Ajuda |

Traduzir do: Traduzir para:

Ver: Tradução Original

Home | conteúdos | | anterior próximo

Introdução
ImageJ é um programa Java de domínio público de processamento de imagem inspirada
NIH Image para Macintosh. Corre-se, ou como um applet em linha ou como um
aplicativo para download, em qualquer computador com Java 1.4 ou posterior da
máquina virtual. distribuições para download estão disponíveis para Windows, Mac
OS, Mac OS X e Linux.

Ele pode exibir, editar, analisar, processar, salvar e imprimir de 8 bits, 16 bits e imagens
de 32 bits. Pode ler muitos formatos de imagem, incluindo TIFF, GIF, JPEG, BMP,
DICOM, FITS e "crus". Ele suporta "pilhas", uma série de imagens que compartilham
uma única janela. Trata-se de vários segmentos, operações tão demorada como a
leitura de arquivo de imagem pode ser realizada em paralelo com outras operações.

Pode calcular área e as estatísticas valor do pixel de seleções definidas pelo usuário.
Pode medir distâncias e ângulos. É possível criar histogramas e gráficos de perfis de
densidade de linha. Suporta funções de processamento de imagem padrão, tais como
manipulação de contraste, nitidez, suavização, detecção de bordas e mediana de
filtragem.

Ele faz transformações geométricas, como escala, rotação e saltos. Imagem pode ser
ampliada até 32:1 e 01:32 para baixo. Todas as funções de análise e processamento
estão disponíveis a qualquer fator de ampliação. O programa aceita qualquer
quantidade de janelas (imagens) simultaneamente, limitado apenas pela memória
disponível.

calibração espacial está disponível para fornecer medições dimensionais mundo real em
unidades como milímetros. Densidade ou calibração em escala de cinza também está
disponível.

ImageJ foi projetado com uma arquitetura aberta que fornece extensibilidade através
de plugins Java. Custom aquisição, análise e processamento de plugins podem ser
desenvolvidos usando ImageJ construído no editor e compilador Java. Usuário plugins
escrito permitir resolver quase qualquer tratamento de imagem ou um problema de
análise.

ImageJ está sendo desenvolvido em Mac OS X utilizando o seu construído em editor e

compilador Java, mais o BBEdit editor eo Ant ferramenta de construção. O código
fonte está disponível gratuitamente. O autor, Wayne Rasband (wayne@codon.nih.gov)
, está na Services Research Branch, National Institute of Mental Health, Bethesda,
Maryland, E.U.A..

top | home | conteúdos | | anterior próximo

 Ajuda |

Traduzir do: Traduzir para:

Ver: Tradução Original

Home | conteúdos | | anterior próximo

Introdução
ImageJ é um programa Java de domínio público de processamento de imagem inspirada
NIH Image para Macintosh. Corre-se, ou como um applet em linha ou como um
aplicativo para download, em qualquer computador com Java 1.4 ou posterior da
máquina virtual. distribuições para download estão disponíveis para Windows, Mac
OS, Mac OS X e Linux.

Ele pode exibir, editar, analisar, processar, salvar e imprimir de 8 bits, 16 bits e imagens
de 32 bits. Pode ler muitos formatos de imagem, incluindo TIFF, GIF, JPEG, BMP,
DICOM, FITS e "crus". Ele suporta "pilhas", uma série de imagens que compartilham
uma única janela. Trata-se de vários segmentos, operações tão demorada como a
leitura de arquivo de imagem pode ser realizada em paralelo com outras operações.

Pode calcular área e as estatísticas valor do pixel de seleções definidas pelo usuário.
Pode medir distâncias e ângulos. É possível criar histogramas e gráficos de perfis de
densidade de linha. Suporta funções de processamento de imagem padrão, tais como
manipulação de contraste, nitidez, suavização, detecção de bordas e mediana de
filtragem.

Ele faz transformações geométricas, como escala, rotação e saltos. Imagem pode ser
ampliada até 32:1 e 01:32 para baixo. Todas as funções de análise e processamento
estão disponíveis a qualquer fator de ampliação. O programa aceita qualquer
quantidade de janelas (imagens) simultaneamente, limitado apenas pela memória
disponível.

calibração espacial está disponível para fornecer medições dimensionais mundo real em
unidades como milímetros. Densidade ou calibração em escala de cinza também está
disponível.

ImageJ foi projetado com uma arquitetura aberta que fornece extensibilidade através
de plugins Java. Custom aquisição, análise e processamento de plugins podem ser
desenvolvidos usando ImageJ construído no editor e compilador Java. Usuário plugins
escrito permitir resolver quase qualquer tratamento de imagem ou um problema de
análise.

ImageJ está sendo desenvolvido em Mac OS X utilizando o seu construído em editor e

compilador Java, mais o BBEdit editor eo Ant ferramenta de construção. O código
fonte está disponível gratuitamente. O autor, Wayne Rasband (wayne@codon.nih.gov)
, está na Services Research Branch, National Institute of Mental Health, Bethesda,
Maryland, E.U.A..

top | home | conteúdos | | anterior próximo

Home | conteúdo | anterior | próxima

Conceitos Básicos
ImageJ é um Software Livre
ImageJ é de domínio público software de fonte aberta. Um usuário ImageJ tem as
quatro liberdades essenciais definidos pela Richard Stallman em 1986:

1. A liberdade de executar o programa, para qualquer finalidade.

2. A liberdade de estudar como o programa funciona e alterá-lo para ele fazer o que
quiser.
3. A liberdade de redistribuir cópias de modo que você possa ajudar ao seu
próximo.
4. A liberdade de aperfeiçoar o programa, e liberar os seus aperfeiçoamentos para o
público, de modo a beneficiar toda a comunidade.

Windows
O "ImageJ" janela contém uma barra de menu (no topo da tela no Mac), barra de
ferramentas barra de status, e uma barra de progresso. Imagens, histogramas, perfil de
linha, etc, são exibidos em janelas adicionais de medição de resultados. São exibidos
nos resultados da "janela". Windows pode ser arrastado ao redor da tela e
redimensionado. Histogramas e gráficos são janelas de imagem comuns que podem ser
copiados para o clipboard, editadas, impressas e salvas.

Toolbar
A barra de ferramentas contém ferramentas para fazer as seleções para zoom e rolagem
de imagens, e para mudar a cor de desenho. Passe o mouse sobre uma ferramenta e
uma descrição é exibida na barra de status. As ferramentas e menus no lado direito da
barra de ferramentas são criados usando macros definido no arquivo ImageJ / macros /
StartupMacros.txt .

Status Bar

A barra de status, quando o cursor estiver sobre uma imagem, pixel exibe as
coordenadas e valores. Depois de executar um filtro, ele exibe o tempo decorrido e
taxa de processamento de pixels por segundo. Clique no status e ele irá exibir (como
mostrado acima) ImageJ versão, a versão Java de memória, em uso, a memória
disponível ea memória usada por cento.

Progress Bar
A barra de progresso, localizado à direita da barra de status, mostra o andamento das
operações time-consuming. Ele não irá aparecer se a operação exige menos de cerca de
um segundo.

Imagens

ImageJ permite que múltiplas imagens sejam exibidas na tela ao mesmo tempo. A
janela ativa tem a sua barra de título realçada. Todas as operações serão realizadas
sobre a imagem ativa. ImageJ suporta 8 bits, 16 bits e 32 bits (real) de imagens e tons
de cinza de 8 bits e imagens a cores de 32 bits. imagens de 8 bits são representados
usando inteiros sem sinal na faixa de 0 a 255. imagens de 16 bits usa inteiros sem sinal
(0 a 65.535) e 32-bit imagens em tons de cinza usar números de ponto flutuante.

16-bit e 32-bit imagens em tons de cinza não são directamente de exibição em

monitores de computador, que normalmente pode mostrar apenas 256 tons de cinza.
Portanto, os dados são mapeados para 8-bits por janelas. A janela define o intervalo de
valores de cinza que são exibidos: Os valores abaixo da janela são feitas em preto,
enquanto valores acima da janela são brancos. A janela é definida por valores mínimos
e máximos que podem ser modificados usando Image> Adjust> Brightness / Contrast.

Stacks
ImageJ pode exibir múltiplas espacial ou temporalmente imagens relacionadas em uma
única janela. Estes conjuntos de imagens são chamados stacks. As imagens que
compõem uma pilha são chamados slices. Todas as fatias em uma pilha deve ser o
mesmo tamanho e profundidade de bits. A barra de rolagem fornece a capacidade de
percorrer as fatias. A maioria dos filtros ImageJ vontade, como uma opção do processo,
todas as fatias em uma pilha.

ImageJ abre arquivos TIFF multi-imagem como uma pilha, pilhas e salva como TIFF
multi-imagem. O Arquivo> Importar comando-primas> abre outra imagem multi-
arquivos descompactados. File> Import> Image Sequence abre uma pasta de imagens
como uma pilha . Para criar uma nova pilha, simplesmente escolha File> New>
Imagem e defina o "Fatias de campo" para um valor maior que um. O Image> submenu
Stacks contém comandos para operações de pilha comum.

Seleções

As seleções são áreas definidas pelo usuário ou de linhas dentro de uma imagem.
Apenas uma seleção pode ser ativo por vez. Seleções Área são criados usando o
retangular, elíptico, freehand seleção de ferramentas e poligonais. Seleções área podem
ser medidos (Analyze Medida>), filtrado, cheia (Edit> Fill) ou trefilados (Edit>
Draw). Linha seleções são criados usando a reta, freehand linha de seleção de
ferramentas e segmentado. Use Edit> Draw para desenhar a linha na cor atual. O
comprimento das seleções de linha pode ser medida usando Analise Medida>.

As seleções podem ser movidas clicando e arrastando. A barra de status exibe as

coordenadas do canto superior esquerdo da selecção (ou o retângulo delimitador para
seleções não-retangulares), como ele está sendo movido. Observe que o cursor muda
para uma seta quando é dentro da seleção. Para mover o conteúdo de uma seleção
retangular, em vez de a seleção em si, Editar> Copiar (c)> Colar (v) e, em seguida,
clique em Editar na seleção e arraste. Use as teclas de seta para deslocar seleções um
pixel em um momento em qualquer direção.

Retangular e elíptica seleções podem ser redimensionados. Como a seleção é

redimensionada, a largura ea altura são exibidas na barra de status. Use as setas do
teclado com a tecla ALT para baixo para esticar seleções retangulares ou elípticas um
pixel de cada vez.

Para eliminar uma seleção, escolha qualquer uma das ferramentas de seleção e clique
fora da seleção, ou usar Editar> Seleção> Select None (shift-a). Use Editar>
Seleção> Restore Selection (shift-e) para restaurar uma seleção de volta depois de ter
apagado-lo.

A seleção pode ser transferido de uma para outra janela de imagem, ativando a janela
de destino e usando Editar> Seleção> Restauração de seleção. Seleções podem ser
salvos no disco usando Arquivo> Salvar Como> Seleção e restaurados usando File>
Open. Use o Gerenciador de ROI para trabalhar com várias seleções.
 File Formats
O comando Arquivo> Abrir abre TIFF, GIF, JPEG, PNG, DICOM, BMP, PGM e
imagens FITS. Abre também tabelas de referência e seleções. Além disso, o File>
Import submenu dá acesso a plugins para a leitura de arquivos "crus", as imagens em
formato ASCII, e para o carregamento de imagens através da rede usando um URL.
Para importar um arquivo bruto, você deve saber algumas informações sobre o layout,
incluindo o tamanho da imagem eo deslocamento para os dados da imagem. Os
arquivos podem ser salvos nos formatos TIFF, GIF, JPEG, PNG, PGM, FITS, de texto
delimitado por tabulação e formatos RAW. Adicionar suporte para formatos adicionais
por download ou por escrito plugins. A Bio-Formatos plugin da Universidade de
Wisconsin abre 69 diferentes formatos de arquivos de imagem de vida das ciências.

Plugins
ImageJ funcionalidade pode ser expandida através do uso de plugins escritos em Java.
Plugins podem adicionar suporte para novos formatos de arquivos ou eles podem filtrar
ou analisar imagens. Plugins localizado na de "ImageJ plugins" pasta são instalados
automaticamente no menu Plugins ou podem ser instaladas em outros menus usando
Plugins / Teclas / instalar o plugin. Plugins podem ser criados ou modificados usando
Plugins / Edit. Mais de 150 plugins exemplo, estão disponíveis para download no site
da ImageJ.

Lookup Tables

imagens em tons de cinza são exibidos usando uma tabela de cores, que descreve a cor
a ser usada para cada um dos 256 possíveis valores de pixel exibido. Selecione
alternativa paletas de cores a partir de / Pesquisa de Imagem submenu Tabelas. Use
Image / Adjust / Brightness / Contrast para melhorar as imagens dinamicamente alterar
o mapeamento da tabela de pesquisa e analisar / Show LUT para exibir a tabela de
pesquisa da imagem ativa.

top | home | conteúdo | anterior | próxima

Home | conteúdo | anterior | próxima

Menu Ficheiro
> Novo
Abrir ...
Exemplos Open>
Aberto> Últimas
> Importar
Fechar
Salvar
Salvar Como>
Reverter
Configurar Página ...
Imprimir ...
Desistir

Nova Submenu
Este sub-menu contém comandos para criar novas imagens, pilhas ou janelas de texto.

Imagem ... (N)

Cria uma nova janela de imagem ou uma pilha. Uma caixa de diálogo
permite especificar o título da imagem, tipo, dimensões e conteúdo inicial.

Nome é o título que será usado para a janela. Type é o tipo de imagem:
escala de cinza de 8 bits, escala de cinza de 16 bits (unsigned), 32 bits
(float) em tons de cinza ou cor RGB. Fill With (branco, preto ou de rampa
) especifica a forma como a imagem é inicializado. Largura e Altura
especificar as dimensões da imagem em pixels. Set Slices para um valor
maior do que um para criar uma pilha.

Text Window (shift + n)

Cria uma nova janela de texto com o título "Untitled.txt".

Área de Transferência Interna

Abre o conteúdo do clipboard ImageJ interno, como uma nova imagem.

Sistema de Área (shift + v)

Abre o conteúdo da área de transferência do sistema operacional como
uma nova imagem (requer Java 1.4 ou posterior).
Abrir ...
Lê uma imagem e exibe em uma janela separada. Os arquivos devem ser em formato
TIFF, GIF, JPEG, DICOM, BMP, PGM ou formato FITS. Também abre ImageJ e
Imagem tabelas de pesquisa do NIH (com "." Extensão LUT). formatos de arquivo
adicionais são suportados através de plugins instalados no submenu Import.

imagens TIFF podem ser de 1 bit, 8-bits, 16 bits (unsigned), 32-bit (real)
ou de cor RGB. TIFF com múltiplas imagens do mesmo tipo e tamanho
aberto como uma pilha. Habilite a depuração usando Editar> Opções>
Misc e ImageJ irá mostrar as marcas TIFF como o arquivo é aberto.

DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine) é um padrão

popular na comunidade de imagens médicas. Apoio na ImageJ é limitado a
arquivos DICOM descompactado. DICOM arquivos contendo imagens
múltiplas aberto como uma pilha. Use Image> Show Info para mostrar as
informações do cabeçalho DICOM. Use File> Import> Image Sequence
para importar uma seqüência DICOM Importado seqüências. São
classificados por número de imagem em vez de pelo nome do arquivo e as
tags são preservados quando as imagens DICOM são salvos no formato
TIFF. ImageJ 1.41 e posterior suporta DICOM dicionários personalizados,
como a que está em rsb.info.nih.gov / ij / download / docs /
DICOM_Dictionary.txt . Chris Rorden a página na DICOM
www.sph.sc.edu / comd / rorden / DICOM . html DICOM é um recurso
bom.

FITS (Flexible Image Transport System) da imagem é o formato adotado

pela comunidade astronômica para o intercâmbio de dados e
armazenamento. Use Image> Show Info para mostrar o cabeçalho do
FITS. Informações sobre FITS está disponível a partir
http://fits.gsfc.nasa.gov .

PGM (Portable GreyMap), PBM (Portable Bitmap) e PPM (Portable

PixMap) são formatos de imagem simples que usam um cabeçalho ASCII.
A descrição destes formatos pode ser encontrada em
astronomy.swin.edu.au / pbourke ~ / DataFormats / ppm / .

AVI (Audio Video Interleave) é um formato contêiner, que pode conter

dados codificados em muitas maneiras diferentes. ImageJ só suporta AVIs
descompactado, YUV 04:02:02 diversos formatos compactados, e PNG ou
JPEG codificadas frames individuais. Note-se que MJPG (motion JPEG), a
maioria dos formatos não são lidos corretamente. Tentativas para abrir
AVIs em outros formatos falhará.

Open Submenu Amostras

Este submenu imagens de exemplo baixado do site da ImageJ. As imagens também
pode ser descarregado a partir http://rsb.info.nih.gov/ij/images/ e aberto usando File>
Open. Press "i" (Image> Show Info) para mostrar as marcas das amostras DICOM. A
imagens da amostra são úteis para a criação de macros de exemplo que usam a mesma
imagem, independentemente do local onde a macro é executada.

Open RecentSubmenu
O submenu contém uma lista dos últimos 15 arquivos abertos, permitindo que sejam
facilmente recuperados.
Import Submenu
Este submenu lista os plugins instalados aquisição da imagem.

Sequência de Imagens ...

Abre uma série de imagens em uma pasta como uma pilha. As imagens
devem ser todos do mesmo tamanho e tipo. Eles podem ser nos formatos
TIFF, JPEG, DICOM, BMP, GIF, formato FITS ou PGM, ou em um
formato suportado pelo HandleExtraFileTypes plugin. Existem duas caixas
de diálogo: uma para selecionar a uma pasta e especificar opções. No
primeiro diálogo, selecione uma das imagens da pasta e clique em "Abrir".
Use o segundo (ver abaixo) para especificar quais as imagens para abrir,
para reduzir o tamanho da imagem, para converter para um tipo diferente,
ou para abrir as imagens como um "virtual" do disco residente () stack.

Use o campo Número de Imagens para especificar quantas imagens para

abrir. Defina a imagem inicial n começar com o n º da imagem na pasta.
Definir incremento para "2" para abrir todas as imagens de outros, a "3"
para abrir cada imagem terceiros, etc Digite uma string para o nome do
arquivo contém o campo e ImageJ só vai abrir os arquivos cujo nome
contém a string. Digite um valor inferior a 100 na escala de imagem reduz
os requisitos de memória. Por exemplo, digitar 50 reduz a quantidade de
memória necessária para abrir a pilha em 75%. Verificado converter para
RGB permite uma mistura de imagens RGB e em tons de cinza para ser
aberto.

Converter em 8-bit em tons de cinza opção foi removida no ImageJ 1,44

porque usou de escala diferente para cada imagem. Em vez disso, para
converter para 8-bits, abra as imagens como uma pilha virtual e usar o
Image> 8> comando-bit Type.

Verificar nomes Ordenar Numericamente para abrir a pilha em ordem

numérica nome do arquivo (por exemplo, "name1.tif", "name2.tif",
"name10.tif") em vez de ordem alfanumérica (por exemplo, "name1.tif",
"name10. tif "," name2.tif "). DICOM arquivos na mesma série (tag #
0020,0011) são sempre classificados pelo número de tag de imagem
(0020,0013). A "Lista Stack Tags macro", parte do ListDicomTags
conjunto macro, lista os valores do número de imagem e marcas de séries
de imagens.

Verifique Use Virtual Stack para abrir as imagens como apenas virtual
(disco residente)-stack ler usando uma versão do Virtual Opener Stack
plugin. Isso permite que seqüências de imagens muito grandes para caber
na memória RAM ao ser aberto, mas o tempo de acesso é mais lento e
alterações são perdidas quando se muda para uma imagem diferente na
pilha. Consulte o Processo de Stack Virtual macro para um exemplo que
mostra como processar todas as imagens em uma pilha virtual.

O tamanho (widthxheightxdepth) da pilha que será criado será exibido na

parte inferior da caixa de diálogo.

Outra forma de abrir uma seqüência de imagens é a utilização do

OpenSeriesUsingFilter macro, que abre uma série de imagens como uma
pilha usando um nome de arquivo de filtro personalizável.

Raw ...
Use este comando para importar as imagens que não estão em um formato
de arquivo suportados directamente pelo ImageJ. Você precisa saber
algumas informações sobre o layout do arquivo de imagem, incluindo o
tamanho da imagem, eo deslocamento para o início dos dados da imagem.

Use o menu pop-up na parte superior da caixa de diálogo para especificar

o tipo de imagem. Há nove opções:

8-bit inteiro sem sinal

16-bit inteiro (convertido para unsigned somando 32.768)
16-bit inteiro sem sinal
32-bit inteiro (convertido para float)
32-bit de ponto flutuante
24-bit cor RGB (intercalados)
24-bit cor RGB (planar)
32-bit de cor ARGB
1 bit bitmap (convertida para 8 bits)
Interleaved imagens RGB pixels armazenados de forma contígua
(rgbrgbrgb. ..) em um plano de imagem única. Planar imagens RGB tem o
vermelho, os dados da imagem verde e azul armazenados em aviões
separados amostra de 8 bits. ImageJ salva imagens RGB (ambos TIFF e
RAW), em formato interleaved.

largura da imagem é o número de pixels em cada linha de dados de

imagem e altura da imagem é o número de linhas na imagem. Offset a
primeira imagem é o número de bytes no arquivo antes que o primeiro
byte de dados de imagem.

Número de imagens é o número de imagens armazenadas no arquivo. Se

este valor for maior do que o número real de imagens resultantes da pilha
vai ficar truncado para o tamanho real.

Gap entre as imagens é o número de bytes a partir do final de uma

imagem para o início da próxima. Defina esse valor para largura x altura
x bytes-per-pixel para saltar xn n imagens para cada imagem lida.

Verifique se o preto é zero pixels pretos são representados com números

que são menos do que os números utilizados para pixels brancos. Se suas
imagens aparecem como negativos fotográficos, alterando este campo
deve resolver o problema.

Little-endian byte order provavelmente terá que ser verificada quando da

importação de 16 bits ou 32 bits de imagens em tons de cinza de máquinas
de pequeno-endian como base PCs Intel.

Verifique Aberto todo e ImageJ irá importar todas as imagens na pasta

como uma pilha. As imagens devem ser todos do mesmo tamanho e tipo.

Verifique Use pilha virtual para abrir uma imagem 3D como somente
virtual (disco residente) ler-stack, reduzindo a quantidade de memória
necessária.

LUT ...
Abre uma tabela de pesquisa de NIH Image, ou uma tabela raw. O arquivo
LUT-primas devem ser 768 bytes de comprimento e contêm 256 tintos,
256 azuis e 256 greens. Se nenhuma imagem é aberta, uma imagem de
256x32 rampa é criado para mostrar a LUT. Tabelas de pesquisa com
nomes de arquivo com a extensão ". lut" também pode ser aberto usando
File> Open.

Texto da imagem ...

Abre um arquivo de texto delimitado por tabulações como uma imagem de
32 bits real. imagem largura e altura são determinadas pela digitalização do
arquivo e contando o número de palavras e linhas. Para arquivos de texto
com valores inteiros não maior que 255,> Utilizar imagem> Tipo de 8 bits
para converter para 8 bits. Antes de converter, desabilite "Scale ao
converter" em Edit>> Opções de conversões para impedir que a imagem
seja dimensionada para 0-255. Use o OpenTextImagesAsStack macro para
abrir uma seqüência de imagens de texto como uma pilha.

Arquivo de texto ...

Abre um arquivo de texto. Botão direito do mouse (clique com o botão de
comando no Mac) em uma janela de texto para ativar um menu pop-up
com Save As, recortar, copiar, colar e selecione todos os comandos. Os
arquivos de texto também pode ser aberto usando o File> Open ou
arrastar e soltar.

URL ...
Downloads e exibe um TIFF, ZIP compactados TIFF, GIF, JPEG ou
DICOM imagem especificada por uma URL. nomes de arquivos TIFF deve
terminar em ". tif", nomes de arquivo ZIP deve terminar em "zip". DICOM
e nomes de arquivos devem terminar em ". DCM". A URL é aberta no
navegador padrão usuários se termine com "/" ou . "html". Aqui estão
alguns exemplos de URLs:

http://rsb.info.nih.gov/ij/images/clown.gif
http://rsb.info.nih.gov/ij/images/ct.dcm
file: / / / Macintosh HD / images / Nanoprobes.tif
file: / / / D: \ images \ neuron.tif
http://rsb.info.nih.gov/ij/ (abre website ImageJ)

Resultados ...
Abre um ImageJ tabela de resultados, ou qualquer link ou arquivo de texto
delimitado por vírgula.

Stack da lista ...

Abre uma pilha, ou stack virtual , a partir de um arquivo de texto contendo
uma lista de caminhos de arquivo de imagem. As imagens podem estar em
pastas diferentes, mas todos eles devem ser do mesmo tamanho e tipo. O
Stack Virtual da lista macro demonstra como gerar uma lista de imagens e,
em seguida, usar essa lista para abrir as imagens como uma pilha virtual.

TIFF Stack Virtual ...

Abre um arquivo como TIFF ou virtual pilha

AVI ...
Usa um construído em versão do Reader AVI plugin para abrir um arquivo
AVI (JPEG ou PNG comprimido ou uncompressed) como uma pilha ou
pilha virtual . ficheiros AVI também pode ser aberto usando o File> Open
ou arrastar e soltar, mas as macros devem usar esse comando para acessar
a caixa de diálogo Opções. ImageJ só suporta AVI 1.0, que é limitada a 2
GB.

Reader Plugins
 Comandos na parte inferior do> submenu Importar Arquivo, abaixo do
divisor, são instalados por plugins extenal. Aqui estão alguns plugins
instalados leitor comum:

Analisar: Analise Reader

Dados Exif: Exif Reader
Gif animado: Reader Gif Animado
Vídeo: Capture Plugin QuickTime
Usando o QuickTime: ABERTURA QuickTime
QuickTime Player: Player de filme QuickTime

Fechar
Fecha a janela de imagem ativa no momento. Se a imagem foi alterada, você será
perguntado se deseja salvar as alterações.

Salvar
Salva a imagem do ativo ou pilha em formato TIFF. Para salvar apenas uma área
selecionada, crie uma seleção retangular e usar o Image> Duplicate comando.

Salvar como Submenu

Use este submenu para salvar a imagem ativa em formato TIFF, GIF, JPEG, ou
"formato" raw. Também pode ser usado para salvar os resultados de medição, tabelas
de referência, seleções, seleção e XY coordenadas.

Tiff ...
Salva a imagem do ativo ou pilha em formato TIFF. TIFF é o único
formato (diferente de "raw"), que suporta todos os tipos de dados ImageJ
(8 bits, 16 bits, 32 bits, float e RGB) e o único formato que economiza
espaço e calibração de densidade. Por padrão, 16 bits e 32 bits, as imagens
são salvas usando big-endian byte order. Marque a opção "Salvar TIFF e
RAW em Intel Byte Order" em Editar> Opções> Entrada / Saída caixa
de diálogo para salvar usando little-endian byte order.

Gif ...
Salva a imagem ativa em formato GIF. imagens RGB deve primeiro ser
convertidos para 8-bit de cor usando usando Image> 8>-Cor pouco Type.
O valor a ser utilizada como índice de transparência (0-255) pode ser
definida em Editar> Opções> Entrada / Saída caixa de diálogo . Com
v1.39 e mais tarde, as pilhas são salvos como GIFs animados. Use Image>
Pilhas> Animação Opções para definir a taxa de quadros.

Jpeg ...
Salva a imagem ativa em formato JPEG. Editar JPEG Qualidade em
Editar> Opções> Entrada / Saída para especificar o nível de compressão
JPEG (000-100). Os valores mais baixos produzir arquivos menores, mas
de qualidade inferior. Valores maiores produzem arquivos maiores, mas de
melhor qualidade. Com v1.40 e posteriores, cor sub-amostragem é
desativado quando o valor estiver definido para 100, reduzindo a
probabilidade de artefatos de cor.

Por padrão, o DPI no cabeçalho JPEG é definido como 72. Para um valor
mais alto, use uma unidade de "polegada" no Set> Analise de diálogo
Scale (requer v1.40 ou mais recente). Por exemplo, definir "Distância em
pixels" e 300 ", conhecido Distance" para 1 e "Unidade de "comprimento
de polegada" irá definir o DPI para 300.

Atenção: O formato JPEG usa a compressão com perdas que podem

resultar em artefatos. Este formato não deve ser usado se você planeja
fazer medições na imagem ou fazer processamento adicional.

ZIP ...
Salva a imagem da ativa ou da pilha como um arquivo TIFF dentro de um
arquivo ZIP compactado.

Os dados em bruto ...

Salva a imagem do ativo ou pilha de dados de pixel como matéria-prima
sem um cabeçalho. Imagens de 8 bits são salvos como bytes não assinado,
não assinado, as imagens de 16 bits são salvos como shorts e assinada
unsigned imagens de 16 bits (por exemplo, File> Open Samples> CT) são
guardados como shorts assinado. imagens de 32 bits são salvos como
flutuadores e imagens RGB são guardados em três bytes por pixel (24-bits
intercalados) formato. 16 bits e 32 bits (float) as imagens são gravadas
utilizando-endian grande para menos "Raw Exportação em Intel Byte
Order" está marcada em Editar> Opções> Entrada / Saída caixa de
diálogo.

Texto da imagem ...

Salva a imagem ativa como uma planilha de texto delimitado por guia
arquivo compatível. Para imagens calibradas e de ponto flutuante de
imagens, o "campo Decimal Places" em Analisar> definir medidas
determina o número de dígitos à direita do ponto decimal. Para imagens
RGB, cada pixel é convertido para tons de cinza usando a fórmula = cinza
(verde + vermelho + azul) / 3 ou a fórmula = cinza 0.299red 0,587 0,114
azul verde se "Weighted Conversão RGB para tons de cinza" está
marcada no menu Edit> > Opções de conversões.

Sequência de Imagens ...

Salva todas as fatias da pilha ativa como tiff separado, GIF, JPEG ou
arquivos RAW. Ao salvar no "Raw" formato, little-endian byte é usado
para se "Export-primas em Intel Byte Order" está marcada no Opções>
Editar > Entrada / Saída caixa de diálogo.

AVI ...
Salva a pilha ativa como um arquivo AVI sem compressão, utilizando a
taxa de quadros definida na Imagem> Pilhas> Animação caixa de diálogo
Opções. Utilizadores do Windows podem usar o VirtualDub para abrir
arquivos AVI descompactado e salve como AVI comprimido. utilizadores
de Macintosh podem usar o QuickTime Movie programa Player para abrir
arquivos AVI descompactado e, com a versão Pro, salve em formato
comprimido QuickTime.

PNG ..
Salva a imagem ativa em PNG (Portable Network Graphics). Todos os
tipos de imagem, exceto RGB, são salvos como-PNGs de 8 bits. Com
imagens de 8 bits, o valor a ser utilizado como o índice de transparência
(0-255) pode ser definida em Editar> Opções> Entrada / Saída caixa de
diálogo. Um plugin ( PNG16_Writer.java ) está disponível a salvar imagens
de 16 bits como PNGs de 16 bits.
 LUT ...
Salva a tabela de pesquisa de imagem ativa de um arquivo. O arquivo de
768 bytes é composto de 256 valores de vermelho, 256 valores de verde e
256 valores de azul.

As medições ...
Exporta o conteúdo dos resultados "janela" como um arquivo de texto
delimitado por tabulação.

Seleção ...
Salva a seleção atual limite de espaço para um arquivo. Use File> Open
para restaurar a seleção.

XY Coordenadas ...
Exportações as coordenadas XY da seleção de linha ou limite de seleção
da área como uma coluna dois, delimitado arquivo de texto-guia.
Coordenadas dos retangular, reta seleções e oval não podem ser
exportados. Use o caminho do escritor plugin plugin para salvar as
coordenadas uniformemente espaçados em intervalos de um pixel.

Reverter
Substitui a imagem ativa, com a última versão salva. Este é um atalho para fechar a
janela sem salvar, e depois reabri-lo. O comando atualmente não funciona com pilhas.

Configurar Página ...

O diálogo Page Setup permite-lhe controlar o tamanho da saída impressa, além de
outras opções de impressão.

Escala de valores inferiores a 100% reduzir o tamanho das imagens impressas e

superior a 100% os valores aumentam de tamanho. 100% corresponde a 72 pixels por
polegada, sobre o tamanho da tela não ampliada da imagem. O tamanho da imagem
impressa é determinada pelo valor da escala e da largura e altura da imagem em pixels.
calibração espacial é ignorada.

Verifique Draw Border ter ImageJ imprimir um pixel preto borda larga ao redor da
imagem. Check Centro de Page ea imagem será impressa no centro da página, em vez
de no canto superior esquerdo. Check Print Título de ter o título de imagem impressa
na parte superior da página. Verifique a seleção Somente para imprimir a seleção, em
vez da imagem inteira. Check Rodar 90 ° ea imagem vai ser rodado de 90 ° para a
esquerda antes de ser impresso (ImageJ 1,33 ou posterior).
 Imprimir ...
Imprime a imagem ativa. O tamanho da imagem impressa será normalmente um pouco
menos do seu tamanho na tela (não ampliada). Use o diálogo Configurar Página para
aumentar de diminuir o tamanho das imagens impressas. As imagens maiores do que a
página é dimensionada para se ajustar.

Desistir
Sai ImageJ. Se não tiver guardado todas as imagens, você será solicitado a fazê-lo.
Você também pode sair clicando no botão Fechar na barra da janela do ImageJ título.

top | home | conteúdo | anterior | próxima

Home | conteúdo | anterior | próxima
Menu Editar
Desfazer
Corte
Cópia
Colar
Colar de Controle ...
Claro
Limpar Fora
Selecção>
Preencher
Desenhar
Invertido
Opções>

Desfazer
Inverte o efeito da edição de imagem mais recente ou o funcionamento de filtragem.
Note que as operações em pilhas inteiro não pode ser revertida usando Desfazer.

Corte
Copia o conteúdo da selecção da imagem atual para a área de transferência interna e
preenche-lo com a cor de fundo atual.

Cópia
Copia o conteúdo da selecção da imagem atual para a área interna. Se não houver
nenhuma seleção, copia os ativos da imagem inteira. A quantidade de dados copiados
da imagem é mostrada na barra de status. Use o comando Copiar para o sistema para
copiar para o clipboard do sistema. Use File> New> Área de Transferência Interna
para criar uma nova janela a partir do conteúdo da área de transferência interna.
Pressionando o "c "chave é um atalho conveniente para este comando.

Colar
Insere o conteúdo da área de transferência interna para a imagem ativa. A imagem
colada é selecionado automaticamente, permitindo que ele seja arrastado com o mouse.
Clique fora da seleção para encerrar o colar. Selecione Editar> Desfazer para anular a
operação de colar. Pressionando a tecla 'v' é um atalho conveniente para este comando.

Use o File> New> Sistema de comando da área de transferência para colar da área de
transferência do sistema. Com ImageJ 1.38a e, depois, Editar> Colar pastas da área de
transferência do sistema se a área de transferência interna estiver vazia. Se ela não está
vazia, e não as imagens são abertas, Editar> Colar abre uma nova janela de imagem
para mostrar a área de transferência interna.

Colar de Controle ...

Depois de um colar, use o menu pop-up Colar de controle para controlar a forma como
a imagem a ser colada é transferido para a imagem de destino.
Com exceção de "Blend" e "Transparente", o Colar modos de transferência de controle
são as mesmas listadas na descrição do processo de Imagem> Calculadora. O "Blend
Mode" é o mesmo da Image Calculator "Média" mode. No modo "transparente, pixels
brancos são transparentes e todos os outros pixels são copiados. "Modo" transparente
só funciona com 8 bits e imagens RGB.

Claro
Apaga o conteúdo da seleção para a cor de fundo atual (normalmente branca). O
retrocesso (ou eliminar) a chave é um atalho útil para este comando. Alt-clique em
Cores>> Imagem Color Picker janela para mudar a cor de fundo. Com pilhas, uma
caixa de diálogo é exibida oferecendo a opção de limpar a seleção em todas as imagens
da pilha. Clear pressionando a tecla de retrocesso para evitar esse diálogo.

Limpar Fora
Apaga a área fora da seleção da imagem atual para a cor de fundo. Alt-clique em
Cores>> Imagem Color Picker janela para mudar a cor de fundo.

Preencher
Preenche a seleção atual com a cor do texto atual. A cor de primeiro plano é definido
usando a ferramenta conta-gotas para "pegar" uma nova cor de uma imagem.
Alt-clique em qualquer outro instrumento, exceto o de lupa, para alternar
temporariamente para o ferramenta conta-gotas. As cores podem ser "apanhado" das
cores Imagem>> Color Picker janela usando qualquer ferramenta. O ícone da
ferramenta conta-gotas na barra de ferramentas é desenhado na cor do primeiro plano
ea moldura em torno dele é desenhado na cor do fundo.

Com pilhas, uma caixa de diálogo é exibida oferecendo a opção de preencher a seleção
em todas as imagens da pilha. Preencha a seleção com a tecla "f" para evitar esse
diálogo.

Desenhar
Descreve a seleção atual com a cor principal e largura da linha. Quando a ferramenta
conta-gotas é selecionada, clique sobre a imagem muda a cor do texto, enquanto
alt-clique muda a cor de fundo. As cores podem ser "apanhado" a partir do> Cor >
Color Picker janela usando qualquer ferramenta. A maneira mais fácil de abrir o Color
Picker é dar um duplo clique na ferramenta conta-gotas. O ícone da ferramenta
conta-gotas é desenhado na cor do primeiro plano ea moldura em torno dele é
desenhado na cor do fundo. O primeiro plano e cores de fundo também pode ser
definido usando o Editar> Opções> Comando Cores.

Use Editar> Opções> Largura de linha de comando, ou dê um duplo clique na

ferramenta linha, para alterar a largura da linha.

Com pilhas (v1.42b e tarde), uma caixa de diálogo é exibida oferecendo a opção de
tirar a seleção em todas as imagens da pilha. Draw a seleção com a tecla "d" para evitar
esse diálogo.

Nota: Se a largura da linha é um número par, os limites da seleção está no centro da

linha. Se a largura da linha for ímpar (1, 3, ...), o centro da linha que é deslocada da
borda de seleção até 1 / 2 pixel para o canto inferior direito. Assim, a linha central (a
linha em caso de largura de linha = 1) está dentro da seleção no início e deixou as
fronteiras, mas fora no fundo e bordas direita. seleções retangulares (mas não as
seleções poligonais ou rastrear seleções que acontecerá a ser retangular) são uma
exceção a esta regra: Para seleções retangulares, um pixel de largura contornos são
sempre desenhado dentro do retângulo. linhas mais grossas são desenhados como para
os outros tipos de seleção.

Invertido
Cria uma imagem invertida, semelhante a um negativo fotográfico, de toda a imagem
ou seleção.

Seleção Submenu
Os comandos neste submenu criar, eliminar ou modificar as seleções.

Select All
Cria uma seleção retangular que é do mesmo tamanho da imagem.

Selecione Nenhum
Desativa a seleção na imagem ativa.

Restaurar Selecção
Restaura a seleção anterior à sua posição original. A seleção é salva
quando você:

Excluir a seleção clicando fora dela

Desenhar uma nova seleção
Desactivar a imagem que contém a seleção
Feche a imagem que contém a seleção
Abra uma nova seleção usando Arquivo> Novo
Use um comando que apaga ou modifica a seleção

Você pode transferir uma seleção de uma imagem a outra, ativando a

imagem com a seleção, ativando a imagem de destino, em seguida,
pressionando-shift e (o atalho do teclado para restaurar Selection).

Fit Spline
Adapta-se a uma curva de spline cúbico de um polígono ou seleção
polyline.

Fit Ellipse
Substitui uma área de seleção com a elipse de melhor ajuste. A elipse terá
a mesma área, a orientação eo centróide como a seleção original. A
montagem mesmo algoritmo é usado para medir o comprimento do eixo
menor e maior ângulo e quando "Fit Ellipse" é selecionado em Analisar>
Set Measurements. O drawEllipse macro vai chamar o ajuste elipse e
melhor e menor eixo principal.

Convex Hull
Substitui um polígono de seleção à mão livre com o seu casco convexo,
que pode ser pensado como um elástico enrolado em torno dos pontos que
definem a seleção.

Faça Inverse
Cria uma seleção inversa. O que foi "dentro" da seleção está agora "fora",
e vis versa.

Criar Máscara
Cria uma imagem de 8-bit novo chamado "Mask", cujos pixels tem um
valor de 255 dentro da seleção e 0 fora. Por padrão, esta imagem tem uma
LUT invertendo, assim preto e branco é de 255 a 0. Marque a opção
"fundo preto" em processo de> binário> Opções antes de usar máscara e
criar uma LUT invertendo não serão usados (preto e branco de 0 255).

Criar Seleção
Cria uma seleção a partir de uma imagem limiarizadas ou uma máscara
binária. Este comando é baseado no plugin Threshold_To_Selection escrito
por Johannes Schindelin.

Rodar ...
Gira a seleção por um número determinado de graus (número negativo
indica a rotação no sentido horário do contador). Não trabalho com
selecções compostas no ImageJ 1.41d e versões anteriores. Esse comando
executa o RotateSelection macro em ij.jar.

Ampliar ...
Cresce uma seleção de área por um determinado número de pixels.
Introduza um valor negativo para encolher a seleção. Digite zero para
converter uma seleção em uma seleção composta polígono. Esse comando
executa o EnlargeSelection macro em ij.jar. ShrinkSelection é uma
variação da macro que não encolher a partir das bordas da imagem.

Band faz ...

Toma uma selecção da área e cria uma banda com uma espessura de um
número especificado de pixels. Se você imaginar a banda como uma forma
de rosca, em seguida, a seleção original corresponde ao furo (isto é, a
banda é composta por uma crescente à selecção original). Este comando
executa o MakeSelectionBand macro em ij.jar.

Especifique ...
Abre uma janela que permite que o seu para definir uma seleção retangular
ou elíptica. Largura e altura são as dimensões da seleção. Coordenadas X
e Y coordenadas definem a posição da seleção. Check Oval para criar uma
seleção elíptica. Centrada Se estiver marcada, o seleção está posicionado
de forma coordenada X e Y coordenadas definem o centro da seleção,
caso contrário, eles definem o canto superior esquerdo.
 Adicionar ao Manager
Adiciona a seleção atual para o Gerenciador de ROI . Se não houver
nenhuma seleção, em seguida, ele abre o Gerenciador de ROI. Como um
atalho, "t imprensa". (Exceto quando usando o editor de texto, você não
tem que segure a tecla Ctrl pressionada para usar atalhos de menu).

Endireitar (v1.41 ou mais recente)

Este comando endireita um objeto de curva em uma imagem. O objeto
curvo primeiro deve ser delineado utilizando a ferramenta de linha
segmentada . Use o widget Line Width, aberto com um duplo clique no
ícone da ferramenta de linha, para ajustar a largura da linha de seleção.
Check Fit Spline na widget largura de linha para caber um cúbicos curva
spline aos pontos que definem a linha.

Arraste os pontos ao longo da linha de seleção para reposicioná-las.

Alt-clique em um ponto de excluí-lo. Shift-clique em um ponto de
duplicá-lo. Pressione Shift-E (Editar> Seleção> Restauração Selection)
para restaurar acidentalmente excluído linhas.

Este comando também funciona com seleções linha reta. Neste caso, o
objeto definido pela selecção da linha é girada para ficar na horizontal.

Opções Submenu
Utilize os comandos deste submenu para alterar várias configurações ImageJ
preferência do usuário.

Largura da linha ...

Exibe uma caixa de diálogo que permite que a largura das linhas geradas
pelo comando Draw para ser mudado.

Entrada / Saída ...

JPEG Quality especifica o nível de compressão usa pelo Arquivo> Salvar
como> comando Jpeg. Solicitando um maior grau de compressão (menor
valor) irá resultar em arquivos menores, mas a qualidade da imagem mais
pobres. Por favor note que não é uma boa idéia usar codificado JPEG
formatado imagens lossy ao fazer o processamento e análise de imagens,
porque altera o conteúdo da imagem original e introduz artefatos.

Extensão de arquivo para os quadros é a extensão padrão (sem formato),

utilizando as tabelas quando poupança (por exemplo, a tabela de
resultados).

Verifique Use JFileChooser para Abrir / Salvar para habilitar as versões

do File> Open e Arquivo> Salvar como> que usam o JFileChooser Java
em vez do sistema operacional nativo de arquivo aberto e salve diálogos. A
principal vantagem do JFileChooser é a capacidade de abrir vários
arquivos pelo deslocamento do mouse para selecionar vários arquivos
contíguos e controle do mouse para selecionar mais de um arquivo
individual. Por outro lado, é mais lenta, usa mais memória, e não se
comportam como o arquivo aberto e salve diálogos utilizados em outras
aplicações.

Exportação Raw em Intel Byte Order especifica a ordem de bytes usada

para guardar de 16 bits e imagens de 32 bits usando Arquivo> Salvar
como Raw> Dados, ou Arquivo> Salvar como> Imagem seqüência ao
"Raw" é escolhido como o formato. Marque esta opção para exportar as
imagens usando o modo utilizado por processadores Intel x86 based (little-
endian). Este artigo da Wikipédia tem mais informações.

Fontes ...
Abre uma pequena janela com três menus pop-up para especificar o tipo
de rosto, tamanho e estilo da fonte usada pela ferramenta de texto.

Plot Options perfil ...

Use este diálogo para controlar a forma como parcelas geradas pelo
Analisar> Plot perfil são exibidos.
Terreno Lote Largura e Altura especificar o tamanho da parcela em
pixels. Se Fixo eixo Y Scale for verificada, o eixo-y intervalo é fixo e
especificado Y Min e Max são usados os valores Y, caso contrário, as
parcelas são dimensionados com base na valores mínimos e máximos de
cinza. Check Não Save X-Valores de ter "Lista", "Save" e "Copiar" no
Windows parcela perfil exibir ou salvar apenas y-valores. Check
Auto-perto de ter o Windows parcela perfil fechadas automaticamente
quando "Lista", "Save" ou "Copiar" são clicados. Verifique Perfil Vertical
para gerar média parcelas de uma fileira de áreas retangulares em vez do
padrão médio parcelas coluna.

Point Tool ...

Use este diálogo para configurar a ferramenta de seleção de ponto . Você
também pode exibir esta janela clicando duas vezes sobre o ícone da
ferramenta de ponto.

Se Mark largura é maior que zero, e Auto-Medida é ativada, uma marca

do tamanho especificado está empatada quando você clica com a
ferramenta de ponto. Se Auto-Medida não é habilitado, a marca está
empatada quando você usar o comando Measure. Se Auto-Medida é
habilitado, ImageJ registra a localização dos cliques do mouse ferramenta
ponto. Se Auto-Slice Em seguida é verificado, os avanços ImageJ para a
pilha ao lado fatia após cada medição é registrada.

Aparência ...
Esta caixa de diálogo contém opções que controlam como as imagens são
exibidas, uma opção para mostrar melhor procura ícones da barra de
ferramentas, e uma opção para definir o tamanho da fonte do menu.
Interpolar Zoomed Imagens - Use a interpolação de replicação em vez de
pixel exibir imagens quando ampliadas.

Abrir imagens em 100% - abrir imagens recentemente são exibidos usando

100% de ampliação (1 pixel = 1 pixel da imagem na tela).

Black Canvas - Faz com que a tela de imagem (em branco por padrão)
para ser processado em preto. Isso é útil quando se olha para as imagens
de raios-X a fim de evitar altas intensidades de contraste nas bordas da
imagem.

No Border Image - Exibe imagens sem o padrão um pixel preto borda

larga.

Use Invertendo Lookup Table - Causas recém inaugurado imagens de 8

bits para ter invertido os valores de pixel, onde o branco e preto = 0 = 255.
Isto é feito por ambos invertendo os valores de pixel e invertendo a LUT.
Use o Image> Lookup Tables> Invert LUT comando para inverter uma
imagem, sem alterar os valores de pixel.

Seleções Double Buffer - Esta opção reduz a cintilação quando estiver

trabalhando com seleções complexas, mas também aumenta o uso da
memória e atrasa atualizações de tela. Não é necessário no Mac OS X, que
foi construído em buffer duplo.

Verifique os ícones ferramenta Antialias para alisar e escurecer os ícones

ferramenta na janela ImageJ. Esta opção está sempre ativada no Mac OS
X e Windows Vista. No Windows XP, permite Clear Type sub-pixel
suavização para melhorar a qualidade do texto em menus, como mostra a
ilustração.

Menu Tamanho da fonte - especifica o tamanho da fonte menu janela

ImageJ. Use um tamanho de "0" (zero) a utilização do padrão Java
tamanho da fonte do menu. A opção é ignorada em Mac OS X. Alterar o
tamanho da fonte ImageJ requer um reinício.

Conversões ...
Use este diálogo para definir opções que controlam como as imagens são
convertidas a partir de um tipo para outro.

Verifique Escala Quando convertendo para ter escala ImageJ de min-max

para 0-255 quando a conversão de 16-bits ou 32 bits para 8 bits ou de
escala de min-max para 0-65535 quando a conversão de 32-bits para 16 -
bits. Note-se que ao converter Escala é sempre verificada após ImageJ é
reiniciado.

Se ponderada RGB para tons de cinza de conversão é verificada, a

fórmula cinzento = 0,299 * 0,587 0,114 * azul vermelho verde é usado
para converter imagens RGB para tons de cinza. Se não for verificado, a
fórmula = cinza (verde + vermelho + azul) / 3 é usado. Os factores de
ponderação (padrão 0.299,0.587,0.114), que são baseadas na percepção
humana, são os usados para converter de RGB para YUV, a cor do sistema
de codificação usado para a televisão analógica. Os factores de
ponderação pode ser modificada usando a setRGBWeights macro função .

Compiler ...
Exibe uma caixa de diálogo com opções para a> Plugins compilar e
executar o comando.

Target especifica a versão Java da classe de arquivos criados por

PluginsPlugins> compilar e executar. Plugins compilado com uma meta
de 1,6 não será executado na versão anterior do Java. A Meta de 1,4 deve
ser usado para criar plugins capaz de funcionar em todas as versões
ImageJ. Alvo não pode ser definida mais do que a versão do Java ImageJ
está em execução.

Ativar Gerar informações de depuração (javac-g) para incluir as

informações necessárias por depuradores Java nos arquivos de classe.

Memória & Threads ...

Use esta janela para especificar a quantidade máxima de memória
disponível para o ImageJ e especificar o número de threads utilizados pelos
filtros quando pilhas de processamento.
aplicações Java, como ImageJ só vai usar a memória alocada para eles,
mas este diálogo permite ao usuário alocar mais do que o padrão,
normalmente 640MB. Note que a especificação de mais de 75% da RAM
real pode resultar em RAM virtual a ser utilizado, que pode causar ImageJ
a ficar lento e instável. Além disso, note que este diálogo não pode ser
usado para definir a alocação de memória se ImageJ é executado a partir
da linha de comando ou clicando duas vezes sobre ij.jar.

Um SO de 64 bits e uma versão de 64 bits, de Java são obrigados a usar

mais ~ 1700MB de memória. Utilizadores do Windows deve estar rodando
a-versão 64 bits do Windows e deve instalar uma versão de 64 bits, de
Java Mac usuários. deve estar executando o OS X 10.5 ou posterior e pode
ser necessário usar o utilitário Preferências de Java (em / Aplicações /
Utilitários / Java) para selecionar a-versão 64 bits do Java. Podem também
precisa mudar para o ImageJ64 aplicação Linux usuários. necessidade de
estar executando versões de 64 bits do Linux e Java. O título da Memória
& Threads de diálogo caixa de mudanças para a Memória "(64 bits)"
ImageJ quando está rodando em um sistema configurado 64-bit
corretamente. Há mais informações sobre o ImageJ Wiki de
Documentação .

Os segmentos paralelos para Stacks campo, que tem como padrão o

número de processadores disponíveis, foi acrescentado em v1.38u. Este
valor determina o número de segmentos paralelos utilizados pelos
comandos no menu> filtros de processo, quando as pilhas de
processamento.

Clique na barra de status e ImageJ irá mostrar a quantidade de memória

atualmente em uso e ao montante máximo disponível. Na ilustração
129MB, fora dos 1000MB disponíveis, ou 12%, está em uso. Clicando na
barra de status também executa o coletor de lixo Java, que tentará
recuperar a memória não utilizada.

Misc ...
Exibe uma caixa de diálogo com diversas opções.
 A divisão por zero o valor especifica o valor utilizado quando o
processo> Image Calculator detecta uma divisão por zero, dividindo um
pouco real imagem de 32 por outra. O padrão é infinito. Além dos valores
numéricos, a infinitude "(positivo ou negativo infinito), max" (o maior
valor positivo) e "NaN (Not-a-Number) pode ser inscrita como a divisão
por zero o valor do valor.

Verifique Use cursor de ponteiro e ImageJ vai usar um cursor de seta, em

vez de a mira padrão que às vezes é difícil ver nas imagens em tons de
cinza nas áreas de brilho médio. Esta opção também pode ser usado para
contornar um bug no Windows, onde o cursor de texto às vezes é usado no
lugar da cruz.

Verifique Hide "pilha do processo?" diálogo para suprimir a caixa de

diálogo que pergunta: "Processo de todas as fatias xx?" (apenas a fatia
atual será processado).

Verifique Exigir chave de controle de atalhos para exigir que a chave de

controle (chave de comando em Macs) ser pressionado quando usar
atalhos de teclado para o comando de menu.

Ativando o Move plugins isolado para Misc. opção de menu pode reduzir
o tamanho do menu Plugins, impedindo-o de correr na parte inferior da
tela. Quando esta opção está habilitada, plugins que tentam se instalar em
um submenu com apenas um comando são em vez instalado no> submenu
Vários plug-ins. Um exemplo de um plugin é TurboReg, que normalmente
cria uma Plugins> TurboReg submenu que contém um único comando.

Ativar ouvinte socket Executar e ImageJ vai usar soquetes para prevenir
múltiplas instâncias de ser lançado. No Windows, isso evita o problema em
uma outra cópia do ImageJ começa cada vez que uma imagem é arrastada
e largada no ícone ImageJ. Também previne várias instâncias quando
ImageJ execução da linha de comando. Observe que você pode obter um
alerta de segurança pela primeira vez ImageJ inicia com esta opção
ativada. ImageJ não requer acesso soquete externo por isso é bom para
negar o acesso do alerta de segurança.

Ativando o modo de depuração causas ImageJ para mostrar mensagens de

depuração na janela "Log. Feche a janela" Log para mostrar desativar
depuração de mensagens.

top | home | conteúdo | anterior | próxima

Home | conteúdo | anterior | próxima

Menu Imagem
Tipo>
Ajustar>
Info Show ...
Propriedades ...
Color>
Pilhas>
Hyperstacks>
> Cortar
Duplicate ...
Escala ...
Traduzir>
Gire>
Zoom>
Overlay>
Tabelas de Pesquisa>

Submenu Tipo
Use este submenu para determinar o tipo de imagem ativa ou convertê-lo para outro
tipo.
8-bit
Converte-cinza de 8 bits. A imagem deve ser activa, em tons de cinza 16
bits, escala de cinza de 32 bits, 8 bits de cor ou de cor RGB.

ImageJ converte de 16 bits e imagens de 32 bits e pilhas de 8-bits em

escala linear de min-max para 0-255, onde Min e Max são os dois valores
exibidos na Imagem> Ajustar>> Brilho Contraste ferramenta. Image>
Show Info exibe esses dois valores como a Faixa de exibição ". Note que
esta escala não é feito se a "Escala ao converter" não é verificada em
Edit>> Opções de conversões.

As imagens RGB são convertidos em escala de cinza usando a fórmula =

cinza (verde + vermelho + azul) / 3 ou cinza = 0.299red 0,587 0,114 azul
verde se "Weighted Conversão RGB para tons de cinza" está marcada no
menu Edit>> Opções de conversões.

16-bit
Converte para tons de cinza de 16 bits sem sinal. A imagem deve ser
activa, em tons de cinza de 8 bits ou 32 bits, em tons de cinza.

32-bit
Converte assinado 32-bit de ponto flutuante em tons de cinza. A imagem
do ativo deve ser em tons de cinza de 8 bits ou 16 bits em tons de cinza.

Cores de 8 bits
Converte para 8 bits de cores indexadas usando a média de corte Heckbert
algoritmo de quantização de cor. Uma caixa de diálogo permite que o
número de cores (2-256), a ser especificado. A imagem do ativo deve ser
de cor RGB.

RGB Color
Converte a 32-bit cor RGB. A imagem do ativo deve ser em tons de cinza
de 8 bits de cor, ou RGB (vermelho, verde, azul) ou HSB (matiz, saturação
e brilho) pilha.

RGB Stack
Converte a 3 fatias (vermelho, verde, azul) pilha. A imagem do ativo deve
ser de cor RGB.

HSB Stack
Converte a 3 fatia (matiz, saturação e brilho) pilha. A imagem do ativo
deve ser de cor RGB. Uma tentativa de executar uma conversão não
suportada faz uma caixa de diálogo a ser exibida a lista de conversões
possíveis. O * indica que ambas as imagens individuais e pilhas podem ser
convertidos.
Ajuste Submenu
Este sub-menu contém comandos que ajustar o brilho / contraste limiar níveis e
tamanho da imagem.

Brilho / Contraste ...

Use esta ferramenta interativa para alterar o brilho eo contraste da imagem
ativa. Com imagens de 8 bits, o brilho eo contraste são alterados,
atualizando-up tabela imagem de olhar para o (LUT), de modo pixel
valores permanecem inalterados. Com 16 bits e imagens de 32 bits, a tela é
atualizada, alterando o mapeamento dos valores de pixel de bits exibir
valores-8, os valores pixel pixel assim mantêm-se inalterados. Brilho e
contraste das imagens RGB são alteradas, modificando os valores de pixel.

Pressione shift-c para abrir a janela B & C e fácil maneira rápida. Se ele já
estiver aberto, ele é ativado.
O gráfico de linha na parte superior da janela, que nos sobreposta à
imagem do histograma, mostra como valores de pixels são mapeados para
8 bits (0-255) valores de exibição. Os dois números no âmbito do plano
são os mínimos e máximos apresentados os valores de pixel . Estes dois
valores definem a faixa de exibição, ou "janela". exibe imagens ImageJ por
pixel mapeamento de valores de forma linear no intervalo de exibição para
exibir os valores no intervalo 0-255. Pixels com um valor inferior ao
mínimo são apresentadas em preto e com um valor maior do que o máximo
são exibidos como branco.

Há quatro controles deslizantes. Mínimo e Máximo controlar a limites

inferior e superior do intervalo de exibição. Brilho aumenta ou diminui o
brilho da imagem movendo o alcance de visualização. Contrast aumenta
ou diminui o contraste através da variação da largura da faixa de exibição.
Quanto menor o intervalo de exibição , quanto maior o contraste.

Clique em Auto e ImageJ irá otimizar automaticamente o brilho eo

contraste com base na análise do histograma da imagem. Crie uma seleção,
e toda a imagem será otimizado com base na análise da seleção. A
otimização é feito permitindo que uma pequena porcentagem de pixels na
imagem a ficar saturada (apresentado como negro ou branco). Cada clique
adicionais sobre o aumento automático do número de pixels saturados e,
portanto, a quantidade de otimização.

Clique em Redefinir para restaurar o brilho original e contraste. O

intervalo de exibição é definido como o valor gama completa pixel da
imagem. ResetMinAndMax A () call macro é gerado se o gravador de
comando está sendo executado.

Clique em Configurar para introduzir o intervalo máximo de mostrar os

valores mínimo e em uma caixa de diálogo. SetMinAndMax A () call
macro é gerado quando o gravador está executando o comando.

Clique em Aplicar para aplicar a exibição atual função de mapeamento de

intervalo para os dados de pixel. Se houver uma seleção, somente os pixels
dentro da seleção são modificados. Esta opção atualmente funciona
apenas com imagens de 8 bits e pilhas e pilhas com RGB. Este é o único B
& C opção que altera os dados de pixel de imagens não-RGB.

Com imagens DICOM, ImageJ define o alcance de visualização inicial

com base no Centro de Window (0028,1050) e largura da janela
(0028,1051) tags. Clique em Redefinir e define o intervalo de exibição
para o máximo e mínimo valores pixel. Como exemplo, o File> Open
Samples> image CT possui um Centro de janela de 50 e largura da janela
do 500, assim que a escala de exibição é definido como -200 a 300 (centro
de largura / 2 + largura centro / 2). Reset eo visor é de -719 intervalo
definido para 1402. Press 'h Clique em "(Analyze> Histogram) e você verá
que o valor mínimo de pixels na imagem é -719 eo máximo é 1402. Para
exibir as marcas DICOM, pressione "i" (Image> Show Info). Press 'r'
(File> Revert) para reverter para o alcance de visualização inicial.

Threshold ...
Use esta ferramenta para automaticamente ou interativamente conjunto
inferior e valores-limite superior, a segmentação da imagem em
características de interesse e de fundo. As características limiarizadas são
exibidos em vermelho eo fundo é exibido em tons de cinza. Use Analisar
Medida> (com "Threshold Limit to" em Analisar> definir medidas
marcado) para medir o total dos recursos selecionados. Use Analisar>
Analise de Partículas para medir características individualmente. Use a
ferramenta varinha mágica para esboçar uma única característica.

Use a barra superior para ajustar o valor do limite mínimo eo mais baixo
para ajustar o máximo. Segure a tecla Alt enquanto ajusta o mínimo para
mover uma janela de largura limiar fixo em toda a gama de valores de
cinza. Verifique se o plano de fundo escuro características são mais leves
que o fundo.

Graças ao Gabriel Landini, no menu suspenso à esquerda permite que

qualquer um dos 16 diferentes métodos de limiarização automática para
ser selecionado. Esses métodos são descritos em Gabriel Threshold plugin
Auto website . O "padrão" método é o método modificado ISODATA
usado por ImageJ 1.41 e anteriores.

Use o menu suspenso à direita para seleccionar um de três modos de

exibição. Vermelho mostra os valores limiarizadas em vermelho. B & W
muda para um modo onde as características são exibidas em preto e fundo
em branco. Over / Under exibe pixels abaixo do limiar inferior em azul,
limiarizadas pixels em escala de cinza, e os pixels acima do valor limite
superior em verde.

O botão Auto usa o método de limiarização selecionado atualmente para

definir automaticamente o nível limiar a partir da análise do histograma da
imagem ou seleção atual. Aplicar define limiarizadas pixels em preto e
todos os outros pixels para o branco. Reset desativa thresholding e
atualizar o histograma. Clique em Configurar para introduzir novos
valores-limite em uma caixa de diálogo.

Tamanho ...
Ajusta a imagem ativa ou seleção de uma determinada largura e altura em
 pixels.

Verifique Restringir Proporções para criar uma imagem com a largura

especificada e ter ImageJ ajustar a altura para manter a proporção original.
Verifique Interpolar usar interpolação bilinear. Largura do conjunto Nova
0 para criar uma imagem com a altura especificada e ter ImageJ ajustar a
largura para manter a proporção original.

Tamanho da tela ...

Altera o tamanho da tela de uma imagem ou uma pilha sem dimensionar a
imagem real. A largura ea altura pode ser expandido ou contraído. Se o
tamanho da tela é maior, então a fronteira é preenchido com a cor de
fundo atual. Ou, se Zero Fill é assinalada, a fronteira está cheia de pixels
que têm um valor de zero. Use o Image> Color> Color Picker ferramenta
para mudar a cor de fundo. A posição da imagem velha na nova tela
também pode ser especificado .

Info Show ...

Abre uma janela de texto contendo informações sobre a imagem ativa. Para DICOM e
imagens FITS, também mostra informações do ficheiro de cabeçalho. Use o menu de
contexto (botão direito do mouse na janela Info) para salvar as informações para um
arquivo de texto ou copiá-lo para a área de transferência do sistema.
Propriedades ...
Utilize este comando para exibir e definir várias propriedades da imagem ou pilha.

O número de canais, Slices e Frames (c, z e t), a imagem pode ser alterado, desde que
o produto de c, z, e t é igual ao número de imagens na pilha.

A unidade de comprimento (uma string descrevendo a unidade de medição), Pixel

Largura, Altura e Pixel Voxel Profundidade (todos na Unidade de unidade de
comprimento) pode ser definido. A largura, altura e profundidade são convertidos
automaticamente se a unidade de comprimento é alterado de uma unidade conhecida
("nm", hum ", micro", "mm", cm "," metro "," km "ou" polegadas ") para outro.

Com a série de pilhas-t, o intervalo de quadro no segundo (recíproco da taxa de frame)

pode ser visualizada e definida. Origin (sempre em pixels) é o ponto de referência (0,0)
da imagem do sistema de coordenadas. Check Global para tornar o configurações
atuais global (isto é, aplicáveis a todas as imagens abertas durante a sessão atual).

Cor Submenu
Este sub-menu contém comandos que lidam com imagens coloridas.
Split Channels
Divide uma imagem em canais RGB sepate (imagens). Pilhas RGB
também divide em três pilhas separadas. A imagem tem nomes
"(vermelho)", "(verde) e" (azul) "anexado a eles. Com imagens compostas
e / ou hyperstacks (por exemplo, o "Órgão de Corti imagem de amostra"),
este comando divide a pilha de canais sepate.

Canais Merge ...

Mescla 04/01 imagens em tons de cinza ou pilhas em uma imagem RGB ou
pilha. Select * Nenhum * manter um canal vazio (preenchido com 0).
Marque a opção "Criar Composite" para converter as imagens em tons de
cinza 04/02 ou pilhas em uma imagem composta ou hyperstack . Marque a
opção "manter as imagens de origem" se você deseja manter os originais.

Ferramenta de Canais ...

Abre a janela "Channels" janela, ou leva-lo para a frente se ele já está
aberto. Shift-Z é o atalho do teclado para esse comando.

Pilha para RGB

Converte uma fatia de dois ou três pilha em uma imagem RGB, supondo
que as fatias são de R, G, B fim. A pilha deve ser de 8 bits ou 16 bits, em
tons de cinza. Também converte imagens compostas (por exemplo, a
imagem de amostra células HeLa ) em RGB.

Faça Composite
Converte uma imagem RGB, a imagem 07/02 pilha ou um canal
hyperstack 07/02 em uma imagem de cor composta. Use o "Channels"
ferramenta (pressione Shift-top aberto z) para ativar e desativar os canais
de uma imagem composta. Use a "B & C ferramenta" (pressione shift-c
para abrir) para ajustar o brilho eo contraste do canal atual.

No exemplo acima, mas todos os canais vermelho e azul de um canal

composto imagem cinco foram desativados com o "Channels" ferramenta
eo "B & C" ferramenta está sendo usada para ajustar o brilho eo contraste
do canal de azul.

Mostrar LUT
Mostra o gráfico da tabela de imagem ativa de pesquisa. A tabela de
pesquisa, ou tabela de cores, descreve a cor que é exibida para cada um
dos 256 possíveis valores de pixel. Para 16 e 32 imagens de bit, o intervalo
de valores exibido pixel é mapeado para 0-255. Um bar com o enredo
mostra a representação de cores dos valores de pixel. Note que as imagens
de cor RGB não usar uma tabela de pesquisa.

Editar LUT
Abre a LUT ImageJ (Tabela de Pesquisa) Editor. A tabela de consulta
(LUT) no ImageJ tem até 256 entradas. O índice de entrada e os três
valores (vermelho, verde e azul) a ela associados, são exibidos na barra de
status ImageJ como mover o cursor sobre o Editor LUT janela. Clique em
uma entrada para editar o vermelho, verde e azul para essa entrada.

Arraste várias entradas, e você será solicitado a definir o RGB começando

e terminando valores para o intervalo selecionado. O Editor irá preencher
as entradas restantes utilizando o método de interpolação escolhido
(replicação, Interpolação Spline ou montagem).

Você pode definir o número de entradas na LUT usando o "Set" opção. Ao

aumentar o número de entradas, o editor usa o método de interpolação
especificados. Replicação apenas repete as entradas enquanto
Interpolação Spline e Montagem produzir gradações entre as cores. O
"Inverter botão" define a inversa da entrada RGB LUT. "Open" e "Save"
permite importar ou exportar LUTs.

Color Picker ...

The Color Picker ferramenta permite que o usuário selecione primeiro
 plano e cores de fundo que afectam Edit> Fill, Edit> Draw e outros
comandos de desenho em cores. Ele exibe em primeiro plano e cores de
fundo nas caixas de seleção na parte inferior da janela. Ele tem dois
modos: em primeiro plano e fundo. Para alterar os modos, clique na caixa
de seleção desejada. Clicar em / Background Switcher o Foreground botão
define o plano atual para o fundo e vice-versa. The Black / White botão
Reset define o plano para preto e branco para o fundo.

A paleta de cores é baseada em HSB (, Saturação e Brilho). Modelo de

cores Hue Hue aumenta à medida que desce a paleta, enquanto os valores
de brilho e saturação são divididos horizontalmente. A metade esquerda da
paleta varia apenas em brilho, enquanto a metade direita varia apenas na
saturação. No centro da rampa de cor turquesa são vermelho, verde, azul,
alargada, magenta, amarelo e cores para a seleção rápida. À esquerda da
paleta de cores em tons de cinza é uma rampa que vai do preto puro ao
branco puro.

Clicando duas vezes sobre a cor traz o seletor de cores, mostrado à direita
na ilustração. Use os controles deslizantes para especificar os valores RGB
de primeiro plano ou cor de fundo. Para obter cores precisas, alterar
manualmente os valores nas caixas de texto. O título da janela Color
Selector ("Foreground Color" ou "Background Color") indica o modo de
seleção atual.

O Color Picker foi escrito por Gali Baler, um estagiário 2003-2004 de

Bethesda, Chevy Chase High School .

Stacks Submenu
Este sub-menu contém comandos que funcionam com pilhas.

Adicionar Slice
Insere uma fatia em branco após a fatia exibida atualmente. Mantenha a
tecla ALT para adicionar a fatia a fatia atual antes.
Excluir Slice
Exclui a fatia exibido atualmente.

Próximo Slice
Exibe a fatia que acompanha a fatia exibida atualmente. Como um atalho,
pressione a tecla ">.

Slice anterior
Exibe a fatia que antecede a fatia exibida atualmente. Como um atalho,
pressione a tecla "<.

Slice Set ...

Exibe uma fatia especificada. O usuário deve digitar um número fatia
maior ou igual a um e inferior ou igual ao número de cortes na pilha.

Converta imagens para Stack

Cria uma nova pilha consiste de todas as imagens exibidas em janelas
separadas. As imagens devem ser todos do mesmo tipo e tamanho.

Converter Stack de Imagens

Converte as fatias na atual pilha de janelas de imagem separado.

Faça Montage
Produz uma única imagem que contém as imagens de uma pilha exibido
em um formato de grade. Isso pode ser útil para comparações visuais de
uma série de imagens armazenadas em uma pilha. Uma caixa de diálogo
permite que você especifique o nível de ampliação na qual as imagens são
copiadas, e para selecionar o layout da rede resultante. ImageJ Com 1,35
m ou mais tarde, verificar Use a Cor para desenhar fronteiras e rótulos
com a cor principal e preencher espaços em branco com a cor de fundo.
Use o Montage RNG macro ferramenta para reorganizar as imagens na
montagem.

Reslice ...
Reconstrói um ou mais fatias ortogonais através do volume da imagem
representada pela pilha atual. Uma caixa de diálogo permite especificar o
espaçamento dos cortes reconstruídos.

Slice espaçamento determina o número de fatias ortogonais que

reconstruída. Slice Aumentar espaçamento reduz o tamanho da saída
stack.The Iniciar No menu tem quatro opções:

Top - Iniciar fatias reconstrução na parte superior da imagem

Esquerda - Comece a reconstrução na borda esquerda da imagem
Bottom - Iniciar reconstruir a parte inferior da imagem
Direito - Start reconstrução na borda direita da imagem

Slice espaçamento é substituído pelo conde Slice se houver seleção de

linha. Com as seleções de linhas, uma pilha é criado, deslocando (por fatia
espaçamento) a linha de baixo e à esquerda para gerar cortes adicionais
para a saída de pilha. Neste caso, o tamanho da pilha de saída em
determinado pela Corte de Contagem.

Verifique Flip Vertical e cada fatia na pilha será invertido verticalmente.

Check Rodar 90 graus e cada fatia na pilha de saída será girada em 90
graus. Check interpolação Evite interpolação e não será feito.

O tamanho estimado da pilha de saída ea quantidade de memória

disponível são exibidos na parte inferior da janela. Aumento Slice
Espaçamento para reduzir o tamanho da pilha de saída.

Este plugin, o plugin e ZProject, foram contribuídos por Patrick Kelly e

Karten Harvey, da Universidade da Califórnia, San Diego.

ZProject ...
Projeta uma imagem de pilha ao longo do eixo perpendicular ao plano da
imagem (o chamado eixo "Z"). Quatro tipos de projeção são suportados.
Projeção Média Intensidade saídas de uma imagem onde cada pixel
armazena intensidade média de todas as imagens da pilha na posição do
pixel correspondente. Projeção de intensidade máxima cria uma imagem
de saída, cada um de cujos pixels contém o valor máximo sobre todas as
imagens da pilha no local pixel particular. Sum Slices cria uma imagem
real que está é a soma das fatias da pilha. desvio padrão cria uma imagem
real contendo o desvio-padrão das fatias.

Projeto 3D ...
Gera uma seqüência de animação, projetando através de uma rotação 3D
do conjunto de dados sobre um plano. Cada quadro na seqüência de
animação é o resultado da projeção de um ângulo de visão diferente. Para
visualizar isso, imagine um campo de raios paralelos de passagem através
de um volume contendo um ou mais objetos sólidos e impressionante de
uma tela normal orientada para as direções dos raios. Cada raio projetos
um valor na tela, ou plano de projeção, com base nos valores dos pontos
no seu caminho. Três métodos estão disponíveis para o cálculo das
projeções para este plano: ponto mais próximo, mais brilhante, pontos, eo
valor médio. A escolha do método de projeção e as definições de
parâmetros de visualização de diversas modalidades de superfície e
estruturas interior vai aparecer.

Esta rotina foi escrito por Michael Castle e Janice Keller, da Universidade
de Michigan Mental Health Research Institute (MHRI).
Selecione o mais próximo dos pontos de projeção para produzir uma
imagem da superfície visível do ângulo de visão atual. Em cada ponto do
plano de projeção, um raio passa normal ao plano por meio do volume. O
valor do ponto mais próximo da transparência que os encontros não ray
está armazenado na imagem de projeção. Brightest projeção Point
examina os pontos ao longo dos raios, projetando o ponto mais brilhante
encontrado ao longo de cada raio. Isto irá exibir os objetos mais brilhantes,
como os ossos de um CT (tomografia computadorizada) estudo. Projeção
média do valor, uma modificação do ponto de projeção mais brilhantes,
soma os valores de todos os pontos transparentes ao longo de cada raio e
os seus projectos de valor médio. Produz imagens com bordas mais suaves
e menor contraste, mas pode ser útil ao tentar visualizar os objetos
contidos dentro de uma estrutura de maior luminosidade (por exemplo,
uma caveira).

Slice Intervalo é o intervalo, em pixels, entre as fatias que compõem o

volume. ImageJ o volume de projetos para o plano de visualização em
cada ângulo de rotação de incremento, começando com o volume girado
pelo ângulo inicial e final uma vez que o volume foi girado por rotação
total.

A Baixa e Alta Transparência Bound parâmetros determinam a

transparência das estruturas do volume. Cálculos de projeção
desconsiderar pontos com valores inferiores ao limiar inferior ou superior
ao limiar superior. Definir os limiares permite fazer os pontos de fundo
(aquelas que não pertencem a nenhuma estrutura) invisível. Definindo
limites apropriados, você pode descascar afastado as camadas conta única
e valores de intensidade uniforme e razoavelmente destaque (ou tornar
invisível) estruturas internas. Observe que você também pode usar o
Image> Adjust> Threshold para definir os limites da transparência.

Às vezes, a localização das estruturas no que diz respeito a outras

estruturas, em um volume não é clara. O parâmetro Opacity Surface
permite a exibição de combinações ponderada dos pontos de projeção
mais próxima com um dos outros dois métodos, muitas vezes dando ao
observador a capacidade de visualizar estruturas internas através de
superfícies translúcidas exterior. Para ativar esse recurso, defina Opacity
Surface para um valor maior que zero e selecione Valor médio ou
Brightest projeção Point.

sugestões de profundidade pode contribuir para a qualidade de três

dimensões de projeção de imagens, dando perspectivas às estruturas
projetadas. Os parâmetros de profundidade, cueing determinar se
projetado pontos originários perto do espectador parecem mais brilhantes,
enquanto pontos mais distantes são escurecidas de forma linear com a
distância. O trade-off para o realismo maior é que os pontos de dados
mostrado em uma imagem-cued profundidade já não possuem valores
precisos densitométrica. Dois tipos de profundidade cueing estão
disponíveis: superfície e profundidade Cueing Interior Profundidade
Cueing. Surface Profundidade Cueing funciona apenas no ponto mais
próximo e projeções do ponto mais próximo componente de outras
projeções com opacidade ligado. Interior Profundidade Cueing só
funciona em projeções mais brilhantes pontos. Para ambos os tipos,
profundidade cueing é desativado quando definido para zero (ou seja,
100% de intensidade de volta a 100% de intensidade na parte dianteira) e
está fixada em 0 quando n <100 (ou seja, (100-n)% de intensidade na
parte de trás com a intensidade de 100% na frente). Tendo independente
cueing profundidade para a superfície (ponto mais próximo) e interior
(ponto mais brilhante) permite a visualização de mais possibilidades.

Verifique Interpolar para gerar um temporário z-escalados pilha que é

usada para gerar as projeções. Z-scaling elimina as lacunas visto nas
projeções de volumes com uma fatia de espaçamento maior que 1.0 pixels.
Esta opção é equivalente a usar a escala plugin do TransformJ pacote de
escala a pilha na dimensão z, pela fatia espaço (em pixels). Esta opção é
ignorada se o espaçamento fatia é menor ou igual a 1.0 pixels.

Traçar perfil do eixo Z

Parcelas a seleção ROI valor médio de cinza versus o número da fatia.
Requer uma seleção.

Etiqueta
Adiciona uma seqüência de números (por exemplo, timestamps) e / ou um
rótulo para uma pilha, ou hyperstack virtual pilha. Os números são
desenhadas na cor de primeiro plano atual, que é definida usando o seletor
de cores (Image> Color> Color Picker). A localização XY inicial eo
tamanho da fonte são baseadas na seleção retangular existente, se houver.
Formato especifica a estrutura do timestamp / rótulo:

"0": os números Draw unpadded

"0000": os números são preenchidos com zeros à esquerda
"00:00": minutos Sorteio: timestamps segundo
"00:00:00": horas Draw: minuto: segundo timestamps
"Text": Desenhar apenas o conteúdo do campo de texto

Valor inicial e intervalo especifique primeiro o valor numérico eo passo a

ser aplicada. Slices fora do intervalo especificado não são afetados. Texto
é o rótulo a ser desenhado quando o formato é "Texto", ou a seqüência
estabelecida após cada número (antes se o formato é "0000"). Habilitar e
sobreposição Use os timestamps e / ou rótulos serão desenhadas em um
gráfico de sobreposição destrutiva não. Use os comandos no> submenu
sobreposição de imagens para ocultar, mostrar ou remover a sobreposição.

Combinar
Combina duas pilhas (w1xh1xd1 e w2xh2xd2) para criar um novo w1 +
w2 x max (H1, H2) x max (D1, D2) pilha. Por exemplo, um 256x256x40 e
256x256x30 pilha seriam combinadas para criar uma pilha de
512x256x40. Se Combine verticalmente é ativado, cria um novo máximo
(w1 + w2) x (h1 + h2) x max (D1, D2) pilha. Zonas não utilizadas na pilha
combinados são preenchidos com a cor de fundo.

Concatenar
Concatena duas pilhas de imagens ou que tenham a mesma largura, altura
e tipo de dados.

Iniciar animação
Anima a pilha ativa por várias vezes exibindo suas fatias (frames) em
seqüência. Use Stop Animation, ou clique com o mouse para parar. Abra a
caixa de diálogo Opções de Animação para especificar a velocidade da
animação. Mais do que uma pilha pode ser animado por vez. Como um
atalho, pressione a tecla de barra invertida ("\") para iniciar ou parar a
animação. No ImageJ 1.38 e depois, pressione ALT mais barra invertida
para abrir a caixa de diálogo Opções de Animação.

Stop Animation
 Finaliza animação da pilha ativa. Como um atalho, pressione a tecla de
barra invertida.

Opções de Animação ...

Use este diálogo para definir a velocidade da animação em quadros por
segundo, definir o quadro inicial e final (1,38 ou mais tarde), ou para
permitir "oscilante" de animação. No ImageJ 1,38 ou mais tarde, você
pode pressionar ALT backslash mais para exibir este diálogo.

Hyperstacks Submenu
Este sub-menu contém comandos que trabalham com hyperstacks, imagens que têm
quatro (4D) ou cinco (5D) dimensões. Isto é o que parece um hyperstack:

Pressione Shift-Z (Image> Hyperstacks> Channels) para abrir a "janela Channels" e

você será capaz de alternar entre os modos de exibição (composite, cor ou tons de
cinza) e ativar / desativar os canais.

Hyperstack Nova ...

Cria um novo hyperstack. Hyperstacks tem altura, largura, canais
(dimensão c), fatias (z dimensão) e prazos (dimensão t). Marque a opção
"Label Imagens" na caixa de diálogo eo número do canal, número de corte
e número do quadro serão sorteados em cada imagem na pilha.

Pilha para Hyperstack

Converte uma pilha em um hyperstack. pilhas RGB são convertidos em 3
hyperstacks canal.
A ordem é a ordem do canal (C), fatias (Z) e molduras (T) na pilha ImageJ
hyperstacks. Estão sempre em ordem CZT. Pilhas não no CZT ordem será
embaralhadas estar em ordem CZT. O canal Display Mode pode ser
composto, de cor ou tons de cinza.

Hyperstack de Stack
Converte um hyperstack em uma pilha.

Reduzir a dimensionalidade ...

Este comando reduz a dimensionalidade de um hyperstack criando um
novo hyperstack com, por exemplo, todos os canais e pontos de tempo em
uma determinada posição z ou z todas as fatias para o canal atual e tempo.

Canais n Desmarque para excluir todos, mas o canal atual, Fatias n apagar
todas, mas a fatia atual z e n Frames para apagar todos, mas o ponto no
tempo atual. As dimensões esperadas e tamanho reduzido da pilha são
exibidos na caixa de diálogo. Check Manter fonte ea pilha original não
será apagado.

Canais ...
Abre a janela "Channels" janela, ou leva-lo para a frente se ele já está
aberto. Shift-Z é o atalho do teclado para esse comando.
Colheita
Recorta a imagem ou uma pilha com base retangular seleção atual. Com ImageJ 1,38
ou mais tarde, você pode cortar pressionando shift-x.

Duplicado
Cria uma nova janela contendo uma cópia da imagem ativa ou seleção retangular.
Segure a tecla Alt para saltar a caixa de diálogo.

Escala ...
Redimensiona a imagem ou seleção horizontalmente e / ou verticalmente por fatores de
escala entrou em uma caixa de diálogo. Verifique Interpolar a escala utilizando uma
interpolação bilinear. Use inteiro fatores de escala (2, 3, 5, etc) para melhor olhar os
resultados, especialmente com gráficos e texto. Com fatores de escala inferior a 1,0,
alisando a origem da imagem antes de escalonamento pode produzir melhores
resultados procurando.

Traduzir ...
Traduz (movimentos) a imagem no direções X e Y por um número especificado de
pixels. Com pilhas, você pode traduzir qualquer imagem atual ou todas as imagens na
pilha. Marque a caixa Preview para ver como a tradução vai afetar a imagem. A fundo
nas bordas da imagem será ajustado para 0.
A Align RGB Planes e Slice plugins Align sobre Gabriel Landini da página de Software
são semelhantes, mas mais interactivo.

Rodar Submenu
Este sub-menu contém comandos que gire a imagem ativa ou pilha.

Flip Vertical
Vira a imagem ou a selecção de cabeça para baixo.

Flip Horizontal
Substitui a imagem ou a selecção com uma imagem espelhada da original.

Girar 90 Graus para a Direita

Gira a imagem inteira ou a pilha de relógio de 90 graus.

Girar 90 graus à esquerda

Gira toda a imagem da pilha ou anti-horário 90 graus.

Arbitrariamente ...
Use este diálogo para girar a imagem ativa ou seleção horário especificado
o número de graus. Set Grid Lines para um valor maior do que zero de
sobrepor uma grade na imagem no modo de visualização. Check
Interpolar usar interpolação bilinear. Com 8 bits e RGB imagens, verifique
Preencher com cor de fundo para preencher com a cor backgound em vez
de zero. Dê um duplo clique na ferramenta conta-gotas para definir ou ver
a cor de fundo. Check Aumentar a Fit resultado ea imagem será ampliada
se necessário para evitar clipping.

Zoom Submenu
Este sub-menu contém comandos que controlam como a imagem actual é exibida. O
"+" e "-" as chaves são a forma preferida de usar o In e Out comandos.

Em
Amplia a ampliação de nível superior que vem e, se possível, amplia a
janela. Use a tecla "+" como um atalho. Mantenha a tecla shift para
impedir que a janela de ser alargada. Mantenha a barra de espaço e arraste
para rolar o zoom imagem. Dê um duplo clique na ferramenta lupa para
reverter para a ampliação usada quando a imagem foi aberto pela primeira
vez. Existem 21 níveis possíveis (como mostrado na barra de título): 3.1,
4.2, 6.3, 8.3, 12.5, 16.7, 25, 33,3 , 50, 75, 100, 150, 200, 300, 400, 600,
800, 1200, 1600, 2400 e 3200 por cento.

Fora
Reduz a ampliação de nível inferior seguinte e, se necessário, reduz a
janela. Use a tecla "-" como um atalho.

Exibir 100%
Mostra a imagem com 100% de ampliação (1 pixel = 1 pixel da imagem na
tela). Enable "Abrir imagens a 100%" nas Opções> Editar> Aspecto de
diálogo para que as imagens automaticamente abertos com 100% de
ampliação.

Escala Original
Exibe a imagem na ampliação usada quando a imagem foi aberto pela
primeira vez. Como um atalho duplo clique na ferramenta lupa.

Para Seleção
Amplia a base da seleção atual.

Overlay Submenu (v1.43 e posteriores)

Este sub-menu contém comandos para criar e trabalhar com imagem não-destrutivo
sobreposições. Um revestimento consiste em uma ou mais seleções. 'Prima' b (Add
Selection) para adicionar a seleção atual para a sobreposição. Pressione Shift-F
(Flatten) para criar uma imagem RGB com a sobreposição incorporado. A
sobreposição é preservado quando uma imagem é salva no formato TIFF.

Adicionar selecção ...

Adiciona a seleção atual para a sobreposição. Uma caixa de diálogo é
exibida que permite que o acidente vascular cerebral (linha) de cor, a
largura do curso e preencher a cor a ser definido. Exceto para as seleções
de texto, a cor do traço e largura são ignoradas se uma cor de
preenchimento é especificado. Cores são especificadas usando o nome de
uma das oito cores primárias (por exemplo, "vermelho", "verde", "negro")
ou usando a notação hexadecimal (por exemplo, "# ff0000", "# 00FF00",
"# 000000") . opacas cores não pode ser especificado utilizando a notação
 dígitos hexadecimais-8, onde os dois primeiros dígitos especificar o valor
alfa, por exemplo "# 800000ff" (50% azul) e "# 40000000" (25% preto).

Add Image ...

Adiciona uma imagem ao overaly.

Ocultar Overlay
Causas ImageJ para parar de exibir a sobreposição.

Show Overlay
Apresenta uma sobreposição que estava escondido por Hide Overlay.

De Manager ROI
Cria uma sobreposição das seleções na lista Manager ROI.

Para Manager ROI

Cópias das seleções e imagens na cobertura atual para o gestor de ROI,
onde eles podem ser editados (movidas, redimensionadas ou re-coloridos).

Remover Overlay
Permanentemente limpa a sobreposição de modo que não podem ser
restaurados usando Show Overlay.

Achatar
Cria uma nova imagem RGB que tem o overay processados como dados
de pixel. A imagem RGB é do mesmo tamanho que a imagem ativa, ao
contrário Plugins> Utilities> Image Grab, que cria um WYSIWYG
(What You See Is What You Get), imagem que é do mesmo tamanho da
janela.

Lookup Tables
Este submenu contém uma seleção de tabelas de referência de cores que podem ser
aplicados a imagens em tons de cinza para produzir cores falsas imagens. Se nenhuma
imagem é aberta, uma imagem de 256x32 rampa é criado para exibir a tabela de cores.
Mais de 100 tabelas de pesquisa adicionais estão disponíveis em rsb.info.nih.gov / ij /
download / LUTS / . Eles também estão disponíveis como um arquivo ZIP em
rsb.info.nih.gov / ij / download / LUTS / luts.zip

Inverter LUT
Inverte a tabela de pesquisa atual. Para imagens de 8 bits, o valor (v) de
cada entrada na tabela passa a ter 255-v. Com LUTs invertido, pixels com
um valor de zero são brancos e pixels com um valor de 255 são negros. Ao
contrário do> comando Inverter Edit, os valores de pixels não são
alterados, apenas o modo como a imagem é exibida na tela.

Apply LUT
Aplica-se o quadro atual função de pesquisa para cada pixel da imagem ou
seleção e restaura a função identidade padrão. Isso modifica os valores de
cinza de forma que quando a imagem é visualizada usando o padrão da
tabela de pesquisa em escala de cinza que vai ter a mesma aparência que
tinha antes. Este comando é equivalente a clicar em "Apply" em Image>
Adjust> Brightness / Contrast. Para imagens limiarizadas, é equivalente a
clicar em "Apply" em Image> Adjust> Threshold.
top | home | conteúdo | anterior | próxima
home | conteúdo | anterior | próxima

Process Menu
Liso
Aguçar
Arestas
Achar Maxima
Realçar o contraste
> Noise
Shadows>
Binary>
> Matemática
FFT>
Os filtros>
Image Calculator ...
Subtrair fundo ...
Repetir comando

Liso
Borra a imagem ativa ou seleção. O filtro substitui cada pixel à média da sua
vizinhança 3x3.

Aguçar
Aumenta o contraste acentua e detalhe na imagem ou seleção, mas também pode
acentuar o ruído. Este filtro usa os fatores de peso abaixo para substituir a cada pixels
com uma média ponderada de bairro 3x3.
-1 -1 -1
-1 12 -1
-1 -1 -1

Arestas
Utilização de um detector de borda Sobel destacar mudanças bruscas de intensidade da
imagem activa ou seleção. Dois 3x3 kernels convolução (show abaixo) são usados para
gerar seus derivados vertical e horizontal. A imagem final é produzido pela combinação
dos dois instrumentos derivados com o raiz quadrada da soma das praças.
1 2 0 1 um -1
2 0 0 0 0 -2
-1 -2 -1 1 -1 0

Pesquisar Maxima ...

Determina a máximos locais em uma imagem e cria uma imagem (máscara-like) binário
com o mesmo tamanho com a maxima, ou uma partícula por segmentado máximo,
marcado. No caso de imagens RGB maxima de luminância são selecionados, com a
luminosidade definidos ponderado ou média não ponderada de cores dependendo do
Editar> Opções de conversões> Configurações. Esse comando é baseada em um
plugin por Michael contribuiu Schmid.
Uma caixa diálogo é exibida com as seguintes opções:

"Noise Tolerance" - Máxima serão ignorados se eles não aparecem no ambiente

por mais do que isso (valor calibrado de unidades imagens calibradas). Em outras
palavras, de um limiar está fixado no máximo valor deduzido de tolerância de
ruído e à região contígua cerca máximo acima do limiar é analisado. Por aceitar
um máximo, neste domínio não deve conter nenhum ponto com um valor
superior ao que o máximo. Somente um máximo nessa zona é aceite.
"Tipo de saída" pode ser:
"Pontos Single" - os resultados em um único ponto máximo por
"Maxima dentro da tolerância" - todos pontos no "Ruído Tolerância",
para cada uma o máximo
De "Partículas Segmented» - Parte do princípio de que cada pertence a
um máximo de partículas e segmentos da imagem de watershed aplicada
aos valores da imagem (ao contrário do processo> binário> Microbacia,
que usa a distância euclidiana mapa).
"Display seleção Point" - Apresenta uma selecção multi-ponto com ponto
de máxima em cada
"Contagem" - Mostra o número de máximos no janela Resultados
"Excluir Maxima Edge» - Exclui maxima se a área dentro de tolerância sonora
torno de um máximo toca à beira de imagem (beira de seleção não matéria).
Luz Verificar se o plano de fundo imagem é mais brilhante que os objectos que
pretende constatar, como é à imagem Colony células da ilustração acima.
Acima de franquia "- (Esta opção aparece apenas em imagens limiarizadas).
Maxima Localiza acima do limite inferior apenas. Dos limiares máximos da
imagem é ignorado. Caso "Segmentada Particles" está selecionado como "A
saída Tipo" a área abaixo o limiar mais baixo é considerado como um fundo.

Saída é uma imagem de binário, com plano de fundo e 255 0, usando uma ou normal
dependendo LUT invertida na "Black fundo" na opção> Processo Binary> Opções. O
número de partículas (obtido pelo "Analyze" partículas) na imagem de saída não
depende do "tipo de saída" seleccionada. Observe que "Partículas segmentados"
resultará geralmente em partículas tocando a borda se "Excluir Borda Maxima é
marcada. "Excluir Edge Maxima" aplica-se ao máximo, não da partícula.

Achar Maxima não trabalhar na stacks mas a FindStackMaxima macro executa-lo em

todos as imagens em um pilha e crie uma pilha segunda contém as imagens output. O
FindMaximaRoiManager demonstrar como adicionar as partículas encontrado
Procurar macro Maxima ao gestor ROI.

Realce Contrast
Melhora o contraste da imagem usando o histograma ou alongamento equalização do
histograma. Ambos os métodos são descritos detalhadamente no Hypermedia Image
Processing Reference . Olhe para cima "valorização" do índice . este comando não
alterar os valores pixel enquanto igualar ou normalizar Histograma não são
verificadas.

O valor saturada Pixels determina o número de pixels da imagem que têm permissão
para tornar-se saturado. Aumentando este valor vai aumentar contraste. Este valor
devem ser superiores a zero para evitar um pixel distantes poucos causando o
estiramento do histograma não funcionar como previsto.

Verifique Normalize e ImageJ vai recalcular o valor dos pixels da imagem para o
intervalo é igual ao alcance máximo do tipo de dados ou de imagens de 0-1,0 float. O
alcance máximo é de 0-255 imagens de 8 bits e 0-65535 de imagens de 16 bits. Note-se
que a normalização das imagens não é suportado RGB.

Check Equalize Histograma para reforçar a imagem utilizando equalização de

histogramas. Criar uma selecção ea equalização será baseada no histograma da
selecção. Utiliza um algoritmo modificado que leva a raiz quadrada de valores do
histograma. Segure a tecla Alt pressionada para usar o Algoritmo de compensação
histograma normal. O "saturados Pixels" e "normalizar" parâmetros são ignorados
quando Equalize Histograma está marcado. O código de compensação foi contribuído
por Richard Kirk.

Submenu Noise
Use os comandos no submenu adicionar este ruído de imagens ou removê-lo. De
recursos mais avançados, verifique os Meijering do pacote Erik RandomJ (binomial,
exponencial, gama, gaussiana, Poisson e uniformes) em
www.imagescience.org/meijering/software/randomj/ .

Adicionar Noise
Adiciona o ruído aleatório ou a imagem de seleção. O barulho é gaussiana
 (normalmente) distribuídos com uma média de zero e desvio padrão dos
25.

Adicionar mais barulho

Acrescenta ruído Gaussiano com média de zero e desvios padrão de 75.

O sal ea pimenta
Adiciona o sal ea pimenta de ruído à imagem e seleção por acaso substituir
2,5% dos pixels com pixels pretos e 2,5% em pixels brancos. Observação:
Esse comando só funciona com imagens de 8 bits.

Despeckle
Esta é uma de filtro da mediana. Ele substitui cada um pixel com o valor
médio em seu bairro x 3 3. Este é uma operação demorada porque, por
cada pixel na seleção, os nove em pixels da vizinhança 3x3 deve ser
classificado ea pixel centro substituídas com o valor médio ( o fifth). os
filtros mediano bom o sal em remoção e ruídos pimenta.

Remover Outliers
Substitui um pixel da mediana da pixels no entorno se afasta da média em
mais de um certo valor (limiar),. Úteis para corrigir, eg, hot pixels ou pixels
morto de um CCD imagem.

Radius determina a área usada para o cálculo da mediana (uncalibrated, ou

seja, em pixels). Consulte Process> Filtros> Mostrar Circular Masks ver
quão raio traduz-se em uma área. Threshold determinantes por quanto o
pixel tem de divergir do mediano para obter substituído em bruto
(uncalibrated) unidades. Qual Outliers pixels determina se mais claro ou
mais escuro do que o circundante (da média) deve ser substituído.

Shadows Submenu
Comandos neste submenu produzir efeito de sombra, a luz que parece vir de um
sentido que corresponde ao nome o comando. Os comandos de utilização
Convolve3x3, da função de convolução ImageJ 3x3. Dois dos kernels de convolução
são mostrados na ilustração. Shadows Demo usa todos os oito núcleos que demonstram
a velocidade de Convolve3x3.

Binário Submenu
Este submenu contém comandos que criar ou processar binária (branco e preto)
imagens. Supõem que os objetos são em preto e fundo branco é menos "fundo preto" é
verificada no> Process Binary> Opções caixa de diálogo.

Make Binary
Converte uma imagem em preto e branco. A nível de limiar é determinada
através da análise das histograma da seleção atual, ou de toda a imagem se
não houver seleção. Algoritmo usado para o cálculo do limiar é descrita no
FAQ . Se um limiar foi definido usando a> Ajuste de Imagem>
instrumento Threshold uma janela aparece que permite especificar qual
pixels são fixados à cor de fundo e quais as cores de primeiro plano, e se o
plano de fundo é preto eo plano é branca.

Com pilhas, em todas as imagens de pilha são convertidos em binário

usando o limite calculada da fatia exibido atualmente. Uso do
ConvertStackToBinary macro para converter uma pilha para binária
calculados usando os limiares localmente. The MakeSliceBinary macro
converte o pilha atual fatia de avanços e binário para o próximo quando
você pressiona uma chave.

Converta para Mask

Converte a imagem para preto e branco conforme as definições limite
corrente (se estiver definido) ou em um limiar calculadas mediante a
análise do histograma. O máscara vai ter uma inversão LUT (branco e
preto é de 0 é 255), salvo Black fundo "é verificada em> Process Binary>
Opções diálogo caixa.

Corroer
Remove os pixels das bordas dos objetos negros. Use Processos> Filtros>
mínimo para fazer a erosão em escala de cinza.

Dilatar
Acrescenta pixels de bordas de objetos negros. Usar Process> Filtros>
máximo para a dilatação do grayscale.

Aberto
Executa uma operação erosão seguidos por dilatação. Este objetos suaviza
e elimina pixels isolado.

Fechar
Executa uma operação de dilatação seguida de erosão. Isto objetos suaviza
e preenche pequenos buracos.

Opções ...
Exibe uma caixa de diálogo que permite várias definições utilizadas por
comandos no submenu binária a ser alterada.
Iterações indica o número de vezes a erosão, a dilatação de abertura e
fechamento são realizados.

Count Especifica o número dos pixels de fundo junto necessário antes que
uma pixel é retirado da borda de um objeto durante a erosão e os número
de pixels de primeiro plano adjacente necessário antes que uma pixel é
adicionado à borda de um objeto durante a dilatação.

Verifique fundo Preto se a imagem tem objectos a branco sobre fundo

negro. Plugins pode definir essa opção utilizando

Prefs.blackBackground = b;

ea macros pode definir usando ele

SetOption (fundo preto ", b);

onde b é "verdadeira" ou "falsas".

Caso arestas Pad erosão quando estiver marcada, Processo> binário>

Erode não desgastar das bordas das imagens. Essa configuração também
afeta> Processo Binary> Close que corrói das arestas menos que esta
opção está marcada.

saída EDM determina a tipo de saída para o> Processo Binário>

Distância do Mapa, Pontos Ultimate e comandos Voronoi. Configurá-lo
para "substituir" para saída de 8 bits que substitui a imagem de entrada; "8
bits", "16 bits" ou "32 bits" de imagens de saída em separado. Saída de 32
bits tem de ponto flutuante (subpixel) distância de resolução.

Contorno
Gera um contorno um pixel de largura dos objetos em uma imagem
binárias.

Esboçar
Remove pixels repetidamente das bordas do objeto em uma imagem
binária até serem reduzidos a único pixel esqueleto inteiro.

Distância Mapa
Gera um mapa euclidiano de distância (EDM). Cada pixel no plano
imagem binária é substituído com um valor de cinza igual a distância do
pixel do fundo do pixel mais próximo.

Ultimate Points
Gera os pontos erodidos final (UEPS) das EDM. Requer uma imagem
binária como entrada. O UEPS representam os centros de partículas que
 seriam separados por segmento. Cinza de UEP O valor é igual ao do raio
do círculo inscrito de partícula correspondente.

Bacia hidrográfica
segmentação Watershed é uma maneira de automaticamente a separação
ou corte além partículas que toque. É primeira calcula a distância
euclidiana mapa (EDM) e considera a erosão pontos finais (Ueps). Em
seguida, ele se dilata cada uma das UEPS (picos máximos locais ou da
EDM), na medida do possível - ou até a borda de uma partícula for
atingido, ou na borda da região de outrem (crescente) UEP segmentação
Watershed. Melhores trabalhos para lisa objetos convexos que não
sobreposição muito.

Ativar depuração em Edit> Options> Misc eo comando Microbacia irá

criar uma animação que mostra os trabalhos de watershed. Um exemplo é
disponível.

Voronoi
Splits imagem por linhas de pontos que possuem igual distância das
fronteiras dos dois mais próxima partículas. Assim, as células Voronoi de
cada partícula contém os pontos que ficam mais próximas a esta partícula
do que qualquer das partículas outra. No caso das partículas ser ponto
único, este é um mosaico Voronoi (também conhecidos como mosaico
Dirichlet).

Na produção o valor no interior das células Voronoi é zero, os valores de

pixel das fronteiras entre as células é igual à distância para os dois mais
próxima de partículas. Trata-se semelhante a um transformá eixo medial
do fundo mas não há linhas nos furos interior das partículas. Escolha do
tipo de saída ("Substituir", "8 bits", 16-bit "ou" 32-bit ") nos> Processo
Binary> Opções caixa de diálogo.

Math Submenu
Os comandos neste submenu add (subtração, multiplicação, etc) uma constante em
cada pixel na imagem ativa ou seleção. Quando o valor do resultado transborda /
underflows o intervalo legal de dados tipo imagem da o valor é redefinido para o valor
máximo / Valor mínimo. Com pilhas, a "Processo de pilha? De diálogo" é exibida. Esta
janela tem Sim (todo o processo da pilha), No processo atual de imagens () e botões
Cancel.

Adicione ...
Adiciona um constantemente à imagem e seleção. Com-bit images 8,
resultado superior a 255 constam a 255. Com 16 bits com imagem,
melhores resultados do que 65.535 estão definidas para 65.535.

Subtrair ...
Subtrai uma constante a partir da imagem ou seleção. Com 8-bit e-bit
imagens 16, resultado inferior a 0 constam a 0.

Multiply ...
Multiplica imagem ou seleção constante especificada real. With-bit
imagens 8 de resultados maior que 255 estão definidos para 255. Com
16-bit imagens, valores superiores a 65535 são definidas para 65.535.

Divide ...
Se divide da imagem ou seleção a constante especificada real. Exceto de
32 bits-(bóia) imagens, as tentativas de dividi por zero são ignorados. Com
imagens de 32 bits, a divisão por zero em qualquer resultado NaN (0 / 0)
ou Infinity.

AND ...
Faz um bitwise e da imagem eo constante especificado binário.

OR ...
Que um bitwise OR da imagem ea constante binário especificado.

XOR ...
Faz um bitwise XOR da imagem e da constante especificado binária.

Min ...
Pixels na imagem com um valor inferior ao constante especificados
passam a ter a constante.

Max ...
Pixels da imagem com um valor superior ao constante especificada sejam
substituídas pelas constantes.

Gama ...
Aplica a função f p () = (p/255) gamma ^ * 255 a cada pixel (P) nas
imagens ou de seleção, quando 0.1 <<gamma = 5.0. No caso de imagens
RGB, a função é aplicada a todas as três canais de cor. De imagens 16 bits,
o min imagem e Max são utilizadas para escalar invés de 255.

Definir ...
Preenche a imagem ou seleção com o valor especificado.

Entrar ...
For-bit imagens 8 º, aplica-se da função f (p) = log (p) 255/log * (255) a
cada pixel (p) na imagem ou a selecção. No caso de imagens RGB, esta
função for aplicada a todas as três canais cor. Por imagens de 16 bits, o
min imagem e Max são utilizados para dimensionamento de 255 instead.
Por imagens flutuar, nenhuma escala é feito. A calcular log10 da imagem,
 multiplique os resultados dessa operação 0,4343 (1/log (10).

Recíproco
Gera a reciprocidade de a imagem ativa ou seleção. Só funciona com
imagens float de 32 bits.

NaN Antecedentes
não limiarizadas pixels Define em pouco imagens float-32 o valor NaN
(Não é um número de valor). Para imagens float, "Aplicar" na opção de
Imagem> Ajustar Threshold executa este comando. Pixels com um valor
de Float.NaN (0f / 0f), Float.POSITIVE_INFINITY 1f/0f ()
Float.NEGATIVE_INFINITY ou (-1f/0f) são ignorados quando efectuar
medições sobre as imagens float-bit 32.

Abs
Gera o valor absoluto da imagem ativa ou seleção. Só funciona com as
imagens float de 32 bits.

Macro (avaliador de expressão)

Esse comando executa a aritmética imagem usando uma expressão
especificada usuário. Ela pode ser usada para criar imagens totalmente
sintética ou realizar manipulações precisas pixel em imagens existentes ou
pilhas. O MathMacroDemo macro, escrita por Tiago Ferreira, demonstrar
como utilizá-lo.

Submenu FFT
Os comandos neste domínio submenu visualização de freqüência de apoio, de edição e
processamento. Baseiam-se uma implementação do Fast 2D Hartley Transform (TAF)
contribuíram por Arlo reeves, o autor da ImageFFT derivado do NIH Image. em 3D
Por ESF, check-out Bob Dougherty's Fast em 3D Hartley Transform plugin.

FFT
Calcula a transformada de Fourier e exibe o espectro de potência. A
imagem no domínio da freqüência são armazenados como float de 32
bits-ESF anexado ao de imagem 8 bits que exibe o espectro de potência.
Comandos neste submenu, como inversa FFT, operar no ESF-32 bits não
no bit do espectro de potência-8. ImageJ Todas as outras comandos apenas
"ver" do espectro de energia.

Se o rato está sobre um domínio da freqüência ativa (FFT) de janelas, sua

localização é exibida no polares coordena. O ângulo é expresso em graus,
enquanto o raio se expressa em pixels por ciclo do (a / c p),. O raio está
expressa no [unidades] por ciclos (ex. milímetro / c) Se a balança espacial
da imagem foi definida usando Analise> Escala de Ajuste. With v1.39b ou
mais tarde, a polar de coordenadas ponto seleções são registradas por
analisar Medida>. Uma exemplo é disponível.
Inversa FFT
Calcula o inverse Fourier transformação. Você pode filtrar ou manchas
máscara no domínio transformada freqüência (imagem) e fazer uma
transformação inversa de produzir uma imagem que contém apenas as
freqüências selecionadas ou que suprime as freqüências selecionadas. Use
ImageJ's ferramentas de seleção e preenchimento claro commands / de
chamar preto ou branco as áreas que porções da máscara da imagem
transformada. Black áreas (valor do pixel = 0) causa as freqüências
correspondentes ao ser filtrado (removido) eo áreas brancas (o valor pixel
= 255) causa as freqüências correspondentes ao ser aprovada. Não é,
contudo, possível e passar o filtro durante o inverso mesma transformação.

Observe que as áreas a ser filtrado à imagem de domínio de frequência

deve ser zero preenchido e áreas a serem passada deve ser preenchida com
255. Você pode varify que este é o caso, movendo o cursor sobre a área
preenchida e observando que os valores exibidos na barra de status ou são
0 or 255.

O exemplo ilustra como a criação de máscaras eliminar ou passar as

freqüências baixas de um imagem.

Com seleções centro-off, o espaço a mesma frequência aparece duas vezes

no espectro de energia em pontos opostos do centro da cidade. Com a
ImageJ 1.41k eo depois, é suficiente para carga / claras apenas um destes.
No exemplo a seguir (cortesia de Arlo REEVES) o selecções limpo da
metade superior de espectro de potência foram automaticamente
espelhado à metade inferior, como mostrado no espectro de potência da
imagem filtrada.

A imagem usada neste exemplo é disponíveis rsb.info.nih.gov / ij / images

abe.tif / . Existe igualmente um exemplo a mostra como eliminar o ruído
de imagens geradas por microscópio confocal scanning laser.

Redisplay Poder Spectrum

Recalcula o espectro de potência a partir da imagem de domínio
freqüência (-ESF 32 bits). Comando Este permite-lhe começar de novo se
você asneira ao editar a pouco o espectro de energia de imagem 8.
Opções FFT ...
Exibe a caixa de Opções FFT diálogo.

Visor - Estas são caixas que especificar qual (s image) criados pelo
comando FFT:
FFT janela é a saída padrão. É constituída por uma imagem
de 8 bits do espectro de energia e dados reais, o que
permanece invisível do usuário. Do espectro de potência da
imagem é exibida com escala logarítmica, o reforço da
visibilidade dos componentes que são visíveis fracamente. Os
dados atuais são utilizados para o comando de FFT inversa.
Spectrum Raw Power é do espectro de potência sem escala
logarítmica.
Hartley Transform Fast é o formato interno usado pelo
comando que está baseada numa transformação Hartley em
vez de Fourier transform.
Complexo Fourier Transform é uma pilha de duas fatias de
partes reais e imaginárias da TFA.
Verifique Do Forward transformação e da imagem atual é
transformado imediatamente quando fechar a FFT diálogo Opções.

Bandpass filtro ..
Esta é construído em versão de Joachim Walter Filter FFT plugin. Elimina
elevado freqüências espaciais (o embaçamento da imagem), e baixas
freqüências espacial (semelhante à subtraindo uma imagem desfocada).
Também pode suprimir ou riscas verticais horizontal que foram criados
fazendo a varredura de uma linha de imagem line.

Filter grandes estruturas até - Smooth variações da imagem com

tamanhos típicos ou escuras manchas brilhantes maior do que este
 valor são suprimidas (ao fundo).

Filtro de pequenas estruturas até - Determina a quantidade de

suavização. Objetos na imagem menor do que este tamanho são
fortemente attanuated. Note que estes valores são a metade das
freqüências espaciais da corte real. Do corte é muito macio, assim o
será perceptível bandpass atenuar ainda freqüências espaciais no
centro da bandpass salvo se a diferença de dois valores é grande
(digo, mais de um factor de 5 ou mais).

Reprimir Stripes - Escolha se pretende eliminar e vertical listras

horizontais. Removal de listras horizontais é similar à subtracção a
imagem que só é turva em direção horizontal da origem.

Tolerância de Direção - Isto é para a Repressão Stripes; valor

superior listras mais curtas e remover / ou listras que estiver
executando sob um ângulo com relação à horizontal (verticais)
direção.

Autoscale após filtragem coloca a baixa intensidade de 0 e maior

intensidade de 255, preservando todas as intensidades.

Saturate permite algumas intensidades entrar saturação e produz um

contraste visual melhores. Saturate tem apenas um efeito quando
Autoscale está habilitado.

Display Filter mostra o filtro gerado. Note que este Undo desativa a
operação de filtro na imagem original.

O filtro passa-banda utiliza um algoritmo especial para reduzir os artefatos

borda (antes da transformada de Fourier, é estendida a imagem no
tamanho espelhado anexando cópias de partes da imagem fora da imagem
original, assim não pula ocorrer em bordas).

Filtro Personalizado ..
Esse comando espaço de Fourier não filtragem dos activos usando uma
imagem fornecida pelo usuário como o filtro. Este comando não Fourier o
espaço de filtragem da imagem ativa usando uma imagem fornecida pelo
usuário como o filtro. Esta imagem será convertido em 8 pedaços. Por
pixels que têm um valor de 0, o espaço freqüências correspondentes serão
bloqueados. Pixel de 255 com valores devem ser utilizados para a
passagem do Território respectivas freqüências sem atenuação. Note que a
do filtro deve ser simétrico em relação à inversão do centro: Pontos que
estão em frente do centro (definidos como x = largura / 2, y = altura / 2)
deve ter o mesmo valor. Caso contrário, os artefatos pode ocorrer.

Por alguns exemplos ver a FFTCustomFilterDemo e FFTRemoveStreaks as

macros.

DF Matemática ..
Esse comando correlatos, convolves deconvolves ou duas imagens. Faz
isso por converter as imagens ao domínio da freqüência, multiplicação
desempenho conjugado, multiplicação e divisão, então converter o
resultado voltar para o domínio espacial. Essas três operações no domínio
da freqüência são equivalentes aos de correspondência a convolução e
deconvolução do domínio espaciais. Consulte a DeconvolutionDemo e
MotionBlurRemoval macros por um exemplos.
Submenu Filters
Este submenu de filtros contem diversas e filtro plug-in que não foi instalado pelo
Utilitários> Plug-ins> Install comando plugin. Obter mais informações, consulte a
imagem Hipermídia de processamento de Referência em http://www.dai.ed.ac.uk
/HIPR2/ . Clique no índice e procurar a convolução keywords, Gauss, com mediana de
dizer, corroer, se dilatam e unsharp.

Convolve ...
A convolução espacial usando um kernel entrou em uma área de texto. O
kernel é uma matriz cujo centro corresponde à fonte pixel e demais
elementos correspondem a pixels vizinhos. Os pixels de destino é
calculada multiplicando a cada fonte de pixel por seu kernel
correspondente do coeficiente e acrescentando os resultados. Se
necessário, imagem de entrada é efetivamente prorrogado por duplicar
pixels borda fora. Não há limite arbitrário do tamanho do kernel mas deve
ser quadrada e ter uma largura ímpar.

Filas em área de texto deve todos temos o mesmo número de coeficientes,

a linha deve ser terminada com um retorno do carro e os coeficientes
devem ser separados por um ou mais espaços. Kernels posso ser colado
dentro da área de texto usando o atalho ctrl + V. Verificação Normalizar
Kernel faz cada coeficiente deve ser dividido pelo somatório dos
coeficientes preservando o brilho de imagem.

O kernel é mostrado de 9 x 9 chapéu mexicano ", o que faz tanto

alisamento e borda detecção em uma operação. Note que o miolo pode ser
salvo como um arquivo texto clicando no botão "Salvar", exibido como
uma imagem usando File> Import> texto da imagem, dimensionados para
um tamanho razoável usando Image> Ajustar> Tamanho e plotados
usando Analise> Superfície do lote.

O ConvolutionDemo macro demonstra como usar esse comando em uma

macro.

Gaussian Blur ...

Este filtro usa convolução com uma função Gaussiana de nivelamento.
Sigma é o raio de decomposição a exp (-0,5) ~ de 61% isto é, o sigma
desvio padrão da gaussiana (este é o mesmo no Photoshop, mas é diferente
das versões anteriores do ImageJ, quando um valor 2,5 vezes mais do que
tinha de ser digitado.
 Como todas as operações de convolução ImageJ, ele assume que-de-pixels
da imagem a ter um valor igual à borda pixel mais próximo. Isso dá mais
peso à beira pixels pixels que dentro da imagem, e peso superior ao canto
pixels que pixels da esquina não a borda. Por isso, quando nivelamento
com alta blur muito rádio, o resultado será dominada pelos pixels de borda
e especialmente o canto pixels (no caso extremo, com um borrão de rádio
por exemplo 1e20 o imagem será raplaced pela média dos quatro cantos
pixels).

Por velocidades aumentaram, exceto blur pequenos raios, das linhas

(linhas ou colunas das imagens) estão downscaled antes de convolução e
aprimoradas para seu comprimento original depois.

Mediano ...
Reduz o ruído na imagem activa através da substituição de cada pixel com
o valor mediano de valores pixel vizinha.

Quer dizer ...

Suaviza a imagem corrente através da substituição de cada pixel com os
países vizinhos dizer. O tamanho da vizinhança é especificado digitando
seu raio de uma janela.

Mínima ...
Este filtro não erosão grayscale pela substituição de cada pixel da imagem
com o menor valor de pixel nesse bairro pixel.

Máxima ...
O filtro faz dilatação grayscale pela substituição de cada pixel da imagem
com o valor maior que o pixel no bairro pixel.

Unsharp Mask "...

máscara Unsharp subtrai uma cópia borrada da imagem e redimensiona a
imagem de obter o mesmo contraste de grandes dimensões (de baixa
freqüência) como estruturas da imagem de entrada. Esta é equivalente a
adicionar uma imagem de alta passar filtrado e assim aumenta a imagem.
Radius é o Desvio padrão (blur raio) da Gaussian blur seja subtraída.
Máscara de peso determina o poder de filtração, qual máscara de peso = 1
seria um Peso infinito da alta-pass imagem filtrada que for adicionado.

Variância ...
Heighlights arestas da imagem substituindo cada pixel com a variação de
vizinhança.

Máscaras Show Circular

Contendo gera uma pilha exemplos das máscaras circular usada pelo
medianas, médias, mínimos, máximos e filtros de Variância para vários
tamanhos de vizinhança.

Calculadora de imagem ...

Executa operações aritméticas e lógica entre duas imagens selecionadas a partir de
menus pop-up. Image1 ou ambos Imagem1 Imagem2 e pode ser pilhas. Caso ambos são
pilhas, devem ter o mesmo número de fatias. Image1 e Imagem2 devem ser o tipo de
dados mesmo, mas eles não tem que ser do mesmo tamanho.
Você pode selecionar um dos 12 agentes da Operação: menu. Verificar Criar Nova
Janela e uma nova imagem pilha ou vai ser criado para manter os resultados. De outra
forma, resulta da exploração substitui alguns ou todos Image1. Veja ", resultado pouco
32" e da fonte de imagens serão convertidos em 32 bits perante a ponto flutuante
especificado operação é realizada.

Com 32 bits (float) imagens pixels resultante da divisão por zero são definidas até o
infinito, ou NaN (Nem um Number), se um pixel é dividido nula por zero. O divisão
por zero o valor pode ser redefinido em Editar> Opções> Misc.

Acrescentar = img1 img1 + img2

Subtrair -img1 img1 = img2

Multiplicar img1 img1 = img2 *

Dividir img1 = img1/img2

AND img1 img1 E = img2

OR img1 = img1 OR img2

XOR img1 img1 XOR = img2

Min img1 = min (img1, img2)

Max img1 = max (img1, img2)

Médio img1 = (img1 + img2) / 2

Diferença img1 = |-img1 img2 |

Copiar img1 img2 =

Nesses exemplos da fonte e destino têm invertida LUTs modo zero pixels são brancas.
Operações sobre imagens com LUTs não invertido, e imagens RGB, não irá produzir os
mesmo resultados.
Subtrair fundo ...
Remove bom fundo contínuo do gel e outras imagens. Com base na bola rolar
"algoritmo descrito em Sternberg artigo Stanley, Biomédicos Image Processing", IEEE
computador, Janeiro de 1983. Imagine uma superfície 3D com os valores de pixel da
imagem é o da altura, uma bola rolando sobre o lado de trás da da superfície cria o
fundo. O algoritmo atual (já v1.39f) usa uma aproximação de um parabolóide de
rotação de vez uma bola.

O Rolling Ball Raio é o raio de curvatura da parabolóide. Em regra, de 8 bits ou

imagens RGB deve ser no mínimo tão grande como o raio do maior objeto da imagem
não faz parte de plano de fundo. Maiores valores também irá funcionar se o fundo da
imagem for muito desigual. De 16-bit e 32-bit imagens pixel com valor diferente de
intervalos 0-255, o raio deverão ser inversamente proporcionais ao intervalo de valores
pixel. Para exemplo Valores típicos do rádio estão ao redor de 0,2 5 para 16-bit
imagens ( 0-65535 valores de pixels).

A luz de fundo opção possibilita o processamento de imagens com fundo luminoso e

objetos escuras.

Com essa opção Background Create, a saída não é a imagem com o fundo subtraído
mas o próprio fundo. Esta opção é util para analisar a fundo criado (juntamente com a
opção Preview). Criar fundo pode também ser utilizado para subtração fundo
algoritmos personalizado onde a imagem é repetido e filtradas (p.ex. removendo
"buracos" ao fundo) antes de criar o fundo e finalmente, subtraindo-lo com o
Processo> Image Calculator.

De cálculo o fundo (rolamento da bola "), as imagens são filtradas máximo (3x3 pixels)
para retirar outliers como pó e depois alisada a redução do ruído (média de 3x3
pixels),. Desabilitar Com suavização, os dados da imagem são utilizados sem
modificações de criação do fundo. Marque esta opção para se certificar de que os
dados de imagem após a dedução não será inferior ao fundo.
 Repita o comando
Reprises o comando anteriores. Os comandos Desfazer e Open são ignoradas. De um
atalho, tipo R-shift.

alto | home | conteúdo | anteriores | próximos

Home | conteúdo | anterior | próxima

Analisar Menu
Medida
Analisar as partículas ...
Resumir
Limpar resultados
Medições Set ...
Scale Set ...
Calibrar ...
Histograma
Traçar perfil
Plotagem de superfície ...
Géis>
Ferramentas>
Analisar o gráfico de linha
ROI Manager
Calibragem Bar

Medida
Com base no tipo de selecção, calcula e exibe área de estatísticas seja, comprimentos
de linhas e ângulos, ou ponto de coordenadas. Estatísticas da área são calculados se
não houver nenhuma seleção ou se uma sub-região da imagem foi selecionada através
de um dos primeiros quatro ferramentas no barra de ferramentas. Calcula o
comprimento da linha e se um ângulo de seleção de linha foi criada usando uma das
três ferramentas de seleção de linha. Records coordenadas se um ou mais pontos foram
definidos usando a ferramenta de seleção de ponto. Use o Analisar> comando Definir
medidas para especificar o que as estatísticas da área são registrados.

Com imagens RGB, os resultados são calculados os valores de brilho. pixels RGB são
convertidos em valores de brilho usando a fórmula V = (R + G + B) / 3 ou V = 0.299R
0,587 0,114 G B se "Weighted Conversões RGB" está marcada no menu Edit>>
Opção conversões. Os factores de ponderação padrão são os usados para converter de
RGB para YUV, a cor do sistema de codificação usado para a televisão analógica. Os
factores de ponderação pode ser alterado usando o setRGBWeights função macro.

Com as seleções de linha, os seguintes parâmetros podem ser registrados:

comprimento, ângulo (somente linhas retas), média, desvio padrão, moda, min, max e
Retângulo (v1.34l ou posterior). A média, desvio padrão, etc, são calculado a partir dos
valores dos pixels ao longo da linha.

Para exportar as medidas como um arquivo de texto delimitado-guia, selecione

Arquivo> Salvar Como> Medições da barra de menu ImageJ ou Arquivo> Salvar
como "Resultados" barra de menu da janela. Copie as medidas para a área de
transferência, selecione Editar> Copiar Todos os resultados da "barra de menu da
janela. Você também pode salvar as medições pelo botão direito do mouse na janela de
resultados e selecionando Salvar Como ou copiar todos a partir do menu pop-up.

A largura das colunas nos resultados "janela" pode ser ajustada clicando e arrastando
as linhas verticais que separam os títulos de coluna.
Analisar as partículas ...
Esta contagem de comando e as medidas de objetos em imagens binárias ou
limiarizadas. Ele funciona através da digitalização da imagem ou a selecção até
encontrar a borda de um objeto. Em seguida, ele descreve o objeto usando a
ferramenta varinha mágica, as medidas usando o comando Measure, preenche-lo para
torná-lo invisível, em seguida, recomeça varredura até atingir o final da imagem ou
seleção. Pressione a tecla Esc para interromper este processo. Use Image> Adjust>
Limite de limiar de uma imagem.

Use a caixa de diálogo para configurar o analisador de partículas. Partículas fora do

intervalo especificado no campo Size são ignorados. Digite um único valor de tamanho
e partículas menores do que o valor é ignorado. Partículas com valores circularidade
fora dos limites especificados no campo circularidade também são ignoradas. A
fórmula para a circularidade é 4pi (área / perímetro ^ 2). Um valor de 1.0 indica um
círculo perfeito.

Selecione contornos do mapa ":" menu pop-up e ImageJ abrirá uma janela contendo a
numeração contornos das partículas medido. Selecione Máscaras para mostrar
preenchido contornos das partículas medido ou elipses para mostrar o ajuste elipse
melhores de cada medida de partículas.
Mostrar resultados de seleção para que as medições para cada partícula exibidos nos
resultados da "janela". Check resultados claros para apagar qualquer resultado da
medição anterior. Check Resuma para mostrar, em uma janela separada, a contagem de
partículas, a área total de partículas, o tamanho médio de partícula, e fração de área.
Check Exclude nas bordas ignorar partículas tocar a borda da imagem ou seleção.

Buracos de seleção Incluir para incluir buracos interior. Desabilitar essa opção para
excluir os buracos interior e medir partículas fechado por outras partículas. Quando
esta opção estiver ativada, ImageJ encontra a medida de cada partícula, traçando o
limite exterior. Quando ele está desativado, encontra ImageJ Na medida pela
inundação de enchimento.

A Record inicia opção permite plugins e macros para recriar partícula descreve usando
o doWand (x), função y. O CircularParticles macro demonstra como usar esse recurso.

Check Adicionar ao Manager e as partículas medida será adicionado ao Gerenciador

de ROI .

Resumir
Para cada coluna na tabela de resultados, calcula e exibe a média, desvio padrão,
mínimo e máximo dos valores na coluna.

Limpar resultados
Apaga a tabela de resultados e redefine a medida de contador.

Medições Set ...

Use essa caixa de diálogo para especificar quais as medições são registradas por
analisar Medida> e> Analise Analise de Partículas.

Área - Área da seleção em pixels quadrados. Área é calibrado em

unidades, como milímetros quadrados, se Analisar> Set Scale foi utilizado
para calibrar a imagem espacial.

A média de Gray Value - valor médio de cinza dentro da seleção. Esta é a

soma dos valores de cinza de todos os pixels na seleção, dividido pelo
número de pixels. Relatadas em unidades calibrado (por exemplo, a
densidade óptica) Analisar se> Calibrar foi usada para calibrar a imagem.
Para imagens RGB, a média é calculada através da conversão de cada
pixel em escala de cinza usando a fórmula = cinza 0.299red 0,587 0,114
verde azul ou cinzento a fórmula = (verde + vermelho + azul) / 3 se o
"não ponderada de conversão RGB para tons de cinza" é verificadas em
Editar> Opções> conversões.

Desvio Padrão - desvio padrão dos valores de cinza usada para gerar o
valor médio de cinza.

Modal Gray Value - valor mais frequentes cinza dentro da seleção.

Corresponde ao maior pico no histograma.

Min e Max Gray Level - mínimos e máximos valores de cinza dentro da

seleção.

Centróide - O ponto central da seleção. Esta é a média das coordenadas X

e Y dos todos os pixels na imagem ou seleção. Usa o X e Y resulta posições
da tabela.

Centro de Massa - Esta é a média ponderada brilho do X e Y coordenadas

de todos os pixels da imagem ou seleção. Usa o XM e YM posições. Essas
coordenadas são os momentos de primeira ordem espacial.
Perímetro - O comprimento da fronteira fora da seleção.

Retângulo - O menor rectângulo envolvendo a seleção. Usa as rubricas

BX, BY, largura e altura, onde BX e BY são as coordenadas do canto
superior esquerdo do retângulo.

Fit Ellipse - Coloque uma elipse para a seleção. Usa os títulos maiores,
menores e Angle. Principais e secundárias são e Seconday eixo principal
da elipse de melhor ajuste. Angle é o ângulo entre o eixo principal e uma
linha paralela ao eixo x da imagem. As coordenadas do centro da elipse
são exibidos como X e Y se Centróide está marcada. ImageJ Note que não
é possível calcular o comprimento do eixo menor e maior se Pixel Aspect
Ratio na caixa de diálogo Escala de Set não é 1.0.

Existem várias maneiras de ver a elipse. Editar> Seleção> Fit comando

Ellipse substitui uma seleção de área com o ajuste elipse melhor. O
drawEllipse macro empates (destrutivamente) o ajuste da elipse e melhor e
menor eixo principal. Selecione "Reticências" do Show: menu drop-down
no analisador de partículas e vai desenhar a elipse para cada partícula em
uma janela separada.

Shape descritores (anteriormente circularidade) - Calcular e exibir a

seguinte forma descritores:

Circ. (Circularidade): área 4π * / perímetro ^ 2. Um valor de

1.0 indica um círculo perfeito. Como o valor atinge 0,0, indica
uma forma alongada cada vez mais. Os valores podem não ser
válidas para as pequenas partículas muito.

AR (relação de aspecto): major_axis / minor_axis. Enable "Fit

Ellipse" em Analisar> definir medidas para que o eixo maior
e menor exibida.

Round (redondo): 4 * / área (π * major_axis ^ 2), ou o inverso

da relação de aspecto.

Solidez: área de superfície convexa /. Editar> Seleção>

Convex Hull comando faz uma seleção de área convexa.

Diâmetro da Feret - A maior distância entre dois pontos ao longo do limite

de seleção, também conhecida como pinça máxima. Com ImageJ 1.42i e,
posteriormente, o ângulo (0-180 graus) Feret de diâmetro é exibido como
FeretAngle, bem como o diâmetro do calibre mínimo (MinFeret). O
diâmetro de Feret macro vai chamar Feret do diâmetro da seleção atual
com a imagem.

Densidade Integrada - Calcula e mostra dois valores: "IntDen" (o produto

da Área Cinza e média) e "RawIntDen" (a soma dos valores dos pixels na
imagem ou seleção). "RawIntDen" está disponível apenas no ImageJ 1.44c
ou posterior. "IntDen" e "RawIntDen" Os valores são os mesmos para a
imagem não calibrada. A Dot Blot Análise exemplo demonstra como usar
esta opção para analisar um dot blot.

Median - O valor médio dos pixels na imagem ou seleção.

Assimetria - A terceira ordem momento em torno da média. A

documentação para a calculadora Moment plugin explica como interpretar
momentos espacial.

Curtose - O momento de quarta ordem em torno da média.

Área Fracção - A porcentagem de pixels na imagem ou seleção que foram

 destaque em vermelho usando Image> Adjust> Threshold.
Para-limiarizadas imagens não, o percentual de não-zero pixels.

Stack Posição - A posição actual (canal, corte e armação) na pilha ou

hyperstack. Usa as rubricas "Ch", "Slice" e "Frame".

Limite para Threshold - Se marcado, apenas pixels limiarizadas são

incluídos nos cálculos de medição. Use Image> Adjust> Threshold para
definir os limiares.

Display Label - Se marcado, o nome da imagem eo número de fatias (por

pilhas) são recodificados na primeira coluna da tabela de resultados.

Inverter as coordenadas Y - Se marcado, a origem XY é assumido como

sendo o canto inferior esquerdo da janela de imagem em vez do canto
superior esquerdo.

Para redirecionar - A imagem selecionada a partir deste menu pop-up

será usado como alvo para os cálculos estatísticos feitos por medida e
Partículas comandos Analisar. Redirecionamento para recurso permite
desenhar uma estrutura de uma imagem e medir a intensidade da região
correspondente em outra imagem. Com ImageJ 1.35d ou mais tarde esse
recurso também funciona com pilhas. Note-se que é o limiar da
imagem-alvo que é usado quando a Threshold Limit está habilitado.

Decimal Places - Este é o número de dígitos à direita do ponto decimal em

números reais apresentados na tabela de resultados e nas janelas do
histograma.

Scale Set ...

Use este diálogo para definir a escala espacial da imagem ativa para os resultados das
medições podem ser apresentados em unidades calibradas, como milímetros. Antes de
utilizar este comando, use a ferramenta de seleção linha reta para fazer uma seleção de
linha que corresponde à distância conhecida. Em seguida, abrir o diálogo Set Escala,
insira a distância conhecida e unidade de medida, em seguida, clique em OK. ImageJ
terá preenchido automaticamente a distância em campo Pixels com base no
comprimento da linha de seleção.

Definir distância em pixels a zero para reverter a pixel medições.

Definir Pixel Aspect Ratio para um valor diferente de 1,0 habilita o suporte para
diferentes horizontal e vertical escalas espaciais, por exemplo, 100 pixels / cm na
horizontal e 95 pixels / cm na vertical. Para definir a relação de aspecto pixel, medir a
largura ea altura (em pixels) de um objeto digitalizado com uma proporção conhecida
01:01. Introduza a largura medida (em pixels) em distância em pixels. Informe a
largura conhecida em uma distância conhecida. Em seguida, calcular a proporção
dividindo a largura pela altura e inseri-lo em Pixel Aspect Ratio.

Quando Global é assinalada, a escala definida nesta caixa de diálogo é usada para
todas as imagens em vez de apenas activa a imagem.

Três tutoriais estão disponíveis, que mostram como usar o comando Set Escala: Área
de Medidas (PDF) , DNA Contour Duração Medição e Calibração do Território (Fiji) .

Calibrar ...
Use essa caixa de diálogo para calibrar uma imagem de um conjunto de padrões de
densidade, por exemplo, normas isótopo radioativo ou um comprimido calibrado passo
densidade óptica. Antes de utilizar este comando, use Analisar Clear> Resultados para
redefinir o contador de medição e utilizar uma das ferramentas de seleção e> Medida
Analisar para gravar o valor médio de cinza de cada um dos padrões. Há um exemplo
que mostra como calibrar a uma densidade óptica passo comprimido.

Quando terminar de fazer as medições, selecione Analisar> Ajustar para exibir a caixa
de diálogo Calibrar. Para calibrar a imagem, insira o padrão valores conhecidos na
coluna da direita, selecione uma curva método de ajuste a partir do menu pop-up, digite
a unidade de medida e clique em OK. ImageJ seguida irá mostrar a função de
calibração. Se a função não é satisfatória, abrir a caixa de diálogo Ajustar novamente e
selecione uma curva diferente método de ajuste.

Rodbard é um ajuste de curva quatro parâmetro geral da função proposta por David
Rodbard no NIH. A forma da equação é:

y = d + (a - d) / (1 + (x / c) b ^)

Seleção Arefecimento OD a partir do menu popup causas ImageJ para converter

valores de cinza para valores de densidade óptica uncalibrated usando a função

Uncalibrated OD = log10 (255 / PixelValue)

Você não precisa medir OD normas ou entrar conhecido OD valores para habilitar esse
recurso.

Histograma
Calcula e mostra um histograma da distribuição dos valores de cinza na imagem ativa
ou seleção. O eixo x representa os valores possíveis de cinza eo eixo y mostra o
número de pixels encontrada para cada valor de cinza. A contagem total de pixels
também é calculado e exibido, bem como a média, modal e máximo cinza valor
mínimo.

Use a lista ou copiar botões para salvar os dados do histograma. Clique em Entrar
para exibir uma versão em escala log do histograma. O número à direita do valor:, que
muda conforme você move o cursor, é o valor correspondente à escala de cinza
x-posição do cursor eixo e Count: é o número de pixels que têm esse valor.

O getHistogram () função macro pode ser usado para obter o "valor" e "contar" os
dados exibidos quando você clicar o botão Lista:
getHistogram (valores, contagem, 256);
for (i = 0; values.length i <; i + +)
print (valores [i], conta [i]);

Com pilha histogramas, use o Plot.getValues () função macro para obter os dados:
requer (1.41k ");
run ("Head T1 (2,4 ou 16 bits)");
run ("Histograma", "stack");
Plot.getValues (valores, contagem);
for (i = 0; values.length i <; i + +)
print (valores [i], conta [i]);

Com imagens RGB, o histograma é calculado através da conversão de cada pixel em

escala de cinza usando a fórmula = cinza 0.299red 0,587 0,114 verde azul ou cinzento
a fórmula = (verde + vermelho + azul) / 3 se o "não ponderada de conversão RGB
para tons de cinza" é verificadas em Editar / Opções / conversões. Com imagens de 16
bits, o intervalo de valores de cinza entre os valores Min e Max é dividido em 256
caixas. Com imagens de 32 bits, o número de caixas é especificado na caixa de diálogo:
Verifique min Use / max eo x-intervalo do eixo é determinado pelo valor máximo e
mínimo da imagem ou seleção, ou especificar X X Max Min e valores para corrigir o
x-range eixos. Digite um valor Y Max para fixar o eixo-y faixa ou entrar "Auto" para
ter o intervalo determinado pela contagem bin maior. No ImageJ 1.35a ou posterior,
mantenha pressionada a tecla Alt (ou pressione Alt-h) para usar este diálogo com 8
bits, 16 bits e imagens RGB.

Traçar perfil
Exibe um gráfico bidimensional de intensidades de pixels em uma linha na imagem. O
eixo x representa a distância ao longo da linha e do eixo y é a intensidade do pixel.

Para seleções retangulares, exibe uma "média parcela da coluna", onde o eixo x
representa a distância horizontal através da selecção e do eixo y verticalmente média
intensidade pixel. Para calcular a média horizontal, segure a tecla ALT. Use os botões
Salvar ou Copiar para salvar os dados do perfil, formatado como uma seqüência de
linhas contendo cada uma um único número.

O Dynamic Profiler plugin cria uma trama de perfil que é atualizado continuamente
como a seleção é movido ou a imagem é atualizada. O StackProfilePlot macro gera
gráficos de perfis de todas as imagens em uma pilha e salva-los em outra pilha.

Superfície da parcela
Exibe um gráfico tridimensional três intensidades de pixels em uma escala de cinza ou
pseudo imagem colorida. Cria uma pilha de parcelas quando a fonte é uma pilha.
Algumas parcelas pode ser melhorada ajustando o contraste da imagem de origem ou
de nivelamento é. traçar uma pilha, fechando o lote pilha Quando a janela irá abortar o
processo de plotagem.
Alterar o multiplicador Polygon para ajustar o número de perfis utilizados para gerar o
gráfico. Verifique Draw Wireframe para ter o contorno de cada perfil desenhado em
preto. Check Shade para gerar uma parcela sombreada. O enredo vai ser a cor da
imagem se a fonte usa uma cor LUT. Check Draw Axis ter os três eixos desenhada e
rotulados. Se Background Source é mais leve é marcada, as áreas mais claras na
imagem de origem representam altitudes mais baixas (vales) enquanto que as áreas
escuras na fonte de imagem representam altitudes mais elevadas (picos). Se Preencha
Terreno com fundo preto é assinalada, a trama é desenhada com um fundo preto.

Kai Uwe Barthel Interactive 3D superfície da parcela plugin também gera gráficos de
superfície. Ele funciona com todos os tipos de imagem e você pode ajustar
interativamente ângulo de visão, perspectiva, escala e suavização da iluminação.

Géis Submenu
Use os comandos deste submenu analisar unidimensional géis de electroforese. Estes
comandos são semelhantes aos de plotagem Gel macros distribuídos com o NIH Image.
Ambos usam um método gráfico simples que envolve a geração de gráficos de perfis de
pista, desenho de linhas para incluir os picos de interesse, e depois medir as áreas dos
picos utilizando a ferramenta varinha mágica.

Aqui está o que você precisa fazer para analisar um gel 1-D:

1. Use a ferramenta de seleção retangular para delinear a pista

primeiro. Esta deve ser a pista mais à esquerda, se as pistas são
vertical ou na faixa superior se as pistas são horizontais. Note que as
pistas são assummed ser vertical a menos que a largura da seleção
inicial é de pelo menos duas vezes sua altura.
2. Selecione Analisar> Géis> Selecionar Primeira Lane (ou pressione
"1") ea pista será definida e "Lane 1 selecionado" exibido na barra
de status.
3. Mover a seleção retangular direito a pista ao lado (ou para baixo se
as pistas são horizontal) e selecione Analisar> Géis> Selecione
Next Lane (ou pressione "2"). A faixa escolhida é descrita e
rotulados, e "n Lane selecionado é exibido na barra de status.
 4. Repita o passo anterior para cada faixa restante.
5. Selecione Analisar> Géis> Plot Lanes (ou pressione "3") para gerar
os gráficos de perfis de pista.
6. Use a ferramenta de seleção linha reta para desenhar linhas de base
e / ou queda de linhas de modo que cada pico de interesse define
uma área fechada. Para chegar a todas as pistas, pode ser necessário
para percorrer a imagem na vertical com a mão "ferramenta".
(Mantenha pressionada a barra de espaço para alternar
temporariamente para a ferramenta).
7. Para cada medida de pico, o tamanho clicando dentro com a
ferramenta varinha mágica. Se necessário, percorra a imagem
verticalmente para baixo, segurando a barra de espaço e arrastando.
8. Selecione Analisar> Géis> Label Peaks para rotular cada pico
medido com o seu tamanho como uma porcentagem do tamanho
total dos picos medidos.

Para a prática, um gel da amostra está disponível no Sample File> submenu Images.
Um tutorial está disponível, que mostra como usar esse procedimento para analisar um
dot blot. Há outro tutorial em www.lukemiller.org .

Ferramentas Submenu
Este submenu permite o acesso a vários plugins análise de imagem.

Salve XY Coordenadas ...

Grava em um arquivo de texto as coordenadas XY e valor de pixel de
todos os pixels de fundo não na imagem ativa. Background é assumido
como sendo o valor do pixel no canto superior esquerdo da imagem. Para
imagens em tons de cinza, escreve três valores por linha (x, y, e valor),
separadas por espaços. Para imagens RGB, escreve cinco valores por linha
(x, y, vermelho, verde e azul). A origem do sistema de coordenadas está no
canto inferior esquerdo da imagem.

Fractal Contagem Caixa ...

Conta o número de caixas de um tamanho maior necessários para cobrir
um objeto binário limite de um pixel. O tamanho da caixa eo número de
caixas necessárias para cobrir o limite são plotados em um gráfico log-log
ea dimensão fractal determinada a partir da encosta, ou seja, D =- declive.
Para obter mais informações, consulte o código fonte (
FractalBoxCounter.java ).

Analisar o gráfico de linha

ImageJ pode ser usado para recuperar coordenar dados numéricos de
gráficos de linha digitalizada utilizando o seguinte procedimento. Passos
1-6 não são necessários para binário (preto e branco) gráficos. Para a
prática, use o File> Open Samples> Linha de imagem de amostra do
gráfico.

1. Abra a imagem que contém o gráfico.

2. Abra a ferramenta thresolding (shift-t).
3. Ajuste o limiar para que o gráfico é destaque em
vermelho.
4. Clique em "Apply" (certifique-se de plano de fundo é
preto e é branco).
5. Feche a ferramenta thresholding.
6. Use a ferramenta de seleção oval como erasor
(pressione backspace para apagar) para isolar uma
única curva (nota: a cor de fundo deve ser branca).
7. Selecione a curva, clicando à esquerda do que com a
ferramenta varinha mágica.
 8. Use Editar /> Limpar Fora de apagar tudo, mas a
curva.
9. Use Analisar> Ferramentas> Analisar Line Graph
obter as coordenadas XY.

ROI Manager
O ROI (Região de Interesse) Manager é uma ferramenta para trabalhar
com várias seleções. As seleções podem ser de diferentes locais em uma
imagem ou de cortes diferentes de uma pilha. Todos os tipos de seleção,
incluindo os pontos e linhas, são suportados.

Clique em Adicionar para adicionar a seleção atual da lista, ou pressione

"T", o atalho do teclado para Editar> Seleção> Adicionar ao comando
Manager. O gerente cria um rótulo Roi três partes. A primeira parte
(apenas pilhas) é o número da fatia, o segundo é a coordenada Y da
seleção, eo terceiro é o X-coordenar. Clique em um rótulo para restaurar a
seleção associado à imagem actual. Com pilhas, a selecção é restaurado
para a fatia veio. Clique em Mostrar Tudo para mostrar todas as seleções
na lista. Segure a tecla Shift pressionada enquanto clica em Adicionar a
"adicionar e desenhar" ea tecla Alt para "adicionar e mudar o nome".

Instale o ROIManagerMacros conjunto macro, e você será capaz de

adicionar uma seleção pressionando o "1" chave, adicione nome e com a
tecla "2", adicionar e tirar com a tecla "3", e adicionar e avançar para a
próxima fatia pressionando "4".

Update substitui o ROI selecionada na lista com a seleção atual. Isso

geralmente é uma versão modificada de uma seleção a partir da lista
Manager ROI.

Delete exclui o ROIs selecionadas da lista. Apaga todas as ROIs se

nenhum for selecionado.

Use Renomear para renomear o ROI selecionada.

Open abre uma ". Roi" file e adiciona à lista ou abre um arquivo ZIP (.
"Arquivo zip) e adiciona todas as seleções contidos na lista. Use o Open
All macro para adicionar todos os ". roi "arquivos em uma pasta.
Salvar salva o ROI selecionado como um ". Roi" arquivo. ROIs Se não
forem selecionados, salva todas as seleções Manager ROI como um
arquivo ZIP.

Medida mede a ROIs selecionadas, ou se nenhum for selecionado, todos

os ROIs na lista. Use Analisar> definir medidas para especificar os
parâmetros para medir. Com uma pilha, você terá a opção de medir todas
as fatias se todos os ROIs são associados com a primeira fatia (etiquetas
têm como 0001-xxxx-yyyy) ou todos têm rótulos em xxxx-yyyy
formulário.

Se este não for o caso, use o Mais>> função Medida Multi. Medida Multi,
com base em Dougherty Multi_Measure plugin Bob, todas as acções ROIs
em todas as imagens da pilha, criando uma tabela de resultados quer com
uma linha por imagem ou um linha por medição.

Desmarque qualquer desmarca ROIs selecionadas na lista. Excluir,

Salvar, Medida, Mais>> Draw, Mais>> Fill, Mais>> Label e mais>>
trabalho Combine com todas as ROIs na lista quando não são
selecionados.

Show All mostra uma sobreposição não-destrutivo que descreve todas as

etiquetas e Manager seleções ROI. Clique em Mostrar todos uma segunda
vez para remover o overlay. Clique em uma etiqueta (número seleção) na
cobertura para ativar a seleção correspondente. Essa seleção pode ser
movido ou editied e sobreposição serão atualizados dinamicamente. A cor
eo comportamento do "Show All overlay" pode ser alterado no Mais>>
caixa de diálogo Opções.

Mais>> exibe um menu suspenso com 12 comandos adicionais:

Desenha o contorno de ROIs selecionadas usando a cor

principal e largura da linha. Outlines todas as seleções na lista
se nenhum for selecionado. Clique na Cor Imagem>> Color
Picker janela para mudar a cor de primeiro plano. Use o
Editar> Opções> Line Largura de comando para definir a
largura da linha.

Preencha enche o ROIs selecionadas usando a cor do texto

atual. Preenche todas as seleções na lista se nenhum for
selecionado. Clique na Cor Imagem>> Color Picker janela
para mudar a cor de primeiro plano.

Label rótulos e descreve as ROIs selecionadas usando a cor

do texto atual. Rótulos e descreve todas as seleções na lista se
nenhum for selecionado. Contrário Mostrar Tudo isso muda o
conteúdo da imagem.

Combine usa o operador de união no ROIs selecionadas para

criar uma seleção composta. Reúne todas as ROIs se nenhum
for selecionado.

Split divide a seleção atual (deve ser uma selecção composta)

em suas partes componentes e adiciona-los ao ROI Manager.

Adicionar Partículas adiciona objetos segmentados pelo

analisador de partículas para o Gerenciador de ROI. Exige
que "Record" Starts ser verificados na> Analisar Analisar
Partículas caixa de diálogo. Objectos analisador de partículas
também pode ser adicionado ao Gerenciador de ROI
marcando "Adicionar ao Manager" na Analisar as partículas
 caixa de diálogo.

Medida Multi, (baseado em Dougherty Multi_Measure plugin

Bob) As medidas de todas as ROIs em todas as imagens da
pilha, criando uma tabela de resultados com uma linha ou por
imagem ou uma linha por medição.

tipos classificar a lista em ordem alfanumérica.

Especifique permite que você especifique um ROI da mesma

maneira como a Seleção> comando Editar> Precisar.

Remover Slice Info remove as informações nos nomes ROI

que os associa com a pilha particular fatias.

Ajuda abre a página no navegador padrão.

Opções exibe uma caixa de diálogo que permite que você

defina o "Show" Todas as cores, para associar "Show All
ROIs" com a pilha de fatias, e ter o Gerenciador de ROI
restaurar ROIs para o centro da imagem.

Calibragem Bar
Cria uma cópia RGB da imagem atual e exibe uma barra de calibração
marcado sobre ele.

Change Location para mover a barra de calibração. Se houver uma

seleção, o bar é inicialmente desenhado para a selecção. Alterar cor de
preenchimento para ajustar bar de fundo a cor. Alterar Label de cor para
ajustar a cor do texto. Alterar número de etiquetas para ajustar o número
total dos valores apresentados. Alterar casas decimais para ajustar o
número de casas decimais presente nos rótulos. Alterar tamanho da fonte
para ajustar os rótulos 'fonte tamanho. Alterar Zoom Factor de escala na
barra de Calibração inteiro. Bold Text Se estiver marcada, os rótulos são
elaborados em negrito.

Use a barra de Calibração Macros para adicionar uma barra de calibração

para uma pilha ou de todas as imagens e as pilhas em uma pasta.

top | home | conteúdo | anterior | próxima

Home | conteúdo | anterior | próxima

Plugins Menu
 Introdução
Macros>
Atalhos>
> Utilitários
> Novo
Compilar e executar ...

Introdução
Plugins e macros são módulos de código carregáveis que estendem as capacidades do
ImageJ. Plugins são escritos na linguagem de programação Java e compilada para
arquivos. Class. Macros, escrito em Java como macro-linguagem ImageJ, são
armazenados em arquivos. Txt. Plugins correr mais rápido e são mais flexíveis, mas
macros são mais fáceis de escrever e depurar. Plugins e macros na pasta de plugins,
com um sublinhado em seu nome, são listados na parte inferior do menu. Plugins e
macros em subpastas da pasta plugins estão listados em submenus. Utilizar os atalhos>
Criar atalho para atribuir um atalho de teclado para um plugin ou uma macro.

Use o Gravador (Macros> Gravar) para gravar uma série de comandos e convertê-los
para uma macro. Use o Editar> Converter em comando no editor Plugin para
converter a macro a um plugin. Observe que o comando Converter para Plugin está
disponível somente no Windows editor criado, clicando em "Criar" no registrador e não
converter corretamente um código de macro. Use os comandos no submenu Novo criar
novas macros, scripts ou plugins. Pressione "o" (File> Open) para abrir uma macro
existente, script ou plugin. Mais de 500 plugins estão disponíveis através do site
ImageJ, bem como mais de 300 macros . Um tutorial para escritores plugin está
disponível em www.imagingbook.com . Existem também tutoriais sobre como usar o
Eclipse ( tutorial1 , tutorial2 ), NetBeans e Xcode IDEs para desenvolver plugins
ImageJ. Informações sobre macros está disponível no site do ImageJ.

Interno Plugins
A maioria dos comandos no ImageJ são implementados como plugins mas esses plugins
internos estão localizados no arquivo ij.jar não, na pasta plugins. ij.jar também contém
as propriedades do arquivo ( IJ_Props.txt ) ImageJ que usa para instalar plugins
internos em menus. Um arquivo JAR (Java Archive) é formatado o mesmo como um
arquivo ZIP, portanto você pode usar um utilitário ZIP para olhar o conteúdo do ij.jar.

Você pode converter um plugin para um plugin interno do usuário, copiando a fonte
para a pasta plugins, adicionando um sublinhado no nome do arquivo eo nome da
classe, e mudando a declaração do pacote para uma declaração de importação. Por
exemplo, para alterar o RoiManager (Analyze / Tools / ROI Manager) para um plugin
do usuário:

1. Baixe as últimas ImageJ código-fonte .

2. Copie ij plugin / frame / RoiManager.java para a pasta plugins.
3. Altere o nome do arquivo para Roi_Manager.java.
4. Open Roi_Manager.java utilizando File> Open e mudar todas as instâncias (4)
de "RoiManager" para "Roi_Manager".
5. Alterar a primeira linha de "ij.plugin.frame pacote", "para importação
ij.plugin.frame .*;".
6. Execute o novo plugin usando o editor do Arquivo> Compilar e Executar
comando.

Haverá um novo comando Roi Manager no menu Plugins na próxima vez que você
reiniciar ImageJ.
Alteração do local de Plugins Directory
O plugins.dir "propriedade especifica a localização do pai do diretório plugins. Esta
propriedade pode ser definida a partir de qualquer linha de comando ou dentro de um
programa Java que começa ImageJ. Por exemplo, se você executar o comando com
ImageJ

java-Dplugins.dir = / usuário / ij.ImageJ ij.jar cp-wayne

ele vai olhar para a pasta plugins do usuário / Wayne / diretório. Esta propriedade
também pode ser definido em um programa que lança ImageJ:

System.getProperties (). SetProperty ("plugins.dir", "/ users / wayne");

ImageJ novo (null);

Macros Submenu
Este sub-menu contém comandos para a instalação, execução e gravação de macros,
bem como os comandos macro adicionado por Plugins> Macros> Instalar. Macros
contido em um arquivo chamado "StartupMacros.txt", na pasta macros são
automaticamente adicionadas a este submenu quando ImageJ inicia.

Instalar ...
Adiciona um ou mais macros contido em um arquivo para o fundo do
submenu. Para instalar um conjunto de macros e, ao mesmo tempo, ver
seu código fonte aberto, o arquivo de macro com File> Open e utilizar o
editor de Macros> Instale o comando Macros. Macros no arquivo ImageJ
/ macros / StartupMacros.txt são instalados automaticamente quando
ImageJ é iniciado.

Executar ...
Carrega e executa uma macro sem abri-lo no editor ImageJ. Para executar
uma macro e, ao mesmo tempo, ver seu código fonte aberto, com File>
Open e utilizar o editor de Macros> Executar comando Macro.

Record ...
Abre o gravador de comando ImageJ. Para criar uma macro, abra o
gravador, use um ou mais comandos ImageJ, clique em "Criar". Quando o
gravador é aberto, cada comando de menu que você usa gera uma corrida
(macro) chamada de função. A corrida () função tem um ou dois
argumentos string. O primeiro é o nome do comando. O segundo
argumento opcional que contém parâmetros caixa de diálogo.

Criar um retangular ou oval linha de seleção eo gravador irá gerar um

makeRectangle (), makeOval () ou makeLine () chamada de função.
Clique em "Auto" ou "Set" na Image> Adjust> Threshold janela para
gerar um setThresold () chamada, e em "Reset" para gerar um
resetThresold () chamada. Selecione uma imagem a partir do menu
Window para gerar um selectWindow ( ) chamada. Clique na Cor
Imagem>> Color Picker janela para gerar setForegroundColor () e
setBackgroundColor () chama.

Atalhos Submenu
Este sub-menu contém comandos para criar atalhos de teclado e de instalação e
remoção de plugins.
Criar atalho ...
Atribui um atalho de teclado para um comando de menu ImageJ e mostra o
atalho no submenu Atalhos.

Selecione o comando no menu pop-up e digite o atalho no campo de texto.

Um atalho pode ser menor ou letra maiúscula ou "F1" até "F12". Use
Plugins> Utilidades Atalhos> Lista para obter uma lista de atalhos que já
estão sendo utilizados.

Instalar Plugin ...

Instala um plugin em um submenu especificado pelo usuário. Plugins com
showAbout () método também são automaticamente adicionadas à Ajuda>
Sobre o submenu Plugins.

Use o menu pop-up para selecionar o primeiro eo segundo plugin para

selecionar o submenu que é instalado dentro de A ordem deve ser
diferente de qualquer comando ImageJ existentes. Atalho (facultativo)
deve ser uma única letra ou "F1" até "F12" . Argument (opcional) é a
cadeia que vai do passado para executar o método do plugin.

Remover ...
Remove comandos adicionados ao submenu Atalhos por criar atalhos.
Também elimina comandos adicionado por instalar o plugin e remove
plugins instalados no menu Plugins. Os menus não são atualizados até
ImageJ é reiniciado.
Utilitários Submenu
Esta contians submenu várias funções de utilitário útil.

Painel de Controle ...

Este comando abre uma janela que contém comandos ImageJ em uma
estrutura de árvore hierárquica. Clique em um nó de folha de lançar o
comando ImageJ correspondente (ou plugin). Dê um duplo clique em um
nó de galho de árvore (pasta) para expandir ou contrair-lo. Clique e arraste
em um nó de galho de árvore (pasta) para mostrar seus descendentes em
separado (filho) da janela. Em uma janela de criança, clique em "Show
Parent" para re-abrir a janela pai. O painel de controle foi contribuíram
para o projeto ImageJ por Cezar Tigaret M..

Propriedades ImageJ ...

Esse comando exibe várias propriedades ImageJ (versão Java, o nome ea
versão do OS, separador de caminho, a localização dos diretórios, tamanho
da tela, etc) em uma janela de texto.

Lista de atalhos ...

Este comando gera uma tabela com os atalhos de teclado ImageJ em uma
coluna e os comandos que eles chamam de outro. Observe que você não
tem que segure a tecla Ctrl pressionada para usar um atalho do teclado.
Para abrir uma imagem, por exemplo, pressione o "o" chave.

Threads ...
Esta lista de comando, em uma janela de texto, os segmentos atualmente
em execução e as suas prioridades.

Benchmark
Executa 62 operações de processamento de imagem na imagem atual e
exibe o tempo decorrido na barra de status ImageJ. O mais rápido sysems
(no início de 2007) esse teste em uma imagem RGB de 512x512 (por
exemplo, File> Open Samples> Mandrill) em cerca de um segundo.
parâmetros adicionais, os resultados dos testes e código souce está
disponível no Benchmarks pacote de plugins.

Redefinir ...
Utilize este comando para destravar uma imagem bloqueada, ou para
recuperar a memória usada pela prancheta e desfazer buffers.

Memory Monitor ...

Exibe um gráfico atualizado continuamente a utilização de memória do
ImageJ, que pode ser útil para a detecção de vazamentos de memória.
Idealmente, você deve ser capaz de abrir uma de várias imagens,
processá-los, fechá-los, ea quantidade de memória usada será a mesma de
quando você começou. Clicando sobre a barra de status ImageJ, o que
obriga a executar o coletor de lixo Java, pode ajudar a recuperar a
memória não utilizada. Comece o monitor de memória com a tecla ALT
para baixo para que ele use uma janela de 640x480, que simula como um
plug-in frame grabber iria trabalhar.

Pesquisa ...
Pesquisas recursivamente para uma seqüência particular (case sensitive ou
não) os nomes contidos no arquivo ou conteúdo de uma pasta escolhida.
Os resultados são exibidos na janela de log. Se a "Busca Conteúdo opção
estiver marcada, o número da linha onde a string foi encontrada é exibida.
Na janela Log duplo clique em um caminho de arquivo para abrir o
arquivo em uma janela do editor.
 Existe uma opção para procurar a pasta macros e também a opção de
pesquisar o código fonte ImageJ se tiver sido transferido (a partir de
rsb.info.nih.gov / ij / download / src / ) e extraído para a pasta ImageJ.

Captura de tela
Cópias do ecrã para uma imagem RGB e mostra que a imagem de uma
nova janela. Pressionando Control-Shift-g vai capturar a tela enquanto
uma caixa de diálogo modal está activa se o diálogo baseia-se na classe
GenericDialog ImageJ.

Pesquisar Comando
O Finder Command, criado por Mark Longair, oferece uma maneira fácil
de encontrar os comandos que você pode saber o nome sem ter que passar
por todos os menus. Se você digitar parte do nome do comando, a lista só
mostra os comandos que correspondem a esse substring. Se apenas um
único comando encontrados depois que o comando pode ser executado
pressionando Enter. Se combinar vários comandos, clique com o mouse
para selecionar um comando a ser executado. Alternativamente,
pressionando para cima ou para baixo teclas irá mover o foco do teclado
na lista e selecionado o comando pode ser executado pressionando Enter.
Pressionar Backspace muda o foco volta para o prompt. Duplo clique em
um comando irá executar o comando. Pressionar ESC fecha a janela.

Nova Submenu
Este sub-menu contém comandos que o Windows editor aberto que pode ser usado
para editar e executar macros e plugins. Tem também um comando que abre uma
janela de texto de um tamanho especificado e um comando que abre uma tabela que
pode gravar macros. As janelas do editor aberto pelo plugin, PlugInFilter e
PlugInFrame conter código Java do protótipo para os três tipos de plugins suportados
pelo ImageJ.
Macro
Abre uma janela de edição em branco com o título "Macro.txt". A janela
tem um menu de macros que permite executar, instalar e abortar macros
ImageJ . Como um atalho, pressione Shift-N (File> New> Text Window)
para abrir uma janela do editor macro.

JavaScript (requer ImageJ 1,41 ou posterior)

Abre uma janela de edição em branco com o título "script.js". Use a janela
do editor de Macros> Executar comando de macro para avaliar o código
JavaScript. O interpretador JavaScript requerido ( Mozilla Rhino ) é
construído em Java 1.6 para Linux e Windows. utilizadores de Mac e
usuários de versões anteriores do Java, deve ter uma cópia do
JavaScript.jar na pasta plugins. Este arquivo é incluído com a versão Mac
do ImageJ 1.41, em / plugins ImageJ a pasta / tools.

JavaScript programas de exemplo estão disponíveis no rsb.info.nih.gov / ij

/ macros / js / . Para executar um dos exemplos, fazer o download, arraste
e solte-o na "ImageJ" janela, pressione Ctrl-R (Macros> Executar
Macro). ou copiá-lo na área de transferência, colá-lo em uma janela criada
por este comando, e pressione Ctrl-R. Albert Cardona Javascript Scripting
tutorial também tem exemplos.

PlugIn
Abre o editor de uma janela contendo um plugin protótipo que implementa
a interface do plugin. Plugins deste tipo aberto, capturar ou gerar imagens.
Protótipo exibe a mensagem "Olá mundo!" na janela ImageJ. Press ctrl-r
(File> Run Macro) para compilar e executá-lo. Note-se que o nome
escolhido para o plugin deve incluir pelo menos um sublinhado. Outro
exemplo é o passo plugin Maker em http://rsb.info.nih.gov/ij/plugins
/steps.html .

PlugInFilter
Abre o editor de uma janela contendo um plugin protótipo que implementa
a interface PlugInFilter. Plugins deste tipo de processo a imagem ativa. O
protótipo inverte a imagem ativa por duas vezes. Outro exemplo é o plugin
Inverter Imagem em http://rsb.info.nih.gov/ij/plugins/inverter.html .

PlugInFrame
Abre o editor de uma janela contendo um protótipo plugin que estende a
classe PlugInFrame. Plugins deste tipo exibe uma janela contendo os
controles, como botões e sliders. O protótipo abre uma janela contendo
uma área de texto. Outro exemplo é o IP plugin Demo em
http://rsb.info.nih.gov/ij/plugins/ip-demo.html .

Texto da janela
Abre uma janela de texto de um tamanho especificado que as macros
podem escrever. PrintToTextWindow , Relógio e ProgressBar são
exemplos de macros que escreve para uma janela de texto.

Tabela
Abre uma tabela em branco, semelhante à tabela de resultados, que pode
gravar macros. SineCosineTable é um exemplo de uma macro.

As janelas do editor criado por estes comando tem um Edit> Zap comando
 Gremlins que encontra e exclui os não-visíveis caracteres estranhos que às
vezes aparecem quando cortando e colando de outras fontes, tais como
mensagens de e-mail.

Compilar e executar ...

Compila e executa um plugin. Executa um plugin se o nome do arquivo selecionado
termina em "." Classe. Requer que ImageJ ser executado em uma máquina virtual Java,
que inclui o compilador javac, que está contido no arquivo tools.jar. Tools.jar está
incluído com o versões para Windows e Linux do ImageJ junto com Java, e é
pré-instalado no Mac OSX. Troubleshooting informações podem ser encontradas em
"Compilando Plugins" no Linux e Windows notas de lançamento.

Editar> Opções> Comando do compilador exibe uma caixa de diálogo que pode ser
usado para configurar o compilador javac usado por compilar e executar.

top | home | conteúdo | anterior | próxima

Home | conteúdo | anterior | próxima

Menu Janela
Este menu contém quatro comandos de mais uma lista de ImageJ janelas abertas. A imagem
atualmente ativo terá uma marca de seleção ao lado de seu nome. Para ativar uma janela, puxar
para baixo deste menu e selecione a janela por nome.

Mostrar todos
Faz todas as janelas associadas com ImageJ visível. Show All foi adicionado no ImageJ
1.38j, substituindo ImageJ [ENTER], o que só fez o ImageJ janela visível. Observe que
o atalho do teclado para ImageJ [ENTER] (entrada ou retorno) continua a trabalhar.

No Mac OS X, você também pode fazer todas as janelas ImageJ visível clicando no
ícone ImageJ no Dock ou usando o ImageJ> comando Ocultar Outros.

Coloque Atrás] [guia

Exibe a próxima imagem aberta. Repetidamente pressione a tecla Tab para percorrer
todas as imagens abertas.

Cascata
Move todas as imagens abertas para o lado esquerdo da tela ligeiramente deslocada
entre si, e exibidos na ordem em que estão listados na parte inferior do menu.

Telha
Encolhe todas as janelas abertas e reposiciona a imagem deles para caber na tela, sem
sobreposição.

top | home | conteúdo | anterior | próxima

Home | conteúdo | anterior | próxima

Menu Ajuda
Muitos dos comandos neste menu use ImageJ é BrowserLauncher para abrir uma página da Web
usando o usuário padrão do navegador. No Linux, com ImageJ 1.38k ou mais tarde,
BrowserLauncher procura por 'netscape', 'fogo', 'konqueror', 'mozilla', 'opera', epifania "ou" lince "e
usa o primeiro que encontrar.

ImageJ Website ...

Abre a página inicial do ImageJ de usuário padrão do navegador.

Notícias ImageJ ...

Abre a seção Notícias do site ImageJ.

Documentação ...
Abre a seção de documentação do site ImageJ.

Pesquisa do site ...

Abre a página de pesquisa no site do ImageJ. Use esta página para encontrar plugins,
macros, ou mensagens que foram enviadas para a lista de discussão ImageJ.

Lista de Arquivos ...

Abre a página do Grupo de Interesse ImageJ na instalação LISTSERV NIH. Aqui você
pode pesquisar a lista de discussão, postar uma mensagem para a lista, entrar ou sair da
lista, ou opções de atualização.

Plugins ...
Abre o Plugins página no site ImageJ, que lista mais de 300 plugins ImageJ.

Macros ...
Abre a macros diretório no site ImageJ, que contém mais de 200 ImageJ macros .

O código-fonte ...
Abre a Fonte pesquisável página, que disponibiliza o código-fonte Java ImageJ, num
formato pesquisável e colorida. Note que esta versão da fonte não pode ser a última,
que pode ser encontrada online em rsb.info.nih.gov / ij / source / ou transferidos a
partir rsb.info.nih.gov / ij / download / src / .

Macro Language ...

Abre o Macro Language página no site ImageJ.

Funções de Macro ...

Abre o Macro Funções página de referência, um guia indispensável para a construção
de funções que podem ser chamados de linguagem macro do ImageJ.

Update ImageJ ...

Upgrades ImageJ para a última ij.jar em rsb.info.nih.gov / ij / upgrade / ou
rebaixamento de uma das versões anteriores em rsb.info.nih.gov / ij / download /
frascos / . Selecione "compilação diária "a partir do menu drop down e ele vai atualizar
para o último dia em construir rsb.info.nih.gov / ij / ij.jar .
 Atualização de Menus
Utilize este comando para atualizar menus ImageJ depois adicionar (ou remover)
plugins ou macros para a pasta plugins.

Sobre Submenu Plugins

Este submenu exibe informações sobre alguns dos plugins na pasta plugins ImageJ.
Para ser incluído neste submenu, um plug-in deve ser empacotado como um arquivo
JAR. Há um exemplo na rsb.info.nih.gov / ij / plugins / jar-demo.html .

Sobre ImageJ ...

Abre uma imagem contendo informações sobre a versão ImageJ, o autor, o website, a
versão Java e memória disponível. O Plug-ins>> Utilitários ImageJ comando
Propriedades fornece informações adicionais. Clicando na barra de status é uma
maneira mais rápida para mostrar a memória disponível.

top | home | conteúdo | anterior | próxima

Home | conteúdo | anterior | próxima

Ferramentas

ImageJ barra de ferramentas e clickable tabela de conteúdos.

Seleção de Ferramentas Área

Use essas ferramentas para criar seleções de área que será operada em separado do
resto da imagem. O conteúdo de uma selecção área podem ser copiados para o
clipboard interno, apuradas (de branco), preenchido com a cor de desenho atual,
delineado (usando Edit> Draw), filtrada ou medido. Use a tecla backspace como
atalho para Edit> Clear. Use Image> Colors> Color Picker para definir a cor de
desenho. Dê um duplo clique em qualquer ferramenta de linha para alterar a largura da
linha usada pelo Edit> Draw. Use as setas para "cutucar" a seleção de um pixel em um
momento em qualquer direção.

Retângulo
Ao criar a seleção, arraste com a tecla shift pressionada para restringi-la a
um quadrado. Use o pequeno "alça" no canto inferior direito para
redimensionar. Use as setas do teclado com a tecla Alt pressionada para
alterar a largura ou a altura de um pixel de cada vez. Como a seleção é
criado ou redimensionados, a sua localização, largura e altura são exibidas
na barra de status. Segure a tecla ALT para baixo quando se deslocam ou
redimensionamento para forçar a localização eo tamanho a ser exibido em
pixels.

Com ImageJ 1.42 e depois, segure a tecla Control pressionada a tecla de

comando (em Macs) para redimensionar todo o centro. Com ImageJ 1.43 e
depois, segure o Alt para restringir o redimensionamento da relação de
aspecto atual.

Oval
Cria uma seleção elíptica. Segurando a tecla Shift obriga a seleção a ser
circular. Use as setas do teclado com a tecla Alt pressionada para alterar a
largura ou altura. Como a seleção é criado ou redimensionados, a sua
largura e altura são exibidas na barra de status. Botão direito do mouse ou
duplo clique nesta ferramenta para alternar para a ferramenta pincel de
seleção.

Tal como acontece com as seleções retangulares, mantenha a tecla Control

pressionada a tecla de comando (em Macs) para redimensionar todo o
centro e a tecla ALT para restringir o redimensionamento da relação de
aspecto atual.

Seleção Brush
Esta ferramenta permite que você ajuste o formato de uma seleção de
área, utilizando uma escova "circular". Para expandir a seleção, clique
dentro dele e arraste ao longo da fronteira. Para reduzi-lo, clique e arraste
no exterior ao longo do bounday. (Com ImageJ 1.38 e anteriores, você tem
que segure a tecla ALT para fazer isso.) Para sempre adicionar à seleção,
pressione a tecla Shift pressionada. Para sempre subtrair, mantenha
pressionada a tecla Alt para baixo. Dê um duplo clique no ícone da
ferramenta para ajustar o diâmetro da escova.

A escolha da escova partes uma ferramenta slot barra de ferramentas com

a ferramenta seleção oval. Para mudar para ela, dê um duplo clique na
ferramenta oval e marque "Enable Selection Brush" na caixa de diálogo.
Ou clique direito sobre a ferramenta oval e selecione "Seleção Brush" no
menu drop-down.

Polígono
Cria seleções de forma irregular definida por uma série de segmentos de
linha. Para criar a seleção, clique várias vezes com o mouse para criar
segmentos de linha. Quando terminar, clique na caixa pequena no ponto de
partida (ou clique duplo), e automaticamente chama ImageJ o último
segmento.

Os pontos que definem um polígono de seleção pode ser movido ou

excluído, e novos pontos podem ser adicionados. Para apagar um ponto,
clique nele com a tecla Alt. Para adicionar um ponto, clique em um ponto
existente com a tecla Shift pressionada.

Sagacidade
A ferramenta freehand permite criar seleções de forma irregular,
arrastando com o mouse.

W and Tool
Cria uma seleção de rastreamento de objetos ou similar brilho uniforme. Se
a imagem é limiarizadas pelo Image> Adjust> ferramenta Threshold, ele
seleciona limiarizadas objetos. Para rastrear um objeto, clique dentro dela
(para objetos limiarizadas, você também pode clicar fora, à esquerda do
objeto). Use o WandAutoMeasureTool macro para delinear e medir
objetos automaticamente.

Dê um duplo clique no ícone da ferramenta varinha mágica para abrir a

caixa de diálogo de configuração.
 Existem três modalidades: 8-conectados, 4-connected ou 'Legacy', além de
um valor de tolerância pode ser definido.

4-conectados: Apenas quatro vizinhos de um pixel são considerados

vizinhos quando o rastreamento do objeto o contorno. Eg, a varinha
não segue uma linha diagonal pixels de largura, pois os pixels dessa
linha não são ligados a quatro.
8-conectados: Cada pixel é considerado como tendo oito vizinhos.
Assim, a varinha segue uma linha diagonal se você clicar nele. Por
outro lado, se você tem uma área de valor constante dissecados por
uma linha diagonal-pixel de largura, o ligado varinha 8, "pular a
linha" e incluem a outra parte dessa área.
Legacy: Neste modo, a operação é semelhante à do ImageJ e 1.42p
antes. Para visualizar o que acontece, imagine uma tartaruga que
começa a se mover para a direita de onde você clicar, procurando
uma borda. Uma vez que se encontra a bordo, segue-se até que ela
retorna para o ponto de partida. Isso pode às vezes resultar na
seleção de fundo, e não plano. 4 - e 8-connected comportamento
depende da borda encontrados primeira é considerada parte de uma
ampla linha de pixel-1. Para alguns tipos de objetos, este modo
funciona melhor se a imagem é limiarizadas.

Tolerância: O Wand tem o valor de pixel em que você clica

em um valor inicial. Em seguida, seleciona uma área contígua
sob a condição de que todos os valores pixel nessa área deve
estar no intervalo de tolerância initial_value, o valor +
tolerância inicial.

Composto Seleções
Segure a tecla shift ao criar uma área de seleção e ele será adicionado à
seleção existente. Mantenha pressionada a tecla Alt e será subracted da
seleção existente. Para adicionar um quadrado ou retângulo não elipse,
solte a tecla SHIFT depois de começar a adicionar a seleção.

Seleção de ferramentas de linha

Use essas ferramentas para criar seleções de linha. Use Analisar> Medida para calcular
o comprimento de uma seleção de linha. Use Edit> Draw para desenhar a linha
permanente sobre a imagem. Alterar a cor de desenho clicando no Colors>> Imagem
Color Picker janela. Dê um duplo clique em qualquer ferramenta de linha para
especificar a largura da linha. Use as setas para "cutucar" a selecção da linha um pixel
de cada vez.
As três ferramentas de seleção de linha compartilham o mesmo slot da barra de
ferramentas. Para mudar para uma ferramenta diferente, clique direito sobre a
ferramenta da linha atual e selecione a ferramenta desejada a partir do menu
drop-down.

Linha Reta
Use esta ferramenta para criar uma seleção de linha reta. Holding tecla
shift para baixo da linha de força a ser horizontal ou vertical. Ao criar uma
linha de uma imagem ampliada, segurando a tecla Alt forças dos dois
pontos que definem a linha ter inteiro coordenar valores.

Com ImageJ 1.42 e mais tarde, segurando a tecla Control (tecla de

comando para baixo em Macs) enquanto se move ou fim da linha de gira /
redimensiona-lo sobre seu centro. Com ImageJ 1.43 e mais tarde,
segurando a tecla Alt enquanto se move ou fim da linha mantém o
comprimento da linha fixa.

Espacialmente para calibrar uma imagem, criar uma seleção de linha

correspondente a uma distância conhecida (por exemplo, 10mm), em
seguida, digite a distância no Set> Analisar caixa de diálogo Scale.

Segmentado Line
Crie uma seleção de linha segmentada por várias vezes clicando com o
mouse. Cada clique irá definir um novo segmento de linha. Clique duas
vezes quando terminar, ou clique na caixinha no ponto de partida.

Os pontos que definem uma linha segmentada de seleção pode ser movido
ou excluído, e novos pontos podem ser adicionados. Para excluir um certo
ponto, clique nele com a tecla Alt. Para adicionar um ponto, clique em um
ponto existente com a tecla Shift pressionada.

Freehand Line
Selecione esta ferramenta e arraste com o mouse para criar uma seleção de
linha à mão livre.

Ângulo de ferramenta
Esta ferramenta permite medir um ângulo definido por três pontos. O ângulo é exibido
na barra de status enquanto a seleção está sendo criado ou ajustado. Pressione "m"
(Analyze Medida>) para registrar o ângulo na janela de resultados.

Point Tool Selecção

Use esta ferramenta para criar uma seleção, aponte para contagem de objetos ou para
gravar as coordenadas. Clique uma vez para criar uma seleção de um único ponto.
Shift-clique para adicionar mais pontos. Clique em um ponto e arraste para movê-lo.
Alt-clique em um ponto de excluí-lo. Alt, clique e arraste com a ferramenta seleção
oval ou retangular para apagar vários pontos. Dê um duplo clique no ícone da
ferramenta de ponto de exibir a seguinte configuração caixa diálogo.

Se Auto-Medida é verificado, ao clicar em um objeto na imagem de seus registros de

localização e intensidade e, se Mark largura é maior que zero, faz uma marca com a
cor de primeiro plano atual. As marcas de modificar a imagem para que ele possa ser
sábio para trabalhar com uma cópia. Definir a largura da marca de zero para desativar a
marcação. Note que as marcas de cores estão disponíveis apenas com imagens a cores
ou imagens em tons de cinza que foram convertidos para RGB. Se Auto-Seguinte Slice
estiver marcada, ImageJ vai avançar para a próxima fatia pilha após cada medição é
registrada.

Use o comando Edit> Draw para desenhar um marcador permanente circular na

imagem a localização de cada ponto. Os fabricantes são desenhados com a cor de
primeiro plano usando um diâmetro de Mark largura.

Ferramenta de Texto
Use esta ferramenta para adicionar texto a imagens. Ele cria uma seleção retangular
contendo uma ou mais linhas de texto. Use o teclado para adicionar caracteres para o
texto e a tecla de retrocesso para apagar os caracteres. Use Edit> Draw para desenhar
o texto de forma permanente sobre a imagem. Use Editar> Opções> Fonts, ou dê um
duplo clique na ferramenta de texto para especificar o tipo, tamanho e estilo.

Lupa
Clique na imagem com esta ferramenta de zoom dentro Alt-clique (ou clique com o
botão direito) para diminuir o zoom. A ampliação atual é mostrado na imagem na barra
de título da. Dê um duplo clique no ícone da lupa para reverter para o original
ampliação da imagem do . Existem 21 níveis de ampliação possíveis: 3.1, 4.2, 6.3, 8.3,
12.5, 16.7, 25, 33,3, 50, 75, 100, 150, 200, 300, 400, 600, 800, 1200, 1600, 2400 e
3200 por cento . Quando o zoom, pressione a tecla shift para impedir que a janela de
ser alargada.

Scrolling Tool
Permite-lhe percorrer uma imagem que é maior do que a sua janela. Ao usar outras
ferramentas (exceto a ferramenta de texto), você pode mudar temporariamente para
essa ferramenta, mantendo pressionada a barra de espaço.

Color Picker
Define o plano de desenho cor "pegar" as cores das imagens. A cor da ferramenta
ícone muda este coincidir com a cor de desenho. Colors pode "pegou" a partir da
Colors> Imagem> Cor janela Picker usar qualquer ferramenta. Alt-clique em o seletor
de cores para alterar a cor de fundo. Dê um duplo clique sobre essa ferramenta para
exibir o Color Picker. O ícone para esta ferramenta é desenhado na cor atual do
primeiro plano ea moldura em torno do que é desenhado na cor de fundo actual.
 Macro Tools
As ferramentas no lado direito da barra de ferramentas são definidos por macros no
arquivo StartupMacros, que pode ser aberto usando o Plugins> Macros> Startup
comando Macros. Essas ferramentas podem ser personalizados editando o arquivo
StartupMacros ou totalmente substituído com o menu na extremidade direita da
barra de ferramentas. A documentação linguagem macro tem mais informações sobre
ferramentas de macro.

Abortar Tool
Esta ferramenta macro aborta a execução no momento macro ou plugin. É
o equivalente a pressionar a tecla esc. É definido no StartupMacros
ficheiro com este macro:
macro "Abortar Ação Tool - CbooP51b1f5fbbf5f1b15510T5c10X" (
setKeyDown ("Esc");
)

Menu Ferramentas
Estes três menus são criados por macros no arquivo StartupMacros. Eles
fornecem um acesso conveniente aos comandos que estão também no
ImageJ barra de menu principal, mas enterrados dois ou três níveis de
profundidade. O "Dev" (Developer) menu contém comandos usados com
freqüência pelo ImageJ macro e desenvolvedores de plugins. O "STK"
(Stack) menu duplica os comandos no> Stacks submenu Imagem. O
"menu" Lut lista todas as LUTs (Lookup Tables) no ImageJ pasta LUTS /.

Ferramentas de Desenho
As ferramentas de desenho são definidos por macros no arquivo
StartupMacros. O sorteio ferramentas (ou preencher) na cor do primeiro
plano atual, ou a cor de fundo, se a tecla Alt está pressionada. Definir o
plano e cores de fundo, clicando duas vezes sobre a conta-gotas a cor dos
olhos (selecionador ferramenta). Duas vezes no mouse sobre o lápis, pincel
ou a ferramenta de seta para definir a largura de desenho para essa
ferramenta. Dê um duplo clique na ferramenta Preenchimento para
escolher o método de preenchimento, ou 4-connected ou 8-connected.

Macro Switcher Toolset

Utilize este drop-down menu para alternar a ferramenta de macro alternativa conjuntos
localizados em / macros ImageJ a pasta / conjuntos de ferramentas, ou para reverter
para o padrão ImageJ / macros / ferramenta StartupMacros set.

top | home | conteúdo | anterior | próxima

Home | conteúdo | anterior | próximo

Atalhos de Teclado
A tabela a seguir lista os atalhos de teclado embutido no ImageJ. Você pode criar
atalhos adicionais, ou substituir construído em atalhos, pela criação de macros simples
e adicioná-los ao arquivo StartupMacros. Você também pode atribuir uma função
chave para um comando de menu usando Plugins / Atalhos / Criar atalho. Excepto
quando se utiliza a ferramenta de texto, você não precisa segurar a tecla Ctrl
pressionada para usar um atalho do teclado.

Comando Atalho Descrição

New Image> n Criar nova imagem ou uma pilha
Nova janela de texto> n + shift Criar nova janela de texto
Clipboard New System> v + shift Criar uma imagem do sistema prancheta
Open TIFF, GIF, JPEG, BMP, DICOM,
Aberto o
FITS, etc
Abrir Próximo Shift + O Abra a próxima imagem na pasta
Exemplos Open Shift + b Abre "Blobs imagem de exemplo"
Fechar w Fechar a janela ativa
Salvar s Salvar imagem ativa no formato TIFF
Reverter r Reverter para a versão salva da imagem
Impressão p Imprimir imagem ativa

Desfazer z Desfazer a última operação

Copie a seleção para área de transferência
Corte x
interna e clara
Copie a seleção para área de transferência
Cópia c
interna
Colar conteúdo da área de transferência
Colar v
interna
Claro retrocesso Apagar seleção para cor de fundo
Preencha a seleção no primeiro plano de
Preencher f
cor
Desenhar d seleção Draw
Invertido shift + i Inverter imagem ou a selecção
Selecção> Selecionar tudo um Selecione a imagem inteira
Seleção Nenhum>
SHIFT + A seleção Excluir
Selecionar
Selecção> Restaurar + Shift e Restaurar seleção anterior
Selecção> Adicionar aos
t Adicionar à selecção ROI Manager
Manager

> Ajuste de Contraste Shift + c Ajuste o brilho eo contraste

Adjust> Threshold Shift + t Ajustar os níveis de limiar
 Apresentar informações sobre a imagem
Show Info Eu
ativa
Propriedades p + shift imagem Propriedades de Vídeo
Color Picker Color> k + shift Open Color Picker
Stacks> Slice Próximo > Ou → Ir para a próxima fatia pilha
Stacks Slice> anterior <Ou ← Ir para a pilha anterior fatia
Stacks Reslice> / Reslice pilha
Stacks Animation> \ Start / stop pilha de animação
Canais Hyperstacks> Shift + z Open "Channels" ferramenta
Hyperstacks > Ou → Canal hyperstack Próximo
Hyperstacks <Ou ← hyperstack canal anterior
Hyperstacks ctrl +> fatia hyperstack Próximo
Hyperstacks ctrl + < fatia hyperstack anterior
Hyperstacks alt +> frame hyperstack Seguinte
Hyperstacks alt + < frame hyperstack anterior
Colheita Shift + x Cortar imagem ativa ou seleção
Duplicado Shift + d Duplicate imagem ativa ou seleção
Escala e Escala da imagem ou seleção
Zoom> Ampliar + Ou ↑ Faça a imagem maior
Zoom> Fora - Ou ↓ Faça imagem menor
Zoom Scale> Original 4 Reverter para o nível de zoom original
Zoom View> 100% 5 Zoom de 1:1

Suave Shift + s 3x3 alisamento não ponderada

Repita o comando Shift + r Repita o comando anterior

Mostrar estatísticas sobre a imagem ativa

Medida m
ou seleção
Exibição de histograma de imagem ativa ou
Histograma h
seleção
Display parcela perfil de densidade da
Traçar perfil k
seleção atual
Géis> Selecionar Primeira 1 Selecione lane primeiro gel
Géis> Selecione Next 2 Selecione pista gel próxima
Lote Géis Lanes> 3 Traçar rotas gel

Macros> Instalar m + shift Instale uma macro definida

Utilitários Screen Capture> Shift + g Grab screenshot
> Utilitários encontrar
l List, encontrar e lançar comandos
comandos
Mostrar todos Shift + f Faça todas as janelas visíveis
Coloque Atrás tabulação Alterne para a imagem seguinte janela
ImageJ entrar Traga "ImageJ janela" para a frente

Modificações tecla Alt

Mantenha a tecla ALT para alterar o comportamento do
seguintes comandos e ferramentas, conforme indicado.

File / Open seguinte: Abra o anterior

Reverter Arquivo /: Não mostrar caixa de diálogo
Editar / Copiar: Copiar para área de transferência do sistema
Editar / Draw: Desenhe e etiqueta
Imagem / Ajustar / Threshold: Ajuste também ajusta Max Min
Image / Color / RGB Split: Mantenha a imagem original
Image / Pilhas / Adicionar Slice: Inserir antes fatia atual
Image / Pilhas / Next Slice: Skip nove fatias
Image / pilhas / Slice anterior: Passar nove fatias
Image / Pilhas Start / Animação: Mostrar opções de diálogo
Duplicate Image /: Não mostrar caixa de diálogo
Processo Equalize /: Do clássico equalização de histograma
Processo / Subtrair Contexto: Mostrar a imagem de fundo
Analisar / Histograma: diálogo Show
Analisar / Plot Perfil: Para rect. seleções, gerar fila parcela média
Analisar / Lote: Perfil para ampla linha reta, display rodar conteúdo
Analisar / Géis / Select First Lane: Assuma faixas são horizontais
Analisar / Ferramentas / Análise de Linha Gráfico: Mostrar imagem intermediária
Analisar / Ferramentas / Gerenciador de Roi ("Add"): Nome e adicione seleção
Plugins / Utilitários / ImageJ Propriedades: Lista de todas as propriedades Java
Plugins / Utilitários / Memory Monitor: Simular frame grabber 640x480
Plugins / Compile and Run: diálogo Display
Qualquer Plugin Usuário: Load usando loader nova classe

Área ferramenta de seleção: Subtrair esta seleção do anterior

Polygon ferramenta de seleção: Alt-clique em um nó para excluí-lo
Ferramenta de linha reta: Rodar / redimensionar a linha sobre o seu centro
ferramenta de linha segmentada: Alt-clique em um nó para excluí-lo
Aponte a ferramenta: Alt-clique em um ponto para excluí-lo
Ferramenta Color picker: Alt-clique para "pegar" a cor de fundo
Todas as ferramentas: Mostrar localização e tamanho em pixels

Modificações Shift Key

Mantenha a tecla Shift para alterar o comportamento do
seguintes comandos e ferramentas, conforme indicado.

Imagem / Ajustar / Threshold: Ajuste também ajusta Max Min

Image / Zoom / In: Não ampliar janela
Analisar / Histograma: histograma Display log
Analisar / Ferramentas / Gerenciador de Roi ("Add"): Desenhar e adicione seleção
Macros no menu Plugin: Open, em vez de correr

Retângulo e ferramentas de seleção Oval: Seleção da força a ser quadrado

Área ferramenta de seleção: Adicionar esta selecção para uma anterior
Polygon ferramenta de seleção: Shift-clique em um nó para duplicá-lo
ferramenta de seleção de linha segmentada: Shift-clique em um nó para duplicá-lo
Aponte a ferramenta de seleção: Shift-clique para adicionar um ponto

Modificações Space Bar

Qualquer Tool: mudar temporariamente para a mão "(rolagem) ferramenta

Setas
As quatro teclas de seta para mover a seleção apresenta um pixel de cada vez. Resize retangular e
oval seleções pressionando o alt o (opção) e quando usar as setas do teclado.

Cima e para baixo teclas de seta ampliar a imagem dentro e fora. Se há uma seleção, você deve
também mantenha pressionado a tecla Shift ou a tecla de controle. (Requer v1.42 ou mais tarde.)

O direito e as teclas de seta para a esquerda subsitute para "<" e ">" para mover-se através de uma
pilha. Se há uma seleção, você deve também manter pressionada a tecla shift. Com hyperstacks, o
direito e as teclas de seta para a esquerda mudar de canal. Segure a tecla Ctrl pressionada para
percorrer as fatias e a tecla ALT para percorrer as molduras. (Requer v1.42 ou mais tarde.)

top | home | conteúdo | anterior | próximo