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um modelo simples
Leandro Martínez
Instituto de Química
UNICAMP
26 de Outubro de 2016
2
O problema
Enovelamento
Sequência de aminoácidos
Estrutura e função
3
O problema
Número de conformações
“Paradoxo de Levinthal”
C. Levinthal, 1969
4
Um modelo simples de enovelamento
C
Imagine que cada aminoácido pode ter duas conformações:
I
A estrutura da proteína pode, então ser descrita por uma sequência, na forma:
CCIIICICICICCCCIIIIIIIIIIICCIICICIICIIIIICCCCCCCCCC...
CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC...
5
Um modelo simples de enovelamento
CCIIICICICICCCCIIIIIIIIIIICCIICICIICIIIIICCCCCCCCCC...
CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC...
CCIIICICICICCCCIIIIIIIIIIICCIICICIICIIIIICCCCCCCCCC...
CCIIICICICICCCCIIIIIIIIIIICCIICICIICIIIIICCCCCCCCCC...
1 ns
ICCIIICICICICCCCICCCIIIIIIICCIIIIICIICIIIIICCCCCCCCC...
1 ns
CCIIICICICICCCCIIIIIIIIIIICCIICICIICIIIIICCCCCCCCCC...
7
Um modelo simples de enovelamento
Probabilidade de enovelamento
t= 1 ns
CCCIICCICIIIIIIICCIIIIIIIII... Quanto tempo leva a estrutura para
passar pelo estado enovelado?
1 ns - N resíduos
- Perturbações independentes
t= 2 ns
CCCIICCCIICCICCCCCCCIIICCC..... Probabilidade de enovelamento instantânea:
1 ns
Probabilidade de permanecer desenovelada:
t= 3 ns
CIIIIIIIICCIICCIIIICCCCIICI....
Probabilidade de enovelamento
9
Um modelo simples de enovelamento
Dependência com N:
Probabilidade de enovelamento
t= 1 ns
CCCIICCICIIIIIIICCIIIIIIIII... Quanto tempo leva a estrutura para
passar pelo estado enovelado?
1 ns - N resíduos
- Perturbações independentes
t= 2 ns
CCCIICCCIICCICCCCCCCIIICCC..... Probabilidade de enovelamento instantânea:
1 ns
Probabilidade de permanecer desenovelada:
t= 3 ns
CIIIIIIIICCIICCIIIICCCCIICI....
Preferência
100 min estatística pela
conformação
correta de cada
resíduo.
Para α ~ 0,95,
proteínas de até
500 resíduos
enovelam rápido.
14
Um modelo simples de enovelamento
Resumo:
1 1 1
1 1 2
1 1 3
1 2 1 3 x 3 x 3 = 27 resultados possíveis
1 2 2
1 2 3
1 3 1
1
1
3
3
2
3
Todos os resultados são igualmente prováveis.
2 1 1
2 1 2
2 1 3
2 2 1
2 2 2
2 2 3
2 3 1
2 3 2
2 3 3
3 1 1
3 1 2
3 1 3
3 2 1
3 2 2
3 2 3
3 3 1
3 3 2
3 3 3
18
Um pouco de termodinâmica estatística
1 1 1
1 1 2
1 1 3
O número 1 aparece 27 vezes
1 2 1 O número 2 aparece 27 vezes
1 2 2
1 2 3
O número 3 aparece 27 vezes
1 3 1
1 3 2
1 3 3
2 1 1
2 1 2
2 1 3
2 2 1
2 2 2
2 2 3
2 3 1
2 3 2
2 3 3
3 1 1
3 1 2
3 1 3
3 2 1
3 2 2
3 2 3
3 3 1
3 3 2
3 3 3
19
Um pouco de termodinâmica estatística
Probabilidade Energia
“Distribuição de Boltzmann”:
23
Um pouco de termodinâmica estatística
Probabilidade da conformação
correta
Probabilidade Energia
Nova
Interações moleculares: interação
“Correta”
“Incorreta”
Interações inter-moleculares:
T = 36oC
α EC - EI / kcal mol-1
0,5 0,0
0,7 -0,5
0,9 -1.3
0,95 -1,7
27
Um pouco de termodinâmica estatística
T = 36oC
α EC - EI / kcal mol-1
0,5 0,0
0,7 -0,5
0,9 -1.3
0,95 -1,7
28
Um pouco de termodinâmica estatística
T = 36oC
α EC - EI / kcal mol-1
0,5 0,0
0,7 -0,5
0,9 -1.3
0,95 -1,7
29
Um pouco de termodinâmica estatística
T = 36oC
α EC - EI / kcal mol-1
0,5 0,0
0,7 -0,5
0,9 -1.3
0,95 -1,7
Se cada conformação correta for -1,7 kcal mol-1 mais favorável que a incorreta, proteínas
de 500 resíduos enovelam rápido!
30
Um pouco de termodinâmica estatística
Nova
Interações moleculares: interação
“Correta”
“Incorreta”
Interações inter-moleculares:
W
conformações
EC-EI / kcal
α W
mol-1
0,95 1 -1,7
Agradecimentos:
Lúcio / Laura