UNIVERSIDADE FEDERAL DA PARAÍBA - UFPB

CENTRO DE CIÊNCIAS DA SAÚDE – CCS

BACHARELADO EM BIOMEDICINA
DISCIPLINA: BIOINFORMÁTICA

Iris Alves Paiva

Jordan de Castro Nunes
Vinícius Ryan Martins dos Santos

RELATÓRIO: SÍNDROME DE HUNTCHINSON-GILFORD

João Pessoa/PB
2022
 Iris Alves Paiva
Jordan de Castro Nunes
Vinícius Ryan Martins dos Santos

RELATÓRIO: SÍNDROME DE HUNTCHINSON-GILFORD

Trabalho apresentado à Professora Thais

Gaudencio do Rego do Curso de
Biomedicina da Universidade da
Paraíba/UFPB para fins de avaliação da
disciplina. Período: 2021.2

João Pessoa/PB
2022
● Escolha um gene que seja chave para o desenvolvimento de uma doença ou pra
existência de uma bactéria/vírus patogênico. Essa escolha deve ser feita a partir da
literatura. Dessa forma, use o PUBMED e coloque a referência do artigo que
justifique sua escolha. Além disso, descreva o papel desse gene nessa doença ou na
existência bacteriana ou viral.
○ A Síndrome de Hutchinson – Gilford trata-se de uma patologia genética
autossómica dominante resultante de uma mutação no gene LMNA, localizado
no cromossoma 1, no locus 1q21.2-q21.2, caracterizada por originar um
envelhecimento prematuro, sete vezes mais avançado que o envelhecimento
fisiológico normal. A nível epidemiológico esta é uma doença rara, afetando
um a cada quatro a oito milhões de recém-nascidos. Até ao momento da
elaboração desta monografia não existe cura para esta síndrome, sendo que a
terapêutica realizada nos portadores de progéria limita-se a atuar nos sintomas
da mesma.
○ O gene LMNA encontra-se localizado no cromossoma 1, locus 1q-21.2-21.2 e
abrange cerca de 25 kbp, codificando uma proteína de 664 aminoácidos com
um peso molecular de 70 kDA. Este gene codifica para a lâmina A e a Lâmina
C, a proteína codificada pelo gene LMNA desempenha um papel de extrema
importância, uma vez que é a responsável por manter a forma e função do
núcleo das células (Cabanelas & Martins, 2015).

● Coloque a sequência FASTA do gene e faça um alinhamento do tipo Blastn

(nucleotídeo-nucleotídeo) e blastx (nucleotídeo traduzido-proteína) no NCBI. Mostre
as 10 sequências mais similares para os 2 casos e sintetize os resultados (quais
organismos, e-value, identidade e score), explicando o que valores encontrados
significam para o seu caso.
○ Sequência FASTA do gene passo a passo:
● Alinhamento do tipo Blastn (nucleotídeo-nucleotídeo): As 3 primeiras sequências
apresentam a maior similaridade, sendo também associadas a espécie humana assim
como a sequência de referência. As outras 7 sequências mais similares estão
associadas a outras espécies e não irão causar a síndrome de Huntchinson-Gilford. As
sequências associadas à espécie humana apresentam 100% de identidade com a
sequência original, apresentando variações que também são patogênicas e causam
fenótipos relacionados à Síndrome de Huntchinson-Gilford, apesar da variante 9
apresenta 99% de query cover, ou seja, apenas 99% da seqüência submetida ao
programa é coberta pelo alinhamento da sequência variante.
● 10 sequências mais similares:

● Alinhamento do tipo Blastx (nucleotídeo traduzido-proteína): Entre as 10 sequências

mais similares, 3 delas estão associadas à espécie humana, sendo 7 sequências
associadas a outras espécies. Todas as sequências associadas à espécie humana
apresentam 100% de identidade com a sequência referência. Apesar de nenhuma
apresentar query cover 100%. Dentre as sequências associadas a espécie humana as
isoformas CRA apresentam o maior potencial de manifestar fenótipo semelhante à
síndrome de Huntchinson-Gilford.
● Kegg Pathway: vias metabólicas as quais o gene se LMNA se encontra: crescimento e
morte celular (apoptose), regulação da síntese (codifica) das proteínas estruturais
lâminas nucleares que conferem estabilidade ao envelope nuclear cardiomiopatia
hipertrófica, cardiomiopatia arritmogênica do ventrículo direito e cardiomiopatia
dilatada. O gene LMNA dentro destas vias metabólicas pode se encontrar associados
aos genes: DAG1, LAMA1, EMD, TNNI3, TNNC1, TNNT2, DMD, DSC2,
TNFSF10, TNFSF6, SPTA, LMNB, PARP1 e PARP2.
● A partir do PDB da proteína cuja sequência foi obtida em primeiro lugar no blastx, foi
encontrado, utilizando-se o Pfam, os seguintes domínios (sequências conservadas).
 Neste sentido foram mapeadas as sequências e domínios (sequências conservadas)
encontrados em cada sequência de acordo com a estrutura da proteína correspondente, sendo
estes domínios:
● Filamento: os filamentos intermediários (FI) são proteínas que são componentes
primordiais do citoesqueleto e do envelope nuclear. Eles geralmente formam
estruturas filamentosas de 8 a 14 nm de largura. Dentro da sequência a posição deste
domínio é no intervalo 30-386.
● LTD: o domínio lamin-tail (LTD), que possui uma dobra de imunoglobulina (Ig), é
encontrado em laminas nucleares, Chlo1887 de Chloroflexus e várias proteínas
bacterianas onde ocorre com hidrolases associadas à membrana da
metalo-beta-lactamase, sinaptojanina e superfamílias de fosfoesterases do tipo
calcineurina. O domínio LTD pode estar envolvido tanto na ligação de proteínas
quanto de DNA. Dentro da sequência a posição deste domínio é no intervalo 433-545.
● CH: A ligação à actina tipo calponina é uma família de proteínas evolutivamente
relacionadas. O domínio de homologia da calponina (também conhecido como
domínio CH) é uma superfamília de domínios de ligação à actina encontrados em
proteínas do citoesqueleto e proteínas de transdução de sinal. O domínio CH é
encontrado tanto em proteínas do citoesqueleto quanto em proteínas de transdução de
sinal. O domínio CH está envolvido na ligação da actina em alguns membros da
família. No entanto, nas calponinas há evidências de que o domínio CH não está
envolvido na sua atividade de ligação à actina. Dentro da sequência a posição deste
domínio é no intervalo 14-120.
● EB1: Este motivo é encontrado no terminal C de proteínas que estão relacionadas com
a proteína EB1. As proteínas EB1 contêm um domínio CH N-terminal. A proteína
EB1 humana foi originalmente descoberta como uma proteína que interage com o
terminal C da proteína APC. A interação entre EB1 e APC demonstrou ter um efeito
sinérgico potente na polimerização de microtúbulos. Nem o EB1 nem o APC sozinhos
têm esse efeito. Pensa-se que o EB1 tem como alvo a APC nas extremidades + dos
microtúbulos, onde a APC promove a polimerização dos microtúbulos. Este processo
é regulado pela fosforilação de APC por Cdc2, que interrompe a ligação APC-EB1. A
proteína EB1 humana pode substituir funcionalmente o homólogo de EB1 de levedura
Mal3. Além disso, Mal3 pode substituir o EB1 humano na promoção da
polimerização de microtúbulos com APC. Dentro da sequência a posição deste
domínio é no intervalo 210-148.

● Inserindo a sequência da proteína resultante do blastx na plataforma PDB (pesquisa

avançada) foram encontradas 3 proteínas mais similares:
 REFERÊNCIAS

Gonzalo S, Kreienkamp R, Askjaer P. Hutchinson-Gilford Progeria. Syndrome: A

premature aging disease caused by LMNA gene mutations. Ageing Res Rev. 2017
Jan;33:18-29.

KEGG PATHWAY. Disponível em: <https://www.genome.jp/kegg/pathway.html>.

NCBI. NCBI BLAST. Disponível em: <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/>.

PFAM. Disponível em: <https://pfam.xfam.org/>.

RCSB PDB. Disponível em: <https://www.rcsb.org/>.

Santiago-Fernández O, Osorio FG, Quesada V, Rodríguez F, Basso S, Maeso D, Rolas L,

Barkaway A, Nourshargh S, Folgueras AR, Freije JMP, López-Otín C. Development of a
CRISPR/Cas9-based therapy for Hutchinson-Gilford progeria syndrome. Nat Med. 2019
Mar;25(3):423-426.