Sabemos que os micro-organismo desempenham papeis fundamentais nos
ciclos biogeoquímicos, e estes ciclos de certa forma estão presentes no solo o que mostra a importância do solo para a sobrevivência dos micro-organismos. O solo é composto por um conjunto de materiais minerais, orgânicos, água e ar, e assim dão suporte à vida das plantas através de seus nutrientes a ações dos micro-organismos. O solo não é uniforme, pois varia em micro e macro estruturas ligados ao tempo e também ao espaço ocupado onde essa variedade existe devido às proporcionalidades que cada um possui. Como exemplo, temos que em 1 grama de solo pode conter de 9·10¹ a 9·109 de partículas a depender do tipo de solo, embora os principais componentes do solo sejam areia, silte e argila. A diversidade do solo confere a ele diferentes características, com mais ou menos matéria orgânica, argila, etc. Desta forma, há também uma heterogeneidade de micro-organismo na qual um grupo ou espécie podem se desenvolver e adaptar- se em um determinado tipo de solo. Logo, se em um mesmo terreno houver diferentes tipos características de solo, eventualmente variados tipos de micro- organismos estarão presente nessa determinada área. Embora a estrutura do solo contenha areia, silte e argila, e a característica do solo varia devido a proporcionalidade de cada um deles, ao considerarmos a presença de comunidades microbianas e outros elementos no solo, ou seja, incluir na estrutura citada água, fungos, bactérias, teremos o que chamamos de estrutura dos agregados. As características fisioquímicas do solo são fundamentais para a vida microbiana que envolve questões como atmosfera, temperatura, água, pH, fontes de energia. Então, a disponibilidade de oxigênio irão determinar as reações químicas que estão presentes no solo. Tratando-se do ar, vale ressaltar como exemplo em um solo aerado que em termos de proporções o nitrogênio e oxigênio são os mesmo no ar e no solo, mas o gás carbônico pode variar devido ao tipo de metabolismo que ocorre no tipo de respiração. A temperatura também influencia nas reações fisioquímicas entre as células ao afetar a velocidade e reação. A degradação de matéria orgânica ocorre com maior intensidade em temperaturas mais altas, o que explica a maiores taxas de degradação em épocas mais quentes. Com tudo, relacionando a temperatura e ciclagem do nitrogênio que é a passagem do nitrogênio para amônia , essa taxa de conversão ocorre de maneira mais estabilizada devido a presença de vários grupos de micro-organismos que fazem esse processo, ou seja, durante as mudanças das estações sempre haverá um grupo de micro-organismo para essa etapa agindo em cada temperatura que o solo apresenta. Entretanto, para a etapa de nitrificação, também importante para as plantas, existem poucos grupos microbianos envolvidos que implica na termosensibilidade e resultam em um acumulo de amônio em solo sob temperaturas não adequada. A água no solo é outro grande fator importante para os micro-organismos, seja pela vantagem na difusão de nutrientes, controle da temperatura e motilidade ou por promover uma menor aeração do solo e controle do pH, este importante já que relacionado à capacidade nutricional o pH reflete nos complexos enzimáticos, sendo este apontado em vários estudo como o principal agente na estruturação da comunidade bacteriana em solos. Sabemos que há um agrupamento de microorganismo de acordo com o tipo de solo, ou seja, de acordo com o pH do solo, onde distribuímos em micro- organismos acidófilos, que tem afinidade com pH mais acido, neutrófilo para pH próximo da neutralidade e alcalóficos com maior afinidade em pH mais alcalino. Para as plantas, a fonte de energia é onde há nutrientes, e os solos de uma maneira geral são oligotróficos, ou seja, baixa disponibilidade de nutrientes para micro-organismos a depender do pH do solo. Por sua vez existem os chamados hotspots, que são as áreas de interação com outros micro-organismos, é a região em que há concentração de uma grande quantidade de nutrientes e interação microbiana que com engloba a região da planta próximo a raiz, a superfície da raiz propriamente dita e raiz. Essa grande quantidade de nutrientes nessa região deve- se ao controle de pH da planta ao solo além de eliminar isodatos de açucares proveniente do processo de fotossíntese, fonte de carbono, riquíssimo ponto de encontro para os variados tipos de micro-organismos.