Disciplina Biologia Molecular
Aula 2 DNA Cromossmico e
Empacotamento em Fibra de
Cromatina
Prof. Msc. Sinara Artico
email: sinaraartico@[Link]
O DNA eucaritico Compactado em Cromossomos
Nos eucariotos o DNA nuclear dividido em diferentes
cromossomos: Por ex.
Genoma humano possui 3,2x109 nucleotdeos distribudos em 24
diferentes cromossomos.
22 PARES CROMOSSOMOS AUTOSSMICOS
1 PAR CROMOSSOMAS SEXUAIS
1 clula humana = 2m de DNA
Corpo humano = Ida e volta no sol 50x
Cromossomo: uma nica e enorme molcula de DNA com protenas
associadas formando uma estrutura mais compacta = Cromatina!!!
Alm das protenas envolvidas no empacotamento o DNA tambm
est associado com protenas necessrias para os processos de
expresso gnica, replicao e reparo do DNA.
Em Bactrias...
Bactrias carregam seus genes em
uma nica molcula de DNA,
normalmente, circular;
Este DNA est associado a protenas
que o empacotam e o condensam,
diferente das protenas de eucariotos;
cromossomo bacteriano, no tem a
estrutura de eucariotos e no se sabe
como o DNA empacotado;
Por isso nosso estudo estrutura de
cromossomos de eucariotos.
Um diagrama genoma de E. coli de 4.639.221 pares de nucleotdeos. O diagrama circular, porque o DNA de
E. coli, como aquele de outros procariontes, forma um nico circulo fechado. Os genes codificadores de
protenas so mostrados em amarelo ou laranja dependendo da fita de DNA dos quais eles so transcritos.
Cromossomos Eucariticos
Este arranjo do conjunto total dos cromossomos (46
crom. mitticos em humanos) chamado de um
caritipo.
Cromossomos humanos. Os cromossomos, de um macho, foram isolados de uma clula
em processo de diviso nuclear (mitose) e que esto, portanto, num estado altamente
compactado. Cada cromossomo foi "colorido com uma cor diferente para permitir uma
identificao inequvoca no microscpio ptico.
A colorao dos cromossomos realizada expondo-se os cromossomos a uma coleo de
molculas de DNA humano que foram acopladas a uma combinao de corantes
fluorescentes.
Cromossomos Eucariticos
Uma forma mais tradicional de dintinguir os
cromossomos uns dos outros cor-los com
corantes que produzem padres de lista
caractersticos ao longo de cada cromossomo
mittico.
O padro de bandas de cada cromossomo nico, permitindo
que cada cromossomo seja identificado e numerado.
Os cromossomos de 1 a 22 esto numerados em ordem
aproximada de tamanho.
Colorao com Giemsa, que produz bandas escuras nas regies
ricas em A-T.
Cromossomos Eucariticos
Se parte do cromossomo perdida, as mudanas podem ser detectadas por
alteraes no padro de bandas ou no padro de colorao dos cromossomos.
Os citogeneticistas usam essas alteraes para detectar anormalidades
cromossmicas que esto associadas a defeitos herdveis, ou a certos tipos de
cncer que surgem pelo rearranjo dos cromossomos nas clulas somticas.
Cromossomo humano aberrante.
(A) Dois pares de cromossomos de um paciente com ataxia, uma doena caracterizada por deteriorao motora
progressiva. O paciente tem um par de cromossomos 4 normal (par esquerda), mas um cromossomo 12 normal e um
aberrante, como pode ser determinado por seu maior comprimento (par direita). O material adicional contido no
cromossomo 12 aberrante foi determinado por seu padro de banda como sendo parte do cromossoma 4, que se ligou
ao cromossomo 12 normal em um evento de recombinao anormal, denominado translocao cromossmica.
Cromossomos Eucariticos
A funo mais importante dos cromossomos portar os genes;
Existe uma correlao entre a complexidade de um organismo e o nmero
de genes em seu genoma.
As bactrias e alguns eucariotos unicelulares tm um genoma
especialmente compactado. A seqncia nucleotdica completa de seu
genoma mostra que as molculas de DNA que constituem seu cromossomo
so pouco maiores que uma fita de genes muito empacotados.
Entretanto, o cromossomo de muitos eucariotos (incluindo o homem)
contm, alm dos genes, um grande excesso de DNA intercalante. Ainda
que algumas vezes seja chamado de lixo de DNA, sua inutilidade para a
clula no foi comprovada; uma determinada seqncia desse DNA pode
no ser importante, mas o prprio DNA, atuando como material
intercalante, pode ser crucial para a evoluo ao longo do tempo e para a
expresso correta dos genes.
Cromossomos Eucariticos
Em geral, quanto mais complexo o organismo, maior seu genoma, mas devido a
diferenas na quantidade do DNA em excesso, esta relao no constante.
Por exemplo:
O genoma humano 200 vezes maior do que o da levedura S. cerevisae, mas 30
vezes menor do que o de algumas plantas e anfibios e 200 vezes menor do que o de
uma espcie de ameba.
Tamanhos genmicos comparados.
O tamanho genmico medido em pares
de nucleotdeos de DNA por genoma
haplide, isto , por simples cpia do
genoma.
Cromossomos Eucariticos
Alm disso, devido ainda a diferenas na quantidade do DNA em excesso,
o contedo de DNA do genoma de organismos similares (por exemplo,
peixes sseos) pode variar centenas de vezes em tamanho, mesmo
contendo praticamente o mesmo nmero de genes.
Independentemente da funo do DNA lixo, parece claro que no um
grande problema para as clulas de eucariotos superiores possurem uma
grande quantidade do mesmo.
Obs. Genoma humano tem ~98% do genoma no-codificante, em contraste com 11%
de E. coli.
O acomodamento do genoma em um nmero de cromossomos
tambm difere entre as espcies eucariticas.
Obs. Humanos 46 cromossomos, cervos 6 e espcie de carpa tem 100 cromossomos.
Cromossomos Eucariticos
Mesmo espcies muito relacionadas com genomas de tamanho similar podem
apresentar nmero e tamanhos cromossmicos muito distintos.
Assim no h regra simples para o nmero cromossmico, a complexidade das
espcies e o tamanho total do genoma.
Duas espcies de cervos muito relacionadas, mas com diferente nmero cromossmico.
Durante a evoluo do cervo indiano, os cromossomos que eram inicialmente separados se
fundiram, sem causar efeitos graves nos animais. Essas duas espcies possuem aproximadamente
o mesmo nmero de genes.
Paradoxo do valor C
Impossibilidade de correlacionar o tamanho do
genoma diretamente com a complexidade das
caractersticas morfolgicas do organismo.
Por exemplo: organismos to distantes
evolutivamente como insetos e mamferos ou
crustceos e rpteis podem ter genomas com
tamanhos bastante similares.
Organizao dos genes nos Cromossomos
humanos
Sequenciamento do genoma humano em 2001:
Somente um pequeno porcentual codifica para protenas ou RNAs
estruturais ou catalticos.
Muito do restante do DNA constitudo por pequenos
segmentos mveis de DNA que se inseriram no
cromossomo
durante
a
evoluo
(elementos
transponveis).
LINE, SINES, elementos semelhantes a
retrovrus, e transposons de DNA so
elementos genticos mveis que se
multiplicaram em nosso genoma
replicando-se inserindo novas cpias
em locais distintos.
Organizao dos genes nos Cromossomos
humanos
Grande tamanho mdio dos genes (27 mil pb)
Cerca de 1300pb so necessrios para codificar uma protena de 430
aa, a maioria do restante do DNA de um gene consiste de longos
segmentos de DNA no-codificante, entre os segmentos relativamente
curtos de DNA que codificam as protenas, o inverso ocorre em
organismo com genomas compactos ( no possuem ntrons!)
Sequncias codificantes so denominadas xons
Sequncias no-codificantes so denominadas ntrons
Garante que o Gene seja
expresso nos nveis, no
momento e no tipo celular
adequado
O tpico arranjo de xons e de ntrons
nos genes mostrado. Cada xon
(vermelho) codifica para uma poro da
protena, enquanto que a seqncia de
DNA dos ntrons (cinza) no.
Cromossomos
Diviso celular
Viso simplificada do ciclo celular eucaritico.
Durante a interfase, a clula est ativamente transcrevendo seus genes e sintetizando
protenas (fase G1) e o DNA replicado e os cromossomos so duplicados (fase S) . Uma
vez completada a replicao do DNA, a clula pode entrar na fase M, quando ocorre a
mitose.
A mitose a diviso do ncleo. Durante esse estgio, os cromossomos se condensam, o
envelope nuclear se rompe e o fuso mittico se forma a partir de microtbulos e outras
protenas. Os cromossomos condensados so capturados pelo fuso mittico, e um
conjunto completo de cromossomos puxado para cada extremidade da clula. Um
envelope nuclear se forma em volta de cada conjunto de cromossomo e, no estgio final
da fase M, a clula se divide para produzir duas clulas-filha.
Cromossomos
Cada molcula de DNA que forma um Cromossomo Linear
Deve Conter:
um Centmero - liga os cromossomos duplicados no fuso mittico,
distribuindo as cpias para as clulas-filha
dois Telmeros Forma uma proteo especial na extremidade de cada
cromossomo contm sequencias de nucleotdeos repetidas
Mltiplas Origens de Replicao replica todo DNA do cromossomo
rapidamente
So os 3 tipos de sequncias nucleotdicas
especializadas no DNA nas quais se ligam
protenas especficas que guiam a maquinaria
que replica e segrega os cromossomos!
Entender o desafio que empacotar o DNA no
ncleo de uma clula!!!!!
O complexo desafio de empacotar o DNA realizado por
protenas especializadas que se ligam ao DNA e o dobram,
produzindo uma srie de alas e de espirais que conferem
nveis elevados de organizao, evitando que o DNA torne-se
emaranhado.
Embora o DNA seja extremamente compactado, esta
compactao feita de forma a permitir que ele esteja
prontamente disponvel s muitas enzimas nas clulas que
iro replic-lo, repar-lo e usar seus genes para produzir
protenas.
Estrutura Molecular da Cromatina
As protenas que se ligam ao DNA para formar o
cromossomo eucaritico (cromatina) so de 2 tipos:
Histonas responsveis pelo primeiro e mais bsico nvel de organizao
cromossmica = Nucleossomo
Protenas cromossmicas no-histonas
HISTONAS
As histonas so protenas pequenas possuem alto contedo de cadeias
laterais de carga positiva/bsica: grande parte dos aminocidos lisina ou
arginina o que favorece a interao com o DNA carregado negativamente.
So divididas em 5 classes : H2A, H2B, H3, H4 e H1.
Devido seu papel fundamental na compactao do DNA as histonas esto
entre as protenas eucariticas mais conservadas.
- Por ex: A sequncia de Aa da histona H4 de ervilha e de gado diferem em
somente 2 dos 102 Aa.
- A H1 a menos conservada em termos evolutivos.
Protenas equivalentes s histonas e uma estrutura de cromatina
simplificada foi encontrada em organismos unicelulares do Reino
Archaebacteria.
Protenas cromossmicas no-histonas
Todas as demais protenas presentes na cromatina, esto
associadas com a estruturao da cromatina em nveis de
organizao superiores.
Ex. DNA e RNA polimerases e todas as protenas reguladoras
dos processos de replicao e transcrio.
Nucleossomos so as Unidades Bsicas da
Estrutura dos Cromossomos Eucariticos
1a nvel de compactao: Fibra de 10 nm
Contas de um colar DNA enrolado em um
cerne (Octmero de histonas) de protenas
constitudo por histonas no qual o DNA se enrola
(2 voltas).
Cada partcula do cerne nucleossmico consiste de um complexo de 8 protenas histonas,
duas molculas de cada uma das histonas: H2A, H2B, H3 e H4 e a dupla fita de DNA que
tem 146 nt de comprimento.
Nvel de Compactao de 5-10x.
O DNA est parcialmente acessvel a protenas regulatrias.
DNA de ligao entre 2 nucleossomos ~ 80 pb
1a nvel de compactao: Nucleossomo
A partcula central do nucleossomo liberada da
cromatina pela digesto do DNA conector (~ 80pb)
com uma nuclease, uma enzima que degrada o DNA.
(A nuclease pode degradar o DNA exposto, mas no
pode atacar o DNA enrolado em volta do
nucleossomo).
A formao do nucleossomo converte a molcula de
DNA em uma fita de cromatina com um tero do
comprimento inicial, consiste no 1 nvel de
compactao.
1a nvel de compactao: Nucleossomo
Na formao do nucleossomo primeiro
as histonas ligam-se umas as outras
para formar os dmeros H3-H4 e H2AH2B e os dmeros combinam-se para
formar os tetrmeros.
Enfim os
tetrmeros H3-H4 se ligam com os 2
dmeros H2A-H2B para formar o
octmero ao qual o DNA se enrola.
1a nvel de compactao: Nucleossomo
As sequncias ricas em A-T no sulco
menor so mais fceis de compactar
do que as sequencias ricas em G-C e
cada octmero de histonas tende a se
acomodar no DNA para maximizar os
sulcos menores ricos em A-T na regio
interna da espiral do DNA.
Curvatura do DNA em um nucleossomo.
Devido a certas caractersticas estruturais da molcula de DNA, os pares de bases A-T
so preferencialmente acomodados no sulco menor.
2a nvel de compactao: Fibra de 30 nm
O nucleossomo compactado numa fibra
cromatnica de 30 nm.
Fibra de 30 nm ou Arranjo Solenoidal 6 nucleossomos organizados radialmente com o DNA de ligao e H1 no interior da estrutura
O cordo de nucleossomos moldado
em espiral irregular, formando uma fibra
compacta de 30nm a qual estabilizada
pela ligao da histona H1 em cada
nucleossomo.
Compactao de 50 vezes
Estgios de condensao da cromatina
Nveis mais complexos da organizao da cromatina
Pouco conhecimento.
Parece envolver essencialmente protenas no-histnicas.
Embora a H3 tambm seja importante, pois sua fosforilao
especfica necessria para a correta condensao na mitose
e na meiose.
Regulao mediada por seqncias cis-atuantes do DNA, que
so capazes de exercer seus efeitos ao logo de dezenas ou
centenas de milhares de bases, a partir de interaes com
protenas especficas.
DNA livre
Fibra de 10 nm
Fibra de 30 nm
Enovelamento
da
Fibra de 30 nm na
cromatina interfsica
Modelo para a organizao de ordem superior para a
cromatina. Esse modelo pressupe um enovelamento
adicional da fibra de 30 nm (que poderia ser helicoidal
e/ou na forma de alas), que, repetido em etapas
sucessivas, determinaria os diferentes graus de
compactao
observados
nas
estruturas
da
eucromatina, da heterocromatina e dos cromossomos.
Compactao
da
cromatina interfsica
em
cromossomos
metafsicos
Cromossomos
Metafsicos
Resultado final: cada molcula de DNA empacotada em um
cromossomo mittico.
As modificaes covalentes das caudas das
Histonas podem afetar a Cromatina
As caudas N-terminais de cada uma das 4 histonas do cerne so altamente
conservadas nas suas sequncias e exercem funes cruciais na regulao
da estrutura da cromatina.
Cada cauda est sujeita a diversos tipos de modificaes covalentes como:
- acetilao e metilao das lisinas
- fosforilao das serinas
Cada histonas contm uma cauda N-terminal sujeita a diversas formas de modificaes covalentes e uma regio da
dobra de histonas, como indicado na figura.
As modificaes covalentes das caudas das
Histonas podem afetar a Cromatina
As histonas so sintetizadas no citoplasma e organizadas nos
nucleossomos.
Algumas modificaes ocorrem nas caudas de histonas ocorrem logo aps
sua sntese, mas antes ou aps de sua reunio.
As modificaes que nos interessam ocorrem logo aps a formao do
nucleossomo adicionadas e removidas por enzimas nucleares.
Acetilao de Histonas
Aumenta a atividade transcricional da cromatina;
Acetilao ocorre em resduos especficos de lisina presentes nas
caudas N-terminais das histonas centrais;
Determina a neutralizao das cargas positivas dessas caudas,
levando a dimunuio da afinidade das caudas pelo DNA;
Assim a acetilao altera a estrutura do nucleossomo, tornando o
DNA mais acessvel a protenas reguladoras da transcrio;
Acetilao de histonas realizada pelas HATs (acetil transferases
histnicas).
Desacetilao de Histonas
A acetilao das caudas N-terminais das histonas um evento
reversvel;
Desacetilases de Histonas (HDACs) catalisam a remoo de grupos
acetila de resduos especficos das histonas centrais;
Essa desacetilao tem um efeito repressor sobre a transcrio
A hiptese do Cdigo de Histonas:
- As caudas das histonas podem ser marcadas por diferentes combinaes
de modificaes
- Cada marcao tem um significado especfico para o segmento de
cromatina que ela ocorre
A cauda H4 duplamente acetilada "lida" por uma
protena necessria para a expresso gnica. Em outro
caso, a cauda H3 metilada na lisina 9 reconhecida por
uma srie de protenas que cria uma forma
especialmente compacta de cromatina, a qual silencia a
expresso gnica.
A cromatina e os processos
vitais celulares
Replicao
As histonas so sintetizadas durante a
fase S do ciclo celular , e medida que a fita
nova de DNA vai sendo sintetizada novos
nucleossomos vo sendo montados.
Transcrio
Abertura do nucleossomo
Regies ativas no so to
empacotadas.
Compactao do DNA
[Link]
eg&feature=player_embedded#at=51
Compactao de Genomas Eucariticos
A cromatina tem uma organizao dinmica que se altera conforme o
estgio do ciclo celular. Durante a interfase 2 tipos de cromatina podem
ser observados:
- Eucromatina: representa a cromatina no seu estado de menor
compactao forma ativa da cromatina (fibras de 30 nm)
- Heterocromatina: cromatina densamente compactada-forma
inativa.
- 10% genoma de mamfero, est concentrado em regies especficas como
centrmero e telmero, normalmente no contm genes.
- efeito de posio: a atividade de um gene depende de sua posio ao
longo do cromossomo
Durante a diviso celular (meiose e mitose) toda a cromatina encontra-se
muito condensada formando os cromossomos.
Compactao de Genomas Eucariticos
Estados de condensao variveis, diferente do observado em heterocromatina e
cromossomos normais so observados em cromossomos plumosos de anfbios.
Representa um estado reversvel estendido e funcional de
cromossomos de ocitos de alguns anfbios, nos quais o
processo de meiose pode durar meses.
Representao da estrutura de cromossomos
meiticos plumosos de ocitos de anfbios. A maior
parte do DNA est condensada em estruturas
chamadas crommeros
Compactao de Genomas Eucariticos
Estados de condensao variveis, diferente
do observado em heterocromatina e
cromossomos normais so observados em
cromossomos politnicos.
Que so produtos de at nove repeties
sucessivas de DNA de um par de
cromossomos homlogos, nos quais as
molculas de DNA resultantes no se
separam.
Encontrado em ncleos interfsicos de alguns
tecidos larvais de dpteros, possuem um grau
de compactao 2x maior do que o
cromossomo mittico.
