Exame EAP016-001

Nome: Natalia De Souza Oliveira

Sexo: Feminino
Data de nascimento: 14/01/1985
Solicitante: Cristiane Amaral Dos Reis (CRM-PI 5.908)
Sumário clínico: Investigação para predisposição hereditária ao câncer.
Material: DNA extraído de SWAB bucal enviado ao laboratório.
Entrada no laboratório: 01/11/2023
Liberação do resultado: 15/11/2023

Exame: Painel de Câncer Hereditário (Principais Genes)

Resultado
Ausência de variantes patogênicas nos genes analisados.

Genes analisados:

APC ATM BAP1 BARD1 BLM BMPR1A BRCA1 BRCA2 BRIP1 CDH1 CDK4 CDKN2A CHEK2 EGFR EPCAM FANCC FANCM
MEN1 MET MLH1 MSH2 MSH3 MSH6 MUTYH NBN NTHL1 PALB2 PMS2 POLD1 POLE PTEN RAD51C RAD51D RECQL
RET STK11 TP53

Responsável: Dra. Laila Maria Silveira Gallo de Souza - CRM 52.102756-5

Responsável Técnico: Dr. Fernando Kok - CRM-SP 32.255
Laudo elaborado de acordo com RDC 786/2023 ANVISA.

Mendelics Análise Genômica | CRM-SP 955.471 | CNES 7330804 | Av. Braz Leme, 1631
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Casa Verde, São Paulo, Brasil | CEP 02511-000 | Tel: +55 (11) 5096 6001 | mendelics.com
 Exame EAP016-001
Paciente Natalia De Souza Oliveira

Método

Construção de biblioteca (Illumina DNA with enrichment) e captura de regiões alvo utilizando kit (Twist Biosciences
customizado versão 3) com sondas para todas as regiões exônicas e adjacentes. Sequenciamento de nova geração
com tecnologia de sequenciamento por síntese (Illumina NovaSeq 6000). Alinhamento das leituras de DNA tendo
como referência a versão GRCh38 do genoma humano utilizando o programa BWA-MEM. Identificação de variantes
pequenas simples e indels utilizando o programa GATK versão 4. Identificação de variações do número de cópias
(CNVs) utilizando o programa ExomeDepth. Análise médica orientada pelas informações que motivaram a realização
deste exame. Utilização do GnomAD (versões v2.1.1 e v3.1.2) para referência de frequência alélica das variantes.
Classificação das variantes baseada nas recomendações do American College of Medical Genetics and Genomics
(Richards et al., 2015). É importante ressaltar que a análise é guiada pelo conhecimento científico atual e pode sofrer
mudanças ao longo do tempo. Método desenvolvido e validado pelo laboratório.

Ressalta-se que a análise de variações do número de cópias (CNVs) por sequenciamento de nova geração tem
sensibilidade e especificidade reduzidas quando considerados eventos (deleções ou duplicações) envolvendo apenas
um a dois éxons, bem como para CNVs em genes com pseudogenes e/ou regiões com alto grau de homologia. Ainda,
esta análise não identifica anomalias cromossômicas envolvendo cromossomos inteiros (aneuploidias e poliploidias).

Análise de variação do número de cópias (CNVs)

Os dados obtidos com o sequenciamento NGS são analisados para a identificação de CNVs que possam indicar a
existência de grandes deleções ou duplicações intragênicas.

Parâmetros de qualidade de sequenciamento

Porcentagem de bases-alvo com pelo menos 10 leituras: 100,0%

Número médio de vezes que cada base foi lida: 84
Número de sequências geradas: 30.908.607

Variantes de significado incerto (VUS)

Não foram identificadas variantes de significado incerto nos genes analisados.

Comentários

A análise genômica por sequenciamento de nova geração foi realizada para investigar se o(a) paciente apresenta
variantes associadas a alto risco de câncer no(s) gene(s) listado(s). Não foram encontradas variantes
reconhecidamente patogênicas ou variações do número de cópias (CNVs), pela técnica de sequenciamento de nova
geração (NGS), no(s) gene(s) investigado(s).

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Paciente Natalia De Souza Oliveira

Este resultado não permite descartar alteração em região não codificante dos genes analisados, como regiões
reguladoras, sequências intergênicas e intrônicas distantes dos exons, que não são objeto desta análise. É importante
ressaltar que a análise é guiada pelo conhecimento científico atual e pode sofrer mudanças ao longo do tempo. A
cobertura deste exame foi suficiente para assegurar boa qualidade na quase totalidade das sequências-alvo dos genes
analisados.

Adicionalmente, os dados obtidos com o sequenciamento NGS também foram analisados para a identificação de CNVs
que pudessem apontar a existência de grandes deleções ou duplicações intragênicas. Essa avaliação complementa a
análise da sequência, e possui alta correlação quando comparada com a técnica de MLPA. Contudo, em alguns raros
casos, pode haver discordância entre essas duas técnicas. A critério clínico, a análise de CNVs deverá ser
complementada pela técnica de MLPA.

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