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Existem muitas rotas (hidrólise básica, ácida, com ácido diluído, enzimática etc.) e
configurações (por exemplo, hidrólise e fermentação realizadas no mesmo reator ou não,
fermentação separada com os diferentes açúcares no mesmo reator ou não, produção das
enzimas no mesmo reator ou não etc.) que podem ser utilizadas para se produzir E2G,
sendo que cada combinação possui vantagens e desvantagens em relação às
demais.1 Atualmente, a rota mais utilizada e desenvolvida é a rota enzimática, na qual
enzimas específicas são utilizadas para hidrolisar o material após o pré-tratamento.
Produzir essas enzimas de forma barata ainda é um dos principais entraves e desafios
dessa tecnologia. Poucas empresas no mundo as produzem de forma comercial, além da
dificuldade em reaproveitar esses organismos. De acordo com pesquisas recentes, essa
etapa do processo é atualmente a mais pesquisada mundo afora, apesar de o Brasil ainda
engatinhar nessas pesquisas e as poucas empresas que possuem usinas de segunda
geração ainda precisarem importar esse material.