Existem, dois tipos de pigmentos que podem ser observados nas penas das aves que podem ser:

Pigmentos endógenos que são aqueles oriundos de substâncias que fazem parte da organização
corporal, sendo produtos específicos da atividade metabólica. São substâncias que são produzidas
dentro e pelo próprio organismo sendo posteriormente depositados nos tecidos e Pigmentos
exógenos que são oriundos do exterior, que são introduzidos no organismo pela ingestão dos
alimentos, e assim são depositados nos tecidos. Para que uma ave expresse seu potencial em cor,
precisa ter uma genética permita a absorção, a transformação e a deposição dos pigmentos
lipocrômico nos seus tecidos. Logo, alterações cromáticas nas aves são comuns como o Albinismo,
o Leucismo e o melanismos. Em canários, observamos variações diversas, dentro dessas alterações
como os INOs, brancos, Pasteis, entre outros.
Os pigmentos endógenos são as melaninas (Eumelanina Marrom, Eumelanina Negra e
feomelanina). A cor melânica é derivada da proteína melanina, que pode estar presente como
eumelanina, que origina tonalidades que variam da cor negra ao cinza azulado, ou a feomelanina,
que dá origem a tons que vão de castanho escuro ao bege claro. E os exógenos são os carotenoides
(carotenos (alaranjados) e as xantofilas (amarelas e vermelhas) ex.:– luteína e zeaxantina,
cantaxantina). Já a cor lipocrômica se apresenta em gradações de branco, amarelo e vermelho.
Ambos pigmentos se distribuem no eixo e periferia das penas, combinando entre si e formando as
diversas cores das aves.
A coloração nas penas das aves se deve à capacidade desses pigmentos em interagirem com a luz
e as propriedades estruturais das penas. A eumelanina, por ser de tom negro, não promove a
reflexão dos comprimentos de ondas, mas sim a sua absorção, logo as penas não depende desse
pigmento para obter brilho. O brilho das penas depende de pigmentos que reflitam uma parte da
radiação luminosa incidente, ai entram em ação os carotenoides, estes formando cores dentro das
variações citada acima. Contudo existe a ocorrência da tonalidade azulada ou esverdeada, que se dá
devido a um efeito óptico denominado de “efeito tyndall”, que se dá a partir do reflexo da luz
branca nos pigmentos dispersos nas penas.
O efeito Tyndall ocorre pela dispersão da luz em uma solução coloidal, como shampoo, ar,
gelatina, neblina, ... no caso dos canários gera o efeito azul, dando um tom azulado aos Opalinos ou
aos Azuis ou aos Verde ou o verde limão nos amarelos.
A máxima expressão fenotípica das cores das aves se deve as alterações na quantidade de
melaninas e carotenoides presentes nas penas, bem como a diversos fatores, entre eles genéticos,
ambientais e nutricionais. O criador, precisa ter em mente, que é durante a muda que se formam os
fenótipos desejados. Para atender a grande demanda nutricional nesse período, faz-se necessário um
aporte nutricional que atenda ao maior gasto energético, as altas demandas de vitaminas, de cobre,
de zinco, ácidos graxos e principalmente de proteínas. Um erro e uma baixa oferta de aminoácidos
durante essa fase, pode-se ter folículos e bainhas de penas com baixa expressão fenotípica, podendo
culminar no surgimento de penas com coloração e estrutura defeituosas, ou seja, com baixa
expressão melânica ou lipocrômica.
O fator azul é determinado geneticamente, sendo um forte inibidor da feomelanina. É um caráter
de Dominância Parcial autossômica, que precisa de atenção dos criadores mais exigentes, pois o
mesmo ira dar brilho e tons azulados desejados aos canários em concursos.
Outro fator vital na formação das cores dos canários, o Fator Enzima afeta a deposição de
melanina na plumagem. Também autossômico e de alelos com dominância parcial. Produzindo aves
melânicas (dominantes puras), pintadas (dominância parcial) e lipocrômica (recessiva). O canário
pintado, apresentará áreas melânicas intercaladas com lipocrômica. Um caso muito conhecido do
canário pintado é uma ave lipocrômica aparecer um filhote com bico ou unhas ou áreas de penas
com manchas negras, assim como podem surgir aves melânicas com penas brancas. O fator Enzima
não atua sozinho na formação da pigmentação dos canários, mas também existe o fator de
Localização, que interagem ativando ou inativando áreas durante a expressão da cor.
Além dessas características peculiares, os canários apresentam uma grande variabilidade de
cores em suas diversas mutações, sejam elas clássicas ou adjuntas, apresentando variações desde o
branco com ausência total de lipocromos até os vermelhos e Negros.