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Laboratórios virtuais de

Biotecnologia
Versão 2.0
Desenvolva novas habilidades para se tornar
um cientista brilhante que está pronto para
inovar e mudar o mundo!

www.movbiotecbrasil.com
COMO APROVEITAR ESTE
EBOOK AO MÁXIMO

Antes de começar a ler, aqui vão algumas dicas para te ajudar a navegar com
facilidade por este ebook e desfrutar de todas as informações e recursos que
temos por aqui:

BLOG MOVBIOTECBRASIL: no canto superior direito, você encontra um ícone


com acesso para o nosso blog. Lá, você pode encontrar muito mais informações e
recursos.

SAIBA MAIS: para


explorar mais um
Como iniciar uma empresa de biotecnologia com pouco dinheiro

determinado assunto,
1.
Para acessar o plano de negócios de
aproveite os links que
laboratório de cultura de tecidos vegetais
o Plano de Negócios aparecem destacados em
clique no botão

verde ou azul no texto.

SUMÁRIO: uma
forma rápida de acessar
facilmente os capítulos ou
tópicos que mais te
interessam. Quer retornar à
lista de capítulos? Basta
2. SIMPATIA
Se você se dá bem com as câmeras, as chances de conquistar fãs
clicar no ícone do canto
que se identificam com sua forma de falar/ensinar são
altas. E pessoas amam compartilhar aquilo que as agradam,
inferior.
assim, você tem ainda mais chances de adquirir novos
expectadores.

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Agora está tudo pronto.


COMECE A NAVEGAR E BOA
LEITURA!
As distâncias físicas e a falta de recursos nos tornam
incapazes de realizar experimentos, principalmente quando
envolvem instrumentos sofisticados. Além disso, bons
professores são sempre um recurso escasso. Com as
tecnologias atuais da Internet e da informática, as limitações
acima não podem mais prejudicar estudantes e
pesquisadores no aprimoramento de suas habilidades e
conhecimentos. Além disso, em um país como o nosso,
instrumentos e equipamentos caros sempre precisam ser
compartilhados com colegas pesquisadores na medida do
possível. Os experimentos habilitados para a Web podem
ser projetados para operação e visualização remotas, de
modo a entusiasmar a curiosidade e a inovação dos alunos.
Isso ajuda a aprender conceitos básicos e avançados por
meio de experimentação remota. Hoje em dia, a maioria dos
equipamentos possui uma interface de computador para
controle e armazenamento de dados. É possível projetar
boas experiências em torno de alguns desses
equipamentos, o que melhora o aprendizado de um aluno. A
experimentação baseada na Internet permite ainda o uso de
recursos, conhecimento, software e dados disponíveis na
Web, além de incentivar experimentos hábeis sendo
executados simultaneamente em pontos separados no
espaço (e possivelmente no tempo).

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Como iniciar uma empresa de biotecnologia com pouco dinheiro
SEU APOIO FAZ TODA A DIFERENÇA!

Para obter a máxima experiência de aprendizado, os


usuários são aconselhados a ler primeiro todas as
instruções para conduzir os laboratórios. Existem
instruções passo a passo disponíveis em cada
laboratório para ajudar os usuários.

Importante: 50% do valor desse Ebook


será usado para financiar novos projetos de
biotecnologia. O MBB investirá em você!

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SEU APOIO FAZ TODA A DIFERENÇA!

O objetivo dos Laboratórios Virtuais de Biotecnologia é aumentar o


aprendizado prático de biotecnologia através da realização de
experimentos virtuais.

EXISTEM DOIS TIPOS DE LABORATÓRIOS VIRTUAIS:

Laboratórios virtuais baseados em simulação:

Nesses laboratórios virtuais, os experimentos são modelados usando


equações matemáticas. As simulações são realizadas remotamente
em um servidor de ponta e os resultados são comunicados ao aluno
pela Internet. Essa classe de laboratórios virtuais, na melhor das
hipóteses, imita os cenários / experimentos do mundo real. Os
laboratórios virtuais baseados em simulação são escaláveis e podem
atender a um grande número de usuários simultâneos.

Laboratórios virtuais acionados remotamente:

Nesses laboratórios virtuais, as experiências reais são acionadas


remotamente. A saída do experimento (sendo conduzida
remotamente) é comunicada de volta ao aluno pela Internet. Esta
classe de Laboratórios Virtuais fornece ao aluno a saída de
experimentos em tempo real. Os Laboratórios Virtuais com Disparo
Remoto são difíceis de dimensionar e podem atender a um número
limitado de usuários. Normalmente, os intervalos de tempo são
reservados antes da realização de tais experimentos.

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Como criar o ebook perfeito para vender na
internet

SUMÁRIO

Laboratórios prontos para uso 8

Lab Xchange 10

PraxiLabs 12

Learn Genetics 14

Modelagem e Simulação de Biorreatores 17

Laboratório de biologia de sistemas 19

Design de Medicamentos assistido por Computador 22

Laboratório virtual de Ecologia 25

Análise de imagem biológica 28

Laboratório virtual de biofísica 31

Processamento de Sinais Biomédicos 34

Laboratório virtual de Proteômica 36

Laboratório Virtual de Neurofisiologia 38

Simulação de Neurônios 35

Laboratório Virtual de Bioquímica I 38

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SUMÁRIO

Ecologia de populações I 48

Laboratório Virtual de Imunologia I 50

Laboratório Virtual de Imunologia II 53

Laboratório Virtual de Microbiologia I 56

Laboratório Virtual de Microbiologia II 59

Laboratório Virtual de Biologia Molecular I 62

Laboratório Virtual de Biologia Molecular II 64

Laboratório Virtual de Biologia Celular I 67

Laboratório Virtual de Biologia Celular II 69

Laboratório Virtual de Bioinformática I 71

Laboratório Virtual de Bioinformática II 74

Laboratório Virtual de Bioinformática III 77

Labster Virtual Labs 80

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LABORATÓRIOS
PRONTOS PARA USO

Atualmente, existem cerca de 23 laboratórios virtuais


gratuitos de Biotecnologia e aproximadamente 1500
experimentos na área de biotecnologia em vários
estágios de desenvolvimento e implantação.

É grátis para usar? Sim, é gratuito para o usuário.


Posso usar os laboratórios virtuais de biotecnologia
o tempo todo? Os laboratórios baseados em
simulação estão disponíveis 24x7, incluindo finais de
semana. Você pode usar os laboratórios acionados
remotamente, conforme o tempo mencionado no
site.

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SEU APOIO FAZ TODA A DIFERENÇA!

ATENÇÃO!
As páginas para acesso aos laboratórios estão em inglês, para obter
uma melhor experiência traduza as páginas para o português
instalando plugins de tradução em seu navegador.

Para realizar a instalação siga os passos abaixo:

Traduzindo páginas inteiras

Passo 1. Baixe e instale a extensão do Google Tradutor para o


navegador Google Chrome.

Passo 2. Ao acessar uma página em língua estrangeira, clique na


extensão para abrir a janela principal do Tradutor. Em seguida,
selecione “Traduzir esta página”. Aguarde alguns segundos para ver o
site inteiro traduzido.

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LAB XCHANGE

O LabXchange é uma comunidade online para


aprendizado, compartilhamento e colaboração criada
pela Universidade Harvard. Os laboratórios são
locais de exploração e descoberta para todos os
campos imagináveis. Conteúdo digital de classe
mundial, entregue em uma plataforma on-line
gratuita que permite integrar suas experiências de
aprendizado e pesquisa. Nele, você assume o
controle de seu aprendizado e resolve problemas do
mundo real como uma comunidade. A participação
será sempre gratuita.

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SEU APOIO FAZ TODA A DIFERENÇA!

Lista de experimentos: Conceitos e


técnicas fundamentais em Biotecnologia

● Introdução à Engenharia Genética: O Processo


● Introdução à Engenharia Genética: O Papel das Células
● Ferramentas e Técnicas em Biotecnologia: Micropipeta
● Ferramentas e Técnicas em Biotecnologia: Eletroforese em Gel
● Introdução à Engenharia Genética: Plasmídeos recombinantes
● Construindo um plasmídeo recombinante: enzimas de restrição
● Construindo um plasmídeo recombinante: DNA ligase
● Verificando um plasmídeo recombinante: eletroforese em gel
● Ferramentas e Técnicas em Biotecnologia: Transformação
Bacteriana
● Introdução à Engenharia Genética: O Produto
● Ferramentas e Técnicas em Biotecnologia: Cromatografia em
Coluna

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PRAXILABS

PraxiLabs foi construído e é continuamente


desenvolvido e aprimorado por uma equipe dedicada
de programadores e especialistas em educação que
entendem a importância da experimentação no
ensino de ciências. O PraxiLabs não apenas fornece
uma experiência imersiva em laboratório virtual, mas
adiciona conteúdo enriquecido que fornece aos
alunos mais compreensão e conhecimento.

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SEU APOIO FAZ TODA A DIFERENÇA!

Lista de experimentos: Conceitos e


técnicas fundamentais em Biotecnologia
Biologia
1. Extração de DNA.
2. Síntese de cDNA da primeira cadeia.
3. Reação em Cadeia da Polimerase Convencional (PCR).
4. Eletroforese em gel de agarose de fragmentos de DNA.
5. Extração de RNA.
6. Eletroforese de proteínas 2D.
7. Ensaio de Bradford.
8. Western Blot.

Quimica
1. Teste para bicarbonato radical.
2. Teste para cloreto radical.
3. Teste para o grupo Amida.
4. Determinação da concentração de ácido acético em vinagre
comercial.
5. Padronização do permanganato de potássio.
6. Testes para grupos aldeídos e cetônicos.
7. Determinação da concentração de ácido cítrico na soda por
titulação.
8. Análise gravimétrica de sulfato.
9. Teste para o radical Carbonato.

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LEARN.GENETICS

Neste laboratório virtual, estudaremos a análise


computacional de proteínas. Este laboratório é
direcionado aos estudantes do PG com exercícios
que permitirão aprender a visualizar proteínas
em 3D, como calcular a distância entre átomos,
encontrar locais ativos nas estruturas de
proteínas e também se aprofundar em alguns
métodos de análise estrutural, incluindo encaixe
e modelagem de homologia. A combinação dos
laboratórios 1, 2 e 3 fornecerá uma compreensão
geral dos métodos computacionais comumente
usados em bioinformática.
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SEU APOIO FAZ TODA A DIFERENÇA!

Lista de experimentos

Extração de DNA
O DNA é extraído das células humanas por várias razões. Com
uma amostra pura de DNA, você pode testar uma doença genética
em um recém-nascido, analisar evidências forenses ou estudar um
gene envolvido no câncer. Experimente este laboratório virtual
extrair o DNA das células humanas.

Eletroforese em Gel
Você já se perguntou como os cientistas trabalham com moléculas
minúsculas que eles não podem ver? Aqui está sua chance de
experimentar você mesmo! Classifique e meça as cadeias de DNA
executando seu próprio experimento de eletroforese em gel.

Citometria de fluxo
Existem três tipos principais de células no sangue: glóbulos
vermelhos, glóbulos brancos e plaquetas. Os glóbulos brancos são
ainda agrupados em três categorias: granulócitos (neutrófilos,
eosinófilos e basófilos), linfócitos (células B, células T e células
matadoras naturais) e monócitos.

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SEU APOIO FAZ TODA A DIFERENÇA!

PCR
A PCR (abreviação de Polymerase Chain Reaction) é uma
ferramenta relativamente simples e barata que você pode usar
para se concentrar em um segmento de DNA e copiá-lo bilhões de
vezes. A PCR é usada todos os dias para diagnosticar doenças,
identificar bactérias e vírus, associar criminosos a cenas de crimes
e de muitas outras maneiras. Entre na bancada do laboratório
virtual e veja como funciona!

DNA Microarray
A PCR (abreviação de Polymerase Chain Reaction) é uma
ferramenta relativamente simples e barata que você pode usar
para se concentrar em um segmento de DNA e copiá-lo bilhões de
vezes. A PCR é usada todos os dias para diagnosticar doenças,
identificar bactérias e vírus, associar criminosos a cenas de crimes
e de muitas outras maneiras. Entre na bancada do laboratório
virtual e veja como funciona!

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Modelagem e Simulação de Biorreatores

Os Biorreatores são equipamentos essenciais nas


indústrias e laboratórios, não somente voltados à
Biotecnologia, mas para muitos processos que
envolvem microrganismos e células dos mais
diversos ramos e tipos.

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SEU APOIO FAZ TODA A DIFERENÇA!

Lista de experimentos
● Biorreator- Básico
● Características de controle do controlador de pH
● Estimação de parâmetros cinéticos de crescimento na
fermentação em batelada
● Medição simultânea da taxa específica de crescimento /
mortalidade de microrganismos
● Determinação do coeficiente de transferência volumétrica de
massa (método dinâmico)
● Determinação do coeficiente volumétrico de transferência de
massa (método do balanço de oxigênio)
● Desenvolvimento de modelo matemático
● Cultivo microbiano em lote
● Cultivo microbiano em lote de Fed
● Cultivo microbiano contínuo
● Produção de biopolímeros por micróbios
● Fermentação de acetona-butanol-etanol
● Fermentação com ácido propiônico
● 1, 3 Fermentação com propanodiol
● Experiência em laboratório de células vegetais
● Cultivo de lotes de células vegetais
● Cultura de Lote de Células de Animais
● Cultivo em lote de células animais
● Estudo da cinética enzimática
● Imobilização de células inteiras
● Cultivo de biorreator de 15 litros

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Laboratório de biologia de sistemas

Este laboratório virtual consiste em experimentos de


modelagem e simulação para estudantes de
graduação e Pós-Graduação entenderem processos
biológicos usando uma abordagem de biologia de
sistemas.

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SEU APOIO FAZ TODA A DIFERENÇA!

Lista de experimentos

Modelagem matemática e simulação de redes bioquímicas


Para aprender como desenvolver e simular um modelo matemático

Importar e simular modelos de diferentes bancos de dados


Para saber como importar, modelar e simular o modelo usando
bancos de dados

Para importar e simular um modelo do repositório


Importe e simule o modelo do repositório e entenda as funções dos
genes com base em seus relacionamentos evolutivos.

SBML-A linguagem de marcação para modelos matemáticos


em biologia de sistemas usando o designer de células A
Systems Biology Markup Language (SBML) é uma linguagem
baseada em xml (eXtensible Markup Language). É uma linguagem
de descrição para simulações em biologia de sistemas. O SBML é
adequado para representar redes bioquímicas, que incluem vias de
sinalização celular.

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SEU APOIO FAZ TODA A DIFERENÇA!

Criando e visualizando um modelo de rede simples


Para criar e visualizar uma rede simples usando os softwares de
visualização de biologia de sistemas

Análise de redes biológicas para detecção de recursos


Analisar os diferentes recursos para entender melhor as interações
na rede

Integrando redes biológicas e dados de expressão de


microarray
Para aprender a integração de dados de expressão com rede
biológica e analisar a rede

Analisando a rede localizando submódulos


Para saber como analisar a rede localizando os submódulos com
base nos dados da expressão

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Design de Medicamentos assistido por
Computador

Este laboratório é para estudantes entenderem


sobre os vários tópicos de laboratório no design de
medicamentos auxiliados por computador.

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SEU APOIO FAZ TODA A DIFERENÇA!

Lista de experimentos

Construindo o modelo computacional de uma molécula


Construir computacionalmente às moléculas de diferentes átomos
para usá-las em pesquisas adicionais, como design de
medicamentos, etc.

Introdução de átomos de hidrogênio a uma molécula


Para adicionar átomos de hidrogênio, de modo a equilibrar as
ligações para tornar a molécula estável.

Cálculo do ângulo diédrico de uma molécula


Para calcular o ângulo diédrico de uma molécula.

Minimização de energia de uma molécula


Construir uma molécula cuja energia é minimizada para obter uma
conformação estável.

Prever a estrutura da modelagem de proteínas e homologia


Prever a estrutura de uma molécula de proteína usando a
modelagem de homologia.

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SEU APOIO FAZ TODA A DIFERENÇA!

Interação medicamento-receptor
Para verificar a interação receptor-medicamento usando estudos
de encaixe

Previsão de Propriedade de Absorção e Distribuição no


Processo de Design de Medicamentos
Para calcular a taxa de absorção e distribuição de um
medicamento

Previsão de toxicidade de uma molécula


Para prever a toxicidade de moléculas de drogas usando
abordagens insilicas

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Laboratório virtual de ecologia

Os ecossistemas são um jogo de equilíbrio complexo


e delicado. Os ecossistemas têm uma rede
extremamente complexa de causa e efeito. A adição
ou remoção de uma espécie afeta muitas outras
espécies com as quais ela pode competir ou
fornecer alimentos.

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SEU APOIO FAZ TODA A DIFERENÇA!

Lista de experimentos

Determinação do pH da amostra de águas residuais


Para determinar o pH das águas residuais coletadas de diferentes
fontes de água.

Demanda biológica de oxigênio


Determinar a quantidade de oxigênio dissolvido presente nas
amostras de águas residuais.

Demanda química de oxigênio das águas residuais


Para determinar a demanda química de oxigênio da amostra de
água desconhecida.

Ciclo de nitrogênio
Estudar como o nitrogênio é convertido em várias formas químicas
por processos biológicos e físicos.

Uma Breve Introdução às Interações entre Espécies em


Ecologia
Estudar a importância das interações entre espécies e seus efeitos
no ecossistema.

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SEU APOIO FAZ TODA A DIFERENÇA!

Crescimento da população bacteriana


Estudar o padrão de crescimento bacteriano.

Invasão de população - uma ameaça ao ecossistema


Neste experimento, a invasão da população de pragas e seus
impactos no ecossistema são discutidos usando estudos de caso.
Também o conceito de "disseminação da população de pragas" é
explicado usando um simulador matemático.

Estudo da forragem de organismos no ecossistema


Para aprender a ecologia da forragem que abrange todos os
comportamentos associados à obtenção de recursos.Este
experimento descreve o comportamento de um predador de sentar
e esperar (emboscada) cuja estratégia de forragem ideal para
maximizar o ganho de energia.

Estudos de caso sobre ecologia


Este laboratório discute sobre alguns estudos de caso de funções e
interações ecológicas no ecossistema.

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Análise de imagem biológica

Neste laboratório, os alunos aprenderão a usar


técnicas de processamento de imagem para analisar
e quantificar dados de imagem de experimentos em
laboratório úmido, como os de laboratórios de
biologia celular, bioquímica, biologia molecular e
imunologia.

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Lista de experimentos

Introdução à análise de imagem biológica


Aprender técnicas de software de processamento de imagem para
analisar e quantificar dados de imagem de experimentos em
laboratório úmido, como os de laboratórios de biologia celular,
bioquímica, biologia molecular e imunologia.

Quantificação de lignina em seções de tecidos


Para estudar técnicas de software de processamento de imagens
para quantificar lignina em tecidos vegetais manchados.

Análise da morfologia celular


Aplicar técnicas de processamento de imagem para analisar a
morfologia das células coradas.

Contagem de partículas fluorescentes


Para aprender a contagem de objetos manchados de
fluorescência, como células, a partir de uma imagem usando o
software on-line.

Contagem de partículas fluorescentes


Para aprender a contagem de objetos manchados de
fluorescência, como células, a partir de uma imagem usando o
software on-line.

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SEU APOIO FAZ TODA A DIFERENÇA!

Contagem da fluorescência total em uma célula


Para aplicar a técnica de processamento de imagem para descobrir
a fluorescência total em uma célula.

Análise em géis moleculares: um estudo de caso em


eletroforese em gel de poliacrilamida
Para comparar a densidade de bandas em um gel de
poliacrilamida.

Quantificação de células hepáticas


coradas Estudar a quantificação de colágeno corado em uma
imagem de uma seção de tecido hepático.

Quantificação de colônias bacterianas em uma placa de ágar


Para entender a quantidade de bactérias que crescem em um ágar.

Quantificação de aminoácidos presentes em uma mistura


Estudar as técnicas de processamento de imagens para quantificar
os aminoácidos detectados em uma placa de cromatografia em
camada fina.

Quantificação de proteínas presentes em uma amostra


Para aprender técnicas de análise de imagem para quantificar a
intensidade da banda de western blot.

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Laboratório virtual de biofísica

Este laboratório fornecerá uma experiência on-line


por meio de equipamentos remotos para estudar
biofísica e técnicas biofísicas.

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Lista de experimentos

Uso de um microscópio óptico (gatilho remoto)


Para entender o uso de um microscópio óptico simples e observar
os componentes celulares em uma célula vegetal

Observando uma célula animal usando um microscópio óptico


(Remote Trigger)
Usando um microscópio óptico acionável remotamente para
observar células animais.

Estudo das propriedades RC da membrana celular (disparador


remoto)
Estudar os efeitos da capacitância e resistência da membrana na
propagação do potencial de ação.

Estudo de células eletricamente excitáveis (gatilho remoto)


Para entender como o Integrate e o neurônio de fogo podem ser
modelados em circuitos eletrônicos.

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SEU APOIO FAZ TODA A DIFERENÇA!

Micrometria (Disparo Remoto)


Micrometria refere-se à medição microscópica (comprimento,
largura e diâmetro) de microrganismos de interesse.

Modelagem multicompartimental do comportamento biofísico


dos neurônios (Remote Trigger)
Estudar o comportamento biofísico detalhado dos neurônios e
outros modelos eletricamente excitáveis - O modelo de membrana
de Lewis.

Entendendo a Fotossíntese como um Processo


Biologicamente Fechado
Para entender o mecanismo da fotossíntese usando
experimentação remota

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Processamento de Sinais Biomédicos

Este laboratório vai te ensinar a desenvolver e


utilizar técnicas de processamento de sinais visando
a modelagem e análise de sistemas biológicos.

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Lista de experimentos

● Para simular a forma de onda do eletrocardiograma


● Para simular sinal de eletroencefalograma
● Para simular sinal eletromiográfico
● Para simular desfibrilador
● Para simular marcapasso
● Para simular a máquina de hemodiálise
● Para simular um amplificador biopotencial
● Para simular o detector ausente de pulso de ECG
● Para simular 12 sinais de ECG de chumbo

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Laboratório Virtual de Proteômica

A Proteômica consiste na análise global e em larga


escala dos Proteomas, que são o conjunto de
proteínas e suas isoformas expressas em uma
amostra biológica, ou seja, em um organismo,
tecido, biofluido ou célula.

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Lista de experimentos

● Uma Visão Geral do Laboratório Virtual de Proteômica


● Uma Visão Geral da Proteômica Baseada em Gel
● Experimento-1: Proteômica baseada em gel para analisar o
proteoma sérico humano
● Experimento-2: Proteômica baseada em gel para analisar
proteoma bacteriano
● Experiência-3: Proteômica baseada em gel para analisar o
proteoma vegetal
● Módulo II: Uma Visão Geral dos MALDI-TOF MS
● Experiência-4: Digestão de proteínas no gel para análise por
EM
● Experiência-5: Preparação de amostras para a análise
MALDI-TOF MS
● Experiência-6: Instrumentação MALDI-TOF e análise de
proteínas séricas
● Experiência-7: Análise de dados MS - Impressão digital em
massa de peptídeos (PMF)
● Experiência-8: Determinação do peso molecular de proteínas
intactas usando MALDI TOF
● Módulo III: Uma Visão Geral da Bioinformática
● Experiência-9: Alinhamento de sequência
● Experiência-10: Modelagem de Homologia
● Experiência-11: Anotação de Função de Proteína
● Experiência-12: Ancoragem Molecular

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Laboratório Virtual de Neurofisiologia

Neurofisiologia é o estudo da função do sistema


nervoso. Principalmente, está relacionado à
neurobiologia, psicologia, neurologia, neurofisiologia
clínica, eletrofisiologia, neurofisiologia biofísica,
etologia, neuroanatomia, ciência cognitiva e outras
ciências do cérebro.

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Lista de experimentos

Preparação da fatia do cérebro


A preparação da fatia do cérebro é uma metodologia de laboratório
importante, para quase todas as fatias baseadas em experimentos
in vitro, como o patch-clamp, no estudo dos fundamentos da
neurofisiologia nos níveis celular e de circuito simples.

Modelo simples de neurônio - o neurônio HH


O modelo Hodgkin-Huxley é um modelo científico que descreve
como os potenciais de ação nos neurônios são iniciados e
propagados. É um conjunto de equações diferenciais ordinárias
não lineares que aproxima as características elétricas de células
excitáveis.

Técnica de patch clamp


A técnica de patch clamp é uma técnica de laboratório em
eletrofisiologia que permite o estudo de canais iônicos únicos ou
múltiplos nas células. A técnica pode ser aplicada a uma ampla
variedade de células, mas é especialmente útil no estudo de
células excitáveis.

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SEU APOIO FAZ TODA A DIFERENÇA!

Técnica de pinça de corrente


A técnica de pinça de corrente registra o potencial da membrana
injetando corrente em uma célula através do eletrodo de gravação.
Essa técnica é usada para estudar como uma célula responde
quando a corrente elétrica entra na célula.

Técnica de fixação por tensão:


A técnica de fixação por tensão permite que um experimentador
"prenda" o potencial da célula em um valor escolhido. Isso torna
possível medir quanta corrente iônica atravessa a membrana de
uma célula em qualquer voltagem.

Estudo da transmissão sináptica (gatilho remoto)


Sinapses são junções entre membranas pré-sinápticas (botões
sinápticos) e membranas pós-sinápticas (superfícies receptoras de
neurônios ou efetores receptores) através das quais as
informações são transmitidas de um neurônio para outro. O
objetivo deste e acionado por controle remoto

Medindo potenciais de campo usando chips MEA


Matrizes de múltiplos eletrodos (MEAs) ou matrizes de
microeletrodos são dispositivos que contêm várias placas ou
hastes através das quais os sinais neurais são obtidos ou
entregues, servindo essencialmente como interfaces neurais que
conectam neurônios ao circuito eletrônico.

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SEU APOIO FAZ TODA A DIFERENÇA!

Entendendo as propriedades passivas de um neurônio simples


(gatilho remoto)
O objetivo deste exercício de laboratório é gerar e estudar o
potencial de ação de um neurônio usando equipamento acionado
remotamente. O potencial de ação é gerado fornecendo um
estímulo (entrada) e modulado variando a resistência da
membrana da célula.

Efeitos dos canais de íons na biofísica de membrana (gatilho


remoto)
Ao variar os estímulos e a resistência da membrana, um potencial
de ação pode ser obtido. Essa geração de potencial de ação é o
principal objetivo deste laboratório. Compreender os efeitos dos
íons Na + e K + na função dos neurônios é um dos principais
objetivos deste laboratório.

Efeito do ruído nos neurônios spikes (gatilho remoto)


Efeito do ruído nos neurônios spikes (gatilho remoto) O ruído na
rede neuronal tem influência significativa na transmissão e
integração de sinais de outros neurônios, além de alterar a
atividade de disparo dos neurônios na população. Nesta
experiência

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Simulação de neurônios

Este laboratório utiliza um simulador gráfico de


neurônios baseado na Web e modela uma seção da
membrana neuronal excitável usando as equações
de Hodgkin-Huxley. Vários experimentos abordarão
os vários parâmetros das equações de
Hodgkin-Huxley e modelarão potenciais de repouso
e ação, pinça de tensão e corrente, efeitos
farmacológicos de medicamentos que bloqueiam
canais específicos etc. Este laboratório complementa
alguns dos exercícios do laboratório de
Neurofisiologia Virtual.

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SEU APOIO FAZ TODA A DIFERENÇA!

Lista de experimentos

Modelando potenciais de repouso em neurônios


Este experimento trata dos princípios básicos por trás do potencial
de repouso, como os canais de íons em repouso mantêm o
potencial de repouso e os modelos matemáticos usados para
estudar esse mecanismo.

Modelando potenciais de ação


Este experimento lida com os princípios básicos por trás de
potenciais ou picos de ação, como os canais de íons geram
potenciais de ação e modelos matemáticos usados para estudar
esse mecanismo.

Modelagem do retificador atrasado Canais de potássio


Este experimento lida com os princípios básicos por trás dos
canais de íons potássio nos neurônios e seus efeitos nos
potenciais ou picos de ação, como as propriedades de restrição
regulam o comportamento do canal e influenciam o disparo.

Modelando o canal de íons de sódio e seus efeitos na


sinalização neural
Este experimento lida com os princípios básicos por trás dos
canais de íons de sódio nos neurônios e seus efeitos nos
potenciais ou picos de ação, como as propriedades de restrição
regulam o comportamento do canal e influenciam o disparo.

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SEU APOIO FAZ TODA A DIFERENÇA!

Protocolo de pinça de corrente


A técnica de pinça de corrente registra o potencial da membrana
injetando corrente em uma célula através do eletrodo de gravação.
Essa técnica é usada para estudar como uma célula responde
quando a corrente elétrica entra na célula.

Protocolo do grampo de tensão


O grampo de tensão tem sido usado como a melhor técnica
biofísica nas últimas décadas. Em experimentos com braçadeira de
tensão, controle a tensão através da membrana, a maioria dos
estudos eletrofisiológicos foram baseados na injeção de corrente
como estímulos.

Entendendo o relacionamento Frequência-Corrente


Usando técnicas atuais de pinça, o comportamento
eletrorresponsivo das células é estudado gerando um gráfico de
frequência (f) -vs-corrente (I).

Compreendendo a latência do primeiro pico - relacionamento


atual
Usando o grampo atual, o atraso da iniciação para o primeiro pico
pode ser calculado. Neste experimento, usamos isso como uma
medida para entender o comportamento neural.

Gráfico de tensão-corrente (VI)


Este experimento trata da compreensão da natureza da corrente
iônica usando um gráfico de tensão-corrente geralmente chamado
de gráfico de VI. Também investiga o papel da linearidade no
comportamento da corrente iônica.

Efeitos dos bloqueadores farmacológicos no potencial de ação


Este experimento trata do papel de bloquear certos canais iônicos
usando medicamentos farmacológicos.

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Laboratório Virtual de Bioquímica I

Bioquímica é o estudo dos processos químicos em


organismos vivos. Ele lida com as estruturas e
funções dos componentes celulares, como
proteínas, carboidratos, lipídios, ácidos nucléicos e
outras biomoléculas. Os experimentos incluídos no
Laboratório Virtual de Bioquímica I são de
natureza fundamental, lidando com a identificação
e classificação de vários carboidratos, titulações
ácido-base de aminoácidos, isolamento de
proteínas de suas fontes naturais, etc.

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SEU APOIO FAZ TODA A DIFERENÇA!

Lista de experimentos

Análise qualitativa de carboidratos


Analisar qualitativamente a presença de diferentes tipos de
carboidratos em uma amostra desconhecida, com base em
reações específicas.

Precipitação isoelétrica de proteínas: Caseína do leite


Realizar a precipitação isoelétrica da caseína presente no leite.

Estimativa quantitativa de aminoácidos por ninidrina


Para estimar a quantidade de aminoácidos na amostra
desconhecida.

Separação de Aminoácidos por Cromatografia em Camada


Fina
Para separar e identificar os aminoácidos em uma mistura por
cromatografia em camada fina.

Estimativa do valor de saponificação de gorduras / óleos.


Para determinar o valor de saponificação dos óleos.

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SEU APOIO FAZ TODA A DIFERENÇA!

Detecção de adulteração no leite


Para detectar vários adulterantes presentes no leite usando testes
bioquímicos específicos.

Análise Qualitativa de Aminoácido


Para identificar o Aminoácido na solução fornecida.

Estimativa do valor de iodo de gorduras e óleos


Para determinar o valor de iodo de gorduras e óleos e, assim,
estimar a insaturação da gordura / óleo.

Curvas de titulação de aminoácidos


Para estudar as propriedades ácidas e básicas dos aminoácidos,
plotando sua curva de titulação e determinar os valores de pKa
para reconhecer o aminoácido desconhecido.

Estimação de glicose no sangue pelo método Glicose oxidase


Para estimar o nível de glicose no sangue pelo método Glicose
oxidase

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Ecologia de Populações I

Em Ecologia, estudamos as relações dos seres vivos


entre si e com o meio ambiente em que vivem.
Esses estudos correspondem a diferentes níveis de
organização. Podemos, por exemplo, estudar
apenas as interações entre os indivíduos de uma
mesma espécie ou, ainda, estudar as relações deles
com diferentes organismos.

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SEU APOIO FAZ TODA A DIFERENÇA!

Lista de experimentos

● Conservando uma espécie em extinção


● Concorrência e coexistência inespecíficas
● Efeito da competição inespecífica nas fronteiras das
espécies (competição inespecífica e distribuições
geográficas)
● Crescimento da população logística: contínua e discreta
● Dinâmica de Metapopulação - Modelo de Levins
● Dinâmica Parasitoide-Host
● População com crescimento contínuo e discreto
● Propagação de uma população de pragas - invasão
populacional

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Laboratório Virtual de Imunologia I

O ramo da biomedicina preocupa-se com a


estrutura e função do sistema imunológico,
imunidade inata e adquirida, distinção corporal e
técnicas de laboratório que envolvem a interação
de antígenos com anticorpos específicos.

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Lista de experimentos

Coleta de soro de sangue


Para entender as várias técnicas aplicadas para processar uma
amostra de sangue e obter soro.

Experiência de agrupamento de sangue


Foi em 1901 que o imunologista e patologista austro-americano
Karl Landsteiner descobriu grupos sanguíneos humanos. O
trabalho de Karl Landsteiner tornou possível determinar os grupos
sanguíneos e, assim, abriu o caminho para a realização de
transfusões de sangue.

Aglutinação do látex
Os testes de aglutinação do látex foram aplicados em laboratórios
clínicos para a detecção de doenças infecciosas.

Elisa INDIRETA
Introduzir o princípio do ELISA e sua aplicação em diagnósticos e
os diferentes tipos de ELISA possíveis.

Elisa DIRETA
Introduzir o princípio do ELISA e sua aplicação em diagnósticos e
os diferentes tipos de ELISA possíveis.

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Elisa SANDUÍCHE
Introduzir o princípio do ELISA e sua aplicação no diagnóstico e os
diferentes tipos de ELISA possíveis.

O ensaio ELISPOT Immunoospot


Enzyme Linked Immunospot é aplicado para uma ampla gama de
investigações imunológicas. O teste spot local ou o teste de
imunoplaque Filter foi desenvolvido inicialmente para detectar e
quantificar células B secretoras de anticorpos individuais.

Marcação de anticorpos com HRP


Com base no princípio de que um anticorpo reage especificamente
com seu antígeno correspondente, vários procedimentos foram
desenvolvidos nos quais anticorpos ou antígenos marcados com
indicadores apropriados. HRP é um dos marcadores
usados atualmente.

Extração de anticorpos IgG de ovo de galinha imunizado


Para estudar um método econômico, simples e de larga escala de
separação de IgG de ovo de galinha imunizado.

Isolamento de linfócitos do sangue total


Para isolar os linfócitos do sangue total por centrifugação em
gradiente de densidade.

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Laboratório Virtual de Imunologia II

O ramo da biomedicina preocupa-se com a


estrutura e função do sistema imunológico,
imunidade inata e adquirida, distinção corporal e
técnicas de laboratório que envolvem a interação
de antígenos com anticorpos específicos.

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SEU APOIO FAZ TODA A DIFERENÇA!

Lista de experimentos

Dupla difusão Ouchterlony - Titulação


Para introduzir o princípio das reações de precipitação e
diferenciá-lo das reações de aglutinação.

Dupla difusão de Ouchterlony - Padrões


Introduzir o princípio das reações de precipitação e diferenciá-lo
das reações de aglutinação.

Purificação de anticorpos IgG com sulfato de amônio


Demonstrar os protocolos de purificação de anticorpos para uso
em pesquisa e diagnóstico.

Remoção de timo e baço de ratos


Para entender os conceitos de eutanásia de ratos. Aprender os
procedimentos básicos envolvidos na dissecção de roedores e
como identificar e remover órgãos linfóides.

Anestesia e coleta de sangue


do mouse Esta simulação da anestesia e coleta de sangue do
mouse é familiarizar o usuário com as técnicas comuns de
anestesia aplicadas em laboratórios em roedores e introduzir
técnicas básicas de restrição e técnicas de coleta de sangue ao
manusear ratos.

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Injeções parenterais
Para entender os conceitos básicos de manipulação e restrição
manual de animais experimentais (roedores).

Purificação de anticorpos IgG usando cromatografia de


afinidade
A cromatografia de afinidade é única na técnica de purificação, pois
oferece alta seletividade, alta resolução e alta capacidade para as
proteínas alvo. Permite a purificação de uma bio-molécula com
base em suas funções biológicas ou químicas.

Marcação fluorescente de anticorpos


A marcação de anticorpos é uma importante técnica biológica
molecular.Os anticorpos específicos marcados são amplamente
utilizados em imunoensaios para rastrear a proteína de interesse. A
marcação fluorescente de anticorpos explica a técnica de marcar
uma proteína ou anticorpo.

Fragmentação de IgG usando papaína


Para entender os princípios básicos na fragmentação de IgG em
um fragmento Fab monovalente usando digestão com papaína. A
clivagem de anticorpos utilizando a enzima proteolítica é estudada
pela primeira vez por porter em 1959. A IgG é clivada pela papaína
para dar fragmentos Fab

A fragmentação de IgG usando pepsina


T compreende os princípios da fragmentação de IgG em um
fragmento divalente de F (ab ') 2.

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Laboratório Virtual de Microbiologia I

O estudo de microrganismos, que são organismos


microscópicos unicelulares ou agrupados de
células. Isso inclui eucariotos como fungos e
protistas e procariotas. Os vírus, embora não
sejam estritamente classificados como organismos
vivos, também são estudados.

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Lista de experimentos
Técnica de coloração de Gram
A coloração de Gram é uma técnica de coloração diferencial usada
para classificar e categorizar bactérias em dois grupos principais:
Gram positivo e Gram negativo, com base nas diferenças das
propriedades químicas e físicas da parede celular.

Técnica asséptica e transferência de microorganismos


Asepsia é o estado de permanência livre de microrganismos
patogênicos e contaminantes. Essa técnica garante um ambiente
livre de contaminantes durante o manuseio de microrganismos.

Método da placa de raia


O método da placa de raia é um método de isolamento qualitativo
rápido para obter colônias discretas de uma população mista.

Teste de motilidade
Introduzir e demonstrar o princípio e a estrutura experimental para
determinar a motilidade dos micróbios.

Teste de catalase e coagulase


Introduzir e demonstrar o princípio e a configuração experimental
para determinar a capacidade do micróbio de desintoxicar o
peróxido de hidrogênio e / ou de causar coagulação sanguínea.

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Teste da lectinase
Introduzir e demonstrar o princípio e a estrutura experimental para
determinar a capacidade do microrganismo em produzir a enzima
"lecitinase".

Curva de crescimento bacteriano


Estudar as diferentes fases do crescimento de uma bactéria,
plotando uma curva com o tempo de crescimento no eixo X e a
densidade óptica no eixo Y.

Teste de fermentação de carboidratos


Estudar as diferentes utilizações de carboidratos de bactérias
usando caldo de fermentação com fenol vermelho.

Técnicas de coloração diferencial e citológica


Para estudar a coloração de bactérias com manchas especiais que
ajudam a revelar sua morfologia, melhorando assim o contraste
usando um microscópio de campo claro.

Teste de suscetibilidade a antibióticos


Determinar a suscetibilidade de uma espécie microbiana a
diferentes agentes antibióticos.

Teste de redutase do azul de metileno


Verificação da qualidade da amostra de leite fornecida

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Laboratório Virtual de Microbiologia II

Para estudar as propriedades bioquímicas dos


microrganismos, as várias técnicas empregadas
no cultivo de fungos e vírus, juntamente com a
análise do nível molecular do genoma microbiano.

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SEU APOIO FAZ TODA A DIFERENÇA!

Lista de experimentos

Teste de Voges-Proskauer
O teste de Voges-Proskauer determina a capacidade de alguns
organismos de produzir produtos finais não ácidos ou neutros,
como acetilmetil-carbinol, a partir dos ácidos orgânicos que
resultam do metabolismo da glicose.

O teste TSI do Ágar Triplo de Ferro-Açúcar


O teste foi desenvolvido para diferenciar os diferentes grupos ou
gêneros de Enterobacteriaceae, todos bacilos gram-negativos
capazes de fermentar açúcares com a produção de ácido e sulfeto
de hidrogênio.

Teste de urease
O teste de urease determina a capacidade dos microrganismos de
degradar a uréia por meio da enzima urease.

Teste de leite de tornassol


Introduzir e demonstrar o princípio e a estrutura experimental para
determinar a capacidade do micróbio de transformar o substrato do
leite em produtos finais metabólicos.

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SEU APOIO FAZ TODA A DIFERENÇA!

Técnica de cultura de slides para fungos


Detalhar as etapas experimentais e o protocolo de cultura,
observação e identificação de micélio e esporos de fungos.

Ensaio de Placa de Bacteriófago para Titulação de Fago


Para detalhar as etapas experimentais e o protocolo para
identificação e quantificação de placas de bacteriófago.

Isolamento e identificação de mutantes auxotróficos e


resistentes a medicamentos
Introduzir e demonstrar o princípio e a configuração experimental
da técnica de placas de réplica da técnica da placa de gradiente
para os mutantes auxotróficos de isolamento.

Isolamento e identificação de duas incógnitas bacterianas


Introduzir e demonstrar várias etapas envolvidas na identificação
de uma incerteza bacteriana de uma cultura mista de organismo.

Vias de inoculação viral em ovos


embrionados Estudar as diferentes rotas de inoculação de vírus
nos ovos embrionados.

Sequenciação de RNA ribossômico 16S


Introduzir e demonstrar princípios e técnicas básicas por trás da
análise de nível molecular do RNA ribossômico 16S de bactérias.

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Laboratório Virtual de Biologia Molecular I

O estudo da biologia em nível molecular. Esse


campo se sobrepõe a outras áreas da biologia e
da química, particularmente genética e bioquímica.
A biologia molecular se preocupa principalmente
com o entendimento das interações entre os vários
sistemas de uma célula, incluindo as interações
entre o DNA, o RNA e a biossíntese de proteínas,
além de aprender como essas interações são
reguladas.

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Lista de experimentos

● Eletroforese em Gel de Agarose (AGE)


● Digestão por Restrição
● Transformação das células hospedeiras
● Extração de DNA de gel de agarose
● Manutenção e armazenamento de células DH5alpha E.coli
● Extração de DNA de Nadadeiras
● Isolamento de Plasmídeo (Mini preparação)
● Preparação de células competentes (tratamento com
cloreto de cálcio)

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Laboratório Virtual de Biologia Molecular II

O estudo da biologia em nível molecular. Esse


campo se sobrepõe a outras áreas da biologia e
da química, particularmente genética e bioquímica.
A biologia molecular se preocupa principalmente
com o entendimento das interações entre os vários
sistemas de uma célula, incluindo as interações
entre o DNA, o RNA e a biossíntese de proteínas,
além de aprender como essas interações são
reguladas.

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SEU APOIO FAZ TODA A DIFERENÇA!

Lista de experimentos
Preparação do Fenol Equilibrado
Através deste experimento, você será capaz de entender a
preparação do fenol equilibrado e seu papel nos experimentos
biológicos / moleculares.

Isolamento do RNA
Para entender o isolamento do RNA, a etapa mais crítica na
realização de muitos experimentos fundamentais em biologia
molecular.

Eletroforese em Gel de Poliacrilamida A


PAGE (Eletroforese em Gel de Poliacrilamida) é o método analítico
mais amplamente utilizado para resolver componentes separados
de uma mistura de proteínas com base em seu tamanho.

Ligação (usando T4 DNA Ligase)


Ligação (usando T4 DNA Ligase)

Reação em cadeia da polimerase (PCR)


A reação em cadeia da polimerase é uma das tecnologias que não
só causou um tremendo impacto na comunidade científica, mas
também afetou muitos aspectos de nossas vidas cotidianas.

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SEU APOIO FAZ TODA A DIFERENÇA!

Eletrotransferência
Para familiarizar o usuário com a técnica de eletrotransferência.

Chapeamento do bacteriófago
Para demonstrar a capacidade do bacteriófago de se replicar
dentro de uma célula hospedeira suscetível e determinar a
concentração de partículas de fago em uma suspensão.

Cura por plasmídeo


Os plasmídeos são moléculas de DNA que se reproduzem extra
cromasomaticamente. A cura por plasmídeo é um processo de
remoção completa de plasmídeos de bactérias por meio de
agentes químicos, como acriflavina, acridina laranja, SDS, etc.

Extração de DNA de bacteriófago de culturas em larga escala


usando a proteinase K e SDS
Para extrair DNA genômico do bacteriófago em um lisado.

Preparação de estoques de bacteriófagos lambda por lise em


placa e eluição
Para preparar os estoques de bacteriófagos em laboratório.

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Laboratório Virtual de Biologia Celular I

Biologia celular, ou Citologia, é o ramo da biologia


que estuda as células, tanto eucariontes como
procariontes, no que diz respeito às suas estruturas
internas ou externas, funções, e sua importância na
constituição, benéfica ou maléfica, dos seres vivos.

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SEU APOIO FAZ TODA A DIFERENÇA!

Lista de experimentos

● Isolamento de cloroplasto
● Microscópio óptico
● Estudos de organização celular e estrutura subcelular
● Isolamento de mitocôndrias
● Transfecção
● Noções básicas de cultura de tecidos vegetais
● Ensaio de captação de glicose
● Isolamento do retículo endoplasmático

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Laboratório Virtual de Biologia Celular II

Biologia celular, ou Citologia, é o ramo da biologia


que estuda as células, tanto eucariontes como
procariontes, no que diz respeito às suas estruturas
internas ou externas, funções, e sua importância na
constituição, benéfica ou maléfica, dos seres vivos.

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SEU APOIO FAZ TODA A DIFERENÇA!

Lista de experimentos

● Mitose nas pontas da raiz de cebola


● Hemocitômetro (Contagem de Células)
● Actin Assembly
● Cell Attachment
● Migração de células
● Proliferação celular
● Coloração com Lignina
● Manutenção das linhas celulares da Malásia

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Laboratório Virtual de Bioinformática I

Bioinformática é um campo que utiliza técnicas


de informática para coletar, armazenar, analisar
e integrar dados biológicos. Este laboratório
virtual é um curso introdutório para estudantes
de graduação e trata do armazenamento e
recuperação de dados de diferentes bancos de
dados biológicos, como Gene, Pubmed, GEO,
TAIR, Prosite etc.

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SEU APOIO FAZ TODA A DIFERENÇA!

Lista de experimentos
Recuperando dados de sequência do Entrez
Entrez é um sistema integrado de busca e recuperação de informações
para bancos de dados biológicos do NCBI.

Localizando o cromossomo de um gene


Recuperando as informações de genes de um organismo usando o
banco de dados de genes do NCBI.

Recuperar dados de expressão gênica do GEO


Gene Expression Omnibus (GEO) é um recurso on-line para a
recuperação de dados de matriz de expressão gênica e hibridação.

Recuperando artigos usando o PubMed


O PubMed é um repositório centralizado do NCBI para acessar milhões
de artigos que podem ser acessados através de uma interface baseada
na Web fornecida no NCBI.

Localizando ORF de uma determinada sequência


O localizador ORF é um programa que identifica todos os quadros de
leitura abertos ou a possível região de codificação de proteínas em uma
sequência.

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SEU APOIO FAZ TODA A DIFERENÇA!

Recuperando dados estruturais de uma proteína usando o banco


de dados
PDB PDB é um banco de dados de proteínas que contém as
informações sobre a estrutura 3-D das proteínas.

Recuperando informações de motivos de uma proteína usando o


Prosite
O banco de dados do Prosite ajuda a identificar as possíveis funções de
uma nova sequência a partir da sequência existente.

Recuperando informações de genes do banco de dados TAIR O


banco de dados
TAIR armazena as informações sobre anotações na estrutura gênica, na
função do gene / proteína e na via metabólica.

Projetando um iniciador
Para projetar um iniciador para uma determinada sequência.

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Laboratório Virtual de Bioinformática II

Este laboratório virtual destina-se a


estudantes de graduação e pós-graduação
para compreender melhor a análise dos
dados de sequência, seu alinhamento e a
relação evolutiva. Os exercícios lidam
principalmente com os diferentes algoritmos
no alinhamento de sequências e fornecem
uma exploração computacional para o uso
de várias ferramentas usadas para o
alinhamento de sequências.

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Lista de experimentos

Alinhamento global de duas seqüências - Algoritmo de


Needleman-Wunsch
Um algoritmo comumente usado para realizar o alinhamento global
entre as duas sequências.

Algoritmo de Smith-Waterman - Alinhamento local de


sequências
Uma abordagem algorítmica popular para realizar o alinhamento
local entre as duas sequências.

Alinhamento de sequência em pares usando o BLAST


Para descobrir as sequências semelhantes às seqüências de
consulta.

Alinhamento de sequência em pares usando o FASTA


Para encontrar as seqüências semelhantes às seqüências de
consulta fornecidas usando o FASTA.

Alinhando várias seqüências com o CLUSTAL W


A melhor ferramenta de alinhamento para um grupo de sequências
se alinhar globalmente e encontrar a relação evolutiva entre as
seqüências.

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Construção do cladograma
Construção de um cladograma usando PHYLIP para representar a
relação entre os organismos.

Análise Filogenética usando PHYLIP - Árvores enraizadas


Construindo árvores filogenéticas enraizadas usando PHYLIP

Análise Filogenética usando PHYLIP - Árvores


não enraizadas Construindo árvores filogenéticas não enraizadas
usando PHYLIP

Anotação de genoma e alinhamento de múltiplas seqüências.


A anotação de genoma ajuda na identificação de não codificação
(que não codifica para proteína) e codificação (gene) e que o
alinhamento do genoma pode nos ajudar a entender a história
evolutiva.

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Laboratório Virtual de Bioinformática III

Neste laboratório virtual, estudaremos a análise


computacional de proteínas. Este laboratório é
direcionado aos estudantes do PG com exercícios
que permitirão aprender a visualizar proteínas
em 3D, como calcular a distância entre átomos,
encontrar locais ativos nas estruturas de
proteínas e também se aprofundar em alguns
métodos de análise estrutural, incluindo encaixe
e modelagem de homologia. A combinação dos
laboratórios 1, 2 e 3 fornecerá uma compreensão
geral dos métodos computacionais comumente
usados em bioinformática.
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Lista de experimentos

Visualização da estrutura secundária de uma proteína


A estrutura secundária de uma proteína é importante para prever a
função e descobrir a relação evolutiva. As estruturas secundárias,
portanto, desempenham um papel importante e podem ser
visualizadas através de diferentes ferramentas na forma de
desenhos animados, tubos, etc.

Cálculo da distância entre o ligante e um aminoácido particular


Para descobrir as distâncias entre o ligando e um aminoácido
específico usando PyMol.

Localização dos bolsos do local ativo de uma molécula de


proteína
Os bolsos do local ativo de uma molécula de proteína são
importantes, onde as possíveis moléculas de ligantes se ligam a
uma proteína. que pode ser visualizado através de diferentes
ferramentas de visualização.

Análise da estrutura primária de uma proteína usando


ProtParam
Introduzir um método para realizar a análise da estrutura primária
de proteínas, que inclui o cálculo de vários parâmetros físicos e
químicos.

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Análise da estrutura secundária de uma proteína


usando SOPMA
O método de previsão auto-otimizada com alinhamento
(SOPMA) é uma ferramenta para prever a estrutura
secundária de uma proteína.

Análise de superfície de uma proteína usando CASTp


Para localizar, medir e caracterizar os bolsos localizados
nas superfícies das proteínas e os vazios no interior das
proteínas usando o recurso on-line CASTp (Atlas
Computacional de Topografia de Superfície de proteínas).

Recuperando detalhes de uma molécula de droga


Para encontrar a estrutura e a atividade da molécula de
droga.

Convertendo formatos de arquivo químico


Para converter formatos de arquivo químico de acordo com
a plataforma diferente.

Modelagem da Homologia usando o Modeller


Modelagem da Homologia é o processo de prever a
estrutura de uma determinada sequência de proteínas
usando um software de modelagem como o Modeller.

Interação
Proteína-Ligante Para realizar estudos de acoplamento na
Interação Proteína-Ligante

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LABSTER

A Labster é uma empresa dedicada ao


desenvolvimento de simulações de laboratório
avançadas totalmente interativas, baseadas em
algoritmos matemáticos que suportam
investigações abertas. Os laboratórios estão
sendo usados pela California State University,
Harvard, Gwinnett Technical College, MIT, Exeter
University, Universidade de New Haven,
Stanford, Universidade da Nova Inglaterra,
Trinity College, Universidade de Hong Kong e
Berkeley, entre outros internacionalmente.

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Esse Laboratório não é gratuito, mas vale


a penas conhecer!

Reimaginando o futuro da educação no TEDx

Assista a palestra de 11 minutos sobre os estudos de impacto mais


recentes e demonstra nossas novas simulações de aprendizado de
realidade virtual de ponta.

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Biotecnologia no Brasil. Defendemos a interação do
Governo Federal com o setor empresarial, academia,
laboratórios públicos e institutos de pesquisa, o que
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