Bioinformtica = clulas & bits;

Prof. Ricardo Martins Ramos *

* Doutorando em Gentica e Toxicologia Aplicada CEFET-PI/ULBRA-RS Linha de Pesquisa Bioinformtica Estrutural Coordenador do Ncleo de Biotecnologia do CEFET-PI Coordenador da Ps-graduao em Banco de Dados CEFET-PI E-mail: ricardo@cefetpi.br

Viso Holstica
I - Parte terica Alguns conceitos de bioinformtica, molecular, gentica, banco de dados, etc... biologia

II - Parte prtica Vamos do DNA as protenas utilizando ferramentas de informtica.

1. Introduo
Definies Segundo Luscombe, Greenbaum e Gerstein, bioinformtica o ato de conceitualizar a biologia, na sua vertente molecular, e de lhe aplicar tcnicas informticas (derivadas de disciplinas como matemtica aplicada, cincia da computao e estatstica), de forma a entender e organizar a informao associada com tais molculas, em larga escala.

1. Introduo
Definies A bioinformtica (ou biocomputao) combina conhecimentos de qumica, fsica, biologia, engenharia gentica e cincia da computao para processar dados biolgicos. Biologia Computacional consiste no teste ou aplicao de teorias ou hipteses com base em dados experimentais ou simulados.

1. Introduo
De acordo com um artigo publicado no MIT's Technology Review, atualmente essa rea da cincia ainda est na primeira infncia. A biocomputao est mais ou menos onde estavam os pioneiros da computao em 1920. Hoje, a afirmao de Harold Morowitz que diz que "A Computao est para a Biologia da mesma forma que a Matemtica est para a Fsica" mais do que comprovada.

2. Conceitos bsicos
Corpo - Clula - Ncleo - Genoma - Cromossomo - Gene - DNA

Nucleotdeo consiste em um acar, um grupo fosfato e uma base nitrogenada.

2. Conceitos bsicos

Gene - um segmento do DNA que codifica para uma protena, que codifica por sua vez para um trao (tom da pele, cor dos olhos, e outros).

3. reas da Bioinformtica
Hoje a Bioinformtica dividida em trs sub-reas: 1) Desenvolvimento de novos algoritmos e tcnicas estatsticas para encontrar relacionamentos entre atributos em grandes conjuntos de dados; Algoritmos genticos formam a parte da rea dos Sistemas Inspirados na Natureza (Computao Bioinspirada); simulando os processos naturais e aplicando-os soluo de problemas reais.

3. reas da Bioinformtica
2) Anlise e interpretao de vrios tipos de dados como seqncias de nucleotdeos e aminocidos e a funo e estrutura de protenas; A bioinformtica tradicional trata essencialmente de dados com uma dimenso, tais como, anlise de seqncias de DNA, RNA e protenas. A bioinformtica estrutural, por outro lado, trata com dados em trs dimenses de estruturas de protenas.

3. reas da Bioinformtica
3) Desenvolvimento e implementao de ferramentas que possibilitem o gerenciamento e acesso eficientes de vrios tipos de informao. Engenharia de Software Data Mining

4. Banco de Dados
1979 - GSDB (Gene Sequence Database) primeiro banco de dados de seqncia de DNA - Los Alamos USA. GenBank = EMBL + DDBJ + NIH (cooperao) 1995 - Crescimento do GenBank = Projeto Genoma Humano + Avano na tecnologia de sequenciamento GenBank
EMBL - Laboratrio de Biologia Molecular Europeu DDBJ - Banco de Dados de DNA do Japo NIH - Instituto Nacional de Sade USA

4. Banco de Dados
Ao contrrio do GenBank, o Protein Data Bank (PDB), San Diego USA, responsvel por apenas um tipo de dado molecular, as estruturas moleculares de protenas. PDB O banco de dados SWISS-PROT em ExPASy (http://www.expasy.ch/sprol) armazena seqncias de protenas. Localizado em Geneva na Sua.

5. Linguagens de Programao
Bio{Perl,Python,Ruby,Java} Os projectos BioPerl, BioPython, BioRuby e BioJava tm como objetivo providenciar ferramentas da rea de bioinformtica, baseadas, respectivamente nas plataformas Perl, Python, Ruby e Java. As ferramentas disponibilizadas por estes projetos tm um conjunto de funcionalidades e algoritmos comuns.

5. Linguagens de Programao
Os quatro projetos esto desenvolvendo, tambm, em conjunto, um SGBD denominado BioSQL, especializado no armazenamento de informao gentica.

BioPerl - http://www.bioperl.org BioPython - http://www.biopython.org BioRuby - http://www.bioruby.org BioJava - http://www.biojava.org

6. Aplicaes da Bioinformtica
As recentes aplicaes da bioinformtica atingem hoje todas as reas do conhecimento relacionadas com a vida e vo desde a: - medicina (diagnstico e tratamento); - farmcia (desenvolvimento de novos frmacos); - biotecnologia (controle de qualidade e desenvolvimento e aplicao de novos produtos); - agricultura (aumento da produtividade e melhoria dos alimentos).

6. Aplicaes da Bioinformtica
As perspectivas futuras colocam esta rea do conhecimento no centro das investigaes cientficas mais avanadas. Farmacogentica a rea da Gentica Bioqumica que estuda a variabilidade da resposta drogas decorrentes da variao gentica.

7. Notcias sobre Bioinformtica

Growth rate of the Bioinformatics market will be $ US 3 billion by year 2010 http://www.prlog.org/10009757-growth-rate-of-the-bioinformaticsmarket-will-be-us-3-billion-by-year-2010.pdf Estudo descobre cem novos genes que causam cncer http://correiodobrasil.cidadeinternet.com.br/noticia.asp?c=1154 53 Novo gene implicado na doena de Alzheimer http://www.mni.pt/destaques/?cod=9198&cor=azul&MNI=8c854b5 48dba241fa3f4295179640681

7. Notcias sobre Bioinformtica

Variedade transgnica pode melhorar a produtividade http://www.diariodecuiaba.com.br/detalhe.php?cod=280189 Cientistas japoneses anunciam armazenamento de dados em bactria http://idgnow.uol.com.br/computacao_corporativa/2007/02/28/idgn oticia.2007-02-28.4979046871/IDGNoticia_view

8. Livros e cursos
Desenvolvendo Bioinformtica Cynthia Gybas & Per Jambeck, Ed. Campus Introduo Bioinformtica Arthur M. Lesk Doutorado em Bioinformtica Interunidades da USP http://www.ime.usp.br/posbioinfo/ Doutorado em Bioinformtica UFMG http://biotec.icb.ufmg.br/bioinformatica/site/index.php

9. Peridicos
Portal Peridicos (CAPES) http://www.periodicos.capes.gov.br/portugues/index.jsp Bioinformatics Bioinformatics http://bioinformatics.oxfordjournals.org/

10. Blast
O volume de dados contidos nos repositrios pblicos enorme e continua crescendo. imprescindvel, portanto, que haja alguma ferramenta que facilite o processo de comparao de uma nova seqncia com as seqncias j conhecidas. Dentre as ferramentas existentes destaca-se o BLAST (Basic Local Alignment Tool), que a ferramenta mais popular de comparao de seqncias de DNA com os bancos de dados genmicos.
(http://130.14.29.110/BLAST/)

Prtica
1 - Vamos trabalhar com a hemoglobina. O que hemoglobina? 2 Fazer uma busca sobre a hemoglobina no NCBI. 3 Pegar a seqncia NM_001003938. 4 Copiar a seqncia de nucleotdeos. 5 Ir para o BLAST e colar a seqncia. 6 Com o resultado clicar em Genome View.

Prtica (cont)
7 Voltamos ao NCBI e copiamos a seqncia de aminoidos da protena. 8 Ir para o PDB e buscar as seqncias de estruturas de protenas. 9 Baixar o arquivo .pdb para o notebook. 10 Visualizar a estrutura com o Jmol Viewer. 11 Abrir o arquivo .pdb no DeepView. 12 Mostrar algumas funcionalidades do software.

Obrigado!