P1- ENGENHARIA BIOQUÍMICA

1. INTRODUÇÃO À ENGENHARIA BIOQUÍMICA

O maior desafio de um processo bioquímico é a separação dos componentes, visto

que há formação de debris, os quais são restos celulares (células fragmentadas,
filamentos).
• Fase lag: adaptação do meio
• Fase log: duplicação ----> crescimento celular
• Fase estacionária: a taxa de crescimento celular é igual a taxa de morte celular
• Fase de declínio/morte: morte das células devido a falta de nutrientes ou produção
de substâncias tóxicas às células.

2. MACROMOLÉCULAS BIOLÓGICAS

• Carboidratos;
• Proteínas;
• Lipídeos;
• Ácidos nucleicos (DNA, RNA).

3. PROTEÍNAS

• Composição de constituintes celulares;

• Exercem enorme diversidade de funções biológicas;
• Necessárias para os processos bioquímicos;
• Instrumentos moleculares celular para a expressão da informação genética;
• As unidades monoméricas: aminoácido.

• Aminoácidos:
Todos possuem uma cadeia lateral (grupo reativo R);
 • Os aminoácidos são agrupados em 5 classes principais: diferenciam nas
propriedades dos seus grupos R (polaridade ou tendência de interagir com a água
em pH biológico).
• Grupo 1 (alifáticos, apolar): glicina e leucina
• Grupo 2 (aromático, relativamente apolar): tirosina, fenilalanina
• Grupo 3 (polar mas sem carga): serina, glutamina
• Grupo 4 ( R carregado +): lisina
• Grupo 5 (R carregado -): glutamato

Os aminoácidos são unidos por ligações covalentes chamadas ligações peptídicas:

• Estrutura das proteínas:

• Primária:
-Sequência de aminoácidos e ligações peptídicas da molécula
-Nível estrutural mais simples porém é o mais importante
 - Extremidades: amino terminal e caboxi terminal
- Destruída por hidrólise química ou enzimática das ligações peptídicas

• Secundária:
- Arranjo espacial de aminoácidos da sequência primária;
- Rotação das ligações entre carbonos dos aminoácidos e seus grupamentos amina
e carboxila, formando ângulos e se repetem ao longo da molécula.
- Alfa-hélice: forma helicoidal com enrolamento em espiral do polipeptídeo no sentido
horário. As cadeias laterais (R) dos aminoácidos se distribuem para fora da hélice.
São as ligações de H que estabilizam a hélice.

-Beta-folhas: na interação entre dois ou mais segmentos polipeptídicos da mesma

molécula ou de moléculas diferentes. As ligações de H estabilizam a folha.
• Terciária
- Enovelamento de toda a cadeia polipeptídica;
- Arranjo espacial de aminoácidos distantes entre si
- Estabilização por ligações (iônicas, interações hidrofóbicas, ligações de H).
• Quaternária
 - Arranjo espacial das subunidades polipeptídicas dentro da proteína composta por
dois ou mais polipeptídeos.

• Funções das proteínas:

• Catalisadores biológicos (enzimas);

• Elementos estruturais (colágeno e elastina);
• Sistemas contráteis;
• Armazenamento;
• Veículos de transporte (hemoglobina);
• Hormônios e vacinas;
• Nutricional (caseína);
• Agentes protetores

A desnaturação da proteína resulta na perda de atividade funcional devido

dependência da função pela sua estrutura, rompimento das interações, alteração da
conformação ativa do polipeptídeo.

• Classificação das Proteína

• Fibrosas: insolúveis em solventes aquosos, pesos moleculares elevados, longas

moléculas (mais retilíneas e paralelas), possuem função estrutural.
• Globulares: estrutura mais complexa, formato esférico, solúveis em solventes
aquosos, enzimas e hemoglobina.
4. CARBOIDRATOS

São biomoléculas abundantes, constituem a maior parte da matéria orgânica

(hidratos de carbono, glicídeos ou sacarídeos). Formados por C,H e O. Possuem fórmula
geral [C(H2O)]n, compostos por grupamentos aldeídicos ou cetônicos, com várias
hidroxilas.

• Principais funções e importância:

- Reserva energética;
*Plantas: amido ou outros polissacarídeos
*Animais: glicogênio
OBS: Eles são rapidamente mobilizados para gerar glicose (principal fonte de energia).
- Estrutura de proteção;
*Celulose, hemicelulose, lignina.
- Nutricional: energia e intermediários metabólicos;
- Outras sustâncias de natureza glicídica:
*ATP: derivado glicídico fosforilado
*Ribose e desoxiribose: forma a estrutura do DNA e RNA.
- Substrato: fonte de carbono (C)em bioprocessos (é matéria-prima para a biossíntese
de biomassa)

• Classificação:
-Monossacarídeo:
*Carboidratos mais simples: glicose, frutose, galactose.
*Fórmula geral: (CH2O)n
-Dissacarídeo: hidrólise da sacarose-> enzima sacarase
* 2 monômeros: sacarose, maltose (hidrólise do amido e a maltase hidrolisa para
glicose) , lactose
-Oligossacarídeo:
*de 2 a 20 monômeros: inulina, rafinose
-Polissacarídeo:
* >20 monômeros: amido, celulose, quitina.
*Destrana: reserva em leveduras e bactérias, ligações alfa, geralmente são sintetizada por
microrganismos.
*Celulose: polímero insolúvel não ramificado de glicose (beta), forma cadeias retas
(lineares) longas, ligações de hidrogênio são os responsáveis por estes características
(rígido e insolúvel em água).
*quitina: exoesqueletos dos artrópodes, paredes celulares de fungos (grupo acetamino).
A importância da quitina é a substituição de polímero plástico por biomateriais
(biodegradável).

• Ligação glicosídica:
- Nas formas cíclicas ocorrem ligações entre o grupo aldeído do C1 e o grupo hidroxila-
ligação hemiacetal.
- Ligação glicosídica é do tipo covalente o qual une os monômeros.
- Condensação hemiacetal de um carboidrato com uma OH de outro, liberando H2O.

5. LIPÍDEOS

São biomoléculas solúveis em solventes orgânicos (apolares). Formados por

ácidos graxos, são os óleos e gorduras.

• Funções:
-Reserva de energia (alternativa aos açúcares para geração de energia metabólica por
oxidação dos ácidos graxos).
-Componente estrutural de membranas biológicas
Isolamento térmico, elétrico e mecânico para proteção de células e tecidos
-Hormônios
-Solubilizam e transportam vitaminas lipossolúveis: K,D,E e A.
-Acúmulo de tecido adiposo na forma de gordura (tricilgliceróis).

• Ácidos graxos:
- São hidrocarbonetos variando de 4-36 átomos de C
- Anfipáticos (moléculas com regiões hidrofóbicas e hidrofílicas)
- Podem ser saturados (ó ligação simples: gordura) ou insaturados ( ligação dupla/tripla:
óleo e azeite).
- As duplas ligações podem ser CIS (H do mesmo lado) ou TRANS (H lados opostos).

-Nomenclatura:
*Esqueleto carbônico
Número de carbonos: número de insaturações (DELTA: carbonos com as insaturações)
- Carbono omega: primeira insaturação contando da ponta

• Propriedades Químicas:
- Quanto menor o número de insaturações: maior o ponto de fusão
- Quanto maior a cadeia carbônica: menor a solubilidade: maior o ponto de fusão
- Até 3 carbonos: São solúveis em água. Acima de 3C a solubilidade diminui e a maior
cadeia de caráter apolar.

• Triacilglicerois:
- Componentes dos óleos e gorduras: glicerol+3 ácidos graxos (comum em sistemas
biológicos)

6. ÁCIDOS NUCLEICOS

• Estrutura do DNA foi descoberta por James Watson e Francis Crick: dupla hélice com
dois filamentos de nucleotídeos que se enrolam em sentido horário
• Nucleotídeos: unidade básica dos ácidos nucleicos -> três componentes:
1) Base nitrogenada
2) Pentose
3) Fosfato

• Bases nitrogenadas
- Bases púricas (dois anéis): encontradas no DNA
e RNA (adenina e guamina)
- Bases pirimídicas (um anel): DNA e RNA
(citosina)
- Timina: somente DNA
 - Uracila: somente RNA
Ocorre uma ligação covalente do C1 da pentose com o fosfato esterificado ao C5
da pentose.

• Estrutura dos ácidos nucleicos:

- Como os nucleotídeos se unem?
R: Ligação fosfodiésteres entre nucleotídeos sucessivos (DNA e RNA). O fosfato de um
nucleotídeo se liga ao C3 da pentose do outro nucleotídeo.

- As bases são formadas sempre por uma purina e uma pirimidina. (A-T 2 ligações de H /
G-C 3 ligações de H )

• DNA (ácido desoxirribonucleico)

- Cadeia dupla de nucleotideos: as fitas são complementares
- Desoxirribose (sem açúcar)
- Citosina (C), Guanina (G), Adenina (A) e Timina (T)
- Substância fundamental da qual são compostos os genes.
• DNA (ácido ribonucleico)
- Ácido nucleico unifilamentar
- Similar ao DNA
- Ribose (com açúcar)
- Citosina (C), Guanina (G), Adenina (A) e Uracila (U) (substitui a timina no RNA)

- Esqueleto hidrofílico (fosfato+pentose) e base hidrofóbica (C, G, T, A, U)

• Localização dos Ácidos nucleicos:

- O DNA é composto de bases nitrogenadas que são as letras do código genético.
- Os cromossomos são formados por fibras de cromatina
- Cromatina é constituída de um conjunto de histonas (eucariotos) e DNA
- Núcleo da célula humana: 46 cromossomo.
- Histonas (proteínas) com função estrutural (matriz) do DNA, empacotamento do DNA
na fibra de cromatina do cromossomo
- DNA em procariotos: apenas um cromossomo circular, não há proteínas associadas,
não há membrana nuclear envolvendo-o.
• O que é Genoma?
- É a informação genética dentro da célula
- Organizado em cromossomos (os quais contem o DNA)

• O que são genes?

- Informação genética que uma célula necessita para realizar suas funções e multiplicar
- Segmento de DNA (exceto vírus, eles possuem genes de RNA)
- Sequencia de nucleotídeos do DNA que pode ser transcrita em uma versão em RNA

• Como eles transportam o material genético?

- Existem regra de como uma sequencia de nucleotídeos é convertida em sequencia de
aminoácidos de uma proteína.
- O metabolismo celular é resultante da tradução da mensagem genética dos genes em
proteínas específicas.
- Hélice de DNA ativa -> transcrição -> RNAm -> tradução -> proteína
1º) Separação parcial das 2 fitas: rompimento das pontes de H em um determinado
trecho da fita (enzima helicase)
2º) Replicação do DNA (DNA->DNA)
1. 2 fitas se desenrolam, separação uma da outra;
2. Nucleotídeos livres de DNA são pareados com as bases expostas do DNA parental de
fita simples
3. Bases pareadas incorretamente: removidas e substituídas pelas enzimas de restrição
4. Uma vez alinhado o nucleotídeo é unido à fita de DNA em crescimento pelo DNA

polimerase
3º) Transcrição (DNA-> RNA): a informação do DNA é transcrita (copiada) em uma
sequencia complementar de bases no RNA
- Requer RNA polimerase e suprimento de nucleotídeos de RNA
4º) Tradução ( em proteínas): ocorre a síntese protéica
- Decodificação da linguagem dos ácidos nucleicos RNAm e converte na das proteínas
- Utilizando códons (grupos de 3 nucleotídeos), cada códon codifica um aminoácido
- Local de tradução: ribossomo
1. RNAt- reconhecem os códons específicos e transportam os aminoácidos requeridos
(anticódon)
2. RNAr- síntese protéica nos ribossomos
3.

• Como são replicados e passados para as gerações subsequentes?

7. MICRORGANISMOS, NECESSIDADES NUTRICIONAIS E MEIOS DE CULTURA

• 4 pilares de um processo bioquímico:

- Célula microbiana ou catalisador biológico (vegetal, animal, inseto).
- Meio de cultura (cultivo), condições físicas e ambientais (pH, T, P, agitação)
* Atmosfera gasosa: classificação quanto a presença de O2
* Acidez ou alcalinidade: classificação quanto ao pH
> Acidófilo (pH 2-5) / Alcalófilo (pH 10-11) / Neutrófilos (pH 6-8)
* temperatura: classificação quanto a temperatura de crescimento
> psicrófilos (0ºC) / psicrotróficos (0-4ºC T de refrigeração) / mesófilos (25-40ºC) /
termófilos (50-65ºC) / termófilos extremos ( T>80ºC e S é o elemento essencial)

* Salinidade (pressão osmótia): concentração salina NaCl

> halófilos leves (até 6%) / halófilos moderados (6-15%) / halófilos extremos (15-35%)
 - Bioreator (modelo, configuração, detalhes construtivos)
- Etapas de downstream

• Nutrição microbiana

- Forma de obtenção de energia: quimiotróficos (oxidação de compostos org. e inorg),

fototróficos (a partir da luz solar , sendo C do CO2)
- Forma de utilização do C: autotróficos (usam CO2 como única/primária fonte de C),
heterotróficos (utilizam grande variedade de moléculas: CHO,CHON, lipídeos, ácidos
org)
- Fontes de N: importância (função estrutural e funcional de proteínas, síntese protéica>
ácidos nucleicos, duplicação do DNA, RNAs, ribossomo, enzimas, síntese de ADP)
- Macroelementos (C,H,O,N (maior), S e P (menor)): os microrganismos utilizam grande
variedade de elementos químicos para suprir suas necessidades nutricionais . O fóforo
(P) é intermediário no metabolismo de carboidratos, síntese de ácidos nucleicos, ATP,
NADPH. O enxofre (S) é componente de vitaminas.
- Fonte de C: para biossíntese e fonte de energia (glicose 4-6%)
- Mircronutrientes (Zn,Mn,Cu,Co,Mo,Fe,Na,B): necessários em quantidades pequenas,
exercem função estrutural em enzimas, nem sempre são necessários, varia conforme
espécie. Alguns micronutrientes são requeridos para a atividade específica de algumas
enzimas.
- Fatores de crescimento: vitaminas, aminoácidos, nucleotídeos, ácidos graxos
 - Indutores: induzem a produção de determinadas substâncias (pectina)
- Aditivos: agente solidificante (ágar), controlar a espuma (ác. graxo), ajustar pH
- Quelantes: precipitação de fosfatos metálicos na esterificação (autoclavagem)-EDTA

• Crescimento Microbiano: Meios de Cultura

- Classificados em 2 grupos: sintéticos (composição química qualitativo e quantitativa
conhecida), meios complexos (composição química nao é definida).
- Estado físico: sólido (ágar) x líquido

• Técnicas de Isolamento
-Pour Plate: 1ml de amostra pura, difundir no agar, incubar na temperatura e tempo ideias
para crescimento celular, estriamento (alça de platina).

- Superfície: indicado para solução é vertida no meio estéril (aguarda-se a solidificação),

adiciona-se 0,1 ml da amostra sob a superfície e espalha-se a amostra (alça de
Drigalski), incuba-se.
 - Esgotamento: é um método simples e rápido de isolamento, é utilizado quando há
baixa concentração de células e quando se quer verificar se a amostra é pura. Baixa
densidade celular <10-1

8. CÉLULAS MICROBIANAS: PROCARIÓTICA E EUCARIÓTICA

Todos os organismos procariotos são unicelulares, são formados por bactérias. Já

os organismos eucariotos podem ser dividios em unicelulares (protistas -> algas e
protozoários, fungi -> leveduras) ou em pluricelulares (fungi, vegetal e animal)
• Célula Procariótica:
- Nucleóide: não está envolvido por membrana, é um cromossomo circular.
- Organelas: não são revestidas por mebranas
- Divisão celular (reprodução bacteriana): fissão binária/ bipartição/ cissiparidade
- Processo de reprodução assexuada
- Aumento no tamanho celular ->DNA é duplicado -> a célula se divide em duas
(idênticas)
- Tempo de duplicação (td): espaço de tempo na qual a célula se duplica.
- Gram: (-) rosa, biocamada fosfolipídica, (+) azul, quitina + aminoácidos.
• Célula Eucariótica
- Núcleo: separado do citoplasma por membrana nuclear (envoltório nuclear). Múltiplos
cromossomos (carregam o DNA).
- DNA: associado a proteínas (histonas)
- Parede celular: é simples do tipo mosaico fluido, ela controla a passagem de
substâncias entre o interior e exterior da célula
- Mitocôndrias: respiração celular, queima de substâncias tranferindo energia para ATP.
- Centríolos: divisão celular e formação de flagelos ou cílios.
- Retículo endoplasmático (rugoso-->liso): 1 presença de ribossomos aderidos à sua
superfície e produzem proteínas, 2 sem ribossomos aderidos, produz lipídeos
(colesterol e hormônios) e desintoxica o organismo. Atua como centro de distribuição
de substâncias nas células. Eles também armazenam substâncias e controlam a
pressão osmótica.
- Complexo de Golgi: secreção celular (enzimas digestivas) e centro de
armazenamento e empacotamento
- Ribossomos: síntese protéica
- Lisossomos: digestão intracelular (possuem enzimas) fagocitose ou pinocitose, há
formação do vacúolo digestivo e quebram em substâncias menores que fornecem
energia para a célula.
- Peroxissomos: digestão e desintoxicação da célula (possuem enzimas)
- Cloroplastos (vegetais): produção fotossintética dos carboidratos
• Divisão celular em eucariotos:
• Mitose: células filhas são idênticas (possuem mesmo número de cromossomos que a
mãe).

• Morfologia e Reprodução dos Principais Grupos Microbianos:

- Bactérias (procariotos, unicelulares): podem ser esféricas (cocos), cilíndricas (bacilos)
ou espiral
- Leveduras (unicelulares, eucariotos, não-filamentosas): esférico, oval, elíptico. Elas se
reproduzem por brotamento (há formação de gêmula/broto podendo se separar da
original ou formar cadeias) ou por fissão: dividem-se formando 2 células filhas iguais.
- Importância das leveduras: usinas de etanol, podem produzir ácidos graxos, enzimas
(amilase).
- Reprodução de fungos filamentosos (eucariotos pluricelulares): há a germinação do
esporo fúngico, crescimento apical, formação de ramificações, conidióforo e conídios.
- Fragmentação das hifas e crescimento apical.
- Zigomicetos: saprófitos que apresentam hifas cenocíticas. Os esporangiósporo são os
esporos.
- Ascomicetos: hifas septadas
- Basidiomicetos (fungo filamentoso com hifas septadas): cogumelos
- Algas (eucariotos unicelulares): marrons, vermelhas, verdes e azuis.
- Microalgas: podem acumular amido, biolipídeos, não possuem tecidos, são uni ou
pluricelulares, fazem fotossíntese, requerem luz, CO2, H2O e alguns minerais.
9. METABOLISMO CELULAR E VIAS METABÓLICAS

• Catabolismo - conceitos iniciais:

- Respiração celular: produção de energia a partir da oxidação de compostos orgânicos,
ou seja, a energia das ligações carbônicas são transferidas para célula através do ATP.
* Como a célula utiliza o carboidrato complexo???
1º) Glicólise (comum em fungos, leveduras e bactérias 2 ATPS): ocorre no citosol e não
há participação do O2.
- Conversão da glicose a ácido pirúvico. Em seguida acontece o ciclo de Krebs
(aeróbicas- respiração) ou há a formação de etanol+CO2 ou ácido lático (anaeróbicos).
- Quebra da energia das ligações carbônicas da glicose, formando 2 moléculas de ácido
pirúvico.
OBS: A energia é o “combustível” utilizado nos processos e reações celulares do
organismo. Esse combustível é derivado de uma molécula chamada adenosina trifosfato
ou ATP. O ATP é uma molécula composta pela base nitrogenada adenina, açúcar e três
fosfatos. A energia que tanto se fala é oriunda, justamente, das duas ligações que unem
os fosfatos. Elas são ligações de alta energia que, quando necessário para alguma
função ou reação do corpo, são quebradas liberando energia suficiente para esses
eventos.

- A glicólise se trata de um conjunto de reações que transformam a glicose em piruvato

com a finalidade de gerar energia na forma de ATP. Sua eficiência é baixa por resultar
em um saldo liquido de apenas dois ATPs, mas é responsável pela produção de
substratos de outras reações muito mais energéticas.
 - Fermentação láctea (organismos anaeróbicos/músculos > demanda alta de energia):

-Fermentação alcóolica: o subproduto é etanol e CO2

2º) Ciclo de Krebs: ocorre na mitocôndria e há participação do O2

- O piruvato formado a partir da glicose origina o grupo acetila (ação da enzima acetil
coenzima A) presente no acetil-CoA mitocondrial
- O acetil-CoA será oxidada a CO2 (antes forma ácido cítrico) pelo ciclo de Krebs com a
concomitante produção de enzimas reduzidas.
OBS: Os oito hidrogênios liberados no ciclo de Krebs reagem com duas substâncias
aceptoras de hidrogênio, o NAD e o FAD, que os conduzirão até as cadeias respiratórias,
onde fornecerão energia para a síntese de ATP. No próprio ciclo ocorre, para cada acetil
que reage, a formação de uma molécula de ATP.

3º) Cadeia respiratória (26 ATPS): ocorre na mitocôndria (nas cristas) e presença de O2.
- As proteínas presentes na membrana plasmática são responsáveis pela etapa da
cadeia transportadora de elétrons.
- As moléculas de NAD, de FAD e de citocromos que participam da cadeia respiratória
captam hidrogênios e os transferem, através de reações que liberam energia, para
um aceptor seguinte.
- O ultimo aceptor de hidrogênios na cadeia respiratória é a formação de moléculas
de ATP, processo chamado de fosforilação oxidativa. Cada molécula de NADH2 que
inicia a cadeia respiratória leva à formação de três moléculas de ATP a partir de três
moléculas de ADP e três grupos fosfatos.

1 NADH2 + ½ O2 + 3 ADP + 3P 1 H2O + 3 ATP + 1 NAD

- A FADH2 formado no ciclo de Krebs leva à formação de apenas 2 ATP.
1 FADH2 + ½ O2 + 2 ADP + 2P 1 H2O + 2 ATP + 1 FAD
OBS: Se os H liberados na degradação das moléculas orgânicas se combinassem
direta e imediatamente com o O2, haveria desperdício de energia em forma de calor,
impossível de ser utilizada.

• Via de Entner-Doudoroff (alternativa à glicólise):

- Não produz frutose-6-fosfato

- É típica e exclusiva de alguns procariotos

 - De natureza simples: deshidrogenação, deshidratação e a conversão de Glicose em
ácido pirúvico e 3-fosfogliceraldeído (que é convertido a ácido pirúvico vía frutosa
difosfato).

- Por cada mol de Glicose se produz 1mol de ATP e 2 mols de NADH+ + H+.

• Via das Pentose Fosfato

- Via das pentoses fosfato: produzir NADPH e ribose-5-fosfato

- NADPH: coenzima doadora de H (sínteses redutoras: ácido graxo, colesterol,
nucleotídeos)
- reações para proteção de compostos oxidantes
- A energia da glicose é armazenada na forma de NADPH ( e não ATP)
OBS: quando o NADPH é formado mais rápido do que é consumido, a concentração inibe
a primeira enzima.
- As células que estão se dividindo requerem mais ribose-5-fosfato