UNIVERSIDADE FEDERAL DA PARAÍBA - UFPB

CENTRO DE CIÊNCIAS DA SAÚDE – CCS

BACHARELADO EM BIOMEDICINA
DISCIPLINA: BIOINFORMÁTICA

Iris Alves Paiva

Jordan de Castro Nunes
Vinícius Ryan Martins dos Santos

ANÁLISE DO ARTIGO: NEXT-GENERATION GENETIC TESTING FOR

RETINITIS PIGMENTOSA

João Pessoa/PB
2022
 Iris Alves Paiva
Jordan de Castro Nunes
Vinícius Ryan Martins dos Santos

ANÁLISE DO ARTIGO: NEXT-GENERATION GENETIC TESTING FOR

RETINITIS PIGMENTOSA

Trabalho apresentado à Professora Thais

Gaudencio do Rego do Curso de
Biomedicina da Universidade da
Paraíba/UFPB para fins de avaliação da
disciplina. Período: 2021.2

João Pessoa/PB
2022
 SUMÁRIO

1. INTRODUÇÃO………………………...………………...……...………………....……...4
2. OBJETIVOS …………………….......…………...………………………………………..5
3. RESULTADOS…..............……………………………………………………...…..……..5
4. CONSIDERAÇÕES FINAIS……………………………………………………...……...6
REFERÊNCIAS………..………………………………………………………………….....7
 4

1 INTRODUÇÃO

A retinite pigmentosa (RP) é uma degeneração rara e progressiva da retina (estrutura

transparente e sensível à luz localizada na parte posterior do olho), a qual pode levar à perda
de visão moderada ou grave. As células fotorreceptoras (sensíveis à luz) da retina que
permitem enxergar à noite ou no escuro, ou na luz indistinta (bastonetes) gradualmente se
degeneram, onde a visão à noite, no escuro ou na penumbra é seriamente prejudicada. Dessa
forma, a retinite pigmentosa é o subtipo mais frequente de doenças da retina hereditárias,
sendo um distúrbio genético altamente heterogêneo.

No entanto, ao menos 52 genes estão associados com formas não sindrômicas de

retinite pigmentosa, ou seja, não possuem relação com outras doenças da retina, e outros 59
genes estão associados a outros subtipos de doenças da retina. Neste sentido, com algumas
exceções, não foram encontradas características oftalmológicas associadas especificamente
com os subtipos genéticos de retinite pigmentosa, tal fato faz com que seja impossível
priorizar determinados genes para serem analisados pelo sequenciamento Sanger, conhecido
como o mais famoso e mais utilizado sequenciamento de primeira geração.

O diagnóstico molecular é baseado em técnicas como a PCR (reação de cadeia em

polimerase) e suas variações, o qual tem por objetivo investigar alvos de interesse a partir da
análise do material genético (DNA e RNA), onde estes alvos de interesse vão desde
patógenos causadores de infecções, até o material genético do próprio indivíduo para análise
de alterações ou mutações genéticas. No âmbito da retinite pigmentosa, o diagnóstico
molecular se apresenta com muitos desafios, visto que, o modo de herança da maioria dos
casos de RP é desconhecido, podendo estar associado a qualquer um dos 52 genes conhecidos
serem causadores da doença.

O teste molecular mais aplicado para o diagnóstico da RP é através de um chip

tecnológico associado a uma reação de extensão de primer de matriz (APEX), sendo este um
método de genotipagem enzimática simples no qual centenas a milhares de variações no
genoma são analisadas simultaneamente em uma única reação multiplexada. Entretanto, esta
metodologia diagnóstica somente é capaz de detectar mutações conhecidas. Além disso, os
chips são projetados para testar separadamente a presença de mutações em genes RP
autossômicos dominantes ou recessivos, gerando um diagnóstico de baixo rendimento para
retinite pigmentosa autossômica recessiva.
 5

2 OBJETIVOS

A partir desta perspectiva, o artigo escolhido, tem como objetivo analisar todos os
genes associados a distrofias da retina (RD) hereditária, tendo como alvo o sequenciamento
de nova geração (NGS) feito em uma coorte de 100 pacientes acometidos pela retinite
pigmentosa. A motivação do trabalho é a identificação de novas variantes genéticas,
utilizando como base o sequenciamento de nova geração, que possam complementar ainda
mais o banco de dados sistemáticos utilizados para o diagnóstico molecular da RP, trazendo
assim a possibilidade de serem implantadas melhorias que tornem o diagnóstico molecular da
retinite pigmentosa mais preciso, específico e acessível.

3 RESULTADOS

O NGS é uma ferramenta que permite o sequenciamento do DNA em larga escala,

diferente do sequenciamento realizado pelo método de Sanger. No NGS, é possível analisar
milhões de fragmentos simultaneamente em um único teste, enquanto na técnica de Sanger o
sequenciamento é feito de forma individual, tornando o processo mais lento. Ademais, com o
NGS é possível sequenciar várias amostras em um único exame com extrema precisão. A
partir da coleta de uma amostra de sangue ou da cavidade oral do paciente, o código genético
das células presentes é amplificado, em seguida o DNA amplificado é submetido ao
sequenciamento de nova geração (NGS), assim é possível identificar alterações (ou variantes)
na amostra do paciente com base na comparação com os bancos de dados existentes.

Durante o estudo, uma coorte de 234 pacientes com RP foi coletada durante um
período de 15 anos. A triagem de mutações por análises APEX e sequenciamento de Sanger
identificou um diagnóstico molecular em apenas 20 pacientes. Como mencionado
anteriormente 100 pacientes foram selecionados para serem alvo da análise por
sequenciamento de nova geração. Dentre os 100 pacientes selecionados estão incluídos 78
casos de indivíduos com RP não sindrômica isolada e 22 casos de indivíduos com retinite
pigmentosa autossômica recessiva, todos sem o diagnóstico molecular. A seguir estão listadas
as ferramentas bioinformáticas (softwares e bancos de dados) utilizadas pelos pesquisadores
na metodologia do trabalho selecionado, além da aplicação de cada ferramenta dentro do
estudo.

1. Roche Newbler software: utilizado na realização do mapeamento das leituras de

sequência em relação à referência humana genoma (hg18);
 6

2. PolyPhen-2, SIFT e MutPred: utilizado para prever o possível impacto de

substituições de aminoácidos na estabilidade e função de proteínas humanas;

3. Splice Site Finder (SSF), MaxEntScan (software-program) e NNSplice

(software-program): programas utilizados para a previsão de locais de splice, score de
tipo selvagem (wt) e score de mutação (mut);

4. dbSNP (NCBI) e HGMD (Human Gene Mutation Database - NCBI): estas

plataformas foram utilizadas durante a seleção de genes para o estudo, visto que os cortes
de genes foram baseados em uma comparação de scores de conservação evolutiva
encontrados nestas plataformas;

5. NHLBI GO Exome Sequencing Project (ESP): utilizado para a verificação de todas

as variantes patogênicas putativas no contexto da retinite pigmentosa.

Os dados finais do estudo indicam que esta abordagem poderia ser usada para
estabelecer um diagnóstico molecular em quase 50% de uma coorte RP aleatória. Nesse viés,
o estudo conclui que um rendimento diagnóstico potencial de quase 50% em RP para esta
abordagem de diagnóstico baseada em NGS supera as abordagens usadas anteriormente,
como sequenciamento tradicional de Sanger e análise APEX. Além disso, o estudo destaca
que outras melhorias na tecnologia de sequenciamento juntamente com a identificação de
novos genes de RP devem aumentar a taxa de sucesso das abordagens diagnósticas baseadas
em NGS para retinite pigmentosa.

4 CONSIDERAÇÕES FINAIS

Portanto, a bioinformática agrega a eficiência computacional, algoritmos matemáticos

e estatísticas com dados biológicos, permitindo aos cientistas a aplicação de diferentes
ferramentas e tecnologias com o intuito de facilitar e analisar o trabalho de pesquisa. Neste
sentido o estudo escolhido, utilizou da bioinformática para analisar e buscar dados, construir
comparações, e selecionar ou excluir genes importantes para o desenvolvimento do estudo.
 7

REFERÊNCIAS

PULLAT, Janne; METSPALU, Andres. Arrayed primer extension reaction for genotyping
on oligonucleotide microarray. In: Prenatal Diagnosis. Humana Press, 2008. p. 161-167.

NEVELING, Kornelia et al. Next‐generation genetic testing for retinitis pigmentosa.

Human mutation, v. 33, n. 6, p. 963-972, 2012.