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SUMÁRIO
1. Princípios da Replicação do DNA........................ 3
2. Origem de Replicação............................................... 6
3. Forquilhas de Replicação.......................................10
4. Dna-Polimerase.........................................................15
5. Proteínas Acessórias da Replicação.................24
6. Reparo do DNA.........................................................32
Referências Bibliograficas..........................................43
REPLICAÇÃO DO DNA 3
Fita S molde
Fita S
Fita S’ nova
Fita S nova
Fita S’
Dupla-hélice de DNA original
Fita S’ molde
SAIBA MAIS!
A replicação do DNA também é dita assincrônica. Isto porque, em um dado tipo celular, re-
giões específicas do material genético, ou genes individuais, começam e terminam sua du-
plicação em momentos definidos na fase S. A eucromatina, que constitui a cromatina gene-
ticamente ativa, começa a replicar primeiro, fazendo-o desde o início da fase S, enquanto a
heterocromatina geralmente é a última a replicar, no final do período S, sendo considerada,
portanto, de replicação tardia.
REPLICAÇÃO DO DNA 5
Pareamento
Processo
adequado das bases
semiconservativo
nitrogenadas
REPLICAÇÃO
DO DNA
Regiões específicas
do material genético Assincrônica Alta precisão
replicam-se em definidos
momentos na fase S
Figura 2. A dupla hélice de DNA é aberta na origem de replicação. Fonte: Bruce Alberts, Dennis Bray, Karen Hopkin,
Alexander Johnson, Julian Lewis, Martin Raff, Keith Roberts, Peter Walter. (2017). Fundamentos da Biologia Celular. 6ª
Ed. Editora Artmed, Porto Alegre, 864p.
REPLICAÇÃO DO DNA 7
Origem
Origem de replicação
de replicação
Início
Início da da
replicação
replicação
Término
Término dada
replicação
replicação
Iniciação da replicação
Forquilhas movem-se
DNA-recém
em direções opostas
sintetizado
Figura 4. A replicação em eucarióticos inicia em múltiplas origens (ori). Fonte: Geoffrey M. Cooper & Robert E. Haus-
man. (2007). A Célula. Uma abordagem molecular. 3ª Ed. Editora Artmed, Porto Alegre, 736p.
Para ser ativada, a origem de replica- pré RC. Quando o complexo pré-RC
ção é reconhecida por um complexo se liga a uma origem de replicação, o
proteico chamado complexo de re- complexo ORC é fosforilado e o pro-
conhecimento de origem (ORC, em cesso de replicação é iniciado. Depois
inglês). Ele liga-se às origens de re- de ocorrida a replicação, o complexo
plicação e sinaliza para que outras pré-RC se desliga daquela origem de
proteínas reguladoras venham a se replicação, impedindo outra leitura da
ligar também. Entre essas proteínas, mesma origem.
está o complexo pré-replicativo ou
REPLICAÇÃO DO DNA 10
Única origem
Recruta as proteínas
Múltiplas origens
envolvidas na replicação
Células procarióticas
Complexo de
Células eucarióticas reconhecimento de
origem (ORC)
ORIGEM DE
REPLICAÇÃO
Local de início da separação
Sequências ricas em A - T
das fitas parentais de DNA
Origens de replicação
Forquilhas de replicação
Figura 5. As forquilhas de replicação se movem em direções opostas, a partir de diversas origens de replicação nos
cromossomos eucarióticos. Fonte: Bruce Alberts, Dennis Bray, Karen Hopkin, Alexander Johnson, Julian Lewis, Martin
Raff, Keith Roberts, Peter Walter. (2017). Fundamentos da Biologia Celular. 6ª Ed. Editora Artmed, Porto Alegre, 864p.
Extremidade 3’ da fita
Extremidade 5’ da fita
FITA
INICIADORA FITA - MOLDE
Extremidade 3’ da fita
Pirofosfato
Extremidade 5’ da fita
5’ - trifosfato
Fita
iniciadora Pirofosfato
Direção 5’
para 3’ do
crescimento
da cadeia
Fita - molde
Figura 7. A síntese de DNA é catalisada pela DNA – polimerase: A DNA-polimerase catalisa a adição sequencial de um
desoxirribonucleotídeo à extremidade 3’-OH de uma cadeia polinucleotídica, a fita iniciadora crescente que está pareada à
um fita-molde já existente. A fita de DNA recém-sintetizada é, então, polimerizada na direção 5’-3’. Como cada desoxirri-
bonucleosídeo trifosfato deve formar par com a fita-molde para ser reconhecido pela DNA-polimerase, essa fita determina
qual dos quatro desoxirribonucleotídeos possíveis (A, C, G ou T) será adicionado. A reação é promovida por uma grande
alteração favorável da energia livre causada pela liberação do pirofosfato e sua subsequente hidrólise em duas moléculas
de fosfato inorgânico. Fonte: ALBERTS, Bruce et al. Biologia Molecular da Célula. 6. ed. Porto Alegre: Artmed, 2017
HORA DA REVISÃO!
As cadeias do DNA são tipicamente encontradas em uma dupla hélice, uma estrutura na
qual duas cadeias complementares estão ligadas. Os açúcares e fosfatos localizam-se na
parte externa da hélice, formando o arcabouço do DNA; esta porção da molécula é, algu-
mas vezes, chamada de esqueleto açúcar fosfato. As bases nitrogenadas se estendem
para o interior, como os degraus de uma escada, em pares; as bases de um par se unem
entre si por ligações de hidrogênio. As duas fitas da hélice vão em direções opostas, isto
é, o final 5’ de uma fita é pareado com o final 3’ da sua fita correspondente. Nos referimos
a isso como orientação antiparalela. Por exemplo, se você sabe que a sequência de uma
fita é 5’ -AATTGGCC-3’, a fita complementar deve ter a sequência 3’-TTAACCGG-5’. Isso
permite que cada base se combine com sua parceira. Quando duas sequências de DNA
se combinam desse jeito, possibilitando a ligação entre si de modo antiparalelo e forman-
do uma hélice, elas são consideradas complementares.
REPLICAÇÃO DO DNA 14
5’ A A T T G G C C 3’
3’ T T A A C C G G 5’
Fitas
parentais
Forquilha de
replicação
Direção
geral da
replicação
Fragmento
de Okazaki
Fita Fita
contínua descontínua
Figura 9. Síntese das fitas contínua e descontínua do DNA. Fonte: Geoffrey M. Cooper & Robert E. Hausman. (2007).
A Célula. Uma abordagem molecular. 3ª Ed. Editora Artmed, Porto Alegre, 736p.
REPLICAÇÃO DO DNA 15
Forma de Y Sentido 5’ → 3’
Fragmentos de Okazaki
Alta velocidade Replicação bidirecional
Ação da DNA-ligase
Duas forquilhas se formam
a partir de cada origem
Sentido 3’ → 5’
DNA - polimerase
Fita-molde
de DNA
A POLIMERASE ADICIONA UM
NUCLEOTÍDEO INCORRETO
EXTREMIDADE 3’ CORRETAMENTE
PAREADA PERMITE A ADIÇÃO DO
NUCLEOTÍDEO SEGUINTE
A SÍNTESE CONTINUA NA
DIREÇÃO 5’ – 3’
Figura 10. Durante a síntese de DNA, a DNA-polimerase verifica seu próprio trabalho. Fonte: Bruce Alberts, Dennis
Bray, Karen Hopkin, Alexander Johnson, Julian Lewis, Martin Raff, Keith Roberts, Peter Walter. (2017). Fundamentos
da Biologia Celular. 6ª Ed. Editora Artmed, Porto Alegre, 864p.
REPLICAÇÃO DO DNA 18
SAIBA MAIS!
Por que é importante que a síntese da nova fita ocorra sempre no sentido 5’ → 3’? Caso o
processo ocorresse no sentido 3’ → 5’, os nucleotídeos seriam inseridos e a fita seria sinte-
tizada normalmente. No entanto, a diferença estaria no fato de que a energia para a ligação
entre as subunidades viria da quebra da ligação entre os grupos fosfatos do nucleotídeo que
já estava inserido na fita. Então caso houvesse algum erro, a subunidade errada seria retira-
da, mas não haveria como prover energia para que a correta fosse inserida, pois a energia do
nucleotídeo ao qual ela iria se ligar já havia sido gasta. Já no sentido 5’ → 3’, a energia vem da
quebra no nucleosídeo livre que será inserido, então mesmo que ele esteja errado e tenha que
ser removido, o nucleosídeo correto proverá a energia para ligar-se à fita em síntese.
Trifosfato de Trifosfato de
desoxirribonucleosídeo desoxirribonucleosídeo
correto a ser incorporado correto a ser incorporado
FIgura 11. A necessidade de correção explica por que as cadeias de DNA são sintetizadas apenas na direção 5’ – 3’. (A) No mo-
delo hipotético de polimerização na direção 3’ – 5’, o mecanismo de correção permitira a remoção de um nucleotídeo incorreto (em
verde-escuro), mas bloquearia a adição do nucleotídeo correto (em vermelho), portanto, impedindo o alongamento da cadeia. (B)
O crescimento na direção 5’ – 3’ permite que a cadeia seja continuamente alongada quando um nucleotídeo incorreto for adicio-
nado e removido pelo mecanismo de correção. Fonte: Bruce Alberts, Dennis Bray, Karen Hopkin, Alexander Johnson, Julian Lewis,
Martin Raff, Keith Roberts, Peter Walter. (2017). Fundamentos da Biologia Celular. 6ª Ed. Editora Artmed, Porto Alegre, 864p.
REPLICAÇÃO DO DNA 19
No entanto, é importante notar que se metade dos casos e, portanto, não re-
o sistema de correção simplesmente duziria a taxa total de erros. Para ser
reconhecesse um mal pareamento no eficiente, esse sistema deve ser capaz
DNA recém-sintetizado e corrigisse de diferenciar e remover o nucleotídeo
de forma aleatória qualquer um dos incorreto apenas na fita recém-sinte-
dois nucleotídeos, o sistema “corrigi- tizada, onde o erro aconteceu.
ria” erroneamente o molde original na
Figura 12. Erros originados durante a replicação do DNA devem ser corrigidos para evitar mutações.
Fonte: ALBERTS, Bruce et al. Biologia Molecular da Célula. 6. ed. Porto Alegre: Artmed, 2017
NA PRÁTICA!
A importância da correção de pareamento incorreto em humanos é demonstrada em
indivíduos que herdam uma cópia defeituosa de um gene de reparo (com uma cópia
funcional do gene no outro cromossomo). Esses indivíduos apresentam uma predispo-
sição significativa para certos tipos de câncer. Por exemplo, em um tipo de câncer de
cólon – câncer de cólon hereditário sem polipose – mutações espontâneas no único gene
funcional produzem clones de células somáticas que, devido à deficiência no sistema de
reparo de pareamento incorreto, acumulam mutações rapidamente. A maioria dos cânce-
res surge a partir de células que acumularam múltiplas mutações, e as células deficientes
para esse sistema de reparo apresentam uma chance muito aumentada de se tornarem
cancerosas. Felizmente, a maioria dos humanos herda duas cópias corretas de cada gene
que codifica uma proteína de reparo de pareamento incorreto; isso nos protege, pois é
muito improvável que, na mesma célula, as duas cópias de um mesmo gene sofram uma
mutação.
REPLICAÇÃO DO DNA 20
SAIBA MAIS!
Em E. coli, a principal enzima na duplicação do DNA é a DNA-polimerase III, da qual existem
apenas 10 moléculas por célula. A DNA-polimerase I (300 a 400 moléculas por célula) e a
DNA-polimerase II (40 moléculas por célula) são mais abundantes na célula, uma vez que
elas têm funções adicionais, seja no processo de reparo do DNA, seja como exonucleases,
removendo nucleotídeos já incorporados. Já em células eucariontes, há cinco DNA polimera-
ses clássicas: α, β, γ, δ e ε. A polimerase γ está localizada na mitocôndria e é responsável pela
replicação do DNA mitocondrial. As outras quatro enzimas estão localizadas no núcleo e são,
portanto, candidatas a um envolvimento direto na replicação do DNA nuclear. As polimera-
ses α, δ e ε apresentam maior atividade em células em divisão, o que sugere sua atuação na
replicação. Já a polimerase β é ativa tanto em células que estão em divisão quanto naquelas
que não estão, o que é consistente com sua função no reparo de danos ao DNA.
Fita
descontínua
RNA
DNA
Primase DNA polimerase
Figura 14. Iniciação dos fragmentos de Okazaki por primers de RNA. Fonte: Geoffrey M. Cooper & Robert E. Haus-
man. (2007). A Célula. Uma abordagem molecular. 3ª Ed. Editora Artmed, Porto Alegre, 736p.
Para produzir uma fita nova contínua RNA, uma DNA-polimerase chama-
de DNA a partir dos vários segmen- da de polimerase de reparo substitui
tos de ácidos nucleicos produzidos o RNA por DNA (usando as extre-
na fita retardada, três enzimas adi- midades dos fragmentos de Okazaki
cionais são necessárias. Essas atuam adjacentes como iniciadores), e a en-
rapidamente para remover o inicia- zima DNA-ligase une a extremidade
dor de RNA, substituí-lo por DNA e 5’- fosfato de um fragmento novo
unir os fragmentos de DNA. Portanto, de DNA à extremidade 3’–OH do
uma nuclease degrada o iniciador de próximo.
REPLICAÇÃO DO DNA 22
Síntese do novo
Iniciador iniciador de RNA pela
de RNA DNA - primase
O fragmento antigo do
iniciador de RNA é removido
e substituído por DNA
Figura 15. Síntese de um dos vários fragmentos de DNA da fita-retardada. Fonte: ALBERTS, Bruce et al. Biologia
Molecular da Célula. 6. ed. Porto Alegre: Artmed, 2017
REPLICAÇÃO DO DNA 23
Remove o nucleotídeo
Nuclease Alta precisão
mal pareado
DNA-
POLIMERASE
Não é capaz de
iniciar uma nova fita
DNA –
PRIMASE
Síntese de pequenos
Fita contínua Fita descontínua
segmentos de RNA
Um primer a cada
Primers Apenas um primer
fragmento de Okazaki
Nuclease
DNA-ligase
Polimerase de reparo
REPLICAÇÃO DO DNA 24
Monômeros da
proteína ligadora
de fita simples
Figura 16. Efeito das proteínas ligadoras de fita simples de DNA (proteínas SSB) na estrutura de DNA de fita simples.
Fonte: ALBERTS, Bruce et al. Biologia Molecular da Célula. 6. ed. Porto Alegre: Artmed, 2017
REPLICAÇÃO DO DNA 25
Ligação da
DNA - helicase
Uma outra proteína que participa ATP cada vez que prende um gram-
da replicação é chamada de gram- po ao redor da hélice de DNA. Essa
po deslizante e ela atua mantendo a montagem deve ocorrer apenas uma
DNA-polimerase firmemente ligada vez por ciclo de replicação na fita-lí-
ao DNA-molde enquanto sintetiza der; na fita retardada, porém, o gram-
novas fitas de DNA. O grampo desli- po é removido e recolocado cada vez
zante forma um anel ao redor da hé- que um novo fragmento de Okazaki é
lice de DNA e, como está fortemente produzido.`
ligado à polimerase, permite que essa O deslocamento da forquilha de repli-
se desloque sobre a fita-molde sem cação ao longo da fita dupla de DNA
se desligar, à medida que sintetiza o cria o chamado “problema do enrola-
DNA de novo. mento”. As duas fitas parentais, que
estão enroladas uma sob a outra, de-
SE LIGA! Sem os grampos deslizantes, vem ser desenroladas e separadas
a maioria das moléculas de DNA-poli- para ocorrer a replicação. Em princí-
merase sintetizaria apenas pequenos
pio, esse desenrolamento pode ser
segmentos de nucleotídeos e então se
desligariam da fita-molde. obtido pela rotação acelerada de todo
cromossomo à frente da forquilha
em movimento; contudo, isso é mui-
A montagem desse grampo em vol- to desfavorável energeticamente (em
ta do DNA necessita da atividade de especial em cromossomos longos) e,
uma proteína adicional de replicação, pelo contrário, o DNA à frente da for-
o montador do grampo, que hidrolisa quilha torna-se supertorcido.
Molde da
fita-líder
Figura 18. O “problema do enrolamento “ que surge durante a replicação do DNA – Se as extremidades da dupla-
-hélice de DNA permanecerem fixas, a tensão se acumula à frente da forquilha de replicação à medida que vai sendo
supertorcida. Fonte: ALBERTS, Bruce et al. Biologia Molecular da Célula. 6. ed. Porto Alegre: Artmed, 2017
REPLICAÇÃO DO DNA 27
DNA – topoisomerase
do tipo I com uma A energia da ligação fosfodiéster
tirosina no sítio ativo original é armazenada na ligação
fosfotirosina, tornando a reação
reversível
Figura 19. Reação reversível de quebra de DNA catalisada pela enzima DNA – topoisomerase I eucariótica. OBS.: As
duas imagem se completam na vertical – a imagem da direita é a continuação da esquerda. Fonte: ALBERTS, Bruce et
al. Biologia Molecular da Célula. 6. ed. Porto Alegre: Artmed, 2017
REPLICAÇÃO DO DNA 28
Figura 20. Essa figura mostra as enzimas funcionando independentemente; na célula elas estão unidas formando uma máquina de
replicação, como mostrando na imagem a seguir. Fonte: Bruce Alberts, Dennis Bray, Karen Hopkin, Alexander Johnson, Julian Lewis,
Martin Raff, Keith Roberts, Peter Walter. (2017). Fundamentos da Biologia Celular. 6ª Ed. Editora Artmed, Porto Alegre, 864p.
Figura 21. Esse diagrama mostra um modelo atual de como as proteínas da replicação estão dispostas na forquilha de
replicação em movimento. Fonte: Bruce Alberts, Dennis Bray, Karen Hopkin, Alexander Johnson, Julian Lewis, Martin
Raff, Keith Roberts, Peter Walter. (2017). Fundamentos da Biologia Celular. 6ª Ed. Editora Artmed, Porto Alegre, 864p.
REPLICAÇÃO DO DNA 29
DNA telomérico
com extremidade
3’ protendida
Fita descontínua
recém-sintetizada
Ligação ao RNA
da telomerase
Telomerase
RNA da telomerase
Atividade da transcriptase
reversa da telomerase
Extremidade 3’ da fita
contínua é estendida por
uma unidade de repetição
DNA telomérico
estendido por uma
unidade de repetição
Figura 22. Ação da telomerase. Fonte: Geoffrey M. Cooper & Robert E. Hausman. (2007). A Célula. Uma abordagem
molecular. 3ª Ed. Editora Artmed, Porto Alegre, 736p.
SAIBA MAIS!
A telomerase não é geralmente ativa na maioria das células somáticas (células do corpo),
mas é ativa nas células germinativas (as células que constituem o esperma e o óvulo) e em
algumas células-tronco adultas. Esses são tipos celulares que precisam passar por diversas
divisões ou, no caso das células germinativas, dar origem a um novo organismo.
REPLICAÇÃO DO DNA 31
Energia oriunda
Separa a dupla-hélice
da hidrólise do ATP
Mantem a fita
alongada para ação da DNA-helicase Estende os telômeros
DNA-polimerase dos cromossomos
SAIBA MAIS!
Nas células eucariontes, como o DNA está ligado a proteínas, constituindo a cromatina, não é
apenas o DNA que deve ser replicado na fase S, mas também as histonas. O processo repli-
cativo envolve então a passagem do conjunto de enzimas da replicação através da molécula
de DNA, que se apresenta organizada em nucleossomos. A fibra nucleossômica certamen-
te se desorganiza durante essa passagem, mas ainda não se sabe se, nesse momento, as
histonas são completamente dissociadas do DNA. A montagem do DNA recém-duplicado
em nucleossomos parece ocorrer logo atrás da forquilha de replicação, de tal modo que, con-
forme esta avança, a fibra nucleossômica vai sendo imediatamente reestruturada nas duas
novas moléculas de DNA nascentes. Essa montagem é mediada por proteínas específicas
que se ligam às histonas nucleossômicas e as transferem ao DNA, primeiramente ocorrendo
a associação dos tetrâmeros de histonas H3 e H4, seguida da associação de dímeros de H2A
e H2B. Esses nucleossomos são formados tanto a partir de histonas recém-sintetizadas em
S como de histonas provenientes da desagregação de nucleossomos preexistentes, em uma
combinação ao acaso.
Dímero de
timina
Luz
Enzima
fotorreativante
Figura 26. Reparo direto de dímeros de timina. Fonte: Geoffrey M. Cooper & Robert E. Hausman. (2007). A Célula.
Uma abordagem molecular. 3ª Ed. Editora Artmed, Porto Alegre, 736p.
SAIBA MAIS!
Considerando que a radiação UV solar é uma grande fonte de lesão para diversos tipos ce-
lulares, o reparo de dímeros de pirimidinas por fotorreativação é comum a diversos tipos de
células procarióticas e eucarióticas, incluindo E. coli, leveduras, bem como algumas espécies
de plantas e animais. Contudo, não é um processo universal; muitas espécies (incluindo os
seres humanos) não apresentam este mecanismo de reparo do DNA lesado.
REPLICAÇÃO DO DNA 37
Cisteína
O6-metilguanina O6-metilguanina
metiltransferase
Metilcisteína
Guanina
Figura 27. Reparo de O6-metilguanina. Fonte: Geoffrey M. Cooper & Robert E. Hausman. (2007). A Célula. Uma abor-
dagem molecular. 3ª Ed. Editora Artmed, Porto Alegre, 736p.
REPLICAÇÃO DO DNA 38
SAIBA MAIS!
Como a DNA-glicosilase encontra a base alterada na dupla-hélice? É fundamental a projeção
do nucleotídeo alterado para fora da hélice, em um processo mediado por enzimas que per-
mite que a DNA-glicosilase procure uma lesão em todas as faces da base. Acredita-se que
essas enzimas se deslocam pelo DNA usando a projeção das bases para avaliar a situação de
cada par de bases. Uma vez reconhecida a lesão, a enzima remove a base do açúcar.
REPLICAÇÃO DO DNA 39
Figura 28. Reconhecimento de um nucleotídeo incomum no DNA pela torção de base. Fonte: ALBERTS, Bruce et al.
Biologia Molecular da Célula. 6. ed. Porto Alegre: Artmed, 2017
Dímero de pirimidina
C desaminado
NUCLEASE DE
URACINA DNA - EXCISÃO
GLICOSILASE
Hélice de DNA
faltando uma base
DNA-
ENDONUCLEASE AP E
HELICASE
FOSFODIESTERASE REMOVEM O
AÇÚCAR - FOSFATO
Fotorreativação
Lesões volumosas
Causados pela
radiação UV
Remoção dos
Formação de um nucleotídeos pela
anel ciclobutano DNA - helicase
Excisão de
Dímeros de pirimidina
nucleotídeos
Em ambos os
MECANISMOS
casos, após a excisão,
Reversão direta DE REPARO Reversão por excisão
a DNA-polimerase
DO DNA reconstitui a fita
Resíduos de
Excisão de bases
guanina alquilados
Ação da enzima
O6-metilguanina Ação das
Reparo
metiltransferase DNA-glicosilases
REFERÊNCIAS
BIBLIOGRAFICAS
https://pt.khanacademy.org/science/biology/dna-as-the-genetic-material
Bruce Alberts, Alexander Johnson, Julian Lewis, Martin Raff, Peter Walter, Ketih Roberts,
David Morgan, John Wilson, Tim Hunt. (2017). Biologia Molecular da Célula, 6ª Ed. Edito-
ra Artmed, Porto Alegre, 1464p.
Bruce Alberts, Dennis Bray, Karen Hopkin, Alexander Johnson, Julian Lewis, Martin Raff,
Keith Roberts, Peter Walter. (2017). Fundamentos da Biologia Celular. 6ª Ed. Editora
Artmed, Porto Alegre, 864p.
Harvey Lodish, Arnold Berk, Chris A. Kaiser, Monty Krieger, Anthony Bretscher, Angelika
Amon, Hidde Ploegh. (2015). Fundamentos da Biologia Celular. 7ª Ed. Editora Artmed,
Porto Alegre, 1241p.
Geoffrey M. Cooper & Robert E. Hausman. (2007). A Célula. Uma abordagem molecular.
3ª Ed. Editora Artmed, Porto Alegre, 736p.
David L. Nelson & Michael M. Cox. (2014). Princípios de Bioquímica de Lehninger. 6ª Ed.
Editora Artmed, Porto Alegre, 1328p.
https: //pt .khanacademy.org/science/biology/dna-as-the-genetic-material/
dna-replication/a/telomeres-telomerase/
REPLICAÇÃO DO DNA 44