SIR - Portugal

João Marôco

05/04/2020

Modelo SIR

Nota: Esta análise foi adaptada de https://blog.ephorie.de/epidemiology-how-contagious-is-novel-

coronavirus-2019-ncov
O modelo usado é o modelo epidemiológico SIR (Suscetíveis, I nfetados, Recuperados) assume que, no inicio,
o total N da população está “Suscetivel”, mas que pode ser “Infetada” e que estes podem “Recuperar”.
O número de sujeitos de cada grupo (S, I e R) em cada tempo t pode ser estimado pelas três equações
diferenciais seguintes:
dS
dt = − βIS
N
dI βIS
dt = N − γI
dR
dt = γI
Onde S é o número da população suscetível, I é o número de infectados, R é a população recuperada e N é
a soma desses três parametros. β é a taxa de contacto (número médio de contactos por pessoa, por tempo) e
γ é a taxa de recuperação. Também podemos determinar o número reprodutivo R0 = β/γ), que representa
o número esperado de novas infeções a partir de uma pessoa infetada.
Em 14 abril, 2020 e de acordo com os dados ECDC Europa (https://opendata.ecdc.europa.eu), existiam em
Portugal 17448 casos confirmados. A evolução do número de casos confirmados é dada pelo gráfico seguinte.

1
 Infeções confirmadas em Portugal

Log(Nº Infetados)
Nº Infetados

1000

50
1
0

0 10 20 30 40 0 10 20 30 40

Dias Dias

Log(Nº Infetados Acumulado)

Nº Infetados Acumulado

10000

500
5
0

0 10 20 30 40 0 10 20 30 40

Dias Dias

Modelo SIR
USando os dados “oficiais” disponiveis e o modelo SIR é possivel fazer as previsões para 3 meses:

## [1] "CONVERGENCE: REL_REDUCTION_OF_F <= FACTR*EPSMCH"

## beta gamma
## 0.5738305 0.4261726

time
S
I
R
data
1
999998.0
2.000000
0.000000e+00
2020-03-04

2
2
999996.8
2.318229
9.184876e-01
2020-03-05
3
999995.3
2.687091
1.983119e+00
2020-03-06
4
999993.7
3.114641
3.217148e+00
2020-03-07
5
999991.7
3.610216
4.647526e+00
2020-03-08
6
999989.5
4.184638
6.305492e+00
2020-03-09
7
999986.9
4.850449
8.227256e+00
2020-03-10
8
999983.9
5.622188
1.045479e+01
2020-03-11
9

3
999980.4
6.516703
1.303673e+01
2020-03-12
10
999976.4
7.553523
1.602947e+01
2020-03-13
11
999971.7
8.755281
1.949835e+01
2020-03-14
12
999966.3
10.148209
2.351913e+01
2020-03-15
13
999960.1
11.762706
2.817959e+01
2020-03-16
14
999952.8
13.634003
3.358147e+01
2020-03-17
15
999944.4
15.802929
3.984271e+01
2020-03-18
16
999934.6

4
18.316797
4.709999e+01
2020-03-19
17
999923.3
21.230433
5.551170e+01
2020-03-20
18
999910.1
24.607366
6.526142e+01
2020-03-21
19
999894.9
28.521206
7.656189e+01
2020-03-22
20
999877.3
33.057237
8.965966e+01
2020-03-23
21
999856.8
38.314263
1.048404e+02
2020-03-24
22
999833.2
44.406743
1.224352e+02
2020-03-25
23
999805.7
51.467254

5
1.428277e+02
2020-03-26
24
999773.9
59.649349
1.664623e+02
2020-03-27
25
999737.0
69.130846
1.938540e+02
2020-03-28
26
999694.3
80.117638
2.255994e+02
2020-03-29
27
999644.8
92.848079
2.623894e+02
2020-03-30
28
999587.4
107.598054
3.050247e+02
2020-03-31
29
999520.9
124.686806
3.544321e+02
2020-04-01
30
999443.8
144.483658
4.116853e+02

6
2020-04-02
31
999354.6
167.415733
4.780272e+02
2020-04-03
32
999251.1
193.976822
5.548965e+02
2020-04-04
33
999131.3
224.737549
6.439586e+02
2020-04-05
34
998992.5
260.357010
7.471402e+02
2020-04-06
35
998831.7
301.596048
8.666704e+02
2020-04-07
36
998645.5
349.332395
1.005127e+03
2020-04-08
37
998429.9
404.577846
1.165488e+03
2020-04-09

7
38
998180.3
468.497703
1.351198e+03
2020-04-10
39
997891.3
542.432671
1.566232e+03
2020-04-11
40
997556.9
627.923402
1.815178e+03
2020-04-12
41
997169.9
726.737823
2.103331e+03
2020-04-13
42
996722.3
840.901338
2.436789e+03
2020-04-14
43
996204.7
972.729879
2.822577e+03
2020-04-15
44
995606.4
1124.865643
3.268774e+03
2020-04-16
45

8
994915.0
1300.315141
3.784661e+03
2020-04-17
46
994116.6
1502.488886
4.380886e+03
2020-04-18
47
993195.1
1735.241640
5.069642e+03
2020-04-19
48
992132.2
2002.911628
5.864868e+03
2020-04-20
49
990907.2
2310.356412
6.782462e+03
2020-04-21
50
989496.5
2662.982235
7.840505e+03
2020-04-22
51
987873.7
3066.762556
9.059506e+03
2020-04-23
52
986009.1

9
3528.240144
1.046264e+04
2020-04-24
53
983869.5
4054.505539
1.207599e+04
2020-04-25
54
981418.1
4653.142938
1.392876e+04
2020-04-26
55
978614.4
5332.132721
1.605348e+04
2020-04-27
56
975414.1
6099.698056
1.848616e+04
2020-04-28
57
971769.6
6964.081688
2.126629e+04
2020-04-29
58
967629.9
7933.238501
2.443684e+04
2020-04-30
59
962941.5
9014.430028

10
2.804406e+04
2020-05-01
60
957649.3
10213.710474
3.213704e+04
2020-05-02
61
951697.6
11535.300454
3.676706e+04
2020-05-03
62
945032.4
12980.853538
4.198672e+04
2020-05-04
63
937602.8
14548.636447
4.784861e+04
2020-05-05
64
929363.6
16232.662761
5.440372e+04
2020-05-06
65
920278.7
18021.843472
6.169941e+04
2020-05-07
66
910323.6
19899.242051
6.977711e+04

11
2020-05-08
67
899488.8
21841.543540
7.866969e+04
2020-05-09
68
887782.5
23818.860474
8.839866e+04
2020-05-10
69
875233.6
25794.996319
9.897144e+04
2020-05-11
70
861892.9
27728.263563
1.103788e+05
2020-05-12
71
847834.2
29572.905081
1.225929e+05
2020-05-13
72
833153.1
31281.095733
1.355658e+05
2020-05-14
73
817965.5
32805.414508
1.492291e+05
2020-05-15

12
74
802403.5
34101.591079
1.634949e+05
2020-05-16
75
786611.2
35131.262846
1.782575e+05
2020-05-17
76
770738.9
35864.447460
1.933967e+05
2020-05-18
77
754937.1
36281.452594
2.087814e+05
2020-05-19
78
739351.2
36374.009795
2.242748e+05
2020-05-20
79
724115.5
36145.521121
2.397390e+05
2020-05-21
80
709349.9
35610.425362
2.550397e+05
2020-05-22
81

13
695156.0
34792.801315
2.700512e+05
2020-05-23
82
681616.1
33724.408381
2.846595e+05
2020-05-24
83
668791.9
32442.407976
2.987657e+05
2020-05-25
84
656726.0
30987.010992
3.122870e+05
2020-05-26
85
645442.2
29399.264060
3.251585e+05
2020-05-27
86
634948.6
27719.132912
3.373322e+05
2020-05-28
87
625239.1
25983.978318
3.487770e+05
2020-05-29
88
616296.0

14
24227.460468
3.594765e+05
2020-05-30
89
608092.9
22478.858963
3.694283e+05
2020-05-31
90
600596.3
20762.761279
3.786409e+05
2020-06-01

## Warning in xy.coords(x, y, xlabel, ylabel, log = log): 1 y value <= 0 omitted

## from logarithmic plot

Previsões 2019−nCoV Portugal

(Pior cenário − sem contramedidas!)
1000000

1000000
Log(Número de Sujeitos)
Número de Sujeitos

10000
600000

100
200000

Suscetíveis
Infetados
Recuperados
Oficiais
1
0

0 20 40 60 80 0 20 40 60 80

Dias Dias

15
Algumas estatísticas:
R0
DiaMax
max_infectados
CasosSeveros
CasosCuidadosIntensivos
ObitosEstimados
Estimativa
1.346474
78
36374.01
3496.136
861.1332
1182.03

16