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Araraquara
2023
SUMÁRIO
1. INTRODUÇÃO 1
2. OBJETIVOS 1
2.1. Objetivos Específicos 2
3. MATERIAIS E MÉTODOS 2
3.1. Materiais 2
3.2. Metodologia 3
3.2.1. Preparo das células 3
3.2.2. Rompimento celular 4
3.2.3. Purificação de eGFP 4
3.2.4. Descarte 5
3.3. Metodologia analítica 5
3.3.1. Quantificação de proteínas totais 5
3.3.2. Quantificação da eGFP 6
3.3.3. Análise por Eletroforese 7
4. RESULTADOS 7
4.1. Rompimento celular 7
4.2. Proteínas Totais 8
4.3. Quantificação da proteína Verde Fluorescente (eGFP) 9
4.4. Eletroforese SDS PAGE 11
4.5. Comparação entre grupos 12
5. CONCLUSÃO 14
6. BIBLIOGRAFIA 15
1. INTRODUÇÃO
2. OBJETIVOS
1
2.1. Objetivos Específicos
3. MATERIAIS E MÉTODOS
3.1. Materiais
2
● Centrífuga HITACHI High-Speed Refrigerated Centrifuge CR22N
● Centrífuga HETTICH Universal 320/320R
● Sonicador de Ponteira Ultrassônico Eco-Sonics
● Tampão de extração (20 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 5 mM EDTA sódico)
● Espátulas
● Balança analítica
● Solvente etanol 96% (v/v)
● Solvente n-butanol
● Solução aquosa de cloreto de sódio (NaCl) 5M
● Solução aquosa saturada de sulfato de amônio ((NH4)2SO4)
● Reagente de Bradford
● Espectrofotômetro GENESYSTM 10S UV-Vis (ThermoFisher Scientific)
● Cubetas para espectrofotômetro
● Microtubos de 1,5 mL
● Balança analítica
● Leitora de microplacas PERKINELMER EnSpire Multimode Plate Reader
● Placa de 96 poços
3.2. Metodologia
3
3.2.2. Rompimento celular
Para purificar a eGFP, foi feito um processo de extração orgânica utilizando como
solvente o etanol. Apesar da etapa de rompimento celular, foi decidido seguir o processo de
purificação apenas com o sobrenadante do extrato celular devido à maior presença da eGFP
nesta fração. O sobrenadante foi recuperado e foram retirados, utilizando uma pisseta, 10 mL
de cada tubo de fundo cônico e transferidos para três novos tubos de fundo cônico de 50 mL.
Em seguida, foram adicionados a cada tubo, aproximadamente, 3 mL de solução NaCl
5M e 23,3 mL de solução saturada de (NH4)2SO4 (pH 7,8), atingindo a saturação de 64% e
as concentrações finais próximas de 0,41 M e 2,63 M, respectivamente.
Após a adição dos sais, foi adicionado 12 mL de etanol 96% (v/v) e centrifugado a
3000 g por 7 minutos a temperatura ambiente, a fim de evitar a cristalização do sulfato de
amônio (DONG et al, 2019).
Após a centrifugação, a parte superior da mistura heterogênea, a qual deveria conter a
proteína de interesse, foi recuperada. Foram recuperados cerca de 10 mL dessa fase, a fim de
evitar a contaminação com a fase inferior. A essa fração recuperada, foi adicionado n-butanol
na proporção ¼ em relação ao etanol, ou seja, 2,5 mL e foi feita uma segunda centrifugação a
3000 g por 7 minutos.
Ao fim desse processo, a proteína de interesse deveria ser encontrada na fase aquosa
(inferior) da mistura heterogênea. Para confirmação, foi feita uma breve análise com luz UV.
Para a recuperação da proteína de interesse, a fase superior foi removida cuidadosamente
(SAMARKINA et al, 2009).
A eGFP, recuperada em fase aquosa, foi armazenada em freezer a -20ºC até o
momento de realização da eletroforese. Para a realização de análises, foram coletadas 3
amostras de 1 mL cada tubo.
4
3.2.4. Descarte
5
posterior leitura de absorbância. As amostras foram então vertidas em cubetas e analisadas a
595 nm em espectrofotômetro GENESYSTM 10S UV-Vis (ThermoFisher Scientific). O
tampão da solução das amostras com reagente foi empregado como branco nas leituras
(KIELKOPF, C. L. et al, 2020; ROBIĆ, G.; LACORTE, C.; MIRANDA, E. A, 2009).
A curva padrão fornecida se encontra na Equação 1, a seguir.
O método analítico utilizado para quantificar a eGFP foi uma análise direta de
fluorescência, feita com o uso de uma leitora de microplacas PERKINELMER EnSpire
Multimode Plate Reader. Nesse método, amostras foram coletadas ao início da purificação,
ou seja, logo após o rompimento celular, e ao final do processo de purificação. Elas foram
centrifugadas em centrífuga HETTICH Universal 320/320R a 13000 g por 5 minutos em
temperatura ambiente e o pellet foi ressuspendido em tampão Tris-HCl 50 mM, previamente
preparado (LOPES, 2019). Foi utilizado o vórtex para homogeneizar a amostra, que foi
pipetada com uso de micropipeta P200 em placa de 96 poços, no volume de 100 µL por poço
(JESUINO, 2020; PERKINELMER, 2011).
Para a análise de fluorescência, o conteúdo foi excitado no comprimento de onda de
395 nm e emitido a outro de 510 nm, utilizando a leitora de microplacas (CARSON et al,
2012). O branco utilizado foi o tampão Tris-HCl 50 mM. A determinação da concentração de
eGFP foi realizada utilizando uma curva de calibração adequada fornecida pelo técnico do
laboratório, dada pela Equação 2 (JESUINO, 2020).
𝐶𝑥
𝑃 (%) = 𝐶𝑇
. 100 (Equação 3)
6
Onde P representa o grau de pureza, Cx corresponde à concentração da proteína
desejada (eGFP) e CT a concentração de proteínas totais.
𝐶𝑥𝑛. 𝑉𝑛
η(%) = 𝐶𝑥𝑜. 𝑉𝑜
. 100 (Equação 4)
4. RESULTADOS
7
Figura 2 - Pellet (a) e sobrenadante (b) após descongelamento e centrifugação.
Era esperado que a proteína fosse encontrada majoritariamente no interior das células
após o descongelamento, ou seja, apenas o pellet estaria com a coloração verde. A forte
coloração verde presente no sobrenadante indica o rompimento celular que ocorreu devido ao
descongelamento das amostras que ficaram armazenadas. O pellet mostrado na Figura 2a
possui leve coloração esverdeada e fluorescência, o que aponta que uma pequena fração da
proteína produzida ainda se encontrava no interior das células.
O rompimento foi ocasionado pelo próprio processo de congelamento, que gera a
formação de cristais de gelo na membrana celular, acarretando em seu rompimento (ISLAM,
ARYASOMAYAJULA, SELVAGANAPATHY, 2017). Outro fator que poderia ter
influenciado na lise celular é a composição do tampão de armazenamento. O tampão utilizado
no armazenamento foi o Tris-HCl 50 mM, que se feito de forma incorreta, pode atingir um
pH que desestabiliza a membrana celular e, consequentemente, colabora com o rompimento
dessa membrana (ANGELOVA et al, 2018).
8
Tabela 1 - Absorbância média, concentração proteica e massa total de proteínas obtida pelo método de
Bradford nas amostras pré e pós purificação.
9
Tabela 2 - Absorbância média e concentração de eGFP obtida pelo método de Fluorescência e massa
de eGFP nas amostras pré e pós purificação.
A partir desses resultados é possível notar que houve uma diminuição significativa na
quantidade de eGFP após a purificação, uma vez que houve perda de massa de
aproximadamente 97%, indicando que o método empregado não foi eficiente.
Uma vez que o precipitado obtido logo após o processo de descongelamento não foi
utilizado no processo, é possível que certa quantidade de proteína de interesse tenha se
perdido nesse momento, apesar de o precipitado não demonstrar cor esverdeada e
fluorescência significativa. Além disso, é provável que parte de eGFP tenha sido perdida
durante as fases de extração, uma vez que não foi possível recuperar toda a fase superior após
adição de etanol para evitar contaminação com a fase inferior. Ademais, de acordo com
Sindarovska et al (2008), o uso de sulfato de amônio, dependendo de sua concentração, pode
causar a precipitação de eGFP junto com outras proteínas. Ainda de acordo com Dong et al
(2019) um contato prolongado com a fase etanólica pode levar a desnaturação da proteína de
interesse. Por fim, possíveis erros técnicos durante a execução do processo de extração
podem ter causado também a elevada perda de eGFP.
Com os resultados obtidos foi possível calcular também o grau de pureza e a
recuperação da eGFP a partir das Equações 3 e 4, tendo como resultado os valores de 1,59%
e 5,95% respectivamente, os baixos valores obtidos confirmam a ineficiência do método de
extração empregado.
G6
10
O artigo em que o dado trabalho foi baseado apresentou amostras com pureza acima
de 95%, porém o processo do artigo de Samarkina et al (2009) incluía uma etapa de
cromatografia após a extração por solventes. Cromatografias garantem altos níveis de pureza
e recuperação de moléculas, portanto os valores obtidos no artigo não são refletidos no dado
trabalho (PINA et al, 2014). Mesmo assim, os valores obtidos de pureza e rendimento
ficaram muito abaixo do esperado.
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É possível que esse resultado tenha sido obtido devido à alta concentração de sal de
amônio presente no extrato proteico. O sal de amônio, utilizado em uma das etapas de
purificação, não foi removido da amostra final, o que pode ter gerado um excesso de cargas
elétricas e, consequentemente, interferência na corrida eletroforética (KURIEN, SCOFIELD,
2012). Além disso, a adição de diferentes solventes pode ter provocado a desnaturação da
proteína e alteração da sua conformação nativa, pois foi possível conferir perda de
fluorescência como mostra a Figura 4 (GRIEBENOW, KLIBANOV, 1996).
Para atingir o resultado esperado, como descrito na literatura, a concentração dos sais
e solventes adicionados poderia ser reavaliada e uma etapa de microdiálise poderia ser
realizada para remover o excesso de sais presentes no extrato protéico, o que possivelmente
otimizaria o resultado da eletroforese (SAMARKINA et al, 2009).
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Tabela 4 - Comparação da massa de proteínas totais entre grupos da turma 2.
G5 G6 G7 G8
G5 G6 G7 G8
13
Tabela 6 - Comparação dos resultados de pureza e rendimento final entre grupos da turma 2.
G5 G6 G7 G8
5. CONCLUSÃO
14
6. BIBLIOGRAFIA
DONG, J. et al. Purification of the recombinant green fluorescent protein from tobacco plants
using alcohol/salt aqueous two-phase system and hydrophobic interaction chromatography.
BMC Biotechnology, v. 19, n. 1, dez. 2019.
LOPES, C., et al. Improving the cost effectiveness of enhanced green fluorescent protein
production using recombinant Escherichia coli BL21 (DE3): Decreasing the expression
inducer concentration. Biotechnol Appl Biochem (2019) 66:527–536. Disponível em:
<https://doi.org/10.1002/bab.1749>. Acesso em: 10 jun. 2023.
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Organismos Geneticamente Modificados (OGMs). Instituto de Biociências de Botucatu,
2021. Disponível em:
<https://www.ibb.unesp.br/Home/pesquisa/comissoes/cibio/manual-cibio-5a-edicao---2021-c
orbel.pdf>. Acesso em: 10 jun. 2023.
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