Ferramentas e tcnicas de genmica e protemica

O que voc usa para

O que voc faz Por que voc faz isso
fazer isso

Ferramentas do NCBI,
Para encontrar informaes
do TIGR, EnsEMBL e
Recursos de genoma sobre a localizao e a
bancos de dados
on-line funo de determinados
especficos de
genes em um genoma
genoma

Para converter intensidades

de fluorescncia do
Basecalling experimento de Phred
sequnciamento em cdigo
de seqncia de quatro letras

Para organizar as
Mapeamento e seqncias de fragmentos
Phrap, pacote Staden
montagem do genoma curtos de DNA em um todo
coerente

Para conectar as
informaes funcionais sobre
Anotao do genoma MAGPIE
o genoma a localizaes de
seqncias especficas

Para identificar os
componentes da estrutura do
Comparao genmica PipMaker, MUMmer
genoma que diferenciam um
organismo do outro

Para identificar e quantificar CrazyQuant,

Anlise da imagem do
os pontos nos dados brutos SpotFinder,
microarray
do microarray ArrayViewer
Anlise do agrupamento Para identificar os genes que
Cluster, TreeView
de dados do microarray aparecem expressos como
grupos ligados

Para analisar, visualizar e

Melanie3, Melanie
Anlise 2D-page quantificar as imagens 2D-
Viewer
page

Para analisar os resultados Ferramentas ExPASy,

Anlise protemica da espectrometria em massa ProteinProspector,
e identificar as protenas PROWL

Para pesquisar os caminhos

metablicos e descobrir as
Ferramentas de caminhos PATH-DB, WIT,
relaes funcionais ; para
metablicos KEGG
reconstruir os caminhos
metablicos

Para modelar os processos

Simulao metablica e metablicos e celulares Gepasi, XPP, Virtual
celular baseados em propriedades Cell
conhecidas e inferncia