29/09/2020

Objectivos de GM Objectivos de GM

Compreender o método científico – observar, questionar e analisar criticamente DISCUTIR criticamente os vários elementos de regulação génica e sua
os dados interligação

Registar o observado – estabelecer correlações entre eventos moleculares na Compreender como um fenómeno de regulação/expressão génica se interliga
células, no tecido e no organismo num determinado pathway – no tmepo e na organização multicelular

Enfoque na expressão génica – ligação DNA-RNA – estrutura, função, regulação

Será com enfoque no Homem... Mamíferos... Usando outros organismos como
Compreender os mecanismos de regulação da expressão génica, saber exemplos pontuais...
interpretar e/ou delinear experiências ou estratégias de trabalho que permitam o
estudo em Genética Molecular.

Uma perspetiva antropocêntrica, i.e. culminando com os fenómenos no Homem. Encontrar as ligações e os pontos comuns entre genes...

1 2

Genes X Aula 5
Regulação e estabildiade do mRNA - regulação post-transcrição, exemplos de
Aula 1 rgulação em UTRs.
O Genoma eucarionte: estrutura, evolução (sequências únicas e repetitivas, NMD
influência na renaturação, clusters de genes e repetições, micro e minisatélites, Ch 29, 30
VNTRs, elementos móveis, crossing over desigual).
Ch 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 17
Aula 6
RNAi - Mecanismos e regulação. miRNAs, siRNAs, antimiRs
Aula 2 RNAi - Mecanismos e regulação. miRNAs, siRNAs, antimiRs. lncRNAs.
Início da transcrição: localização dos elementos (nomenclatura e posicionamento
Ch 30
relativo); regiões consensuais e localização consensual; alternativas de
promotores; influência do ambiente.
Mapeamento de promotores - visão laboratorial
Ch 20, 21

Aula 3
Regulação da transcição: enhancers e silencers; isoladores (insulators);
mecanismo de actuação. Regulação por código de histonas - metilação, acetilação
e fosforilação; metilação de DNA (CpG). Imprinting. Silenciamento do cromossoma
X
Ch 21, 28, 29

3 Aula 4 4
Splicing: mecanismos de splicing, splicing alternativo, utilização diferencial de
exões, regulação de splicing, cis ou trans. PoliAdenilação.
Editamento RNA/RNA editing.
Ch 22, 23, 29
1
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Classification of eukaryotic DNA

Coding genes (proteins)
Single genes
Duplicated and diverging [gene families: functional vs. pseudogene (non-
functional)]
Repetitive genes - tandem (rRNA, tRNA, 5s RNA, histones)
Repetitive DNA
Simple seq DNA
Moderately repetitive DNA (mobile elements)
Transposons
Viral Retrotransposon
LINES
SINES
Non-classified Spacer DNA

7 8

2
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Este slide e os 3 seguintes servem para vos relembrar a replicação e como há

repetições que são fruto de uma enzima…

9 10

Dimero (b + g) reconhece primer p/

formação de complexo – clamp
Alteração conformação de b ► alta
afinidade para complexo core polimerase
Core enzima: sub-unidades a, e e q
a – síntese
e – proofreading
q – aux. assembling
Dímero t liga-se ao core polimerase para
permitir dimerização desta.
Complexo assimétrico – 1 só g
(responsável ligação dois pares de b)

11 12

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DNA sequences

Telomeres (chromosomes; TTGGGG; TTAGGG)

Satellite DNA

DNA simple (genes)

Reassociation assays (»» speed of renaturation)
Specific enzymes (bands vs smear)
DNA repetitive
- SINES (short interspersed elements)- 100bp; ex: Alu
Satellites in superior eukaryotes (mammals) – hierarchy of 400000 /haploid - RNApolIII
repetitive units - LINES (long interspersed elements, L1 elements)- KpnI
100000/haploid- RNApolII

13 14

• Mini-satellites - VNTRs (Variable Number of Tandem Repeat)

• Micro-satellites – variable number of repeats: mono-, di-, tri- or
Expansion and/or contraction of sequence
(gene) clusters
tetranucleotides
• SNPs (Single Nucleotide Polymorphism)

Polymorphic markers
Unequal Crossing-over
RFLPs (Restriction Fragment Length Polymorphism)

15 16

4
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1 2 3 4 5 6

Parental Chromosomes
1 2 3 4 5 6

Recombination

1 2 3 4 3 4 5 6

1 2 5 6 Recombinant chromosome

Meiosis

8 unist 4 units

50% 50%

17 18

Seq DNA related

Probability exons »»»» introns

Introns – (differences») avoid unequal crossing-over

Unequal recombination allows the rep unit to occupy the entire cluste

19 20

5
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21 22

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Pseudogenes – RT leading to DNA duplex & integration

25 26

Transposon Retroposon

DNA DNA
donnor donnor
Seq repeat – inverted (terminal)
DNA flanker
RNA Target seq - repeat direct
polimerase

Interm RNA

Transcriptase
reversa
DNA interm

Replicative – copy and paste

DNA target
Non-replicative – cut and paste

Transposable Mobile elements

27 28

7
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Viral Retroposons

29 30

Element L1
AAAAAAAAAA TTTTTTTTT
ORF1 ORF2
TTTTTTTTTTTTT AAAAAAA

RNApol transcribes Human satellites are constituted by repeats hierarchy

AAAAAAAAAA UUUUUUUU

RNA “folds” ; As & Us hybridise; synthesis

DNA from 3’
(CA)n - STS
AAAAAAAAAA

UUUUUUUUU
cDNA
cDNA acts as template for double
strnaded of L1; insertion into cell
DNA

31 32

8
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VNTRs

EcoRI BamHI EcoRI BamHI

A

EcoRI BamHI EcoRI BamHI

B

33 34

35