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Araraquara
2023
Resumo
A EGFP (proteína verde fluorescente aprimorada) é uma variante monomérica e que
não precisa de agentes adicionais para exibir a atividade de fluorescência (SOUSA, 2019) da
proteína de fluorescência verde (GFP) originalmente isolada da água viva Aequorea victoria.
A proteína é composta por 238 aminoácidos e possui peso molecular de aproximados 29 kDa.
Sua extração ocorreu pelo uso da técnica de ultrasonicação e a purificação foi realizada pela
utilização dos métodos de salting-out com sulfato de amônio [(NH₄)₂SO₄], precipitação por
solventes orgânicos como o etanol e o n-butanol, e finalizando com uma corrida de
eletroforese SDS-PAGE. A partir dos métodos empregados obteve-se, ao final, 5,024% de
pureza, concentração de 6,02 mg/L de EGFP na amostra final purificada e um rendimento de
3,29%. A quantificação de proteínas totais foi realizada pelo método de Bradford (utilizando
o reagente comercial fornecido pelo técnico do laboratório didático) e a quantificação de
EGFP pela análise de fluorescência por espectrofotometria.
SUMÁRIO
1. INTRODUÇÃO.................................................................................................................... 1
1.1. Características físico-químicas da EGFP...................................................................... 1
1.2. Rompimento celular...................................................................................................... 1
1.2.1. Purificação............................................................................................................2
1.2.2. Precipitação de Proteínas Contaminantes por Sais.............................................. 3
1.2.3. Purificação por solventes orgânicos..................................................................... 4
1.3. Eletroforese SDS-PAGE................................................................................................5
2. OBJETIVOS......................................................................................................................... 6
2.1. Objetivos específicos.....................................................................................................6
3. MATERIAIS E MÉTODOS................................................................................................ 7
3.1. Fluxograma do processo................................................................................................7
3.2. Materiais........................................................................................................................7
3.2.1. Rompimento celular............................................................................................. 7
3.2.2. Purificação............................................................................................................7
3.2.3. Eletroforese SDS-PAGE.......................................................................................8
3.3. Metodologia.................................................................................................................. 8
3.3.1. Rompimento celular............................................................................................. 8
3.3.2. Purificação............................................................................................................9
3.3.2.1. Precipitação de Proteínas Contaminantes por Sais..................................... 9
3.3.2.2. Purificação por solventes orgânicos.......................................................... 10
3.3.2.2.1. Purificação por etanol.......................................................................11
3.3.2.2.2. Purificação por n-butanol................................................................. 11
3.3.3. Eletroforese SDS-PAGE.....................................................................................13
3.3.7. Métodos Analíticos............................................................................................ 14
3.3.7.1. Quantificação de EGFP............................................................................. 14
3.3.7.2. Método de Bradford.................................................................................. 14
3.3.7.3. Análise de Pureza...................................................................................... 14
4. RESULTADOS E DISCUSSÃO........................................................................................ 15
4.1. Rompimento celular.................................................................................................... 15
4.2. Precipitação de Proteínas Contaminantes por Sais..................................................... 16
4.3. Purificação por solventes orgânicos............................................................................ 17
4.4. Purificação geral e comparação com demais grupos...................................................18
4.5. Comparação entre grupos da P2..................................................................................19
4.6. Eletroforese SDS-PAGE..............................................................................................22
5. CONCLUSÃO.................................................................................................................... 23
6. REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS............................................................................. 24
1. INTRODUÇÃO
1.2.1. Purificação
Assim sendo, pode-se observar que ânions polivalentes como o sulfato e o fosfato,
bem como os cátions monovalentes amônio e potássio são boas escolhas para realizar a etapa
de salting out, pois têm baixa probabilidade de ocasionar a desnaturação proteica. De modo
geral, o sulfato de amônio é tido como um dos mais utilizados, pois sua solubilidade não
sofre grandes variações entre 0 e 30 ºC, além de garantir estabilidade à proteína e sua
densidade (1,235 g/cm3) ser inferior à densidade média de agregados proteicos (1,29 g/cm3),
fato este que favorece a precipitação (KILIKIAN; JR., 2020).
2. OBJETIVOS
● Realizar de forma bem sucedida a lise celular da bactéria Escherichia coli BL21
(DE3) a partir do método de ultrasonicação;
3.2. Materiais
3.2.2. Purificação
3.3. Metodologia
Nas duas primeiras aulas práticas reservadas para o processo de extração e purificação
foi realizado um teste com apenas uma das três amostras obtidas anteriormente. O processo
proposto no projeto foi seguido, entretanto, na etapa de purificação por etanol, debris celular
foi erroneamente coletado, o que comprometeu a eficácia das próximas etapas, gerando um
resultado insatisfatório. Dessa maneira, na última aula, o processo foi refeito com as outras
duas amostras que ainda estavam armazenadas, e dessa vez, o debris celular formado na etapa
de purificação por etanol não foi coletado, permitindo que o restante do procedimento fosse
mantido com qualidade. Sendo assim, é importante ressaltar que todo o processo descrito
adiante foi realizado em duplicata.
Primeiramente, os pellets de células previamente ressuspendidos em 6 mL de tampão
de extração (Tris-HCl 50 mM, pH 8,0) e congelados a -20 °C em tubos cônicos tipo Falcon
de 50 mL, obtidos na fase prévia do projeto, foram descongelados em banho termostatizado à
temperatura de 40 °C até atingir o descongelamento total (aproximadamente 5 minutos).
Em seguida, o rompimento celular de E. coli BL21 (DE3) [pLysS; pET28a)] foi
realizado através do processo de ultrasonicação, utilizando um disruptor ultrassônico digital
(QR350 ©Ecosonics) numa amplitude de 40% (correspondente a 112 W) em banho de gelo,
com 10 ciclos totais, sendo cada um deles correspondente a pulsos de 1 min ON a 20 Hz / 2
min OFF, totalizando assim 30 minutos.
Em sequência, as amostras foram então centrifugadas a 10.000 rpm (≈ 13024,7 x g),
por 5 minutos a 4 ºC utilizando a centrífuga Hitachi - High Speed Refrigerated Centrifuge
CR22N (R18 A) e o sobrenadante esverdeado resultante do processo foi coletado a fim de
promover a separação do pellet contendo o debris celular.
Após esse processo, observou-se que o pellet de células obtido ainda possuía uma leve
cor esverdeada. Dessa forma, o pellet foi ressuspendido 6 mL em tampão Tris-HCl e
submetido a mais 2 ciclos de rompimento celular, análogos aos realizados anteriormente,
seguidos de centrifugação nas mesmas condições apresentadas, resultando em um pellet de
cor mais esbranquiçada ao final desse procedimento. O sobrenadante esverdeado advindo
dessa etapa adicional foi somado àquele obtido previamente.
Por fim, foi coletada uma alíquota de 500 μL do sobrenadante esverdeado total
resultante do final do processo para análise da pureza, de acordo com as equações
apresentadas na seção de Métodos Analíticos e os procedimentos propostos: Bradford para a
determinação das proteínas contaminantes e leitura da fluorescência para a concentração de
EGFP.
3.3.2. Purificação
𝑚 = 𝑀. 𝑚𝑀 . 𝑉 (Equação 1)
Onde M corresponde à concentração molar, mM à massa molar de sulfato de amônio e
V ao volume de sobrenadante obtido após o rompimento celular.
Em seguida, na semana seguinte, as amostras foram descongeladas em banho
termostatizado e a remoção das proteínas precipitadas foi feita por centrifugação a 10.000
rpm (≈ 13024,7 x g), por 5 minutos a 4 ºC, utilizando a centrífuga Hitachi - High Speed
Refrigerated Centrifuge CR22N (R18 A).
Nesse momento, o sobrenadante esverdeado foi coletado e observou-se que o pellet de
proteínas formado apresentava uma forte cor verde, indicando que ocorreu a precipitação de
EGFP. Sendo assim, visando obter um melhor rendimento e evitar a precipitação indesejada
da proteína verde fluorescente, o processo foi repetido utilizando uma molaridade
correspondente à metade utilizada inicialmente, ou seja, 0,8 M.
Dessa forma, o pellet foi ressuspendido em tampão Tris-HCl e a massa m de
(NH4)2SO4 em pó utilizada foi calculada de acordo com a Equação 1. A suspensão resultante
foi novamente submetida à centrifugação a 10.000 rpm (≈ 13024,7 x g), por 5 minutos a 4 ºC,
utilizando a centrífuga Hitachi - High Speed Refrigerated Centrifuge CR22N (R18 A).
O sobrenadante esverdeado obtido nessa etapa foi somado àquele coletado
anteriormente. Já o pellet formado apresentou uma cor acinzentada, indicando que pouca
quantidade de EGFP foi precipitada, embora, provavelmente, ocorreram perdas durante o
processo, uma vez que o pellet não foi submetido a uma nova precipitação. Da mesma
maneira como foi feito anteriormente, uma alíquota de 500 μL foi retirada do volume total de
sobrenadante esverdeado para posterior análise da pureza e fluorescência.
Em seguida, foi novamente adicionada uma quantidade pré-determinada de (NH4)2SO4
em pó de acordo com a Equação 1 ao sobrenadante esverdeado resultante do processo
anterior, para promover uma concentração final de 2,8 M (solução com 70% de saturação).
Para cada amostra a ser analisada, foram retirados alíquotas de 1,0 mL, a partir de
uma micropipeta volumétrica de 1000 μL, inseridos em cubetas e misturados a 20 μL do
reagente, retirados com uma micropipeta volumétrica de 200 μL. As misturas foram deixadas
descansando por 10 minutos para então serem submetidas a leituras em Espectrofotômetro
BEL UV-Vis, em comprimento de onda de 595 nm. O branco utilizado para as leituras foi a
solução tampão Tris-HCl 50 mM, pH 8.
Sendo que Pn representa a pureza calculada no estágio atual e Pn-1 equivale ao grau de
pureza obtido no estágio anterior de precipitação.
Será realizado também o cálculo de porcentagem de recuperação da EGFP a partir das
amostras obtidas, utilizando a equação 5.
𝐶𝑥𝑛. 𝑉𝑛
η(%) = 𝐶𝑥𝑜. 𝑉𝑜
. 100 (Equação 5)
4. RESULTADOS E DISCUSSÃO
Nota-se que a massa obtida da EGFP não representa sequer 5% das proteínas totais
presentes na amostra, o que foi inesperado, uma vez que durante o processo de cultivo da
bactéria Escherichia coli e produção da proteína de interesse, obteve-se o valor de ± 3,37 mg
de EGFP. Sendo assim, houve uma perda estimada de 76,41% da massa total de proteína
produzida.
É conhecido que o processo de ultrasonicação, por ser um método de rompimento
celular mecânico, pode gerar calor o suficiente para desnaturar proteínas, no entanto, o
procedimento foi realizado em banho de gelo exatamente para contornar tal situação. Desta
forma, julga-se que o gelo utilizado não foi o suficiente para evitar a transferência de energia
térmica capaz de desnaturar as proteínas da amostras, uma vez que a técnica se mostrou
efetiva em romper as células, gerando pellets esbranquiçados e sem fluorescência
considerável, descartando a possibilidade de perda de EGFP por rompimento insatisfatório.
Infere-se que uma possível solução para o ocorrido seja aumentar os intervalos de tempo off
nos ciclos da ultrassonografia e melhor refrigeração das amostras durante a técnica,
diminuindo a geração e transferência de calor.
Não foi possível observar a redução das proteínas contaminantes através utilização do
sulfato de amônio, uma vez que ocorreram erros na metodologia utilizada para determinação
das proteínas totais, fenômeno que será explicado mais adiante. A tabela 3 abaixo indica os
resultados obtidos nessa etapa de purificação:
Tabela 3: Comparação entre as concentrações e massas de proteínas totais e EGFP presentes nas
amostras após a precipitação de proteínas contaminantes por sulfato de amônio.
Apesar dos resultados numéricos não indicarem que houve purificação, visualmente
nas aulas práticas foi possível observar que o sulfato de amônio contribuiu para a purificação
da EGFP, reduzindo as proteínas contaminantes por meio de sua precipitação.
A primeira etapa da precipitação por etanol, utilizando 1/4 do volume total da amostra
como medida para o uso do solvente resultou em uma concentração média de 22,005 ± 1,14
mg/L da proteína EGFP na fase superior, onde era esperado a precipitação da mesma. A
mesma fase teve como resultado 322,055 ± 7,64 mg/L de proteínas totais. Considerando que
o volume médio da amostra era de 21,562 ± 0,442 mL têm-se que a massa recuperada de
EGFP foi de 0,475 mg, sendo que a massa de proteínas totais foi de 13,414 mg. Já na segunda
etapa da precipitação por etanol, desta vez utilizando 1/16 de volume, teve como resultado
8,487 ± 1,3 mg/L de EGFP e 1259,859 ± 105 mg/L de proteínas totais, considerando então o
volume médio de 3,56 ± 0,226 mL têm-se que a massa final desta etapa para EGFP e
proteínas totais foi, respectivamente, de 0,03 e 4,485 mg.
Para a precipitação utilizando o n-butanol como solvente, a concentração de EGFP
obtida após o procedimento foi de 6,025 ± 1,943 mg/L e para proteínas totais 119,935 ±
78,312 mg/L. Tendo em vista que o volume das amostras nesta etapa foi de 4,35 ± 0,212 mL,
então a massa recuperada da EGFP foi de 0,026 mg e para as proteínas totais 0,522 mg.
A tabela 4 abaixo apresenta os resultados obtidos durante as etapas de purificação
utilizando solventes orgânicos:
Tabela 4: Comparação entre as concentrações e massas de proteínas totais e EGFP presentes nas
amostras durante as etapas de purificação.
[Proteínas totais] Massa de [EGFP] Massa Massa
Etapa (mg/L) Proteínas (mg/L) EGFP contaminantes
totais (mg) (mg) (mg)
Por fim, a tabela 5 a seguir, compara os resultados obtidos durante todas as etapas de
purificação da proteína de interesse:
Tabela 5: Comparação entre as concentrações e massas de proteínas totais e EGFP presentes nas
amostras durante as etapas de purificação.
[Proteínas totais] Massa de [EGFP] Massa Massa
Etapa (mg/L) Proteínas (mg/L) EGFP contaminantes
totais (mg) (mg) (mg)
Além disso, foi calculado também a Pureza e o Rendimento de cada etapa do processo
de acordo com as equações previamente apresentadas. Os resultados obtidos compreendem a
Tabela 6 abaixo:
Tabela 6: Resultados obtidos de pureza, aumento de pureza e rendimento para cada etapa do processo
de purificação.
Etapa Pureza (%) Aumento Rendimento
de Pureza (%)
Ultrasonicação 4,407 - -
G5 G6 G7 G8
Após
rompimento 0,601 2,153 20,28 18,033
celular (lisado)
Após
purificação 0,034 0,255 0,5942 0,5397
G5 G6 G7 G8
No cultivo 0,0484 1,64 4,46 3,37
(média)
Após
rompimento 0,0014 0,136 0,4823 0,795
celular (lisado)
Após
purificação 0,0008 0,004 0,0576 0,0311
EGFP liberada
após 2,89 8,29 10,81 23,59
rompimento
(%)
Perda
estimada de 97,10 91,70 89,16 76,41
EGFP (%)
Tabela 9: Comparação dos resultados da massa de proteínas contaminantes entre grupos da Turma 2.
G5 G6 G7 G8
Após
rompimento 0,59961 2,017 19,7978 17,2383
celular (lisado)
Após
purificação 0,03315 0,251 0,53664 0,50864
Tabela 10: Comparação dos resultados de pureza final entre grupos da Turma 2.
G5 G6 G7 G8
Através das tabelas supracitadas, é possível observar que os resultados possuem uma
certa correlação, uma vez que os grupos apresentam uma ordem quase que crescente de
quantidade de proteínas totais, correspondente com a agitação do meio de cada grupo (G5: 0
rpm, G6: 50 rpm, G7: 150 rpm, G8: 200 rpm), com destaque para o G7 que, como observado
anteriormente, foi o grupo que mais produziu EGFP, bem como proteínas totais.
Apesar do G7 ter, de fato, produzido mais EGFP no cultivo, a eficiência do
rompimento celular aparentemente foi menor que o do presente grupo (G8), liberando apenas
0,4823 mg quando comparada com o presente grupo, que liberou 0,795 mg, obtendo assim, a
maior porcentagem de EGFP liberada através do rompimento celular (26,59%). Foi possível
verificar que os demais grupos também apresentaram baixa eficiência do processo de
rompimento celular, mesmo usando diferentes técnicas (congelamento/descongelamento e
ultrasonicação). Ainda, o grupo 7 foi o que apresentou maior quantidade de EGFP no final do
processo de purificação, bem como o que mais reduziu contaminantes de suas amostras, ao
passo que o grupo 5 foi o que obteve os menores índices correspondentes.
Por outro lado, por mais que o G7 tenha apresentado melhores dados numéricos de
pureza, visualmente, o presente grupo se destacou, visto que a amostra final purificada estava
evidentemente mais verde e concentrada quando comparada com a amostra final do G7,
como mostra as figuras 3 e 4 a seguir:
Figura 3: Amostra final purificada G8. Figura 4: Amostra final purificada G7.
Uma das hipóteses consideradas é que pelo fato do da EGFP presente na amostra do grupo
7 estar solubilizada em PEG-600, o meio pode ter se tornado mais opaco, e assim, ter
impedido a visibilidade total da fluorescência da proteína.
É provável também que possa ter ocorrido erros nos cálculos de quantificação e diluição
dos grupos, além da possível ineficácia do reagente de Bradford utilizado, uma vez que os
resultados de pureza de todos os grupos da P2 ficaram muito abaixo do esperado.
4.6. Eletroforese SDS-PAGE
Figura 5: Revelação do gel de corrida da eletroforese em SDS-PAGE para análise da amostra inicial e final do
processo de purificação.
Como esperado para a amostra inicial, retirada logo após ao rompimento celular,
observa-se diversas bandas de diferentes tamanhos e intensidades. Já para a amostra final
quase não é possível perceber a presença de qualquer proteína ao longo do gel, com exceção
de uma fina e quase opaca banda entre os tamanhos de 35 e 25 kDa. Não se pode afirmar que
tal proteína seja EGFP, pois a marcação parece estar levemente deslocada para cima do que
representaria 26,9 kDa, no entanto, como houve uma quantificação anterior à eletroforese,
afirmando a presença da proteína na amostra é possível que tal banda se refira a mesma.
Outro ponto importante a se levantar é que pela quantificação obtida a partir do
método de Bradford, deveria haver presença considerável de proteínas ao longo do gel, o que
não foi observado. Tal fato pode corroborar para a hipótese de que os valores de proteínas
totais obtidos durante a quantificação estão superestimados.
5. CONCLUSÃO
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Apêndice A - Fluxograma detalhado do processo de extração proposto