependendo do tamanho da molécula há a ligação de 1 ou 2 complexos de DNA
polimerase à origem, formando o olho ou a bolha de replicação, forquilha de replicação ou replissomo
que se movimentam em direções opostas, o que torna a replicação de grandes moléculas mais
rápidas.
Mecanismo de redução e parada
Procariontes: no local oposto à origem, há sequências de término de replicação, e como as DNA
polimerases não podem se chocar, para não danificar o DNA, as proteínas TUS se ligam às essas
sequências. A primeira TUS freia a DNA polimerase e a segunda TUS a faz parar, o mesmo ocorre no
sentido contrário, enfim, quando as duas DNA polimerases se tocam, termina a replicação e os
genomas se separam.
Eucariontes: complexo DNA polimerase se aproxima da extremidade do cromossomo, mas como é
muito grande, não consegue replicar os últimos nucleotídeos. Ou seja, a cada replicação o DNA
encurta de tamanho, o que pode ocasionar perda de bases de genes. Então, há o mecanismo de
adição de sequências não codificantes, as sequências teloméricas, que são adicionadas na
embriogênese pela telomerase. Em mamíferos a telomerase é inativa após a embriogênese.
 Etapas
Início/inicialização: fase mais complexa, já que possui alto número de componentes e proteínas.
1. Reconhecimento da origem por complexo DNA polimerase.
A proteína DnaA reconhece a sequência nucleotídica da origem, induz a abertura das fitas e
possibilita a ligação da helicase.
A origem é o ponto de ancoragem da DNA polimerase, que ao se ligar, forma a bolha ou olho de
replicação.
Em procariotos há apenas 1 origem (1 replicon), em eucariotos pode haver até 400 origens em um
cromossomo (múltiplos replicons, e lineares).
2. Separação das fitas duplas parentais.
A topoisomerase relaxa as fitas duplas parentais, e a helicase separa as fitas, rompendo as pontes de
hidrogênio, então a SSB estabiliza as fitas simples.
Em eucariontes os nucleossomos servem de barreira para a passagem do complexo DNA polimerase,
mas com a ação das duas primeiras enzimas, ele sai.
3. Adição de iniciadores (RNA).
Pequenas moléculas de RNA permitem que a DNA polimerase inicie a síntese de fitas filhas.
Em procariontes é a Primase que adiciona o iniciador.
Em eucariontes é a DNA polimerase alfa que sintetiza o iniciador.
Alongamento e Extensão: mais simples já que é basicamente só a síntese de fitas filhas.
Continuação da separação das fitas moldes e síntese concomitante de duas novas cadeias de DNA.
A síntese das fitas ocorre de maneira desigual: a fita atrasada precisa ser dobrada pela DNA
polimerase, para que ocorra a polimerização no sentido 5’ → 3’, em cada fragmento há a colocação de
um iniciador e de um fragmento de DNA, formando os fragmentos de Okazaki.
Terminação:
Entre cada fragmento de Okazaki há uma molécula de RNA (iniciador) e um nick (corte), que a DNA
polimerase de reparação reconhece como um erro, então com a atividade de exonuclease 5’ → 3’, ela
retira o RNA (translação de corte), e já estende o segmento de DNA (atividade de polimerização),
porém os fragmentos de okazaki continuam separados.
A DNA ligase catalisa uma ponte fosfodiéster entre um fragmento e outro, tornando a fita continua.
Em eucariontes a medida que vai ocorrendo a extensão das fitas, os nucleossomos são refeitos
Em procariontes a fissão binária ocorre muito rápido, então a replicação é quase contínua.

Síntese de RNA - Transcrição

O mecanismo da transcrição vai atuar no genoma, o transcrevendo e gerando uma coleção de
moléculas de RNA chamada de transcriptoma. Uma parte desse transcriptoma vai sofrer tradução e
gerar uma proteína, mas outros não sofrem tradução, participando de diversas funções regulatórias.

Componentes
Gene: sequência de DNA com:
● Promotor: onde se ligará a RNA polimerase;
● Sequência Codificante propriamente dita: fita molde reconhecida pela RNA polimerase para
gerar um RNA;
● Terminador: a sequência que indica onde a RNA polimerase deve terminar a transcrição.
Disposição e Numeração dos Nucleotídeos
Todo o gene pode ser dividido em duas grandes porções:
● Sequências à montante: promotor e a outras sequências regulatórias;
 ● Sequências à jusante: sequência codificante e terminadora.
Essas sequências podem ser mais ou menos complexas dependendo do grau de complexidade
estrutural do organismo. Cada tecido terá o conjunto de genes que será expresso naquele tecido em
função da presença dessas sequências regulatórias, os genes que não possuem essas sequências,
não serão expressos.
Complexo da RNA polimerase: complexo protéico formado por várias proteínas diferentes em que o
membro mais importante é a enzima RNA polimerase, responsável pela síntese de RNA.
Fatores gerais da transcrição: pequenas proteínas que se ligam às sequências regulatórias que
tornam a expressão de um gene específica. Divididos em 2 grandes grupos:
● Repressores: inibem a transcrição de determinados genes;
● Ativadores: estimulam a transcrição de determinados genes.
Complexo mediador: Em eucariotos. Possibilita que fatores transcricionais que estejam longes do
promotor consigam interagir com a RNA polimerase.

Mecanismo Transcricional
O promotor é reconhecido pela RNA polimerase e se liga a ele, a RNA polimerase promove a
separação da dupla fita de DNA e utiliza a sequência da fita molde para gerar um RNA complementar.
O nucleotídeo +1 é o primeiro nucleotídeo reconhecido pela RNA polimerase, onde começa a síntese
do RNA.
Tudo o que está à jusante do nucleotídeo +1 recebe numeração positiva.
Tudo o que está à montante do nucleotídeo +1 recebe numeração negativa.
Uma vez que ocorre a síntese do RNA, o complexo chega a região terminadora, onde então sai a
RNA polimerase e termina o processo de transcrição.

Estrutura da RNA polimerase

A síntese sempre ocorre no sentido 5’ -> 3’
Ribonucleotídeos trifosfatados que são adicionados a cadeia nascente de RNA pela RNA pol.,
formando a ponte fosfodiéster e liberando um pirofosfato (que depois pode ser utilizado em diferentes
reações bioquímicas).
 Questionário 1: Estrutura e propriedades físico-químicas de ácidos nucleicos

1. Explique as diferenças entre uma base nitrogenada, um nucleosídeo e um nucleotídeo.

Base nitrogenada: apenas a base, Adenina (A), Guanina (G), Citosina (C), Timina (T) ou Uracila (U).
Nucleosídeo: base + açúcar.
Nucleotídeo: base + açúcar + grupamento fosfato.
2. O desenho abaixo representa um trifosfato de adenosina, nome que pode ser abreviado como ATP.

a. Identifique os três partes principais que constituem esta molécula

b. Esse nucleotídeo seria passível de incorporação em uma molécula de RNA ou de DNA? Por quê?
RNA, porque também é ribose.
3. Cite 3 características que distinguem uma molécula de RNA de uma molécula de DNA.
Fita simples, Uracila, ribose.
4. Que tipo de ligação mantém os nucleotídeos unidos entre si em cada
uma das fitas do DNA?
Pontes fosfodiéster.
Entre quais grupamentos químicos de nucleotídeos adjacentes de uma
mesma fita é formada uma ligação deste tipo?
Fosfato 5’ e hidroxila 3’.
Identifique estes grupamentos na molécula ilustrada abaixo. Aproveite
para numerar os átomos de carbono da desoxirribose.

5. Que tipo de interações mantêm pareados os nucleotídeos complementares de uma molécula de

DNA de fita dupla típica?
Pontes de Hidrogênio.
Entre que partes dos nucleotídeos são estabelecidas estas interações?
Bases nitrogenadas.
Que tipos de pares de nucleotídeos podem ser formados?
A/T ou U, G/C.
Qual é o número de interações em cada tipo de par formado?
A/T ou U 2, G/C 3.
6. Em relação à estrutura típica de fita dupla do DNA explique:
a. O que são e qual é a importância das interações hidrofóbicas.
É a interação do meio aquoso que deixa as partes hidrofílicas das moléculas voltada para o meio, e a
parte hidrofóbica para dente, o que protege as bases nitrogenadas de possíveis mutações do meio.
b. O antiparalelismo das fitas.
As fitas estarem em sentidos contrários favorece a formação das pontes de Hidrogênio, o que
estabiliza a estrutura secundária, além de proporcionar a internalização das bases, as protegendo
contra reações químicas → informações genéticas estáveis por mais tempo.
c. A complementaridade das fitas.
 O pareamento das bases nitrogenadas, ou o Pareamento de Watson-Crick explica que o número de
pontes de Hidrogênio entre A/T e G/C ajuda na estabilidade química da molécula. Assim, seres com
uma maior quantidade G/C possuem moléculas de DNA mais estáveis, e geralmente são seres
extremófilos, que precisam proteger o DNA de danos mais graves. Isso se dá porque a ligação G/C usa
3 pontes de hidrogênio, enquanto A/T apenas 2.
7. Na estrutura de fita-dupla do DNA, o que são a fenda (ou sulco) maior e menor? Qual a relevância
destas fendas para interações específicas (dependentes da sequência nucleotídica) entre DNA e
proteínas?
Os sulcos são o resultado das ligações glicosídicas (base + açúcar) não estarem diretamente opostas
à dupla hélice, o que gera 2 cavidades desiguais. Nessas cavidades, principalmente na maior, as bases
estão expostas ao meio solvente, e são quimicamente distinguíveis, assim, proteínas que interagem
com sequências específicas podem identificá-las sem rompê-las.
8. O passo da hélice de uma fita dupla de DNA corresponde ao número de pares de bases por volta
da molécula. Sabendo que o passo da hélice pode ser alterado para mais ou para menos, com a
alteração do grau de torção da molécula, discuta as possíveis implicações disso para interações
específicas (dependentes da sequência nucleotídica) entre DNA e proteínas.
Quanto mais compactada a molécula estiver, mais difícil será para a proteína localizar a sua
sequência específica e se ligar para uma possível transcrição.
9. Abaixo, está ilustrada uma curva representativa
da cinética de desnaturação do DNA em função da
temperatura. Em relação à cinética de desnaturação
do DNA, responda:
a. Em que faixa de temperatura este fenômeno
tipicamente ocorre.
90°C.
b. Que estrutura a molécula de DNA apresenta no
ponto da curva correspondente à temperatura mais
baixa?
Dupla fita.
c. Que estrutura a molécula de DNA apresenta no
ponto da curva correspondente à temperatura mais alta?
Fita simples desnaturada
d. O que representa a Tm?
Time of melting.
e. O comportamento e/ou a Tm da curva podem diferir se o experimento for realizado com moléculas
de DNA que possuem diferentes porcentagens de bases G+C? Por quê?
f. Supondo que a curva acima representa a cinética de desnaturação de uma molécula de DNA com
uma porcentagem de G+C de 50%, desenhe no gráfico curvas que representariam moléculas de DNA
com porcentagens de G+C de 40% e de 60%
Questionário 2: Estrutura de genes e genomas procarióticos
1. Defina em termos moleculares:
a) gene: segmento de DNA que inclui todas as sequências nucleotídicas necessárias e suficientes
para a síntese de pelo menos um produto correspondente, como RNAs.
b) genoma: conjunto de moléculas de DNA de uma célula.
c) sequência intergênica: sequência não associada diretamente a genes, constituída, em grande
parte, por elementos transponíveis e outras classes de DNA repetitivo.
 2. Descreva as características típicas de um genoma bacteriano. Qual é o tamanho médio de um
genoma bacteriano típico, como aquele de Escherichia coli? Quantos cromossomos constituem o
genoma desta espécie bacteriana e quantos genes aproximadamente há nele?
3. Qual é a estrutura típica de um gene bacteriano? Descreva os elementos estruturais e funcionais
que compõem um gene bacteriano típico.
Promotor, codificante e terminador + Óperon/Genes Policistrônicos: unidade funcional do genoma, na
qual duas ou mais regiões codificadoras ocupam posições adjacentes, tendo o mesmo promotor e o
mesmo terminador; Cístron: equivalente a um gene, geralmente codificam produtos similares de
funcionamento; Regiões Intercistrônicas: entre cístrons.
5. Discuta como é definida a orientação de um gene e explique como genes adjacentes em um
mesmo cromossomo podem ser co-orientados em um ou outro sentido ou ter orientações convergentes
ou divergentes.
4. O que é um operon?
Unidade funcional do genoma, na qual duas ou mais regiões codificadoras ocupam posições
adjacentes, tendo o mesmo promotor e o mesmo terminador.
Do ponto de vista da expressão, qual é a importância de ter duas ou mais sequências codificadoras
organizadas em um operon?
Expressão coordenada e economia de espaço no DNA.
5. O que é um plasmídeo?
Uma molécula de DNA pequena, circular e extracromossômica, que conferem vantagem para o
procarionte, como antibiótico, degradação de componentes de petróleo. Só é mantido na célula se
conferir alguma vantagem, se não conferir, é eliminado. Pode ter cópia única ou centenas de cópias do
plasmídeo na célula, isso depende da sua função e ambiente
Cite exemplos de funções que podem ser codificadas por genes presentes em plasmídeos?
Antibiótico, degradação de petróleo.
Que tipos de mecanismos permitem que um plasmídeo possa passar de uma célula bacteriana para
outra?
Transversalmente por fissão binária, ou horizontalmente por Conjugação e Transformação.
6. O que são bacteriófagos?
São vírus de DNA ou RNA que infectam apenas procariontes. Reconhecem a superfície da célula, se
ligam, comprimem e injetam uma agulha proteica, expulsando seu material genético para dentro do
citoplasma da célula.
Defina e compare os ciclos lítico e lisogênico de bacteriófagos temperados.
Ciclo Litíco (fago virulento): formação de novas partículas virais, seguida de lise celular que libera as
partículas ao meio externo.
Ciclo Lisogênico (fago temperado): fago injeta material genético e se integra ao genoma do nucleóide,
tornando-se um profago, uma forma inativa enquanto bem nutrida e pouco estressada, ou seja,
propagação sem morte induzida do hospedeiro, que se multiplica e passa o fago para células filhas.
Quando ocorre estresse, o Ciclo Lisogênico passa para Ciclo Litíco, a saída do profago induz a
quebra do genoma nucleóide, e pedaços do nucleóide podem ser empacotados em fagos e
transmitidos para outros receptores.
Como bacteriófagos podem mediar a transferência genética horizontal de sequências cromossômicas
bacterianas?
7. O que é um elemento transponível?
 Moléculas de DNA linear, com 1 ou 2 genes, sendo que 1 desses codifica uma enzima chamada de
Transporase, que possibilita ao Transposon saltar de uma posição para outra. Conhecido como DNA
saltatório.
Defina o que são sequências de inserção (IS), transposons completos e transposases.
Diferencie transposição simples (ou não-replicativa) de transposição replicativa.
Transposição Conservativa: transposon sai de uma posição, por meio da transporase, e se insere em
outra, de forma não aleatória (condições, sequência, etc).
Transposição Replicativa: transposon cria uma cópia, que é inserida em outra posição.
Qual a importância da presença de elementos transponíveis em um genoma?
Inativação insercional dos genes, ativação de genes anteriormente inativos, recombinação homóloga,
transferência genética horizontal, aumento da plasticidade dos genomas.
8. Como é feita a compactação de um cromossomo dentro de uma célula bacteriana?
Por meio de proteínas que dobram a molécula de DNA em alças.
O que é o nucleóide?
O genoma principal da célula, que contém todos os componentes necessários para sobrevivência e
reprodução da célula.

Questionário 3: Estrutura de genes e genomas eucarióticos

1. O que é um gene interrompido?

Sequências codificantes (éxons) interrompidas por sequências regulatórias (introns).
Quais as diferenças desse tipo de gene com relação àqueles tipicamente encontrados em
procariotos?
Os genes procariotos possuem o promotor seguido por uma ou mais sequências codificantes,
finalizando com o terminador, sem sequências não codificantes no meio.
2. Considerando a estrutura de um gene interrompido e a estrutura dos seus produtos primário e
maduro de transcrição, defina o que são éxons e íntrons.
Éxons são transcritos e traduzidos, ou seja, eles codificam proteínas.
Os íntrons são transcritos para o pré-RNA, mas são retirados por splicing, de forma que o RNA
maduro se encontra sem estes íntrons, logo,não codificam proteínas.
3. Cite características típicas de genomas eucarióticos, considerando estrutura e tamanho de
cromossomos, número de cromossomos, número de genes e extensão de regiões intergênicas.
Compare estas características com as de genomas procarióticos típicos.
Genomas com mais pb, compactado (cromatina>nucleossomo>histonas com DNA), número variado
de cromossomos, número de genes não acompanha maior tamanho do DNA, muitas regiões
intergênicas.

4. O que é o paradoxo do valor C? Como ele pode ser explicado à luz do conhecimento atual sobre
sequências genômicas eucarióticas?
5. Defina sequências homólogas, parálogas e ortólogas.
Parálogos: sequências semelhantes na mesma espécie.
Ortólogos: sequências semelhantes em espécies diferentes, mostra a duplicação do gene em um
ancestral comum, onde cada cópia ficou em uma espécie diferente.

6. Defina:
a. famílias de genes parálogos: genes semelhantes na mesma espécie.
b. pseudogene: parálogos não funcionais, provindo de duplicação gênica em que um dos genes foi
degradado.
 7. Discuta sequências repetidas de genomas eucarióticos. Considere aspectos como origem, tipos,
tamanhos, proporção em relação a sequências não repetidas e possíveis funções. Compare com a
situação em genomas procarióticos.
A grande maioria do DNA é formada por íntrons, e outra grande parte por DNA repetitivo de origem
em transposons que perderam suas funções.

8. Como é feita a compactação de um genoma eucariótico nuclear?

O DNA se enrola nos octâmeros de histonas, por causa da atração de cargas opostas (DNA negativo
e histonas positivas), que se dobram sobre elas mesmas, formando os nucleossomos, que continuam
se dobrando sobre eles próprios, formando fibras de cromatina.

O grau de compactação do genoma pode variar ao longo do ciclo celular?

Sim, quando a célula não está em divisão celular ela pode compactar mais seu genoma para
protegê-lo, mas quando vai se dividir, precisa descompactá-lo para ocorrer a replicação.

9. A figura a seguir mostra os diferentes

graus de compactação da cromatina
observados em eucariotos. Identifique as
estruturas apontadas pelos números de 1 a
5, descrevendo-as
1: Fita dupla de DNA; 2: histonas com DNA,
formando nucleossomos; 3: fibras de
cromatinas; 4: cromatina; 5: cromossomo.

10. Quais são as características típicas dos

genomas de organelas? Compare estas
características com as de genomas
procarióticos típicos.
Muito similares a procariotos.

11. Qual a relação evolutiva entre genomas

procarióticos e genomas de organelas?
Teoria da Endossimbiose.