Introdução à Bioquímica

Energia - Equilíbrio

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 Bibliografia
• “Lehninger, Principles of Biochemistry”,
David L. Nelson, Michael M. Cox, 7ª edição, 2017,
Introdução à Bioquímica

W.H.Freeman
Capítulo 1
 Organismos vivos

O meio ambiente dos seres vivos é absolutamente essencial, não

só como uma fonte de energia livre, mas também como uma fonte
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de matérias-primas.

Um organismo vivo é um sistema aberto: troca matéria e energia

com o ambiente que o rodeia.

Obtenção de energia:
• dos nutrientes que se encontram no meio ambiente
C6H12O6 + O2 6CO2 + 6H2O + energia

• energia do sol
6CO2 + 6H2O + luz C6H12O6 + O2

1.º Lei da Termodinâmica - Princípio da Conservação da

Energia
 Metabolismo – a fuga ao equilíbrio

Os organismos vivos extraem energia do

ambiente que os rodeia
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Transformações químicas nas células

Alguma energia é devolvida ao ambiente

sob a forma de calor

Aumento da entropia do universo através

da libertação de produtos finais do
metabolismo

Diminuição da entropia do universo por

síntese de macromoléculas complexas
 Metabolismo – criação e manutenção da ordem celular

• DNA, RNA e proteínas contêm informação na sua sequência

polimérica
Introdução à Bioquímica

• A célula necessita de energia para formar as ligações químicas

entre as subunidades e para que as subunidades estejam na
sequência correcta.

• É extremamente improvável que a sequência correcta de um

polímero fosse obtida por condensação espontânea de um mistura
de monómeros seria contra a segunda lei da termodinâmica

2.ª Lei da Termodinâmica - A entropia do universo aumenta

sempre

• A síntese de macromoléculas a partir dos monómeros, necessita de

energia.
 Metabolismo – criação e manutenção da ordem celular
J.Willard Gibbs demonstrou que a energia livre total, G, de um sistema fechado é
definido em termos de 3 quantidades:
• Entalpia (J), H
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• Entropia (J/K), S
• Temperatura absoluta (Kelvin), T

A entropia, S, expressa o grau de desordem de um sistema.

A variação de entropia, ΔS descreve a variação de desordem do sistema

A entalpia, H, reflecte a energia interna total do sistema

A variação de entalpia, ΔH, reflecte o tipo e número de ligações químicas e de
interacções não covalentes quebradas e formadas

Quando uma reação química ocorre a uma temperatura constante a variação na

energia livre (J) é dada por:
ΔG = ΔH – T ΔS
Por convenção:
ΔH <0 para uma reação que liberta calor - exotérmica
ΔH >0 para uma reação que consome calor - endotérmica
ΔS >0 para uma reação em que aumenta a desordem reacção exotérmica
Não é sinónimo de
reacção exergónica

Uma reacção é espontânea (exergónica), apenas se ΔG < 0

Uma reacção é desfavorável, não espontânea (endergónica), quando ΔG > 0

Introdução à Bioquímica Oxidação da glucose

A entropia aumenta – Os átomos contidos numa molécula de

glucose e em 6 moléculas de oxigénio molecular (total: 7 moléculas)
deram origem a um total de 12 moléculas com a conversão de um
sólido num líquido.
Introdução à Bioquímica Reacções endergónicas/exergónicas em bioquímica

aminoácidos peptídeo ΔG > 0 endergónica

ATP
ATP ADP + Pi ΔG < 0 exergónica

Processo global é exergónico

Introdução à Bioquímica Reacções endergónicas/exergónicas em bioquímica
Introdução à Bioquímica Reacções endergónicas/exergónicas em bioquímica

ΔG > 0

“EMPURRAR”

ΔG < 0

• Outra táctica utilizada é de “PUXAR”, onde uma primeira reacção endergónica

é seguida de uma reacção exergónica que consome os produtos da primeira
reacção
Introdução à Bioquímica Analogia mecânica
 Estabilidade cinética

• Todas as macromoléculas biológicas são termodinamicamente

Introdução à Bioquímica

mais instavéis do que as suas subunidades monoméricas. Mas

não se decompõem, porquê?

• A grafite é mais estável do que o carbono. Os diamantes

transformam-se em grafite?
 Estabilidade cinética
✦ Reacções exergónicas podem não se dar devido ao controlo
cinético da reacção
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Apesar de espontâneas são demasiado lentas na escala de tempo

de interesse.
A grafite é mais estável do que o carbono, mas a barreira cinética
impede a transformação. Diz-se que os diamantes são compostos
metaestáveis, porque são estáveis devido a razões cinéticas
✦ Qualquer macromolécula é termodinamicamente menos estável
que as unidades monoméricas que a compõem, no entanto a
decomposição não catalisada (descontrolada) não ocorre
✦ Regulação - nos sistemas biológicos, o controlo é exercido pelas
enzimas (essencialmente proteínas, em alguns casos moléculas
de RNA)
✦ Cada reacção (ou conjunto de reacções semelhantes) são
catalisadas por uma enzima, logo para a catálise existente na
célula são necessárias milhares de enzimas diferentes
• Selectividade
• Especificidade
• Regulação
Introdução à Bioquímica Enzimas
 Enzimas
• A ligação da enzima ao estado de transição é exergónica,
baixando o valor da energia de activação (ΔG‡)
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• A constante de equilíbrio não é afectada, o valor de ΔG

permanece igual
 Enzimas
➡Estereoespecificidade – orientação dos reagentes/substratos
fazendo com que o número de colisões produtivas aumente,
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aumentando assim a probabilidade da reacção ocorrer em

várias ordens de grandeza
➡O complexo enzima-substrato é mantido através interacções
moleculares: pontes de hidrogénio, interacção electrostática,
interacções hidrofóbicas ou ligações covalentes
 Mapa metabólico

• Os milhares de
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reacções catalisadas
por enzimas estão
funcionalmente
organizadas em
conjuntos de reacções
consecutivas

• Vias metabólicas
 Introdução à Bioquímica

Produção de energia
Metabolismo = Catabolismo + Anabolismo

Produção de organização
 Regulação da actividade enzimática

O metabolismo é regulado de modo a atingir o equilíbrio de um

modo económico.
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Os seres vivos sintetizam milhares de diferentes componentes e nas

proporções necessárias.
Regulação de uma via biossintética por inibição retroactiva
(feeedback) - ocorre uma diminuição (ou aumento) da actividade
enzimática de acordo com o aumento (ou diminuição) de compostos
relacionados com o produto de reação.

Em E.coli, a síntese do aa isoleucina é feita a partir da treonina em

5 passos, catalizada por 5 enzimas. O 1.º passo é catalizado pela
treonina desaminase, que é inibida por isoleucina.
 Manutenção da informação/organização

organismo célula cromossoma DNA

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(eurocariontes)

Uma célula humana contém 46 cromossomas que contêm

31.000 genes com cerca de 1.8 metros, 180.000 vezes
maior que a respectiva célula.
 Manutenção da informação/organização

A maioria dos procariontes contêm um único cromossoma circular.

Introdução à Bioquímica

E. coli - cromossoma contém cerca de 10.000.000 caracteres

(nucleotídeos) que descrevem a estrutura e funcionamento celular.

O comprimento do DNA é cerca de

1.5 mm, 1000 vezes maior que o
comprimento da bactéria.

O DNA encontra-se super-enrolado

“supercoiling”.
 Continuidade da informação genética
Uma das propriedades mais marcantes das células vivas é a sua
capacidade de se reproduzirem “eternamente”, ao longo de
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milhões de anos, com fidelidade quase perfeita.

A informação hereditária é transmitida pelas moléculas de DNA,

cuja sequência linear de subunidade de nucleotídeos ligados
covalentemente, codificam a mensagem genética.

A perpetuação de uma espécie biológica requer que a sua

informação genética seja mantida de um modo estável, expressa
com exactidão na forma de produtos dos genes e reproduzida com
o mínimo de erros.

Calcule o n.º de vezes que o DNA de uma célula de E.coli actual foi
copiado desde que a sua 1.ª célula bacteriana precursora surgiu há
cerca de 3.5 mil milhões de anos.
Dados: uma divisão celular em média a cada 12 horas
Introdução à Bioquímica Fidelidade da perpetuação da informação
Introdução à Bioquímica Informação codifica para função e estrutura
 Fidelidade vs Evolução

A acumulação gradual de mutações

ao longo do tempo resulta na
Introdução à Bioquímica

criação de novas espécies

 Resultado das mutações

• Por vezes uma mutação altera a especificidade de uma enzima,

permitindo a catálise de um novo substrato
Introdução à Bioquímica

• Esse substrato pode ser, por exemplo, uma nova fonte de

carbono
• Se esse substrato for a única fonte de carbono disponível, as
células que contém a mutação podem sobreviver enquanto que
as células nativas morrem
– Darwin: “Survival of the fittest under selective pressure”
• Por vezes existem duplicação de genes, e as mutações podem
fazer evoluir sem inviabilizar a manutenção celular
 Prémio Nobel da Química 2015
The Nobel Prize in Chemistry 2015 was awarded jointly to Tomas
Lindahl, Paul Modrich and Aziz Sancar for :
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Mechanistic studies of DNA repair

Besides base excision repair, nucleotide excision repair, and mismatch

repair, there are several other mechanisms that maintain our DNA.
Every day, they fix thousands of occurrences of DNA damage caused by
the sun, cigarette smoke or other genotoxic substances; they
continuously counteract spontaneous alterations to DNA and, for each
cell division, mismatch repair corrects some thousand mismatches.
Our genome would collapse without these repair mechanisms. If just one
component fails, the genetic information changes rapidly and the risk of
cancer increases. Congenital damage to the nucleotide excision repair
process causes the disease xeroderma pigmentosum; individuals who
suffer from this disease are extremely sensitive to UV radiation and
develop skin cancer after exposure to the sun.
Defects in DNA mismatch repair increase the risk of developing
hereditary colon cancer, for instance.
 Origem da vida
• Origem de biomoléculas e da primeira célula
• Oparin propôs que:
Introdução à Bioquímica

– Atmosfera primitiva era muito diferente da actual, sendo rica em

metano, amoníaco, água
– Energia térmica → vulcões
– Energia eléctrica → trovões

Experiência de Miller
• Simulação da atmosfera primitiva e condições de energia Aleksandr Oparin
• Após semanas obtém-se
– CO, CO2, N2, CH4, para além da mistura de gases iniciais
– Alguns aminoácidos, álcoois, aldeídos e cianeto
• Outras experiências provaram a possibilidade de obtenção de
polipeptídeos e moléculas do tipo do RNA
• Possibilidade de produção abiótica de biomoléculas
 A experiência de Miller - 1953

Simulação das condições primitivas da Terra, produzindo

moléculas orgânicas a partir de reacções químicas da atmosfera.
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Miller, empregando uma técnica analítica de

cromatografia em papel, analisou a composição da
mistura verificando que se tinha produzido grande
número de compostos orgânicos, entre as quais
vários aminoácidos e outros moléculas básicas da
vida.
 Astrobiologia, a origem e a procura de vida no sistema solar
Introdução à Bioquímica

https://www.youtube.com/watch?v=7EqrMl1HJi0

Fosfina, PH3, encontrada nas nuvens de Vénus

★ o único processo conhecido de produção natural de
fosfina: microorganismos anaeróbicos.
★ sendo a atmosfera de Vénus altamente oxidante a
presença de fosfina é totalmente inesperada.

"Em qualquer lugar onde não há oxigénio há fosfina, como pântanos,

sedimentos, flatulências e intestinos", disse Clara Sousa-Silva.
 Os ácidos nucleicos contêm a informação genética para
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produzir enzimas específicas.

As enzimas catalisam a replicação e são essenciais na

reparação do ácidos nucleicos.

Que moléculas apareceram primeiro

DNA? Proteínas?
Introdução à Bioquímica Ordem de eventos - “RNA World”
 A primeira célula

• Muito provavelmente a primeira célula foi quimio-heterotrófica

• Aparecimento posterior da primeira célula fotossintética por
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aparecimento de pigmentos capazes de captar a luz solar e

reduzir CO2 a compostos orgânicos complexos
• Como inicialmente não existia oxigénio na atmosfera, as células
primitivas eram anaeróbias (reduzindo - “respirando” - sulfato)
Introdução à Bioquímica Etapas da evolução da vida na terra
Introdução à Bioquímica